普安银鲫mtDNA D-loop序列多态性分析

为从分子水平探讨普安银鲫遗传多样性,运用PCR扩增和DNA直接测序技术,对25尾鱼的线粒体DNA的D-loop区段序列进行分析。结果表明:80%的普安银鲫mtDNA D-loop区全序列长度为923 bp,少数个体由于碱基缺失及插入为920 bp和924 bp;其序列中A+T平均含量(53.36%)高于G+C含量(46.64%);共发现36个变异位点,定义了10种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.017,单倍型多样度(Hd)为0.850,核苷酸多样性(Pi)为0.01376,平均核苷酸差异数(K)为12.660,普安银鲫存在丰富的遗传多样性。     

陆川猪种群线粒体DNA遗传多样性研究

利用线粒体控制区(mtDNA D-loop)5’端564 bp的片段,对6个陆川猪种群共74个个体的遗传多样性进行研究。在74个序列中共发现20个变异位点,产生7个单倍型,其中1个为优势单倍型。总的单倍型多样性和核苷酸多样性指数分别为0.530和0.00326,表明陆川猪种群遗传多样性偏低。6个种群中,仁厚镇福绵种群的单倍型多样性和核苷酸多样性较高,乌石镇种群单倍型和核苷酸多样性均较低。将优势单倍型H1与已报道的其他21个中国地方猪种的mtDNA D-loop序列进行系统进化分析,结果显示陆川猪和属于华中型的宁乡猪、大花白猪有更近的亲缘关系,但与传统上同属华南型的香猪和滇南小耳猪的遗传关系较远。     

东北地区五个引进鸭品种的遗传多样性分析

通过线粒体D-loop区测序对东北地区的五个引进鸭品种(樱桃谷鸭、长岛鸭、北北京鸭、康贝尔鸭、白冠鸭)20个个体进行了遗传结构的分析,通过对mtDNA D-loop部分序列进行扩增,对PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了710bp的核苷酸序列.通过Mega软件对所得的序列进行比较,共检测出86个位点碱基存在变异,其中包括16个简约信息位点;利用Mega的"Pairwisedistance"计算个体间的相对遗传距离.结果表明:其序列差异在0.000～0.082之间,得出20个个体有18种单倍型;并构建了系统发育树.运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样度(Hd)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.01911、0.9842和13.3588.研究结果表明:鸭种群线粒体D-loop区序列个体变异程度很小.但种群的遗传多样性水平很高,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析.     

陕西省羚牛mtDNA控制区序列结构和种群遗传多样性分析

为给羚牛(Budorcas taxicolor)秦岭亚种的保护和管理提供有用的信息,调查陕西省秦岭羚牛3个野生种群线粒体DNA(mtDNA)控制区357bp片段的遗传多样性和种群结构。结果显示,67个羚牛个体碱基组成为A+T的平均含量(56.3%)高于G+C含量(43.7%),3个群体mtDNA控制区的变异位点为60个(约占总位点数的17.29%)。核苷酸多样性(Pi)为0.007 48,平均核苷酸差异数(K)为2.052。67个个体分属4个单倍型,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.127。说明秦岭羚牛群体mtDNA控制区序列遗传多样性较低,群体间的基因交流较少,有可能出现近亲繁殖的情况。     

东方白鹳mtDNA D-loop序列的多样性

利用线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)序列,对东方白鹳的遗传多样性进行了研究。35条长为335bp的mtDNA控制区序列存在11个核苷酸变异位点,定义10种单倍型,序列差异3.28%,核苷酸多态性(Pi)为0.00760,单倍型多态性(Hd)为0.859,核苷酸差异均数(К)为2.545。通过与鹤形目和鹳形目的某些濒危物种线粒体DNA控制区核苷酸多样性进行比较发现,东方白鹳遗传多样性相对较高。     

秀丽白虾3个地理种群mtDNA 16S rRNA基因序列变异及遗传分化

为探究秀丽白虾Exopalaemon modestus不同地理种群的遗传变异,采用PCR产物纯化测序的方法,分别测定了太湖、鄱阳湖和兴凯湖3个种群共计129个秀丽白虾样品的mtDNA 16S rRNA基因序列。结果表明:在486 bp序列中,检测到10个变异位点,占所测序列的2.06%;共发现8种单倍型,其中太湖种群5种,鄱阳湖种群4种,兴凯湖种群1种;单倍型Ⅰ为太湖和鄱阳湖种群共有,单倍型Ⅳ为鄱阳湖和兴凯湖种群共有,3个种群未有共享单倍型;平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.691 00和0.002 46,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,3个种群间的遗传变异为29.58%,种群内的遗传变异为70.42%,遗传分化系数(Gst)为0.295 8,基因流(Nm)为0.595 2,3个种群间遗传分化存在极显著性差异(P0.01)。本研究结果可为秀利白虾种质资源保护提供基础数据。     

基于mtDNA D-loop区全序列的琅琊鸡遗传多样性和系统进化研究

为探讨琅琊鸡遗传多样性和系统进化,了解琅琊鸡母系起源,以30只琅琊鸡为素材,通过PCR扩增和测序技术,对mtDNA D-loop区全序列进行测序,并与GenBank中公布的D-loop区全序列的19条红色原鸡序列进行比对和分析。结果表明:琅琊鸡mtDNA D-loop区全长为1 231~1 232bp,1 231bp的个体在859bp处存在C碱基缺失;30只个体共发现25处单核苷酸多态位点,为13种单倍型,核苷酸多样度(Pi)为0.006 47±0.005 13,单倍型多样度(Hd)为0.887±0.038,平均核苷酸差异(K)为7.968;系统发育分析显示,琅琊鸡具有多个母系起源,13种单倍型可分为A、B、C和E 4个分支,其中E分支为琅琊鸡的优势单倍型,与原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)聚为一类。这一研究从分子水平为琅琊鸡遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

涪陵水牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

利用测序技术和生物信息学分析技术,对涪陵水牛27个个体的线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化进行分析,检测到16种单倍型,其核苷酸多态位点48个,约占所测核苷酸总长的5.24%,其中有43个转换,5个颠换。涪陵水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0196±0.0020,单倍型多样度(H)为0.9060±0.0460,表明涪陵水牛mtDNA遗传多样性丰富。根据单倍型构建了涪陵水牛的NJ分子系统树,发现存在沼泽型水牛支系A和B,表明涪陵水牛具有2个母系起源。     

关中马mtDNA D-loop区遗传多态性分析

利用测序技术和生物信息学分析技术,对关中马27个个体的线粒体DNA D-loop 247 bp序列的遗传多态性及系统进化进行分析,检测到9种单倍型,其核苷酸多态位点19个,约占所测核苷酸总长的7.69%,均为转换。关中马mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0219±0.0076,单倍型多样度(H)为0.843±0.041,表明关中马mtDNA遗传多态性丰富。根据mtDNA序列构建了关中马的NJ分子系统树,发现存在A、C、D、F和G共5个支系,表明关中马是多起源的。     

蒙古马mtDNA D-loop区遗传多样性与多重母系起源

【目的】对蒙古马mtDNA D-loop区247bp序列进行遗传多样性分析,探讨蒙古马的起源。【方法】采用PCR方法、测序技术及生物信息学方法,将本试验所测得的21匹蒙古马的mtDNA D-loop区序列,与GenBank中公布的43条蒙古马的对应序列,及世界范围内家马、普氏野马和内蒙古地区古马的mtDNA D-loop区序列一起进行系统发育分析。【结果】蒙古马具有39种单倍型,37个多态位点,核苷酸多样度(π)为0.02756±0.00967,单倍型多样度(h)为0.979±0.007,表明蒙古马mtDNA遗传多样性非常丰富。引用世界家马、古马、普氏野马和蒙古马共1074条mtDNA D-loop序列及本研究中21条mtDNA D-loop序列,共同进行系统发育分析,结果显示,蒙古马分布于A、B、C、D、E和F支系。【结论】蒙古马为多重母系起源,且与国内古马的母系起源几乎一致,推测蒙古马可能是中国北方家马的重要母系来源。     

我国斑鳜不同群体mtDNA控制区序列的遗传变异

采用PCR技术扩增了鸭绿江、长江、钱塘江、闽江、西江5个群体36尾斑鳜（Siniperca scherzeri Steindachner）mtDNA控制区的基因序列。在长度818bp片断序列中共检测到112个多态性核苷酸位点，具有20种单倍型，不同地理群体的单倍型表型不同，鸭绿江、钱塘江群体中含有多个特异性的核苷酸位点。用MEGA3．0构建了NJ分子树，鸭绿江、长江、钱塘江、西江群体内的个体均能单独聚成群，而闽江群体未能单独成群，个体分别与长江、西江群体聚在一起。这些表明我国斑鳜不同群体间有较明显的遗传分化。     

我国斑鳜不同群体mtDNA控制区序列的遗传变异

采用PCR技术扩增了鸭绿江、长江、钱塘江、闽江、西江5个群体36尾斑鳜（Siniperca scherzeri Steindachner）mtDNA控制区的基因序列。在长度818bp片断序列中共检测到112个多态性核苷酸位点，具有20种单倍型，不同地理群体的单倍型表型不同，鸭绿江、钱塘江群体中含有多个特异性的核苷酸位点。用MEGA3．0构建了NJ分子树，鸭绿江、长江、钱塘江、西江群体内的个体均能单独聚成群，而闽江群体未能单独成群，个体分别与长江、西江群体聚在一起。这些表明我国斑鳜不同群体间有较明显的遗传分化。     

锦江河3种鳜的遗传变异及其多样性评价

为探究锦江河国家级水产种质资源保护区内鳜类遗传变异特征及其多样性水平,基于PCR扩增与测序技术对大眼鳜、斑鳜和中国少鳞鳜3个群体97尾鱼的线粒体控制区序列进行比较分析。结果显示,大眼鳜序列长度为843 bp,无变异位点,只有1种单倍型,斑鳜有852 bp和856 bp两种序列,28个多态位点和11个单倍型,中国少鳞鳜也有845 bp和846 bp两种长度,5个多态位点和5个单倍型;大眼鳜、斑鳜和中国少鳞鳜3种鳜鱼群体内的遗传距离分别为0. 000 0、0. 008 7±0. 002 0和0. 002 0±0. 000 9,单倍型多样度和核苷酸多态性分别为0. 000 0、0. 859 9、0. 736 7和0. 000 0、0. 008 7、0. 002 0。分析表明,3种鳜鱼在终止序列区和保守序列区存在种或属间差异,锦江斑鳜是一个遗传变异大,多样性丰富的稳定种群;中国少鳞鳜虽然单倍型多样度丰富,但遭受过瓶颈效应,导致其核苷酸多样性偏低;大眼鳜遗传组成单一,多样性十分贫乏,推测可能有入侵的养殖群体。锦江系梵净山国家级自然保护区内最大的河流,历史上鳜类资源丰富,但已遭严重的破坏,加强其鳜类遗传资源的研究与保护十分必要。     

基于28S rDNA D2区序列的陕南凹缘菱纹叶蝉分子系统学与遗传多样性研究

为探讨陕南桑园凹缘菱纹叶蝉(Hishimonus sellatus Uhler)系统关系与遗传多样性,对陕南7个主要蚕桑产区共132头凹缘菱纹叶蝉的 28S rDNA基因D2区序列进行核苷酸多样性和遗传差异分析,同时研究单倍型之间的分子系统关系和网络进化图。结果表明,总群体共存在多态性位点63个,单倍型8个,优势单倍型H_1占单倍型总数的74.2%,遗传分化程度较低。分子方差分析显示:种群内变异占总组分的98.94%,差异不显著,且其基因流系数Nst和种群地理距离之间不存在相关性(R~2=0.019 7),说明各个地理种群之间存在渐渗杂交。     

基于线粒体DNA控制区序列的珠江和长江水系光倒刺鲃群体遗传变异分析

【目的】明确珠江和长江水系不同光倒刺鲃地理群体的遗传变异及进化关系,为其种质资源保护和可持续开发利用提供科学依据。【方法】从珠江水系（增江、流溪河、北江、连江、漓江、柳江和郁江）和长江水系（阊江、赣江和湘江）的10个支流（群体）采集347尾光倒刺鲃样本,扩增并测定其线粒体DNA（mtDNA）控制区序列;通过MEGA 6.0、DnaSP 6.10和Arlequin 3.5等在线软件统计序列碱基组成、变异位点、遗传距离、核苷酸多样性（π）、单倍型多样性（H_d）及遗传分化系数（F_st）,并进行分子变异分析（AMOVA）、核苷酸错配分布分析、中性检验,以及构建单倍型的系统发育进化树和网络结构图。【结果】光倒刺鲃mtDNA控制区序列长度为519 bp,其中T、C、A、G占比平均值分别为32.57%、19.16%、32.16%和16.11%。在所有mtDNA控制区序列中共检测到62个变异位点,34个单倍型;10个光倒刺鲃群体的H_d平均为0.917,π平均为0.0359,遗传距离为0.0018~0.0790,F_st为-0.0007~0.9978。光倒刺鲃mtDNA控制区序列63.46%的分子遗传变异来自各地理分组间;单倍型网络结构图和系统发育进化树均显示,10个光倒刺鲃群体聚类为三大支系,除了有个别交集外,东江水系、西江水系、赣江水系+湘江水系的光倒刺鲃群体分布在3个不同的独立分支上,而北江+流溪河水系群体分别与东江水系群体和西江水系群体有较多交集。10个光倒刺鲃群体的Fu’s Fs为-1.339~23.759,平均为9.857,但P均大于0.05;Tajima’s D为-2.613~2.824,仅有3个群体的Tajima’s D为显著性负值（P<0.05）;其核苷酸错配分布图谱呈多峰形式,即珠江和长江水系光倒刺鲃群体尚未发生过种群扩张。【结论】珠江和长江水系光倒刺鲃群体遗传多样性总体上偏低,应加强其种质资源保护,尤其是北江水系群体野生资源相对较丰富宜作为重点保护单元。复杂的地形地貌导致珠江和长江水系光倒刺鲃群体形成明显的地理隔离,群体间已发生明显分化,且受各种人为活动干扰导致其种群收缩,因此亟待采取有效防护措施以保证光倒刺鲃种质资源的可持续利用。     

安徽河川沙塘鳢不同地理群体遗传多样性和遗传结构研究

为探究安徽河川沙塘鳢不同地理群体遗传多样性差异和遗传分化水平,研究采集了安徽长江、新安江流域的4个地理群体,共142个河川沙塘鳢样本。选择线粒体基因作为分子标记,进行测序与分析。结果显示,标记全长1 291 bp,包含52个变异位点,定义了15个单倍型。4个群体总体遗传多样性水平远高于群体内遗传多样性水平,分子变异主要来源于群体间。所有群体形成了3个反映物种的地理分布关系的支系,且未曾发生过扩张。河川沙塘鳢群体间的分化程度很高,具有较高的保护和选育价值。     

长江口江豚的遗传多样性现状及种群动态

长江口地处长江与东海、黄海的交汇处,是窄脊江豚东亚亚种和长江亚种的重叠分布区和死亡率高发区。筛选出16个多态性微卫星位点,对采自长江口的36头窄脊江豚东亚亚种样本作了遗传多样性和种群动态分析。结果显示,除了2个微卫星位点显著偏离了Hardy-Weinberg平衡外,其他14个位点均未偏离Hardy-Weinberg平衡。16个微卫星位点共获得了129个等位基因,平均等位基因数达8. 1个。计算获得的平均观察杂合度(Ho)为0. 733,平均期望杂合度(He)为0. 758,多态性信息含量(PIC)均在0. 5以上。其遗传多样性水平与印度洋江豚和海豹等海洋哺乳动物相近,但明显高于大熊猫、东北虎等陆生珍稀哺乳动物。杂合度检验和Mode-shift模型分析显示,该种群未经历过近期的遗传瓶颈效应。Msvar软件的4次模拟均未发现该种群在历史上发生过明显的有效数量波动,估算的当前有效种群大小约为5 623头。研究显示,在长江口发现的窄脊江豚东亚亚种个体,属于一个大而稳定的种群。     

中国小黄黝鱼种群遗传结构和分化研究

小黄黝鱼(Micropercops swinhonis)是广布于中国长江及北方各水系的一种小型淡水虾虎鱼类。本研究采集了来自松花江(哈尔滨)、辽河(沈阳)、海河(北京)、黄河下游(濮阳)、高邮湖、长江水系(邵阳资水、洪湖、荆州、靖江市、巢湖、太湖、郎溪、洞庭湖)和云南腾冲的88个样品。通过分析线粒体细胞色素b(Cyt b)和控制区D-loop基因序列的变异研究小黄黝鱼不同地理种群的相互关系,并探讨其遗传结构和物种分化。Cyt b和D-loop的序列串联共得到63个单倍型,133个变异位点。AMOVA、SAMOVA、网络图以及贝叶斯建树分析结果都支持将其分为邵阳资水种群(A种群)、太湖种群(B种群)、其他地区种群(C种群)3个差异较大的分支,其中C种群又大致可以分3个子种群。错配分布分析表明靖江(Fu’s FS:-4.119,P=0.009)和洪湖(Fu’s FS:-2.814,P=0.016)两地的种群历史上发生过种群扩张。     

基于线粒体Cytb序列的3个宽体金线蛭群体遗传多样性分析

对江苏省扬州高邮、苏州张家港、泰州海陵3个地区宽体金线蛭自然群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定和分析。结果显示:宽体金线蛭Cytb基因全长1 146 bp,样本的A、G、T、C平均含量分别为27.57%、15.77%、43.49%、13.17%,A+T含量(71.06%)明显高于G+C含量(28.94%)。在77个宽体金线蛭样本中,共检测到96个多态位点,其中有58个简约信息位点,获得47个单倍型,共享单倍型数目1个。3个宽体金线蛭群体的平均单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.9781、0.0133、15.20,其中泰州海陵群体的单倍型多样度(0.987 7)和核苷酸多样度(0.013 1)最高。3个群体间的遗传分化指数F_(st)为0.065 1～0.175 6,且差异显著(P0.05),不同群体间存在一定的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)表明,11.13%的变异来自群体间,88.87%的变异来自群体内。用邻接法构建的单倍型系统发育进化树显示,不同地理群体的个体呈交错分布,没有形成明显的地理谱系。中性检验和核酸不配对分布结果表明,3个宽体金线蛭野生群体总体大小保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。     

安徽长江水系黄鳝的群体遗传结构分析

为研究安徽长江水系黄鳝(Monopterus albus)的遗传多样性和群体遗传结构,测定了其6个地理群体(当涂、无为、繁昌、贵池、怀宁和望江)共178尾个体的线粒体DNA控制区部分序列.对其长度为556～558 bp的控制区同源序列进行分析,共检测到变异位点41个(变异率7.35％),单倍型56种.平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.694～0.954、0.00237～0.01382.群体分化指数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.01974～0.87529、0.07124～24.82928,分子变异分析(AMOVA)中,群体间遗传变异占61.72％,表明黄鳝群体间具有明显的遗传分化.基于单倍型或群体间遗传距离的分子系统进化树均显示,6个地理群体分为两支:当涂与繁昌群体聚为一支,其余4群体聚为另一支.