静原鸡胸肌和腿肌肌苷酸特异性沉积相关circRNA的联合分析

旨为分析静原鸡胸肌和腿肌中circRNA的表达模式与肌苷酸(Inosine monphosphate,IMP)在肌肉组织特异性沉积的关系。利用RNA-seq技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行全转录组测序,对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析等,并对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,使用qRT-PCR对转录组结果进行表达量验证。结果表明:共筛选到circRNA 3 283个,组织特异性表达circRNA 242个。以|log2Fold change|≥1,P0.05为筛选条件,共得到差异circRNA 446个,DEGs 1 100个,差异miRNA 36个;对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,两者都显著富集于糖酵解/糖异生通路和心肌细胞的肾上腺素信号传导,并且差异circRNA显著富集于嘌呤代谢通路,DEGs显著富集于氨基酸的生物合成、磷酸戊糖途径、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等与IMP合成高度相关的通路。对差异circRNA进行靶基因预测,构建circRNA-miRNA-mRNA可视化共表达网络,筛选到以novel＿circ＿0013580、novel＿circ＿0012931、novel＿circ＿0011886、novel＿circ＿0013588、novel＿circ＿0007737和novel＿circ＿0008274为核心的转录后调控因子和以PKM2、GART为核心的靶基因,靶向基因分析发现IMP合成关键调控因子可能来源于同一亲本基因的novel＿circ＿0013580和novel＿circ＿0013588,两者能够同时结合novel＿409作用于靶基因GART。对6个circRNA和6个miRNA qRT-PCR检测结果与全转录组测序结果趋势一致。综上,circRNA在静原鸡胸肌和腿肌中的差异性表达与IMP的特异性沉积具有相关性,为研究地方鸡种IMP在肌肉组织中特异性沉积的分子机制提供参考信息。     

牛繁殖性状候选基因研究进展

繁殖性状是牛（Bos taurus）重要的经济性状,与生产成本、经济效益密切相关。繁殖相关的主要性状包含精液品质、卵泡发生、排卵、胚胎发育、产犊难易、产犊间隔等,其表现通常受到基因的严格调控。对繁殖性状的重要基因功能深入挖掘和筛选对于牛的改良和选育、提高生产性能、节约生产成本至关重要。文章介绍了国内外关于牛繁殖性状基因的研究进展,如促黄体素受体（luteinizing hormone receptor,LHR）及牛精子鞭毛2（sperm flagella 2,SPEF2）与精液品质相关,促性腺激素释放激素（gonadotropin-releasing hormone,GnRH）、促卵泡素（follicle-stimulating hormone,FSH）、促黄体激素（luteinizing hormone,LH）及抗缪勒氏管激素（anti-Müllerian hormone,AMH）、骨形态发生蛋白15（bone morphogenetic protein 15,BMP15）、生长分化因子9（growth differentiation factor 9,GDF9）与卵泡发生、排卵相关,JY-1、尾型同源框2（caudal type homeobox 2,CDX2）及冠毛素2（pappalysin 2,PAPP-A2）与早期胚胎发育及产犊难易相关,唾液酸结合Ig样凝集素5（sialic acid binding Ig like lectin 5,SIGLEC5）、CXC基序趋化因子受体1（C-X-C motif chemokine receptor 1,CXCR1）及叉头转录因子O1（forkhead box O1,FoxO1）与产犊间隔相关,作者通过综述以上重要繁殖性状相关基因的研究,介绍了这些繁殖性状重要基因对牛生产性能的影响,以期为牛繁殖性状相关调控基因的研究提供参考依据。     

静原鸡miR-107的靶基因预测及生物信息学分析

为探究miR-107在静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积过程中的调控机制,本研究利用相关生物信息学软件和数据库对静原鸡miR-107进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过转录组测序获取静原鸡miR-107序列,进行序列比对和保守性分析;通过TargetScan、miRDB和PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合,取二者并集,采用OmicShare工具对基因集合进行GO功能富集和信号通路富集分析,并讨论HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达水平。结果显示,miR-107序列在各物种间高度保守,miR-107调控的靶基因GO功能富集主要包括细胞过程、生物调节、代谢过程、刺激反应等生物学过程和结合、催化活性、转录调节活性等分子功能;靶基因存在于细胞的多个组分中,包括细胞器、细胞膜、含蛋白质复合物。信号转导通路显著富集于癌症中的microRNAs途径（microRNAs in cancer）、人乳头瘤病毒感染（human papillomavirus infection）、癌症中途径（pathways in cancer）、PI3K-Akt信号通路（PI3K-Akt signaling pathway）中（P<0.05）。miRNA-靶基因互作分析发现,miR-107主要通过与靶基因mRNA的非翻译区靶向结合抑制靶基因的表达。根据HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达数据,发现miR-107在黑素瘤（melanoma）中的表达水平最高,在扁桃体（tonsil）和肌肉（muscle）等组织中表达水平较低。通过对静原鸡miR-107靶基因的生物信息学分析,为miR-107功能及调控机制的深入研究提供参考依据,也为进一步研究miR-107在静原鸡肌肉发育中的作用奠定基础。     

江淹赋的用典

"江郎才尽"典故中的主人公江淹是魏晋南北朝时期的著名赋作家,其《恨赋》与《别赋》最为著名,其中典故的运用也值得研究一番。本文主要对江淹的十五篇赋作中出现的典故进行总结,然后分类分析研究,最后得出其运用时所表现的特点,为汉语典故的研究提供更多的材料。     

商水方言的语音与词汇特点

商水方言是中原官话的典型代表,是研究河南方言的重要部分。调查本地区语言实际,总结出该地区的语音与词汇特色,为河南方言研究的全面展开而努力。推求出该地区方言的音系,不仅为推广普通话提供便利,也为语音的历时研究提供基础;选择具有代表性的词条,为记录方言词汇与揭示悠久地域文化提供基础性支撑。     

环状RNA的生物学功能及其在家禽中的研究进展

近年来随着高通量测序和生物信息学的发展,环状RNA （circular RNA,circRNA）在生物学领域作为新起之秀备受关注。circRNAs是一种内源性的非编码RNA （non-coding RNA,ncRNAs）,通常是由pre-mRNA的反向剪接（back-splicing）而来,形成一个共价闭合环。circRNA在真核细胞中没有自由表达的3'和5'末端,这种特殊的结构使其对核酸外切酶高度不敏感。本文综述了circRNAs的研究简史、种类、可变剪接、生物学功能及在家禽中最新研究进展,为家禽的遗传改良提供新视野。     

静原鸡胸肌与腿肌肌苷酸特异性沉积相关基因的生物信息学分析

旨在筛选影响静原鸡胸肌与腿肌中肌苷酸(Inosine monphosphate，IMP)特异性沉积相关关键差异蛋白。基于课题组前期利用高效液相色谱法测定IMP和肌苷含量，并且采用液相色谱-质谱(LC-MS/MS)技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行蛋白质组测序，本研究运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术对相关基因进行表达量分析，并利用蛋白质组测序数据筛选出IMP合成相关关键差异表达蛋白，对其进行生物信息学分析，以及差异表达蛋白对应基因与IMP相关性分析。结果表明: 1)差异蛋白对应基因表达量与蛋白质组测序数据结果一致。2)通过KEGG通路富集分析发现，嘌呤代谢通路中筛选出差异表达蛋白PKM2和PGM1。3)同时对差异表达蛋白PKM2和PGM1参与的GO功能富集分析显示，PKM2主要参与ADP产生ATP、嘌呤核苷代谢和糖酵解等生物学过程，细胞内的细胞器和细胞质等细胞组分，镁离子结合、丙酮酸激酶活性和磷酸转移酶活性等分子功能；PGM1参与碳水化合物代谢和有机物代谢等生物学过程，其分子功能涉及镁离子结合和异构酶活性等。4)蛋白网络互作分析进一步发现，PKM2与ENO4、GAPDH等11个蛋白相互作用，PGM1与PGM2、TKT等10个蛋白相互作用。5)PKM2和PGM1与静原鸡胸肌和腿肌IMP的相关性分析显示，胸肌PKM2 mRNA表达量与IMP含量呈负相关性(r=-0.171 0)，但腿肌PKM2 mRNA表达量与IMP含量呈极显著正相关(r=0.735 0)(P<0.01)；胸肌和腿肌PGM1 mRNA表达量与IMP含量均呈极显著负相关(r=-0.536 2和-0.512 5)(P<0.01)。本研究为提高静原鸡肉风味，促进地方品种资源的开发利用提供科学依据。