中国鹿亚科动物mtDNA控制区序列差异及其遗传分化

[目的]探讨中国鹿亚科动物的遗传分化。[方法]通过PCR直接测序的方法获得我国鹿亚科物种线粒体DNA控制区(D-loop)全序列,结合GenBank检索到的鹿亚科其他动物同源序列,用生物软件进行统计分析。[结果]我国鹿亚科动物D-loop区序列全长在921～1 072 bp,碱基T、A、C、G的平均含量分别为32.1%、30.2%、22.7%及15.0%,各物种间的遗传距离范围在0.062～0.106之间,处于属间差异。系统进化树结果表明梅花鹿、马鹿和白唇鹿亲缘关系较近,它们与水鹿构成一组进化枝,坡鹿与麋鹿构成一组进化枝,豚鹿单独构成一个进化枝。[结论]该研究支持麋鹿和豚鹿并入鹿属的观点,我国的鹿亚科动物的分化时间约为155～260万年。     

中国鹿亚科动物mtDNA控制区序列差异及其遗传分化

[目的]探讨中国鹿亚科动物的遗传分化。[方法]通过PCR直接测序的方法获得我国鹿亚科物种线粒体DNA控制区（D-loop）全序列,结合GenBank检索到的鹿亚科其它动物同源序列,用生物软件进行统计分析。[结果]我国鹿亚科动物D-loop区序列全长在921～1072bp,碱基T、A、C、G的平均含量分别为32.1%、30.2%、22.7%及15.0%,各物种间的遗传距离范围在0.062～0.106,处于属间差异。系统进化树结果表明梅花鹿、马鹿和白唇鹿亲缘关系较近,它们与水鹿构成一组进化枝,坡鹿与麋鹿构成一组进化枝,豚鹿单独构成一个进化枝。[结论]支持麋鹿和豚鹿并入鹿属的观点,我国的鹿亚科动物的分化时间约为155～260万年。     

鹿科动物线粒体DNA序列差异和系统进化关系

从Gen Bank数据库中获得20种鹿科动物的线粒体DNA序列全长,分析了序列碱基含量和遗传距离关系,并构建系统进化树,探讨了鹿科动物的系统进化关系。序列分析表明:鹿科动物线粒体DNA全长为16 305~16 482 bp,A+T含量约占62.58%,各物种间遗传距离为0.014~0.164。系统进化分析表明:驼鹿在鹿科动物中可能是最古老的;麋鹿与鹿属亲缘关系较近,支持将麋鹿划到鹿属的观点;泽鹿与花鹿属的斑鹿和豚鹿先聚到一起,支持将泽鹿划到花鹿属中;麂亚科中小麂可能是最原始的,赤麂和黑麂亲缘关系较近;獐与狍亲缘关系更近,建议将獐与狍划归到一个亚科。     

钱塘江三角鲂线粒体基因组测序及其结构特征分析

为了研究钱塘江流域三角鲂(Megalobrama terminalis Richardson)线粒体基因组结构特征及鲌亚科鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增、二代测序、软件拼接获得了钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列,GenBank登录号为MN725725。结果表明,钱塘江三角鲂线粒体基因组序列全长为16 621 bp,碱基组成分别为A(31.23%)、G(16.17%)、C(27.87%)和T(24.73%);共有13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,NAD6、tRNA-Gln、tRNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Tyr、tRNA-Ser~((UCN))、tRNA-Glu和tRNA-Pro等基因编码在L链上,其余基因均在H链上编码。钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为55.97%和55.86%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于线粒体控制区中终止结合序列区的前端和控制区3'的末端。在22个tRNA基因中,除了tRNA-Ser~((AGY))外,均具有典型的三叶草二级结构。基于BLAST比较,钱塘江三角鲂与黑龙江流域的三角鲂一致性为99.76%,与珠江流域三角鲂一致性为99.87%。基于15种隶属于7属的鲌亚科鱼类线粒体基因组全序列构建的系统进化树,鲂属与鳊属亲缘关系比与鲌属的亲缘关系上较近,与㊣属、半㊣属和细鳊属亲缘关系上较远。     

黑龙江省狍的生态调查人工饲养

狍(Capreolus pygargus Limaeus)俗称狍子,是一种草食性反刍哺乳兽类,为鹿的一个亚科,在动物分类学上属脊索动物门(脊椎动物亚门)Cgordata(Verte-brata)哺乳纲(真兽亚纲)mammalia(Eetheria)偶蹄目(反刍亚目)Artiodctyla(Ruminagtia)鹿科(鹿亚科)Cervidat(Odocoileinae)狍属Capreolus pygargus.狍属于寒温带动物,特别是在北纬40°～55°之间较为集中.据文献记载,乌拉尔山以东产的及中国产的为属名种,西欧、南至中东伊朗产的为欧狍.     

基于线粒体COI基因的DNA条形码技术对小叶蝉亚科昆虫种类的分子鉴定

【目的】为更进一步研究小叶蝉亚科昆虫分子鉴定技术提供理论依据和实践基础。【方法】以小叶蝉亚科:叉脉叶蝉族Dikraneurini、小叶蝉族Typhlocybini、小绿叶蝉族Empoascini、斑叶蝉族Erythroneurini、眼小叶蝉族Alebrini昆虫为研究对象,选取其中22种叶蝉测定分析线粒体COI基因646 bp碱基序列,运用Kimura 2-parameter模型分析叶蝉物种间的遗传距离,探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因片段作为DNA条形码准确鉴定小叶蝉亚科昆虫种类的可行性。【结果】变异位点512个,保守位点134个,简约信息位点415个,自裔位点97个。所有位点中A、G、C和T碱基含量分别为27.6%、15.5%、15.3%和41.6%;A+T含量较高,为69.2%,明显高于G+C含量,A+T碱基偏嗜,符合昆虫线粒体基因碱基组成的基本特征。该段序列没有饱和,可以得到准确的进化分析。同物种间和不同物种间的遗传距离分别为0.025～0.044和0.024～0.291,平均为0.358。基于COI基因序列应用邻接法构建系统发育树(NJ树)显示,同一物种聚为同一小支,分支自展值均为100%:近缘种能聚集在一起,且置信度很高(≥97%)。【结论】昆虫COI序列能够区分不同物种,COI基因片段的DNA条形码进行小叶蝉亚科昆虫分类鉴定具有可行性。     

牛亚科动物线粒体基因密码子偏好性及聚类分析

运用多种分析软件对13种牛亚科动物及4种对照动物线粒体的编码蛋白基因进行分析。结果表明,牛亚科动物线粒体基因的有效密码子数(ENC)都小于40.50,显示出明显的密码子偏好性,在碱基组成上偏爱以A结尾的密码子。同义密码子使用度(RSCU)表明,共有13个密码子在编码使用上具有偏好性。在聚类分析中,基于线粒体基因密码子偏好性的聚类结果与基于线粒体基因序列的聚类结果基本一致,说明物种的亲缘关系与密码子使用偏好性有关,线粒体基因密码子偏好性和线粒体基因序列均可以用于物种的分类研究。美洲野牛与牦牛聚为一类,爪哇野牛、普通牛、原始牛和瘤牛聚为一类,支持将牦牛划分为牛亚科中的一个独立属即牦牛属的观点。     

甘蔗近缘属种23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列分析

【目的】探讨叶绿体23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST分析其在禾本科中的变异情况。【结果】23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在14个甘蔗近缘属种材料间的同源性为100%,属于高度保守区域,但在禾本科各亚科间表现出一定的变异,且在各亚科中都存在其特异的变异位点。【结论】23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种间属于高度保守的区域,不适合用于甘蔗近缘属种间系统进化的分析,但可为禾本科亚科系统进化的分析提供有用的信息。     

基于线粒体cox1、nad1和rrn L基因探讨马圆线科线虫间的亲缘关系

为探讨马圆线科线虫（圆线亚科和盅口亚科）间的亲缘关系,对长伞杯冠线虫（Cylicostephanus longibursatum）、冠状冠环线虫（Coronocyclus coronatus）、细口杯环线虫（Cylicocyclus leptostomus）、拉氏杯口线虫（Poteriostomum ratzii）、麦氏副杯口线虫（Parapoteriostomum mettami）和无齿圆形线虫（Strongylus edentatus）6种线虫的线粒体cox1、nad1和rrnL基因进行扩增,与同科相关线虫进行比较分析。然后以线粒体cox1、nad1和rrnL串联序列为标记基因,采用贝叶斯法（Bayesian inference,BI）构建进化树来探讨圆线科线虫间的亲缘关系。结果显示,研究中6种线虫的cox1序列长度均为1 578 bp,nad1的序列长度除无齿圆形线虫为879 bp外,其余均为873 bp,rrnL序列长度均不同,大小为959～980 bp。6种线虫的cox1、nad1和rrnL的AT含量分别为67.55%～69.71%、71.36%～73.83%和80.88%～...     

黑龙江省狍的生态调查及人工饲养

狍（Capreolus pygargus Limaeus）俗称狍子，是一种草食性反刍哺乳兽类，为鹿的一个亚科，在动物分类学上属脊索动物门（脊椎动物亚门）Chordata（Verte—brata）哺乳纲（真兽亚纲）Mammalia（Eutheria）偶蹄目（反刍亚目）Artiodctyla（Ruminahtia）鹿科（鹿亚科）Cervidat（Odocoileinae）狍属Capreoluspygargus。     

9个地方绵羊品种mtDNA D-loop高变区序列分析

对中国9个绵羊品种的103个个体mtDNA D-loop高变区(763 bp)进行了研究,结果表明:获得的序列长度范围为522～683 bp,可归为21种分子类型,各分子类型在绵羊品种间分布趋于一致,不存在特异性,而在品种内却存在异质性;绵羊mtDNA D-loop区序列长度变异主要是由于75 bp基元重复序列重复次数的不同(2、3或4个)和少数碱基的插入或缺失造成的;103个个体mtDNA D-loop区序列中A T碱基组成比例(64.7%)明显高于G C碱基组成比例(35.3%),说明了绵羊mtDNA D-loop区是A、T碱基富集区,且为高突变区,碱基突变类型包括转换、颠换、插入和缺失,且碱基转换频率远高于碱基颠换频率.     

从12S rRNA基因序列探讨麝类动物(Moschus)在新反刍下目中的系统学地位

测得梅花鹿(Cervus nippon)、坡鹿(Cervuse eldi)、原麝(Moschus moschiferus)和林麝(Moschus berezovskii)线粒体12S rRNA基因全序列,与GenBank中检索到的鼷鹿(Tragulus napu)、长颈鹿(Giraffa camelopardalis)和牛(Bos taurus)12S rRNA基因全序列比对后,以鼷鹿为外群,分别应用ME、ML、MP方法重建系统树,3种树拓扑结构一致.结果显示:①麝、鹿、牛、长颈鹿均各自为单系群;②新反刍下目各上科之间的12S rRNA基因序列分歧为11.6%～16.5%,麝与牛、鹿及长颈鹿的序列分歧(11.5%～13.7%)处于上科的分歧范围(差异不显著,P＞0.94).③麝作为一个单系进化,未与鹿成为姐妹群,而与牛聚为姐妹群(BCL:68%～86%).本研究结果支持Hamilton(1978b),Webb和Taylor(1980)将麝类作为新反刍下目中的麝上科,与鹿上科、牛上科和长颈鹿上科并列的观点.     

延边牛线粒体DNA D-loop序列多态性研究

对4头延边牛个体与GenBank中4头朝鲜牛个体的线粒体DNA(mtDNA)D环(D-loop区)910bp全序列进行了比较分析。结果发现,8头黄牛个体mtDNAD-loop序列由8种单倍型组成,单倍型比例为100%,表明2个黄牛品种mtDNA遗传多态性很丰富;在4头延边牛D-loop区序列中,共检测到核苷酸多态位点17个,核苷酸变异率为1.87%;在4头朝鲜牛中共检测到核苷酸多态位点10个,核苷酸变异率为1.10%;延边牛和朝鲜牛mtDNAD-loop全序列突变类型均为转换、颠换和插入/缺失,其中以转换为主;序列分析显示朝鲜牛与延边牛的同源性很高,达98.90%～99.67%,表明朝鲜牛和延边牛亲缘关系很近。     

河南斗鸡线粒体D-loop区多态性及与4种斗鸡的进化分析

对28只河南斗鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合Gen Bank中其他品种中国斗鸡D-loop区序列,进行序列比对和进化分析。结果发现,河南斗鸡mt DNA D-loop区全长1232 bp,单倍型多样性(Hd)为(0.542±0.086),核苷酸多样性(Pi)为(0.00236±0.00083),共发现9处单核苷酸多态位点,3种单倍型。品种间进化分歧显示,河南斗鸡和西双版纳斗鸡遗传距离最近(0.0095),与漳州斗鸡遗传距离最远(0.0226)。系统发育分析发现,5个斗鸡品种可以分成A、B、C、D和E 5个分支。研究表明,河南斗鸡mt DNA D-loop区呈中度多态,有2个母系起源,本研究可以为河南斗鸡的遗传资源保护和选育提供一定参考。     

贵州山羊遗传多样性及其起源研究

采用DNA测序技术分析了贵州3个山羊品种42个个体的mtDNA D—loop全序列。结果表明，贵州山羊mtDNA D—loop全序列分子长为1212～1213bp，检测到67个变异位点，约占分析位点总数的5．53％，界定了33种单倍型。贵州山羊品种单倍型多样度为0．9615～0．9905，核苷酸多样度为1．5883％～1．9004％，表明贵州山羊品种遗传多样性丰富。根据mtDNA单倍型构建了贵州山羊的NJ分子系统树，聚类表明，贵州山羊存在支系A和支系B两大母系起源。     

鹿茸·鹿花盘蛋白提取物对小鼠相关指标的影响

[目的]研究鹿茸、鹿花盘蛋白提取物对小鼠相关指标的影响,为鹿蛋白质药理作用研究提供科学依据。[方法]提取鹿茸、鹿花盘蛋白,给小鼠灌胃,研究其对小鼠体重、胰腺系数、肾脏系数的影响。[结果]驯鹿茸蛋白提取物可增加小鼠体重,梅花鹿茸、鹿花盘蛋白对小鼠体重有抑制作用;3种蛋白提取物对小鼠胰腺、肾脏系数无影响。[结论]3种蛋白对小鼠体重有调节作用;3种蛋白对小鼠无明显毒性作用。     

基于线粒体控制区序列变异分析宁夏六盘山地区甘肃鼢鼠遗传多样性

宁夏六盘山地区是甘肃鼢鼠的典型分布区,本研究旨在探讨宁夏境内六盘山地区甘肃鼢鼠遗传多样性及其遗传分化。通过测定甘肃鼢鼠线粒体DNA控制区全序列,分析了六盘山地区6个不同地理种群甘肃鼢鼠遗传多样性与遗传结构。获得了长度为894~897 bp的D-loop序列,定义了20种单倍型,共检出72个变异位点,整体的平均单倍型多样性高（Hd=0.988±0.016）、核苷酸多样性高（Pi=0.022 94±0.001 47）。6个地理种群之间地理距离与遗传距离呈极显著正相关关系（P<0.01）。歧点分布和中性检验均说明宁夏甘肃鼢鼠种群数量保持稳定。基于最大似然法（ML）和贝叶斯法（MB）构建的分子系统进化树表明,6个地理种群,得到3个稳定的分支。泾源、固原和隆德种群聚为一支,海原和西吉种群聚为一支,彭阳种群形成独立的进化分支。结果表明,宁夏六盘山地区甘肃鼢鼠各地理种群间因地理隔离及气候、地形的差异产生了较明显的分化,呈现出了较明显的地理分布格局。     

天然麝香ATR-FTIR红外指纹图谱的比较

利用衰减全反射红外光谱技术(ATR-FTIR),获得源自林麝、原麝、马麝3个物种的22份天然麝香样本的红外指纹图谱,对图谱的基本特征进行分析;采用双指标序列分析法对全部样本间的相似程度分析,确定天然麝香的特征峰。结果表明:天然麝香的化学成分构成,受产地、个体、采集时间及麝的种类等因素的影响;天然麝香样本种内,共有峰率在48.4%~100.0%之间,变异峰率在3.7%~68.8%之间;天然麝香样本种间,共有峰率在42.4%~100.0%之间,变异峰率在3.8%~85.7%之间;天然麝香整体红外指纹图谱,共有峰率在42.4%~100.0%之间,变异峰率在3.7%~85.7%之间;22份天然麝香样本,在3 275.58~3 260.86 cm-1等15个波数区间存在特征峰,代表麝香中的主要化学成分,如大环酮类物质、多肽及蛋白质类物质、吡啶类物质和甾体类物质等。