中国对虾微卫星引物筛选及反应条件优化

对33对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)微卫星引物进行筛选,确定了其中11对引物的最优PCR反应条件,包括各对引物的退火温度、反应体系中引物、Mg2 、dNTPs含量等,为建立微卫星多重PCR技术、最终使微卫星标记成为中国对虾家系识别的有效工具奠定了基础。     

不同地理群体日本囊对虾遗传多样性微卫星DNA分析

应用微卫星DNA(SSR)标记技术对福建(FJ)、湛江(ZJ)、北海(BH)地理群体的150尾日本囊对虾个体进行遗传多样性分析.10对微卫星引物在3个群体中共检测到27个等位基因,每个位点的等位基因数为2～4个.平均多态信息含量为0.3074～0.3645,平均观测杂合度为0.2960～0.4212,平均期望杂合度为0...     

青石斑鱼微卫星标记的筛选及群体多态性分析

微卫星DNA,又称短串联重复序列(STR)或简单序列重复(SSR),是广泛存在于真核生物基因组中的简单重复DNA片段,一般每个重复单位仅1～6个碱基,重复数为10～20次,其中动物体中以双核苷酸(CA/GT)n最为常见。根据微卫星DNA核心序列两端的保守序列设计引物     

从中国对虾ESTs中筛选微卫星标记的研究

利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选,共发现微卫星序列229个,占整个ESTs数据库的2．19％,其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个,分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63．76％,和25．33％,大部分发现的微卫星序列均为Perfect形式的重复序列。根据筛选得到的微卫星序列设计并合成引物19对进行多态性检测,在有扩增产物的16对引物中,首次筛选得到8个中国对虾微卫星标记,并对这些微卫星标记进行了等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度、PIC值等统计学指标的评价。结果表明,在8个微卫星位点上,等位基因的数目从5到15不等,等位基因长度从：165～305bp,期望杂合度和多态性信息含量分别为0．59到0．89和0．56到0．88,表明这8个中国对虾微卫星标记完全适合于遗传分析。     

微卫星DNA标记用于中国对虾亲子关系的鉴定

在水产养殖中应用微卫星标记来确定亲缘关系已经得到认同和广泛使用。本研究通过控制交尾,利用微卫星标记确定中国对虾后代的亲缘关系,对微卫星标记应用于中国对虾的家系识别进行初步探讨。作者以4个谱系清晰的家系为基础,检测两对微卫星标记EN0033和RS062在中国对虾家系鉴别中的应用。结果表明,利用两对微卫星引物产生的DNA指纹图谱,能够有效地区分中国对虾4个家系。根据微卫星数据计算各家系之间的遗传距离,构建UPGMA图,得到的结果与各家系来源情况一致,进一步证明了微卫星技术在进行家系间的遗传分析中的可行性。EN0033和RS062两对微卫星标记的累积个体识别率高达0.989,属于高识别力的遗传标记系统,可以利用它们进行中国对虾的亲缘关系鉴定。     

河鲈微卫星引物筛选

利用GenBank中获得的近缘物种微卫星序列设计的20对引物,对河鲈养殖群体20个个体基因组DNA进行扩增,发现8对引物能扩增出特异性谱带,获得32个等位基因,5个位点的等位基因数大于或等于4个,多态信息含量0.3680～0.7395,5个位点多态信息含量为高度多态(PIC＞0.5).期望杂合度范围在0.4154～0.7936,观测杂合度普遍高于期望杂合度.个体识别率范围在0.180～0.620,累积个体识别率为0.9899,单一微卫星位点的个体识别率普遍低于0.8,未出现高度多态性遗传标记.非父排除率范围在0.2537～0.6185,累积非父排除率0.9937,4个位点的非父排除率高于0.5,属于高度多态性遗传标记.     

河鲈微卫星引物筛选

利用GenBank中获得的近缘物种微卫星序列设计的20对引物, 对河鲈养殖群体20个个体基因组DNA 进行扩增, 发现8对引物能扩增出特异性谱带, 获得32个等位基因, 5个位点的等位基因数大于或等于4个, 多态信息含量0. 3680~ 0. 7395, 5个位点多态信息含量为高度多态( PIC>0.5)。期望杂合度范围在0. 4154~ 0. 7936,观测杂合度普遍高于期望杂合度。个体识别率范围0.180~ 0. 620, 累积个体识别率为0. 9899, 单一微卫星位点的个体识别率普遍低于0. 8, 未出现高度多态性遗传标记。非父排除率范围在0. 2537~ 0. 6185, 累积非父排除率0. 9937, 4个位点的非父排除率高于0. 5, 属于高度多态性遗传标记。     

微卫星DNA技术用于中国对虾家系构建中的系谱认证

用6个微卫星标记对中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）的5个家系进行系谱鉴别和遗传多样性研究。6个微卫星位点中有5个位点是多态的,并在所有家系中都显示了高度的遗传差异。5个家系中,5个多态微卫星位点共发现了30个等位基因,每个位点的等位基因数在5～8之间。实验中共发现了4个家系特异性等位基因：2^#家系及4^#家系各1个,5^#家系2个。根据已知亲本及子代基因型,可推断出5个家系中全部亲本的基因型,据此鉴别各家系。在EN0033位点,可将5#家系与其他4个家系相区别;在RS0859位点,可将3^#和4^#家系与其他3个家系相区分。因此,EN0033和RS0859标记可用于鉴别5^#、3^#和4^#家系的家系特异性标记。研究表明,用5个微卫星标记,且最少用2对微卫星标记即可鉴别5个中国对虾家系。     

黄鳝微卫星引物筛选及其在保护遗传学上的应用

研究了远缘种鲤的微卫星引物对黄鳝的适用性。结果显示,31对鲤微卫星引物中有11对引物能对黄鳝DNA模饭扩增出特异性带谱。每对引物扩增的等位基因数在3～13个,平均每个位点有5．6个等位基因,显示了较高的多态性。其中引物P1最理想,其PCR扩增产物能区分来自湖南、广东和孟加拉3个不同地域的黄鳝种群。应用微卫星技术对3个不同地域的黄鳝基因组DNA多态性分析结果显示,湖南、广东和孟加拉黄鳝群体内平均相似率依次为95．5％,95.8％和93．5％,平均变异度依次为0．045,0．042,0．063。群体间的相似率及变异度分析显示：湖南黄鳝和广东黄鳝群体间平均相似率为91．0％,变异度为0．045;湖南黄鳝和孟加拉黄鳝群体间平均相似率和变异度分别为55．7％和0．443;广东黄鳝和孟加拉黄鳝群体间平均相似率和变异度分别为58．6％和0．414。综合微卫星分析结果、黄鳝的外形特征及地理位置,可以推测,广东黄鳝与湖南黄鳝为同一个生物种的不同地理种群,而孟加拉黄鳝为同属中另一个种。     

用PCR法快速筛选中国对虾含微卫星的重组阳性克隆

运用PCR在中国对虾的小片段基因组文库中快速筛选含有微卫星序列的重组阳性克隆。PCR中使用的引物为载体pGEM-3(zf( )上多克隆位点两侧的T7／Sp6启动子引物和根据微卫星核心重复序列设计的STR引物：STR1：5‘-ATATATATATAT－3‘：STR2：5’－TCTCTCTCTCTC－3’,直接使用含有重组克隆的菌液,在PCR反应前增加一段裂解细菌的高温。筛选出来的含有微卫星序列的重组阳性克隆经DNA测序验证。结果证明,采用PCR方法用菌液快速筛选含有微卫星序列的重组阳性克隆完全可行,而且具有简便、快速、高效、不涉及同位素操作等优点。     

用微卫星DNA技术对中国对虾人工选育群体遗传多样性的研究

利用微卫星技术对中国对虾人工选育群体第1代和第6代群体的遗传多样性进行了分析。对10个微卫星位点进行了扩增,共产生74个等位基因,每个位点产生的等位基因数从3到13不等。在两个群体中,所观察到的等位基因数都比有效等位基因数多。多态信息含量PIC值0．5567～0．8877,说明这10个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量。两个群体的平均杂合度分别为0．6400(CP1)、0．6300(CP6),并通过计算基因型的P值,确定了对Hardy-Weinberg平衡的偏离情况。对Fis值的计算表明两个群体内共有5个微卫星位点存在杂合度观察值过剩的现象。两个群体的Shannon多样性指数分别为1．6830、1．7382,整个选育群体(两个群体作为一个群体)的遗传多样性指数为1．7742。从遗传多样性所占的比例来看,96．415％的遗传变异是来自群体内,只有3．585％的遗传变异是来自群体间。两个群体间的相似性系数高达0．9187,彼此间的遗传距离仅为0．0848,体现出人工选育群体的遗传分化程度较低。结果均说明第6代群体还有较大的选育潜力,可以继续保持遗传效应,最终保证选种育种工作的成功。     

中国明对虾第一代和第六代人工选育群体的遗传结构分析

采用RAPD技术对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)第一代和第六代人工选育群体的遗传结构及其分化进行了分析。在20个10bp随机引物中筛选出16个引物,共扩增出89条DNA片段,其中多态性片段分别为34和30条,多态位点比例分别为38．2％5和33．71％。对2群体的遗传学参数计算结果表明：2群体间遗传分化指数为0．1408,属中等程度分化;群体间的遗传变异平均为0．197,由此可见,80％的遗传变异来自于群体内,而近20％的变异则是来自于群体间;第六代群体的多态位点比例和遗传多态度均低于第一代群体,这可能与人工定向选育过程中注重经济性状有关。     

中国对虾家系水平遗传多样性的AFLP分析

采用扩增片段长度多态性分子标记技术对中国对虾的40个家系共200个样品进行了家系水平的遗传多样性分析。利用10对引物共产生307个表达清晰可用于分析的标记,其中189个标记表现为多态性,占总标记数的61.56%;中国对虾各个家系多态位点百分率在12.7%～34.2%之间;各个家系基因多样性指数在0.0494～0.122之间,Shannon指数的范围在0.0725～0.182之间(家系水平为0.1975)。对40个家系的AMOVA分析结果显示,家系间的基因分化系数Gst=0.4713,即总的遗传变异中有47.13%的变异存在于家系间,家系内的遗传变异占总遗传变异的52.87%。采用UPGMA法对中国对虾的40个家系进行了聚类分析,确定了各个家系之间的遗传亲缘关系;并且对200个个体进行了聚类分析。结果表明,90%同一家系的子代个体能完全聚类在一起。通过家系间的遗传分化系数Gst对中国对虾的40个家系间的基因流进行了估测,结果显示,Nm=0.5609,表明基因流处于较低水平。     

中国对虾4代人工选育群体与1个野生群体遗传多样性分析及差异SNP位点筛查

利用2b-RAD技术对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis) 2015年、2016年、2017年、2019年4代选育群体和野生群体合计821尾个体进行简化基因组测序,分析中国对虾人工选育群体和野生群体遗传多样性特征,挖掘在持续人工选育过程中受选择的SNP位点.测序共得到83767个SNP位点,F-...     

中国明对虾快速生长选育群体的RAPD分析

运用RAPD技术分析了中国明对虾第3代、第4代和第5代人工选育群体各20个个体的遗传多样性。筛选的20个10bp的随机引物中,16个引物产生了稳定性好和可重复性强的谱带。共检测到103个位点,其片段长度在250～2000bp之间。3个群体的多态位点比例分别是37．86％、36．89％和33．01％,平均遗传多态度分别为0．189、0．208和0．163。群体间的遗传变异（Hsp Hpop／Hsp）平均为0．294。由此可见,70．6％的遗传变异来自于群体内,而29．4％的变异则是来自于群体间。     

中国对虾5个地理群体的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自辽东湾、渤海湾、海州湾、乳山湾及海洋岛5个群体的中国对虾共95个个体的遗传多样性进行分析。14个随机引物共检测出103个位点(200～2500bp),各群体的多态位点比例在31．07％～34．95％之间。遗传距离显示中国对虾群体间有一定遗传分化,其中辽东湾和乳山湾群体问的遗传距离最大(0．0742),而辽东湾和渤海湾群体间的遗传距离最小(为0．0243),群体间的遗传分化系数为0．2083。整体来看,中国对虾的遗传变异水平较低,遗传多态度为0．1621。用UPGMA对5个群体进行聚类分析,构建谱系关系图。     

Polymorphic analysis of microsatellite DNA in wild populations of Chinese shrimp (Fenneropenaeus chinensis)

Primers were designed for eight microsatellite loci from Chinese shrimp Fenneropenaeus chinensis. Microsatellites were used to characterize three wild populations from the China coast of the Yellow and Bohai Seas (HB), and the west coast (KX) and south coast of the Korean Peninsula (KN). A total of sixty‐one alleles were obtained, and the average observed heterozygosity ranged from 0.660 to 0.756. Six of the 24 population‐locus cases showed a significant departure from the Hardy–Weinberg equilibrium, three of them from population KN, two from KX and one from HB. The F_st values indicated that genetic variation was greater within populations than between populations. Analysis using unweighted pair group method with arithmetic mean showed that the relationship between populations HB and KX was closer than between KN and the other two populations. Polymorphic information contents of the eight microsatellites ranged from 0.598 to 0.918. These results indicated that all eight microsatellite loci would be useful for the analysis of genetic variation in Chinese shrimp (F. chinensis) populations.