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1.
【目的】采用高通量测序技术研究放牧与舍饲条件下夏洛莱牛肠道微生物多样性及差异。【方法】选取新疆塔城地区健康的舍饲夏洛莱牛(CB组)和放牧夏洛莱牛(CG组)各5头,分别采集CB、CG组每头夏洛莱牛的直肠粪便,提取微生物总DNA,通过Illumina HiSeq 测序技术,分析10个粪便样品的菌落结构及多样性。【结果】所有样本共检测出1 089个OTUs(CB:1 044、CG:1 087),归属于12门24纲33目57科170属的细菌。在门水平,厚壁菌门和拟杆菌门在2组中均为优势菌门,其次为疣微菌门、放线菌、广古菌门和变形菌门,在科水平的优势菌依次为瘤胃球菌科、理研菌科、毛螺菌科、消化链球菌科、普雷沃氏菌科、克里斯滕森菌科、拟杆菌科等;其中CB组中拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、理研菌科、消化链球菌科丰度显著高于CG组(P<0.05),CG组中厚壁菌门、瘤胃球菌科的丰度显著高于CB组(P<0.05)。【结论】舍饲夏洛莱牛和放牧夏洛莱牛肠道微生物结构与组成存在显著性差异,放牧夏洛莱牛肠道微生物具有更强的纤维消化的能力。  相似文献   

2.
为探讨日粮中高糖高脂对团头鲂肝脏及肠道微生物菌群组成的影响,分别采用组织学方法和16S rRNA宏基因组测序的方法对其进行研究。结果显示,高糖高脂连续饲喂8周后,团头鲂肝细胞呈不规则排列,肝细胞空泡化及细胞核偏移。试验构建了6个测序文库,获得了175 820条高质量序列和588个OTUs。在门水平上,试验组(高糖高脂)和对照组鱼肠道微生物菌群中,相对丰度最高的前4种分别为梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria),其中试验组的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度高于对照组,而厚壁菌门和拟杆菌门低于对照组。在属水平上,各组主要菌群相对丰度也有所不同,其中试验组Clostridium、Romboutsia和Macellibacteroides的相对丰度高于对照组,分别是对照组的2、6和2倍,而Porphyromonadaceae和Aeromonas相对丰度低于试验组。核心菌群和特有菌群分析发现,对照组和试验组共有OTUs为82个,试验组特有OTUs为26个,主要菌门为变形菌门(57.69%)、酸杆菌门(Acidobacteria)(11.54%)和厚壁菌门(11.54%)。这些研究结果表明,高糖高脂饲料投喂团头鲂8周后,对团头鲂肝脏组织产生明显损伤,并对其肠道内容物微生物的菌群组成与结构产生影响,引起肠道菌群失调,进而可能对宿主的健康产生影响。  相似文献   

3.
【目的】研究饮水添加氯化钙对高脂日粮饲喂小鼠脂肪沉积和肠道菌群的影响,为提高动物胴体品质和人体健康提供理论依据。【方法】选用27只4周龄C57BL雄性小鼠,分为高脂日粮组和高脂日粮+饮水添加氯化钙组,试验期13周。每周测定小鼠体质量,试验末测定小鼠体脂含量,试验结束后采集小鼠皮下脂肪、附睾脂肪并称质量。于试验后期10~12周采集小鼠粪便进行16S rRNA高通量测序,并分析对菌群的影响。【结果】饮水添加氯化钙显著降低了小鼠体质量、体脂含量、皮下脂肪指数和附睾脂肪指数,与高脂组相比分别降低了12.85%、32.69%、26.65%和18.60%。饮水添加氯化钙提高了小鼠粪便样中的菌群多样性和菌群丰度。在门水平下,饮水添加氯化钙对拟杆菌门Bacteroidetes、厚壁菌门Firmicutes、变形菌门Proteobacteria、脱铁杆菌门Deferribacteres、放线菌门Actinobacteria、软壁菌门Tenericutes的丰度无明显影响。在纲水平下,与高脂组相比,饮水添加氯化钙显著降低了丹毒丝菌纲Erysipelotrichia和放线菌纲Actinobacteria的相对丰度,并且显著提高了梭菌纲Clostridia的相对丰度。【结论】饮水添加氯化钙能够降低高脂日粮饲喂小鼠的体质量和体脂含量,这可能与饮水添加氯化钙提高了小鼠粪便菌群多样性和特定菌群丰度有关。  相似文献   

4.
随机选取体重相近[(12.14±0.59) kg]的3月龄白山羊断奶羔羊21只,断奶时间不超过3d,随机分为对照组、低浓度(0.625 g· kg-1)茶皂素组和高浓度(2.5 g· kg-1)茶皂素组,每组7只,饲喂56 d后采集小肠上皮组织,检测其形态结构变化,并取小肠内容物,分析其微生物组成,探究茶皂素对安徽白山羊断奶羔羊小肠黏膜形态和肠道菌群的影响.结果 表明:①与对照组相比,添加茶皂素极显著增加十二指肠、空肠、回肠绒毛长度及绒毛长度/隐窝深度的比值,极显著降低隐窝深度.②与对照组相比,茶皂素组广古菌门、拟杆菌门、疣微菌门、红椿杆菌纲、产芽孢菌纲、双歧杆菌目、甲烷杆菌目、双歧杆菌科和甲烷杆菌科相对丰度显著增加,茶皂素组放线菌纲相对丰度显著下降;与低浓度茶皂素组相比,高浓度茶皂素组红蝽菌目、红蝽菌科和丹毒丝菌科相对丰度显著升高.综上所述,茶皂素能促进白山羊羔羊小肠各段发育,提高肠道有益菌群丰度,降低有害菌群比例,改善肠道菌群结构.  相似文献   

5.
【目的】通过高通量测序的方法探究在犬日粮中添加黄芪多糖对犬盲肠菌群数量、多样性及群落组成结构的影响.【方法】选取18只一岁龄比格犬,体质量10 kg左右,随机分为3组,分别为对照组,低剂量组(基础日粮、以生药计1%的黄芪多糖)和高剂量组(基础日粮、以生药计2%的黄芪多糖).第14天,犬处死后取盲肠内容物进行肠道菌群数量、多样性和群落组成分析.【结果】通过样本内多样性分析和主成分分析可发现,添加黄芪多糖可影响犬盲肠菌群的多样性,增加菌群数量.且黄芪多糖组微生物群落组成发生改变,主要表现为放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)数量增加,梭杆菌门(Fusobacteria)与变形菌门(Proteobacteria)数量减少.放线菌纲(Actinobacteria)与芽孢杆菌纲(Bacilli)数量增加,梭杆菌纲(Fusobacteriia)与β-变形菌纲(Betaproteobacteria)数量减少.双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)与乳杆菌科(Lactobacillaceae)数量增加,梭杆菌科(Fusobacteriaceae)数量减少.普氏菌属(Prevotella)与乳酸杆菌属(Lactobacillus)数量增加,梭杆菌属(Fusobacterium)数量减少.【结论】在日粮中添加黄芪多糖可使犬盲肠菌群数量增加,多样性上升,增加有益菌群所占比例,降低条件致病菌比例.  相似文献   

6.
[目的]研究鲍内脏活性物质对小鼠肠道微生物的影响。[方法]从鲍内脏中制备多肽并灌胃小鼠,利用Illumina Miseq测序技术分析小鼠肠道微生物的群落结构及动态变化。[结果]门水平上,小鼠肠道微生物最优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes),占总序列的69.10%;其次为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),分别占总序列的23.50%和5.00%,变形菌门又以δ-变形菌纲居多。属水平上,最优势类群为拟杆菌目(Bacteroidales)的一个未知分类属,占30.33%;其次为拟普雷沃菌属(Alloprevotella)和拟杆菌属(Bacteroides),分别占12.47%和9.80%。灌胃鲍内脏多肽后,小鼠肠道中丰度前30位的菌属中有4个属的丰度上调,其中副拟杆菌属(Parabacteroides)的丰度显著上调。丰度下调的属有7个,其中毛螺菌科(Lachnospiraceae)一个未分类属和厌氧支原体属(Anaeroplasma)丰度显著下调。[结论]灌胃鲍内脏多肽后小鼠肠道微生物多样性呈增加的趋势,且在小鼠肠道中检测到一些与宿主健康相关的差异细菌类群。  相似文献   

7.
【目的】分析不同性别湖羊早期定植肠道菌群情况,为深入研究其与机体健康状况之间的关系提供数据支持。【方法】采集48份(母羊31份和公羊17份)45日龄湖羊的粪便,提取基因组DNA,进行高通量测序,筛选有效序列和分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs),分析不同性别湖羊肠道微生物多样性,并通过多级物种差异判别分析(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)、非度量多维尺度分析(non-metric multidimensional scaling analysis,NMDS)、短期注意/记忆优先(short-term attention/memory priority,STAMP)模型确定菌群在门水平和属水平上的具体差异。【结果】经高通量测序,母羊获得2 014个OTUs,公羊获得1 747个OTUs,二者共有1 637个OTUs。不同性别湖羊早期定植肠道菌群共注释到15个门、25个纲,62个目、118个科和317个属。不同性别湖羊早期定植肠道菌群在门水平和属水平均存在显著差异;在门水平上,厚壁菌门...  相似文献   

8.
为分析肠道菌群结构变化对大黄鱼Pseudosciaena crocea生长速度的影响,采用高通量测序的方法,对生长条件相同、生长速度不同的两组大黄鱼肠道菌群结构进行了研究。结果表明:生长缓慢组鱼肠道内菌群OTUs和菌群多样性指数Chao1显著高于生长正常组(P0.05),但两组间Shannon指数差异不显著(P0.05);变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、梭杆菌门Fusobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes为大黄鱼肠道内的优势菌群,其中变形菌门在两组鱼肠道内的相对丰度超过50%;两组大黄鱼肠道菌群结构变化主要集中在变形菌门、放线菌门Actinobacteria和蓝细菌门Cyanobacteria;科水平上的细菌相对丰度比较结果显示,变形菌门内的鞘脂单胞菌科Sphingomonadaceae、柄杆菌科Caulobacteraceae、丛毛单胞菌科Comamonadaceae、假单胞菌科Pseudomonadaceae和莫拉氏菌科Moraxellaceae在两组鱼肠道内的相对丰度差异显著(P0.05),其中莫拉氏菌科在生长缓慢组鱼肠道内的含量显著高于生长正常组(P0.05)。研究表明,不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构存在差异,生长缓慢组鱼肠道内菌群种类多于生长正常组;变形菌门内菌群变化与大黄鱼生长密切相关,莫拉氏菌科在鱼肠道内含量的变化可能是引起大黄鱼生长变慢的主要原因。  相似文献   

9.
【目的】研究锦鲤(Cyprinus carpio var.koi)肠道的菌群组成结构及多样性,为深入研究锦鲤肠道菌群的功能及肠道不同部位的生理功能的分化提供参考。【方法】收集锦鲤前肠、中肠和后肠的肠道细菌,通过传统培养技术,采用细菌微量生化鉴定管对肠道细菌进行各项生理生化指标的测定;分别提取3个肠段的肠道菌群基因组DNA,进一步采用16S rDNA高通量测序技术,分析3个肠段的菌群组成和生物多样性。【结果】前肠、中肠和后肠样本测序后分别得到48659、47013和47819条有效序列,按97%相似性水平划分OTU后,分别得到1555、1294和1423个OUTs。α多样性分析结果显示,后肠菌群样本的Shannon指数、Chao1指数最高。在门水平上,前肠、中肠和后肠丰度最高的5个菌门均是变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和黏胶球形菌门(Lentisphaerae),推测这些菌门是锦鲤肠道的核心细菌类群,但各菌门在不同部位的相对丰度有差异。构建的物种丰度热图显示相对丰度最高的前10类菌属相同,但某些菌属在肠道不同部位的相对丰度有较大差异,如代尔夫特菌属(Delft)、弓形菌属(Toxoplasma)。UniFrac分析显示中肠和后肠的肠道菌群聚为一支,表明这2个部位菌群组成结构相似度较高。【结论】锦鲤肠道不同部位具有独特的菌群结构,可能会影响肠道不同部位功能的分化。  相似文献   

10.
【目的】研究大小年毛竹林毛竹根际细菌和内生细菌群落多样性及其结构差异。【方法】采集I度、II度和IV度的大年和小年毛竹林中毛竹的竹鞭、鞭根、根际土壤和林间土壤,提取样本基因组DNA,利用Illumina高通量测序技术分析毛竹根际细菌和内生细菌群落结构多样性。【结果】各组样本总共鉴定出31个门、49个纲、108个目、212个科、472个属细菌。从优势菌群及丰度来看,大年竹鞭和鞭根的优势菌纲为α-变形菌纲,优势菌目为根瘤菌目;小年竹鞭和鞭根的优势菌纲为γ-变形菌纲,优势菌目为芽孢杆菌目。在门水平上,大年竹鞭样本放线菌门的丰度高于小年竹鞭样本,大年毛竹鞭根酸杆菌门和变形菌门的丰度大于小年毛竹鞭根样本,厚壁菌门和拟杆菌门的丰富度小于小年毛竹鞭根样本。在纲和目水平上,大年竹鞭和鞭根样本与小年样本相比较,主要优势菌群为弗兰克氏菌目和α-变形菌纲下属的根瘤菌目。在科水平上,大年毛竹鞭根样本在黄杆菌科的丰度都大于小年样本。在属水平上,大年毛竹鞭根样本在慢生根瘤菌属的丰度大于小年毛竹鞭根样本,而大年毛竹竹鞭和鞭根样本细菌在伯克氏菌科的丰度都低于小年毛竹竹鞭和鞭根样本。从多样性来看,大小年毛竹根际土壤在各...  相似文献   

11.
为探讨河口鱼类肠道微生物与水环境中微生物的相互影响关系,选取了2019年冬季珠江口4种鱼类优势种凤鲚(Coilia mystus)、棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)、鳓(Ilisha elongata)和短吻鲾(Leiognathus brevirostris)为研究对象,利用16S rRNA基因的高通量测序技术分析了鱼类肠道和水环境中的微生物群落。结果表明:鱼类肠道和水环境之间微生物组成差异明显,而4种鱼类肠道微生物组成无显著差异。鱼类肠道微生物均以变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)为优势类群,而水体微生物以变形菌门和放线菌门(Actinobacteria)为主;鱼类肠道中优势微生物属为Bacteroides、Romboutsia和Faecalibacterium等(相对丰度≥2%),而水环境中的微生物优势属为Candidatus_Actinomarina(相对丰度21.2%)。四种鱼类物种的肠道微生物分别与水环境微生物之间的共有OTUs组成存在差异,共有的OTUs数量占棘头梅童鱼肠道总OTUs数量的比例最高(18.8%),...  相似文献   

12.
目的 探究长期食用黄豆对小鼠肠道微生物的影响,为日常膳食营养提供依据。方法 先将小鼠按照年龄分为1月龄(幼年)、6月龄(中年)、9月龄(老年)组,每组再按照随机数字表分为对照组、1:1组、1:2组和1:4组,对照组给予标准饲料喂养,1:1组、1:2组和1:4组分别将基础饲料与黄豆按1:1、1:2和1:4关系配比进行饲养。喂养4个月后,采集小鼠盲肠段内容物进行微生物分析。结果 1月龄小鼠食用不同比例的黄豆后,与对照组比较,肠道细菌总数、乳酸菌数、双歧杆菌数和大肠杆菌数均下降明显(P<0.01);6月龄小鼠1:2组的肠道细菌总数、乳酸菌数、双岐杆菌数和大肠杆菌数远远高于其余各组(P<0.01);9月龄小鼠食用不同比例的黄豆后,肠道细菌总数下降,且食用较高比例的黄豆,肠道乳酸菌数、双岐杆菌数和大肠杆菌数与对照组比较,下降明显(P<0.01或P<0.05)。结论 不同年龄段食用不同比例黄豆对肠道微生物的影响不同,6月龄食用1:2黄豆最佳。  相似文献   

13.
用致泻剂番泻叶建立小鼠腹泻模型,研究茯砖茶水提物高、中、低剂量(分别为210、105、52.5 mg/mL对肠道大肠杆菌、肠球菌、双歧杆菌、乳杆菌数量及肠道状况的影响。结果显示:高、中剂量茯砖茶能促进肠道有益微生物的生长,抑制有害微生物增殖,对抗番泻叶所致的肠道微生物紊乱,其中对乳杆菌增殖的影响最为显著,预防组高、中、低剂量可促进乳杆菌繁殖,试验第7天比试验开始前的数量对数值分别增加3.309 0、3.237 3、2.690 5,且呈剂量依懒关系;治疗组高剂量可促进乳杆菌的增殖,试验第11天的数量对数值比试验第7天的增加3.541 9,比阳性药小檗碱促进乳杆菌增殖的效果(对数值增加1.466 9)更好;中、低剂量可减少肠球菌数量,试验第11天的数量对数值比第7天的分别减少0.423 6、0.231 5,而阳性药小檗碱反而使肠球菌数量增加,高、中、低剂量组试验第11天的大肠杆菌数量的对数值与试验第7天的相比分别增加0.471 0、0.335 3、0.510 9,与阳性药组(0.556 2)差异较小;灌服茶汤的小鼠的肠腔状况与正常空白对照小鼠的无异样。  相似文献   

14.
为探讨不同代次雄性ICR小鼠生长发育与其肠道微生物的关系,本研究通过对16SrRNA基因V3~V4区测序,分析F0到F3代雄性ICR小鼠肠道菌群多样性和菌种组成。结果显示:1)从F0到F3代,组间微生物的Alpha多样性中的Chao1指数,Observed-species指数和香侬指数(Shannon)指数随代次积累显著降低(P<0.05),Simpson指数无显著差异(P>0.05)。2)从F0到F3代的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)(F0、F1、F2和F3丰度分别为83.3%、79.0%、81.8%和90.3%)和拟杆菌门(Bacteroides)(F0、F1、F2和F3丰度分别为6.0%、5.1%、4.0%和3.2%)。3)F0,F1和F2代三组的优势菌属均为乳酸菌属(Lactobacillus)(F0、F1和F2丰度分别为83.1%、62.8%和38.2%),但F3代的一些未确认分类的菌属占比较高,丰度约为45.3%;从F0到F3代在属水平上微生物组成上存在显著差异(P<0.05),各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低(P<0.05)。4)对差异菌属进行了KEGG差异代谢通路预测,发现乙醛酸盐代谢、胰岛素信号通路、苯丙氨酸,色氨酸和酪氨酸生物合成途径,萜类化合物生物合成途径,肽聚糖生物合成和糖酵解糖异生作用在F3代中显著降低,表明F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受损。综上,本研究基于微生物16SrRNA测序技术对ICR小鼠传代后肠道菌群变化进行了一系列分析和功能预测,发现微生物多样性发生改变,F0至F2代优势菌门未发生明显变化,但在F3代出现了较多的为确认分类菌属,并且在属水平上各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低,F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受到影响。本研究有助于从肠道微生物与宿主间的相互作用角度解释ICR雄性小鼠传代后出现的体重偏低等现象产生的原因。  相似文献   

15.
目的 分析血浆miR-200c的表达与肺癌患者临床病理特征的相关性,并探讨miR-200c能否作为肺癌早期诊断的潜在肿瘤标志物的可能性。方法 收集55例肺癌患者和53例健康体检者,采用实时荧光定量PCR检测受检者血浆miR-200c的表达情况,对检测结果进行统计学分析。结果 miR-200c在肺癌患者组血浆中表达水平均高于正常对照组,差异有统计学意义(P<0.01)。受试者工作特征曲线显示miR-200c能够将肺癌与正常对照组区分出来(AUC=0.676)。结论 血浆miR-200c的表达可能与肺癌的发生有关,提示miR-200c可作为特异性生物标志物对肺癌患者进行早期诊断的可能性。  相似文献   

16.
为探究内蒙古锡林郭勒冬季放牧蒙古母牛肠道微生物组成及其功能,采集同一地区冬季(11、12月和次年1月)放牧蒙古母牛(各20头)直肠粪便样品,利用16SrRNA测序技术对其肠道菌群多样性进行分析及PICRUSt(Phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states,PICRUSt)功能预测。结果显示,60份样品平均每样品测得90 075条序列,通过聚类共获得3 975个操作分类单元(Operational taxonomic units,OTU),84.60%的OTU注释到门水平;29.56%的OTU注释到属水平;在门水平和属水平,冬季放牧蒙古牛肠道中优势物种分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌属(Bacteroides)和艾克曼菌属(Akkermansia);随着天气逐渐变冷,食物短缺,蒙古牛肠道中厚壁菌门(Firmicutes)减少,而拟杆菌门(Bacteroidetes)增多;聚类分析发现,11月和12月蒙古牛肠道微生物群落较为相似,而与次年1月相比有明显差异;PICRUSt功能预测发现,随着天气逐渐变冷,免疫系统、环境适应性及细胞运动性相关通路丰度降低,氨基酸代谢通路丰度增加。综上,蒙古牛肠道菌群在适应食物短缺的冬季发挥着重要作用。  相似文献   

17.
为研究稻作梯田土壤细菌群落结构和功能类群特征,以龙脊稻作梯田为研究对象,在19个不同海拔高度的样地采集耕层土壤样品,采用16S rRNA高通量测序法对细菌群落结构进行分析,利用FAPROTAX功能预测软件对细菌的功能类群进行预测。结果表明,龙脊稻作梯田优势门为变形菌门和绿弯菌门,丰度分别为37.40%~63.28%和11.30%~40.78%;优势属为鞘氨醇单胞菌属和罗思河小杆菌属,丰度分别为7.13%~20.87%和2.34%~21.53%。土壤细菌优势OTUs聚类热图分析显示,与细菌丰度显著相关的环境因子为pH、碳氮比、海拔和碱解氮。共预测到51个功能类群,其中,反硝化类功能类群、硫呼吸类功能类群和烃降解类功能类群受以上几种环境因子影响显著。研究表明,龙脊稻作梯田土壤pH、碳氮比、海拔和碱解氮显著影响土壤细菌群落结构和功能类群。  相似文献   

18.
目的 研究竹黄颗粒干预IL-22/miR-330调控角质形成细胞增殖的分子机制。方法 IL-22处理HaCaT和HKCs细胞,应用QPCR技术检测细胞中miR-330的表达变化;之后慢病毒感染HaCaT和HKCs细胞,实现miR-330的过表达和干扰,通过CCK8和BrdU技术检测细胞增殖情况;采用CCK8、Western blot、QPCR、ELISA实验分别检测不同浓度竹黄颗粒处理HaCaT、HKCs后细胞增殖能力,IL-22蛋白表达水平,miR-330表达水平及细胞分泌IL-22含量的变化。结果 IL-22处理后的HaCaT和HKCs细胞中miR-330的表达水平显著下调(P<0.01),而细胞增殖能力显著提升(P<0.01);过表达miR-330后HaCaT和HKCs细胞增殖能力显著下降(P<0.05),干扰miR-330后HaCaT和HKCs细胞增殖能力显著上升(P<0.05);竹黄颗粒处理HaCaT、HKCs后,细胞增殖能力下降(P<0.01),IL-22蛋白表达水平显著下降(P<0.01),miR-330表达水平显著上升(P<0.01),细胞分泌IL-22含量显著下降(P<0.01)。结论 竹黄颗粒可以通过抑制IL-22的表达,促进miR-330的表达,从而抑制角质形成细胞增殖。  相似文献   

19.
【目的】探讨矮脚黄鸡口服利巴韦林后其肠道微生物群落结构多样性的变化情况,揭示抗病毒药物对动物肠道健康的影响机制,为科学禁用抗生素及开发绿色生态饲料提供理论依据。【方法】90日龄矮脚黄鸡按10 mg/kg的剂量连续口服利巴韦林溶液7 d(试验组),以口服等量生理盐水为对照组,停药后收集4 h内的新鲜鸡粪。通过粪便基因组提取试剂盒提取鸡粪总DNA,根据细菌16S rDNA序列V3~V4可变区,设计通用引物338F和806R进行PCR扩增,然后参照Illumina MiSeq平台上机说明进行Illumina MiSeq高通量测序。【结果】从16个矮脚黄鸡粪便样品中共获得614626条原始序列(Raw reads),经质量控制后获得606862条优质序列(Clean reads),按97%的序列相似度进行OTU聚类分析获得968个OTUs,对照组和试验组共享624个OTUs。矮脚黄鸡肠道微生物群落丰富度指数(Chao1和ACE)表现为对照组显著(P<0.05,下同)或极显著(P<0.01,下同)高于试验组;在物种多样性方面,Simpson指数的组间差异不显著(P>0.05),Shannon指数则表现为试验组显著高于对照组。对照组和试验组的矮脚黄鸡粪便样品均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌门,相对丰度均在5.00%以上;在属分类水平上,相对丰度大于0.10%的属共有108个,对照组和试验组均以乳杆菌属相对丰度最高,分别为34.07%和19.26%。矮脚黄鸡口服利巴韦林后,肠道中的乳杆菌属、肠球菌属、Paeniglutamicibacter、Tessaracoccus、埃希氏杆菌属、副球菌属、Gottschalkia及黄杆菌属呈显著或极显著下降趋势,而拟杆菌属、葡萄球菌属、叠球菌属、Jeotgalicoccus、Unclassified_f_rikenellaceae、Unclassifier_o_bacteroidales、Rikenellaceae_RC9_gut_group、明串珠菌属及丹毒丝菌属呈显著或极显著上升趋势。UniFrac-PCoA分析发现,第一主成分(PC1)和第二主成分(PC2)的贡献率分别为73.44%和6.99%,对照组和试验组间的微生物群落结构差异明显,彼此间可较好地区分开,但同处理组内的8个样品能很好地聚在一起,菌群相似度很高。【结论】口服利巴韦林会显著影响矮脚黄鸡肠道微生物区系,改变肠道微生物的稳态结构,进而导致其肠道健康受到损伤。  相似文献   

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