RAPD技术在粤星番茄种子纯度检测中的初步研究

应用２０个随机引物对华南地区番茄主栽品种之一－粤星及其亲本的基因组ＤＮＡ进行了ＲＡＤ分析，发现７个引物可以在粤星及其亲本的ＲＡＰＤ图谱中形成多态性差异，其中引物Ｐ１８可应用于粤星番茄种子中混杂的母本类假杂种的检测。     

RAPD在柑桔珠心苗鉴定上的应用

以刘本橙 （刘勤光×本地早） ×代代及其 ３ 个实生苗后代为试材， 用 Ｒ Ａ Ｐ Ｄ 标记对其子代进行鉴定。从 ５０ 个引物中 筛选出 １２ 个引物能在父母本及子代上扩增出清晰的带型， 其中有 １１ 个引物能在父母本间扩增出差异， １ 个引物（ Ｓ２２８） 差异不明显。上述 １２ 个引物中有 １１ 个引物在 ３ 个子代间扩增带型相同， 且与母本带型一致； 另 １ 个引物（ Ｓ２０２） 在母本上的扩增带 （１ ２００ ｂｐ） 在 ２ 个子代中没有出现。３ 个子代中都没有来自父本的特异扩增带。结果表明， ３株实生苗均为珠心苗。     

20个骨干玉米自交系的SSR指纹图谱构建

本实验利用80对SSR引物对20个玉米自交系进行扩增,综合考虑扩增带的清晰度及多态性、条带多少、引物重复性高低,筛选出Phi080,Phi123,Umc1061,Phi126,Phi065,Dupssr13,Phi102228,bnlg240,Phi083等9对引物,构建了20个玉米自交系的指纹图谱。其中有7个材料各用1对引物就可确定其特征性谱带,有3个材料各需用2对引物组合就能区分,有2个材料需4对引物组合方能予以有效区分,其余材料则需8对引物组合才可区分。本实验还对这9对引物的重复性作了验证,再次证明利用SSR标记构建玉米自交系指纹图谱是可行的,也是可靠的。     

李种质资源ISSR反应体系引物筛选

以李18个品种种质资源为试验材料,对其开展ISSR反应体系引物筛选,结果表明,从41个随机引物中筛选出25个多态性引物用于PCR扩增,每个多态性引物扩增出的条带数在8～23条之间,扩增出的DNA片段长度大多在150～2 400 bp之间;共扩增出条带数为385条,其中,样品间相同的条带数有53条;所选引物的多态位点百分率为86.23%。     

澳洲鸵鸟的随机扩增多态DNA研究

采用随机扩增多态性DNA标记技术对澳洲鸵鸟20个个体进行了遗传变异分析,从60个随机引物中筛选出17个多态性丰富的引物,并对其所有个体的总基因组DNA进行了PCR扩增,结果17条引物共产生103种扩增片段,其中共有片段13条,多态片段90条,平均每条引物的扩增带数为6．06,各引物多态性片段范围在2—9,多态频率在40％-100％。表明澳洲鸵鸟的遗传多样性较丰富。     

利用RAPD技术检测杂交稻种子纯度（Ⅱ）——协优63与其三系DNA扩增产物的区别

应用２０个随机引物对我省水稻主栽杂交组合协优６３及其相应的三系基因组进行ＲＡＰＤ分析，选出５个引物能够在杂种和其双亲之一中形成多态性差异     

云南紫苏的种子DNA提取和RAPD引物筛选

 以保存多年的云南紫苏种子为材料,对其DNA提取和RAPD引物筛选进行了研究。结果表明:从活力很低的紫苏种子提取的DNA也有较高的质量,可以用于RAPD分析;从86个随机引物中筛选出了42个显示紫苏遗传差异的多态性引物。     

传染性喉气管炎病毒北京E2株gC基因的克隆及其部分序列测定

根据传染性喉气管炎病毒美国６３２株和英国Ｔｈｏｒｎｅ株ｇＣ基因的序列设计１对引物,以北京Ｅ２株为模板,用ＰＣＲ方法扩增到长度为１．９ｋｐ的片段,并将其克隆至质粒ｐＡ－Ｔ。用碱小量法制备质粒ＤＮＡ,以酶切和质粒ＰＣＲ的方法对其进行了鉴定,并以正向和反向引物测定其两翼序列,结果正向引物测出４９８个碱基,反向引物测出４９９个碱基,将所得序列输入ＧｅｎＢａｎｋ与其他毒株进行比较,结果发现其与美国６３２株的     

AFLP引物组合数对准确分析马缨杜鹃遗传多样性的影响

利用5、7、9、11和13对AFLP引物组合对4个居群马缨杜鹃遗传多样性进行分析,探讨不同引物组合数量对其遗传多样性参数指标的影响。结果表明:随着引物组合数量的增加,紫溪山居群遗传多样性的各参数指标变化趋势一致,5对引物组合检测结果略高于其他引物组合数,但差异不显著,其余3个居群的变化规律不明显;不同引物组合数量对居群间遗传距离无显著影响,UPGMA聚类结果完全相同。由此可见,选用5对引物组合对马缨杜鹃进行遗传多样性分析就能够提供较为准确的结果。     

利用RAPD和ISSR 2种分子标记鉴定西瓜杂交种的遗传纯度

为了鉴定西瓜杂交种抗病苏蜜和苏蜜5号的遗传纯度,利用RAPD和ISSR 2种分子标记技术对F1杂种及其相应亲本的基因组DNA进行了分析。结果显示:在抗病苏蜜杂交种的分析中,对450个随机RAPD引物进行了筛选,其中139个引物产生了235个多态性条带,平均每个引物扩增出了3.12个条带,多态率为16.7%。139个多态性引物中,3个引物产生了母本特异标记,4个引物产生了父本特异标记,2个引物产生了共显性标记。引物JAASRP388的扩增图谱显示产生了1个母本特异标记JAASRP3881200及2个父本特异标记JAASRP3882010、JAAS-RP388500。引物JAASRP410的扩增图谱显示也产生了1个母本特异标记JAASRP410625及2个父本特异标记JAAS-RP4102000、JAASRP4101000。在杂交种苏蜜5号及其亲本的分析中,100个RAPD引物产生了325条扩增带,其中27个RAPD引物成功地扩增出了37个多态性条带,平均多态率为11.38%。在27个多态性RAPD引物中,4个引物产生了母本特异标记,1个引物产生了父本特异标记。此外对62个ISSR引物进行了检测,45个引物成功地产生了188个扩增条带,每个引物平均产生了4.18个条带,15个为多态性引物产生了23条多态性带,平均多态率为12.23%。在ISSR检测中,只发现了2个引物能产生母本特异条带。研究结果说明,不管是1个母本特异引物和1个父本特异引物组合还是利用1个共显性引物都是杂交种种子质量检测过程中一个非常有效的工具。     

基于EST-SSR标记的蓝莓品种指纹图谱构建及遗传多样性

为给蓝莓品种鉴别、优良杂交组合选配提供分子水平依据,从40对EST-SSR引物中筛选多态性良好的引物组合,选取其中引物CA231构建北高丛蓝莓栽培种的DNA指纹图谱、数字指纹图谱,利用非加权类平均法进行遗传多样性分析。结果表明:10个引物对组合共扩增出206个位点,其中多态性位点203个,占98.12%。每条引物的多态性位点数为9~48个,平均每条引物扩增出20.6个位点,平均多态性位点为20.3个。引物CA231扩增位点数最多,多态性比率为100%,且可以鉴别所有试验材料。构建30个北高丛蓝莓栽培品种的指纹图谱,并对其亲缘关系分析表明,在遗传相似系数为0.52时,30个品种聚为一类,当遗传相似系数为0.63时,77.7%的品种仍聚为一类。     

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为给蓝莓品种鉴别、优良杂交组合选配提供分子水平依据,从40对EST-SSR引物中筛选多态性良好的引物组合,选取其中引物CA231构建北高丛蓝莓栽培种的DNA指纹图谱、数字指纹图谱,利用非加权类平均法进行遗传多样性分析.结果表明.10个引物对组合共扩增出206个位点,其中多态性位点203个,占98.12％.每条引物的多态性位点数为9～48个,平均每条引物扩增出20.6个位点,平均多态性位点为20.3个.引物CA231扩增位点数最多,多态性比率为100％,且可以鉴别所有试验材料.构建30个北高丛蓝莓栽培品种的指纹图谱,并对其亲缘关系分析表明,在遗传相似系数为0.52时,30个品种聚为一类,当遗传相似系数为0.63时,77.7％的品种仍聚为一类.     

茄子栽培种与野生种质资源遗传关系的RAPD分析

利用57个RAPD引物标记对16份茄子材料进行遗传亲缘关系分析。结果表明,从200个RAPD引物中筛选出多态性引物57时,这些引物扩增出274条多态性片段,多态性位点百分率达49．73％。以UPGMA方法时其聚类。所有材料间相似系数在O．35—1．00之间,在相似系数0．45水平上可以把材料分成3类。     

利用SSR方法鉴定棉花品种纯度

以86-1号、冀棉668、新棉99B、中棉19及中棉12共5个棉花栽培品种为材料,利用15对SSR引物对其随机选择个体进行分析,确定分析品种纯度所需引物数,为棉花品种资源的保存及品种指纹图谱的建立提供理论依据。通过15对SSR引物对5个品种各选100个单株的检测和引物组合法检测,发现中棉12品种纯度最高为98%,86-1号最低为85%。引物组合法具有高效性和结果可靠性,完全可以用于检测品种纯度。     

新疆玉米自交系通用多态引物库的构建研究

[目的]快速获得稳定标准的玉米基因组分子标记多态库.[方法]对Maize GDB上已公布的玉米SSR (simple sequence repeats)引物进行初筛,选取分布在玉米10个染色体连锁群上的700对多态性引物,通过对24份新疆玉米自交系进行了PCR扩增筛选,退火温度设定为58℃.[结果]最终得到114对稳定的多态引物,其扩增产物条带清晰,易读,以此作为新疆玉米自交系标记多态库.Indel引物和功能基因序列开发设计的Pumc引物的扩增的多态位点大多数位点为2个,极少数引物扩增多态位点为3～4个.这些引物扩增出的等位基因位点少与其功能基因在进化上比较保守相一致.[结论]筛选的多态引物可以作为新疆玉米自交系材料多态库,可用于新疆玉米品种鉴定、杂种优势群划分、遗传多样性分析等优先选用的引物.     

小麦叶锈菌特异分子标记建立

利用21对EST-SSR引物、30对SSR引物及40对小麦叶锈菌EST引物,以小麦条锈菌为对照,对小麦叶锈菌基因组DNA进行PCR扩增筛选。三类引物在小麦叶锈菌和小麦条锈菌基因组中分别扩增出55、77、53个稳定条带,其中多态性条带分别为25、36、12个,平均多态性百分率分别为45.45%,46.75%,22.64%。每对引物等位基因数为1~9,3种引物平均等位基因数分别为2.6、2.6、1.3。2对小麦叶锈菌中单一等位基因的EST引物EST-6和EST-23可在小麦叶锈菌中分别扩增出625和384bp的特异片段。进一步用其他6种锈菌和小麦散黑穗病菌对这2个特异引物进行检测,均未扩增出其特异性片段,表明引物EST-6和EST-23在小麦叶锈菌中具有特异性。     

基于SSR标记构建叶子花品种的分子身份证

以219个叶子花栽培品种为研究对象,在140对引物中筛选出20对多态性高的简单重复序列(SSR)荧光标记引物对219个品种进行扩增,共扩增出414条带型,平均每对引物扩增出20.7条;20对引物的多态性信息含量(PIC)为0.189～0.823,平均值为0.696,当PIC>0.50时可以认为该引物为高度多态性信息引物;20对引物在219个品种中共检测出219个等位基因,平均每对引物检测出10.95个;20对引物在219个品种组成的群体中,其平均有效等位基因数为4.212个,平均Shannon多样性指数为1.633,平均观测杂合度为0.430。在构建叶子花品种分子身份证方面,通过SSR标记技术,根据PIC的高低选择引物组合,采用数字与英文大小写字母相结合的方法,对不同长度的扩增片段进行赋值,最终用20对引物构建了219个叶子花品种的分子身份证,并通过在线软件进一步转换成唯一可识别的品种信息二维码。叶子花品种分子身份证和信息二维码的构建,可避免出现由于品种繁多及命名混乱而导致的同名异物和同物异名的现象,促进品种知识产权保护,做到种质可追溯。     

无花果品种的RAPD及SSR指纹分析

本研究利用RAPD和SSR分子标记技术,对11个无花果(Ficus carica)品种进行了分析。结果表明,28条RAPD随机引物可以有效鉴别出其中3个品种,其余8个品种可被归为3组;其中,引物S1259的鉴别效率最高。另外,8对来自无花果基因组的SSR引物分析表明,引物对MFC1和MFC4均能直接鉴定出其中的2个品种。将其扩增结果结合分析,得到了与RAPD分析相似的鉴定结果。     

RSAP标记技术新引物设计及其反应体系的优化

【目的】对限制性位点扩增多态性(Restriction site amplified polymorphism,RSAP)标记技术进行改进,并优化了其反应体系。【方法】遵循引物设计原则,使限制性位点序列位于中间,在其3′端增加3个选择性碱基,5′端设计为10~12个碱基的随机序列,设计了14条长为19 bp的限制性位点扩增多态性(RSAP)新引物。以大白菜、紫菜薹自交系及其F1、F2的DNA为模板,对新引物的反应体系进行了优化,并对其重复性和适用性进行了检验。【结果】新设计引物PCR扩增的前5个循环退火温度为35℃,后35个循环为52℃;在25μL优化反应体系中,模板DNA用量为2.0μL(20.0 ng/μL)、Mg2+3.0μL(25 mmol/L)、Taq酶(5 U/μL)1.5 U、dNTPs 2.0μL(2.5 mmol/L)、引物各0.6μL(10μmol/L);新引物扩增出的谱带较原引物更多,多态性更好;只改变选择性碱基,新设计引物就能扩增出新的谱带;新设计引物的重复性、稳定性好,在荞麦和小麦品系,以及紫菜薹、大白菜及其F1、F2中,新引物均能扩增出清晰谱带。【结论】新引物适用性和重复性好,可广泛应用于其他作物的基因组DNA分析。     

利用RAPD标记对我国主栽的协优杂交稻及其亲本进行区别与鉴定

用５００个随机引物,对我国主栽的协优杂交稻组合及其双亲进行ＲＡＰＤ分析,发现２８个引物能够在供试材料中产生多态性差异,其中,８个引物所产生的１１条多态性标记带具有清晰、可靠、易于分辨的特点,适于用作协优杂交稻及其双亲的区别与鉴定。使用引物ＰＬＤ１２能够将协优６４与其双亲乃至所有供试材料加以区别,使用引物ＰＷＰ１３,可以将协青早Ａ与协青早Ｂ加以区别,结合使用引物ＰＬＣ１１、ＰＬＤ１２和ＰＷＰ１３,则可以将所有供试材料逐一加以区别。