新疆主栽骨干棉花品种指纹图谱构建及纯度鉴定

【目的】构建新疆主栽骨干棉花品种的指纹图谱,分析棉花品种纯度,为棉花品种提供分子鉴定依据。【方法】以典型代表性的新疆北疆早熟棉花主推骨干棉花品种为材料,利用SSR分子标记技术从1 000多对SSR引物中筛选出稳定性好、多态性高的25对核心引物构建指纹图谱,从核心引物中筛选10对引物作为标记,分析4个棉花品种的纯度。【结果】检测到等位基因数70个,每个标记检测到的等位基因数介于2~7个,平均2.8个;引物多态信息量(PIC)值介于0.169 0~0.872 9,平均值为0.688 3;利用4个特征引物将4个棉花品种一次性完全区分开,构建供试品种的指纹图谱;利用10对引物检测4个品种的纯度,新陆早6号纯度变化范围85%~100%,系62纯度变化范围95%~100%。【结论】构建了4个棉花品种的指纹图谱及鉴定纯度,系62号纯度最高,为99.5%,新陆早6号纯度最低,为92.0%。     

百棉3号、百棉018杂交种及其亲本SSR指纹图谱构建

以我国不同生态棉区种植的33份棉花自交系品种和1份棉花杂交种品种为背景材料,构建了百棉3号、百棉018杂交种及其亲本的SSR指纹图谱.20对核心引物分属棉花15条染色体,共检测到¨6个等位基因,平均5.8个;多态信息含量(PIC)值平均为0.723.引物NAU2627、NAU1255、NAU1043、NAU1085在百...     

陆地棉开花期QTL定位

利用5391对棉花SSR引物筛选亲本(渝棉1号和T586)间的多态性引物,以多态性引物检测(渝棉1号×T586)Fz∶7重组近交系群体270个株系的标记基因型,并构建陆地棉遗传连锁图谱.采用区间作图方法进行开花期相关的QTL定位,共检测到5个QTL,分别定位在第5,10,16,21和26染色体,5个QTL的加性效应分别为-0.73,-0.68,-0.9,1.07和-0.86,分别解释表型变异5%,4.7%,8.1%,10.9%和7.1%.研究结果表明:棉花开花期为多基因控制.     

陆地棉开花期QTL定位

利用5391对棉花SSR引物筛选亲本（渝棉1号和T586）间的多态性引物,以多态性引物检测（渝棉1号×T586）F2：7,重组近交系群体270个株系的标记基因型,并构建陆地棉遗传连锁图谱．采用区间作图方法进行开花期相关的QTL定位,共检测到5个QTL,分别定位在第5,10,16,21和26染色体,5节QTL的加性效应分别为-0．73,-0．68,-0．9,1．07和-0．86,分别解释表型变异5％,4．7％,8．1％,10．9％和7.1％．研究结果表明：棉花开花期为多基因控制．     

棉花种间SSR标记遗传图谱的构建

[目的]利用已有的棉花种间分子遗传连锁图谱信息,在陆地棉和海岛棉之间筛选具有共显性差异的SSR标记,并用这些标记构建新疆棉花海陆杂交BC1群体的遗传图谱.[方法]使用BioMercator软件比较分析10张不同群体(亲本不同)构建的遗传图谱,选择至少已在3个不同的群体中被定位,且在不同的图谱中被定位在同一条染色体上的SSR标记作为候选标记.将候选标记在多个陆地棉和海岛棉品种间进行多态性检测后,利用具有共显性差异的标记对陆海杂交BC1群体进行基因型分析,使用Joinmap软件构建遗传连锁图谱.[结果]从5 501对SSR引物中初选了763对,经检验具有多态性的引物403对,多态性比例为53;.选用其中77对引物在5个陆地棉和5个海岛棉之间进行扩增,有21对SSR引物在所有的亲本之间均具有多态性.77对SSR引物对BC1群体[(Gh line 565×Gb新海25号)×Gh line 565]的94株材料基因型进行检测,构建了一张由53个SSR标记,16个连锁群组成,全长为643.4 cM的遗传连锁图谱.[结论]利用77个SSR标记构建了棉花种间遗传图谱.为新疆棉花遗传图谱的绘制提供较准确的锚定标记和有育种潜力的共显性差异标记.     

结球甘蓝西园六号种子纯度的SSR和SRAP鉴定

用SSR和SRAP标记技术对结球甘蓝西园六号进行品种纯度鉴定,从94对SSR引物和109对SRAP引物 中分别筛选出4对条带清晰、多态性较高且具有高度区分度的引物.依据8对引物在西园六号及其亲本的聚丙烯酰 胺凝胶电泳检测结果,构建了清晰的品种指纹图谱.通过对特异片段的序列分析,比较了亲本特异片段的碱基差异 并揭示了杂交后代中产生非亲条带的本质,将SSR转化为SCAR标记.SSR和SRAP分子标记构成的DNA 指纹 图谱及SCAR标记,为西园六号品种纯度快速鉴定提供了科学依据.     

陆地棉VR018抗黄萎病QTL定位

黄萎病是棉花生产中的主要病害。由于陆地棉中严重缺乏高抗黄萎病的品种,棉花抗黄萎病育种研究进展缓慢。本研究室从泗棉3号与中植棉2号杂交后代中选育获得1个黄萎病抗性显著提高的新品系苏VR018,利用3 100对SSR引物对泗棉3号和苏VR018进行多态性分析,获得具有多态性的标记32个;以苏VR018为母本,泗棉3号为父本,杂交构建包含312个单株的F2群体,构建包含17个位点和6个连锁群的连锁图谱。F2∶3家系接种落叶型黄萎病菌V991,调查抗病性,通过复合区间作图法共检测到4个与棉花抗黄萎病相关的QTL,分别位于染色体A5、染色体D5、染色体D5和染色体D6染色体上,表型贡献率分别为6. 41%、3. 78%、4. 61%和5. 78%。单标记分析检测到与黄萎病抗性显著关联的位点5个,分别为NAU3212、MGHES40、DPL209、CIR181和NAU5204,解释表型变异分别为6. 38%、1. 50%、2. 80%、2. 10%和2. 20%。本研究为深入解析中植棉2号的抗黄萎病遗传机制奠定了理论基础。     

马铃薯DNA提取及SSR标记分析

快速、准确地鉴定马铃薯品种和进行纯度分析,对于马铃薯种子质量标准化、品种审定、假种辨别等均具有重要作用。试验利用SDS提取液提取的马铃薯DNA,质量好、无降解,满足SSR分子标记的要求。利用4对引物(STM001、STM002、STM003、STM004)对黑龙江省7个主栽品种进行SSR标记,共获得144条多态性条带,平均每对引物扩增出36条特异性条带,每个样品平均有20.6条目的条带。4对引物PIC值均在0.8以上,STM001、STM003、STM0043对引物对7个马铃薯品种的区分率为100%,STM002的区分率为85.7%,能区分6个马铃薯品种。相似度分析表明,荷兰15与克新1号品种简单匹配系数最高,为0.788,荷兰15与早大白、早大白与黄麻子间遗传相似程度最低。试验重复性测试结果表明,SSR标记试验重复性好、结果稳定可靠,可以作为马铃薯品种纯度鉴定的方法在实践中应用。     

IT-ISJ标记及其在陆地棉遗传图谱构建中的应用

【目的】开发可用于植物遗传多样性分析和遗传图谱构建的新型标记。【方法】根据植物结构基因内含子拼接位点的保守序列,设计扩增内含子的内含子-外显子拼接位点（intron targeted intron-exon splice junction,IT-ISJ）标记引物,并用于陆地棉遗传图谱构建。【结果】利用704个IT-ISJ引物组合,对陆地棉高品质品种渝棉1号和多显性基因标记系T586进行多态性筛选,获得49个多态性引物组合,占筛选引物的7.0%。49个多态性引物组合在（渝棉1号×T586）F2:7重组近交系群体270个系中检测到58个位点。以58个IT-ISJ、150个SSR和8个形态标记进行连锁分析,构建的遗传连锁图包括22个连锁群、113个位点（49个IT-ISJ、62个SSR和2个形态标记）。连锁图覆盖714.5 cM,占棉花基因组的16.1%,标记间平均长度为6.3 cM。【结论】IT-ISJ标记多态性高,可有效地用于陆地棉遗传连锁图谱的构建。     

棉花抗黄萎病的RAPD标记

以抗黄萎病品种豫棉 2 1号和感黄萎病品种冀棉 11号的杂交F2 为材料 ,采用分离群体分组混合(BulkedSegregantAnalysis,BSA)分析法 ,用RAPD引物筛选出豫棉 2 1号黄萎病抗性的RAPD标记OPB -1913 0 0 。该标记与棉花黄萎病抗性的交换值为 12 .1% ,遗传距离为 12 .4cM。     

利用四交群体构建陆地棉栽培品种间的SSR标记遗传图谱

作物遗传作图与QTL定位常应用在源于两自交系的单交群体上,是利用2个亲本之间的遗传多态信息;而育种实践中经常用到的四交群体却很少用于遗传作图。本研究将异交物种中F1分离群体的作图方法应用于常异花授粉作物棉花上,以4个陆地棉栽培品种泗棉3号、苏棉12、中4133和8891为亲本,构建陆地棉品种间四交作图群体泗棉3号/苏棉12//中4133/8891,利用JoinMap3.0构建了1张陆地棉栽培品种间的SSR标记遗传图谱。该图谱由56个连锁群组成,总长为2113.3cM,含有286个SSR多态位点,覆盖率达42.3%;单个连锁群的标记数2~24个,平均5.2个;长度为0.37~125cM,平均38.4cM;标记间的平均距离为7.4cM。这是目前报道的第1张覆盖率达40%的陆地棉栽培品种间的分子标记遗传图谱。     

棉花育种中黄萎病抗性连锁SSR标记辅助选择的效果

利用长江流域棉花(Gossypium spp.)育种重要亲本苏棉12和荆55173(感黄萎病)与抗黄萎病资源Sicala V1和中21373配制两套感病×抗病杂交组合(苏棉12×Sicala V1和荆55173×中21373),在其杂交组合的自交子代群体中挑选与黄萎病抗性相关的9个SSR(Simple sequence repeat)标记实施分子标记辅助选择(Marker-assisted selection,MAS)育种。结果表明,通过单标记选择,8个SSR标记的aa与AA两种基因型个体间的黄萎病校正病情指数(Correction disease index,CDI)差异达到极显著或者显著水平。利用多元逐步回归分析得到的单标记、双标记以及多标记3种筛选方法的效果,结果表明合理采取多个有效标记同时筛选能够提高选择的准确度。     

柑橘栽培品种（系）DNA指纹图谱库的构建

 【目的】构建柑橘栽培品种（系）的DNA指纹图谱数据库,为建立柑橘种苗纯度及真实性鉴定技术体系和技术规范奠定基础。【方法】利用SSR标记和ISSR标记对102个柑橘栽培品种（系）进行DNA指纹分析,筛选适合的特征引物,构建柑橘栽培品种（系）的指纹图谱数据库。【结果】从200对SSR引物中筛选到重复性好、多态性丰富的12对引物作为柑橘品种（系）鉴定的特征引物,12对SSR特征引物组合可鉴别42个品种（系）;在此基础上,对未出现SSR特征指纹的60个品种（系）进行ISSR指纹分析,从40个ISSR引物中筛选到2个可用于品种鉴定的特征引物,结合SSR标记,可快速、准确地鉴别70个柑橘的品种（系）。并利用这12对SSR特征引物和2个ISSR特征引物构建了70个柑橘栽培品种（系）的DNA特征指纹图谱数据库。【结论】SSR和ISSR标记适于构建柑橘栽培品种DNA指纹图谱库;指纹图谱库的建立为柑橘种苗纯度及真实性鉴定奠定了基础。     

陆地棉分子遗传图谱的构建

利用SSR引物对具有抗黄萎病性状的F2群体进行分子遗传图谱构建研究.结果表明:2 000对SSR引物在对新陆中10号和军棉1号的多态性筛选中,共筛选到73个稳定的SSR多态性位点.对73个多态性位点在F2群体中进行了验证,χ2 测验表明有6标记位点明显偏分离,67个标记符合χ2 测验,其中共显性标记为61个,显性标记6个;利用Mapmaker/EXP(version 3.0 b)对67个标记构建了连锁群,其中47个标记位点被分配到14个不同的连锁群上,20个标记位点没有分配到连锁群上;14个连锁群总的长度542.7 cM,覆盖棉花基因组的12.2;.首次N1211标记定位在A01染色体上,将N1187标记定位在D08染色体上.     

利用SSR标记鉴定抗虫三系杂交棉邯杂429的纯度

以三系杂交棉邯杂429及其亲本为试验材料,进行了SSR分子标记。从196对引物中筛选到3对带型稳定、在杂交种中呈现双亲互补型的SSR引物,为该杂交种纯度的快速鉴定奠定了基础。结果表明：利用SSR分子标记技术结合单粒棉种DNA快速提取方法,可以快速、准确地鉴定棉花杂交种的种子纯度。     

基于SSR荧光标记的MCID快速鉴定13个湖北茶树品种

[目的]通过人工绘制品种鉴别图(Manual cultivar identification diagram,MCID)快速区分鉴别湖北茶树品种,为湖北茶树种质资源评价、品种保护及苗木纯度早期鉴定提供技术支持.[方法]以湖北省13个优良茶树品种为材料,利用30对均匀分布于遗传连锁图谱上的SSR荧光引物进行PCR扩增,并用荧光标记毛细管电泳检测扩增产物以筛选出核心引物,利用MCID法构建CID图谱.[结果]30对SSR引物共扩增出145个等位基因,各引物等位基因数为3~9个,平均每对引物为4.83个;共检测到194个基因型,各引物检测出的基因型为3~12个,平均每对引物6.47个;多态性信息量(PIC)为0.29~0.85,平均为0.58. 13个茶树品种的Nei's遗传距离为0.19~0.44.基于Nei's遗传距离,采用Neighbor-Joining(NJ)法可将13个品种分为三大类(Nei's遗传距离为0.16),结果表明地理来源相同的品种可能因为具有相似的遗传背景而聚在一起,也可能因为亲本来源不同而存在明显的遗传差异.利用筛选出的3对核心引物(TM547、TM552和TM107)可快速鉴别所有参试品种,通过MCID法构建的CID图谱可直观看出各参试茶树品种鉴定所需要的引物及其对应的基因型.[结论]基于SSR荧光标记的茶树品种MCID鉴定方法具有快速、准确、高效的特点,可用于湖北茶树良种知识产权保护、苗期鉴定及品种区分.     

淮安地区主栽小麦品种指纹图谱的构建及遗传多样性分析

利用分布在小麦42条染色体上的86对SSR引物,对24份淮安地区主栽小麦品种(系)基因组DNA进行PCR扩增,结果发现,86对SSR引物中有26对引物在24份材料之间具有稳定的多态性。利用这26对SSR引物所检测出的124个等位基因对24份淮安地区小麦主栽品种(系)进行遗传相似性分析,并在26对引物中选择其中6对多态性好、扩增带型清晰的SSR引物构建24份小麦品种(系)的指纹图谱。6对SSR引物构建的指纹图谱可以将24份小麦品种(系)逐一区分开来。24份小麦品种(系)间遗传相似系数的变异范围为0.54～0.92。采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数064处,可将24份小麦品种(系)分为4大类群,在一定程度上反映了品种之间的亲缘关系。     

棉花Ligon lintless纤维突变体SSR的分子标记定位

陆地棉Ligon lintless是单基因显性突变体,其性状表现为成熟的长纤维极度缩短,一般在4~6 mm,植株的叶片和茎呈扭曲状。本研究用陆地棉遗传标准系TM-1与棉花纤维突变体Ligon lintless的杂交一代(由于材料的特殊性即相当于回交一代BC1,后文称为BC1)的246个单株为作图群体,利用4000对SSR引物筛选出在双亲间表现多态性的引物28对,多态频率为0.7%。江利用这28对引物对BC1群体进行分析,共检测到23个多态性位点。用Joinmap3.0软件绘制连锁图,该图谱共覆盖168 cM,相当于棉花总基因组的3.74%,标记间的平均遗传距离为7.3 cM,将棉花纤维突变体Ligon lintless的L i基因连锁定位在22号染色体上。     

基于SSR标记的桃品种遗传多样性分析及遗传相似系数比较

【目的】利用NCBI数据库中桃的EST信息开发SSR引物,分析成都平原主栽桃品种的遗传多样性,探讨各遗传相似系数在桃SSR分析中的适用性,以期为桃种质资源的研究提供参考。【方法】利用来自NCBI-EST数据库的100对SSR引物对12个不同形态的桃品种进行PCR扩增,分析筛选20对多态性好、稳定性高且均匀分布于桃8个连锁群的引物对40个桃品种进行PCR扩增,并采用5个遗传相似系数分别对扩增结果进行分析。【结果】使用20对引物共检测出68个多态性等位基因位点,每对引物的等位基因数在2~5之间,平均为3.4。多态信息含量在0.36~0.73间变化,平均为0.54。Jaccard相似系数为0.106~1.000;Jaccard系数的共表型相关系数rc最高,为0.772;Dice系数次之,为0.719;Jaccard和Dice系数的系统树一致性最高,CI_c为1。Nei’s基因多样性指数在种级水平上和类群水平上分别为0.603和0.374,相应的Shannon’s信息指数分别为1.041和0.591。40个桃品种在聚类中首先分为观赏桃和食用桃2大类,再细分为各类群,聚类结果与传统系谱基本吻合。【结论】基于NCBI数据库中桃的EST信息开发的SSR引物多态性较好,可用于桃的SSR分析。Jaccard和Dice系数适合桃的SSR分析。桃品种总体遗传多样性较丰富,但水蜜桃品种仍需加强种质创新。