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相似文献
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1.
中国帘蛤目16种经济贝类DNA条形码及分子系统发育的研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
对中国帘蛤目主要经济贝类的分子系统发育进行了研究,应用DNA条形码通用引物扩增了6种中国近海帘蛤目经济贝类共计60个个体的COI基因片段,与GenBank收录的10种帘蛤目贝类50条同源序列进行比对。结果表明:帘蛤目贝类COI基因存在碱基插入和缺失现象,在16个物种中有6个物种存在103个插入和缺失位点,其中杂色蛤仔Ruditapes variegata、裂纹哥特蛤Katelysia hiantina插入和缺失位点均为30个,大竹蛏Solen grandis为27个;碱基的组成出现偏倚现象,A+T含量(64.2%)明显高于G+C含量(35.8%);基于K2P模型的计算,16个物种的种内平均遗传距离为0.010 6,种间平均遗传距离为0.388 4,后者是前者的21.34倍;系统发育树聚类分析表明,COI基因在科、属、种水平上的鉴定及其系统进化关系重构方面与传统的形态学分类一致性较高。研究表明,线粒体COI基因作为帘蛤目贝类DNA条形码在物种鉴定的适用性上提供了一定的依据,同时也为形态分类系统提供了必要补充。  相似文献   

2.
卵形鲳鲹线粒体COI基因全长序列的克隆与分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在C0I基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR.以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp.对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹COI基因DNA序列在钦州湾种群个体间至少存在7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型.将卵形鲳鲹种内不同个体及鲹科其他物种的COI核酸序列进行比较分析,根据比对结果构建鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,(师)亚科,鲳鲹亚科,鲹亚科)的分类系统.通过COI基因遗传距离计算发现,卵形鲳鲹种内不同地理种群个体间遗传距离为0.001 ~0.005,显著低于Hebert等所推荐的物种鉴定最小种间遗传距离2%,而鲹科不同物种间遗传距离大于0.044,与形态学分类一致,说明COI作为卵形鲳鲹DNA条形码应用是可行的.  相似文献   

3.
文蛤(Meretrix meretrix),英文名为hard clam是贝类的一种,又名圆蛤、黄蛤、海蛤等,属双壳类瓣鳃纲帘蛤科的海产贝类:文蛤是我国优质水产品之一,但是如今价廉物美的文蛤不仅在国际市场上出口受阻,即使在国内市场上也销售不畅。因此,健康发展文蛤市场,对政府部门和文蛤养殖者非常重要。经过调查研究,针对我国文蛤养殖业面临的困境,提出了相应的对策和建议。  相似文献   

4.
文蛤(Meretrix meretrix),英文名为hard clam是贝类的一种,又名圆蛤、黄蛤、海蛤等,属双壳类瓣鳃纲帘蛤科的海产贝类:文蛤是我国优质水产品之一,但是如今价廉物美的文蛤不仅在国际市场上出口受阻,即使在国内市场上也销售不畅。因此,健康发展文蛤市场,对政府部门和文蛤养殖者非常重要。经过调查研究,针对我国文蛤养殖业面临的困境,提出了相应的对策和建议。  相似文献   

5.
金龟子部分种类COI基因序列比较分析   总被引:4,自引:1,他引:3  
对会龟总科(Scarabaeoidea)6种金龟子线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COI)基因部分序列进行了PCR扩增和序列测定,并从GenBank中检索4个种的COI基因序列,比较其同源性并获得了长度为624bpCOI片段.10个种的COI序列分析结果表明:该基因序列共有440个变异位点,192个简约信息位点.表现出明显的A+T偏倚(63.6%).转换(TV)和颠换(TS)在科内、科间存在明显差异.科内种问TV+TS小,各科不同种与外群之问TV+TS较大;TV/TS则呈现相反的趋势.以黑蜣科(Passalidae)的具角黑艳甲(Odontotaenius disjuncttts)作为外群,采用P-distance法重建了10种金龟子邻接树(N-J)和最小进化树(ME)拓扑结构,结果表明:丽金龟属内科内、鳃金龟科内的不同种分别优先聚集,再与其他科相聚集,显示科内、属内的种间有较近的亲缘关系,说明COI基因序列可用来研究属内或科内种群的系统发育问题.  相似文献   

6.
【目的】比较分析20种溪蟹的线粒体COI基因序列,并基于COI基因序列构建溪蟹科系统发育进化树分析不同种类间的亲缘关系,探究COI基因作为分子标记在溪蟹物种鉴定中的适用性,同时为溪蟹科的物种鉴定及系统发育研究提供理论依据。【方法】测定2种龙溪蟹属(Longpotamon)代表种的线粒体COI基因全序列,结合GenBank中已公布的18种溪蟹科COI基因全序列,利用MEGA X计算其碱基组成、保守位点和遗传距离,采用MatGAT 2.02进行多序列相似性比较分析,并以PhyloSuite构建贝叶斯树(BI)和最大似然树(ML),探究溪蟹科物种内部的亲缘关系。【结果】20种溪蟹的COI基因序列全长1534~1539 bp,连续编码511~512个氨基酸残基,所有物种均以ATG为起始密码子;碱基含量略有不同,分别为35.9%~40.7%(T)、16.4%~20.2%(C)、26.8%~28.9%(A)和14.7%~17.2%(G),呈明显的AT偏向性。COI基因核苷酸序列及其推导氨基酸序列比较分析结果显示分别有577和98个变异位点,表明密码子存在简并性。20种溪蟹的线粒体COI基因遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均显示,长安龙溪蟹(Longpotamon changanense)与龙溪蟹未定种(Longpotamon sp.)的亲缘关系最近。虽然采用不同方法基于不同数据集构建的系统发育进化树在拓扑结构上有所不同,但所有树型均显示龙溪蟹属(Longpotamon)的小龙溪蟹(L.parvum)并未与该属其他物种聚类在一起,华溪蟹属(Sinolapotamon)、近溪蟹属(Potamiscus)和小石蟹属(Tenuilapotamon)物种也散布在系统发育进化树不同分支中,暗示这些物种在分类鉴定上为非单系群,还需进一步研究确定。【结论】20种溪蟹的线粒体COI基因序列平均种间遗传距离为0.173,均具有区别于其他种类的特异位点,即线粒体COI基因序列可作为溪蟹科物种鉴定的分子标记。  相似文献   

7.
采用PCR扩增和序列测定技术,对内蒙古毛乌素沙地切叶蜂科的8种野生蜂线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ(COI)基因片段进行了研究。结果表明:扩增得到658bp的基因片段长度,碱基组成的A+T为75.8%,含量显著高于G+C(24.2%)含量。共检测到203个变异位点,占总位点的30.9%。变异位点转化数明显少于巅换数,巅换主要以A-T之间为主。采用邻接法(NJ)、最大似然法(MP)和UPGMA法构建系统进化树,结果显示:海切叶蜂Megachile maritima和大和切叶蜂M.japonica亲缘关系最近;北方切叶蜂M.manchuriana、双斑切叶蜂M.leachella和凹足切叶蜂Megachile sp.聚为一类;戎拟孔蜂Hoplitis princeps和花黄斑蜂Anthidiumflorentinum与其他6个种间的遗传差异最大,亲缘关系最远。研究结果与传统分类一致,对利用COI序列建立快速、准确野生蜂的分子鉴定具有一定参考价值。  相似文献   

8.
【目的】比较大眼蟹科物种线粒体COI基因序列差异,探究COI基因作为大眼蟹科物种鉴定分子标记的可行性;同时基于COI基因序列构建目前最全面的大眼蟹科系统发育树,为大眼蟹科系统发育研究提供理论依据。【方法】测定拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹3种大眼蟹的线粒体COI基因全序列,结合GenBank已公布的18种大眼蟹科COI基因部分序列,采用MatGAT 2.02进行多序列比对分析,并以三疣梭子蟹和红星梭子蟹为外类群,通过MEGA X中的最大似然法(ML)和最大简约法(MP)分别构建系统发育进化树。【结果】拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹线粒体COI基因全序列长均为1534 bp,编码511个氨基酸残基,且均以ATG作为起始密码子及T作为不完全终止密码子。用于多序列比对的序列长度为657 bp,连续编码219个氨基酸残基,不存在碱基插入或缺失现象,碱基含量为28.9%~35.9% T、18.9%~27.2% C、25.3%~29.7% A及16.6%~19.0% G。核苷酸序列和氨基酸序列比对分别发现267和20个变异位点,且绝大多数变异位点出现在第3位密码子,而第2位密码子非常保守,即均表现出遗传密码的简并性.遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均表明,日本大眼蟹与万岁大眼蟹的亲缘关系最近、太平大眼蟹与绒毛大眼蟹的亲缘关系最近,而拉氏大眼蟹的进化地位及大眼蟹属是否为单系群还需进一步研究。【结论】 21种大眼蟹线粒体COI基因序列均有区别于其他种类的特异位点,可考虑作为物种鉴定的分子标记;但用于多序列比对的COI基因部分序列包含有效信息位点有限,在解析某些物种间的亲缘关系上仍显不足,部分种类间的亲缘关系可信度较低,因此后续研究应基于更多基因序列及更多物种数以解决这一问题。  相似文献   

9.
【目的】为更进一步研究小叶蝉亚科昆虫分子鉴定技术提供理论依据和实践基础。【方法】以小叶蝉亚科:叉脉叶蝉族Dikraneurini、小叶蝉族Typhlocybini、小绿叶蝉族Empoascini、斑叶蝉族Erythroneurini、眼小叶蝉族Alebrini昆虫为研究对象,选取其中22种叶蝉测定分析线粒体COI基因646 bp碱基序列,运用Kimura 2-parameter模型分析叶蝉物种间的遗传距离,探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因片段作为DNA条形码准确鉴定小叶蝉亚科昆虫种类的可行性。【结果】变异位点512个,保守位点134个,简约信息位点415个,自裔位点97个。所有位点中A、G、C和T碱基含量分别为27.6%、15.5%、15.3%和41.6%;A+T含量较高,为69.2%,明显高于G+C含量,A+T碱基偏嗜,符合昆虫线粒体基因碱基组成的基本特征。该段序列没有饱和,可以得到准确的进化分析。同物种间和不同物种间的遗传距离分别为0.025~0.044和0.024~0.291,平均为0.358。基于COI基因序列应用邻接法构建系统发育树(NJ树)显示,同一物种聚为同一小支,分支自展值均为100%:近缘种能聚集在一起,且置信度很高(≥97%)。【结论】昆虫COI序列能够区分不同物种,COI基因片段的DNA条形码进行小叶蝉亚科昆虫分类鉴定具有可行性。  相似文献   

10.
基于线粒体COI序列探讨安徽长江流域黄鳝群体遗传分化   总被引:2,自引:0,他引:2  
探讨安徽长江流域黄鳝群体遗传结构,采用线粒体COI的DNA条形码序列研究该区6个黄鳝野生群体(当涂、无为、繁昌、贵池、怀宁和望江)遗传分化。180个样本COI片段(665 bp)中共检出52个变异位点(变异率7.8%)、40种单倍型。序列中A、T、G、C碱基平均含量分别为24.7%、28.2%、17.1%、30.0%,A+T含量大于G+C含量。AMOVA分析中,高达68.45%遗传变异来自群体间,说明黄鳝群体间已产生显著遗传分化。群体间系统进化树显示:6个群体形成两大类群(当涂和繁昌群体为一类群,其余群体为另一类群),分析表明结果与各群体地理位置密切相关。同时由NCBI下载合鳃鱼科几个物种的COI同源序列,构建系统进化树,显示黄鳝与同属的山黄鳝聚为一支,并与不同属的合鳃鱼和穴栖蛇胸鳝聚为一支。研究表明,基于COI的DNA条形码序列适于黄鳝群体遗传结构研究。  相似文献   

11.
江苏沿岸四种贝类软体铅的含量特征及其风险评价   总被引:1,自引:0,他引:1  
于2012年9月-2013年8月和2015年3月采集江苏沿岸文蛤、青蛤、杂色蛤、四角蛤蜊4种主要滩涂贝类样品,分析贝类软体铅(Pb)含量及其时空变化特征,采用点估计法和靶标危害系数法评价贝类软体Pb含量对人体暴露的风险。结果表明,采集的江苏沿岸4种主要滩涂贝类软体Pb含量范围为0.05~0.56 mg·kg~(-1),均值为0.23 mg·kg~(-1),所有贝类软体Pb含量均低于GB2762-2012(1.5 mg·kg~(-1))和NY5073-2006(1.0mg·kg~(-1))限值。茅家港站位4种贝类软体中Pb含量均在夏季达到最高值,分别为文蛤0.77 mg·kg~(-1)、青蛤0.12 mg·kg~(-1)、杂色蛤0.23 mg·kg~(-1)、四角蛤蜊0.61 mg·kg~(-1),文蛤和四角蛤蜊月度波动变化较为显著,青蛤和杂色蛤月度变化不显著;空间分布特征为贝类软体Pb含量最高值在S_3站位(陈家港,0.44 mg·kg~(-1)),次高值位于S4站位(滨海港,0.32 mg·kg~(-1)),最低值位于S11站位(洋口港,0.21 mg·kg~(-1)),其余站位差异较小,基本在0.21~0.30 mg·kg~(-1)之间。江苏沿岸居民在正常消费水平下,摄入地产经济贝类后,靶标危害系数(THQ)值均未超过1。风险评价结果显示,正常消费水平下,江苏沿岸4种滩涂贝类软体Pb暴露对目标人群的健康风险较低。  相似文献   

12.
[目的]探讨利用染色体参数进行聚类分析,以期在细胞水平上对双壳贝类进行分类。[方法]根据染色体相对长度、臂比,以及它们的平均值、方差、极差、标准差等参数,计算了13种双壳贝类之间的核型似近系数(λ),用UPGMA法对它们的亲缘关系进行了聚类分析。[结果]贻贝科、扇贝科的λ(0.980 0,蛤蜊科的λ(0.950 0,聚类结果与传统的形态学分类相吻合;帘蛤科的文蛤、菲律宾蛤仔和紫石房蛤三者聚为一类,而它们与青蛤、日本镜蛤的亲缘关系较远。[结论]聚类分析法可以弥补传统形态学分类的某些不足,有助于人们了解近缘种之间的亲缘关系,它为研究双壳贝类的系统演化和数值分类,提供了有效的手段。  相似文献   

13.
The phylogenetic relationships of the subfamily Nymphalinae (sensu Chou 1994) were analyzed based on 1 488 bp of mtDNA cytochrome oxidase subunit I (COI) gene sequence data obtained from 24 individuals, along with those of eight species obtained from GenBank. The base compositions of this COI fragment varied among the individuals as follows: T 39.9%, C 14.6%, A 32.2%, and G 13.4%, with a strong AT bias (72.1%), as usually found in insect mitochondrial genomes. The A +T contents of the third, second, and first codon positions of the COI fragments in this study was 92.4, 62.2, and 61.4%, respectively. The phylogenetic trees were reconstructed by neighbor-joining (NJ), maximum likelihood (ML), and Bayesian methods by using Byblia anvatara as outgroup. Phylogenetic analyses based on the COI gene sequence data created very similar topologies, which were producing trees with two main clades A and B, and five subclades. The data indicated that the tribes Nymphalini and Hypolimni (sensu Chou 1994) are not monophyletic groups, and the genus Junonia should be removed from Nymphalini to Hypolimni (=Junoniini). On the basis of the data, the Symbrenthia and Araschnia had a relative distant relationship with the rest of Nymphalini. The relationships of species in the Nymphalini were confirmed via the NJ, ML, and Bayesian methods, namely ((((Nymphalis + Kaniska) + Polygonia) +Aglais) + Vanessa) + (Symbrenthia +Araschnia). This investigation provides a little novel information for Chinese researches of butterflies.  相似文献   

14.
为了明确甘肃榆中县温室大棚黄瓜根结线虫种类及根际定殖情况,采用形态和分子生物学鉴定其种类,并室内测定和显微观察其在根际定殖效果。结果表明,甘肃榆中县黄瓜根结线虫不同虫态形态、大小和雌虫会阴花纹特征等均具有典型南方根结线虫(Meloidogyne incognita)形态特征。基于线粒体COI基因序列比对和构建系统发育树,鉴定发现榆中县黄瓜根结线虫线粒体COI基因序列与已报道的南方根结线虫台湾株系(KU517167)聚为一类,其相似性为99.75%;根结线虫多序列特异位点鉴定发现其与南方根结线虫孟加拉国株系(MN196556)和南方根结线虫印度株系(MN728697)聚为一类,相似性分别为100%和96.91%。经致病性测定发现,待接种根结线虫2龄幼虫30 d后其能够侵染黄瓜根系并形成大量根结,经染色发现黄瓜幼苗根系组织内寄生大量线形蠕虫、雌虫和卵囊,且镜检观察发现其形态与田间采集后分离的线虫形态一致。综上可知,引起甘肃省榆中县黄瓜根结线虫病的病原为南方根结线虫。  相似文献   

15.
在分离鉴定毛竹(Phyllostachys edulis)根部相关内生菌的过程中,筛选得到具有生物活性的菌株SHEN20121。通过对其16S rDNA 序列的分析,结果显示其与类芽孢杆菌属中97个细菌的序列相似性为97%~99%;系统学分析显示该菌株与多粘类芽孢杆菌聚在一个分支上,bp支持率为 100,因此菌株SHEN20121被鉴定为多粘类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa)。通过平板对峙实验证明了菌株SHEN20121对多种植物病原真菌:尖孢镰孢(Fusaricum oxysporum),互隔链格孢(Alternaria alternata),立枯丝核菌(Rhizoctonia solani),灰葡萄孢(Botrvtis cinerea),小孢拟盘多毛孢(Pestalotiopsis microspora),柑橘青霉病菌(Penicillium italicum)均具有抑制作用,其中对灰葡萄孢,小孢拟盘多毛孢和柑橘青霉病菌的抑菌效果明显,尤其是首次发现对拟盘多毛孢属病原菌的抑制作用。作者认为该菌在生物农药方面具有潜在的应用价值,并可能将在植物病害的生物防治方面发挥重要作用。  相似文献   

16.
对引起仔猪严重腹泻的猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)进行RT-PCR检测,并对PEDV部分基因进行克隆和序列分析。从陕西省某发生严重仔猪腹泻的养猪场采集肠道内容物,利用RT-PCR技术成功检测到PEDV感染。克隆检测到的PEDV M、N和E基因片段,并将该基因核苷酸序列和推导的氨基酸序列与其他不同来源的PEDV毒株进行比较分析。结果表明,克隆的M、N和E基因与其他已经发表的PEDV毒株核苷酸的同源性分别为96.3%~99.9%、95.2%~99.5%和96.1%~96.9%,氨基酸同源性分别为95.6%~99.6%、96.1%~99.5%和96.1%~98.7%;系统进化树结果表明,试验检测的PEDV与国内分离株的PEDV株亲缘关系更近。可见:陕西省养殖场存在猪流行性腹泻病毒感染,其M、N和E基因变异不大。  相似文献   

17.
广西主要水产养殖品种重金属类环境激素监测与风险评估   总被引:3,自引:2,他引:1  
环境激素是指干扰动物与人体正常内分泌机能的外源性化学物质。2007~2008年对广西主要水产养殖品种罗非鱼、对虾、文蛤、牡蛎重金属类环境激素Hg(甲基汞)、Pb、Cd残留含量进行了调查监测。结果表明,Hg、Pb、Cd均有检出,检出率为20%~100%;罗非鱼、南美白对虾、文蛤的3项重金属指标均无超标样品,合格率100%;牡蛎有1个样品出现Cd残留超标,该项指标超标率5%。而风险评估表明,广西主要水产养殖品种食用安全是有保障的。  相似文献   

18.
不同鳊鲂属鱼类群体的形态差异分析   总被引:5,自引:2,他引:3  
运用3种多元统计方法对我国鳊属长春鳊(Parabramis.pekinensis)、鲂属团头鲂(Megalobrama.amblycephala)、东江三角鲂(Megalobrama.terminalis)、钱塘江三角鲂(Megalobrama.terminalis)、厚颌鲂(Megalobrama.pellegrini)和广东鲂(Megalobrama.hoffmanni)6个群体的可数性状、可量性状和框架性状的形态学差异进行了分析。结果显示,鳊鲂属鱼类6群体在侧线鳞数、侧线上鳞数、侧线下鳞数、背鳍条数、胸鳍条数、腹鳍条数、臀鳍条数等7项形态可数性状上的差异不显著(P0.05)。对9项可量比例参数和20项框架比例参数的聚类分析结果表明,团头鲂与同属的厚颌鲂、三角鲂亲缘关系较近,这3个鲂属种群与鳊属长春鳊形态差异较大,与同为鲂属的广东鲂形态差别最大;另外,聚类分析表明三角鲂的2个地理群体(东江三角鲂、钱塘江三角鲂)也存在一定的形态差异。判别分析构建了鳊鲂属鱼类6群体的判别函数,其综合判别率为93.7%。主成分分析提取的前2个主成分的累积贡献率为77.9%,其中主成分1的贡献率为70.9%,对鳊鲂属鱼类群体间形态学差异起决定性作用的特征集中在背腹轴方向。  相似文献   

19.
羊口疮疫病的暴发可严重影响畜牧的经济效益,为探明陕西地区该病的发病原因。本研究从陕西关中地区某羊场出现特征症状病羊嘴部痂皮中分离病原,经过感染MDBK细胞系,获得1株病毒,经形态学、理化学、PCR检测及病理组织学等方法鉴定,该病毒分离株为羊传染性脓疱病毒(Orf virus,ORFV),命名为ORFV-SXGZ。依据GenBank中发表的ORFV特异性B2L、F1L及VIR基因的核酸序列,设计并合成3对引物,应用PCR方法成功对ORFV-SXGZ毒株的B2L、F1L及VIR基因进行克隆,并将其基因序列及推导的氨基酸序列与其他不同来源ORFV分离株进行比较分析。序列分析结果表明,ORFV-SXGZ毒株的B2L、F1L和VIR基因与其他已发表ORFV毒株之间的核苷酸同源性分别为96.7%~99.6%、95.8%~97.9%和95.0%~99.3%,氨基酸同源性分别为95.3%~99.7%、95.8%~98.2%和95.5%~98.4%。系统进化树分析结果显示,ORFV-SXGZ毒株与国内新疆和甘肃等西北部地区分离株的亲缘关系更近,证实陕西关中地区养殖场中存在羊口疮病毒感染。  相似文献   

20.
Monilinia fructicola has been widely reported as the causal agent of brown rot disease on many Rosaceae family fruits worldwide. It has been reported on stone fruits, e.g., peach, plum, cherry, apricot and mume; as well as pome fruits, e.g., apple, pear and hawthorn. Loquat is a member of the Eriobotrya genus in subfamily Maloideae along with apple, pear and hawthorn. So far, loquat has not been reported as the host of any Monilia species. In June 2019, brown rot symptoms were observed on loquat fruits in an orchard in Wuhan, Hubei Province, China. Thirty single spore isolates were obtained and identified as M. fructicola based on morphological characteristics and molecular analysis. This is the first report of loquat brown rot disease caused by Monilia species in the world. Furthermore, upon artificial inoculation, all three Monilia species from peach in China, i.e., M. fructicola, M. mumecola and M. yunnanensis, could cause typical brown rot disease on loquat fruits. At the same time, M. fructicola isolates from loquat showed virulence similar to those isolates from peach when the pathogenicity test was conducted on peach fruits. These results suggested that loquat could be infected by other Monilia species and that isolates from loquat also have potential to damage other Rosaceae family fruits in practice.  相似文献   

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