静原鸡胸肌和腿肌肌苷酸特异性沉积相关circRNA的联合分析

旨为分析静原鸡胸肌和腿肌中circRNA的表达模式与肌苷酸(Inosine monphosphate,IMP)在肌肉组织特异性沉积的关系。利用RNA-seq技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行全转录组测序,对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析等,并对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,使用qRT-PCR对转录组结果进行表达量验证。结果表明:共筛选到circRNA 3 283个,组织特异性表达circRNA 242个。以|log2Fold change|≥1,P0.05为筛选条件,共得到差异circRNA 446个,DEGs 1 100个,差异miRNA 36个;对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,两者都显著富集于糖酵解/糖异生通路和心肌细胞的肾上腺素信号传导,并且差异circRNA显著富集于嘌呤代谢通路,DEGs显著富集于氨基酸的生物合成、磷酸戊糖途径、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等与IMP合成高度相关的通路。对差异circRNA进行靶基因预测,构建circRNA-miRNA-mRNA可视化共表达网络,筛选到以novel＿circ＿0013580、novel＿circ＿0012931、novel＿circ＿0011886、novel＿circ＿0013588、novel＿circ＿0007737和novel＿circ＿0008274为核心的转录后调控因子和以PKM2、GART为核心的靶基因,靶向基因分析发现IMP合成关键调控因子可能来源于同一亲本基因的novel＿circ＿0013580和novel＿circ＿0013588,两者能够同时结合novel＿409作用于靶基因GART。对6个circRNA和6个miRNA qRT-PCR检测结果与全转录组测序结果趋势一致。综上,circRNA在静原鸡胸肌和腿肌中的差异性表达与IMP的特异性沉积具有相关性,为研究地方鸡种IMP在肌肉组织中特异性沉积的分子机制提供参考信息。     

清远麻鸡H-FABP和A-FABP基因mRNA的差异表达研究

【目的】分析心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)和脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因mRNA在不同日龄清远麻鸡不同组织中的差异表达量,为进一步阐明H-FABP、A-FABP在鸡IMF含量和腹脂沉积中的作用机制奠定基础。【方法】依据鸡H-FABP和A-FABP基因及参照基因GAPDH序列设计引物,以鸡心肌、胸肌、腿肌、肝脏和腹脂mRNA逆转录合成的cDNA为模版,应用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR,检测56和120日龄清远麻鸡A-FABP、H-FABP基因mRNA的差异表达量。【结果】H-FABP、A-FABP和GAPDH的基因融解曲线均为单峰,无杂峰及二聚体,定量准确。120 d时清远麻鸡的胸肌和腿肌的肌内脂肪(IMF)含量显著高于56 d;H-FABP基因mRNA 120 d时在心肌、胸肌和腿肌的差异表达量显著高于56 d,且同一日龄时在心肌的差异表达量显著高于胸肌和腿肌(P0.05)。120 d时清远麻鸡A-FABP基因mRNA在腹脂和肝脏的差异表达量显著高于56 d;同一日龄时,A-FABP基因mRNA在腹脂的差异表达量显著高于肝脏,A-FABP基因在心肌、胸肌和腿肌中不表达。相关分析表明,H-FABP基因mRNA差异表达量与胸肌、腿肌IMF含量分别呈显著和极显著正相关,A-FABP基因mRNA差异表达量与腹脂率呈极显著负相关。【结论】H-FABP基因主要在鸡肌肉组织的肌内脂肪中表达,而且在心肌中高度表达,与IMF含量呈显著或极显著的正相关,其是IMF含量的下调基因;A-FABP基因主要在腹脂与肝脏中表达,且在腹脂中高度表达,与腹脂率呈极显著负相关,是脂肪细胞的上调基因,且为正调控。     

鸭腺苷琥珀酸裂解酶基因序列特征及表达与肌肉肌苷酸含量的相关性分析

【目的】克隆鸭腺苷琥珀酸裂解酶（adenylosuccinate lyase,ADSL）基因的完整编码区（coding sequences,CDS）,对其进行核酸和蛋白序列分析,研究该基因在各品种肌肉组织mRNA表达水平;对该基因mRNA表达水平与肌肉组织肌苷酸（inosine monophosphate acid,IMP）含量进行相关性分析。为揭示中国优良地方鸭种的风味基因结构、研究其生物学功能以及与重要风味物质的关系奠定理论基础。【方法】通过PCR扩增和克隆测序获得鸭ADSL基因部分cDNA序列,运用生物信息学方法分析鸭ADSL基因编码区序列、蛋白结构和进化关系,利用real-time-PCR技术检测鸭肌肉组织中ADSL基因mRNA表达水平,利用高效液相色谱法测定肌肉组织IMP含量。【结果】①鸭ADSL基因CDS全长均为1 380 bp,编码459个氨基酸,与鸡的同源性为94.77%。②ADSL蛋白为偏碱性,有较为强烈的信号肽和细胞内跨膜结构,蛋白二级结构主要由α-螺旋构成。③鸭和鸡首先聚为一类,后与人、鼠等哺乳动物聚为一类,而与两栖、鱼类相聚较远。④ADSL基因表达量品种间差异极显著（P＜0.01）;各品种内雌性表达量极显著高于雄性（P＜0.01）;同一性别内胸肌表达量极显著高于腿肌（P＜0.01）（樱桃谷鸭除外,为P＞0.05）。⑤IMP含量在品种间差异极显著（P＜0.01）;各品种内雌性含量显著高于雄性（P＜0.05）;同一性别内胸肌含量显著高于腿肌（P＜0.05）。【结论】鸭ADSL基因CDS序列与鸡的同源性极高,在肌肉组织中该基因的表达量及对应IMP含量表现为不同品种、同一品种不同性别、同一性别不同部位间极显著或显著差异,两者并显现出显著正相关。     

不同鸭种胚胎期和岀雏早期肌肉组织中IGF-Ⅰ基因mRNA的差异表达分析

【目的】研究不同品种鸭胚胎期和出雏早期胸肌、腿肌中IGF-Ⅰ基因mRNA表达水平的发育性变化。【方法】采用实时荧光定量PCR方法,研究生长速度不同的"高邮鸭"和"金定鸭"13,17,21,25,27胚龄和出雏后7日龄胸肌、腿肌中IGF-Ⅰ基因mRNA的表达规律。【结果】IGF-ⅠmRNA的表达规律在2个品种鸭的早期肌肉发育过程中较为一致,胸肌和腿肌IGF-ⅠmRNA表达量都是在13胚龄时最高,公鸭和母鸭同一肌肉组织IGF-ⅠmR-NA表达没有显著差异(P>0.05);不同品种间,IGF-ⅠmRNA在"高邮鸭"胸肌中的表达量除27胚龄外,其他发育时期均高于"金定鸭",且在13和21胚龄及7日龄时呈显著(P<0.05)或极显著差异(P<0.01),而"高邮鸭"腿肌IGF-ⅠmRNA的表达量在不同发育时期均高于"金定鸭",但差异不显著(P>0.05);同一品种内IGF-ⅠmRNA在胸肌中的表达量高于腿肌,且除13胚龄外,其他发育时期都显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)高于其在腿肌中的表达量。【结论】鸭肌肉中IGF-Ⅰ基因mRNA表达水平具有显著的年龄依赖性和明显的品种特征及组织差异,肌肉中IGF-Ⅰ基因mRNA表达对鸭早期生长发育有重要影响,且对胸肌生长发育的启动要早于腿肌。     

静原鸡胸肌与腿肌肌苷酸特异性沉积相关基因的生物信息学分析

旨在筛选影响静原鸡胸肌与腿肌中肌苷酸(Inosine monphosphate，IMP)特异性沉积相关关键差异蛋白。基于课题组前期利用高效液相色谱法测定IMP和肌苷含量，并且采用液相色谱-质谱(LC-MS/MS)技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行蛋白质组测序，本研究运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术对相关基因进行表达量分析，并利用蛋白质组测序数据筛选出IMP合成相关关键差异表达蛋白，对其进行生物信息学分析，以及差异表达蛋白对应基因与IMP相关性分析。结果表明: 1)差异蛋白对应基因表达量与蛋白质组测序数据结果一致。2)通过KEGG通路富集分析发现，嘌呤代谢通路中筛选出差异表达蛋白PKM2和PGM1。3)同时对差异表达蛋白PKM2和PGM1参与的GO功能富集分析显示，PKM2主要参与ADP产生ATP、嘌呤核苷代谢和糖酵解等生物学过程，细胞内的细胞器和细胞质等细胞组分，镁离子结合、丙酮酸激酶活性和磷酸转移酶活性等分子功能；PGM1参与碳水化合物代谢和有机物代谢等生物学过程，其分子功能涉及镁离子结合和异构酶活性等。4)蛋白网络互作分析进一步发现，PKM2与ENO4、GAPDH等11个蛋白相互作用，PGM1与PGM2、TKT等10个蛋白相互作用。5)PKM2和PGM1与静原鸡胸肌和腿肌IMP的相关性分析显示，胸肌PKM2 mRNA表达量与IMP含量呈负相关性(r=-0.171 0)，但腿肌PKM2 mRNA表达量与IMP含量呈极显著正相关(r=0.735 0)(P<0.01)；胸肌和腿肌PGM1 mRNA表达量与IMP含量均呈极显著负相关(r=-0.536 2和-0.512 5)(P<0.01)。本研究为提高静原鸡肉风味，促进地方品种资源的开发利用提供科学依据。     

不同日龄略阳乌鸡肌肉中肌苷酸含量的变化规律

以18日胚龄及6、180日龄黄羽鸡和略阳乌鸡为研究对象,探讨不同发育时期肌肉中风味物质的形成规律。采用高效液相色谱仪测定腿肌和胸肌中的肌苷酸含量,利用荧光定量PCR方法检测肌苷酸合成关键酶腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因的mRNA表达情况。结果显示:黄羽鸡和略阳乌鸡腿肌中ADSL基因的表达、肌苷酸的含量均在6日龄时最高,胸肌中肌苷酸在180日龄时含量最高,表达趋势基本一致;略阳乌鸡腿肌和胸肌的肌苷酸含量在180日龄时明显高于黄羽鸡。同时,ADSL基因的表达量在不同时期均明显高于黄羽鸡,表明成年略阳乌鸡的肉品质优于黄羽鸡。     

藏鸡POU1F1基因可变剪切体相对表达量与生长性能的关联研究

【目的】为研究POU1F1基因3种剪切体在藏鸡不同的阶段中对藏鸡生长的影响。【方法】以藏鸡为研究对象,采用荧光定量技术,对POU1F1 3种剪接体在藏鸡的4个时期(81、119、154、210 d)垂体、腿肌和胸肌中的表达量进行检测,并与其生长性能进行关联分析。【结果】POU1F1基因的3个剪接体在4个时期中均于119日龄时有一较高值,之后随日龄增加而降低;且表达水平POU1F1-βPOU1F1-αPOU1F1-ω;在垂体、胸肌和腿肌中,垂体中表达远高于其他2个组织;在垂体中,雌性的表达量高于雄性。藏鸡POU1F1-α的表达量与活体重、半净膛重、全净膛重和腿肌重4个指标呈显著相关,与屠体重呈极显著相关;119日龄时,POU1F1-α和POU1F1-ω均与活体重、屠体重、半净膛重和腿肌重呈显著相关;154日龄时,POU1F1-ω与参与分析的性状没有显著相关性。【结论】POU1F1基因的3种剪接体在119日龄之前对鸡的生长发育影响最为显著,POU1F1-α和POU1F1-β对藏鸡的生长发育均有显著影响,可作为影响生长发育的候选基因,对提高家畜生长速度,增加畜产品的产出能力提供理论基础。     

FASN和LPL基因对淮南麻黄鸡肌内脂肪含量的影响

【目的】研究淮南麻黄鸡肌肉品质及脂肪酸合酶(FASN)、脂蛋白脂酶(LPL)基因表达量随日龄的变化规律及其与肌内脂肪(IMF)含量的相关性。【方法】选取90,120,150和180日龄淮南麻黄鸡为研究对象,测定各日龄公、母胸肌和腿肌肌肉品质(亮度(L~*)、红度(a~*)和黄度(b~*)值及pH、蒸煮损失、剪切力)、IMF含量和血脂指标(低密度脂蛋白(LDL)、高密度脂蛋白(HDL)、总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、游离脂肪酸(FFA)和极低密度脂蛋白(VLDL)浓度),荧光定量表达检测脂肪沉积相关基因FASN和LPL的表达量,Pearson法分析血脂指标和FASN、LPL基因表达量与IMF含量的相关性。【结果】公鸡和母鸡胸肌L~*、pH、腿肌蒸煮损失在不同日龄间无显著差异,其余肉质指标在不同日龄间有显著差异。公鸡和母鸡胸肌IMF含量在180日龄显著高于90日龄(P0.05),公鸡腿肌IMF含量在180日龄显著高于90和120日龄(P0.05),母鸡腿肌IMF含量在150和180日龄显著高于90日龄(P0.05)。除公鸡HDL浓度在不同日龄间无显著差异外,公母鸡各血脂指标在不同日龄间均有显著差异。公鸡胸肌IMF含量与血清HDL浓度显著正相关,与VLDL浓度显著负相关;腿肌IMF含量与HDL浓度极显著正相关,与TG和LDL浓度极显著负相关。母鸡腿肌IMF含量与血清TG浓度呈显著负相关,与其他血脂生化指标相关性不显著。公鸡肝脏、胸肌FASN和LPL基因相对表达量在不同日龄间有显著差异,腿肌FASN和LPL基因相对表达量在不同日龄间无显著差异;母鸡肝脏FASN和LPL基因相对表达量在不同日龄间无显著差异,胸肌和腿肌FASN和LPL基因表达量在不同日龄间有显著差异。公鸡和母鸡胸肌IMF含量均与胸肌FASN基因表达量显著正相关;公鸡胸肌IMF含量与肝脏FASN和LPL表达量均显著正相关;母鸡腿肌IMF含量与腿肌LPL表达量显著正相关。【结论】日龄对淮南麻黄鸡肉品质、血脂水平和脂肪沉积相关基因表达量有显著影响,可通过血脂TG浓度间接选择IMF含量。FASN参与调控公、母鸡胸肌IMF含量,LPL参与调控母鸡腿肌IMF含量。     

饲粮能量和粗蛋白质水平对5～10周龄肉鸭生长发育、肌肉品质的影响

【目的】为探讨日粮代谢能水平与粗蛋白质含量对5~10周龄肉鸭生长发育性能及肌肉品质的影响。【方法】选取540只5周龄苏邮2号肉鸭,采用3×3两因子设计法,设置9个处理组,每组3个重复,每个重复公母各10只,能量水平为:高代谢能(HE,12.20 MJ/kg)、中代谢能(ME,11.80 MJ/kg)和低代谢能(LE,11.40 MJ/kg),蛋白水平为:高蛋白质(HP,16.80%)、中蛋白质(MP,15.30%)和低蛋白质(LP,13.80%)。【结果】结果表明:(1)第1、2、4、5、6组试验鸭平均日增重显著地高于第3、9组(P0.05),第3、9组料重比显著地高于其余各组(P0.05),第5、6组试验鸭体斜长显著地高于第1、9组(P0.05)。饲粮代谢能和粗蛋白质水平对平均日增重有显著的互作效应(P0.05),粗蛋白质水平对体斜长有显著的影响(P0.05)。(2)第5组试验鸭半净膛率、全净膛率、腿肌率、胸肌率与第1组相比,差异达到显著水平(P0.05),第6组全净膛率与第1组间差异显著(P0.05),第5、8组腿肌率显著地高于第1、2组(P0.05),第5组胸肌率与第3组间差异显著(P0.05)。粗蛋白主效应在半净膛率、全净膛率间达到显著水平(P0.05),胸肌率的代谢能主效应显著(P0.05),腿肌率的代谢能粗蛋白的互作效应显著(P0.05)。(3)肌苷酸含量在各个试验组间以及不同肌肉组织间的差异不显著(P0.05),但肌苷酸在胸肌中的含量普遍要高于腿肌,代谢能、粗蛋白及代谢能粗蛋白的互作效应均不显著(P0.05)。第8组试验鸭胸肌粗脂肪含量显著地高于第1组(P0.05),胸肌粗脂肪含量代谢能粗蛋白互作效应显著(P0.05)。第7组试验鸭腿肌p H值显著地高于第8组(P0.05),代谢能粗蛋白间的互作效应显著(P0.05)。【结论】在相同饲养管理条件下,采食代谢能11.80 MJ/kg、粗蛋白15.30%的饲粮有利于5~10周龄苏邮2号肉鸭生产性能的提高。     

育成期高能饲喂下开产与未开产蛋鸡肝脏miRNA表达谱差异分析

【目的】对育成期高能饲喂下开产与未开产蛋鸡的肝脏进行miRNA高通量测序分析,探明高能饮食状态下蛋鸡肝脏中影响其开产的miRNA,为提高产蛋性能打下基础。【方法】以代谢能水平为12.14 MJ/kg的高能饲粮饲喂育成期蛋鸡,通过Illumina NextSeq500高通量测序平台对开产与未开产蛋鸡肝脏进行small RNA测序,使用DESeq分析miRNA表达量,并以实时荧光定量PCR进行验证;采用miRanda对差异表达miRNA进行靶基因和靶位点预测,同时以超几何分布对差异表达的靶基因进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析。【结果】 6个样本（3个开产蛋鸡样本,3个未开产蛋鸡样本）能注释到的miRNA均超过300个,约占miRBase中已鉴定鸡miRNA的30.00%,且前体鉴定结果显示各样本注释到的miRNA有部分定位在同一前体上。与未开产组样本相比,开产组样本有9个miRNA表达上调、3个miRNA表达下调。其中,gga-miR-132c-5p、gga-miR-132b-5p、gga-miR-2184a-5p、gga-miR-132c-3p、gga-miR-132b-3p及gga-miR-2184a-3p属于同一miRNA基因簇,且gga-miR-1682、gga-miR-132b-3p和gga-miR-2184a-3p等3个上调miRNA在未开产蛋鸡样本中不表达。通过miRanda共预测得到129个差异表达潜在靶基因,以miR-203a预测得到的靶基因最多,为32个;其次是gga-miR-2184a-5p、gga-miR-148a-5p和gga-miR-12211-5p,分别预测到30、25和23个靶基因;而miR-132c-5p预测得到的靶基因最少,仅为9个。129个靶基因显著注释到8条GO功能条目上,生物学过程（Biological process）主要注释到脂质代谢过程、细胞脂质代谢过程、脂质生物合成过程、磷脂生物合成过程、磷脂代谢过程、甘油磷脂生物合成过程和解剖学结构发育,分子功能（Molecular funcion）仅注释到1条GO功能条目,即利钠肽受体活性,未发现涉及细胞组分（Cellular component）的GO功能条目;在注释到的8条GO功能条目中有6条与脂质代谢相关,涉及的靶基因有22个,占总潜在靶基因的17.10%。KEGG信号通路富集分析结果显示共显著富集到7条KEGG信号通路,其中脂肪酸降解、脂肪酸生物合成、酮体合成与降解及PPAR信号通路等4条信号通路与脂质代谢相关。【结论】育成期高能饲喂下开产与未开产蛋鸡中共存在12个差异表达miRNA,涉及129个差异表达潜在靶基因,且主要富集在肝脏脂质代谢相关过程和信号通路,说明miRNA是通过调控脂质代谢及其相关基因表达而影响蛋鸡开产。     

鸡FATP1基因多态性与屠体性状的相关分析

 【目的】研究FATP1基因多态性与优质肉鸡屠体性状的相关性,为进一步加快育种进程提供参考依据。【方法】利用PCR-SSCP技术对381只大恒优质鸡FATP1基因的部分外显子进行群体遗传学检测,计算基因频率和基因型频率,对多态性与屠体性状进行相关分析。【结果】在FATP1 P3和P4两个位点上分别存在3种多态以及9种单倍型组合。P3位点不同基因型对活重、屠体重、半净膛、全净膛、胸肌重和腿肌重有显著影响,P4位点不同基因型对腿肌重和腹脂率有显著影响。9种单倍型组合AAMM、AAMN、AGMM、AGMN、AANN、AGNN、GGMM、GGMN和GGNN的频率分别为0.538、0.052、0.265、0.029、0.045、0.037、0.024、0.005和0.005,不同单倍型与腹脂重、胸肌重和胸肌率存在相关性。【结论】鸡FATP1不同基因型和单倍型组合与部分屠体性状和腹脂率存在相关性。     

鸡gga-miR-31-5p 启动子真核表达载体的构建及其转录因子结合位点预测

为确定鸡gga-miR-31-5p启动子基本活性区域,并分析调控其转录的重要转录因子,初步探究影响鸡gga-miR-31-5p的表达调控机制,采用PCR法扩增鸡gga-miR-31-5p启动子,插入到pEGFP-N1载体,构建重组载体。利用菌液PCR及测序鉴定阳性重组质粒。将重组载体转染DF-1细胞系,观察其启动活性。利用在线预测网站预测gga-miR-31-5p启动子区域的转录因子结合位点。结果显示,成功克隆出gga-miR-31-5p启动子片段,并成功构建其pEGFP重组载体。体外转染结果表明,该区域具有启动活性,并发现鸡gga-miR-31-5p启动子区域存在RARα、ER、c-Jun、GR等重要转录因子结合位点。研究初步确定了鸡gga-miR-31-5p启动子区域,同时发现该区域存在重要转录因子结合位点,该结果为后续探讨进一步研究gga-miR-31-5p启动子的生物学功能奠定基础。     

鸡TRAF6和TIFA基因克隆及其组织表达特征分析

【目的】分析肿瘤坏死因子受体相关因子6（TRAF6）及具有叉头相关结构域的TRAF相互作用蛋白（TIFA）基因在贵州黄鸡不同发育阶段各组织中的表达特点，为后续开展TRAF6和TIFA基因调控鸡的生长发育及二者相互作用调控鸡相关病毒复制打下基础。【方法】利用RT-PCR扩增鸡TRAF6和TIFA基因编码区（CDS）序列，通过ProtParam、SOPMA、SWISS-MODEL及MegAlign等在线软件进行生物信息学分析；同时采用实时荧光定量PCR分别检测TRAF6和TIFA基因在鸡胚发育第14 d （E14d）、鸡出壳第1 d （H1d）、第7 d （H7d）和第14 d （H14d）不同组织中的表达情况。【结果】鸡TRAF6和TIFA基因CDS序列全长分别为1638和564 bp，编码545和187个氨基酸残基，对应的编码蛋白分子量约62和22 kD，理论等电点（pI）为6.14和5.18。鸡TRAF6蛋白二级结构中无规则卷曲占47.08%、α-螺旋占38.14%、延伸链占11.86%、β-转角占2.92%，鸡TIFA蛋白二级结构中无规则卷曲占51.87%、α-螺旋占27.81%、延伸链占16.58%、β-转角占3.74%，二者均以无规则卷曲和α-螺旋为主。TRAF6和TIFA基因核苷酸序列同源比对分析均显示鸡与火鸡的相似性最高，分别为96.4%和92.2%，符合物种进化规律，也表明TRAF6和TIFA基因在禽类中具有一定的遗传保守性。TRAF6和TIFA基因在贵州黄鸡不同发育阶段的眼球、脑组织、心脏、肝脏、肺脏、肌胃、胸肌及腿肌中均有不同程度表达，且内脏组织的相对表达量普遍高于肌肉组织，以肺脏中的相对表达量最高，其次是肝脏和肌胃；从E14d发育到H14d，鸡TRAF6和TIFA基因在肺脏、肝脏和肌胃中的表达均呈先下降后上升的变化趋势，在眼球中则呈先上升后下降再上升的变化趋势，在脑组织、胸肌和腿肌的表达水平较低且趋于稳定。【结论】 TRAF6和TIFA基因在鸡不同发育阶段各组织中均有表达，且以肺脏和肝脏中的表达水平相对较高，在脑组织、胸肌和腿肌中的表达相对较低，故推测TRAF6和TIFA基因相互作用对鸡的生长发育具有调控作用。     

鸡肉品质分析及关键风味物质和基因的筛选

【目的】对不同品种鸡肉中的风味物质和基因进行筛选,为开展品种选育及鸡肉产品的开发利用等研究提供科学依据。【方法】首先对消费者购买肉鸡的主要选择因素进行市场调查。其次分别选取上市日龄的地方品种鸡（文昌鸡、鹿苑鸡）、培育品种鸡（817肉鸡、花山鸡）、引进白羽肉鸡（罗斯308）,每个品种选取接近平均体重的30只鸡（公母各15只）屠宰,屠宰后迅速取两侧胸肌,用于品尝评定、常规肉品质、肌纤维特性、肌苷酸、脂肪酸、氨基酸含量及相关基因表达的测定。最后通过偏最小二乘法（partial least squares,PLS）将品尝评定结果与理化测定结果进行关联分析,挖掘影响品尝评定的风味物质。【结果】（1）风味是消费者购买肉鸡的主要选择因素。文昌鸡肉的甜味、鲜味显著高于罗斯308(P≤0.05)。（2）文昌鸡、鹿苑鸡平均肌纤维面积显著低于其他品种（P≤0.05）,平均肌纤维直径显著低于花山鸡、罗斯308(P≤0.05)。文昌鸡肌苷酸含量显著高于其他品种（P≤0.05）。文昌鸡、鹿苑鸡饱和脂肪酸含量显著高于其他品种（P≤0.05）,罗斯308不饱和脂肪酸含量显著高于文昌鸡、鹿苑鸡、817肉鸡（P≤0.05...     

广西麻鸡m6A甲基转移酶基因表达与肌纤维类型及成肌分化的关系

[目的]肌纤维类型及其转化的调节是改善肉质的重要途径,最新研究表明,m6A RNA甲基化修饰在肌肉的分化中发挥着重要作用.以优良的地方品种——广西麻鸡作为研究对象,研究其性成熟日龄不同部位肌纤维类型的组成差异,探究m6A甲基化转移酶相关基因甲基化转移酶样蛋白3/14(methyltransferase like 3/1...     

MyoG基因多态性与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的关联分析

【目的】探究肌细胞生成素基因（MyoG）多态性与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的关联性,从分子标记角度对瑶山鸡进行选育,更好地保护和开发利用瑶山鸡,同时为家禽MyoG基因研究提供参考依据。【方法】以150日龄出栏的健康瑶山鸡为研究对象,通过PCR扩增产物直接测序对瑶山鸡MyoG基因多态性进行检测,利用DNAStar对测序结果进行比对分析以确定MyoG基因SNP位点,通过RNAfold对瑶山鸡MyoG基因突变前后的mRNA二级结构进行预测,并以SPSS 18.0分析SNP位点与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的相关性。【结果】在瑶山鸡MyoG基因第3外显子上发现1个SNP位点（T17C位点）,属于同义突变,存在3种基因型（CC型、CT型和TT型）;T为优势等位基因,CT为优势基因型;有效等位基因数（Ne）接近2.00;多态信息含量（PIC）为0.35,呈中度多态（0.25P>0.05）。MyoG基因T17C位点突变致使其mRNA二级结构发生改变,进而导致其最小自由能由-452.60 kcal/mol降至-465.24 kcal/mol。不同基因型瑶山鸡生长、屠宰性能及肉质性状间的相关分析结果显示,3种基因型瑶山鸡在体尺、屠宰性能及肉质性状间的相关性大部分呈现相同规律,其中胸宽与胸深在不同基因型瑶山鸡中均呈极显著正相关（P<0.01）。【结论】瑶山鸡MyoG基因T17C位点存在3种基因型,属于同义突变,并未引起氨基酸及其蛋白结构和功能的明显变化,但其多态性对瑶山鸡体尺性状、屠宰性能和肉质性状有一定影响,因此可作为瑶山鸡分子选育的候选遗传标记。     

miR-221-3p靶向BCL2L11调控小尾寒羊卵泡颗粒细胞凋亡

【目的】BCL2L11在哺乳动物中能够促进多种细胞凋亡,同时参与繁殖性状相关组织器官的发育及疾病治疗,文章利用分子生物学方法探究miR-221-3p靶向调控BCL2L11对小尾寒羊卵泡颗粒细胞凋亡的影响,为进一步研究BCL2L11在卵泡颗粒细胞凋亡和卵泡闭锁过程中的调控作用提供依据。【方法】在前期课题组卵巢组织全转录组测序分析的基础上,获得了候选基因BCL2L11及其调控元件miR-221-3p,利用半定量和组织荧光定量（RT-qPCR）分析BCL2L11在小尾寒羊不同组织中的表达情况;通过RT-qPCR定量试验在小尾寒羊卵泡期和黄体期卵巢组织中鉴定了BCL2L11及miRNA-221-3p的表达情况;构建BCL2L11 3’UTR野生型和突变型载体,在HEK293T细胞中共转染miR-221-3p mimic和BCL2L11野生型和突变型及阴性对照,采用双荧光素酶报告基因检测系统确定miR-221-3p与BCL2L11靶向性关系;在绵羊卵巢原代颗粒细胞中转染miR-221-3p mimic及阴性对照实现miR-221-3p过表达,使用RT-qPCR技术在mRNA水平上检测miR-221-3p对BCL2L11以及卵巢颗粒细胞凋亡标志基因XIAP和Fas表达水平的影响;同时利用EdU试验分析miR-221-3p过表达和阴性对照组中颗粒细胞的增殖变化。【结果】半定量和组织RT-qPCR分析均表明BCL2L11在卵巢组织中表达量高于其他组织;RT-qPCR定量结果显示miR-221-3p和 BCL2L11在小尾寒羊卵泡期和黄体期卵巢组织中差异表达,miR-221-3p在卵泡期卵巢中的表达量高于黄体期,而BCL2L11在卵泡期卵巢中的表达量低于黄体期,表现出负调控的现象;双荧光素酶报告基因验证分析显示,过表达miR-221-3p mimic显著抑制了BCL2L11 3’UTR荧光素酶的活性（P<0.05）,阴性对照组则没有显著影响;过表达miR-221-3p,靶基因BCL2L11 mRNA表达水平显著降低,同时,卵泡颗粒细胞凋亡标志基因XIAP和Fas的表达量也显著降低（P<0.05）;EdU试验分析显示,过表达miR-221-3p的颗粒细胞增殖率为18.9%,极显著高于阴性对照组的10.43%（P<0.01）。【结论】BCL2L11和miR-221-3p是调控绵羊卵巢发育的重要基因及调控元件,BCL2L11是miR-221-3p的靶基因之一,miR-221-3p过表达可抑制颗粒细胞凋亡,该作用结果可能通过抑制靶基因BCL2L11的表达进而影响了绵羊卵巢颗粒细胞的凋亡。     

IGF1-PI3K-Akt信号通路相关基因在黄羽肉鸡肌肉和肝脏中的表达

【目的】IGF1-PI3K-Akt信号通路是调控生长发育的关键通路,选择慢速型的广西麻鸡和中速型的花山麻鸡作为研究对象,探究IGF1-PI3K-AKT信号通路相关基因胰岛素样生长因子1( Insulin-like growth factors, IGF1)、胰岛素样生长因子1受体( Insulin- like growth factor receptor, IGF1R)和胰岛素受体底物1 (Insulin receptor substrate1, IRS1)在骨骼肌和肝脏中的发育性表达规律,为阐明黄羽肉鸡生长发育调控机理提供参考。【方法】采用SPSS20.0比较广西麻鸡和花山麻鸡在胚胎期至出生后早期的生长发育差异,采用实时荧光定量PCR方法检测上述3个基因在两个品种鸡胚胎期（9、12、16胚龄）和出生后（0、7、21、35、49和63日龄）胸肌、腿肌和肝脏中的表达差异,并将其与体重和组织重进行相关性分析。【结果】鸡生长发育早期体重、骨骼肌重和肝脏重变化呈现显著的品种和时间特异性,经过选育的花山麻鸡体重和组织重的增长在胚胎发育后期已经远远超过广西麻鸡。IGF1、IGF1R和IRS1基因表达存在显著的品种、组织和发育时段特异性,总体上,在胚胎期肌肉中的表达量高于肝脏组织,出生后则为肝脏中的表达量高于肌肉组织,广西麻鸡肌肉中的表达量高于花山麻鸡,而花山麻鸡肝脏中的表达量要高于广西麻鸡。IGF1基因在两个品种胸腿肌中均在9胚龄即可检测到表达,腿肌中表达量均是9胚龄时最高,除与12胚龄差异不显著外,与其他各阶段差异显著,表达量最低点出现在出雏0日龄时;胸肌中则是12胚龄时表达量最高,63日龄时最低;肝脏中则出现品种差异,广西麻鸡胚胎期未检测到表达,从出雏0日龄开始表达,表达高峰出现在21日龄时,而在花山麻鸡中虽然胚胎期检测到表达但表达量极低,49日龄时达到表达高峰。两品种鸡肌肉和肝脏各个阶段均检测到IGF1R mRNA的表达,在胸肌和腿肌中的表达量均表现为9胚龄最高,广西麻鸡9胚龄与其他各阶段差异显著,花山麻鸡9胚龄除与12胚龄差异不显著外,与其他各阶段均差异显著;肝脏中,广西麻鸡表达高峰出现在21日龄,且与9、12、16胚龄和0日龄差异显著,花山麻鸡则是63日龄时最高,与其他各阶段差异显著。两品种鸡肌肉和肝脏各个阶段均能检测到IRS1 mRNA的表达,在两品种肌肉中的表达量均表现为9胚龄或者12胚龄最高,与其他各阶段差异显著,随后下降,并在出雏后维持在较低水平;肝脏中IRS1的表达模式与IGF1R一致。IGF1、IGF1R和IRS1基因的表达两两之间均表现出显著或极显著的正相关关系,同时,肌肉中3个基因的表达与体重、胸（腿）肌重存在显著的负相关,而肝脏中3个基因的表达与体重、胸（腿）肌重、肝脏重均存在显著的正相关。【结论】IGF1-PI3K-AKT信号通路相关基因之间存在一致性趋势,品种间和组织间表达量的差异可能正是不同类型黄羽肉鸡生长发育差异的主要原因之一。