林蛙养殖场地土壤菌群结构及潜在病原菌分析

试验旨在了解林蛙养殖场地土壤菌群组成和结构特征、喷洒益生菌后的土壤菌群变化和潜在致病菌的种类与数量。试验设置3个组:养殖场地组、益生菌喷洒组和半人工养殖组,用高通量测序技术进行检测。3个试验组共获得191 588条有效序列,1 369个操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),经分类学鉴定分属于438个属,29个门。3组样本菌群数量较大,多样性水平也相对较高。优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes);优势菌属为黄杆菌属(Flavobacterium)、热单胞菌属(Thermomonas)、Sphingopyxis、紫杆菌属(Porphyrobacter)、蓝细菌纲中未定种类(norank-c--Cyanobacteria)。各分组之间菌群多样性差异不显著,各组菌群结构相似度高。土壤中潜在的红腿病致病菌在属的水平有气单胞菌属(Aeromonas)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)。喷洒益生菌后土壤菌群变化不明显。本研究为全面了解东北林蛙养殖场地土壤微生物组成及变化、发掘有益微生物种类和东北林蛙疾病的预防和治疗提供理论依据。     

养殖黑斑蛙肠道微生物结构与功能分析

利用高通量测序方法对养殖黑斑蛙(Rana nigromaculata Howell)前肠、中肠和后肠微生物结构和功能进行分析。结果表明:黑斑蛙肠道核心菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)。拟杆菌属(Bacteroides)、不动杆菌属(Acinetobacter)、支原菌属(Mycoplasma)和叶杆菌属(Phyllobacterium)是优势菌属。肠道中存在不动杆菌属(Acinetobacter)、气单胞菌属(Aermonas)、黄杆菌属(Flavobacterium)等潜在致病菌和芽胞杆菌(Bacillus)、乳酸杆菌(Lactobacillus)等潜在益生菌。比较发现,前肠和中肠微生物丰度和多样性均显著高于后肠,且在门和属水平菌群结构差异明显;前肠和中肠微生物功能相似,与脂代谢、氨基酸代谢、外源物质降解和代谢等代谢关联微生物丰度较高,而后肠中与碳水化合物代谢、多糖合成和代谢、辅因子和维他命代谢等关联微生物丰度较高,并且后肠中与信号转导、环境适应、免疫、膜转运、基因信息处理等关联微生物丰度高于前肠和中肠。     

虎纹蛙肠道微生物结构与功能分析

利用高通量测序方法对虎纹蛙前肠、中肠和后肠微生物结构和功能进行分析。结果表明,虎纹蛙(Rana rugulosa)肠道核心菌群是厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。Romboutsia属、鲸杆菌属(Cetobacterium)、叶杆菌属(Phyllobacterium)是绝对优势菌属。肠道中存在弧菌(Vibro)、邻单胞菌(Plesiomonas)、气单胞菌(Aeromonas)、爱德华氏菌(Edwardsiella)不动杆菌属(Acinetobacter)、黄杆菌属(Flavobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、伊丽莎白菌(Elizabethkingia)等常见的条件致病菌和芽孢杆菌(Bacillus)、乳酸杆菌(Lactobacillus)和双歧杆菌(Bifidobacterium)等潜在益生菌。比较发现,前肠和中肠微生物丰度和多样性显著高于后肠,且在门和属水平菌群结构差异明显;前肠和中肠微生物功能相似,与能量代谢、维生素代谢、氨基酸代谢、脂代谢、外源物质降解和代谢关联微生物丰度较高,而后肠中与核酸代谢、碳水化合物代谢关联微生物丰度较高。前肠和中肠中与信号转导、神经系统、内分泌系统、转运和分解等关联微生物丰度较高,后肠中与信号分子互作、细胞过程与信号、增殖与修复、免疫系统、翻译、转录、酶家族、环境适应、膜转运等关联微生物丰度较高。本研究解析了虎纹蛙肠道菌群结构和功能,为虎纹蛙健康养殖提供理论基础。     

基于16S rDNA高通量测序方法检测猪舍环境微生物群落多样性

[目的]研究猪舍环境微生物群落多样性,了解不同类型猪舍环境中细菌群落的结构差异以及潜在的致病菌属。[方法]利用空气沉降法采集规模化猪场妊娠猪舍、保育猪舍、分娩猪舍的环境微生物样本,每种类型猪舍选取3栋猪舍采样,共9个样本。采用Illumina Miseq技术,以细菌16S rDNA的V3～V4变异区为对象进行高通量测序;采用QIIME2软件对测序数据进行分析,比较不同类型猪舍环境微生物群落组成。[结果]在97%相似度阈值下9个样本共得到OTU 29 126个,涵盖31门66纲160目320科899属1 831种的细菌。分娩猪舍以及保育猪舍的Chao1指数、Shannon指数及谱系多样性指数整体高于妊娠猪舍。变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidota）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteriota）为猪舍环境的四大优势菌群;变形菌门在3个类型的猪舍中相对丰度均最高,厚壁菌门、放线菌门以及拟杆菌门相对丰度在不同类型猪舍中差异较大。不动杆菌属（Acinetobacter）、棒杆菌属（Corynebacterium）、寡养单胞菌...     

莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。     

育肥猪粪便菌群结构及其与生长速度的相关性分析

【目的】 研究育肥猪的生长速度与粪便微生物之间的作用关系，寻找与猪生长速度相关的微生物菌群。【方法】 选取50头出生重相近的仔猪，在相同饲养环境中进行饲养管理，生病猪及时转出试验组，125日龄时按体重由高到低排序，把体重最高和最低的4头猪分别分为体重高（51.30 kg±2.57 kg，HW）、低（36.90 kg±2.50 kg，LW）组，通过16S rRNA测序，对125日龄生长育肥猪的粪便微生物区系多样性、群落组成及与生长速度的关联性进行分析。【结果】 Alpha多样性分析显示，两组间均无显著差异（P>0.05）。主成分分析结果显示，HW和LW组中能够明显区分菌群结构。粪便微生物结构组成分析表明，HW和LW组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋体门，优势菌属为密螺旋体属、乳杆菌属、链球菌属和未被培养菌属Muribaculaceae菌。LW组中拟杆菌门丰度极显著高于HW组（P<0.01），纤维杆菌门丰度显著高于HW组（P<0.05），而髌骨细菌门丰度显著低于HW组（P<0.05）。对粪便微生物结构组成进行差异分析发现，HW组检测到16个特有菌门，LW组检测到1个特有菌门和24个特有菌属。将肠道菌群与生长速度进行相关性分析，共发现10个菌门，18个属与体重（BW）和平均日增重（ADG）呈正相关，7个菌门和12个属与BW和ADG呈负相关。【结论】 相同日龄不同生长速度的猪粪便微生物的区系结构存在显著差异，差异菌群可能对猪的生长速度起到了一定的调控作用，本研究结果为研发益生菌和提高猪生长速度提供了参考依据。     

宁乡猪不同生长阶段结肠微生物菌群特征分析

本研究以宁乡花猪为实验对象，旨在通过16S rDNA高通量测序技术探究5个不同生长阶段（30、70、150、200、250日龄）结肠微生物菌群的结构及特征差异，分析各个阶段微生物组成及多样性。结果显示：宁乡猪结肠微生物多样性只在30日龄与200日龄间差异显著，而微生物丰度30日龄与70～250日龄间差异显著、70～150日龄与200日龄间差异显著；通过菌群分类学分析发现，在不同生长阶段结肠微生物菌群分布于23个门（Phylum）、41个纲（Class）、85个目（Order）、141个科（Family）、294个属（Genus）；在门水平，厚壁菌门（Firmicutes）与拟杆菌门（Bacteroidota）为宁乡猪结肠微生物主要优势菌门，梭杆菌门（Fusobacteriota）与互养菌门（Synergistota）只存在于30日龄中；在属水平，乳酸杆菌属（Lactobacillus）、颤螺旋菌科（Oscillospiraceae＿UCG＿005）、普式菌属（Prevotella）、梭状芽孢杆菌属（Clostridium＿sensu＿stricto＿1）、链球菌属（Streptococ...     

肠道微生物的早期干预对杏花鸡早期体重的影响

为研究肠道微生物对杏花鸡早期体重的影响,试验选用20只健康的1日龄杏花鸡母鸡,随机分成2组,每组10只,正常组饮用不添加抗生素的饮用水,干扰组饮用添加青霉素、甲硝唑、新霉素和万古霉素的饮用水,饲养49 d。分别在1、7和49日龄对鸡进行体重称量。49日龄时对鸡盲肠微生物进行16S rDNA测序分析。结果显示：与正常组对比,干扰组杏花鸡的体重在49日龄显著下降（P<0.05）,肠道微生物ACE指数和Chao1指数显著降低（P<0.05）;杏花鸡肠道微生物主要优势门是变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门,主要优势属是拟杆菌属、苍白杆菌属;与正常组对比,干扰组厚壁菌门、无色菌属、短波单胞菌属、苍白杆菌属细菌相对丰度显著降低（P<0.05）,变形菌门相对丰度显著上升（P<0.05）;主要影响的差异代谢通路有烟酸和烟酰胺代谢、磷酸肌醇代谢、能量代谢、原核生物的碳固定途径等通路。结果表明,饲喂抗生素能降低杏花鸡肠道微生物的菌群丰度,生长早期对肠道菌群实施干预可影响其体重。     

腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性比较

目的通过研究对比哺乳期腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群,探讨腹泻对哺乳期仔猪肠道微生物的影响。方法通过高通量16S rDNA测序技术对腹泻组仔猪（n=6）和健康组仔猪（n=3）粪便样本进行测序,比较两组仔猪肠道微生物群落的组成和结构。结果腹泻组仔猪和健康组仔猪粪便菌群差异显著（P<0.05）,腹泻组仔猪的肠道菌群多样性显著（P<0.05）低于健康组仔猪。与健康组仔猪相比,在门水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P<0.05）增加,而厚壁菌门的相对丰度显著（P<0.05）下降;在属水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae_unclassified的相对丰度显著（P<0.05）增加,而大部分厚壁菌门菌属的相对丰度显著（P<0.05）降低。结论通过分析对比腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性,为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供了理论依据。     

饲喂复合益生菌对湖羊粪便微生物多样性的影响研究

为研究饲喂复合益生菌对湖羊粪便微生物多样性影响,试验选取4月龄、体重（34.6±0.65）kg的湖羊40只,按照“体重相近”原则随机分为对照组（CG组）和益生菌组（EG组）,每组20只。CG组和EG组分别饲喂全混合日粮,全混合日粮+复合益生菌,试验期60 d。试验结束后,每个处理随机选取10只湖羊,采集直肠末端粪样,利用16S rDNA技术进行测序分析。结果表明：（1）饲喂复合益生菌可以显著降低湖羊的腹泻率（P <0.05）。（2）按OTU聚类分析,EG组OTU(599个)高于CG组（466个）,且EG组的Ace指数、Chao1指数和Shannon指数均显著高于CG组（P <0.05）,Simpson指数两组差异不显著（P> 0.05）。（3）门水平上,EG组厚壁菌门、拟杆菌门、螺旋菌门、疣微菌门和纤维杆菌门的相对丰度高于CG组,变形菌门低于CG组,但差异不显著（P> 0.05）;属水平上,两组优势菌属为UCG＿005菌属、未分类的毛螺菌属、理研菌科RC9粪肠属和拟杆菌属,EG组高于CG组,但差异不显著（P>0.05）。（4）LEfSe分析结果显示,EG组...     

刈割留茬高度对大针茅草原土壤微生物群落结构及多样性的影响

大针茅(Stipagrandis)草原是内蒙古典型草原主要群落类型之一,刈割是典型草原的主要利用方式之一.为探讨大针茅草原土壤细菌、真菌群落结构及多样性对刈割的响应,利用IonS5TMXL高通量测序平台研究不同刈割留茬高度下大针茅草原土壤细菌、真菌的群落结构、物种组成及多样性.研究结果表明:在留茬5cm时,土壤细菌、真...     

川西北高寒牧区不同人工草地对土壤微生物多样性影响

为阐明人工种植牧草对川西北高寒草地生态系统土壤微生物群落结构和组成的影响,以川西北高寒牧区紫花苜蓿人工草地(Group 1)、燕麦人工草地(Group 2)以及天然草地(Group 3)土壤为对象,采用Illumina Hiseq测序平台对3个草地类型土壤细菌的16S rDNA和真菌的内转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)基因进行序列测定,分析了各样本土壤微生物群落的组成和结构特征。结果表明:1)3种草地植被类型中土壤细菌群落丰富度和多样性无明显差异,真菌群落丰富度亦无显著差异,仅紫花苜蓿人工草地真菌群落多样性程度较燕麦人工草地和天然草地土壤高。2)所测土壤样本主要优势细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)等,人工草地土壤中酸杆菌门丰度显著低于天然草地土壤(P<0.05),放线菌门丰度显著高于天然草地土壤(P<0.05)。主要优势细菌纲为Spartobacteria纲、α-变形菌纲(α-proteobacteria)、β-变形杆菌纲(β-proteobacteria)、Thermoleophilia纲、酸杆菌纲(Acidobacteria)和放线菌纲(Actinobacteria)等,人工草地与天然草地土壤中多种优势细菌纲相对丰度存在显著性差异(P<0.05)。3)3种草地植被类型土壤优势真菌门是子囊菌门(Ascomycota)、接合菌门(Zygomycota)、担子菌门(Basidiomycota);优势真菌纲有接合菌纲(Zygomycotes)、粪壳菌纲(Sordariomycetes)、伞菌纲(Agaricomycetes)、锤舌菌纲(Leotiomycetes)、座囊菌纲(Dothideomycetes)等,并且各区组间多种优势真菌纲相对丰度差异明显。4)β-多样性结果显示3种草地植被类型土壤细菌和真菌结构均差异明显,且天然草地与人工草地之间的土壤微生物差异系数大于两种人工草地之间的土壤微生物差异系数;聚类分析显示人工种植牧草显著提高了土壤中生防菌类群的相对丰度,同时,土壤中病原真菌的丰度较天然草地土壤也大幅增加。     

饲料对东北林蛙蝌蚪生长发育影响的研究

2008年3月29日～5月26日,在佳木斯市某东北林蛙养殖场,采用2组饲料饲喂东北林蛙蝌蚪,蝌蚪分为A组和B组。结果表明：饲喂T_1组饲料的蝌蚪41期和46期时的体重、体长和尾长明显大于饲喂T_2组饲料的蝌蚪;各组蝌蚪的成活率均在95%以上,各组蝌蚪完成变态的时间差异不显著;T_2组饲料的利用率要低于T_1组。     

东北林蛙体表两种常驻细菌的分离鉴定

以自然状态下健康东北林蛙(Rana dybowskii)体表常驻菌群为研究对象,用无菌水漂洗掉东北林蛙体表暂住菌后,用无菌拭子收集蛙体表常驻菌并进行培养,之后对单菌落进行分离纯化。通过对菌落形态观察、生化反应管等生化方法测定及16S rDNA序列检测,两方法同时鉴定出东北林蛙体表常驻细菌2种:醋酸钙不动杆菌(Acinetobacter calcoaceticus)和产碱假单胞菌(Pseudomonas alcaligenes),属于环境常见革兰氏阴性细菌。根据结果推测东北林蛙体表常驻细菌来源于环境,并对其生物体起到一定的保护作用。     

低温胁迫对东北林蛙雄性成体GP、PEPCK比活性的影响

采用葡萄糖氧化酶-过氧化物酶法、蒽酮比色定糖法分别检测低温胁迫下东北林蛙血糖和肝糖原、肌糖原的含量,并通过6-磷酸葡萄糖脱氢酶偶联比色法、乳酸脱氢酶偶联比色法分别检测低温胁迫下东北林蛙肝脏、肌肉糖原磷酸化酶(Glycogen phosphorylase,GP)和肝脏、肾脏磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(PEPCK)的比活性,以探讨低温对东北林蛙GP、PEPCK比活性的影响。结果表明:随着环境温度降低,东北林蛙血糖水平逐步升高,糖原含量逐步降低,与对照组相比,各低温组血糖升高极显著(P<0.01),而肝糖原和肌糖原含量降低极显著(P<0.01);与对照组相比,0℃组、-1℃组肝脏、肌肉组织GP比活性升高极显著(P<0.01),且肝脏、肾脏PEPCK比活性升高极显著(P<0.01)。说明低温胁迫促使东北林蛙糖原含量降低,糖原分解和糖异生限速酶比活性升高,进而血糖含量升高,提示血糖作为抗冻保护剂在东北林蛙冬眠中发挥重要作用。     

添加不同生物益生菌对木薯块根青贮品质和微生物菌群多样性的影响

以华南9号鲜木薯(Manihot esculenta)块根为材料，设4个处理组，试验组分别添加微生物发酵菌剂(C1)、高效复合菌酶制剂(C2)和生物饲料发酵剂(C3)，对照组(CK)添加等体积蒸馏水，充分混合后密闭发酵30 d开封测定其营养成分、发酵品质及微生物群落结构，旨在探究添加不同生物益生菌对木薯块根的青贮品质和微生物多样性的影响。结果表明，添加生物益生菌后，各处理组的干物质和乳酸含量显著提升(P < 0.05)，可溶性糖、中性洗涤纤维含量和乳酸/乙酸无显著差异(P > 0.05)；C2组粗蛋白含量显著低于CK组(P < 0.05)；C1和C3组的酸性洗涤纤维显著低于CK组(P < 0.05)，C1组乙酸显著高于CK组(P < 0.05)；4个处理组的pH均在4.2以下，检测到少量丙酸，未检测到丁酸，且氨态氮/全氮均低于10%，属优良品质饲料。从微生物菌群结构看，菌群的丰度、多样性和分配的均匀程度均有所降低。在门水平上，添加生物益生菌后各处理组厚壁菌门(Firmicutes)丰度显著增加(P < 0.05)，蓝藻细菌门(Cyanophyta)、未分类细菌和其他细菌丰度均显著降低(P < 0.05)，C3组变形菌门(Proteobacteria)显著降低(P < 0.05)；在属水平上，添加菌剂后乳杆菌属(Lactobacillus)和乳球菌属(Lactococcus)等有益菌属作为优势菌属丰度增高，未分类肠杆菌属和沙雷菌属(Serratia)等杂菌和有害菌属丰度则降低。综合分析可知，不同生物益生菌处理下的木薯块根青贮效果表现为C3 > C1 > C2。     

饲粮纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物组成及多样性的影响

试验旨在研究提高饲粮纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物组成及多样性的影响。试验选择健康无病、体重相近的2月龄杜湖杂交公羔,按照体重随机分为2组,每组38只,分别饲喂不同的饲粮,对照组（LW_CK）饲粮为精料+苜蓿,处理组（LW_EG）为精料+苜蓿+全株玉米青贮+花生秧;试验期150 d,其中预试期20 d,正试期130 d,试验结束后,每组随机选择5只羔羊屠宰取瘤胃内容物,通过16S rDNA高通量测序技术分析其微生物多样性及结构变化。结果表明,处理组羔羊瘤胃中细菌多样性显著高于对照组（P<0.05）。在门水平上,处理组羔羊瘤胃中优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）,对照组优势菌门为拟杆菌门和变形菌门（Proteobacteria）。提高纤维水平后显著增加了育肥羔羊瘤胃中厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）;显著降低了变形菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上,对照组与处理组羔羊瘤胃菌群共鉴定出195个属,处理组优势菌属为普雷沃氏菌属（Prevotella_1）和解琥珀酸菌属（Succiniclasticum）,对照组优势菌属为琥珀酸弧菌属（Succinivibrionaceae）和普雷沃氏菌属（Prevotella_7）。提高饲粮纤维水平,增加了育肥羔羊瘤胃中解琥珀酸弧菌属、密螺旋体属（Treponema_2）、疣微菌属（Ruminococcaceae）、月形单胞菌属（Selenomonas_1）的相对丰度,显著降低了琥珀酸弧菌属相对丰度（P<0.05）。综上所述,适量提高饲粮中纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物菌群结构有一定影响,能够促进部分纤维降解菌的增殖,有利于育肥羔羊的瘤胃发酵和养分消化利用。     

中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响

为了解中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响，本试验选取45只SPF级昆明小鼠，分为对照A组、试验B组和试验C组。试验B组和C组小鼠分别用0.86 g/mL的中草药泰山磐石散方灌胃0.3和0.4 mL，对照A组灌胃蒸馏水0.4 mL，每天灌胃2次，间隔8 h，连续7 d。第8天采集对照组和试验组小鼠直肠部位粪便样品，从每份样品中提取微生物基因组总DNA，采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示，中草药泰山磐石散对小鼠粪便中微生物α多样性指数（Chao1和Shannon）呈波动性变化，试验B和C组与对照A组的Chao1指数差异极显著（P<0.01）；通过检测小鼠对照组与试验组粪便中的微生物，在门水平上，有9大优势菌门，其中与对照A组相比，试验组肠道微生物Proteobacteria、Verrucomicrobia丰度显著降低（P<0.05）；而Saccharibacteria、Tenericutes丰度显著或极显著增加（P<0.05；P<0.01）；在科水平上，有19大优势菌科，其中与对照组相比，试验组肠道微生物Lactobacillaceae、Desulfovibrionaceae、Coriobacteriaceae、Porphyromonadaceae、Family_XIII和Bifidobacteriaceae丰度显著降低（P<0.05）；在属水平上，有18大优势菌属，其中与对照A组相比，试验B、C组肠道微生物Lactobacillus、Desulfovibrio和Enterorhabdus丰度显著降低（P<0.05），而试验C组的肠道微生物Alloprevotella、Bacteroides、Lachnospiraceae_UCG-006和Faecalibaculum丰度显著增加（P<0.05）。本试验中草药泰山磐石散加减方能够有选择性的促进小鼠肠道内Bacteroidetes的生长，从而抑制Proteobacteria有害菌的生长，增强糖和脂肪代谢，最终通过改善肠道微生物多样性的结构，使整个肠道微生物多样性达到一个新的平衡。     

奶牛养殖场环境微生物群落结构及多样性研究

为了研究奶牛养殖场部分环境因素与奶牛乳房处的细菌多样性和差异性,将分别取自牛乳房擦拭样品(C1)、榨乳设备(E)、粪便(F)、冲洗和养殖饮用水(W)、生乳运输罐(E2)5种样本的6个生物学重复共计30个样品使用基于16S rRNA (V3~V4区)的高通量测序技术,并采用生物信息学的方法分析了不同来源样本的细菌群落结构、丰度差异和α多样性。结果显示:共获得原始序列1 640 803条,在97%相似度下聚类为26 337个OTUs,注释到35个门,79个纲,119个科,127个目,436个属,210个种。在门分类阶元,丰度最高的是变形菌门,尤其是W样本中变形菌门占比81.8%;C1中优势细菌类群与E和F样本相似,丰度最高的均是厚壁菌门,分别占各样本细菌总量的32.4%、44.7%和53.4%;E2样本中丰度最高的细菌是放线菌门(56.4%)。在属水平上,已注释到的物种丰度最多的为可导致牛乳腺炎的不动杆菌属、棒状杆菌属,并发现E与C1样本微生物相似性最高,不动杆菌属、节杆菌属和嗜冷菌属是2种样本的优势菌群。表明榨乳设备受到了环境污染或者是接触牛乳房导致交叉传播,样本间微生物群落具有较高相关性。结果为奶牛养殖场相关生产活动提供了参考。