鸡粪好氧堆肥中温期效应细菌及放线菌的筛选及属别鉴定

文章对鸡粪好氧堆肥中温期细菌、放线菌的组成及作用进行了探索。结果表明,细菌具有群体数量优势;整体分解有机物的效果也是细菌强于放线菌;经筛选鉴定效应菌株分别为芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、变形菌属(Proteus sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)、克雷伯氏菌属(Klebsiella sp.)、螺孢菌属(Spirillospora sp.)、链霉菌属(Streptomyces sp.)和指孢囊菌属(Dactylosporangium sp.),其中假单胞菌属、克雷伯氏菌属、芽孢杆菌属、链霉菌属和指孢囊菌属对淀粉多糖类有机质具有分解能力,芽孢杆菌属、假单胞菌属、变形菌属、葡萄球菌属、螺孢菌属、链霉菌属和指孢囊菌属对蛋白类有机物具有分解作用,芽孢菌属、葡萄球菌属、克雷伯氏菌属、螺孢菌属和指孢囊菌属对脂肪类有机物具有分解能力。     

药用植物细叶石仙桃内生细菌的分离和分子鉴定

以采自雁荡山、白岩山和划岩山3个样地的细叶石仙桃为材料,在分离和培养内生细菌的基础上,利用分子生物学手段对其进行鉴定。研究结果表明,共分离到13种内生细菌,它们来自果胶杆菌属、克雷伯氏菌属、泛菌属、科泽氏菌属、藤黄色杆菌属、肠杆菌属、假单胞菌属、类芽孢杆菌属和芽孢杆菌属等9个属;栖稻假单胞菌和胶质类芽孢杆菌为雁荡山细叶石仙桃特有,韦氏芽孢杆菌为划岩山细叶石仙桃特有。     

重庆地区草地贪夜蛾肠道细菌的分离鉴定

为了解入侵重庆地区草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)肠道所携带的细菌组成,以采集自巫溪、巫山地区玉米地里的草地贪夜蛾为材料,运用传统培养方法分离了其肠道优势细菌,并基于16S rDNA测序开展了优势菌的属水平鉴定,共获得了30个细菌分离株,经16S rDNA序列同源性分析,可归于5个属,分别为克雷伯氏菌属(Klebsiella)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)以及气单胞菌属(Aeromonas);其中,克雷伯氏菌属(Klebsiella)的丰度最高,占所有分离菌株的63%;假单胞属(Pseudomonas)和肠杆菌属(Enterobacter)菌株仅在巫山地区分离得到,气单胞菌属(Aeromonas)仅在巫溪地区分离得到.实验确定了入侵重庆地区草地贪夜蛾肠道优势细菌的种类及丰度,为后续研究草地贪夜蛾肠道微生物对宿主的生长发育以及迁飞等重要问题奠定了基础.     

ACC脱氨酶活性细菌筛选及其对番茄初生苗生长的影响

采用富集筛选法,以1-氨基环丙烷-1-羧酸(1-a m inocyc lopropane-1-carboxylate,ACC)为唯一氮源,从不同蔬菜植株根围快速筛选出46株ACC脱氨酶活性细菌。其中菌株LA1、XG32、YC1的ACC脱氨酶酶活性较高,并可促进番茄初生苗生长,且浇菌液接菌促生效果好于浸种接菌。同时试验表明3株酶活细菌可以缓解0.5%NaC l和间隔5℃低温胁迫对番茄初生苗伤害的影响。B iolog系统鉴定LA1为恶臭假单胞菌B型(Pseudo-m onas putidab iotype B),菌株XG32为波纹假单胞菌(P.corrugata),菌株YC1为假单胞菌(Pseudom onassp.)。     

产生木聚糖酶的兼性厌氧菌的生物学特性与酶的酶学特征

从沼气发酵体系中分离的产木聚糖酶菌株,经16SrDNA测序分析,生理生化鉴定生物学特性表明:YNUCC0237(S6-1)菌株是肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae),B5-1菌株是摩氏摩根菌(Morganella morganii),B5-3菌株为Enterococcussp.,B1-1h和B1-2h菌株均为Pseudomonassp.。前3株菌是兼性厌氧菌,后2株不能在固体培养基表面好氧生长。酶产生主要在厌氧条件下,摇瓶条件下不产或产酶相对很低。S6-1菌株产酶活力可达40IU,酶与底物反应的最适pH值6.5,温度50℃。S6-1菌株具有广泛全面的食性,说明该属克雷伯氏菌具有对基质利用的多样性和代谢多功能性,是生物质转化利用中具有较大潜力的一类微生物资源。     

鱼塘底泥中紫色非硫细菌的分离及鉴定

为了解鱼塘污泥中光合细菌的类群分布,利用特异性培养基对采自周口地区鱼塘的泥水样品进行富集、分离和纯化,得到4株紫色非硫细菌(PNSB)。根据菌落及菌体形态学观察、活细胞吸收光谱测定、碳源和生长因子利用等生理生化试验,确定PSB-1和PSB-4菌株属于红假单胞菌属中的沼泽红假单胞菌,PSB-2菌株属于红假单胞菌属中的荚膜红假单胞菌,PSB-3菌株属于红细菌属中的万尼氏红微菌。研究表明,鱼塘污泥中广泛存在紫色非硫细菌类群。     

蚯蚓液体肥料中细菌的分离鉴定及多样性研究

采用高通量测序技术、细菌分离鉴定、16S rDNA序列分析鉴定及系统发育树的建立,对蚯蚓液体肥料中优势细菌种类在门及属水平上细菌相对丰度进行研究,最终分离得到脱氮假单胞菌(Pseudomonas denitrificans)、陶厄氏属(Thauera)、门多萨假单胞菌(Pseudomonas mendocina)、柯赫芽胞杆菌(Bacillus kochii)、地衣芽胞杆菌(Bacillus licheniformis)、高地芽胞杆菌(Bacillus altitudinis)、Rummeliibacillus pycnus、枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)、Bacillus solani、黄海芽胞杆菌(Bacillus marisflavi)共10株不同特征的纯化菌株。结果表明：在细菌门水平上厚壁菌门为优势菌门,细菌属水平上芽胞杆菌属为优势菌属。分离出的10株细菌中6株为芽胞杆菌属。     

广西北部湾近海产胞外多糖细菌多样性及其抗氧化活性分析

[目的]鉴定广西北部湾近海产胞外多糖(EPS)的海洋细菌种类多样性,并测定其EPS生物学活性,为后续研究EPS活性及其开发利用打下基础.[方法]采用黏液比色法、乙醇沉法和苯酚硫酸法初筛产EPS细菌,通过16S rD-NA序列鉴定细菌种属并进行遗传进化分析,以1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(DPPH)测定EPS的抗氧化活性.[结果]从广西北部湾近海海水、沙粒和红树林泥土中共分离出205株产EPS细菌,结合分离株的菌落特征和形态观察结果可将所分离获得的细菌归为28种细菌.对28株代表细菌株进行鉴定,结果显示分属于2个纲(芽孢杆菌纲和γ-变形菌纲)、4个目(芽孢杆菌目、假单胞菌目、弧菌目和肠杆菌目)、4个科(芽孢杆菌科、莫拉菌科、弧菌科和肠杆菌科)、6个属(芽孢杆菌属、葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属)、15个种;优势菌属为芽孢杆菌属,占所鉴定菌株的71.43%,其次为葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属.EPS活性检测结果显示,不同种属细菌所产EPS均具有一定的DPPH清除作用,但不同菌株间差异明显,清除率为9.43%~71.10%.[结论]从广西北部湾近海地区共分离鉴定出2纲4目4科6属15种产EPS的海洋细菌,以芽孢杆菌属为主,存在种类多样性,且各类细菌分泌产生的EPS均具有一定抗氧化活性.     

16S rDNA文库法分析草鱼肝胰脏和胆汁细菌群落组成

利用16S rDNA文库随机测序法分析了草鱼肝胰脏和胆汁细菌菌落组成,结果表明,在肝胰脏中共鉴定出19种共生细菌,分别隶属于气单胞菌属、假单胞菌属、摩根菌属、不动杆菌属、弧菌属和变形杆菌属。气单胞菌属和假单胞菌属为优势属,气单胞菌属的丰度为36.17%,假单胞菌属为31.91%。其中,气单胞菌属的GZ16和假单胞菌属的GZ9菌株丰度最高,均为12.77%。在胆汁中共鉴定出10种共生细菌,分别隶属于气单胞菌属、假单胞菌属、摩根菌属和变形杆菌属。气单胞菌属和假单胞菌属为优势属,气单胞菌属的丰度为35%,假单胞菌属为27.5%。其中,变形杆菌属的DN1菌株丰度最高,为25%。肝胰脏中只有10.5%的细菌群落与胆汁的细菌群落相似,胆汁中只有20%的细菌群落与肝胰脏相似,表明草鱼肝胰脏和胆汁有各自特有的共生细菌群落。本研究结果,为进一步探讨肝胰脏和胆汁共生细菌的生理功能,以及细菌与宿主草鱼之间的协同进化提供了基础。     

玉米根际解磷解钾细菌的筛选、鉴定及其生态适应性研究

【目的】对玉米根际解磷和解钾细菌进行筛选、鉴定，并分析其生态适应性，以期为丰富解磷和解钾微生物资源库以及微生物菌肥的开发利用提供优良菌株。【方法】利用平板稀释法从玉米根际筛选具有解有机磷和解无机磷能力的细菌，通过16S rRNA基因序列构建系统进化树，鉴定其种类，随后挑选解有机磷和无机磷能力最强的菌株，分析其解钾能力和生态适应性。【结果】在玉米根际筛选获得9株解有机磷细菌和2株解无机磷细菌，其对应培养液中速效磷质量浓度分别为0.018~4.479和5.383~6.242 mg/L。由系统进化树可知，这些菌株分别隶属于假单胞菌属（Pseudomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、贪铜菌属（Cupriavidus）、勒克氏菌属（Leclercia）和肠杆菌属（Enterobacter），解有机磷最强的菌株P4-5与弗雷德里克斯堡假单胞菌（P. frederiksbergensis）聚为一支，解无机磷最强的菌株CP4-12与非脱羧勒克菌（L. adecarboxylata）聚为一支。菌株P4-5和CP4-12从含钾长石培养液中分解出的速效钾质量浓度分别为8.100和1.333 mg/L。菌株P4-5耐盐性强，不耐强酸、强碱以及中度以上干旱和高浓度农药；而菌株CP4-12耐盐性、耐旱性及耐药性均较强，但不耐强酸和强碱。【结论】从玉米根际土壤中筛选出了2株兼具解磷和解钾能力的细菌，均具有耐酸碱、耐盐、耐干旱和耐农药能力，为微生物菌肥的研制提供了优良的菌种资源。     

辣椒CMV广州分离物的CP基因序列分析及亚组鉴定

从广州市呈现花叶病症的辣椒上分离纯化得到1个黄瓜花叶病毒的分离物(CMV-GZ)。利用RT-PCR技术克隆了该病毒分离物的外壳蛋白(CP)基因,其序列长度为657 bp,编码218个氨基酸。对CP基因序列进行同源性比较分析,结果表明该病毒分离物的CP基因与CMV亚组Ⅰ5个株系的同源性均在90%以上,而与亚组Ⅱ4个株系的同源性均低于80%。据此将该分离物归属于CMV亚组Ⅰ。     

好氧脱氮菌群的筛选驯化及PCR-DGGE分析

通过脱氮培养基定向筛选驯化好氧脱氮有效生物菌群,该有效生物菌群能在好氧的条件下将氨氮转化为N2排放,24h氨氮去除率达到90.3%,且无中间产物亚硝态氮和硝态氮的积累.其间通过PCR-DGGE方法分析驯化各阶段的微生物群落结构,当群落结构无明显变化且氨氮去除率相对稳定,说明驯化阶段基本完成.该好氧脱氮有效菌群具有培养基...     

1年生欧美107杨地上生物量水肥耦合效应

为制定培育欧美107杨优质苗木的灌溉施肥方案,采用田问裂区试验设计,研究不同灌溉施肥下1年生欧美107杨地上生物量生长情况.通过对地上生物量结果进行二次回归拟合,建立了水肥回归数学模型.结果表明,增加灌溉量和氮肥施用量均有增产效应,水肥交互作用表现为正效应,对地上生物量影响作用由高到低依次为:氮肥施入量、水肥互作、灌溉...     

甘蔗叶冠形态与抗梢腐病相关性探讨

为明确甘蔗叶冠形态与抗梢腐病相关性,在南宁市设置大田试验,以广西蔗区甘蔗梢腐病主要致病菌Fusarium verticillioides为毒源,对美国佛罗里达引进的13个甘蔗新品(系)和广西主栽品种ROC22进行接种研究。主成分分析法和相关性分析结果显示,甘蔗抗梢腐病性与其+1叶叶面积极显著正相关,与角度指数显著正相关。根据梢腐病病情指数抗性评价和聚类分析,14个参试甘蔗品种(系)被分成4类,即高抗品种CP07-2518、CP06-4647、CP06-3458和CP06-3332;抗病品种CP07-2547、CP07-1527、ROC22、CP06-3477和CP06-2897;中抗品种CP09-4707、CP09-4369和CP07-1533;中感品种CP06-3051和CP06-2422。结果表明,甘蔗叶冠形态与其抗梢腐病性存在一定相关性。株型紧凑、叶片狭窄直立且易脱叶的甘蔗品种对梢腐病抗性较强。反之,叶片宽大、披散下垂型且不容易脱叶的甘蔗品种对梢腐病抗性较差。     

猪繁殖与呼吸综合症病毒分离株ORF5和Nsp2基因的序列分析

根据美洲型猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)基因组序列设计2对引物,对疑似PRRSV感染猪的病料进行RT-PCR检测,核酸检测阳性病料进行PRRSV分离,获得了1株美洲型PRRSV,命名为GD08-2.对PRRSV GD08-2株、GD-XH株、GD08-1株的ORF5基因和部分Nsp2基因进行序列测定与分析.结果表明,GD08-2株的ORF5基因与PRRSV疫苗株pMLV、经典株VR-2332和GD-XH株的相似性较高,而与GD08-1株的相似性较低.GD08-2株的Nsp2基因推导的氨基酸序列出现12个氨基酸的不连续缺失,分别位于66~74位和192~194位,由此推测,GD08-2株可能为PRRSV的突变株.GD08-1株的ORF5基因与国内分离的高致病性PRRSV相似性较高,其Nsp2基因推导的氨基酸序列存在30个氨基酸的缺失,与国内高致病性PRRSV分离株JXA1的缺失位置完全一致,由此推测,GD08-1株属于高致病性PRRSV;GD-XH株的ORF5基因与疫苗株pMLV的相似性较高,其Nsp2基因存在个别核苷酸的点缺失.遗传进化分析表明,GD08-1株与国内分离的高致病性PRRSV的遗传进化关系较近,属同一分支;GD-XH株和GD08-2株与PRRSV经典株VR-2332、疫苗株pMLV的遗传关系较近,属另一分支.     

棉纤维发育过程中糖代谢生理特征对氮素的响应及其与纤维比强度形成的关系

 【目的】研究棉纤维发育过程中的糖代谢生理特征对氮素的响应及其与纤维比强度形成的关系,探索改善棉纤维比强度的生理调控技术途径。【方法】以美棉33B（AC-33B）和科棉1号（KC-1）为材料,设置大田氮素水平0 kg N?hm－2（缺氮）、240 kg N?hm－2（适氮）和480 kg N?hm－2（高氮)试验,研究3个氮素水平下棉纤维发育过程中糖代谢的重要物质（蔗糖和β-1,3-葡聚糖）含量变化、调节糖代谢的相关酶（蔗糖酶、蔗糖合成酶、磷酸蔗糖合成酶及β-1,3-葡聚糖酶）活性的动态变化和纤维比强度形成的关系。【结果】两年试验结果表明,在240 kg N?hm－2水平下,棉纤维中的蔗糖酶活性最高,可长时间地为棉纤维发育提供一个充足的物质能量库,蔗糖合成酶、磷酸蔗糖合成酶活性最高,促使纤维发育过程中铃龄5～24 d的蔗糖下降量及24～31 d蔗糖增长量最大,并且全铃期内转化率高且转化彻底,β-1,3-葡聚糖酶活性高,使含量及峰值高的β-1,3-葡聚糖中后期转化彻底,因此,此水平下棉纤维发育过程中蔗糖和β-1,3-葡聚糖含量的上述动态变化,有利于纤维素平缓累积且累积期长,与高强纤维的形成需要的纤维素累积特征相吻合;而在0 kg N?hm－2水平下,棉纤维发育过程的糖代谢生理特征与上述表现刚好相反,最终纤维素累积过快且累积期短,形成低强纤维;480 kg N?hm－2水平则介于上述两者之间。【结论】棉纤维发育过程糖类物质代谢生理特征在0、240、480 kg N?hm－2水平间存在明显差异,该差异是导致纤维最终比强度形成不同的重要因素。在240 kg N?hm－2水平下,上述糖代谢相关酶活性变化及糖类物质供给更为优化,更有利于高强纤维的形成。     

甘薯卷叶病毒江苏分离物基因组全长序列测定及其外壳蛋白基因在大肠杆菌中的表达

为了制备甘薯卷叶病毒(SPLCV)的特异性抗体,克隆了甘薯卷叶病毒江苏分离物SPLCV(JS∶XZ∶3-2)的全长基因,并对其基因结构及分子变异情况进行分析,同时对外壳蛋白(CP)基因进行了克隆和表达。利用PCR方法扩增并克隆了SPLCV(JS∶XZ∶3-2)的全基因组,测序分析表明,SPLCV(JS∶XZ∶3-2)基因组全长为2 834bp,含有6个开放阅读框架,与已发表的SPLCV其他分离物相比,全基因组核苷酸序列相似性为82.7%～94.4%。其中,CP基因由765个核苷酸组成,共编码254个氨基酸残基。SPLCV CP基因核苷酸序列与其他分离物的相似性在89.2%～90.6%,其中与SPLCV美国分离物(HQ333135)的相似性最高,为90.6%;与日本分离物(AB433788)的相似性最低,为89.2%;与中国大陆分离物(FJ515896)CP基因的核苷酸序列相似性为90.2%。将SPLCV CP基因克隆到原核表达载体pGEX-4T-3上,获得重组质粒,经IPTG诱导表达、SDS-PAGE分析得到了大小约为54.3kD的融合蛋白条带,说明CP基因在大肠杆菌中得到了高效表达。     

广东省猪圆环病毒2型毒株分离 及全基因序列分析

为了解广东省猪圆环病毒2 型(PCV2）的流行、变异及进化情况,对2013 年广东省多个猪场发生PCV2 感染的病猪血清进行PCV2 病毒分离,参考GanBank 上已发表的PCV2 全基因序列,设计3 对引物,用PCR 方法扩 增其全基因序列,测序并进行序列分析。结果分离到9 株PCV2 毒株,全基因序列长度都为1 767 bp。同源性分析表 明,9 株PCV2 分离株核苷酸同源性为93.6%~99.4%,与2012 年分离株同源性为94.5%~99.7%,与2011 年分离株同 源性为94.2%~99.7%,与GenBank 中其他PCV2 分离株的同源性为93.2%~99.7%。9 株PCV2 的ORF2 核苷酸及其推 导的氨基酸序列同源性分别为89.0%~99.9%和86.4%~100%,存在一定的变异。基因型分析表明,有5 株属于 PCV2d,3 株属于PCV2b,1 株属于PCV2a。对2011要2013 年分离的PCV2 基因组特征进行分析,发现PCV2 核苷酸序 列比较稳定,与世界其他分离株也具有较高的同源性。     

ACLSV山东苹果分离物基因重组及CP序列多样性分析

【目的】明确苹果褪绿叶斑病毒（Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV）山东苹果分离物全基因组的分子特征、潜在重组事件及CP基因的多样性。【方法】采用RT-PCR分段扩增、克隆、拼接获得ACLSV全基因组序列,对其进行分子特征描述,并与已报道的16条全长基因组或近全长基因组序列进行比较和系统发育分析,同时扩增其CP进行多样性分析。【结果】扩增得到ACLSV山东苹果分离物QD-13全基因组序列（GenBank登录号KJ522693）,QD-13全长7 557 nt,包含3个ORF。构建进化树分析表明,QD-13与日本苹果分离物B6聚为一簇,二者相似性最高,为85.9%。17条ACLSV分离物基因组分段比较表明,5′端和3′端差异较大;ORF3保守性相对较高,除分离物Ta Tao 5和MS外,其推导的氨基酸序列相似性均在91.2%以上。ORF1编码区527-665 aa区域保守性差,所比较的17条序列在该区域的相似性为15.4%-59.7%。基因组重组分析以P≤0.05为标准,3种以上算法同时检测到则为有意义重组事件,结果显示,QD-13存在3个重组事件,它们分别发生在6 507-6 247、6 397-6 497和3 851-4 760 nt。扩增QD-15、QD-20和YT-24分离物ACLSV的CP,共获得22条序列,可分为3种类型。对CP氨基酸序列进行比对分析表明,3种类型为不同氨基酸保守位点的组合,分别是Met⁶⁰-Ser⁷³-Ser⁷⁹-Asp⁸²-Asn⁹⁷-Gly⁹⁸、Leu⁵⁹-Met⁸³-Ile¹⁹³和Ala⁴⁰- Leu⁶⁰-Ala⁷²-Phe⁷⁵-Ile⁸⁶-Arg⁸⁸-Ser¹³⁰-Gly¹³⁷-Met¹⁸⁴。【结论】报道了中国ACLSV苹果分离物的完整基因组序列;明确了其基因组分子特点并发现了3个主要的潜在重组事件;ACLSV山东苹果分离物CP存在3种序列类型,具有丰富的多样性。     

芳香烃化合物降解菌CP5的降解特性及降解基因

以苯酚作为碳源从化工厂污水样品中富集筛选出降解能力较强的降解菌CP5,该菌能利用多种芳香烃化合物生长。16SrDNA序列系统发育分析表明,该菌属于假单胞菌属(Pseudomonas)。CP5可以在48h内将500mg/L的苯酚完全降解。从该菌株中扩增获得邻苯二酚2,3-双加氧酶基因,该基因编码氨基酸序列与P.putida NCIB9816-4以及P.fluorescens PC20的双加氧酶具有最高同源度,均为99%。CP5菌株对芳香烃化合物的生物修复有较大的应用前景。