凡纳滨对虾遗传多样性的SSR分析

通过对5个SSR位点的聚合酶链式反应(PCR)扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测,探究凡纳滨对虾群体的遗传多样性.结果表明,供试的凡纳滨对虾群体在5个SSR位点上有2～4个等位基因,平均等位基因数3个,平均杂合度0.5755,平均多态信息量0.4864,平均有效等位基因数2.5053.全群基因纯合度0～0.8,平均0.3917.显示该凡纳滨对虾群体的遗传多样性水平处于中度多态.     

凡纳滨对虾养殖亲本群体遗传多样性分析

运用微卫星标记技术,选用8对微卫星引物对厦门市5个凡纳滨对虾亲虾群体(ZA1、HN、ZA2、ZP、DS)进行遗传多样性分析。结果显示,8对微卫星引物在5个凡纳滨对虾亲虾群体中共检测到75个等位基因,各群体的平均等位基因数(Na)为3. 875～7. 000、平均有效等位基因数(Ne)为2. 632～3. 719、平均PIC值范围在0. 498～0. 624。平均观测杂合度(Ho)为0. 410～0. 562、平均期望杂合度(He)为0. 589～0. 687。各群体的平均近交系数(Fis)为0. 147～0. 305,说明各群体内近交程度较高,存在杂合子缺失现象。除ZP与DS群体外,其他群体在多个微卫星位点上均显著偏离平衡(P 0. 05),说明大部分群体存在杂合子缺失现象。遗传变异分析结果显示,各群体间的遗传分化指数(Fst)为0. 028～0. 199;根据Fst计算得到各群体间的Slatkin’s遗传距离在0. 029～0. 249之间。本研究结果表明,采自厦门市的5个凡纳滨对虾亲虾群体均存在不同程度的近交现象。本文通过对厦门市5个凡纳滨对虾亲虾群体进行遗传多样性分析,旨在明确厦门市凡纳滨对虾亲虾群体的遗传结构、种质资源状况及近交程度,为该地区凡纳滨对虾种质资源的提纯、保优、复壮及遗传选育提供背景资料和建议。     

凡纳滨对虾引进群体与养殖群体遗传多样性的AFLP分析

为了解引进群体与国内养殖凡纳滨对虾群体遗传多样性水平,提高我国凡纳滨对虾种质改良效果,应用AFLP标记技术对国外引进群体和国内养殖凡纳滨对虾群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对7个群体(4个引进群体,3个养殖群体)210个个体进行扩增,结果发现,7个群体在100~500 bp共检测到105个位点,其中多态性位点为90个,多态位点比例为85.71%。4个引进群体(KONABA、SISMAN、OI、CHAI)的多态性位点百分率分别为62.5%,57.29%,61.21%,61.46%;3个国内养殖群体(ZX、ZK、GDOU)的多态性位点百分率分别为65.63%,61.46%,54.17%。7个群体的平均期望杂合度为0.202,表明所检测的7个群体均具有较高的遗传多样性。AMOVA分析显示,51.79%的变异来源于群体间,群体的平均ΦST值为0.518,表明凡纳滨对虾群体内遗传多样性非常丰富,群体间相似性较大,且存在较强的基因交流。本研究可为我国凡纳滨对虾种质改良提供基础资料。     

荧光标记微卫星技术用于凡纳滨对虾不同家系亲权关系鉴定

应用荧光标记微卫星技术对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)家系进行亲权鉴定。挑选14个多态信息含量较高的微卫星位点,以人工选育建立的凡纳滨对虾5个全同胞家系为试验材料,采用Cervus 3.0进行亲权分析,并根据家系内个体间的遗传距离进行UPGMA聚类分析。结果表明,14个微卫星位点的平均等位基因数为6,平均多态信息含量为0.6896,平均期望杂合度为0.7309,平均观测杂合度为0.7661,第一亲本、第二亲本和双亲的累计排除率分别为0.99721733、0.99996559和0.99999997;进一步模拟分析表明,要达到亲权鉴定的要求,在双亲性别已知时至少需要5个微卫星位点,双亲性别未知时至少需要6个微卫星位点;模拟分析及试验验证所选用的14个微卫星位点最多可以鉴定1 954个已知性别的亲本或1 203个未知性别的亲本。所选用的14个微卫星标记可在生产及科研试验中用于获取凡纳滨对虾系谱信息。     

不同地理群体日本囊对虾遗传多样性微卫星DNA分析

应用微卫星DNA(SSR)标记技术对福建(FJ)、湛江(ZJ)、北海(BH)地理群体的150尾日本囊对虾个体进行遗传多样性分析.10对微卫星引物在3个群体中共检测到27个等位基因,每个位点的等位基因数为2～4个.平均多态信息含量为0.3074～0.3645,平均观测杂合度为0.2960～0.4212,平均期望杂合度为0...     

基于微卫星分子标记的凡纳滨对虾商业苗种遗传多样性分析

为研究我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)商业苗种的遗传多样性特征,于河北、山东、广东、海南等地采集了6个有代表性的凡纳滨对虾品牌苗种,分别命名为黄骅R、东营M、广州P、广州Z、海南S和海南Z,以8个微卫星标记检测其遗传多样性。结果显示,6个品牌的凡纳滨对虾在8个位点呈现不同程度的多态性,其平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为4.5~9.5、0.516~0.733、0.346~0.550和0.472~0.700,各品牌遗传多样性丰富程度从高到低分别为黄骅R>广州Z>广州P>海南Z>东营M>海南S。哈迪–温伯格平衡(HWE)检验显示,4.17% (2/48)的检测结果表现为显著的偏离(0.01相似文献   

利用微卫星标记分析7个凡纳滨对虾引进群体子一代的遗传多样性

为明晰中国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)引进群体子一代的遗传多样性特征,于广东的3个对虾主产区采集7个养殖群体的种苗样品,其均为国外引进亲虾繁育的子一代。将之分别命名为TH-A1、TH-A2、THB、US-C1、US-C2、US-C3和US-C4,以微卫星标记检测其遗传多样性。结果显示,7个群体在12个位点呈现不同程度的多态性,其平均等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为3.333～6.167、0.477～0.670、0.370～0.505和0.414～0.623;44个群体位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,和文章中He大于Ho的结果对应。聚类分析显示7个群体共分为3支,其中TH-A1为一支,US-C1、US-C2和TH-A2为一支,其余的聚为一支。结果表明此次采集的养殖群体种苗样品存在一定的遗传差异。该结果可为后续挖掘种苗遗传背景与其养殖性能的关联性提供参考。     

中科院海洋所构建凡纳滨对虾遗传图谱

正日前,中科院海洋研究所利用高通量测序技术对凡纳滨对虾的基因组进行了基因组探查分析,成功构建了全球标记密度最高的对虾遗传连锁图谱。凡纳滨对虾是我国及世界养殖产量最高的对虾,也是世界单一种类产值最高的水产养殖对象,培育高产抗逆的对虾新品种对于推动对虾养     

军曹鱼全基因组微卫星特征分析与多态性标记的筛选及应用

为更好地开发军曹鱼(Rachycentron canadum)高多态性微卫星分子标记,本研究基于军曹鱼全基因组测序结果,利用MISA1.0软件对其简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)的位点信息进行检索及分析。结果显示,基因组中共筛选出1~6个核苷酸为重复单元的SSR位点344 820个,其中,以单核苷酸重复序列最多(174 146个),占SSR总数的50.50%;其次为二核苷酸重复和三核苷酸重复序列,分别占SSR总数的30.23%和14.02%。在SSR包含的重复单元中,单核苷酸重复以A/T类型为主,AC/GT是二核苷酸的优势重复单元类型。军曹鱼基因组SSR核心序列重复次数在4~275次范围内波动,单核苷酸SSR重复数为10的最多,二核苷酸SSR重复次数为6的最多。本研究设置长度≥12 bp为筛选高多态性SSR位点的标准,共获得361 684个位点。在上述位点中随机选取100个候选位点进行基因分型检测,利用从中筛选到多态性较高的10个SSR标记分别对北海、陵水、硇洲、徐闻和三亚5个养殖群体进行遗传多样性分析,145尾个体中共检测到69个等位基因,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)平均值分别为0.628、0.706和0.653。相关研究表明,军曹鱼基因组中SSR位点类型较为丰富、多态性潜能较高,从中筛选获得的多态性SSR标记可为军曹鱼分子标记辅助育种、群体遗传多样性评价等研究提供有力支持。     

中国对虾微卫星DNA引物的设计及筛选

根据建立的中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)部分基因组文库,对筛选的含微卫星DNA序列的克隆设计了28对引物,筛选出5对微卫星多态性引物,并用这5对引物对中国对虾的养殖群体20个个体进行了遗传多样性分析。在这5个微卫星位点中,虽然．RS0871位点是多态位点,但其等位基因数、杂合度和多态信息含量都比较低。其余4个微卫星位点可产生6～8个等位基因,等位基因的大小分布在142～364bp,基本上符合引物设计时理论产物长度。这些微卫星位点的期望杂合度的范围为0．7577～0．8064,表明它们都有较高的杂合度。仅有位点RS0956的观察杂合度与期望值有较大的出入,其他微卫星位点的这两值基本相符。有4个微卫星位点的PIC值较高,在0．7180～0．7709。因此,除RS0871位点以外的4个微卫星位点均可用于中国对虾种群遗传结构分析,这将为中国对虾品种选育、种系评估提供更多的微卫星DNA信息。     

凡纳滨对虾SNP标记开发与家系亲缘关系验证分析

本研究基于转录组序列开发了37个SNP标记,并对22个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)家系进行了遗传多样性、家系聚类和亲子鉴定分析,探讨SNP标记在对虾家系选择育种中的应用途径。结果显示,37个SNP位点在凡纳滨对虾22个家系中的平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为0.38和0.34;平均多态信息含量(PIC)为0.30,属于中度多态性(0.25相似文献   

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星多重PCR体系的建立及其在家系亲权鉴定中的应用

为了在遗传分析研究中提高效率并节约成本,本研究从已报道的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星位点中选取多态性较高的位点,基于各位点的扩增片段大小及退火温度等因素进行微卫星位点的组合.通过不断优化位点组合、反应体系及反应程序,成功建立了1个五重、2个四重和1个三重PCR反应体系,并将其应用于11个凡纳滨对虾家系的亲权鉴定.结果显示,四组多重PCR体系中的16个微卫星位点在11个凡纳滨对虾家系中的平均等位基因数(Na)为6,平均多态信息含量(PIC)为0.5813,平均观测杂合度(Ho)为0.513,平均期望杂合度(He)为0.636.利用Cervus3.0软件,对已知系谱关系的11个凡纳滨对虾家系进行亲权分析,其第一亲本累积排除率(CE-1P)、第二亲本累积排除率(CE-2P)和双亲累积排除率(CE-PP)分别为0.99525487、0.99990862和0.99999986.进一步分析表明,当同时使用四组多重PCR体系进行亲权分析时,其模拟配对率和亲权鉴定准确率均为100％,全同胞和半同胞家系鉴别效果良好,表现出准确的鉴别能力.本研究所建立的四组凡纳滨对虾微卫星多重PCR体系均可为后续的凡纳滨对虾遗传多样性分析和亲权鉴定提供高效、准确的检测手段.     

Molecular markers and their application in genetic diversity of penaeid shrimp

Penaeidae is a family of shrimp, and it contains many species of economic importance, such as the tiger prawn (Penaeus monodon), white leg shrimp, Atlantic white shrimp and Indian prawn. Identification and population genotype structure of penaeid shrimp have been enhanced by molecular markers that can be classified into three types, namely allozyme, mitochondrial and nuclear markers. The widely used mitochondrial DNA markers are 12S rDNA, 16S rDNA, cytochrome b and control region. Random amplification of polymorphic DNA, amplified fragment length polymorphism, restriction fragment length polymorphism, single-stranded conformational polymorphism and microsatellites are the most commonly used nuclear markers for DNA fingerprinting. Molecular markers play a crucial role in penaeid shrimp to evaluate phenotypic and genetic variation, assess demographic bottleneck, study natural population structure, compare wild and hatchery populations, preserve genetic biodiversity, construct chromosome maps and detect whether genetic tag propagation–assisted rehabilitation programs are effective. Increase in the number of molecular markers, construction of high-density genetic maps and implementation of genomic resources (including genome sequencing) are expected to provide tools for the genetic improvement in these aquaculture species through marker-assisted selection. Molecular markers are versatile tools for the identification of populations with genetic crisis by comparing genetic diversities, which helps to establish management units within these threatened species.     

南方拟微卫星标记筛选及遗传多样性分析

南方拟■是一种分布于长江以南各水系的小型经济鱼类,目前仅有野生资源。为查明珠江流域其群体遗传结构现状,试验采用RAD-Seq技术筛选出36个多态性微卫星标记,其中29个为高度多态性(多态信息含量>0.50)位点,6个为中度多态性(0.25<多态信息含量<0.50)位点和1个为低度多态性(多态信息含量<0.25)位点。选取6个高度多态性位点研究珠江流域的北江、桂江、都柳江、融江、左江、右江、黔江及郁江8个江段南方拟■群体的遗传多样性和种群分化情况,结果显示,共检测到98.17个等位基因,平均等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、香农指数和多态信息含量值分别12.2713、6.0575、0.5389、0.7679、1.8974和0.7379,表明珠江流域南方拟■的遗传多样性丰富。6个微卫星位点在8个群体中检测结果显示,平均群体间分化系数为0.1028,表明10.28%的遗传变异来自于群体间,89.72%的遗传变异来自于群体内,属于中等分化水平;平均群体内近交系数为0.2987,表明群体内杂合子缺失严重;基因流为1.0075~4.7308,说明群体间的基因流足以抵制遗传漂变。本研究的结果可为南方拟■种质资源保护和开发利用提供科学依据。     

3个德国镜鲤养殖群体遗传变异的微卫星分析

利用10个多态微卫星标记对我国北方不同地区3个德国镜鲤(Cyprinus carpioL.mirror)群体(绥化,BL;哈尔滨,BZ;天津,TJ)的遗传多样性及群体间的亲缘关系进行研究。结果显示,3个养殖群体在10个位点上表现出较高的多态性,其中9个位点表现为高度多态(PIC>0.5);平均杂合度为0.629 3;10个位点共检测出144个等位基因;BL与TJ群体的总体变异水平高于BZ群体。Nei氏DA遗传距离分析显示,BL与TJ群体的遗传距离最近,而与BZ群体的遗传距离最远;群体间遗传分化微弱(Fst=0.031 5),群体内变异占总变异的96.85%,3个群体各自特有的等位基因频率普遍较低(0.0125~0.1500),群体共有的等位基因频率相对较高。上述结果表明,3个德国镜鲤养殖群体仍保持着较高的遗传多样性,群体间未产生明显的遗传分化。     

大黄鱼连续4代选育群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析

利用13个多态性微卫星位点分析了大黄鱼官井洋优快01品系F1到F44个选育世代的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代群体遗传多样性指标值渐次下降,F1到F413个微卫星位点的平均多态信息含量从0.638下降到0.524,平均等位基因数从5.462下降到4.308,平均观测杂合度从0.779下降到0.532,平均Shannon多样性指数从1.356下降为1.092。F1与其后各代遗传相似系数逐渐减小(从0.7194到0.5813),遗传距离逐渐增加,而相邻世代间的遗传相似性逐步升高,遗传分化指数(FST)渐次变小(F1～F2为0.0619,F2～F3为0.0511,F3～F4则为0.0475)。随着选育的进行,微卫星位点LYC0002和LYC0054等位基因频率有规律地发生变化,推测其可能与选育性状存在遗传上的相关。结果表明,经过连续4代的选育,部分不利基因遭到淘汰,选育群体的遗传基础逐步得到纯化,基因型逐渐趋向纯合、稳定,经进一步的选育可望获得较稳定的品系。     

源于鳞被相关基因的微卫星标记与鲤 4 种生长性状的相关性分析

选用来源于鲤基因组中的鳞被相关基因(ant、eda、edar、fgfr)及其上下游序列中的155个微卫星标记,对德国镜鲤(Cyprinus carpio L.)与黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)杂交的F2 116尾个体的遗传多样性进行检测,以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡.结果表明,36个微卫星标记表现为多态,各标记的等位基因数在2～4个浮动,共检测到86个等位基因,平均每个标记2.388 9个;平均有效等位基因数为2.209 4;平均观测杂合度为0.624 5;平均期望杂合度为0.529 2;平均多态信息含量为0.432 1,其中23个微卫星标记表现为中度多态(0.25≤PIC＜0.5),13个微卫星标记表现为高度多态(PIC≥0.5),说明这个群体属于中度多态性水平.Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,61％标记显著偏离平衡,人工选择压力和自交对家系造成了严重的影响.SPSS 17.0分析发现分别有10(28％)、7(19％)、7(19％)和11个(31％)标记与体质量、体长、体高和体厚存在显著相关性,并发现11个优势基因型.源于鳞被相关基因的微卫星标记与生长性状连锁的比例较高,以上结果从分子水平上提示鳞被基因与所研究4种生长性状存在一定的相关性.