猪瘟病毒实时荧光定量RT-PCR

根据GenBank公布的猪瘟病毒基因组5'非编码区基因序列进行同源性比较分析,选择保守序列区作为扩增区域,设计1对特异性扩增引物,通过优化反应条件,建立了一个用于猪瘟病毒快速定量检测的SY13R GreenⅠ荧光定量RT-PC R方法.试验结果表明该方法重复性好,反应批内循环阈值差异不显著.与猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒和猪圆环病毒2型等猪源病毒无交叉反应,具有高度的特异性,而且灵敏度高,最小检出量为2×10(2)病毒基因组拷贝数.利用此方法对15例临床样本进行检测,其结果与兔体交又免疫试验一致,表明此方法可作为猪瘟实验室快速诊断和疫情监测的一种快速、准确、简便的检测工具.     

猪流行性腹泻病毒RT-LAMP检测方法的建立与应用

为建立一种适用于现场快速检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的环介导等温扩增(LAMP)检测方法,针对猪流行性腹泻病毒(PEDV)的M基因编码区序列,分别设计合成3组引物,通过对引物的筛选和反应条件优化,建立了PEDV RT-LAMP可视化快速检测方法。灵敏度和特异性试验结果显示,本方法在65℃45 min对PEDV的检测灵敏度为2 copies/μL,与猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒均无交叉反应。利用该方法对30份送检的临床样品进行检测,检出阳性样品8份,与荧光定量RT-PCR检测结果一致。试验表明,所建立的RT-LAMP检测方法具有特异性好、灵敏度高、快速、结果可视、设备适用范围广等优点,适用于PEDV现场快速检测。     

非洲猪瘟病毒LAMP可视化快速检测方法的建立与应用

旨在建立一种适用于现场快速检测非洲猪瘟病毒(ASFV)的可视化环介导等温扩增(LAMP)方法。采用针对非洲猪瘟病毒的p72基因编码区序列,设计合成2组引物,对引物进行筛选和反应条件优化,确定敏感性与特异性,并与荧光定量PCR方法进行比较。结果:建立的LAMP方法在63℃50 min内对ASFV的检测灵敏度为10 copies/μL,与猪伪狂犬病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)均无交叉反应;利用该方法对300份送检的临床样品进行检测,检出阳性样品8份,与荧光定量PCR检测结果一致。综上表明,本研究建立的方法具有特异性好、灵敏度高、快速、结果可视、设备适用范围广等优点,适用于ASFV现场快速检测。     

猪瘟病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒双重RT-PCR检测方法的建立

为建立一种猪瘟病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒的快速、鉴别诊断方法,根据GenBank中已发表的2种病毒的基因组序列,选择病毒的保守基因各设计了一对特异性检测引物,建立了可以同时鉴别检测猪瘟病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒的双重RT-PCR方法.该方法能从猪瘟病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒分别扩增出310 bp和161 bp的特异性片段,对2种病毒混合基因组同时扩增出310 bp和161 bp的特异性片段;该方法对猪乙型脑炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病毒的扩增结果均为阴性;该方法最低可以检出0.2 pg病毒RNA含量.本研究建立的RT-PCR方法具有良好的敏感性、特异性、重复性,在一个PCR反应体系中就可以准确、快速鉴别检测出猪瘟病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒,可以用于临床病料的快速检测.     

兽用疫苗中BVDV、PCV2和PPV污染三重荧光定量PCR检测方法的建立

为建立可以快速同时检测兽用疫苗中牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和猪细小病毒(PPV)3种病原的方法,通过研究比对BVDV 5'-UTR、PCV2 Rep以及PPV NS1基因序列,分别设计合成了3对引物和3条荧光探针,在优化反应条件和反应程序后,建立了一种可同时检测BVDV、PCV2以及PPV的三重荧光定量PCR方法,并对其敏感性、特异性进行了评估。结果显示,建立的三重荧光定量PCR方法灵敏度高,对3种病原核酸的最低检测限均为10 copies/μL;特异性强,与其他相关病原(猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒、非洲猪瘟病毒)均无交叉反应。结果表明,本试验建立的三重荧光定量PCR适于疫苗中外源病毒的检测,可用于疫苗等生物制品质量把控。     

猪流行性腹泻病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立

为建立一种适用于现场快速检测的猪流行性腹泻病毒(PEDV)LAMP技术,基于羟基萘酚蓝(HNB)的可视化显色特点,根据PEDV M基因编码区序列,设计合成1套引物,通过反应物浓度和反应条件优化,建立了可闭管检测的PEDV RT-LAMP检测方法。特异性和灵敏度试验结果显示,建立的RT-LAMP检测技术快速、灵敏、特异,可于1 h内检出0.2 mL 0.1 TCID₅₀/mL的病毒RNA,与实时荧光RT-PCR检测方法灵敏度一致,与猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型以及猪链球菌2型核酸不发生交叉反应。利用该方法对187份送检的粪拭子及病死猪组织样品进行应用检测,检出阳性样品9份,与荧光定量RT-PCR方法检测结果一致。试验结果表明,所建立的方法快速、特异,重复性满足要求,适用于送检样品的PEDV快速检测。     

非洲猪瘟病毒实时荧光LAMP检测方法的建立与应用

为建立一种快速简便、灵敏度高、准确性好的非洲猪瘟病毒恒温快速检测方法,根据ASFV P72基因保守区域设计特异性引物,优化引物浓度、反应温度、反应时间,建立了一种基于SYTO9荧光染料的非洲猪瘟病毒实时荧光LAMP快速检测方法。结果表明,该方法在63℃条件下扩增40 min,该方法灵敏度高,最低可检测限为10 copies/μL;特异性良好,与猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒、美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒、欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒无交叉反应;重复性好,变异系数低于5%。对70份临床样本检测,4份血液样品和9份脾脏样品检测阳性,与荧光定量PCR检测结果符合率为100%。该方法灵敏度高、特异性强、重复性好、符合率高,适用于非洲猪瘟现场快速诊断。     

基于Taqman-MGB探针的猪瘟病毒野毒株荧光RT-PCR检测方法的研究

应用MGB荧光RT-PCR技术对猪瘟病毒野毒株进行实时定量检测,以实现对猪瘟病毒野毒株与疫苗株的鉴别诊断。以猪瘟病毒5’端非编码区为扩增靶区,通过鉴别诊断位点的筛选、引物、探针和反应条件的优化,建立了猪瘟病毒野毒株荧光RT-PCR检测方法。试验结果表明,该方法的检测灵敏度为10拷贝/反应或3.0 TCID50/反应;对猪瘟病毒野毒株的检测结果均为阳性,而对猪瘟病毒疫苗株和其他猪源病毒的检测结果均为阴性,表明该方法具有较好的特异性;对515份临床样品的检测结果表明,该方法与RT-nPCR测序法的检测符合率为98.3%;猪瘟病毒人工感染猪实验结果表明,猪瘟野毒感染猪发病前2-4天即可被检测出阳性,疫苗免疫株检测结果始终为阴性。     

非洲猪瘟病毒K196R基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种准确、特异、高效、快速的非洲猪瘟病毒定量检测方法,本研究根据非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)早期表达基因K196R的基因序列,设计了TaqMan荧光定量PCR引物及探针,通过优化退火温度、引物及探针浓度,建立了快速检测ASFV的TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果表明,该方法选择的引物具有高度灵敏性和特异性,以构建的重组质粒为标准品建立的TaqMan荧光定量PCR方法的标准曲线具有良好的线性关系(R~2=0.998),对ASFV核酸最低检测下限为1.3拷贝,且与猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型等多种病原不存在交叉反应。本研究建立的K196R基因实时荧光定量PCR检测方法为非洲猪瘟疫情提供了一种新型、灵敏和特异的早期检测方法。     

猪细小病毒7型荧光定量PCR检测方法的建立与应用

猪细小病毒7型(PPV7)是近年来新发现的一种新型PPV。目前,缺乏更为高效的针对PPV7的检测方法,为了建立能够快速检测PPV7的方法,本研究根据PPV7 NS1基因的保守区序列,设计1对特异性引物及TaqMan探针。经过各反应条件的优化,初步建立了一种便捷、灵敏、能够快速准确检测PPV7的荧光定量PCR(qPCR)方法,并对其特异性、敏感性、稳定性以及与SYBR Green Ⅰ qPCR检测方法的符合率进行检测与对比。结果显示,该方法除对PPV7的基因组DNA有特异性扩增,对猪伪狂犬病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、日本乙型脑炎病毒及PPV1核酸均无交叉反应,特异性较强。该方法对重组质粒标准品检测限为1.76拷贝/μL,而常规PCR方法检测限为1.76×10²拷贝/μL,表明本研究建立的方法敏感性较高。该方法对不同浓度质粒标准品的组内和组间重复性试验变异系数均小于1.7%,重复性较好。利用本研究建立的qPCR方法和SYBR Green Ⅰ qPCR方法对采自福建地区的150份样品进行检测,结果显示,两种检...     

猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪瘟病毒双重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立

本研究根据PRRSV GL膜蛋白基因和CSFV多聚蛋白基因,分别设计2对特异性引物和1条TaqMan探针,建立了同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪瘟病毒的双重TaqMan荧光定量RT-PCR方法。结果表明,该方法只对猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪瘟病毒特异性良好,不与非洲猪瘟、猪圆环病毒Ⅱ型、猪伪狂犬病毒、猪细小病毒等常发猪病存在交叉反应;PRRSV和CSFV的检出下限分别为1.41拷贝/μL和1.6拷贝/μL;组内和组间Ct值变异系数都小于1.3%。对175份临床采集的样品检测,PRRSV单一阳性样品27份,CSFV单一阳性样品16份,检测双阳性样品24份。本方法敏感高、特异强,可以用于猪场的快速检测与诊断。     

A型猪塞内卡病毒TaqMan荧光定量PCR方法的建立

本研究针对A型猪塞内卡病毒(Senecavirus A, SVA)基因组保守区域设计了特异性引物及探针,建立了快速检测SVA的Taq Man荧光定量PCR方法。结果显示,以构建的重组质粒为标准品建立的Taq Man荧光定量PCR方法,标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9974;特异性良好,与口蹄疫病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒不存在交叉反应;对SVA核酸最低检测下限为3.75 copies/μL,而普通PCR最低检测下限为3.75×103 copies/μL;批内和批间的变异系数为均小于5%,重复性良好。本研究建立的SVA TaqMan荧光定量PCR方法为检测猪水疱性疾病病原提供了一种快速、灵敏的检测方法,为开展SVA流行病学调查提供了技术支持。     

猪瘟石门系强毒株SYBR Green-Ⅰ染料法实时荧光定量PCR方法的建立

为了能快速、准确地诊断猪瘟病毒（classical swine fever virus,CSFV）石门系强毒,根据登录在GenBank上23株Shimen毒株的全基因组序列,利用DNASIS软件进行序列分析,设计1对特异的荧光定量引物。建立猪瘟石门系强毒株SYBR Green-Ⅰ染料法实时荧光定量PCR快速检测方法。试验结果表明,本方法最低可检测到的Shimen病毒cDNA含量为100拷贝/μL,敏感度至少是普通PCR的100倍;猪繁殖与呼吸综合征病毒( PRRSV) 、猪圆环病毒2型( PCV2) 、猪伪狂犬病病毒(PRV) 、牛流行腹泻病毒Ⅰ型（BVDV-1）和猪瘟病毒C株均无特异性扩增,证明本方法具有很强的特异性;通过批内和批间重复试验,其变异系数＜0.7%,结果显示本方法具有很好的重复性。本研究建立了猪瘟石门系强毒株SYBR Green-Ⅰ染料法实时荧光定量PCR快速检测方法,为猪瘟的预防与控制提供了有效的技术手段,并为猪瘟强毒试剂盒的研发奠定了基础。     

猪瘟石门系强毒株SYBR Green-I染料法实时荧光定量PCR方法的建立

为了能快速、准确地诊断猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)石门系强毒,根据登录在GenBank上23株Shimen毒株的全基因组序列,利用DNASIS软件进行序列分析,设计1对特异的荧光定量引物.建立猪瘟石门系强毒株SYBR Green-Ⅰ染料法实时荧光定量PCR快速检测方法.试验结果表明,本方法最低可检测到的Shimen病毒cDNA含量为100拷贝/μL,敏感度至少是普通PCR的100倍;猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、牛流行腹泻病毒Ⅰ工型( BVDV-1)和猪瘟病毒C株均无特异性扩增,证明本方法具有很强的特异性;通过批内和批间重复试验,其变异系数<0.7%,结果显示本方法具有很好的重复性.本研究建立了猪瘟石门系强毒株SYBR Green-Ⅰ染料法实时荧光定量PCR快速检测方法,为猪瘟的预防与控制提供了有效的技术手段,并为猪瘟强毒试剂盒的研发奠定了基础.     

猪流行性腹泻病毒变异毒株一步法SYBR Green I荧光RT-PCR检测方法的建立及应用

为了建立猪流行性腹泻病毒变异毒株快速、敏感的检测方法。本研究利用RT-PCR技术扩增出猪流行性腹泻病毒变异毒株S基因中298bp的保守序列,并克隆到pM D18-T载体中作为标准品制作标准曲线,建立了PEDV的SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。该方法检测灵敏度可达5.2×10~1拷贝,与猪流行性腹泻病毒经典毒株、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪圆环病毒2型、猪蓝耳病毒、猪传染性胃肠炎病毒、轮状病毒均不发生交叉反应,具有良好的特异性和重复性。结果表明,建立的实时荧光定量RT-PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床PEDV变异毒株的检测。     

猪流行性腹泻病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种特异、灵敏、量化、快速的猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测方法,设计1对PEDV N基因的特异性引物,建立Eva Green染料的实时荧光定量RT-PCR的检测方法,并对疑似PEDV感染的临床样品进行检测。结果显示,所建立的实时荧光定量RT-PCR方法的标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数R2=0.999;不与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)发生交叉反应,具有较强的特异性;灵敏度比常规RT-PCR方法高100倍;重复性试验的变异系数均小于5%,重复性良好。对43份临床样品进行检测,结果比普通PCR多检出2份阳性。结果表明,建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法在特异性、灵敏度和重复性方面都很好,可用于临床PEDV检测。     

猪伪狂犬病毒和猪圆环病毒2型TaqMan-MGB双重荧光定量PCR检测方法的建立及应用

参照GenBank中猪伪狂犬病毒(PRV)gE基因以及猪圆环病毒2型(PCV2)中ORF2特异性序列,设计特异引物和TaqMan-MGB探针,通过优化反应条件,建立了同时检测PRV野毒株和猪圆环病毒(PCV2)的双重荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的特异性、敏感性、重复性。结果表明,该方法检测PRV和PCV2灵敏度分别可达2.23×101、4.5×102拷贝/μL,均比常规PCR检测方法高100倍;同时检测猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖和呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、均为阴性,无交叉反应;对30份疑似病料进行检测并与普通PCR进行比较,结果显示,二者检测PRV的总符合率为96.67%,检测PCV2的总符合率为93.33%。本试验建立的TaqMan-MGB双重荧光定量PCR检测方法可同时对PRV野毒株和PCV2进行早期快速诊断,可应用于病原学监测,流行病学调查等。     

猪瘟病毒和猪流行性腹泻病毒双重RT-PCR方法的建立

本研究根据GenBank中发表的猪瘟病毒(CSFV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)的基因组序列,设计筛选出两对用于双重RT-PCR反应的特异性引物,通过对特异性、灵敏性和稳定性等试验,建立了检测猪流行性腹泻病毒和猪瘟病毒的双重RT-PCR核酸检测技术。利用建立的CSFV-PEDV双重RT-PCR核酸检测技术,对某规模化猪场病料进行检测,结果表明,扩增出大小约311 bp和501 bp大小的特异性条带,为猪瘟与猪流行性腹泻病毒混合感染。建立的CSFVPEDV双重RT-PCR核酸检测技术具有良好的特异性、灵敏性和稳定性,该方法的建立为CSFV和PEDV的快速诊断、疫情监测及流行病学研究奠定了基础。     

猪细环病毒2型环介导等温扩增检测方法的建立

为了能快速、特异的检测猪细环病毒2型(TTSuV2),本研究针对TTSuV2全基因序列的非编码区域和第1个开放性阅读框前端设计了2对引物,建立了TTSuV2的环介导等温扩增(LAMP)检测方法并对反应成分和条件进行了梯度摸索。试验结果显示,该LAMP检测方法最佳反应条件为64 ℃恒温90 min,可特异性检测TTSuV2,与猪细环病毒1型、猪圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪博卡病毒无交叉反应,病毒最低检出限为100拷贝/μL。结果表明,建立的LAMP方法具有快速、特异且灵敏的特点,可在TTSuV2快速检测方面提供一定的技术支持。     

猪瘟疫苗中BVDV污染一步法RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速检测猪瘟(CSF)疫苗中牛病毒性腹泻病毒(BVDV)污染的方法,试验根据GenBank上登录的BVDV 5'端非编码区基因组序列设计1对引物,经一步法RT-PCR反应条件的优化,建立了检测猪瘟疫苗中BVDV污染的一步法RT-PCR。结果表明:该方法对猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒、猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病毒、牛副流感病毒3型、牛传染性鼻气管炎病毒的扩增结果均为阴性,对BVDV基因组RNA的检测灵敏度达0.1 ng,与细胞培养法的符合率达100%。应用该方法对猪瘟疫苗、牛血清等138份样品进行BVDV污染的检测,阳性污染率达11.59%。该一步法RT-PCR具有良好的特异性、敏感性、准确性和适用性,可用于猪瘟疫苗生产中血清、细胞、毒种、半成品等的质量控制及猪瘟疫苗临床应用中的质量检验。