基于网络药理学和分子对接的“当归-川芎”药对作用机制研究

研究"当归-川芎"药对的网络药理学机制,并用分子对接进行验证.通过检索数据库和文献,筛选出当归和川芎的活性成分及靶点,构建"成分-靶点"网络,得到关键靶点,分析其与FDA批准药物靶点的共同靶点,建立"共同靶点-疾病"网络.将关键靶点进行基因功能和KEGG通路分析,药对活性成分与关键靶点进行分子对接,共筛选出"当归-川芎"药对活性成分14个,对应257个靶点,分析"成分-靶点"网络得到54个关键靶点,与FDA批准药物靶点的共同靶点有34个,涉及113种疾病.关键靶点主要参与155个生物学过程、 29个细胞组分和66个分子功能,还参与了Pathways in cancer, Estrogen signaling pathway, Proteoglycans in cancer等58条信号通路.分子对接结果表明:6个活性成分与7个靶点对接成功.揭示了"当归-川芎"药对的主要活性成分、靶点、潜在治疗的疾病及作用机制,为其临床应用提供了参考.     

基于网络药理学探讨活血健骨方治疗骨质疏松的潜在作用机制

目的 基于网络药理学探讨活血健骨方治疗骨质疏松(OP)活性成分、作用靶点及分子机制.方法 通过文献查找活血健骨方有效成分,并借助有关数据库筛选活血健骨方与OP共同靶点,构建"药材-成分-靶点"网络,进行GO分析和KEGG通路富集分析,并用LEDOCK对关键成分与核心靶点进行分子对接.结果 获得活血健骨方有效成分61个,...     

基于网络药理学与分子对接探究黄芪-葛根-丹参治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

本文运用网络药理学研究方法探究黄芪葛根丹参中有效成分治疗糖尿病视网膜病（DR）的潜在机制。采用TCMSP平台筛选黄芪葛根丹参的活性成分及靶点，通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET和DrugBank数据库筛选DR相关靶点，以及在UniProt数据库查询成分和疾病靶点对应的基因名。利用STRING数据库结合Cytoscape软件进行拓扑分析，筛选出核心靶标并绘制网络互作图，再利用Metascape平台对药物疾病共同靶点进行GO和KEGG通路富集分析并建立成分靶点通路网络模型，最后使用Discovery Studio和AutoDock Vina软件对其重要化合物与DR关键靶点进行分子对接验证。通过上述方法共筛选得到中药有效成分89个及靶点基因247个，DR相关基因共4 231个，其中药物疾病共同靶点145个，涉及有效成分76个；GO富集分析涉及生物过程1 864条（P <0.05）;KEGG富集分析通路共205条（P <0.05），主要有AGE-RAGE、P13K-Akt、TNF和HIF-1信号通路等；关键成分槲皮素、木犀草素、山柰酚、异鼠李素、刺芒柄花素和...     

基于网络药理学和分子对接探究绞股蓝抗高脂血症的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨绞股蓝防治高脂血症（Hyperlipidaemia, HLP）的可能机制。利用TCMSP数据库搜集绞股蓝的主要活性成分及作用靶点，选定DrugBank数据库、TTD数据库和GeneCards数据库筛选高脂血症有关基因，选取的交集靶点导入String构建蛋白互作，并对结果数据导入Cytoscape 3.8.2进行可视化。应用Metascape数据库，对交集基因进行GO富集和KEGG通路富集分析，最后对关键活性成分和关键蛋白进行分子对接验证。筛选绞股蓝中槲皮素、山柰酚、豆甾醇和绞股蓝皂苷等27个有效成分，预测治疗高脂血症的相关靶点109个，GO功能富集和KEGG通路富集结果显示，绞股蓝治疗高脂血症作用机制主要涉及细胞对激素、无机物和脂多糖应答等生物过程，并通过脂质与动脉硬化、AGE-RAGE信号通路和胰岛素抵抗等多条通路共同发挥作用；分子对接结果也进一步表明，潜在活性成分和RELA、TNF、AKT1、TP53等关键靶蛋白均具有较好的亲和作用。绞股蓝治疗高脂血症的特点符合多成分、多靶点和多通路的中药复方作用机理，可为绞股蓝治疗高脂血症的进一步研究提供理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨高频调髓中药治疗股骨头坏死的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法,探讨熟地、牛膝、茯苓、肉苁蓉和菟丝子等高频调髓中药治疗股骨头坏死(Osteonecrosis of the femoral head,ONFH)的作用机制。借助TCMSP平台,获取高频调髓中药的活性成分与潜在作用靶点,将上述药物作用靶点在Uniprot数据库中进行标准化处理。通过GeneCards和OMIM两大疾病数据库,获取得到ONFH疾病相关基因靶点,对所得到的已规范化的药物活性成分与疾病靶点进行整理合并,得到交集基因靶点。通过Cytoscape软件和String数据库,绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络和构建蛋白互作网络,分析网络中关键活性成分和蛋白靶点。利用R软件对交集基因进行基因本体(Geneontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopediaof Genesand Genomes,KEGG)通路富集分析,得到交集基因富集的功能与信号通路。为了验证药物活性成分与作用靶点结合的稳定性,使用AutoDockTools和AutoDock Vina软件进行分子对接验证,并在PyMOL软件中进行可视化分析,共得到5味...     

脊痛消胶囊对神经根型颈椎病作用机制的网络药理学研究

利用网络药理学和分子对接技术,研究脊痛消胶囊治疗神经根型颈椎病(Cervical Spondylotic Radiculopathy,CSR)的有效成分和作用机制。从TCMSP、TCM-ID和BATMAN-TCM数据库中检索,并筛选脊痛消胶囊的有效活性成分及其作用靶点,使用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库预测CSR的疾病靶点,将活性成分作用靶点与疾病靶点进行映射,得到脊痛消胶囊治疗CSR潜在靶点,利用STRING数据库进行蛋白互作分析,运用Cytoscape软件绘制蛋白互作网络图和药物-活性成分-潜在靶点网络图。利用ClusterProfiler包对潜在靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,用Autodock Vina软件对有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。网络药理学预测结果表明,脊痛消胶囊活性成分有133种,共有275个作用靶基因,CSR相关靶点有7 111个,映射得到交集靶点245个,通过PPI网络筛选得到脊痛消胶囊治疗CSR的关键治疗靶点10个,分别为蛋白激酶B(AKT1)、细胞性肿瘤抗体P53 (P53)、转录因子JUN(JUN)、肿瘤坏死因子(TN...     

基于网络药理学探讨艾草抗鸡马立克病毒的活性成分与作用机制

运用网络药理学方法探讨艾草抗鸡马立克病毒（Marek’s disease virus,MDV）的活性成分、作用靶点及可能的作用机制。利用TCMSP数据库检索艾草化学成分和作用靶点,查阅文献收集MDV相关宿主基因靶点,建立靶点数据库;利用STRING数据库结合Cytoscape 3.8.0软件构建靶点蛋白相互作用网络及活性成分-关键靶点网络,筛选核心靶点和主要活性成分;利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析;最后利用分子对接技术验证主要活性成分与关键靶点的结合能力。结果显示,从艾草中筛选出8种活性成分,共有108个基因靶点与MDV宿主基因存在相互作用,艾草抗MDV作用的主要靶点有JUN、CCND1、CDK1、IL-6等;GO功能分析涉及细胞活性、炎症反应等过程,KEGG富集分析涉及C型凝集素受体信号通路、MAPK信号通路、细胞衰老、p53信号通路、细胞凋亡、Toll样受体信号通路等;异泽兰黄素与靶点蛋白CCND1的对接能力最强。结果表明,艾草主要活性成分异泽兰黄素可能是通过作用于CCND1,干预细胞周期影响细胞活性,进而发挥抗MDV效应。     

基于网络药理学分子对接探讨山慈菇抗三阴性乳腺癌的分子机制

本研究基于网络药理学与分子对接的方法探讨山慈菇治疗三阴性乳腺癌的作用机制。利用TCMSP数据库和文献中获得山慈菇化学成分,在Swiss Target Prediction平台上搜索活性成分靶点;采用OMIM、GeneCards数据库检索三阴性乳腺癌靶点,并通过String构建蛋白质互作网络,使用DAVID数据库对核心靶点进行GO分析和KEGG通路富集分析;另外选取部分化合物和靶点使用Autodock软件进行分子对接验证;运用Western blot法检测相关调控靶点蛋白的表达。结果显示,共筛选出12个山慈菇活性成分,97个关键靶点,分子对接发现主要靶点HSP90AA1、EGFR、MAPK1、JUN和PIK3CA均与活性成分对接较好。山慈菇的作用靶点富集于PI3K-AKT信号通路,山慈菇通过降低p-AKT和p-PI3K的表达水平进行调控乳腺癌细胞的增殖、凋亡和迁移。本研究初步预测了山慈菇的有效活性成分、关键靶点和作用机制,可为山慈菇治疗三阴性乳腺癌的临床应用提供依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制

本研究利用网络药理学结合分子对接技术,研究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛作用机制。利用中药系统网络药理学数据库和分析平台(TCMSP)挖掘烧伤膏中金银花、紫草、甘草、当归、黄芩和白芷的成分及作用靶点。通过UniProt等数据库查询靶点对应的基因,进一步通过Cytoscape3.8.2构建化合物-靶点(基因)网络。利用DrugBank数据库和GeneCards数据库检索疼痛的潜在靶点;采用蛋白质相互作用网络数据库(String)进行蛋白相互作用分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白相互作用网络;运用Metascape数据库对关键靶点进行基因本体GO富集分析和KEGG通路富集分析,探究珍珠烧伤膏辅助缓解疼痛的作用机制;采用AutoDock分子对接软件对活性成分与关键辅助缓解疼痛靶点进行验证。通过筛选得到珍珠烧伤膏复方中药的156种活性成分和245个潜在作用靶点;GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目238个、细胞组成(CC)条目36个和分子功能(MF)条目57个;KEGG通路富集分析筛选得到200条信号通路,主要涉及癌症相关通路、PI3K-Akt信号通路、Hepatitis C信号...     

基于网络药理学和分子对接探讨上中下通用痛风方治疗痛风性关节炎的分子机制

本文探讨上中下通用痛风方治疗痛风性关节炎(GA)的潜在分子机制。检索中药系统药理学分析平台,挖掘上中下通用痛风方的活性成分和对应靶点,检索DisGeNET、GeneCards和DrugBank等数据库,挖掘GA疾病靶点,采用R语言Venn包,获取药物与GA的交集靶点基因。采用Cytoscape 3.8.0构建药物-成分-靶点网络并筛选核心成分;采用String平台构建交集靶点的蛋白互作网络并筛选核心靶点基因。采用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,采用AutoDock Vina软件进行分子对接。共挖掘出上中下通用痛风方与GA交集靶点基因45个。筛选出槲皮素、黄芩素和汉黄芩素等7种核心成分,重组人趋化因子8(CXCL8)、白介素(IL)-1β等3种核心靶点基因。GO功能共富集1 561个条目,主要涉及对脂多糖的反应、细胞膜凹样内陷和氧化还原酶活性等;KEGG通路共富集120个条目,如AGE-RAGE、IL-17等。分子对接结果表明,核心成分与靶点蛋白结合活性良好。上中下通用痛风方核心成分槲皮素、黄芩素和汉黄芩素等可通过作用于CXCL8、IL-1β等核心靶点对AGE-RAGE和IL-...     

基于网络药理学及分子对接技术分析核桃治疗高尿酸血症的作用机制

基于网络药理学方法及分子对接技术分析核桃（Juglans regia L.）治疗高尿酸血症（Hyperuricemia,HUA）的作用机制，利用中药系统药理数据库和分析平台（Traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）预测核桃活性成分的作用靶点，运用OMIM、GeneCards和DrugBank数据库检索HUA疾病靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件进行作用靶点-活性成分-疾病网络绘制，利用Metascape平台进行富集分析。使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接，对活性成分及重要靶点的结合度进行验证。结果表明，共筛选出核桃活性成分5种，与HUA有交集靶点16个；富集程度较高的信号通路包括癌症信号通路、化学致癌-受体激活信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路和卡波西肉瘤相关疱疹病毒信号通路；通过分子对接验证试验可知，核桃中主要活性成分与重要靶点结合紧密。     

基于生物信息学及分子动力学探讨牛膝影响铁死亡治疗骨质疏松机制

通过生物信息学分析、分子对接及分子动力学来研究牛膝通过影响铁死亡治疗骨质疏松（Osteoporosis, OP）的潜在作用机制。在GEO数据库获取GSE56116、GSE2208和GSE7158共3个数据集，采用R软件进行差异分析得出OP潜在的发病基因。利用中药系统药理学技术平台（TCMSP）检索牛膝的成分和作用靶点，再通过FerrDb数据库获取铁死亡相关靶点与分析3个数据集所得的差异基因取交集得到关键治疗靶点。通过蛋白质印迹试验验证关键治疗靶点在对照组与OP患者血液中的差异表达情况，再对关键治疗靶点与牛膝的活性成分黄芩素进行分子对接及分子动力学模拟。本研究共筛选出关键靶基因1个（花生四烯酸-12-脂加氧酶，ALOX12）。蛋白质印迹试验结果显示ALOX12在OP中表达显著升高（P <0.05）。分子对接及分子动力学结果显示黄芩素能够与ALOX12紧密对接，通过氢键及疏水键形成稳定结构而发挥作用。牛膝可能通过作用于ALOX12影响铁死亡从而起到治疗OP作用。     

基于网络药理学预测肝爽颗粒治疗肝癌的作用机制

利用网络药理学技术和生物信息学方法,探讨肝爽颗粒对治疗肝癌(Liver cancer)的活性成分、作用靶点及分子机制。利用TCMSP、Pubchem、SEA和Swiss Target Prediction数据库筛选肝爽颗粒活性成分和作用靶点;通过GeneCards和OMIM数据库筛选liver cancer疾病靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶点-疾病网络和靶点蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终筛选出肝爽颗粒的活性成分20个,靶点832个;肝癌相关的疾病靶点594个,与肝爽颗粒的交集靶点共有93个;构建化合物-靶点-疾病网络和PPI网络的拓扑学分析结果,共筛选出AKT1、PTGS2、TNF、STAT3、VEGFA和JUN等18个关键靶点,GO富集条目391个,主要涉及凋亡过程的负调控、细胞对脂多糖的反应、血管内皮生长因子受体信号通路、肝细胞凋亡过程的负调控、蛋白酪氨酸激酶活性、受体复合物和炎症反应等。KEGG通路显著富集157条,其中与肝癌肝脏相关通路有乙型肝炎、丙型肝...     

基于网络药理学及代谢产物分析白首乌对乙醇性肝损伤的作用机制

通过网络药理学及分子对接技术阐述一年生、多年生白首乌代谢产物对乙醇性肝损伤的作用机制。使用液相色谱-飞行时间质谱分析白首乌提取物的化学组成，通过PubChem数据库及文献查找方法筛选出具有生物活性的成分，预测成分靶点、获取疾病靶点并通过构建蛋白质-蛋白质互作网络，筛选关键成分及核心靶点，最后对交集靶点进行富集通路分析与分子对接及可视化处理。经过筛选发现，白首乌含有25种已认证的生物活性因子，其在多年生白首乌中的含量显著高于一年生白首乌(活性成分有20种);一年生白首乌中含量显著高于多年生白首乌(活性成分有5种),验证了白首乌主要活性成分中的多糖类、氨基酸类能与潜在作用靶点发生相互作用。最后得出，一年生白首乌中的成分是通过减少细胞色素活性及减轻炎症反应来抑制乙醇性肝损伤及相关疾病，多年生白首乌中的成分则是通过影响基因表达及能量代谢途径来实现保护肝脏的功能。     

基于网络药理学与分子对接探讨火把花根干预IgA肾病的作用机制研究

运用网络药理学及分子对接技术探讨火把花根治疗IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)潜在分子机制。通过文献检索搜集中药火把花根的化合物成分信息,利用PubChem、SwissADME数据库筛选药物成分,通过Pharmmapper数据库预测药物作用靶点信息。利用DisGenet、DrugBank、GeneCards、OMIM数据库预测IgAN疾病靶点信息。利用R4.2.0 ggvenn包对预测的药物和疾病靶点交互映射、获得交集靶点;利用STRING11.5、Cytoscape 3.9.0对交集靶点进行蛋白互作分析;利用R4.2.0 clusterProfiler包对交集靶点进行GO、KEGG生物信息富集分析,获得火把花根干预IgAN的潜在通路;利用Cytoscape 3.9.0构建药物成分-靶点网络图;使用AutoDock Vina1.1.2对核心成分、受体蛋白结合模式进行分子对接验证。共筛选获得火把花根活性成分19个,预测到火把花根干预IgAN潜在靶点54个,利用cytohubba获得10个核心靶点;GO富集显示潜在靶点主要参与伤口愈合(wound healing)、激素...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝茯苓丸治疗肝硬化的作用机制

探究桂枝茯苓丸治疗肝硬化潜在的作用机制。利用TCMSP、ETCM和HERB数据库获得桂枝茯苓丸的化学成分及作用靶点,Genecards、OMIM和TTD数据库收集肝硬化相关靶点,并运用Venn图获取药物和疾病交集靶点。通过STRING在线数据库对交集靶点蛋白构建蛋白相互作用网络(PPI),采用Cytoscape 3.9.1软件对结果进行可视化分析。使用Metascape数据平台进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,AutoDock Tools 1.5.7和Discovery Studio 2021软件进行分子对接验证。共获得桂枝茯苓丸的有效成分56个,PPI包含靶点蛋白121个,关键蛋白包括TNF、AKT1和TP53等。GO功能分析,得到桂枝茯苓丸治疗肝硬化主要通过对活性氧的反应、对脂多糖的反应和对细菌来源的分子反应等发挥作用。KEGG通路富集分析结果显示,桂枝茯苓丸治疗肝硬化的机制可能与AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路和IL-17信号通路等有关。分子对接发现药物核心活性成分与靶点基因之间的结合活性良好。本文初步揭示了桂枝茯苓丸治疗肝硬化的多成分、多靶点和多通路的作用机制,为...     

基于网络药理学探讨余甘子治疗糖尿病及其并发症的机制

基于网络药理学方法探讨余甘子治疗糖尿病（DM）、糖尿病肾病（DN）、糖尿病足（DF）的作用靶点、信号通路及潜在的分子生物学作用机制。通过中药系统药理学技术平台（TCSMP）、PubChem数据库筛选出余甘子的有效活性成分及作用靶点;利用DisGenet及GeneCards获取与DM、DN、DF相关的靶点基因;将余甘子活性成分的作用靶点与疾病的靶点基因取交集,得到共同的靶点基因。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“成分-靶点-疾病”网络图;借助STRING在线数据库构建蛋白互作PPI网络图,使用Cytoscape 3.9.1软件插件ClueGo对共同靶点进行基因本体（GO）分析和信号通路（KEGG）分析,筛选出潜在的信号通路,并分析其作用机制。通过筛选得到余甘子的有效活性成分有7个,余甘子作用于DM、DN、DF的靶点分别为116、76、34个,余甘子可同时治疗3种疾病的共同靶点有32个。GO富集分析结果显示,余甘子-糖尿病及其并发症的交集基因的生物功能主要涉及到凋亡过程的负调控、细胞增殖、细胞迁移、蛋白质磷酸化、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K）信号通路的正向调控等生物学过程。KEGG...     

基于网络药理学探究滇黄精抗疲劳作用及其机制

【目的】基于网络药理学探究滇黄精(Polygonatum kingianum)潜在的抗疲劳机制。【方法】使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、CNKI和DrugBank数据库搜寻滇黄精的主要活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库预测各活性成分的作用靶点;通过Disgenet数据库获取与疲劳有关的靶点;借助Venny 2.1.0和Cytoscape v3.9.0构建滇黄精—活性成分—抗疲劳靶点网络,根据其节点度值筛选滇黄精的主要活性成分。通过String数据库构建蛋白质互作（protein-protein interaction,PPI）网络,通过节点度值筛选滇黄精抗疲劳的关键靶点。使用DAVID数据库对筛选的关键靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。使用AutoDock Vina软件对滇黄精的主要活性成分与抗疲劳关键靶点进行分子对接。【结果】获得滇黄精活性成分38种;预测得到滇黄精抗疲劳靶点30个;...     

基于网络药理学探讨芒果叶干预肌肉减少症的活性成分和分子机制

采用网络药理学和分子对接方法预测芒果叶活性成分及干预肌肉减少症的分子机制。芒果叶活性成分靶点来自中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库，肌肉减少症靶点来自GeneCards、DisGeNET数据库。蛋白相互作用（PPI）网络由Cytoscape生成，通过拓扑分析确定核心靶点。将核心靶点导入DAVID平台，用于GO和KEGG分析，应用Mcule在线平台进行分子对接。最终筛选出25个主要成分，确定7个核心靶点。关键通路涉及乙型肝炎、白细胞介素17等信号通路。分子对接结果表明芒果叶活性成分中槲皮素与丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、基质金属蛋白酶9、肿瘤抑制基因P53及小窝蛋白-1均具有较好结合能力。应用网络药理学和分子对接方法分析预测可知芒果叶具有通过调节细胞凋亡和抗炎来抑制肌减少的潜力，为进一步药理试验和药物开发明确方向。     

基于生物信息学、网络药理学及分子对接探讨人参调控肺腺癌的铁死亡机制

基于生物信息学、网络药理学和分子对接预测人参调节肺腺癌的关键铁死亡基因、相关通路以及可能的作用机制。通过TCMSP、ETCM和Batman-TCM数据库筛选人参活性成分及作用靶点,应用FerrDb数据库筛选铁死亡相关基因,运用TCGA数据库筛选肺腺癌差异基因,获得交集靶点,基于David数据库对交集基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,利用R语言构建与评估预后模型并筛选铁死亡关键基因,最后使用AutoDock Vina软件进行分子对接。通过Venn分析发现29个人参治疗肺腺癌的铁死亡基因,KEGG信号通路分析可知,Toll样受体信号通路和HIF-1信号通路等可能是人参调控铁死亡基因治疗肺腺癌的主要途径。基于Lasso回归分析构建了一个预后模型,分别由5个铁死亡相关基因(SLC2A1、RRM2、CAV1、TXNRD1和TLR4)组成,经评估证明这5个关键铁死亡基因对肺腺癌的预后影响显著且模型具有可靠性,并认为是人参调控铁死亡治疗肺腺癌的关键基因。分子对接结果显示,发现人参的重要活性成分与5个铁死亡关键基因均能自发结合。人参可通过SLC2A1、RRM2、CAV1、TXNRD1和TLR...