玉米细菌性枯萎病菌TaqMan探针实时荧光PCR检测方法的建立

成功建立了玉米细菌性枯萎病菌快速检测鉴定的实时荧光PCR方法.该方法根据细菌16S rDNA序列的特异性,设计出对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定性点突变特异性探针,并对10种细菌菌株和5种植原体进行了实时荧光PCR.结果表明,只有玉米细菌性枯萎病菌产生荧光信号,而其它参考菌不产生荧光信号,检测的绝对灵敏度是14.2 fg/μl质粒DNA,比常规的PCR电泳检测高约100倍.整个检测过程只需2h,完全闭管,降低了污染的机会,无须PCR后处理.     

苜蓿萎蔫病菌TaqMan探针实时荧光PCR检测方法的建立

苜蓿萎蔫病菌是我国对外检疫性二类有害生物，目前国内尚无发生6在出入境捡验检疫中主要是采用生物学和血清学方法进行检测，劳动强度大，耗费时间长。根据苜蓿萎蔫病菌与其它细菌菌株16SrDNA序列差异，设计出对苜蓿萎蔫病菌具有稳定点突交特异性探针，利用该探针对棒形杆菌属4个种及其它属细菌进行了实时荧光PCR检测实验。结果表明，只有苜蓿萎蔫病菌能检测到荧光信号，其它细菌没有荧光产生。该方法特异性强，灵敏度高，能检测到21．4fg质粒DNA，比常规PCR灵敏100倍，而且整个过程只需要2～3h。该方法可有效地应用于进出境病原菌检测之中。     

利用实时荧光PCR技术检测风信子黄腐病菌

风信子黄腐病菌是我国禁止入境的病原细菌之一,我国目前尚无该病的发病报道.本研究根据风信子黄腐病菌基因组16S-23S ribosomal RNA intergenic spacer保守序列,设计并合成了1对特异性引物和1条具有稳定点突变特异性探针进行实时荧光PCR检测,风信子黄腐病菌有很强的荧光信号,供试的其它7种病原细菌菌株均没有荧光产生.与常规PCR相比,实时荧光PCR检测特异性强,灵敏度高,适合病害的快速诊断和口岸检验检疫应用.经优化反应条件,建立了稳定的风信子黄腐病菌实时荧光PCR检测方法.     

PCR-DHPLC技术快速检测玉米细菌性枯萎病菌

本研究成功建立了玉米细菌性枯萎病菌的PCR检测方法.该方法根据细菌ITS序列的特异性,设计了对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定性点突变的特异性引物及探针,并对5株玉米细菌性枯萎病菌及18种植物原性细菌的DNA进行了PCR、实时荧光PCR及PCR结合变性高效液相色谱技术(PCR-DHPLC)检测.结果表明,几种方法特异性强,检测灵敏度均为菌液浓度102 cfu/mL,PCR-DHPLC技术具有检测成本较低、高通量、自动化程度高、污染风险小及鉴定结果准确等特点,能够满足快速、准确诊断玉米细菌性枯萎病菌的要求.     

木薯细菌性萎蔫病菌的LAMP快速检测方法

建立了一种木薯细菌性萎蔫病菌的环介导恒温扩增快速检测方法,为木薯细菌性萎蔫病的快速检测提供有力的技术支持。针对木薯细菌性萎蔫病菌TAL效应器蛋白质(pthBXam)靶序列的6个位点设计4条特异性引物,并对反应温度和内引物浓度等参数进行了优化,设计的引物与试验中提供的其他黄单胞近缘种都没有扩增反应,表现了较好的特异性。LAMP方法对木薯细菌性萎蔫病菌菌株DNA的检测下限为1pg/μL,比常规PCR灵敏度高100倍。该方法采用SYBR Green I染料法对扩增产物闭管检测,裸眼观察颜色变化判断反应结果,能快速、准确地对田间样品进行检测,没有出现假阳性和假阴性。与其他检测方法相比,LAMP方法检测时间短,效率高,降低了设备投入,易于操作,适合木薯细菌性萎蔫病菌的现场检疫和大规模监测。     

利用双重PCR技术快速检测水稻细菌性谷枯病菌

根据水稻细菌性谷枯病ITS和gyrB基因,设计两对特异性PCR检测引物,建立了水稻细菌性谷枯病菌的双重PCR检测方法。用该方法对水稻细菌性谷枯病菌和其它植物源性细菌进行双重PCR扩增及灵敏度测试,并对采自不同地区的水稻样本进行水稻细菌性谷枯病菌的检测。结果显示,双重PCR方法能特异性地检测出8株水稻细菌性谷枯病菌,可从含水稻细菌性谷枯病菌浓度为102cfu/mL的菌液中检测出该病菌;采用该方法对我国不同地区的水稻材料进行检测,并未发现水稻细菌性谷枯病菌。     

利用多重PCR技术快速检测4种水稻病原细菌

对水稻中多种病原细菌的检测,使用常规方法往往耗时耗力,而多重PCR可以更加高效地进行多种细菌的检测。根据水稻细菌性谷枯病菌gyrB基因,水稻细菌性叶鞘褐腐病菌PfsI/R quorum sensing 位点以及水稻细菌性条斑病菌和水稻白叶枯病菌含铁细胞接受因子基因设计引物,建立4种水稻病菌的多重PCR检测方法,对方法进行特异性和灵敏度测试,并对采自不同地区的水稻样本进行检测。结果显示,多重PCR方法能同步地快速检测出水稻细菌性谷枯病菌、水稻细菌性叶鞘褐腐病菌、水稻细菌性条斑病菌或水稻白叶枯病菌,检测灵敏度达到103 cfu/mL的菌液浓度,利用该方法对我国不同地区的58份水稻种子进行检测,其中17个样本检测出水稻细菌性条斑病菌或水稻白叶枯病菌,未检测到水稻细菌性谷枯病菌和水稻细菌性叶鞘褐腐病菌。     

实时荧光定量PCR法检测十字花科细菌性黑斑病菌

为有效防控我国的检疫性有害生物十字花科细菌性黑斑病菌Pseudomonas syringae pv.maculicola在国内的传播与蔓延,通过设计1对特异性引物3539,利用132株靶标和非靶标菌为模板进行PCR扩增,建立了实时荧光定量PCR法,并进行了模拟种子带菌试验。结果显示,引物3539为只针对十字花科细菌性黑斑病菌扩增出的特异性产物;在模拟种子带菌检测中,常规PCR对菌悬液的检测限为10~5CFU/m L,实时荧光定量PCR的检测限为10~3CFU/m L,其中10~8CFU/m L菌液的Ct值最低,为22.90,10~3CFU/m L菌液的Ct值最高,为35.73,且不同浓度菌液间的Ct值均有显著差异;不同带菌率模拟种子的检测结果表明,常规PCR和实时荧光定量PCR能检测到的带菌率分别为0.5%和0.1%。研究表明,实时荧光定量PCR法不仅可用于病种的检测,也可用于病害的早期诊断。     

菊欧文氏菌分子检测技术的研究

 蝴蝶兰细菌性软腐病对蝴蝶兰的生长危害严重, Erwinia chrysanthemi(菊欧文氏菌)、Erwinia carotovora subsp. carotovora(胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜软腐亚种)是引起蝴蝶兰软腐病的主要病原细菌, 其中E.chrysanthemi被列入我国三类检疫性有害生物。本文对菊欧文氏菌分子检测技术进行了研究, 设计出针对该病原细菌的特异性引物, 应用实时荧光PCR方法检测样品中存在的菊欧文氏菌, 检测灵敏度达到10²cfu/mL。     

利用TaqMan探针检测水稻细菌性谷枯病菌

利用TaqMan探针建立了水稻细菌性谷枯病菌(Burkholderia glumae)实时荧光PCR检测方法。根据水稻细菌性谷枯病菌gyrB基因,设计并合成特异性引物和探针,对8株不同来源水稻细菌性谷枯病菌和其他同属或同寄主的参试菌株进行了检测。结果显示,该方法检测的特异性强,灵敏度可达菌悬液浓度102cfu/mL,该方法快速、简便、准确,适用于出入境检验检疫及种子健康检测领域。利用该方法对国内采集的83份水稻材料进行了检查,未发现阳性结果。     

A new selective medium for Burkholderia caryophylli, the causal agent of carnation bacterial wilt

A new selective medium (APCA medium) was developed for the isolation of Burkholderia caryophylli , the causal agent of carnation bacterial wilt, from both plants and soil. The optimal concentration and combination of antibiotics was investigated to determine the most selective condition for growing B .  caryophylli . The resultant composition of the medium per litre was: 0·79 g (NH₄)₂SO₄, 1·0 g KH₂PO₄, 0·5 g MgSO₄ · 7H₂O, 0·2 g KCl, 2·0 g D-arabinose, 5 mg crystal violet, 50 mg cycloheximide, 50 mg polymyxin B sulphate, 50 mg ampicillin sodium, 10 mg chloramphenicol, 25 mg blue tetrazolium, and 15 g agar. Plating efficiency ranged from 119 to 174% with an average of 141% compared to that of nutrient agar. The bacterium was successfully isolated from contaminated soil and plant tissues with this medium. Moreover, the medium almost completely inhibited the growth of other plant pathogenic bacteria and soil saprophytes. This selectivity was high enough to detect B . caryophylli in contaminated soil.     

Bacterial Wilt of Russell Prairie Gentian Caused by <Emphasis Type="Italic">Burkholderia caryophylli</Emphasis>

A new bacterial disease of Russell prairie gentian (Eustoma grandiflorum) was found in Fukuoka Prefecture, Japan, in 1997. This disease was characterized by wilting and yellowing of the foliage. A cross section of the stem of a diseased plant revealed a tan to yellow-brown discoloration of the vascular tissue. A nonfluorescent, aerobic, Gram-negative bacterium was consistently isolated from infected plants. The bacteriological characteristics of 10 isolates of the bacterium coincided with those of the reference strains of Burkholderia caryophylli that were isolated from carnations. The bacterium, as well as the reference strains, attacked Russell prairie gentian and carnation after artificial inoculation and reproduced the symptoms similar to those after natural infections. On the basis of bacteriological characteristics and pathogenicities, the bacterium was identified as B. caryophylli. This is the first report of a disease caused by B. caryophylli on Russell prairie gentian ; therefore, bacterial wilt of Russell prairie gentian is proposed as the name of the disease. Received 5 April 2000/ Accepted in revised form 11 July 2000     

Detection of the Pinewood Nematode, Bursaphelenchus xylophilus, Using a Real-Time Polymerase Chain Reaction Assay

ABSTRACT The pinewood nematode, Bursaphelenchus xylophilus, has caused significant damage to pine plantations both in East Asia and North America and is an important quarantine organism. A real-time polymerase chain reaction (PCR) assay was developed to detect B. xylophilus. A set of primers and probe specific for B. xylophilus was designed to target the ribosomal DNA internal transcribed spacer region. Optimal primer concentration, Mg(2+) concentration, and extension temperature were 400 nM, 3.0 mM, and 60 degrees C, respectively. The assay was highly specific and sensitive, detecting as little as 0.01 ng of B. xylophilus DNA. The real-time PCR assay also successfully detected B. xylophilus in field samples, and it should be very useful for quarantine purposes.     

烟粉虱中甘薯双生病毒(sweepoviruses)半巢式PCR快速检测技术的建立与应用

甘薯双生病毒(sweepoviruses)是侵染甘薯的一类重要病毒,通过烟粉虱以持久方式传播,我国甘薯上至少存在8种甘薯双生病毒.本研究根据我国已报道的8种甘薯双生病毒基因组保守区设计了一组引物,建立了单头烟粉虱中甘薯双生病毒的半巢式PCR快速检测方法.特异性和灵敏性分析结果表明,半巢式PCR具有较高的特异性和灵敏性,...     

5种仓储豆象的分子鉴定和检测

本研究以在检疫中经常被截获的5种豆象为研究对象,通过对GenBank中5种豆象mtDNA COⅠ序列的查询,并进行序列比对,共设计了30对引物,通过筛选获得5对能分别鉴定5种豆象的特异引物,并用50、25、10、5、1、0.5、0.1、0.05ng/μL 8个不同浓度系列的豆象DNA模板来检测灵敏度,结果表明,豌豆象和四纹豆象特异引物对的灵敏度为0.1ng/μL,蚕豆象、菜豆象和绿豆象特异引物对的灵敏度为0.5ng/μL。该方法可用于快速准确地鉴定5种豆象,对于豆象类害虫的检测监测具有重要意义。     

我国12省市玉米矮花叶病病原鉴定及病毒致病性测定

 利用甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)单克隆抗体细胞株2B5腹水和SCMV、玉米矮花叶病毒(Maize dwarf mosaic virus,MDMV)、高粱花叶病毒(Sorghum mosaic virus,SrMV)和约翰逊草花叶病毒(Johnsongrass mosaic virus,JGMV)的特异性引物对我国浙江、江苏、上海、山东、河南、河北、北京、山西、陕西、甘肃、四川、云南12省市15个地点的176株玉米矮花叶病病样分别进行了间接ELISA和免疫捕获反转录PCR (IC-RT-PCR)检测,结果表明这些病样均含有SCMV,而无MDMV、SrMV或JGMV存在,表明上述12省市的玉米矮花叶病病原为SCMV。进一步对甘肃(GS)、四川(SC)、云南(YN)3个SCMV分离物的近全长CP基因进行了序列测定,并测定了浙江分离物(ZJ)和甘肃分离物(GS)在13个玉米品种上的致病性。     

葡萄根瘤蚜TaqMan-MGB实时荧光定量检测方法的研究

为建立葡萄根瘤蚜实时荧光定量PCR的检测方法,参考Karen Herbert等设计的特异性引物与TaqMan-MGB荧光探针,构建以标准阳性质粒作为标准品制作标准曲线,并经优化反应条件,建立葡萄根瘤蚜的实时荧光PCR绝对定量检测方法,进行敏感性和重复性试验,并对受葡萄根瘤蚜为害的葡萄根际土壤进行初步定性检测.结果表明:该方法的灵敏度可达1.625拷贝/μL,3次重复检测的变异系数均小于5％.提取0.25g含有10头葡萄根瘤蚜若虫土壤的DNA,并将其梯度稀释,用建立的荧光定量PCR进行检测,将DNA稀释103倍后,仍能检测出阳性结果.对受害葡萄根际土壤检测结果为阳性.葡萄根瘤蚜TaqMan-MGB探针实时荧光PCR检测技术具有特异性强,敏感性高,易操作等优点,有很好的应用前景和研究价值.     

香蕉黑腐病菌(Botryodiplodia theobromae)的PCR检测

 根据香蕉黑腐病菌可可球二孢菌(Botryodiplodia theobromae)与其它香蕉病原真菌核糖体基因转录间隔区(rDNA-ITS)ITS1和ITS2间序列差异,设计了特异引物Bth-S(5'-TCTCCCACCCTTTGTGAAC-3')和Bth-A(5'-AAAAGT-TCAGAAGGTTCGTC-3'),利用此引物对包括可可球二孢菌在内的21个菌株基因组DNA进行PCR扩增,结果只有4个可可球二孢菌菌株扩增到422bp特异带,其它17个菌株无扩增产物。灵敏度测试结果表明此特异引物能对1pg的可可球二孢菌基因组DNA进行扩增。对自然感染黑腐病的香蕉果实组织和接种可可球二孢菌或多种香蕉病原真菌混合接种的果实组织进行检测,Bth-S和Bth-A引物对不仅能够在自然感染黑腐病果实组织中特异检测到可可球二孢菌,而且能在未显症和发病的接菌香蕉果实组织中特异检测得到可可球二孢菌。这为香蕉可可球二孢菌潜伏侵染检测提供了技术支持。     

植原体TaqMan探针实时荧光PCR检测鉴定方法的建立

 本研究成功建立了植原体分类鉴定和检测的TaqMan探针实时荧光PCR方法,该方法根据植原体16S rDNA保守区设计了1个TaqMan广谱探针和3个植原体组间点突变特异性探针,并对9种植原体和5种细菌以及3个植物样本进行实时荧光PCR。结果表明,用广谱探针可检测到所有植原体产生荧光信号,而细菌不产生荧光信号。当用植原体组间特异性探针检测时,仅能检测到该组植原体产生荧光信号,检测的敏感性比常规的PCR-电泳检测高约100倍、检测速度有较大提高。由于PCR产物是荧光探针检测,本方法特异性强,并可以用组特异探针直接确定植原体种类。实验采用完全闭管检测,降低了污染机会。本研究为其它原核生物、特别是不能培养菌、难培养菌的检测鉴定和分类提供了新方法。     

Detection and identification of Phytophthora fragariae Hickman by the polymerase chain reaction

Phytophthora fragariae Hickman, which causes strawberry red stele and raspberry root rot, is a quarantine organism for which specific and sensitive detection methods are required to test the health of planting material. Sequences of the internal transcribed spacer regions of the ribosomal gene repeat (rDNA) were used to develop primers for P. fragariae in a nested Polymerase Chain Reaction (PCR). The fungus was readily detected in infected but symptomless roots by nested, but not single-round, PCR. It was also detected in infested water samples obtained from the Dutch General Inspection Service by nested PCR. Detection of PCR products was at least 10-fold more sensitive by PCR-ELISA than by conventional visualisation on agarose gels.