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1.
为了解2022年浙江省猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)流行毒株的基因型及变异情况,采用RT-PCR方法,对浙江省不同地区收集的37份PRRSV阳性病料组织进行ORF5基因扩增,应用DNAstar和Mega 7软件进行同源性和遗传变异分析。结果显示:37份阳性样品的ORF5基因核苷酸和编码氨基酸之间的同源性分别为82.1%~100%和81.1%~100%;阳性样品的ORF5基因与高致病性PRRSV毒株JXA1、经典PRRSV毒株VR2332、国内早期PRRSV毒株CH1-a、NADC30类毒株、NADC34类毒株和新型PRRSV毒株QYYZ的核苷酸同源性分别为84.1%~98.7%、83.9%~99.7%、85.2%~95.0%、85.3%~94.0%、86.4%~96.2%和82.8%~85.1%,编码氨基酸同源性分别为83.6%~99.5%、82.6%~99.0%、84.1%~93.5%、83.1%~94.5%、85.6%~95.5%和81.1%~86.6%。37份阳性样品的感...  相似文献   

2.
为探究河南省猪流行性腹泻病毒部分毒株的遗传进化情况,采用RT-PCR对2017年2月至2018年1月在河南省部分地区猪场收集到的25份PEDV阳性病料进行ORF3和N基因的扩增,并对其进行克隆、序列比对及遗传进化分析。结果显示,PEDV毒株的ORF3基因序列是由675个核苷酸组成的,与经典毒株CV777之间核苷酸及氨基酸同源性分别为95.2%~97.5%和95.1%~96.9%。N基因之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为96.2%~100%和93.8%~99.8%;与经典毒株CV777核苷酸与氨基酸的同源性分别为94.7%~95.8%和93.2%~96.8%。河南部分地区PEDV流行毒株与经典毒株CV777不在同一分支,说明猪场暴发猪流行性腹泻与免疫接种疫苗后依旧难以控制的原因,可能与大多数PEDV河南流行株发生变异有关。  相似文献   

3.
为了解2014-2016年浙江地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)ORF5基因变异情况,试验通过RT-PCR方法对从浙江省各地区采集的PRRSV阳性病料进行ORF5基因扩增,应用DNAStar和Mega 5.1软件对所测序列进行同源性和遗传变异分析。结果显示,54株2014-2016年浙江分离株ORF5序列之间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.1%~100%和80.6%~100%,与经典株VR2332核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.8%~90.4%和81.6%~90.0%,与高致病PRRSV毒株JXA1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.5%~99.5%和83.1%~99.0%。系统进化分析表明,54个毒株均为美洲型毒株,属于Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ3个不同的基因亚型,其中基因亚型Ⅲ和Ⅳ毒株是浙江省近年来新出现的毒株。氨基酸序列分析结果显示,54个毒株在GP5蛋白的信号肽区域、非中和抗体表位的氨基酸序列变异较大,而在中和表位氨基酸序列变异较小。本研究结果表明,浙江地区PRRSV流行出现了新形势,多种基因亚型共同存在,其中以基因亚型Ⅰ毒株为主。  相似文献   

4.
猪圆环病毒2型四川分离株ORF2基因的克隆与序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
对临床分离毒株PCV-2 sch2010 ORF2基因全序列进行了克隆和序列分析.结果表明,PCV-2sch2010 ORF2全基因共705 bp,编码234个氨基酸,与GenBank发表的21株PCV-2的ORF2参考序列的核苷酸氨基酸序列同源性分别为88.4%~99.7%和87.2%~99.6%;与2株PCV-1 ORF2(GU371908、FJ475129)的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为58.7%~59.5%和62.8%~64.5%;PCV-2 sch2010分离株与PCV-2的欧洲分支群亲缘关系较近.  相似文献   

5.
李冰  卢赫  冯方周  丁壮 《中国畜牧兽医》2014,41(12):102-108
试验旨在研究杂交野猪猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV) 辽宁分离株的遗传变异情况及分子生物学特征.用Marc-145细胞从辽宁某杂交野猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS)病猪血液中分离到1株病毒,该分离毒株经Marc-145细胞6次传代后出现稳定的细胞病变,采用RT-PCR方法对分离病毒进行ORF6和ORF7基因的扩增、克隆和测序,并与已知序列毒株的相应片段进行同源性比对.结果表明,分离毒株的ORF6、ORF7基因与国内外美洲型毒株的核苷酸同源性分别为96.0%~100.0%、94.5%~99.4%;氨基酸同源性分别为89.6%~100.0%、87.3%~98.7%;与欧洲型代表毒株LV的ORF6、ORF7基因差异较大,核苷酸同源性分别为70.4%、70.1%,氨基酸同源性分别为48.8%、49.7%.推测辽宁杂交野猪体内分离毒株在基因型上属于美洲型毒株.  相似文献   

6.
为了解2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况,试验从多个地区的51家猪场采集340份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子,提取病毒核酸后采用RT-PCR方法扩增S1、M和ORF3基因并测序,与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析,利用生物信息学软件构建遗传进化树,分析核苷酸序列同源性及氨基酸序列。结果表明:共获得57份PEDV阳性样品,来源于14家猪场,猪场阳性率为27.5%,并对从阳性猪场获得的14株毒株进行命名。与经典毒株CV777相比,14株PEDV毒株的S1、M和ORF3基因均出现不同程度的氨基酸突变。在14株毒株的S1基因中,Heyuan2021-7毒株位于G1-2分支,其余13株位于G2分支,14株毒株与参考毒株GD-A核苷酸序列的相似性较高,为89.3%~99.9%,存在多处氨基酸的缺失和插入。在M基因中,14株毒株位于G2分支且与参考毒株FR-001核苷酸序列的相似性为98.1%~99.7%,只存在氨基酸突变。在ORF3基因中,FC2021-1、GD...  相似文献   

7.
采用RT-PCR方法对2009—2011年山西省疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)阳性病料进行克隆和测序,获得5个ORF5基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行了同源性分析。序列分析结果表明,5个ORF5基因序列之间核苷酸同源性为97.7%~98.5%,与欧洲型代表株LV、美洲型代表株VR-2332、2006—2007年国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)、2006年以前中国分离毒株(CH-1a、HB-1(sh)、HB-2(sh))和2个疫苗株(Resp PRRS MLV、MLV RespPRRS/Repro)核苷酸同源性分别为63.5%~64.0%、88.7%~89.2%、97.7%~99.3%、88.1%~96.7%和88.6%~89.1%;氨基酸同源性分别为56.1%~56.6%、87.8%~88.8%、96.6%~98.5%、85.9%~93.2%、86.8%~87.9%。结果表明山西地区的PRRSV流行毒株均属于美洲型,且毒株同源性很高,亲缘关系紧密。  相似文献   

8.
为研究江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) ORF5基因的变异情况及NSP2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了12份江西地区猪场疑似患PRRS的猪肺脏样品中的ORF5全序列和NSP2部分序列,应用DNAStar和Mega 6.0等软件对所得序列进行同源性比对及遗传变异分析。12株PRRSV ORF5核苷酸同源性为83.7%~99.8%,氨基酸同源性为82.1%~99.5%;与参考毒株JXA1、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为84.9%~99.7%、85.2%~91.0%和62.4%~64.8%。对阳性病料进行了NSP2基因部分序列的扩增,测序结果显示12株PRRSV均属于美洲型毒株,12株PRRSV的NSP2部分序列均存在30个氨基酸的不连续缺失,与高致病性PRRSV有相同的缺失特征。12株PRRSV的ORF5遗传进化树分析显示,10株与高致病性PRRSV处在同一进化分支,进一步说明高致病性PRRSV已成为江西地区的优势流行毒株。  相似文献   

9.
猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因变异分析   总被引:4,自引:0,他引:4  
采用RT-PCR方法对不同省份疑似PRRS阳性病料进行克隆和测序,获得14个ORF5基因片段.序列分析结果表明,获得的14个ORF5基因序列不存在缺失现象,核苷酸的同源性为98.8%~99.7%,推导编码氨基酸同源性为96.5%~99%.与国内毒株相比,核苷酸同源性为85.2%~100%,氨基酸同源性为84.6%~99%;与中国代表毒株CH-1a、美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性分别在94.4%~95.2%和86.7%~87.9%之间,与疫苗株MLV的同源性在86.4%~87.6%之间,而与欧洲型代表株LV的同源性在54.1%~55.7%之间,推导编码的氨基酸序列同源性则分别在91.5%~93.5%、86.6%~88.6%、85.6%~87.6%、54.7%~56.2%之间.表明所获得序列的流行毒株均属于美洲型.进一步分析发现与近期国内流行的高致病性猪蓝耳病病毒同源性非常之高,说明这些毒株可能均起源于同一个毒株,通过猪的运输流通等在全国流行.  相似文献   

10.
为研究江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的变异情况及NSP2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了12份江西地区猪场疑似患PRRS的猪肺脏样品中的ORF5全序列和NSP2部分序列,应用DNAStar和Mega 6.0等软件对所得序列进行同源性比对及遗传变异分析。12株PRRSV ORF5核苷酸同源性为83.7%~99.8%,氨基酸同源性为82.1%~99.5%;与参考毒株JXA1、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为84.9%~99.7%、85.2%~91.0%和62.4%~64.8%。对阳性病料进行了NSP2基因部分序列的扩增,测序结果显示12株PRRSV均属于美洲型毒株,12株PRRSV的NSP2部分序列均存在30个氨基酸的不连续缺失,与高致病性PRRSV有相同的缺失特征。12株PRRSV的ORF5遗传进化树分析显示,10株与高致病性PRRSV处在同一进化分支,进一步说明高致病性PRRSV已成为江西地区的优势流行毒株。  相似文献   

11.
高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5和Nsp2基因变异分析   总被引:2,自引:1,他引:1  
采用RT-PCR方法对2006-2007年华南地区部分省份的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)阳性病料进行克隆和测序,获得13个Nsp2基因的部分序列片段和14个ORF5基因片段。序列分析结果表明,所获得的13个Nsp2基因序列中均有2个区域存在明显缺失,核苷酸的同源性为96.9%~99.1%,与中国代表毒株CH-1a、美洲株代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性分别为85.1%~86.4%和67.2%~68.9%,与疫苗株MLV的同源性在67.6%~68.9%之间,而与欧洲株代表株LV的同源性在54.1%~55.9%之间;获得的14个ORF5基因序列不存在缺失现象,核苷酸的相似性为同源性为98.8%~99.7%,推导编码氨基酸同源性为96.5%~99%。与国内毒株相比,核苷酸同源性为85.2%~100%,氨基酸同源性为84.6%~99%;与中国代表毒株CH-1a、美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性分别在94.4%~95.2%和86.7%~87.9%之间,与疫苗株MLV的同源性在86.4%~87.6%之间,而与欧洲型代表株LV的同源性在54.1%~55.7%之间,推导编码的氨基酸序列同源性则分别在91.5%~93.5%,86.6%~88.6%,85.6%~87.6%,54.7%~56.2%之间。结果表明所获得序列的流行毒株均属于美洲型,进一步分析发现这些毒株可能均起源于同一个毒株,通过猪运输流通等途径在全国范围流行扩散。  相似文献   

12.
为确诊广东省阳江市某规模化猪场(存栏800头母猪)保育猪发病死亡的原因,本试验对从该发病猪场采集的3份肺脏、肝脏、脾脏临床样品进行细菌学检测及药敏试验,采用PCR/RT-PCR检测临床样品中猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪圆环病毒3型(PCV3)和猪肺炎支原体等病原。对特异性扩增的3株PRRSV的ORF5基因产物进行序列测定,与VR2332、HuN4、JXA1、CH-1a等代表毒株进行核苷酸序列同源性分析,并构建系统进化树。结果表明,试验分离鉴定出1株副猪嗜血杆菌(Hps),对7种临床常用药如阿莫西林、头孢拉定等均有较强的敏感性。同源性比对结果表明,3株PRRSV(LJW1、LJW2和LJW3)ORF5基因核苷酸同源性为99.3%~99.8%,与欧洲型代表毒株Lelystad核苷酸同源性为64.0%~64.2%,与HP-PRRSV毒株JXA1、HuN4、CH-1a和TJ核苷酸同源性较高,分别为99.2%~99.5%、99.0%~99.3%、94.5%~94.9%和98.8%~99.2%;与中国河南和广西分离的HP-PRRSV毒株HeNzm1-16和GXLZ05-2015核苷酸同源性较高,分别为99.3%~99.7%和99.2%~99.7%,与美洲型经典疫苗株MLV、美洲型标准株NC、美洲型经典株VR2332核苷酸同源性较低,分别为88.5%~88.8%、85.2%~85.5%和82.3%~82.6%。PRRSV ORF5基因系统进化树分析表明,3株PRRSV均属于美洲型毒株,与国内HP-PRRSV代表毒株JXA1、HuN4和TJ等处于同一分支,亲缘关系较近。本研究揭示了该场保育猪发病病原,并从分子水平上明确了分离的3株PRRSV与不同代表毒株的亲缘关系,为弱毒疫苗的合理选择使用和综合防控PRRSV提供了参考依据。  相似文献   

13.
为深入了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行和遗传变异情况,2021—2022年,本课题组在我国13个省份约50个养殖场收集了117份临床疑似猪繁殖与呼吸综合征患猪样品,针对PRRSV的ORF5基因进行了遗传变异分析。通过实时荧光定量PCR鉴定PRRSV阳性样品和基因型,应用RT-PCR扩增PRRSV ORF5和ORF7基因,将阳性样本进行测序并开展系统发育学分群和GP5氨基酸突变分析。结果显示,共检出PRRSV-2阳性样品48份(总体阳性率约41%),经测序共获取38条ORF5序列和10条ORF7序列。所有ORF5序列间核苷酸相似性为77.1%~99.8%,ORF7序列间核苷酸相似性为83.3%~98.7%。系统发育学分群显示,谱系1占比60%(29/48,28株NADC30-like毒株,1株NADC34-like毒株),谱系3占比25%(12/48),谱系5.1占比5%(2/48),谱系8.7占比10%(5/48)。GP5氨基酸分析表明,信号肽(aa 1—26)、中...  相似文献   

14.
《畜牧与兽医》2019,(3):97-100
旨在了解2016年江苏省类猪圆环病毒P1流行及毒株变异情况。运用PCR技术对江苏省9个县级市送检的330份血清进行检测,并进行全基因组测序,应用BioEdit和DNAStar对获得的P1全长基因组及ORF1与GenBank中的参考毒株进行序列比对及同源性分析,并进行系统进化树分析。共检出阳性样品43份,占总样品数的13%;9个地级市P1检出率差异显著,其中,沛县检出率最高为38.2%,其余各地0%~20%不等。选取9个县级市的代表毒株进行全基因组测序,共获得12株P1全长序列,12株毒株核苷酸同源性在99.4%~100%,ORF1核苷酸同源性在99.1%~100%;与参考毒株相比,ORF1核苷酸同源性在99.4%~100%,氨基酸同源性在99.1%~100%。研究表明,2016年江苏省各地区P1感染率差异显著,但整体感染率较高,毒株变异较小。  相似文献   

15.
《中国兽医学报》2014,(12):1868-1876
为了掌握四川地区近年猪圆环病毒(PCV2)的分子流行和分子进化动态规律。将2010-2013年期间采集自四川成都、德阳、雅安、西昌、遂宁、乐山、资阳等11个养猪地区的疑似PCV2病料共324份进行了检测与分析。设计1对检测PCV2的特异性引物,PCR检测病料表明PCV2阳性为229份,PCV2感染率为70.7%。随后对本实验室分离到的11株PCV2分离毒株进行全基因组克隆与序列分析,11株PCV2四川分离株的全基因组序列分析均为PCV2b基因型,各地分离株之间的全基因同源性为95.2%99.7%,与参考毒株之间的全基因同源性分别为94.1%99.7%,与参考毒株之间的全基因同源性分别为94.1%99.7%;与国内外参考毒株相比,ORF1的核苷酸及推导氨基酸的序列的同源性分别为96.7%99.7%;与国内外参考毒株相比,ORF1的核苷酸及推导氨基酸的序列的同源性分别为96.7%100%、98.4%100%、98.4%100%,ORF2核苷酸及推导氨基酸的序列的同源性88.0%100%,ORF2核苷酸及推导氨基酸的序列的同源性88.0%99.7%、85.4%99.7%、85.4%100%,序列分析发现ORF2变异位点较多,而ORF1相对较保守。本研究结果显示:2010-2013年间,四川地区PCV2感染率高,主要分布在乐山、德阳等市,且流行的基因型以PCV2b为主。  相似文献   

16.
为揭示广东地区猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)可能的流行规律,本研究采用RT-PCR的方法扩增5株来自广东地区猪场临床样品的猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)分离株的GP5蛋白ORF5基因,将其克隆、测序后与国内外部分毒株相应基因进行核苷酸序列比较。结果表明,PRRSV-2011-GD2、PRRSV-2011-GD3、PRRSV-2013-GD1、PRRSV-2013-GD2和PRRSV-2013-GD3株与美洲型参考株(VR-2332) 的核苷酸序列同源性分别为88.8%、99.5%、88.7%、88.7%和83.5%。系统进化树分析结果表明,PRRSV-2011-GD2、PRRSV-2011-GD3、PRRSV-2013-GD1、PRRSV-2013-GD2和PRRSV-2013-GD3株均属于美洲型。以上结果为更好地了解PRRSV的分子流行病学特征和抗原变异规律提供依据, 同时为研制基因工程疫苗奠定了基础。  相似文献   

17.
云南高致病性PRRSV Nsp2和ORF5基因变异分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
为研究云南省高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异特征,采用RT-PCR对云南省2007年-2008年采集的56份猪组织样品中PRRSV Nsp2、ORF5基因进行检测,获得阳性样品12份,选择6份代表性样品将其PCR产物纯化后,克隆至pMD18-T载体后测序,并与已知代表毒株进行序列比对及系统发育分析。分离株Nsp2基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为94.9%~97.2%和91.4%~95.7%,其中1份样品(07YNMG)在486位~489位氨基酸发生了缺失。在系统进化树上可将其划分为4个亚组群,分离株分别与广东、贵州、浙江、山东等地分离毒株遗传关系密切。ORF5基因核苷酸与氨基酸序列同源性分别为97.8%~99.5%和97.0%~99.5%。氨基酸序列未发现缺失,仅个别位点发生点突变。系统进化树分析表明,分离株与浙江、贵州、广东、云南株亲缘关系较近,而与国内疫苗株以及PRRSV经典代表毒株CH-1a距离较远。  相似文献   

18.
为探究贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传进化情况,对2017—2022年贵州省不同地区13份PEDV阳性腹泻样本进行ORF3全基因扩增、克隆、测序,使用DNAstar、MEGA 7.0软件,对所得序列核苷酸和氨基酸同源性以及突变和遗传进化情况进行分析。结果显示:13份PEDV阳性样品的ORF3基因序列全长均为675 bp,编码224个氨基酸;13条克隆序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.1%~100%和96.4%~100%;13条克隆序列与经典毒株CV777株ORF3基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.9%~97.3%和94.7%~96.4%,同源性较低;与经典毒株CV777株相比,13条克隆序列在G160A、C243T、C274T、G301A、C450T、A497G存在相同的核苷酸突变,存在4个相同的氨基酸位点突变(V21A、V54I、A101T、N166S);13条克隆序列所在毒株在遗传进化上全部属于GⅡ型,其中GZ220514、GZ342、GZ224、GZ219、GZ423隶属于GⅡb亚型,GZ210112、GZ210129、GZ210220、GZ210714、...  相似文献   

19.
为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传进化情况,对2014年-2016年来自广西各地的部分PRRSV阳性病料进行Nsp2和ORF5基因的扩增和测序分析.结果获得34个Nsp2基因序列和45个ORF5基因序列,均属于美洲型毒株.Nsp2基因间核苷酸序列的同源性为91.8%~100%,与PRRSV美洲型毒株VR-2332、CH-1a、JXA1及NADC30株核苷酸序列的同源性分别为81.3%~84.3%、88.9%~92.1%、94.3%~99.3%和73.5%~75.1%,而与PRRSV欧洲型毒株LV株核苷酸序列的同源性为51.5%~53.2%.ORF5基因间核苷酸序列的同源性为82.8%~100%,与PRRSV美洲型毒株VR-2332、CH-1a、JXA1及NADC30株核苷酸序列的同源性分别为83.7%~99.5%、85%~95%、83.8%~99.7%和83.2%~86.4%,而与PRRSV欧洲型毒株LV株核苷酸序列的同源性为62.4%~64.5%.基于Nsp2和ORF5基因推导的氨基酸序列绘制的遗传进化树中,广西地区的毒株主要分布在以JXA1为代表的Ⅳ亚群.表明当前广西PRRSV流行毒株以JXA1株为代表的高致病性美洲型毒株为主,各毒株Nsp2和ORF5基因序列存在一定的差异,尚未发现欧洲型毒株和美洲型NADC30类毒株.  相似文献   

20.
鸡新城疫云南分离株HN基因序列测定和分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
用RT—PCR法对分离自云南省的2株鸡新城疫病毒(编号YN—C1、YN—C2)进行HN基因的扩增和克隆.并对其进行核苷酸序列测定和分析。结果表明:2毒株HN基因开放性阅读框架(ORF)均为l716nt;二者之间的核苷酸同源性为95.3%,氨基酸同源性为95.8%;YN—C1毒株与参考毒株GD/1/98/Go核苷酸、氨基酸同源性均最高,分别为97.9%和97.6%;YN—C2毒株与参考毒株JS/5/01/Go核苷酸同源性最高为98.5%,而与参考毒株JS/3/98/Go氨基酸同源性最高为98.1%。  相似文献   

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