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1.
【目的】基于网络药理学构建两面针抗肿瘤的“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”等网络关系,预测其抗肿瘤的作用靶点并对其作用机制进行研究分析。【方法】以口服利用度(OB)及类药性(DL)为限制条件在中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选出两面针主要活性化学成分,在Pharmmapper服务器上筛选和建立两面针靶点数据库。通过OMIM及其他数据库进行抗肿瘤相关基因及蛋白靶点筛选。使用R4.2.1软件做出两面针活性成分、靶点基因和肿瘤。靶点基因相交情况筛选两面针作用靶点。通过Cytoscape 3.6.1软件Merge及Union功能,建立了两面针“有效成分-肿瘤靶点”的可视化交互网络。利用STRING数据库构建抗肿瘤靶点之间的交互网络、PPI网络,利用DAVID数据库对靶蛋白进行KEGG通路注释分析,富集出生物通路,构建出“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”网络。选择其中一个关联度较高的活性化合物作为配体、KEGG富集结果中较为显著的信号通路所涉及靶点作为受体,对活性成分与核心靶蛋白进行分子对接验证。【结果】经筛选和分析获得两面针活性成分21个,抗肿瘤靶点14个,包括EGFR、ESR...  相似文献   

2.
目的 应用网络药理学方法预测夏枯草抗乳腺癌的作用靶点及相关信号通路,挖掘其抗乳腺癌的作用机制。方法 在TCMSP和TCMID数据库中检索并筛选出夏枯草的潜在活性成分,在TCMSP数据库中查询活性成分作用靶点并采用Cytoscape 3.7.1软件构建活性成分-靶点网络图;在HPO和DisGeNET数据库中检索乳腺癌相关基因;将活性成分作用靶点和乳腺癌相关基因进行比对,得到重复项(即活性抗乳腺癌的可能靶点);利用String平台构建潜蛋白互作网络(PPI);使用Cytoscape 3.7.1软件构建夏枯草潜在活性成分-靶点-乳腺癌网络,并根据度值、介数和紧密度筛选出关键靶点;应用Metascape数据库分析关键靶点的KEGG信号通路并进行GO生物过程富集。结果 夏枯草中有19种活性成分,作用于253个靶点;夏枯草有17种成分可作用于乳腺癌相关的29个靶点,其中有7个关键靶点,7种主要活性成分,9条相关信号通路。结论 夏枯草可通过雌激素受体、细胞特异性周期蛋白、表皮生长因子受体等靶点及相关通路,发挥抗乳腺癌作用。  相似文献   

3.
本研究利用网络药理学结合分子对接技术,研究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛作用机制。利用中药系统网络药理学数据库和分析平台(TCMSP)挖掘烧伤膏中金银花、紫草、甘草、当归、黄芩和白芷的成分及作用靶点。通过UniProt等数据库查询靶点对应的基因,进一步通过Cytoscape3.8.2构建化合物-靶点(基因)网络。利用DrugBank数据库和GeneCards数据库检索疼痛的潜在靶点;采用蛋白质相互作用网络数据库(String)进行蛋白相互作用分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白相互作用网络;运用Metascape数据库对关键靶点进行基因本体GO富集分析和KEGG通路富集分析,探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制;采用AutoDock分子对接软件对活性成分与关键辅助缓解疼痛靶点进行验证。通过筛选得到珍珠烧伤膏复方中药的156种活性成分和245个潜在作用靶点;GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目238个、细胞组成(CC)条目36个和分子功能(MF)条目57个;KEGG通路富集分析筛选得到200条信号通路,主要涉及癌症相关通路、PI3K-Akt信号通路、Hepatitis C信号...  相似文献   

4.
运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库,以化合物口服利用度(OB)30%、药物相似性(DL)0.18为条件,检索得到三七(Panax notoginseng)的主要有效成分;通过Drugbank、UniProt数据库进行活性成分靶点提取并用GeneCards、OMIM数据库筛选出关节炎的相关靶点,制作三七治疗关节炎的相关靶点的Veen图,进而使用Cytoscape 3.6.0软件、String数据库分别绘制三七-有效活性成分-靶基因-关节炎的中药网络调控图和蛋白互作(PPI)网络图,最后以R语言为工具,筛选关键靶点并分析其生物过程和重要信号通路,利用网络药理学方法探究三七治疗关节炎的作用机制。结果表明,检索到三七的8个主要成分,得到β-谷甾醇、豆甾醇、人参皂苷rh2等;预测三七治疗关节炎的相关靶点131个;三七关键靶点主要涉及蛋白质异二聚活性、DNA结合转录激活活性,RNA聚合酶II特异性、细胞因子受体结合等生物过程;主要通过糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、乙型肝炎等重要信号通路发挥治疗关节炎的作用。  相似文献   

5.
运用网络药理学方法探讨艾草抗鸡马立克病毒(Marek’s disease virus,MDV)的活性成分、作用靶点及可能的作用机制。利用TCMSP数据库检索艾草化学成分和作用靶点,查阅文献收集MDV相关宿主基因靶点,建立靶点数据库;利用STRING数据库结合Cytoscape 3.8.0软件构建靶点蛋白相互作用网络及活性成分-关键靶点网络,筛选核心靶点和主要活性成分;利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析;最后利用分子对接技术验证主要活性成分与关键靶点的结合能力。结果显示,从艾草中筛选出8种活性成分,共有108个基因靶点与MDV宿主基因存在相互作用,艾草抗MDV作用的主要靶点有JUN、CCND1、CDK1、IL-6等;GO功能分析涉及细胞活性、炎症反应等过程,KEGG富集分析涉及C型凝集素受体信号通路、MAPK信号通路、细胞衰老、p53信号通路、细胞凋亡、Toll样受体信号通路等;异泽兰黄素与靶点蛋白CCND1的对接能力最强。结果表明,艾草主要活性成分异泽兰黄素可能是通过作用于CCND1,干预细胞周期影响细胞活性,进而发挥抗MDV效应。  相似文献   

6.
利用网络药理学和分子对接技术,研究脊痛消胶囊治疗神经根型颈椎病(Cervical Spondylotic Radiculopathy,CSR)的有效成分和作用机制。从TCMSP、TCM-ID和BATMAN-TCM数据库中检索,并筛选脊痛消胶囊的有效活性成分及其作用靶点,使用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库预测CSR的疾病靶点,将活性成分作用靶点与疾病靶点进行映射,得到脊痛消胶囊治疗CSR潜在靶点,利用STRING数据库进行蛋白互作分析,运用Cytoscape软件绘制蛋白互作网络图和药物-活性成分-潜在靶点网络图。利用ClusterProfiler包对潜在靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,用Autodock Vina软件对有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。网络药理学预测结果表明,脊痛消胶囊活性成分有133种,共有275个作用靶基因,CSR相关靶点有7 111个,映射得到交集靶点245个,通过PPI网络筛选得到脊痛消胶囊治疗CSR的关键治疗靶点10个,分别为蛋白激酶B(AKT1)、细胞性肿瘤抗体P53 (P53)、转录因子JUN(JUN)、肿瘤坏死因子(TN...  相似文献   

7.
利用网络药理学技术和生物信息学方法,探讨肝爽颗粒对治疗肝癌(Liver cancer)的活性成分、作用靶点及分子机制。利用TCMSP、Pubchem、SEA和Swiss Target Prediction数据库筛选肝爽颗粒活性成分和作用靶点;通过GeneCards和OMIM数据库筛选liver cancer疾病靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶点-疾病网络和靶点蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终筛选出肝爽颗粒的活性成分20个,靶点832个;肝癌相关的疾病靶点594个,与肝爽颗粒的交集靶点共有93个;构建化合物-靶点-疾病网络和PPI网络的拓扑学分析结果,共筛选出AKT1、PTGS2、TNF、STAT3、VEGFA和JUN等18个关键靶点,GO富集条目391个,主要涉及凋亡过程的负调控、细胞对脂多糖的反应、血管内皮生长因子受体信号通路、肝细胞凋亡过程的负调控、蛋白酪氨酸激酶活性、受体复合物和炎症反应等。KEGG通路显著富集157条,其中与肝癌肝脏相关通路有乙型肝炎、丙型肝...  相似文献   

8.
采用网络药理学和分子对接方法预测芒果叶活性成分及干预肌肉减少症的分子机制。芒果叶活性成分靶点来自中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库,肌肉减少症靶点来自GeneCards、DisGeNET数据库。蛋白相互作用(PPI)网络由Cytoscape生成,通过拓扑分析确定核心靶点。将核心靶点导入DAVID平台,用于GO和KEGG分析,应用Mcule在线平台进行分子对接。最终筛选出25个主要成分,确定7个核心靶点。关键通路涉及乙型肝炎、白细胞介素17等信号通路。分子对接结果表明芒果叶活性成分中槲皮素与丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、基质金属蛋白酶9、肿瘤抑制基因P53及小窝蛋白-1均具有较好结合能力。应用网络药理学和分子对接方法分析预测可知芒果叶具有通过调节细胞凋亡和抗炎来抑制肌减少的潜力,为进一步药理试验和药物开发明确方向。  相似文献   

9.
本研究基于网络药理学与分子对接的方法探讨山慈菇治疗三阴性乳腺癌的作用机制。利用TCMSP数据库和文献中获得山慈菇化学成分,在Swiss Target Prediction平台上搜索活性成分靶点;采用OMIM、GeneCards数据库检索三阴性乳腺癌靶点,并通过String构建蛋白质互作网络,使用DAVID数据库对核心靶点进行GO分析和KEGG通路富集分析;另外选取部分化合物和靶点使用Autodock软件进行分子对接验证;运用Western blot法检测相关调控靶点蛋白的表达。结果显示,共筛选出12个山慈菇活性成分,97个关键靶点,分子对接发现主要靶点HSP90AA1、EGFR、MAPK1、JUN和PIK3CA均与活性成分对接较好。山慈菇的作用靶点富集于PI3K-AKT信号通路,山慈菇通过降低p-AKT和p-PI3K的表达水平进行调控乳腺癌细胞的增殖、凋亡和迁移。本研究初步预测了山慈菇的有效活性成分、关键靶点和作用机制,可为山慈菇治疗三阴性乳腺癌的临床应用提供依据。  相似文献   

10.
运用网络药理学及分子对接技术探讨火把花根治疗IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)潜在分子机制。通过文献检索搜集中药火把花根的化合物成分信息,利用PubChem、SwissADME数据库筛选药物成分,通过Pharmmapper数据库预测药物作用靶点信息。利用DisGenet、DrugBank、GeneCards、OMIM数据库预测IgAN疾病靶点信息。利用R4.2.0 ggvenn包对预测的药物和疾病靶点交互映射、获得交集靶点;利用STRING11.5、Cytoscape 3.9.0对交集靶点进行蛋白互作分析;利用R4.2.0 clusterProfiler包对交集靶点进行GO、KEGG生物信息富集分析,获得火把花根干预IgAN的潜在通路;利用Cytoscape 3.9.0构建药物成分-靶点网络图;使用AutoDock Vina1.1.2对核心成分、受体蛋白结合模式进行分子对接验证。共筛选获得火把花根活性成分19个,预测到火把花根干预IgAN潜在靶点54个,利用cytohubba获得10个核心靶点;GO富集显示潜在靶点主要参与伤口愈合(wound healing)、激素...  相似文献   

11.
运用网络药理学和分子对接方法,探讨熟地、牛膝、茯苓、肉苁蓉和菟丝子等高频调髓中药治疗股骨头坏死(Osteonecrosis of the femoral head,ONFH)的作用机制。借助TCMSP平台,获取高频调髓中药的活性成分与潜在作用靶点,将上述药物作用靶点在Uniprot数据库中进行标准化处理。通过GeneCards和OMIM两大疾病数据库,获取得到ONFH疾病相关基因靶点,对所得到的已规范化的药物活性成分与疾病靶点进行整理合并,得到交集基因靶点。通过Cytoscape软件和String数据库,绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络和构建蛋白互作网络,分析网络中关键活性成分和蛋白靶点。利用R软件对交集基因进行基因本体(Geneontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopediaof Genesand Genomes,KEGG)通路富集分析,得到交集基因富集的功能与信号通路。为了验证药物活性成分与作用靶点结合的稳定性,使用AutoDockTools和AutoDock Vina软件进行分子对接验证,并在PyMOL软件中进行可视化分析,共得到5味...  相似文献   

12.
基于生物信息学、网络药理学和分子对接预测人参调节肺腺癌的关键铁死亡基因、相关通路以及可能的作用机制。通过TCMSP、ETCM和Batman-TCM数据库筛选人参活性成分及作用靶点,应用FerrDb数据库筛选铁死亡相关基因,运用TCGA数据库筛选肺腺癌差异基因,获得交集靶点,基于David数据库对交集基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,利用R语言构建与评估预后模型并筛选铁死亡关键基因,最后使用AutoDock Vina软件进行分子对接。通过Venn分析发现29个人参治疗肺腺癌的铁死亡基因,KEGG信号通路分析可知,Toll样受体信号通路和HIF-1信号通路等可能是人参调控铁死亡基因治疗肺腺癌的主要途径。基于Lasso回归分析构建了一个预后模型,分别由5个铁死亡相关基因(SLC2A1、RRM2、CAV1、TXNRD1和TLR4)组成,经评估证明这5个关键铁死亡基因对肺腺癌的预后影响显著且模型具有可靠性,并认为是人参调控铁死亡治疗肺腺癌的关键基因。分子对接结果显示,发现人参的重要活性成分与5个铁死亡关键基因均能自发结合。人参可通过SLC2A1、RRM2、CAV1、TXNRD1和TLR...  相似文献   

13.
目的 基于网络药理学探讨活血健骨方治疗骨质疏松(OP)活性成分、作用靶点及分子机制.方法 通过文献查找活血健骨方有效成分,并借助有关数据库筛选活血健骨方与OP共同靶点,构建"药材-成分-靶点"网络,进行GO分析和KEGG通路富集分析,并用LEDOCK对关键成分与核心靶点进行分子对接.结果 获得活血健骨方有效成分61个,...  相似文献   

14.
何海  张小荣  赵沙沙  邵晶 《安徽农业科学》2022,50(3):178-185,212
[目的]研究中药复方治疗上呼吸道感染的用药规律及核心中药的作用机制。[方法]通过CNKI数据库收集临床用于上呼吸道感染的中药复方,采用Excel 2010及SPSS 24.0软件对纳入标准的中药进行频次、性味归经、四气五味及功效统计,并对频数大于40的中药进行聚类分析;使用中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)对频数较高且在聚类分析中聚为一类的配伍中药进行成分、靶点筛选,将其靶点与在GeneCards数据库和Malacards数据库中筛选得到的上呼吸道感染的疾病靶点进行匹配,获取高频中药治疗上呼吸道感染的关键靶点;采用STRING平台对关键靶点进行蛋白相互作用(PPI)网络分析;采用DAVID数据库对关键靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过Cytoscape 3.6.1软件构建“中药-活性成分-关键靶点-通路”网络,并进行拓扑分析。[结果]共获得符合标准的中药复方464首,涉及中药414味;其中以补虚药、清热药较多见,归肺、胃经居多,以寒温、苦辛为主;累计频次最高且聚为一类的是黄芪、防风、白术。获得活性成分共32个,核心成分包括槲皮素、山柰酚、异鼠李素、汉...  相似文献   

15.
黄精属百合科黄精属,性味甘甜,食用爽口,具有重要的药用和食用价值。为探讨黄精抗炎可能活性成分及作用机制,借助TCMSP数据库筛选黄精活性成分,利用Pharmmapper和Uniprot数据库查找黄精活性成分靶点基因,借助GeneCards和MalaCards数据库筛选人体炎症相关基因,取交集获取黄精抗炎潜在靶点;在Metascape数据库进行GO富集和KEGG通路注释;使用Cytoscape3.6.1软件构建黄精抗炎潜在靶点的“成分-靶点-通路”网络图,STRING数据库构建PPI网络图。共筛选出(+)-丁香树脂醇-O-β-D-葡萄糖苷、中华在线1、甲基原纤细薯蓣皂苷、西伯利亚蓼苷A、3’-甲氧基大豆苷元、β-谷甾醇等12个潜在活性成分和ALB、EGFR、MAPK1、CASP3、ESR1等65个黄精抗炎潜在靶标,生物信息学富集分析中筛选出46个GO条目和13条KEGG通路,主要涉及Pathways in cancer(癌症的途径)、Prostate cancer(前列腺癌)、IL-17 signaling pathway(IL-17信号通路)、Hepatitis B(乙型肝炎)通路。该研究揭示了黄精抗炎多成分、多靶点、多通路的作用机制,为黄精抗炎机制研究和后续试验研究提供依据。  相似文献   

16.
目的 基于网络药理学、生物信息学等方法研究神经递质参与柴胡龙骨牡蛎汤(CLMD)抗癫痫潜在机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)预测、筛选CLMD可能的生物活性成分,并预测其靶点。利用药物靶点数据库挖掘癫痫相关靶点,构建CLMD药效分子-靶点网络及CLMD药效分子-癫痫靶点网络,采用ClueGo分析CLMD治疗癫痫可能的分子机制,使用锂-匹罗卡品癫痫大鼠模型进行相关机制验证。结果 从TCMSP中获得CLMD中活性成分42个及110个药效分子靶点基因。利用数据库获得213个癫痫靶点。CLMD生物活性成分-癫痫靶点网络构建分析,最终得到CLMD治疗癫痫的169个关键基因,包括共同靶点11个,分别为:CHRNA2、CYP1A2、CYP3A4等。通路富集分析显示,这些重要靶点能够富集到在癫痫发生发展中发挥重要作用的通路上,如GABA-A受体、多巴胺能、谷氨酸能、神经递质受体等信号通路。动物实验验证,CLMD能提高锂-匹罗卡品癫痫大鼠GABA水平,降低DA水平,保护海马CA1区神经元细胞。结论 CLMD治疗癫痫具有多系统、多成分、多靶点的特点,特别是调整神经递质代谢水平。  相似文献   

17.
基于网络药理学方法探讨余甘子治疗糖尿病(DM)、糖尿病肾病(DN)、糖尿病足(DF)的作用靶点、信号通路及潜在的分子生物学作用机制。通过中药系统药理学技术平台(TCSMP)、PubChem数据库筛选出余甘子的有效活性成分及作用靶点;利用DisGenet及GeneCards获取与DM、DN、DF相关的靶点基因;将余甘子活性成分的作用靶点与疾病的靶点基因取交集,得到共同的靶点基因。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“成分-靶点-疾病”网络图;借助STRING在线数据库构建蛋白互作PPI网络图,使用Cytoscape 3.9.1软件插件ClueGo对共同靶点进行基因本体(GO)分析和信号通路(KEGG)分析,筛选出潜在的信号通路,并分析其作用机制。通过筛选得到余甘子的有效活性成分有7个,余甘子作用于DM、DN、DF的靶点分别为116、76、34个,余甘子可同时治疗3种疾病的共同靶点有32个。GO富集分析结果显示,余甘子-糖尿病及其并发症的交集基因的生物功能主要涉及到凋亡过程的负调控、细胞增殖、细胞迁移、蛋白质磷酸化、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)信号通路的正向调控等生物学过程。KEGG...  相似文献   

18.
本研究运用网络药理学和分子对接的分析方法,探究杜仲防治骨质疏松的分子作用机制。通过TCMSP、GeneCards、OMIM以及DrugBank数据库分别对杜仲的入血有效活性成分、作用靶点以及与骨质疏松有关的疾病靶点进行汇总与筛选。将杜仲的有效活性成分与作用靶点经Cytoscape处理建立起药物靶点的网络关系图,找到药物疾病的共同作用靶点;通过STRING平台建立这些靶点的蛋白质言进行关键靶点的基因本体(Gene Ontology, GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析,并将分析数据可视化,最后利用AutoDock进行分子对接验证。结果显示筛选后共得到25个杜仲的有效活性成分和202个预测作用靶点,对应的主要化学成分为槲皮素、山柰酚和?-谷甾醇,与骨质疏松有关的疾病靶点共计4 603个,与杜仲有共计144个共同作用靶点,在这144个关键靶点的PPI网络中筛选后得到14个关键靶点。关键靶点的基因富集结果显示,PTGS2、HSP90AA1、PPARG、ESR1和JUN等核心靶点主要通过...  相似文献   

19.
中药决明子抗氧化作用显著但作用机制仍不清楚,本文旨在运用网络药理学研究方法,阐释决明子的抗氧化作用机制。通过文献和中药系统数据库TCMSP获取决明子的所有化学成分,再根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)筛选出其活性成分及其对应靶点。通过GeneCards数据库查找并预测决明子抗氧化作用靶点,将靶点导入STRING数据库构建靶点间蛋白互作关系,并使用Cytoscape软件进行可视化处理。通过DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。利用AutoDock软件对预测结果进行分子对接验证。最终共筛选出决明子抗氧化作用活性成分11个,抗氧化作用靶点34个,这些靶点主要富集于氧化还原过程(oxidation-reduction process)、正调控活性氧代谢过程(positive regulation of reactive oxygen species metabolic process)等51个生物过程,参与了乙型肝炎相关通路(hepatitis B)、p53信号通路(p53 signaling pathway)、肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway)、非酒精性脂肪肝(non-alcoholic fatty liver disease)和癌症信号通路(pathway in cancer)等154条信号通路。分子对接证实芦荟大黄素、决明内酯等成分可与对应靶点结合,进一步验证了网络药理学预测的可靠性。本研究发现决明子可通过大黄酸、芦荟大黄素、豆甾醇、决明内酯等11种成分作用于TP53、MYC、CASP3、ESR1、JUN等34个靶点发挥抗氧化作用,反映了决明子经多靶点、多途径发挥抗氧化作用的特点,为深入研究决明子抗氧化作用机制提供了参考。  相似文献   

20.
通过网络药理学及分子对接技术阐述一年生、多年生白首乌代谢产物对乙醇性肝损伤的作用机制。使用液相色谱-飞行时间质谱分析白首乌提取物的化学组成,通过PubChem数据库及文献查找方法筛选出具有生物活性的成分,预测成分靶点、获取疾病靶点并通过构建蛋白质-蛋白质互作网络,筛选关键成分及核心靶点,最后对交集靶点进行富集通路分析与分子对接及可视化处理。经过筛选发现,白首乌含有25种已认证的生物活性因子,其在多年生白首乌中的含量显著高于一年生白首乌(活性成分有20种);一年生白首乌中含量显著高于多年生白首乌(活性成分有5种),验证了白首乌主要活性成分中的多糖类、氨基酸类能与潜在作用靶点发生相互作用。最后得出,一年生白首乌中的成分是通过减少细胞色素活性及减轻炎症反应来抑制乙醇性肝损伤及相关疾病,多年生白首乌中的成分则是通过影响基因表达及能量代谢途径来实现保护肝脏的功能。  相似文献   

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