微卫星标记OarHH35和BMS2508在4个山羊品种中的研究

选择与绵羊(Ovisaries)高繁殖力紧密关联的两个微卫星标记OarHH35和BMS2508,分析其在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊和波尔山羊中的多态性分布情况。结果表明,微卫星标记OarHH35在4个山羊(Caprahircus)品种中的等位基因数分别为11、8、7和10,BMS2508在4个山羊品种中的等位基因数分别为9、5、6和7,OarHH35/BMS2508在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊和波尔山羊中的多态信息含量值分别为0.8294/0.8047,0.8399/0.6894,0.7985/0.6910和0.8582/0.7688。2个微卫星基因座对湘东黑山羊产羔数的效应分析表明,微卫星标记BMS2508和OarHH35对山羊的产羔数有显著影响(P<0.05)。在OarHH35基因座,135/135bp基因型的最小二乘均值最高(3.67只/胎),123/135bp和125/125bp基因型的最小二乘均值也达到了3.00只/胎,表明等位基因135和125bp对湘东黑山羊产羔数具有显著的正效应。在BMS2508基因座,基因型132/145bp和93/132bp对产羔数效应的最小二乘均值分别为4.00和3.23只/胎,而基因型122/122bp对产羔数效应的最小二乘平均值只有1.00只/胎,因此等位基因145和93bp对湘东黑山羊产羔数有显著正效应,等位基因122bp对湘东黑山羊产羔数无显著效应。     

微卫星标记OarHH35和BMS2508 在4个山羊品种中的研究

选择与绵羊(Ovis aries)高繁殖力紧密关联的两个微卫星标记OarHH35和BMS2508，分析其在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊和波尔山羊中的多态性分布情况。结果表明, 微卫星标记OarHH35在4个山羊(Capra hircus)品种中的等位基因数分别为11、8、7和10, BMS2508在4个山羊品种中的等位基因数分别为9、5、6和7, OarHH35 /BMS2508在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊和波尔山羊中的多态信息含量值分别为0.8294/0.8047,0.8399/0.6894, 0.7985/0.6910 和 0.8582/0.7688。2个微卫星基因座对湘东黑山羊产羔数的效应分析表明，微卫星标记BMS2508和OarHH35对山羊的产羔数有显著影响(P < 0.05)。在OarHH35基因座，135/135 bp基因型的最小二乘均值最高(3.67只/胎)，123 /135 bp和125 /125 bp基因型的最小二乘均值也达到了3.00只/胎，表明等位基因135和125 bp对湘东黑山羊产羔数具有显著的正效应。在BMS2508基因座，基因型132 /145 bp和93 /132 bp对产羔数效应的最小二乘均值分别为4.00和3.23只/胎，而基因型122 /122 bp对产羔数效应的最小二乘平均值只有1.00只/胎，因此等位基因145和93 bp对湘东黑山羊产羔数有显著正效应，等位基因122 bp对湘东黑山羊产羔数无显著效应。     

山羊促黄体素受体基因（LHR）外显子11的PCR-SSCP分析

设计6对引物,用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)和序列分析方法检测促黄体素受体(luteinizing hormone receptor,LHR)基因外显子11在性早熟、高繁殖力山羊(Capra hircus)品种(济宁青山羊)和性晚熟、低繁殖力品种(波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊)中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对济宁青山羊性早熟和高繁殖力的影响.结果发现,仅引物P3和P6的扩增片段具有多态性.引物P3在波尔山羊中检测到AA、AB和BB基因型,在济宁青山羊和安哥拉山羊中均检测到AA和AB基因型,在内蒙古绒山羊中只检测到AA基因型;测序发现BB基因型与AA基因型相比存在1个突变(G1522A),导致505位氨基酸南缬氨酸变为甲硫氨酸(V505M);济宁青山羊从和AB基因型频率分别为0.919和0.081,在P3位点上处于哈迪-温伯格平衡状态(,P=0.877);济宁青山羊与波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊之间LHR基因型分布差异分别达到极显著(P<0.001)、显著(P<0.05)和不显著(P>0.05)水平;济宁青山羊AA和AB基因型之间产羔数差异不显著(P>0.05).引物P6在4个山羊品种中均检测到CC和CD基因型;测序发现CD与CC基因型相比发生了A2039G突变,导致677位氨基酸由谷氨酰胺变为精氨酸(Q677R);济宁青山羊CC和CD基因型频率分别为0.161和0.839,在P6位点上处于哈迪-温伯格不平衡状态(,P=0.000);济宁青山羊与波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊之间LHR基因型分布差异分别达到极显著(P<0.001)、极显著(P<0.001)和显著(P<0.05)水平;济宁青山羊CC和CD基因型之间产羔数差异不显著(P>0.05).研究结果初步表明LHR基闪外显子11对济宁青山羊的性早熟和高繁殖力没有显著影响.     

山羊生长激素释放激素(GHRH)和抑制素βA(INHβA)基因多态性

用PCR-SSCP和测序技术研究了波尔山羊(Capra hircus)和徐淮白山羊(C.hircus)2个群体共147个个体生长激素释放激素(GHRH)和抑制素βA(INHβA)基因座位的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),结果表明,GHRH基因在第4411处(按GenBank登录号AF242855)丢失了一个碱基G,在2个山羊群体检测到3种基因型(AA、AB和BB);NHβA基因在第995处(按GenBank登录号U16239)丢失了一个碱基T,在2个山羊群体检测到2种基因型(AA和AB),没有检测到BB型个体。这2个位点的突变属首次在山羊中发现,并且均以A等位基因为优势等位基因。同时,计算了2个基因座的杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)和固定指数(F)。结果显示,在2个山羊群体中,2个基因座均符合Hardy-Weinberg平衡。     

绵羊X染色体59194976位点多态分析及其与尾（臀）脂性状相关性研究

尾脂沉积能力在脂尾型绵羊和瘦尾型绵羊问存在很大的差异,但其沉积脂肪的遗传特性与分子机制仍不明晰。为此,本研究选择尾型极端差异的阿勒泰羊（巨型脂臀）、湖羊（短脂尾）和黑萨福克羊（长瘦尾）,采用PCR-RFLP方法检测绵羊X染色体59194976位点多态性,分析其与尾（臀）脂沉积能力的相关性。结果表明：在阿勒泰羊群体中G等位基因属优势等位基因,其两等位基因比值（G／A）分别是湖羊和黑萨福克羊的6倍和68倍,且G等位基因在阿勒泰羊中趋于纯合。卡方检验结果表明,阿勒泰羊在该位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（p〉0．05）,而湖羊和黑萨福克羊在该位点均处于Hardy-Weinberg极不平衡状态（p〈0．01）。以上结果提示,绵羊x染色体59194976位点SNP可作为理想的分子标记应用于高、低脂绵羊品种选育。     

神经肽Y-Y1受体基因多态性及其与山羊繁殖性能关系的研究

设计5对引物(P1～P5),用限制性片段长度多态性（RFLP）和单链构象多态性（SSCP）方法检测神经肽Y1受体（neuropeptide Y Y1 receptor,NPY-Y1R）基因在性早熟、高繁殖力品种（济宁青山羊）和性晚熟、中等繁殖力（波尔山羊）以及性晚熟、低繁殖力品种（安哥拉山羊和内蒙古绒山羊）中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对济宁青山羊性早熟和高繁殖力的影响。结果发现仅引物P2、P4和P5的扩增片段具有多态性。引物P2在济宁青山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊中检测到AA、AB和BB型,在波尔山羊中只检测到AA和AB型;测序发现BB型与AA型相比存在1个突变（C625G）,没有引起氨基酸变化;济宁青山羊AA、AB与BB基因型之间产羔数差异均不显著（P>0.05）。引物P4在4个山羊品种中均检测到CC和CD基因型;测序发现CD型与CC型相比发生了G1141A突变,没有引起氨基酸变化;济宁青山羊CC和CD基因型之间产羔数差异不显著（P>0.05）。引物P5在济宁青山羊中检测到EE和EF基因型,在其余3个山羊品种中只检测到EE型;测序发现EF型与EE型相比发生了C1330T突变,没有引起氨基酸变化;济宁青山羊与波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊之间NPY-Y1R基因型分布差异均达到极显著（P<0.01）水平,后3个品种之间均无显著差异（P>0.05）;EF型济宁青山羊产羔数均值比EE型多0.58只（P<0.01）。本研究结果初步表明NPY-Y1R基因的F等位基因与济宁青山羊性早熟和高繁殖力相关。     

神经肽Y-Y1受体基因(NPY-Y1R)多态性及其与山羊繁殖性能关系

设计5对引物(P1～P5),用限制性片段长度多态性(RFLP)和单链构象多态性(SSCP)方法检测神经肽Y-Y1受体(neuropeptide Y-Y1 receptor,NPY-Y1R)基因在山羊(Caprar hircus)性早熟、高繁殖力品种(济宁青山羊),性晚熟、中等繁殖力品种(波尔山羊)以及性晚熟、低繁殖力品种(安哥拉山羊和内蒙古绒山羊)中的单核苷酸多态性(SNP),同时研究该基因对济宁青山羊性早熟和高繁殖力的影响.结果发现仅引物P2、P4和P5的扩增片段具有多态性.引物P2在济宁青山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊中检测到AA、AB和BB型,在波尔山羊中只检测到AA和AB型;测序发现BB型与AA型相比存在1个突变(C625G),没有引起氨基酸变化;济宁青山羊从、AB与BB基因型之间产羔数差异均不显著(P＞0.05).引物P4在4个山羊品种中均检测到CC和CD基因型;测序发现CD型与CC型相比发生了G1141A突变.没有引起氨基酸变化;济宁青山羊CC和CD基因型之间产羔数差异不显著(P＞0.05).引物P5在济宁青山羊中检测到EE和EF基因型,在其余3个山羊品种中只检测到EE型;测序发现EF型与EE型相比发生了C1330T突变,没有引起氨基酸变化;济宁青山羊与波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊之间NPY-Y1R基因型分布差异均达到极显著(P＜0.01)水平,后3个品种之间均无显著差异(P＞0.05);EF型济宁青山羊产羔数均值比EE型多0.58只(P＜0.01).研究结果初步表明NPY-Y1R基因的F等位基因与济宁青山羊性早熟和高繁殖力相关.     

促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因多态性及其与济宁青山羊高繁殖力关系

设计8对引物, 应用聚合酶链式反应-单链构象多态性（PCR-SSCP）技术检测促性腺激素释放激素受体（gonadotropin releasing hormone receptor, GnRHR）基因外显子1、外显子2和外显子3在高繁殖力山羊(Caprar hircus)品种（济宁青山羊）和低繁殖力山羊品种（安哥拉、波尔和内蒙古绒山羊）中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。结果发现引物P4扩增片段具有多态性,其余7对引物的扩增片段都不存在多态性。对于引物P4扩增片段,在济宁青山羊、波尔山羊和内蒙古绒山羊中均检测到AA、AB和BB基因型,而在安哥拉山羊中只检测到AA和AB基因型,未检测到BB基因型;测序分析发现BB型与AA型相比在外显子1有1个突变（757G→A）,但未引起氨基酸改变;济宁青山羊AA、AB和BB基因型频率分别为0.623、0.300和0.077,BB型济宁青山羊平均产羔数比AB型和AA型分别多0.69只（P　<　0.05）和0.82只（P　<　0.05）,AA型和AB型济宁青山羊产羔数的最小二乘均值差异不显著（P　>　0.05）。     

转化生长因子β1基因(TGF-β1)外显子2的单核苷酸多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为寻找与山羊(Capra hircus)产羔数密切相关的分子标记,加快山羊育种进程,研究转化生长因子β1基因(TGF-β1)遗传多态性与山羊产羔数的相关性,根据牛的TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP.和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子2和内含子3的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系。结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第二外显子148bp位点碱基发生A→G的突变,导致苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);多态位点均以A为优势等位基因,基因频率分别为0.530和0.648。在波尔山羊的1～3胎产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于BB和AA型个体(P<0.05);在第四胎产羔数和平均产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于AA(P<0.05),显著高于BB(P<0.05);BB型个体的平均产羔数显著高于AA型(P<0.05)。在陕南白山羊中,AB型个体的2～4胎产羔数和平均产羔数显著高于AA和BB型个体(P<0.05);在第一胎中,AB型个体显著高于AA型个体(P<0.05)。研究结果表明TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因。     

山羊GHRH和抑制素βA基因多态性研究

用PCR-SSCP技术研究了波尔山羊和徐淮山羊2个群体共147个个体GHRH和抑制素βA基因座位的单核苷酸多态性(SNPs)，并检测了2个基因座位的的多态性分布，计算了2个基因座的杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)、和固定指数(F)。结果显示，2个山羊群体的2个基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。     

陇东绒山羊KRTAP2-1基因鉴定及其对羊绒性状影响的研究

角蛋白关联蛋白(KAPs)是羊绒纤维的主要结构成分,但尚未在山羊基因组中鉴定出KRTAP2-1基因,本研究以人类KRTAP2-1基因为模板,在山羊基因组中进行同源性搜索,在19号染色体上发现了一个399 bp的开放阅读框。采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法,在249只陇东山羊上检测到7条不同的序列(A-G)。进化树结果表明,这7条序列与人类和绵羊的KAP2-1序列有较高的同源性,表明该序列是山羊KRTAP2-1的7个等位基因。测序结果表明,KRTAP2-1基因中存在12个单核苷酸多态性(SNPs)(5个SNPs位于编码区,7个SNPs位于非编码区),以及c.-61_-63delCTC和c.93_95delCCG两个碱基缺失,其中c.93_95delCCG引起了第32位精氨酸的移码缺失。山羊KAP2-1蛋白含有丰富的半胱氨酸、脯氨酸、苏氨酸和丝氨酸。相关性分析表明,等位基因C的存在与较小的羊绒纤维直径相关(存在:13.4±0.05 μm;缺失:13.6±0.03 μm;P=0.010)。本研究表明,山羊KRTAP2-1基因有丰富的多态性,可作为陇东绒山羊羊绒纤维直径选育的分子标记用于生产实践。     

山羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及其序列分析

利用PCR-SSCP技术检测山羊(Caprahircus)包括西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕南白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊173个个体FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性(SNP)。结果未发现SNP位点。测序后获得山羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,并在NCBI数据库中获得GenBank登录No.DQ069909和DQ069910。通过DNA序列分析发现,FSHR基因第10外显子第120位碱基不存在C→T的转换,也不存在颠换等其它遗传变化。山羊、绵羊(OvisariesL.)和普通牛(Bostaurus)FSHR基因第10外显子序列同源性比较和聚类分析结果表明,山羊、普通牛和绵羊该部分序列的相似性最高为99.3%;在物种间比较中,绵羊和普通牛纯合子该基因外显子序列的不相似性最高为3.4%;据FSHR基因外显子序列构建的分子系统树结果显示,山羊、绵羊和普通牛物种内的个体各自聚为一类;山羊和绵羊先聚为一类,然后再与普通牛聚为一类。提示FSHR基因第10外显子的核苷酸序列适合于物种间的动物分子树的构建。     

of Goat Follicle-stimulating Hormone Receptor (FSHR) Gene

利用PCR-SSCP技术检测山羊(Capra hircus)包括西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕南白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊173个个体FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性 (SNP)。结果未发现SNP位点。测序后获得山羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列， 并在NCBI数据库中获得GenBank登录No.DQ069909和DQ069910。通过DNA序列分析发现， FSHR基因第10外显子第120位碱基不存在C→T的转换，也不存在颠换等其它遗传变化。山羊、绵羊 (Ovisaries L.) 和普通牛( Bos taurus) FSHR基因第10外显子序列同源性比较和聚类分析结果表明，山羊、普通牛和绵羊该部分序列的相似性最高为99.3%；在物种间比较中，绵羊和普通牛纯合子该基因外显子序列的不相似性最高为3.4%；据FSHR基因外显子序列构建的分子系统树结果显示，山羊、绵羊和普通牛物种内的个体各自聚为一类；山羊和绵羊先聚为一类，然后再与普通牛聚为一类。提示FSHR基因第10外显子的核苷酸序列适合于物种间的动物分子树的构建。     

山羊雌激素受体(ESR)基因部分外显子多态性分析

雌激素受体(estrogen receptor,ESR)与雌激素专一性地结合,并通过与雌激素的相互作用来调节生殖机能相关基因的表达,在动物繁殖中起着重要作用。研究采用PCR-SSCP和测序方法分析ESR基因外显子1、4在部分山羊(Capra hircus)品种中的单核苷酸多态性,并研究该基因对山羊繁殖力的影响。结果表明：ESR基因外显子1、4在所检测的济宁青山羊、波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊中均不存在多态性;山羊扩增片段核苷酸和氨基酸序列与人、牛、猪、马、绵羊、大鼠、小鼠和鸡8个物种的同源性分别为51.3%～97.3%和64.5%～98.3%;山羊ESR基因氨基酸序列存在2处特有突变,分别是外显子1第81位插入一个脯氨酸(P)和外显子4第4位由天冬氨酸突变为天冬酰胺(D4N)。哺乳动物ESR基因外显子1、4序列保守性强,该区域可能不是影响山羊高繁殖力的功能结构域。