烟草赤星病菌遗传多样性的ISSR和RAPD标记比较分析

采用ISSR和RAPD 2种分子标记方法对来自不同地区的28份烟草赤星病菌进行遗传多样性分析,筛选后选用10个ISSR引物和10个RAPD引物,ISSR扩增出多态性条带112条,多态性条带百分率为86.82%,菌株间相似性系数为0.53～0.97;RAPD引物扩增出多态性条带70条,多态性条带百分率为81.39%,菌株间相似性系数为0.57～0.94;用SPSS17.0软件对2种标记遗传距离进行相关性分析,发现2种分子标记结果呈显著正相关,表明2种分子标记方法都适合于烟草赤星病菌遗传多样性研究,ISSR是一种多态性优于RAPD的标记技术。根据2种标记的结果,利用NTSYS软件按UPGMA方法进行聚类分析,发现烟草赤星病菌遗传多样性与地理差异没有显著相关性。     

40株尖镰孢菌SRAP遗传多样性分析

[目的]明确尖镰孢菌种内遗传多样性与亲缘关系为尖镰孢菌的分类鉴定及该类病害综合防控提供理论依据。[方法]本试验利用筛选出的12对SRAP引物,对40株尖镰孢菌进行PCR扩增,用POPGENE Version 1.32软件计算遗传多样性参数,用NTSYS-pc Version 2.10s软件对供试菌株进行聚类分析与主成分分析。[结果]共扩增出125个谱带,多态性位点比例达100%,平均每对引物产生多态性条带10.4条。供试菌株的平均Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.1 876和0.3 139。晋中地区菌株的Nei's基因多样性指数和Shannon's指数均最大(0.172,0.2876),遗传分化水平最高,多样性最丰富。地理群体间遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.3 106、1.1 098,省内3个居群间的遗传距离较其与河北居群间的遗传距离近,表明4个尖镰孢菌群体间存在一定的遗传分化,群体内遗传多样性大于群体间的多样性。地理群体间遗传距离与地理距离存在一定的相关性。聚类与主成分分析结果表明,菌株SRAP类群划分与其寄主和地理来源没有明显相关性。[结论]供试尖镰孢菌遗传分化明显,但亲缘关系相对较近。     

云南球孢白僵菌的遗传多样性研究

 球孢白僵菌是一种广谱性虫生真菌,在害虫种群的自然控制中发挥着重要作用。为弄清云南省球孢白僵菌种群的遗传多样性,丰富云南虫生真菌多样性内容,本研究采用ISSR分子标记技术对云南不同地区及不同寄主来源的39个球孢白僵菌菌株的遗传多样性进行了分析。结果表明,有11个ISSRs可用于39个球孢白僵菌菌株群体PCR扩增,每个引物扩增5～15条DNA带。供试39个球孢白僵菌菌株群体的多态位点百分率(PPL)达99.09％,不同寄主来源亚种的Nei基因多样性(He)为0.3478,居群间的基因分化系数(Gst)为0.0724,总基因多样性(Ht)为0.3518,亚种群内基因多样性(Hs)为0.3263,不同寄主亚种群间的基因流(Nm)为6.4044;不同地理来源白僵菌种群Nei基因多样性指数He为0.3444,Shannon 指数I为0.5152;总基因多样性Ht为0.3473,亚种群内基因多样性Hs为0.2131,亚种群间的基因分化系数Gst为0.3862。综合遗传多样性结果,云南省球孢白僵菌种群遗传结构复杂、遗传异质性明显,从寄主来源来看,居群间遗传变异较小,居群内遗传分化较大;从地理来源来看,居群间遗传变异较大,居群内表现遗传变异较小。     

陕西省苹果黑星病菌遗传多样性的AFLP分析

【目的】明确陕西省苹果黑星病菌的遗传多样性,为苹果抗病育种和黑星病菌的综合防治提供理论依据。【方法】利用25对AFLP引物,对采自陕西兴平、旬邑的46个苹果黑星病菌菌株进行群体结构和遗传多样性分析。【结果】25对AFLP引物共扩增出421个条带,其中多态性条带326个,占总带数的77.4%;陕西兴平和旬邑苹果黑星病菌AFLP多态位点比率为22.57%～69.83%,平均为47.74%;等位基因观测数为1.23～1.70,平均为1.48;有效等位基因数为1.16～1.46,平均为1.33;Nei氏基因多样性指数为0.09～0.27,平均为0.19;Shannon信息指数为0.14～0.39,平均为0.27;各类群间的Nei氏遗传相似系数为0.8151～0.9487,遗传距离为0.0527～0.2044;总的遗传多样性为0.29,群体内遗传多样性为0.18,群体间遗传多样性为0.11,遗传分化系数为0.38;陕西苹果黑星病菌菌株分为2大类,分离自旬邑嘎啦、兴平嘎啦、旬邑富士的菌株聚为一类,分离自旬邑红星、兴平红星、旬邑秦冠、兴平秦冠的菌株聚为另一类。【结论】陕西苹果黑星病菌菌株的遗传多样性与地理来源没有明显的相关性,而与寄主品种具有一定相关性。     

非洲桃花心木不同地理群体遗传多样性分析

应用SRAP 分子标记技术,对来自非洲的5 个不同地理群体非洲桃花心木的遗传多样性和遗传分化进行了分 析。结果表明:筛选出28 对SRAP 引物组合用于群体遗传分析,共扩增出条带77 条,其中多态性条带59 条,多态 性水平为76.62%;5 个群体遗传距离在0.036 1 ~ 0.131 7 之间,总的Nei爷s 基因多样性指数为0.209 3,总的 Shannon爷s 信息指数分别为0.330 0,遗传变异主要来自群体内个体间(70.04%),群体基因流(Nm)为1.185 8。      

陕西省油菜菌核病菌遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP分子标记技术对陕西省的144株油菜菌核病菌（Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary）和18株不同寄主来源的菌核病菌进行遗传多样性分析。从150对SRAP引物中筛选得到9对多态性高、稳定性好的引物组合,对不同地区的144株菌株进行PCR扩增共得到76条多态性条带,多态性比例为88.4%,相似系数为0.346~0.936。对不同寄主的18株菌株扩增后得到多态性条带62条,占总数的84.9%;相似系数为0.358~0.976。UPGMA聚类分析显示,不同地区的144株菌在相似系数0.658处被划分为4个类群,第Ⅰ类为汉中类群,主要菌株来源为陕南汉中各县,第Ⅳ类为安康类群,主要菌株来源为陕南安康2县,第Ⅱ与Ⅲ类为混合类群;不同寄主的18株菌在相似系数0.788时被聚为3个类群,其中83.3%的菌株聚在同一类群中但来自不同供试寄主;已知致病力的38株菌在相似系数0.730处被分为3个类群,A类群主要由相对较弱的致病力菌株组成,而B与C类群为致病力混合类群。以上研究结果表明,陕西省油菜菌核病菌存在丰富的SRAP多态性,其遗传多样性与地理来源为总体相关性不明显,与寄主种类及致病力差异也无显著相 关性。     

河南和河北冬小麦区假禾谷镰孢的遗传多样性

【目的】运用ISSR-PCR技术揭示中国河南和河北省冬小麦区6个地理群体小麦茎基腐病优势病原菌假禾谷镰孢（Fusarium pseudograminearum）的遗传多样性。【方法】利用筛选的17个ISSR引物对从河南和河北冬小麦区收集的166株假禾谷镰孢菌株进行扩增。根据群体扩增的结果,用POPGENE version l.32软件计算各项遗传多样性参数。根据不同地理群体的遗传相似系数,用NTSYSpc version 2.11软件进行群体聚类分析。【结果】从97个ISSR引物中筛选出了17个多态性较好的引物,用这17个引物对河南和河北冬小麦区的166株假禾谷镰孢菌株进行扩增,共扩增出234个DNA片段,其中多态性位点为218个,占总扩增片段的93.16%。平均每个引物可以扩增出13.76个条带,扩增产物大小在150-2 500 bp。POPGENE分析表明,6个地理群体的多态位点数在58-208,平均为124;多态位点百分率在24.79%-88.89%,平均为52.92%;有效等位基因数在1.1548-1.3293,平均为1.2584。遗传多样性分析表明,在地理种群水平上,Nei’s基因多样性指数在0.0897-0.2069,平均为0.1548;Shannon’s信息指数在0.1337-0.3257,平均为0.2368,这表明不同地理群体间存在一定的遗传变异。河南北部地区的Shannon’s信息指数和Nei’s基因多样性指数最高,表明该地区假禾谷镰孢菌株之间的遗传多样性最丰富。河南南部地区的Shannon’s信息指数和Nei’s基因多样性指数最低,表明该地区假禾谷镰孢菌株之间的遗传多样性最低。遗传相似性分析证明,河南北部地区假禾谷镰孢种群和河南东部地区种群最近,河南南部地区假禾谷镰孢种群和河南东部地区种群最远。6个地理群体间的遗传分化系数Gst为0.1571,群体内为0.8429,群体内多样性大于群体间的多样性。6个地理群体间的基因流Nm为2.6819,说明不同地理群体假禾谷镰孢菌株间存在较大的基因流动。6个地理群体总基因多样度Ht为0.1837,各地理群体内基因多样度Hs为0.1548,地理群体间基因多样度Dst为0.0289,这说明相同地理来源的菌株有具有较近的亲缘关系。在遗传相似系数为0.966时,可将6个地理群体划分为2个不同的类群。第Ⅰ类群包括河南北部、河南东部、河南中部、河北中部和河南西部地区,河南南部地区属于第II类群。【结论】河南和河北冬小麦区小麦茎基腐病假禾谷镰孢6个地理群体之间的遗传分化与其地理来源之间有一定的相关性,群体内多样性大于群体间,不同地理群体假禾谷镰孢菌株间存在较大的基因流动。     

亚侧耳遗传多样性的ISSR和SRAP综合分析

对全国范围内收集到的19个亚侧耳菌株的遗传多样性进行简单重复序列区间(inter-simple sequence repeat,简称ISSR)和序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,简称SRAP)分析。首先随机选取19个亚侧耳菌株中的3个样本对ISSR和SRAP引物进行基因组DNA的PCR扩增,最终成功筛选出13条ISSR引物和13对SRAP引物。利用这26个引物或引物对,以19个亚侧耳菌株的基因组DNA为模板进行PCR扩增,共获得301条稳定且清晰的DNA条带,其中285条具有多态性。聚类分析结果表明,在相似系数为0.70时,可将19个供试菌株分为5大类。利用ISSR和SRAP分子标记技术揭示了19个亚侧耳菌株的遗传多样性,为亚侧耳优良菌株的选育奠定了理论基础。     

辽宁地区主栽杨树品种的SRAP标记遗传多样性分析

采用SRAP分子标记技术对17个采自辽宁不同地区的杨树材料进行了遗传多样性研究。结果表明:利用31对SRAP引物共扩增出685个多态性条带,平均每个引物扩增出23.2条带,多态性比率为95.3%,各品种之间的遗传相似系数在0.3622～0.9475,平均相似系数为0.6549。通过UPGMA聚类分析将17个杨树材料分为4个群,其划分结果与传统分类基本一致,证明SRAP标记是一种适于杨树遗传多样性研究的分子标记技术。聚类结果表明,品种间遗传差异最小是银中杨和毛白杨,差异最大的是意大利45杨和毛白杨;2个小胡杨的种内遗传差异最小,而2个意大利45杨的种内遗传差异较大。     

甘肃省玉米大斑病菌交配型组成及遗传多样性分析

为明确甘肃省玉米大斑病菌交配型组成及遗传结构,利用交配型鉴定特异引物对采自该省不同地区的玉米大斑病菌进行交配型测定,并采用简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)分子标记技术对供试菌株进行遗传多样性分析。结果表明：甘肃省玉米大斑病菌主要包括3种交配型,即A交配型、a交配型和Aa交配型,其比例约为8∶8∶1。24条ISSR引物共扩增出136条条带,平均每个引物扩增出5.67条,其中多态性条带134条,多态性条带比例为98.53%。利用PopGen 32软件分析发现甘肃3个地区玉米大斑病菌间的亲缘关系更近,遗传距离均小于0.08;陇南地区与陕西省的菌株有更高的遗传相似度,为0.933 8;用NTSYS-pc软件对陇东地区的菌株聚类分析,发现ISSR类群的划分与菌株交配型间并没有直接关系。说明玉米大斑病菌遗传类群和交配型之间无明显相关性,但与菌株地理来源有一定的相关性。     

湖北省油茶种质资源的遗传基础研究

用ISSR和SRAP 2种分子标记技术对湖北省5个地区的48个油茶资源进行了遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明,无论是ISSR分析、SRAP分析,还是ISSR+SRAP的组合分析均显示油茶群体具有较高的遗传多样性。ISSR的6条引物共产生74条扩增带,多态性条带70条,多态性比例为94.59%;SRAP的11对引物组合共产生64条扩增带,其中有60条多态性带,多态性比例平均为93.75%;ISSR+SRAP的组合分析多态性比例为94.20%。2种分子标记及其组合所作的分类趋势基本相同,亲缘关系分析结果显示将5个地方居群分为2个类群,武汉新洲、黄冈红安、咸宁横沟桥和黄石阳新居群为一类,而恩施鹤峰居群单独为一类。     

白及种质资源遗传多样性分析

  目的  采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。  方法  从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。  结果  从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现:四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示:聚为一类的白及种源大多来自同一省份,云南省与四川省白及种源的遗传距离较近,浙江省和贵州省白及种源的遗传距离较近,说明遗传距离与地理距离存在一定的重合,但并不呈正相关。  结论  本研究所选白及种源间具有较高的遗传多样性,ISSR和SRAP标记技术均可有效揭示白及的遗传多样性和亲缘关系。图4表4参25     

福寿螺3个地理群体遗传多样性的ISSR分析

[目的]探讨我国不同地区福寿螺的遗传多样性和遗传结构。[方法]应用ISSR分子标记技术对我国江苏苏州、福建漳州、广东珠海3个不同地理群体福寿螺的遗传多样性和遗传结构进行了分析。[结果]从77个ISSR引物中筛选出3个引物对福寿螺3个群体60个样品进行扩增,得到33个清晰的扩增位点,多态位点为31个。江苏、福建和广东3个福寿螺群体的Shannon′s指数分别为0.353 6、0.424 70、.279 6,由此分析,其遗传变异主要来自于群体内个体间。福寿螺UPGMA聚类图显示,广东群体和福建群体首先聚在一起,再与江苏群体聚类。3个群体的遗传多样性处于相同水平上,且遗传多样性高低依次为福建群体>江苏群体>广东群体。[结论]3个地区福寿螺群体产生一定的遗传分化,表明福寿螺具有广适性的遗传特性。     

ISSR、RAPD和SRAP分子标记技术在姬松茸菌株鉴定上的应用比较

利用ISSR、RAPD和SRAP3种分子标记法对16株姬松茸菌株进行比较分析。结果表明其中8条RAPD、4条ISSR和2对SRAP引物适合姬松茸菌株鉴定分析,3种标记方法均将16个菌株分为3大类群,A0011+1和A0013为1类,A0009单独为1类,其余菌株为1类。3种分子标记法对姬松茸菌株鉴别的结果存在着一定差别。SRAP反应的遗传信息较丰富,比ISSR、RAPD检测到更大的遗传差异;RAPD引物扩增到的多态性条带数较多。     

广西种源红锥栽培群体遗传多样性评价

[目的]揭示红锥栽培群体遗传多样性水平和结构。[方法]采用ISSR分子标记技术对人工选育的广西3个种源的红锥居群进行遗传多样性分析。[结果]9条引物共扩增出113条带,其中62条具有多态性,多态位点比例(PPF)为54.87%,单个居群的多态带百分率PPF为46.90%～47.79%。在物种水平上,期望杂合度(Hpop)和Shannon信息指数(I)分别为0.1366和0.2198。遗传分化系数GST为0.1275,表明经人工选育后的红锥遗传变异发生在居群内的个体占87.25%,12.75%的遗传变异发生在居群间。各群体之间的遗传一致度I为0.9593～0.9765,红锥群体水平的基因流Nm为3.423。[结论]ISSR-PCR方法可以有效地揭示红锥栽培群体遗传多样性水平和结构。     

利用ISSR与SRAP分子标记分析金线莲种质资源遗传多样性

  目的  研究浙江与福建等地引种、杂交与野生的金线莲Anoectochilus roxburghii样品间遗传多样性和亲缘关系,为金线莲种质资源鉴定及优良新品种(系)选育提供科学依据。  方法  以48份新鲜金线莲叶片为材料,分别采用简单重复序列扩增多态性(ISSR)与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,各挑选11条(对)多态性好、扩增条带清晰的引物。经琼脂糖凝胶电泳成像后,统计其扩增条带数,运用NTSYS-PC 2.1和POPGENE 32软件进行非加权组平均法(UPGMA)聚类分析。  结果  ISSR分子标记技术共扩增出86条条带,其中多态性条带84条,多态位点百分率为97.67%;SRAP分子标记技术共扩增出88条条带,其中多态性条带86条,多态位点百分率为97.73%,ISSR和SRAP标记均表现出较高的多态性。不同样本间的遗传距离和遗传一致度表明:浙江省与福建省的金线莲种质混杂严重,而遗传多样性结果显示:福建省的金线莲种群遗传多样性更高。此外,基于ISSR和SRAP标记的UPGMA聚类结果显示:48份不同种源的金线莲依亲缘关系的远近可分为四大类,聚类的划分受到一定地域性的影响,但各地域的金线莲品种在这四大类中均互有混杂。  结论  金线莲在物种水平上遗传多样性较高,在各地区、各品种(系)间遗传交流频繁,ISSR与SRAP分子标记技术可以从分子水平上揭示浙江与福建等地金线莲的遗传多样性,且结合ISSR标记与SRAP标记的分析结果要优于单一的分子标记结果。图4表3参24     

应用ISSR和线粒体COI序列对不同地理种群双齿围沙蚕（Perinereis aibuhitensis）遗传多样性的分析

采用COI基因序列和ISSR分子标记对分布于我国大连（DL）、乳山（RS）、盘锦（PJ）、青岛（QD）、盐城（YC）、晋江（JJ）和朝鲜西海岸（CX） 7个地理种群双齿围沙蚕（Perinereis aibuhitensis）的遗传多样性和遗传结构进行了研究。10个ISSR引物在7个种群中共扩增出116条条带,其中多态性条带109条,总多态位点比率为93.97%,Neis基因多样性指数为0.365 2,Shannons信息指数为0.518 6,群体间遗传分化系数Gst值为0246 0。数据表明24.60%的遗传分化发生在不同地理种群间,76.40%的遗传分化发生在整个种群内,群体内分化大于群体间分化。对7个群体70个个体COI基因序列进行分析,对比长度包括469 个位点,其中变异位点68个,简约信息位点47个。在68个变异位点中,62个位点发生转换,6个位点发生颠换,简约信息位点率达9.611%,系统树分析表明供试群体内具有较高的遗传多样性,与ISSR分析结果相一致。该结果为科学有效的利用和保护沙蚕种质资源提供了理论依据。     

红锥天然群体和栽培群体的遗传多样性研究(英文)

[目的]调查红锥天然群体和栽培群体的遗传分化状况。[方法]以广东、广西、福建、云南、海南的5个红锥天然群体和广西的3个种源的红锥栽培群体为供试材料,用筛选出的9对ISSR引物,对8个群体共计151个个体进行ISSR分析。[结果]每对ISSR引物扩增出7～20条条带,共得到122条多态带。红锥天然群体在种群水平的多态带百分率P为59.84%,Nei基因多样性指数Hpop为0.1827,Shannon多样性指数(I)为0.2856,高于红锥栽培群体(P=54.87%,HPOP=0.1366,I=0.2198)。群体特异带及群体间共有带的差异与分布揭示了群体间的遗传差异及相似性,红锥天然群体遗传多样性主要存在于群体内,群体间的遗传分化系数Gst为0.99。在红锥的3个栽培群体中发现了类似的群体遗传结构(GST=0.1275)。UPGMA聚类分析结果表明,红锥天然群体间的遗传距离有随地理距离跨度增加而递增的趋势。[结论]红锥遗传多样性偏低可能与人为干预和环境破坏导致的种群缩小及生境片段化等因素有关;红锥种群遗传结构的形成则与其自身繁育机制密切相关。