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1.
为了同时检测引起猪只腹泻的猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪丁型冠状病毒(Porcine deltacoronavirus, PDCoV)和猪急性腹泻冠状病毒(Swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)这三种主要肠道冠状病毒,试验设计3对特异性引物,建立PEDV、PDCoV和SADS-CoV的三重RT-PCR方法,同时进行特异性、敏感性、重复性试验,并检测临床样品对方法进行验证。结果表明:采用建立的三重RT-PCR方法对PEDV、PDCoV和SADS-CoV进行扩增,分别扩增出大小约为486 bp、329 bp和628 bp的特异性片段;该方法对猪瘟病毒、猪传染性肠胃炎病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒不能扩增出任何片段,特异性好;对PDCoV、PEDV和SADS-CoV的最低检测量分别为1×10~6,1×10~3,1×10~4 copies/μL,具有较好的敏感性;在196份临床样品中,PEDV的阳性检出率为13.27%,PDCoV为12.24%,SADS-CoV为0,同时多重RT-PCR与单项RT-PCR检测方法的符合率均为100%。说明建立的三重RT-PCR方法能够同时特异敏感、高效廉价检测出猪群中PDCoV、PEDV及SADS-CoV这三种肠道冠状病毒,具有快速、便捷和经济的特性,可用于临床大规模流行病学调查和诊断。  相似文献   

2.
猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine Acute Diarrhea Syndrome Coronavirus,SADS-CoV)是2017年在我国广东首次发现的一种可导致新生仔猪急性水样腹泻及死亡的新型冠状病毒。为调查2018年江西及福建猪群中该病毒的感染情况,试验建立了一种SADS-CoV套式RT-PCR检测方法,并调查2018年江西及福建腹泻猪只样本中SADS-CoV的流行情况。根据GenBank数据库中SADS-CoV GDS04毒株(登录号MF167434)的核衣壳蛋白(N)基因核酸序列,设计了两对特异性套式引物。以猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒等病毒的基因组为模板检测引物的特异性。通过优化反应条件建立了检测SADS-CoV的套式PCR方法,用建立的套式PCR方法对2018年从江西和福建两省8个猪场采集的492份腹泻样品进行检测。应用设计的两对套式引物扩增出了650 bp和291 bp两个特异性片段。试验建立的套式PCR检测方法特异性好,只能扩增SADS-CoV,其最低检测限度为102拷贝/μL。利用所建立的方法对来自江西和福建省的492份腹泻猪临床样品进行检测,从福建猪群样品中检出了2份SADS-CoV感染,未从江西临床样品中检出SADS-CoV。试验将为SADS-CoV的临床检测提供一种套式PCR检测方法,结果表明该病毒在福建猪群而未在江西腹泻猪群中流行,将对SADS-CoV的临床诊断等具有应用价值。  相似文献   

3.
为建立一种快速、灵敏、方便的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)早期诊断方法,本研究针对PEDV的M基因片段设计了4条引物,对反应体系的时间、温度进行了优化,对试验的特异性和敏感性进行了评估,初步建立了逆转录环介导恒温扩增技术(RT-LAMP)。结果表明,建立的PEDV RT-LAMP方法在65℃恒温下扩增60min,可通过琼脂糖凝胶电泳或SYBR Green I染料肉眼判断结果,灵敏性较普通RT-PCR高100倍。该方法与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)等无交叉反应,具有良好的特异性。采用该RT-LAMP对100份临床疑似发病粪便拭子、小肠组织、初乳样本进行检测,结果较RT-PCR更灵敏。因此,本研究初步建立了可用于临床PEDV检测的RT-LAMP检测方法,为PEDV的临床快速诊断和综合防控提供了一种新的手段。  相似文献   

4.
为建立非洲马瘟病毒(AHSV)可视化RT-LAMP检测方法,本研究根据AHSV外衣壳蛋白(VP7)基因保守序列设计2对特异性引物,通过反应条件优化建立了AHSV可视化RT-LAMP检测方法。结果显示,本实验所建立RT-LAMP方法的最佳反应条件为62℃1 h;利用该方法检测进口灭活冻干疫苗中的9个血清型AHSV以及马流感病毒、马传贫病毒、马动脉炎病毒和蓝舌病病毒的RNA,结果显示所有血清型AHSV RNA检测均为阳性,其它病毒RNA检测为阴性,该方法特异性较强;该方法最低可检测到3.2×10~(-9)ng/μL的RNA,敏感性是普通RT-PCR方法的1 000倍。利用建立的RT-LAMP方法和普通RT-PCR方法对35份马血和5份驴血样品同时进行检测,结果显示二者阳性和阴性符合率均为100%。本研究在国内外首次建立了AHSV 9种血清型的可视化RT-LAMP检测方法,其具有特异性强、敏感性高、快速和高通量检测的优点,为非洲马瘟(AHS)快速的可视化现场诊断提供可行方法。  相似文献   

5.
已知感染猪群的冠状病毒有猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)、猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)、猪呼吸道冠状病毒(PRCV)、猪血凝性脑脊髓炎病毒(PHEV);本研究拟建立针对这6种病毒的通用荧光定量PCR检测方法。依据NCBI公布的这6种猪冠状病毒序列,利用MEGA软件进行全基因序列比对,通过分析在ORF1b中找到1段长为196 bp的保守序列,设计兼并引物,建立了用于检测猪冠状病毒的通用荧光定量PCR检测方法;结果显示,该检测方法能扩增出6种猪冠状病毒,对PDCoV、PRCV、PHEV、SADS-CoV、TGEV的灵敏性均可达到101拷贝/μL,对PEDV的灵敏性可达到100拷贝/μL;与CSFV、PRRSV、PPV、PCV、PRV无交叉反应,特异性良好;组内和组间变异系数均小于2.2%,重复性良好。利用建立的检测方法对62份病料进行检测,检测出27份样品呈现猪冠状病毒阳性,而利用普通RT-PCR方法共检测出24份阳性样品。选择2份猪冠状病毒阳性样品进行克隆测序,在NCB...  相似文献   

6.
猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型RT-LAMP检测方法建立   总被引:1,自引:0,他引:1  
本研究针对猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型ORF6基因的6个区域,利用2对引物建立检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的RT-LAMP快速检测方法,该方法具有高灵敏度,高特异性的优点,在2小时左右即可得出结果,其灵敏度与PRRSV荧光RT-PCR检测方法相近,高于普通RT-PCR检测方法。将灭活的猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型培养物作10倍系列稀释,结果显示建立的荧光RT-PCR的检测极限可达10-7,RT-PCR检测方法的检测极限为10-5,RT-LAMP检测方法达到10-8,表明建立的RT-LAMP检测方法非常灵敏,可用于检测猪组织样本中的美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒。  相似文献   

7.
为建立一种鉴定猪急性腹泻综合征病毒(SADS-CoV)的RT-PCR方法,根据NCBI登录的SADS-CoV N基因保守区域序列,设计了3对引物(P1、P2和P3),通过对SADS-CoV及其他6种病毒进行检测,筛选出最合适的引物,然后对退火温度、引物浓度、dNTPs浓度、rTaq DNA聚合酶浓度和循环次数等反应条件进行了优化。结果显示,P3引物对SADS-CoV特异性最好,与其他病毒无交叉反应。敏感性试验显示,该方法最低检测限可达9.55×102 copies/μL;重复性试验显示该方法重复性良好。运用建立的RT-PCR方法,对广东省的21份临床样品进行检测,结果检出SADS-CoV阳性样品4份,阳性样品的测序结果与其RT-PCR完全一致。结果表明,本研究成功建立了一种鉴定SADS-CoV的RT-PCR方法,且该方法具有检测快速、成本廉价、特异性强、敏感性高和重复性好的优点,可以用于SADS-CoV的临床诊断。  相似文献   

8.
为了建立一种针对猪水泡病毒(SVDV)的反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP),用于减少猪水泡病与口蹄疫因临床症状相似而造成的误诊,试验针对SVDV VP1基因序列设计4个LAMP引物,其中外侧引物用于SVDV PCR检测,并利用RT-LAMP和RT-PCR方法进行敏感性试验、特异性试验以及临床样品检测。结果表明:针对SVDV的RT-LAMP检测方法的敏感性是RT-PCR的10倍; RT-LAMP方法的特异性良好,与口蹄疫病毒无交叉反应;两种方法对临床样品检测的符合率为100%。说明试验建立的RT-LAMP方法具有敏感性高、特异性强、快速等特点,适合实验室和临床对SVDV的快速诊断。  相似文献   

9.
为了解四川地区猪环曲病毒(PToV)的发病状况,针对PToV的保守区域S基因设计了一对特异性引物,建立检测PToV的RT-PCR方法,并对其敏感性、特异性和重复性进行了检测。结果显示,仅猪环曲病毒阳性模板可扩增得到约569bp大小的目的条带。敏感性试验显示,该方法能检测到的最低核酸含量为15pg。对采集于12个猪场27个腹泻样本和29个临床健康的样品进行了检测。结果显示,腹泻样本中检出率为33.3%(9/27),而在健康样本中检出率为6.9%(2/29)。以上结果表明本研究成功建立了一种敏感度高、特异性强、重复性良好的用于PToV的RT-PCR方法。  相似文献   

10.
为快速鉴别检测猪冠状病毒,使用一步法试剂,对猪δ冠状病毒、猪肠道α冠状病毒、猪传染性胃肠炎病毒以及猪流行性腹泻病毒的检测方法进行优化,建立了同时检测上述4种病毒的“一步法”多重荧光RTPCR。随后对该方法的特异性、敏感性、重复性进行评估,并将其用于厦门市规模猪场上述4种腹泻病毒感染的流行病学调查。结果显示:该方法的敏感性高,对上述4种病毒阳性质粒的最低检出限均可达101 copies/μL;特异性好,对4种病毒的单一及混合模板进行检测时,均可在相应荧光通道中获得良好的扩增曲线,而对其他病毒和细菌无扩增信号;重复性好,批间试验变异系数小于1.1%。使用该方法对从厦门市53家猪场采集的265份腹泻样品进行检测,4 h即可完成全部检测,猪δ冠状病毒和猪流行性腹泻病毒的场阳性率分别为18.87%和5.66%,未检出猪肠道α冠状病毒和猪传染性胃肠炎病毒。结果表明,本研究建立的方法敏感性高,特异性及重复性好,操作简便、耗时短,适用于临床大批量样本的检测,可为防控猪腹泻疾病提供有力的技术支持。  相似文献   

11.
猪丁型冠状病毒(PDCoV)与猪流行性腹泻病毒(PEDV)均为致病性冠状病毒,可以引起猪呕吐、腹泻脱水和新生仔猪死亡。为了建立一种快速检测PDCoV和PEDV的双重SYBR Green I荧光定量RT-PCR方法,根据GenBank登录的2种病毒基因的保守序列,设计了两对特异性引物,分别扩增其N、M基因保守区,并将其克隆至pMD19-T载体;将10倍梯度稀释的混合重组质粒作为标准品模板,建立了一种检测PDCoV和PEDV的双重的SYBR Green I荧光定量RT-PCR方法,并对其反应的敏感度、特异性和重复性进行了检测。结果表明,本试验所建立的双重荧光定量RT-PCR检测方法对PDCoV和PEDV的最低检测量分别为51和32拷贝·μL-1,且与PBoV、TGEV、PRV、PCV2无交叉反应,特异性较好;对2016年至2017年在河北省收集的130份仔猪腹泻样本检测,结果显示,PDCoV的检出率为16.9%,PEDV的检出率为66.2%,二者同时感染的检出率为2.3%,与普通RT-PCR检测方法相比,敏感性更高。本研究为PDCoV和PEDV的诊断及分子流行病学调查提供了一种快速、定量检测方法。  相似文献   

12.
为建立一种快速、敏感的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)检测方法,试验据GenBank中PEDV基因组序列,设计并合成针对M基因的内、外2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了检测PEDV的巢式RT-PCR方法。结果显示,单一使用外引物或内引物进行常规RT-PCR时检测限量均为50 pg PEDV RNA模板,而使用巢式RT-PCR可检测到50 fg PEDV RNA模板。使用该方法对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒及猪瘟病毒的扩增结果均为阴性。结果表明,建立的巢式RT-PCR方法特异性、敏感性好,可快速准确地检测出样本中微量PEDV核酸。  相似文献   

13.
为了建立快速高效鉴别猪流行性腹泻病毒(PEDV)经典株与变异株的检测方法,本研究参照GenBank中PEDV经典株CV777和变异株CH-HB1-2018的S基因序列,设计了3条特异性引物,并以纳米金颗粒作为热导介子,通过优化PCR反应条件,建立了能够区分PEDV经典株和变异株的双重纳米RT-PCR检测方法。利用该方法同时检测PEDV经典株和变异株、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型和3型(PCV2和PCV3)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪德尔塔冠状病毒(PDCoV),结果显示,该方法能特异性鉴别PEDV经典株(747 bp)和变异株(442 bp),且与其他病原均无交叉反应,特异性较强;将重组质粒标准品10倍倍比稀释后分别利用该方法和普通RT-PCR同时检测,结果显示,本研究建立的双重纳米RT-PCR方法能检测出经典株CV777和变异株CH-HB1-2018重组质粒标准品的下限分别为5.68×10~2拷贝/μL和4.93×10~2拷贝/μL,其敏感性较普通RTPCR的敏感性高100倍。利用本研究建立的方法对不同地区采集的阳性病料提取基因组后分别于同一时间和不同时间进行检测,结果显示该方法稳定性和重复性良好。利用该双重纳米RT-PCR方法对34份采集自河北省腹泻仔猪的样品进行检测,结果显示与普通RT-PCR检测结果符合率为97.1%,且PEDV变异株的阳性率高于PEDV经典株。本研究建立的双重纳米RT-PCR方法为PEDV病原鉴别检测及流行病学调查提供了可行的技术手段。  相似文献   

14.
为建立一种适用于现场快速检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的环介导等温扩增(LAMP)检测方法,针对猪流行性腹泻病毒(PEDV)的M基因编码区序列,分别设计合成3组引物,通过对引物的筛选和反应条件优化,建立了PEDV RT-LAMP可视化快速检测方法。灵敏度和特异性试验结果显示,本方法在65℃45 min对PEDV的检测灵敏度为2 copies/μL,与猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒均无交叉反应。利用该方法对30份送检的临床样品进行检测,检出阳性样品8份,与荧光定量RT-PCR检测结果一致。试验表明,所建立的RT-LAMP检测方法具有特异性好、灵敏度高、快速、结果可视、设备适用范围广等优点,适用于PEDV现场快速检测。  相似文献   

15.
为建立快速、灵敏且特异的检测猪急性腹泻综合征冠状病毒(swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)检测方法,本试验扩增SADS-CoV N基因保守区域将其克隆至pMD18-T载体。所构建的重组质粒pMD18-T-SADS-qN作为阳性质粒标准品,以其为模板建立一种SYBR Green荧光定量PCR检测方法。结果显示,所建立方法在3.31×101~3.31×107拷贝·μL-1模板量时,呈良好的线性关系,相关系数(R2)为0.997,斜率为-3.318。该方法特异性检测SADS-CoV;而猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)检测结果均为阴性。所构建的标准品检测灵敏度下限可以达到3.31×101拷贝·μL-1,组内和组间变异系数均小于1%,表明其具有良好的灵敏性和重复性。用该方法检测SADS-CoV感染IPI-2I和IPEC-J2细胞后不同时间点和不同接毒剂量的复制情况,结果显示,SADS-CoV感染细胞后2 h病毒含量较低,在12~36 h病毒含量迅速增长,36 h后增长速度减缓且病毒含量维持在较高水平。分别用0、0.1、1 MOI SADS-CoV感染细胞结果显示病毒的mRAN转录水平呈现剂量依赖性增加,当MOI为1时,IPI-2I和IPEC-J2细胞病毒含量分别为106.7、105.3拷贝·mL-1。进一步利用所建立的方法对经口服攻毒SADS-CoV仔猪的临床样本进行检测,结果发现病毒在空肠回肠含量较高,表明病毒主要定殖于空肠和回肠。综上表明,本研究建立SYBR Green荧光定量PCR检测方法能灵敏特异地检测SADS-CoV,为SADS-CoV的诊断和病毒相关基础研究提供可靠的检测手段。  相似文献   

16.
为建立检测盖他病毒(GETV)的敏感、特异且快速的方法,本研究根据GETV E1基因的保守区域设计引物,通过反应条件的优化,建立了快速检测GETV的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR方法。利用该方法对GETV以及临床猪常见病毒(PRRSV、PCV2、PRV、JEV、PTV、PSV)进行检测,结果显示该方法仅对GETV检测为阳性,而对其他病原均无特异性扩增,特异性强;以10倍倍比稀释后的质粒标准品pMD19-CETV为模板,采用该方法进行敏感性检测,结果显示本实验建立的该方法最低检测下限为6.87拷贝/μL,是常规RT-PCR方法的10倍,敏感性高;以不同稀释度的质粒标准品作为模板进行组内和组间的重复性试验,结果显示该方法组内和组间变异系数均小于1.5%,重复性好。利用该方法对35份临床流产死胎的猪脑组织样品进行检测,结果显示所有样品均未检出GETV,与普通RT-PCR方法检测结果一致。本研究首次建立的GETV SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的特点,可应用于对GETV的检测。  相似文献   

17.
以鸡传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus,IBV)的N基因保守区域设计4条引物,通过优化反应条件,建立了检测IBV的逆转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP),并进行了特异性试验、敏感性试验及临床样本检测。结果显示,建立的RT-LAMP方法对IBV参考株扩增产物的电泳呈特征性梯状条带,而新城疫病毒(NDV)、禽流感病毒(AIV)、马立克病病毒(MDV)、传染性囊病病毒(IBDV)等的扩增产物电泳后均无扩增条带。该方法最低能检出0.19 pg的IBV cDNA模板,敏感性比常规RT-PCR方法高1 000倍。用该方法检测了6份临床疑似IB临床病料,检出率为100%(6/6),与常规RT-PCR的符合率为100%。60 min反应结束后,离心可以看到白色沉淀物,简单直观,适用于基层实验室快速准确诊断。  相似文献   

18.
为了建立传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法,用于快速检测传染性法氏囊病,从而评估禽类动物健康情况,试验针对传染性法氏囊病病毒VP3序列设计引物,优化反应时间、温度、体系等获取最佳反应参数,对建立的传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法的灵敏度、颜色变化、特异性进行研究并应用该方法检测临床疑似病料。结果表明:传染性法氏囊病病毒在60℃75 min和80℃10 min条件下目标核酸区段大量扩增,以此条件成功建立针对鸡传染性法氏囊病病毒的RTLAMP检测方法;在模板浓度为994.9 ng/μL并进行10倍稀释的情况下,所建立的RT-LAMP检测方法具有极高的灵敏性,可以检测到99.49 fg/μL的样品,比RT-PCR方法的灵敏度高100倍左右;在RT-LAMP的检测结果中加入Gene Finder可使阳性结果变为绿色;该方法只有鸡传染性法氏囊病病毒发生反应,表现出良好的特异性;在临床疑似病料检测中,RT-LAMP检测方法的检出率高达93.75%,比RT-PCR检测方法高25.00%。说明试验建立的传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法具有简便、灵敏、快速、强异性高等优点,可用于临床鸡传染性法氏囊病病毒的快速检测。  相似文献   

19.
为建立一种快速、灵敏、简便的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)早期检测方法,本研究利用逆转录环介导恒温扩增技术(RT-LAMP),针对PRRSV的ORF5基因片段设计了4条引物,利用Bst DNA聚合酶在65 ℃恒温条件下进行逆转录扩增,通过1.0%琼脂糖凝胶电泳和加入SYBR Green Ⅰ染料肉眼判断结果,建立了PRRSV RT-LAMP检测方法。结果表明,该检测方法具有良好的特异性,与其他常见病毒如猪瘟病毒、猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒等无交叉反应,较普通RT-PCR灵敏性高100倍。采用RT-LAMP和RT-PCR分别对10份临床样本同时进行检测,符合率为100%。因此,本研究建立的RT-LAMP是一种可适用于临床PRRSV检测的快速、简单、灵敏、特异的检测方法。  相似文献   

20.
为建立一种适用于现场快速检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法,本研究以PEDV N基因的保守序列为靶基因设计引物,优化并建立了基于RT-LAMP的PEDV快速检测方法。结果显示,RT-LAMP方法的最佳反应条件为:反应温度为61℃,反应时间为50 min,Mg~(2+)和dNTPs浓度分别为8.0 mmol/L和4.0 mmol/L,外引物和内引物最佳浓度比为1.4。特异性试验结果显示,该方法只能检测出PEDV,对其他病原检测均为阴性,具有良好的特异性;敏感性试验结果显示,该方法能够检测出的最低RNA浓度为6.52×10~(-5)mg/L,而常规RT-PCR能检测到最低浓度为6.52×10~(-3)mg/L,表明RT-LAMP敏感性是RT-PCR的100倍;重复性试验结果显示,批内和批间重复性试验结果无明显差异,重复性较好。利用RT-LAMP和RT-PCR方法分别对3份已知阳性样品,5份已知阴性样品以及52份未知临床样品进行检测。阳性样品经RT-LAMP和RT-PCR方法均检测到PEDV,阴性样品均未检测到PEDV。52份临床样品中,RT-LAMP对PEDV检测阳性率为23.08%(12/52);RT-PCR检测阳性率为17.31%(9/52),二者的符合率为94.23%。以上结果表明,建立的RT-LAMP方法具有成本低、检测快、灵敏度高、特异性强等优点。且结果易于判定、便于现场检测,在病原检测方面具有良好的应用前景,为该病的流行病学调查及综合防制提供重要的实验依据。  相似文献   

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