Ghrelin基因在藏猪胃底组织中的mRNA表达

为分析Ghrelin基因在藏猪与长白猪胃底组织中mRNA的表达差异,运用实时荧光定量PCR技术,对Ghrelin基因在藏猪与长白猪胃底组织中mRNA的表达水平进行相对定量检测分析。结果显示,藏猪胃底组织中mRNA的表达量(0.495 8±0.023 1)显著低于长白猪(0.741 7±0.026 6)。说明Ghrelin基因在藏猪胃底组织中mRNA的低表达可能是藏猪生长缓慢的原因之一,这将为提高藏猪生长速度的进一步研究奠定基础。     

引入猪种与合作藏猪mtDNA D-loop的遗传多样性

测定并分析了杜洛克猪、长白猪和大白猪3个引入猪种及合作藏猪共178个个体的线粒体DNA D环(mt DNA D-loop)高变区核苷酸序列,研究引入猪种对合作藏猪遗传资源的影响.结果表明:合作藏猪核苷酸多样度和平均核苷酸差异系数均低于杜洛克猪和大白猪,仅高于长白猪,而其单倍型多样度高于3个引入猪种.单倍型分析结果表明:合作藏猪仅分布在亚洲单倍类,杜洛克猪和大白猪同时具有亚洲和欧洲两个单倍类,欧洲起源猪种没有入侵到合作藏猪母系.     

中国藏猪ESR基因PvuⅡ位点多态性分析

采用PCR-RFLPs方法,对中国藏猪ESR基因多态性进行了研究,并与太湖猪、金华猪、成华猪、内江猪、长白猪、大白猪等中外猪种的ESR基因频率、基因型频率作了对比分析。结果表明藏猪有3种ESR基因型,ESR等位基因之间的频率较其它猪种均衡,从而证明西藏猪选择压力较小,ESR基因的分布处于原始的自然状态。     

高原环境中藏猪血液生理指标测定与比较

藏猪是青藏高原特有的地方猪种.为了解其血液生理特征,本研究采用全自动血液分析仪测定6月龄藏猪和同环境中长白猪的血液常规生理指标,比较品种和性别的影响.结果表明性别对6月龄猪血液生理指标影响均不显著(P＞0.05),藏猪比长白猪具有较高的WBC、LY#、Mid#、Mid#、PLT、PEW和PCT,但RBC、HGB、HCT、MCH明显较低(P＜0.05).藏猪血液生理指标具有高海拔低氧适应特征,抗病性能好,血液生理指标与人类有一定的相似性,适合用于医学实验动物.     

基于线粒体COXⅠ基因变异探讨国内外猪种的遗传多样性及系统进化研究

基于mtDNA COXⅠ基因,探讨了6个猪种687个样本(大白猪、长白猪、杜洛克、藏猪、甘肃黑猪和八眉猪)的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系。对各猪种样本mtDNACOXⅠ基因构建混合池,并利用直接测序技术获得6个猪种COXⅠ基因的序列,采用MEGA 6.0分析软件基于Kimurk双参数模型应用邻接法构建系统发生树。结果表明,6个猪种mtDNA COXⅠ基因序列共存在21个突变位点,其中8个突变为各群体特有。长白猪与杜洛克猪的多态性较丰富,含有13个相同位点的突变,核苷酸的转换数(si)和颠换数(sv)的比值(R)分别为12和15,序列替换远未达到饱和。而藏猪、黑猪和八眉猪的多态性较贫乏。系统进化树和遗传距离分析显示,6个猪种及野猪先聚为一支而后与同属为偶蹄目的牛、羊聚为一支,3个地方猪种间遗传距离较近。外来猪种引入中国后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献,线粒体COXⅠ基因可有效区别6个猪种的亲缘关系,在一定程度上为中国地方猪品种的有效保护和合理利用提供理论依据。     

藏猪和杜藏猪生长、肉质性状及脂肪沉积相关基因的表达差异分析

【目的】明确藏猪和杜藏猪(杜洛克父本与藏猪母本杂交F₁代)的生长和胴体性状及肉质指标等表型差异,并分析背最长肌中脂肪沉积相关基因的表达差异,为藏猪种质资源利用及猪脂肪沉积规律研究提供参考依据。【方法】以藏猪和杜藏猪为研究对象,分别测定其体长、体高和胸围等生长性状,屠宰率、背膘厚及眼肌面积等胴体性状,以及pH、肉色、蒸煮损失及肌内脂肪含量等肉质指标;并通过荧光实时定量PCR检测脂肪沉积相关基因在2种猪背最长肌中的表达情况。【结果】杜藏猪的左胴体重、右胴体重、屠宰前重、胴体长、体长、体高、管围和胸围均高于藏猪,且差异显著(P<0.05,下同),眼肌面积(33.00±3.84 cm2)也显著大于藏猪(16.83±1.81 cm2),背膘厚(13.15±2.48 mm)则显著低于藏猪(22.83±2.80 mm),藏猪与杜藏猪的皮厚、腹围和屠宰率无显著差异(P>0.05,下同);杜藏猪肌肉的pH-24 h、熟肉率、剪切力和含水率显著高于藏猪肌肉,而杜藏猪肉色的a-24 h值(10.30±1.06)和肌内脂肪含量[(2.48±1.44)%]显著低于藏猪。除GHR基因外,其他脂肪沉积相关基因的相对表达量均表现为杜藏猪低于藏猪,其中,ADIPOQ基因和FASN基因的相对表达量显著低于藏猪,IGF1基因、TNFa基因和Leptin基因的相对表达量极显著低于藏猪(P<0.01)。相关分析结果显示,GHR基因相对表达量与杜藏猪肌内脂肪含量呈显著正相关,FASN基因相对表达量与藏猪肌内脂肪含量呈显著正相关,IGF1基因相对表达量与藏猪背膘呈显著负相关。【结论】杜藏猪的肉质性状与藏猪相似,但杜藏猪具有更佳的生长性能,说明以杜洛克为父本与藏猪母本杂交得到的杜藏猪具有更优的生产效率。藏猪和杜藏猪的肌内脂肪含量差异与脂肪沉积相关基因的表达差异有关,即猪的肌内脂肪含量受多种脂肪沉积相关基因调控。     

基于全基因组重测序分析藏猪骨骼肌发育相关基因

为从全基因组水平探索影响藏猪骨骼肌发育的遗传变异，本研究对5头迪庆藏猪进行全基因组重测序，并合并NCBI数据库中来自3个省的藏猪、与藏猪同样小体型及生长慢的巴马香猪、及体型大且生长快速的杜洛克和大白猪共70个猪只的全基因组重测序数据进行整合分析，获得全基因组SNP后结合选择信号检测与等位基因频率(AF)分析鉴定藏猪-香猪与杜洛克-大白猪的遗传差异；利用GO和KEGG功能富集分析藏猪骨骼肌转录组与蛋白组相关基因。结果发现:1)2 211个基因在藏猪-香猪与杜洛克-大白猪2个比较组中存在遗传差异，138个基因富集到骨骼肌发育相关的GO功能集及KEGG通路；2)9个基因(UCHL3、POSTN、COL12A1、PGK1、JPH1、GPT2、RBFOX1、FLNB和DCX)已报道参与藏猪60 d胚胎背最长肌发育调控，1个(CKM)参与6月龄藏猪背最长肌发育调控；3)10个基因共包含936个SNP，其中655个SNP位于基因间区，255个是内含子变异，少量SNP是外显子及调控区变异。本研究从全基因组水平鉴定了与藏猪骨骼肌发育相关基因及其遗传变异，为以后持续深入解析藏猪骨骼肌发育的遗传机制提供参考。     

藏猪IGF I基因外显子4和IGF II基因内含子7 PCR-RFLP分析

藏猪为我国高原特色的原始小型猪种,其生长发育速度缓慢.本研究采用PCR-RFLP技术检测藏猪IGF I基因外显子4和IGF II基因内含子7酶切多态性.结果发现藏猪IGF I基因exon4-PCR-Hha I-RFLP出现AA、AB和BB 3种基因型,AA基因型频率较高,为66.07%;等位基因A和B频率分别为80.36%和19.34%.藏猪IGF II基因intron7-G162C位点全部为GG基因型,intron7-C179G位点全部为CC基因型.藏猪这2个基因的基因型分布与国内外其他猪种表现差异,这可能与其生长速度慢有关.     

藏猪和大约克猪FABP3基因多态性及差异表达分析

【目的】脂肪酸结合蛋白3(FABP3)参与长链脂肪酸的摄取及利用，在脂肪沉积中发挥重要作用。探究FABP3基因在藏猪和大约克猪间的基因多态性和表达差异可为藏猪品质改良提供分子机制参考。【方法】选取180日龄藏猪和大约克猪为研究对象，对两猪种FABP3基因5’侧翼区和CDS区进行单核苷酸多态性（SNPs）筛选，使用实时荧光定量检测FABP3基因在肝脏、背最长肌和背脂3个组织中的表达量。【结果】在FABP3基因5’侧翼区筛选到T-114C和C-635A等2个SNPs位点，且SNPs位点基因型频率在藏猪与大约克猪群体间均呈极显著差异（P <0.01）；经转录因子预测发现这2个SNPs位点与前脂肪细胞的更新、分化以及脂肪沉积相关，推测这两个多态性位点是参与调控FABP3基因表达的重要功能位点。FABP3基因在藏猪肝脏、背最长肌中的表达量极显著高于大约克猪（P<0.01），在背脂中的表达量显著高于大约克猪（P <0.05）。【结论】推测FABP3基因可能为调控藏猪脂肪代谢的重要候选基因，在藏猪脂肪沉积中呈正向调控作用。     

藏猪FABPs基因PCR-RFLP多样性研究

采用PCR-RFLP技术检测藏猪H-FABP和A-FABP基因遗传多态性。结果发现藏猪H-FABP-HinfⅠ酶切出现3种基因型,其中基因型HH频率最高,为63.39%;A-FABP-BsmⅠ酶切出现3种基因型,其中基因型AA频率最高,为55.36%;上述基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。藏猪这2个基因均呈多态分布,与高IMF含量相关的基因型频率较高,这可能与藏猪优良的肉质有关系。     

猪精子黏合分子1（SPAM1）基因新SNPs的鉴别及其在12个中外猪中的遗传变异研究

精子黏合分子1 (SPAM1)是一种在受精过程中起重要作用的精子抗原,以10 个中外猪种的20个无遗传相关公猪个体的基因组DNA为模板,扩增猪SPAM1基因的部分第二外显子和第三内含子2 个DNA片段,经PCR产物直接测序并作序列比较分析后在外显子2和内含子3上分别鉴别到1个新的单核苷酸多态(SNPs)位点,其中外显子2上的T>A碱基颠换(M191T-A)可导致其编码的苯丙氨酸突变为酪氨酸.SMART软件分析显示M191T-A处在SPAM1蛋白糖基水解酶保守域的编码区.建立PCR- TasI -RFLP方法检测了4个西方商业猪种以及8 个中国地方猪种791个个体在M191T-A位点的遗传变异情况,结果在八眉猪、莱芜黑猪、米林藏猪、杭猪、剑河白香猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪中检测到突变型等位基因A;而在二花脸猪、民猪、五指山猪和皮特兰猪中仅存在TT基因型,表现为极端的单态分布.     

藏猪肺组织与高原低氧适应性的初步研究

利用光镜和计算机图像分析系统观察了6月龄藏猪和三元杂交(长白×约克×杜洛克)生长肥育猪(简称白猪)的肺组织结构和肺动脉血管结构特性,并就藏猪的肺组织结构特点与高原低氧适应性进行了探讨。结果表明:(1)藏猪与白猪单位面积肺泡数(MAN)差异不显著(P>0.05),但藏猪肺泡膈厚度(MAST)明显大于白猪,差异显著(P<0.05),肺泡膈内毛细血管丰富;(2)藏猪的肺动脉大多为肌性动脉和弹性动脉,白猪的大多为部分肌性动脉,弹性动脉仅占23.1%;(3)藏猪肺动脉管径小、管壁厚,肺动脉中膜基层占血管外径的百分率(MT)高。由此可见,藏猪的肺动脉平滑肌含量丰富,该结果可为藏猪和引进外来猪种对高原低氧适应性结构机理和解决平原地区的动物引进高原并适应高海拔的低氧环境及保持正常的生产能力提供理论依据。     

广西巴马小型猪与长白猪的BMP2和FGFR3基因序列及表达差异分析

【目的】明确广西巴马小型猪与长白猪的BMP2和FGFR3基因序列及表达差异,为进一步阐明大型猪与小型猪的体型形成机制提供理论依据。【方法】以1日龄的广西巴马小型猪和长白猪为研究对象,采集其四肢骨生长板软骨组织提取总RNA,反转录合成cDNA后用于扩增BMP2和FGFR3基因的编码区（CDS）序列,采用PCR-RFLP检测FGFR3基因SNP位点多态性,并通过实时荧光定量PCR分析BMP2和FGFR3基因在1日龄广西巴马小型猪和1日龄长白猪生长板软骨组织中的表达差异。【结果】1日龄广西巴马小型猪与1日龄长白猪的体型差异明显,其体重、体长和体高的差异均达极显著水平（P<0.01,下同）,股骨长的差异达显著水平（P<0.05,下同）。广西巴马小型猪和长白猪的BMP2基因CDS序列全长1188 bp,且2个品种猪的CDS序列完全一致;广西巴马小型猪和长白猪的FGFR3基因CDS序列全长808 bp,与NCBI已公布的FGFR3基因序列（XM_005666479.1）比对发现存在8个碱基突变位点及1个碱基缺失位点。广西巴马小型猪和长白猪共有5个错义突变位点,分别为A124G、C190G、A204C、C205A和C245T,另外3个突变位点是广西巴马小型猪A438G和C549T的同义突变及长白猪A752C的错义突变;碱基缺失位点为长白猪第328~330个碱基（GCA）缺失。FGFR3基因A2374G和C2620T位点的基因型及基因频率在广西巴马小型猪与长白猪间的分布差异极显著,对应的等位基因分布均不符合Hardy-Weinberg平衡,且2个基因座均处于连锁平衡状态。1日龄广西巴马小型猪生长板软骨组织中的BMP2基因相对表达量显著低于1日龄长白猪,而FGFR3基因相对表达量极显著高于1日龄长白猪。【结论】BMP2和FGFR3基因在猪的软骨和骨骼形成方面具有重要意义,其中,BMP2基因对猪骨发育起促进作用,而FGFR3基因对猪骨发育起抑制作用。广西巴马小型猪体型矮小与FGFR3基因高表达及BMP2基因低表达存在直接关联。     

FSH-β和PRLR基因多态性对长白猪繁殖性能的影响

[目的]调查麟和FSH-β基因与长白猪繁殖性状的关系。[方法]采用PCR—RFLP技术分析了长白猪FSH-β基因和PRLR基因的多态性及其与繁殖性状的相关性。[结果]FSH-β基因3个基因型从、AB、BB在长白猪中的频率分别为0．035、0．075、0．890;PRLR基因3个基因型AA、AB、BB在长白猪中的频率分别为0．154、0．585、0．251。FSH-β基因对长白母猪的各项繁殖性状影响不显著;PRLR基因对长白母猪的总产仔数、产活仔数、初生窝重和断奶窝重影响显著,并呈现出AB〉AA〉BB的趋势。[结论]该研究为PRLR和FSH-β2个基因的应用提供基础数据。     

猪IGF-I基因SNP位点与生长性能的相关分析

【目的】分析猪胰岛素样生长因子I（IGF-I）基因SNP位点与生长性能的相关性,为后期猪的品种选育提供理论依据。【方法】采用PCR-RFLP对长白猪、环江香猪、广西巴马小型猪及长×巴F1代、F2代杂交猪的IGF-I基因SNP位点（rs322131043）进行分型,统计不同猪种该位点的基因型频率和等位基因频率,并分析长×巴F2代杂交猪的基因型频率与其生长性能的相关性。【结果】IGF-I基因SNP位点在广西巴马小型猪中以AA型为优势基因型,长白猪中以GG为优势基因型,其中A基因频率在广西巴马小型猪、环江香猪、长白猪3个品种中依次降低。不同基因型的长×巴F2代杂交猪中,基因杂合（AG）型猪的体重、体长、胸围、体高平均值在各日龄基本上都比基因纯合（AA/GG）型的低。【结论】猪IGF-I基因SNP位点与其生长性能密切相关,但该位点是否可应用于品种选育仍需进一步验证。     

民猪细胞色素C氧化酶Ⅰ基因的克隆、多态性检测及冷诱导研究

采用克隆测序和PCR- SSCP方法对民猪COX Ⅰ基因序列及多态性进行了检测与分析,采用实时荧光定量PCR法对同一饲养水平下经冷诱导处理的民猪和长白猪肌肉、肝脏组织中COX Ⅰ基因的表达变化进行分析.结果表明:民猪的COX Ⅰ基因序列与其他猪种相比,存在18个核苷酸突变,导致5个氨基酸发生变化;C260T、G275A和C1253T位点民猪以B等位基因占优势,大白猪、长白猪、北京黑猪、野猪则是A等位基因占优势;冷诱导后低温组民猪COX Ⅰ基因的表达量与常温组民猪和低温组长白猪相比,均显著下降(P＜0.05).据此推测冷诱导可导致COX Ⅰ基因表达量降低从而产生更多的ATP为机体提供能量抵御寒冷,COX Ⅰ基因可能是一个与猪的抗寒性显著相关的候选基因.     

猪肿瘤坏死因子α基因5'侧翼区域多态性分析

利用直接测序法研究猪肿瘤坏死因子α(Tumor necrosis factor,TNF-α)基因5'侧翼区域多态性,并作多态位点与仔猪腹泻和生长性状关联分析。发现在TNF-α基因5'侧翼区域存在6个SNPs位点,建立针对SNP:-1048T/C和SNP:-1016A/G的Hha ⅠPCR-RFLP和Taq Ⅰ PCR-RFLP分型技术。Hha ⅠPCR-RFLP研究发现,在民猪群体中存在TC和CC两种基因型,在长白猪群体中存在TT、TC和CC三种基因型。Taq Ⅰ PCR-RFLP研究发现,在民猪和长白猪群体中仅存在AG和GG两种基因型。性状关联分析结果表明,TC比CC基因型民猪具有较高的35日龄断奶重(P0.05)和日增重(P0.05);TT基因型长白猪腹泻指数高于TC基因型个体(P=0.06)和CC个体(P=0.06);TT基因型长白猪出生重显著高于TC和CC基因型长白猪(P0.05)。结果表明,猪TNF-α基因对仔猪腹泻和生长性状有一定影响,但HhaⅠ位点能否作为新遗传标记有待进一步研究。     

北京地区种猪氟烷基因分布的初步研究（摘要）

[目的]了解北京地区种猪群氟烷基因（Haln）的分布状况。[方法]采用PCR-RFLP对北京地区公猪站、种猪场共计609头种猪进行氟烷基因检测。[结果]公猪站大白猪、长白猪、杜洛克、皮特兰的Haln基因频率分别为0、17.11%、5.56%和18.75%;种猪场大白猪、长白猪、杜洛克的Haln基因频率分别为4.52%、11.68%和23.33%。[结论]该研究结果为合理利用氟烷基因提供依据。     

北京地区种猪氟烷基因分布的研究

[目的]了解北京地区种猪群氟烷基因（Haln）的分布状况。[方法]采用PCR-RFLP对北京地区公猪站、种猪场共计609头种猪进行氟烷基因检测。[结果]公猪站大白猪、长白猪、杜洛克、皮特兰的Haln基因频率分别为0、17.11%、5.56%和18.75%;种猪场大白猪、长白猪、杜洛克的Haln基因频率分别为4.52%、11.68%和23.33%。[结论]该研究结果为合理利用氟烷基因提供依据。     

仔猪外周血中内参基因的筛选及细胞因子和受体的表达水平

【目的】中国地方猪种在抗病性和免疫力方面优于国外猪种,但是对中外猪种抗病力差异的遗传基础和免疫机理却了解甚少。有推测不同品种猪对疾病的抵抗力不同可能在细胞因子和受体的表达水平上有所反映。本研究以抗病力强的大蒲莲和抗病力相对较弱的长白猪的断奶仔猪为研究对象,对6个具有重要功能的细胞因子（促炎症细胞因子（IL8和TNFα）,抗炎症细胞因子（IL10）,干扰素调节因子（IRF3）和干扰素（IFNA 和IFNG））和1个最具代表性的模式识别受体（TLR4）基因在大蒲莲和长白仔猪群体外周血液中的基因表达量进行检测,并对各基因进行品种和母猪效应分析,为了解中外不同猪种的免疫水平奠定基础。【方法】采集大蒲莲（104头）和长白（171头）35日龄仔猪的外周血,提取总RNA,逆转录为cDNA后,利用荧光定量PCR法,首先对6个常用的候选内参基因（ACTB、GAPDH、B2M、TBP、RPL4和PPIA）利用geNorm 软件进行稳定性评价分析,筛选仔猪外周血RNA基因定量分析中稳定表达的内参基因,然后利用该内参基因进行校正,对上述细胞因子和模式识别受体基因在大蒲莲和长白仔猪群体外周血中的表达量进行定量,并利用最小二乘法对细胞因子和受体在大蒲莲和长白仔猪群体中的表达量进行品种和母猪效应分析。【结果】研究结果归纳为4个方面： 1.外周血样品中内参基因稳定性值M 从大到小依次为：ACTB（0.595）＞GAPDH（0.571）＞PPIA（0.469）＞RPL4（0.466）＞TBP（0.461）＞B2M（0.440）,选择表达稳定性最高的基因B2M作为内参基因对细胞因子和受体基因的表达量进行校正。2.检测的6个细胞因子的基因表达量存在很大的差异,各细胞因子基因表达量ΔCt最大值和最小值之间差值分别为9.23-14.25和5.83-8.73;受体TLR4的ΔCt值的最大和最小值之间相差相对较小,大蒲莲和长白仔猪分别为5.03和3.82。3.大蒲莲和长白两品种间相比较,细胞因子在长白猪群体中的表达量平均值均高于大蒲莲群体,而受体TLR4的基因表达量在长白猪群体中的表达量低于大蒲莲群体;而且,大蒲莲群体内个体间细胞因子和受体表达量变异系数（平均31.43%）要大于长白群体（平均19.10%）,这与大蒲莲选育程度低,群体内个体间的差异程度要大相一致。4. 品种效应分析表明除IL10外,其他6个目的基因的ΔCt值品种间差异达显著（P＜0.05）或极显著（P＜0.01）水平。母猪效应分析表明母猪对各细胞因子和受体的影响均达到了极显著水平（P＜0.01）。【结论】成功筛选了外周血基因表达分析中稳定表达的内参基因（B2M）,对常规饲养管理下大蒲莲和长白仔猪外周血中的主要细胞因子和受体基因的表达进行群体水平分析。本研究结果为了解中外不同猪种的种质特性和抗病品种的选育提供了基础数据。