橡胶树抗寒种质遗传多样性分析

应用RAPD和ISSR技术对20份橡胶树抗寒种质进行遗传多样性分析。结果表明，16个RAPD引物和12个ISSR引物分别扩增出条带113和101条，多态性条带指数(PPB)分别为61.1%和63.4%。据Nei-Li相似系数，ISSR标记在相似系数约0.74处，可将20份材料分为野生种质和栽培种质两大类；RAPD标记在相似系数约0.70处，也可将供试材料分为野生种质和栽培种质两类，但只有XJ002420为野生种质。对2种标记的分析结果进行相关分析，结果表明，RAPD和ISSR所检测的遗传相似系数呈极显著正相关，相关系数为0.672。以上结论表明，RAPD和ISSR标记可用于橡胶树种质资源的遗传多样性研究，但鉴于ISSR较RAPD有更强的多态性检出能力，ISSR技术应作为遗传多样性研究的首选单引物标记。     

黄灯笼辣椒种质资源遗传多样性ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对22份国内外黄灯笼辣椒种质的遗传多样性进行了分析,为选配黄灯笼辣椒杂交育种亲本选择提供了参考.根据加拿大哥伦比亚大学公布的100对ISSR引物,从中筛选出17条多态性好、条带稳定的引物,用其对22份黄灯笼辣椒种质进行扩增,共获得154条谱带,其中140条为多态性条带,多态性比率为90.9％,表明ISSR标记对黄灯笼辣椒具有较高的多态性;通过对黄灯笼辣椒ISSR遗传相似系数的统计与分析,品种间的遗传相似系数在0.461～0.870之间,平均为0.778.聚类分析表明,22份材料在遗传相似系数0.52处分为2类,其中L508为种间杂种后代,与其它种质具有较远的亲缘关系,单独为一类;在遗传相似系数0.72处可以分为4类,把不同亲缘关系的种质明显区分开来,表明ISSR分子标记进行黄灯笼辣椒遗传多样性的分析是可行的.黄灯笼辣椒品种间具有较丰富的遗传多样性,并为黄灯笼辣椒品种的选育和种质资源的保护提供了理论依据.     

利用RAPD、ISSR分子标记分析野牡丹属亲缘关系

采用ISSR和RAPD分子标记技术对9个种44份野牡丹属种质资源进行了亲缘关系分析。结果表明:11条ISSR引物共扩增出91条谱带,其中多态性条带90条,多态性条带的比率为98.9%;16条RAPD引物共扩增出113条谱带,其中101条多态性条带,多态性比率为89.38%。2种分子标记相比较,ISSR分子标记检测出的多态性比率更高。44份野牡丹属种质明显聚为2组,种质资源遗传相似系数在0.61~0.88,平均相似系数0.75。基于不同引物的条带组合构建了供试的44份野牡丹属种质资源的ISSR和RAPD指纹图谱,采用这2种指纹图谱可对供试的所有野牡丹属种质资源进行鉴定。     

睡莲种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

利用ISSR分子标记技术对从国内外引种的46份睡莲种质资源进行遗传多样性分析,并对其中的原生种及原生变种构建DNA指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系基础上,为睡莲分类鉴定、杂交育种、功能基因的挖掘和利用及图位克隆等提供理论依据。结果表明：从100条ISSR引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在46份睡莲种质资源中共扩增出281条带,平均每条引物扩增条带数为28.1条,多态性条带281条,多态性比例为100%;平均Shannon信息指数（I）为0.4197,平均Nei’s基因多样性指数（H）为0.2657,平均有效等位基因数（N）1.4139,表现出丰富的遗传多样性;遗传相似系数值在0.51~0.98之间,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了46份睡莲种质资源的亲缘关系,并在相似系数水平为0.68时,可将所有供试材料聚为6类。对总计24个睡莲原生种及原生变种构建了DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的睡莲种质。     

基于ISSR标记的咖啡资源遗传多样性分析

采用ISSR分子标记对87份咖啡资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明,19条ISSR引物扩增出140条带,其中多态性带107条,多态性位点为76.4%。运用UPGMA方法构建了聚类图,在遗传相似系数0.625水平下,87份资源被分为3大类。第Ⅰ类群包括了3份大粒种（Coffea liberica Bull ex Hiern）;第Ⅱ类群为中粒种咖啡（C. canephora Pierre）;第Ⅲ类群包括了全部小粒种资源（C. arabica Linne）,共83份。咖啡种质的遗传关系种间容易划分,在种的分类水平上存在遗传关系多样性,而小粒种咖啡种内遗传多样性较窄。该研究结果将为咖啡种质鉴定、分类及分子育种提供重要科学依据。表明用ISSR分子标记进行咖啡资源遗传多样性的分析是可行的。     

三角梅种质资源的ISSR分析

应用ISSR分子标记技术对68份三角梅种质进行分析,从100个引物中筛选出14个多态性丰富、重复性好的引物,对68份三角梅种质资源的DNA多态性检测共获得了195条谱带,其中多态性条带182条,多态性比率为93.3%。聚类分析结果表明,三角梅品种间的遗传相似系数在0.50～0.97之间,平均相似系数为0.67,这说明供试的68份材料间的遗传多样性不是特别丰富、亲缘关系较近。在0.64水平处将三角梅种质资源分为A类群和B类群,A类群可分为2亚类,B类群还可分为6亚类。本研究从分子水平上揭示了三角梅不同种质资源之间的亲缘关系,进一步明确了种质资源间的遗传距离,为三角梅优良品质性状的选择、杂交育种亲本选配和良种繁育,提供了DNA分子水平上的理论依据。     

SCoT分子标记技术在木薯遗传多样性分析中的应用

应用SCoT标记对不同来源的28份木薯种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明：从36条引物中筛选出19条重复性好、条带清晰的引物对28份木薯材料进行PCR扩增。共扩增出171条带,其中多态性条带123条,平均每条引物扩增多态性条带6.5条,多态性条带比率为71.9％。经NTSYS-pc2.10e软件计算分析,28份木薯种质间遗传相似系数在0.631~0.930之间。利用UPGMA法进行聚类的结果显示：在系数0.68处,木薯材料分为2大类,品种BRA354单独成为一类;在系数为0.734处,28份木薯种质资源主要聚为5大类,聚类结果与材料来源有一定相关性。SCoT标记能在木薯种质间检测出一定程度的遗传多样性,可为木薯遗传育种提供新的技术支持。     

基于SRAP分子标记的特早熟荔枝种质资源遗传多样性分析

以22份特早熟、6份早熟及2份中熟荔枝种质资源为材料,利用SRAP分子标记进行遗传多样性分析,探索特早熟荔枝种质资源的亲缘关系。结果表明：对182对SRAP引物组合进行筛选,获得16对多态性高、条带清晰的SRAP引物组合,共计产生扩增条带182条,其中多态性条带140条,占76.9%。材料间遗传相似系数为0.47~0.99,根据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数0.73处可将30份荔枝样本分成4类,其中第Ⅰ类20份,占66.7%,包括绝大多数特早熟荔枝资源;第Ⅱ类4份,占13.3%,包括‘妃子笑’与部分杂交早熟资源;第Ⅲ类和第Ⅳ类各3份,分别占10%。以上研究结果为特早熟荔枝种质资源发掘、评价及新品种培育提供理论参考。     

基于ISSR标记的建兰种质资源遗传多样性分析

为揭示建兰种质间的亲缘关系,促进建兰种质资源的有效保护和利用。本研究利用ISSR标记分析了源于中国各地的39份建兰品种,并采用UPGMA方法进行了聚类分析。结果表明：6个ISSR引物对39份建兰品种的基因组DNA进行扩增,共扩増出64条清晰条带,其中57条为多态性条带。平均每条引物检测到的条带数为11条,多态性条带10条,多态性比率为89.88%。通过UPGMA法进行聚类分析表明供试材料的遗传相似系数在0.500~0.953之间,供试材料被分为6群集,说明ISSR标记在建兰的品种间具有丰富的多态性,能够很好地揭示建兰品种间的亲缘关系。本研究结果可为建兰种质资源品种鉴定及杂交育种等提供理论依据。     

22份余甘子核心种质资源遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记检测资源圃中保存的代表南方湿润分布区(福建、广东、广西)的22份余甘子种质材料遗传多样性。结果表明:8对SRAP引物组合共产生167条扩增带,其中135条为多态性条带。多态性条带比率为68.8%~90.0%,平均为80.8%。分析计算余甘子种质间的遗传相似度(GS),22份材料GS的范围为0.641~0.964。UPGMA法聚类分析结果表明,22份种质可分为两大类,其中福建地区15份余甘子间的遗传相似系数为0.641~0.964,广东地区5份余甘子的遗传相似系数为0.707~0.952。此研究结果表明,余甘子基因型具有丰富的遗传多样性,SRAP技术可有效运用于余甘子资源的遗传多样性分析。     

Evaluation of genetic diversity in turmeric (Curcuma longa L.) using RAPD and ISSR markers

Turmeric (Curcuma longa L.) is an industrially important plant used for production of curcumin, oleoresin and essential oil. In the present study we examined the genetic diversity among turmeric accessions from 10 different agro-climatic regions comprising 5 cultivars and 55 accessions. Two DNA-based molecular marker techniques, viz., random amplified polymorphism DNA (RAPD) and inter simple sequence repeat (ISSR) were used to assess the genetic diversity in turmeric genotypes. A total of 17 polymorphic primers (11 RAPDs and 6 ISSRs) were used in this study. RAPD analysis of 60 genotypes yielded 94 fragments of which 75 were polymorphic with an average of 6.83 polymorphic fragments per primer. Number of amplified fragments with RAPD primers ranged from 3 to 13 with the size of amplicons ranging from 230 to 3000 bp in size. The polymorphism ranged from 45 to 100 with an average of 91.4%. The 6 ISSR primers produced 66 bands across 60 genotypes of which 52 were polymorphic with an average of 8.6 polymorphic fragments per primer. The number of amplified bands varied from 1 to 14 with size of amplicons ranging from 200 to 2000 bp. The percentage of polymorphism using ISSR primers ranged from 83 to 100 with an average of 95.4%. Nei's dendrogram for 60 samples using both RAPD and ISSR markers demonstrated an extent of 62% correlation between the genetic similarity and geographical location. The result of Nei's genetic diversity (H) generated from the POP gene analysis shows relatively low genetic diversity in turmeric accessions of South eastern ghat (P7), Western undulating zone (P8) with 0.181 and 0.199 value whereas highest genetic diversity (0.257) has been observed in Western central table land (P9). Knowledge on the genetic diversity of turmeric from different agro-climatic regions can be used to future breeding programs for increased curcumin, oleoresin and essential oil production to meet the ever-increasing demand of turmeric for industrial and pharmaceutical uses.     

基于ISSR与ITS-RFLP的花生白绢病菌遗传多样性分析

本研究利用简单重复序列区间（Inter Simple Sequence Repeat,ISSR）和ITS-RFLP技术,对采自我国12个省市的39个花生白绢病菌菌株进行遗传多样性分析。结果表明：从筛选出的17条ISSR引物共扩增出269条DNA谱带,其中多态性谱带266条,平均多态性百分率为98.9%,UPGMA聚类分析将这些菌株分为4个类群。限制性内切酶AluⅠ、RsaⅠ、HpaⅡ和MboⅠ作用内部转录间隔区（Internal Transcribed Spacer,ITS）PCR扩增产物产生的谱带,利用ITS-RFLP分析遗传多样性,将39个菌株划分为7个组群。ISSR和ITS-RFLP的结果均表明花生白绢病菌存在较高的遗传变异,但其遗传相似性与地理来源无明显相关。     

利用ISSR和EST-SSR标记分析茶树遗传多样性的比较

为了比较EST-SSR和ISSR 2种标记在茶树遗传多样性分析上的适用性,应用这2种技术分析了33份茶树资源的遗传多样性.12个ISSR引物共扩增出248条谱带,多态性比率为91.94%,平均多态信息量(PIC)为0.318.30对EST-SSR引物每个位点平均等位基因数为4.9个,平均多态信息量(PIC)为0.499.2种标记都能揭示茶树资源较高的遗传多样性,但从信息量上比较,ISSR标记比EST-SSR标记有较高的分析效率.ISSR和EST-SSR揭示的茶树遗传相似系数分别为0.709和0.734,二者接近.聚类分析表明二者有一定差异,遗传相似系数矩阵相关性分析结果表明2种标记间存在一定的正相关性(r=0.817,P<0.01).因此,这2种标记均可适用于茶树遗传多样性分析.     

广东地区野生狗牙根遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对广东地区30份野生狗牙根进行遗传多样性研究。从50个ISSR引物中筛选出15个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出151条谱带,平均每个引物能扩增出10.07条带,其中多态性条带总数为142条,多态性条带比率达93.7%。材料间遗传相似系数GS=0.58278～0.92715。基于遗传相似系数,利用UPGMA聚类分析表明,供试材料可聚为4类。POPGENE分析软件结果表明,平均Shannon信息指数I=0.5689,平均Nei's基因多样性h=0.3813,每位点平均有效等位基因数ne=1.6196。     

鹤蕉种质资源遗传多样性的AFLP分析

利用荧光标记AFLP技术研究鹤蕉种质遗传多样性及亲缘关系,为合理利用鹤蕉种质资源、培育观赏价值高的鹤蕉新品种提供依据.采用8对E+3和M+3引物组合对52份鹤蕉种质进行总基因组DNA水平上的多态性检测.检测结果共获得1534条可统计的条带.其中1 520条呈多态性,多态性带百分率达99.09%.揭示了鹤蕉种质具有丰富的遗传多样性.聚类分析结果表明,多数鹤蕉种质资源与其花型的大小表现出较为密切的关系;来源相同的种质基本上可聚在一起,反映出品种间的亲缘关系;在相似系数0.56处将52份种质划分为5大类.8组引物在52份供试材料中检测到数目不等的特异带型,这些特异带型对供试鹤蕉种质具有一定的鉴别价值.     

川渝地区重要野生大茶树遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR技术对四川、重庆等地12份重要的野生大茶树资源的遗传多态性进行了分析。从60个随机引物中筛选出7个多态性引物,共扩增出146条DNA带,其中139条为多态性带,占95.2%,平均每个引物扩增的DNA带数为21条。按照相同迁移位上有扩增带记为1、无带为0的方法构建ISSR表型数据矩阵,供试品种的基因(H)和shannon信息系数分别为0.20和0.34。对12株野生大茶树进行UPGMA聚类分析,品种间的相似系数介于0.37～0.71,平均为0.51。并在此基础上建立了聚类分析树状图,将其12个品种划分为3大聚类组。     

马铃薯遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记分析了20个马铃薯材料的遗传多样性和亲缘关系。从60条ISSR引物中筛选出10个ISSR引物,在供试材料中共扩增出57个清晰条带,其中48个具有多态性,多态性比率为84.21%,各扩增条带的多态性信息指数(PIC)平均为0.2055。种质间遗传相似系数变化范围为0.5263～0.9825,平均值为0.7220。通过聚类分析20份马铃薯材料分为五大类,富金单独是一类,第二类有2个品种,即克新17号和黑美人,大西洋和YN-1为第三大类,克新20号和中薯1号为第四类,其余归到第五大类。试验结果显示,所选马铃薯材料的遗传差异比较大,遗传多样性相对丰富。本研究的结果为马铃薯杂交育种的亲本选配提供了理论依据。     

44份香料烟品种ISSR遗传多样性分析

以44份香料烟品种资源为材料,利用ISSR分子标记技术进行了遗传多样性分析.结果表明:100个ISSR引物中可筛选出8个核心引物,在44份香料烟品种中扩增出223个片段,其中209个具多态性.供试香料烟品种的遗传相似系数在0.51～0.96之间,平均为0.79.当相似系数为0.636时,44份香料烟品种可分为两大类,表明44份香料烟品种间的遗传多样性低,急需通过引种及种质创新等手段来丰富香料烟品种的遗传多样性.