白菜种质遗传多样性与亲缘关系的ISSR标记分析

从分子水平用ISSR标记法对白菜遗传多样性进行分析,从100个ISSR引物中共筛选出11个多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,对65个样品DNA共扩增出107条谱带,平均每个引物扩增出9.72条带,其中多态性位点102个(93.5%).种间遗传相似系数在遗传距离在0.40-0.65之间,表明白菜栽培种内品种间的遗传基础相时较宽,存在较大的遗传变异性.利用UPGMA聚类分析表明:能将65个白菜地方品种划分为四大类.由ISSR标记聚类结果所表现出的大多种质之间的亲缘关系与其来源地有较大的相关性,但也有地理差别很大的白菜资源遗传关系较近的情况.研究还表明,ISSR标记比RAPD标记具有更高的稳定性,在植物遗传多样性的分子标记或克隆研究中,可优先使用ISSR标记.     

新疆籽用西瓜ISSR反应体系的建立及其遗传多样性研究

【目的】研究籽用西瓜遗传多样性,对籽用西瓜品种进行遗传多样性和聚类分析,为杂种选育提供一定的理论依据。【方法】以60份籽用西瓜种质资源为材料,对ISSR引物UBC801~UBC900进行筛选。【结果】筛选出多态性较好的ISSR引物10条。利用10条ISSR引物扩增60份籽用西瓜种质资源,共获得44个等位变异,每对引物检测到的等位变异数的变幅为3~7个,平均等位变异数4.4个。其中多态性条带为24条,10条ISSR引物的多态性信息含量(PIC)的变化范围为0.042 3~0.674 0,平均为0.358 2,遗传相似系数的变异范围为0.318~0.992,平均为0.779。利用UPGMA法进行聚类分析,新疆籽用西瓜分为6大组,第一组为材料47(40036),第二组为材料8(新籽瓜8号),第三组为材料10(红秀2号)、11(普通红大片)、12(新籽瓜4号)、13(紫荆红)、14(40002)、15(40004)、16(40008),第四组为材料7(新籽瓜1号),第五组为材料52(40045),其余的都归类为第六组。【结论】ISSR对籽用西瓜种质资源遗传多样性和亲缘关系确定相比其他分子标记更有优势,更为全面的基因组DNA信息,品种间较丰富的遗传多样性信息。利用ISSR标记分析60份籽用西瓜遗传多样性,参试材料来源、籽色、大小不同,亲缘关系差异较大,新疆籽用西瓜种质资源遗传多样性丰富。     

接骨木种质资源遗传多样性的ISSR分析

运用ISSR分子标记对24份接骨木属植物的遗传距离、亲缘关系进行分析。13条ISSR引物共扩增出3061条可统计条带,其中多态性条带3059个,多态位点百分率高达99.93%,表明接骨木属植物遗传多样性非常丰富。依据ISSR扩增结果,利用NTSYS-pc2.1e软件进行分析,24份接骨木样本的遗传相似系数在0.6772~0.8578。经UPGMA聚类分析,24份接骨木属植物分为2大类,国内接骨木优良单株聚类分析结果与其果实性状的相关性不显著;“金羽”接骨木与国内接骨木聚为一类,亲缘关系较近。     

万寿菊属品种资源遗传关系的ISSR分析

【目的】通过ISSR分子标记研究品种资源遗传关系,探讨其种群遗传多样性水平和遗传结构,为了解品种间遗传多样性、品种间亲缘关系、育种及科学合理保存和利用现有万寿菊属种质资源提供理论依据和技术支持。【方法】对29份万寿菊材料及2份孔雀草材料利用ISSR分子标记进行遗传关系分析。【结果】用11个引物对31份万寿菊属材料进行PCR扩增,每个引物扩增的ISSR条带数在5—11条,平均每条引物能扩增出6.8条带,多态位点百分率为40%—100%。聚类分析结果表明,ISSR分类结果与传统分类的结果基本一致,31份材料按照万寿菊及孔雀草分为两大类,并且同系列万寿菊品种被划为同一亚组。【结论】利用ISSR标记技术可较准确分析万寿菊属材料间的亲缘关系及遗传多样性。     

基于ISSR标记的韭菜种质资源遗传多样性初探

为深化韭菜种质资源遗传多样性研究,应用ISSR分子标记方法,进行韭菜资源遗传多样性和亲缘关系分析。筛选15条多态性好的ISSR引物,对36份韭菜种质资源建立起DNA指纹库,扩增指纹多态性比率达96.3%,是韭菜种质资源研究的一种有效分子标记;应用Nei-li相似系数法估算出36份材料间的遗传相似系数(genetic similarity)为0.60～0.82,遗传多样性比较丰富。可见,ISSR分子标记是进一步开展韭菜种质资源DNA指纹库构建与分子标记辅助育种技术研究的有效手段。     

中国部分地区冠耳霉的遗传多样性研究

为研究来自我国不同地区冠耳霉菌株的遗传多样性,用RAPD和ISSR分子标记,对来自中国安徽、山东、贵州、山西和陕西5省的131个冠耳霉菌株(Conidiobolus coronatus)进行遗传多样性分析。筛出的4个RAPD引物和3个ISSR引物共扩增出131条带,其中多态性条带为129条,多态性比率为98.4%,遗传相似性系数范围在0.59~0.99之间,说明受试的冠耳霉具有较为丰富的遗传多样性。利用RAPD和ISSR标记的结果,采用UPGMA聚类分析方法可将绝大多数供试材料分为4大类群。根据所划分的类群,发现冠耳霉之间的亲缘关系与地理来源存在一定的相关性。研究表明,RAPD和ISSR标记可用于冠耳霉遗传多样性的研究。     

银杏雄株ISSR分子标记及亲缘关系分析

采用ISSR分子标记对42个银杏雄株进行亲缘关系分析。从100条引物中筛选出12条多态性引物,共扩增得到94条带,多态性条带56条,平均每个引物扩增的多态性带数为7.83条,多态性百分率为59.57%,表明银杏雄株的遗传多样性较高。用UPGMA方法进行聚类分析,在遗传相似系数为0.51水平上将42个银杏雄株分为3个类群。用EIGEN方法进行主坐标分析,建立亲缘关系的三维图。两种分类方法所获结果基本一致,雄株的亲缘关系与地区分布不完全相关,山东与江苏的部分银杏雄株试材亲缘关系较近。     

烟草赤星病菌遗传多样性的ISSR和RAPD标记比较分析

采用ISSR和RAPD 2种分子标记方法对来自不同地区的28份烟草赤星病菌进行遗传多样性分析,筛选后选用10个ISSR引物和10个RAPD引物,ISSR扩增出多态性条带112条,多态性条带百分率为86.82%,菌株间相似性系数为0.53～0.97;RAPD引物扩增出多态性条带70条,多态性条带百分率为81.39%,菌株间相似性系数为0.57～0.94;用SPSS17.0软件对2种标记遗传距离进行相关性分析,发现2种分子标记结果呈显著正相关,表明2种分子标记方法都适合于烟草赤星病菌遗传多样性研究,ISSR是一种多态性优于RAPD的标记技术。根据2种标记的结果,利用NTSYS软件按UPGMA方法进行聚类分析,发现烟草赤星病菌遗传多样性与地理差异没有显著相关性。     

利用ISSR和AFLP标记分析石斛种质资源的遗传多样性

本研究利用ISSR和AFLP两种分子标记对51个药用石斛材料(包括35个铁皮石斛种质资源)进行遗传多样性研究。利用ISSR标记筛选出6条引物,共扩增出79条带,平均每条引物扩增条带数约为13.17条,多态条带比率都达到100%。利用AFLP标记筛选出5对引物,共扩增207条带,其中206条具多态性,多态性比率高达99.52%。两标记分析获得的群体种系间关系与变异基本一致,且群体内的分化较小,群体间的分化较大,群体间的基因流动较小。所得到的聚类图表明:ISSR和AFLP标记技术能有效地将研究材料分开,且基本反映了它们之间的亲缘关系,说明两种标记均适合用于石斛植物的遗传多样性研究。     

裕丹参不同变异类型ISSR鉴定

采用ISSR分子标记对裕丹参4种变异类型基因组DNA进行PCR扩增,利用SPSS11.5软件进行类型问亲缘关系分析,构建遗传树状图.结果表明,从50务ISSR引物中筛选出8条具有鉴别意义的多态性引物,在裕丹参4种变异类型中共得到65条带,47条为多态性条带,多态性位点72.3%,聚类分析将裕丹参4种类型分为2个类群,表明裕丹参4种变异类型遗传分化明显.ISSR标记可以作为裕丹参4种变异类型鉴定的有效分子标记.     

油茶品种ISSR指纹图谱数据库的建立

为探究油茶品种的遗传多样性并了解其遗传关系,选用11条引物,对来自秦巴山区的32个油茶品种进行分子指纹分析,研究不同品种间的遗传距离和遗传相似性。筛选出多态性较高的11条ISSR引物进行PCR扩增,共扩增出86个条带,其多态性条带为51条,多态性位点比率为60.28%。利用Visual Basic 和Access 软件进行数据库编程,创建一个数据库,对11对引物对样品的扩增结果赋值进行排列,通过赋值对不同油茶种质进行鉴别。     

菠菜性别相关的ISSR标记

菠菜为雌雄异株植物,用CTAB法提取其雌、雄株成株幼嫩叶片DNA,分别构建雌、雄株DNA池,以之为模板,用已优化的ISSR体系扩增,在74条ISSR引物中,I62扩增出一条约1 200bp雌性连锁标记,回收纯化该特异扩增片段,将其连接于pUCm-T载体,转化进大肠杆菌JM109菌株,并检测及测序。回收克隆和测序后发现该片段全长1 176bp,富含AT,AT占57.0%。根据测序结果设计1对25bp的特异引物将这个雌性连锁的ISSR标记转化为稳定性和特异性更好的SCAR标记。该特异引物对随机选取的雌雄菠菜单株进行PCR扩增,在雌株中均有1 176bp的特异条带,而雄株中均无。此特异条带的获得为菠菜性别相关基因的克隆奠定基础。     

ISSR分子标记及其在园林植物遗传育种中的应用

ISSR是基于微卫星序列发展起来的一种分子标记技术,具有简单、稳定、重复性好、DNA多态性高等优点。ISSR标记呈孟德尔式遗传,大部分为显性标记。本文概述了ISSR的原理、特点及其在园林植物遗传多样性检测、亲缘关系分析、品种分类和鉴定以及基因定位等方面的应用和进展。     

基于ISSR的葡萄品种亲缘关系分析及其指纹图谱构建

以19份葡萄品种为材料,采用ISSR分子标记对其品种间的亲缘关系进行研究,通过非加权配对算术平均法（UPGMA）进行数据分析,建立亲缘关系图,利用筛选出的引物构建葡萄品种的DNA指纹图谱。结果表明,从86条ISSR引物中筛选出14条多态性较丰富且稳定的引物,共扩增出136条带,其中多态性条带125条,多态性百分率为91．91％。各材料间遗传相似系数在0．54～0．83,平均遗传相似系数为0．685。在遗传相似系数为0．54时,可将19份葡萄材料明显分为2大类。利用2条ISSR引物UBC815和UBC855构建了14个葡萄品种的DNA指纹图谱。分析表明,ISSR标记多态性较为丰富,适合葡萄品种亲缘关系分析及图谱构建,并可为品种鉴定提供理论依据。     

利用ISSR标记对恩施州茶树种质资源亲缘关系鉴定的研究

为更好地收集、保存和研究茶树品种资源,从2008年开始应用ISSR分子标记技术,对恩施州茶树资源的亲缘关系和遗传多样性进行了研究。结果表明：采用CTAB法提取DNA,探索出茶树PCR扩增效果较好的反应体系及反应程序,筛选出28条左右多态性较高的ISSR引物,用类平均法进行聚类分析,得出供试品种遗传关系树状图。基于遗传相...     

云南魔芋种质资源亲缘关系的ISSR分析

用ISSR技术对30份魔芋种质资源进行了DNA多态性分析。从65个随机引物中筛选出11个扩增基因组DNA,共获116条带,其中102条为多态性标记,每个引物平均提供10.55个标记信息。UPMGA法聚类分析结果表明:这30份魔芋种质资源间的Jaccard相似系数都比较大,在0.65以上;甜魔芋和花魔芋以及西盟魔芋和珠芽魔芋的关系比较近;白魔芋的遗传多样性较为丰富,它与花魔芋的关系较近。     

滇西北部分悬钩子属植物亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记研究滇西北39种悬钩子属植物的亲缘关系,从100个引物中筛选出12个能扩增出清晰带型并具多态性的引物,共扩增出166条DNA片段,片段大小为259～2 300 bp,平均每条引物扩增出13.83 条DNA片段,多态性比率为95.78%.利用NTSYS-pc软件计算39种悬钩子属植物种间的Nei's距离,并用UPGMA 法构建系统树.结果表明,39份供试材料明显聚为5大类:即空心莓组、木莓组、刺毛莓组、矮生莓组和葡匐莓组,与形态学的分类结果基本一致.39个悬钩子属植物种间的遗传距离为0.452 8～0.941 1,说明滇西北悬钩子植物在DNA分子水平上具有丰富的遗传多样性.另外,UPGMA聚类结果表明,形态学分类上的同组不同种间具有较近的亲缘关系,不同组的种间具有复杂的遗传差异.     

基于转录组信息的坛紫菜EST-SSR标记的开发及新品系SW-81的种质鉴定

基于坛紫菜（Pyropia haitanensis）转录组序列信息进行EST-SSR标记的开发,并利用多态性SSR标记构建DNA指纹图谱用于坛紫菜新品系SW-81的种质鉴定。结果显示：转录组数据中共检测出9 033个微卫星位点,其中三核苷酸重复类型为绝对优势基元,占比高达95%;经Primer 5.0软件对微卫星位点进行引物设计,并从中随机合成187对微卫星引物进行有效性分析,最终获得92对有效引物,其中42对为多态性EST-SSR标记,多态扩增率约为22.46%;利用开发的多态性EST-SSR标记构建了适用于5个坛紫菜品系的DNA指纹图谱,为新品系SW-81的种质鉴定提供有效的分子检测手段。上述结果表明：坛紫菜基因组中有着丰富的微卫星位点,且同一位点的基因序列在不同品系间存在变异,表现为扩增产物的多态性。基于EST-SSR标记的多态性分析可为坛紫菜种质资源的管理与鉴定提供有效的分子检测手段。     

福州地区柑橘种质资源的ISSR分析

研究利用ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记技术对21份福州地区柑橘种质资源进行遗传多样性分析,以期为福州地区柑橘的品种鉴定及育种提供理论依据和技术支持。试验从27条ISSR引物中筛选出多态性好、条带清晰的14条引物,对供试材料进行遗传多态性分析。获得162条总条带,其中多态性条带129条,多态位点百分率为79.63%;聚类结果显示21份资源可分为5个组,13份福橘被聚为同一组,进而可划分为4个亚组。ISSR标记能较好地区分福州地区柑橘资源,且福州柑橘地方资源遗传多样性丰富。