利用SSR荧光标记构建20个高粱品种指纹图谱

为建立高粱种子纯度及真实性鉴定技术体系,构建高粱栽培品种DNA指纹图谱数据库是必要的。利用SSR荧光标记技术筛选出36对SSR荧光标记引物,构建我国高粱杂种优势利用以来中晚熟区主推的20个品种的SSR指纹图谱。36对SSR引物共扩增出235个等位基因,平均每个等位基因检测到多态性位点7个,多态性位点变化范围为2~12个。20个高粱品种36个SSR位点的遗传多样性指数和多态性信息量的变化范围分别为0.3490~0.8813和0.3144~0.8696,平均值分别为0.6976和0.6571。从36对SSR引物中筛选到多态性丰富的2对引物作为高粱品种鉴定的特征引物,2对SSR特征引物组合可区分所有供试品种。20个高粱品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。     

基于SSR和InDel标记的海南荔枝种质资源遗传多样性分析

为了解232份主要来自海南的栽培荔枝、半野生荔枝和野生荔枝的遗传多样性及其演化地位,摸清荔枝品种中存在的同名异物和同物异名问题;本研究依据获得的荔枝EST序列和基因组序列开发了一批SSR和InDel标记,利用这些标记对232份荔枝种质资源进行了遗传多样性研究;取6个荔枝品种DNA为模板,筛选出18对SSR引物和12对InDel引物应用于遗传多样性研究,检测到基因位点141个,等位基因变异数范围为2~11个,平均4.70个,多态性位点为139个,多态性位点比率是98.58%。UPGMA聚类分析发现,232份荔枝种质资源的遗传相似系数是0.66~1.00;发现SSR引物的多态性大于InDel引物;在遗传相似系数为0.76处,供试材料分为15类,多数来自海南的荔枝资源能一起聚类,海南11份野生荔枝资源分别聚类在5个类群中,说明海南野生荔枝资源的遗传多样性较丰富。研究将为进一步开展荔枝遗传改良和育种提供依据。     

山东省不同年代栽培大豆SSR标记遗传多样性分析

从分子水平探讨山东省大豆种质资源遗传多样性,为山东大豆今后的大豆育种和遗传改良奠定基础;对山东省36份不同年代材料进行SSR标记,计算遗传相似系数,并对供试品种进行UPGMA聚类分析;20对SSR引物共扩增出138个等位变异,平均每对引物扩增出6.9个等位变异.遗传相似系数的变化范围为0.66～0.97,总体平均值为0.78;相似系数大,品种间遗传差异较小.利用SSR标记的数据结果,对供试品种进行聚类分析,东解1号单独聚为一类,其他品种聚成2个类群,聚类结果表明其多样性与地理来源及系谱关系相关联,但从年代上并没有很好的划分.对山东大豆的多样性分析也有必要采取多种方法对其进行综合有效的鉴定.     

SRAP和SSR标记对马铃薯遗传多样性的差异分析

掌握宁夏地区主要马铃薯品种的遗传多样性,了解其遗传背景,明确各品种间的亲缘关系为马铃薯育种提供理论依据。利用SSR和SRAP 2种分子标记对47份马铃薯种质材料进行遗传多样性分析,并对2种分子标记结果进行比较。12对多态性SRAP标记共检测到180个多态性位点,平均每对引物检测到15个多态性位点,每个SRAP位点的PIC值为0.2~0.43,平均值为0.34;47份马铃薯种质资源遗传相似性系数为0.57~0.83。15对多态性SSR标记检测到80条多态性位点,平均每对引物检测到 5.3个多态性位点,每个SSR位点的PIC值为0.37~0.72,平均值为0.51;马铃薯种质材料遗传相似性系数为0.60~0.97。根据系谱资料分析发现,SRAP标记更适用于遗传关系较近材料的遗传多样性分析。宁夏地区主要的马铃薯品种遗传相似度较低,亲缘关系较远。     

桃遗传多样性的SRAP和SSR标记分析

采用相关序列扩增多态性(SRAP)和简单序列重复多态性(SSR)分子标记,对47份桃(Prunus persica)品种的遗传多样性进行了分析.选用带型清晰的19对SRAP引物和5对SSR引物对47份桃品种的基因组DNA进行扩增,共检测到82个多态性位点.平均每对引物组合产生3.4个多态性位点.应用NTSYS-PC (Version 2.1) 软件采用平均距离法(UPGMA)进行聚类分析.结果表明,47份桃品种的相关系数为0.501～0.842,从总体来看,所选取的47个桃品种相关系数相对较低,遗传多样性比较丰富.对聚类结果分析显示,大部分具有亲缘关系的品种及形态学、生物学特征相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的相符性.该研究结果对桃种质资源的鉴定,杂交亲本的选择具有一定的参考价值.     

中国88个马铃薯审定品种SSR指纹图谱构建与遗传多样性分析

为对马铃薯品种鉴别、优良杂交组合选配提供分子水平上的依据,利用SSR标记构建了中国2000-2007年审定的88个马铃薯品种的指纹图谱并进行了遗传多样性分析。以138对SSR引物对16份遗传差异较大的马铃薯材料的基因组DNA进行了扩增,筛选出10对多态性高、谱带清晰的引物。利用10对SSR引物对全部供试材料进行扩增及电泳检测,共检测到135个等位位点,其中133个为多态性位点,多态性比率达98.52%。每对SSR引物扩增出的等位位点数7~22个,平均13.5个,多态性信息量变化范围为0.7604~0.9375,平均0.8501。通过对电泳检测结果的统计分析,利用S180、S25、S7、S151、S184及S192等6对引物构建了88份供试材料的SSR指纹图谱。聚类分析表明,在相似系数0.620处,所有供试材料被被聚为一类,在相似系数0.652处,81.8%的材料仍然聚在一起,从分子水平上表明供试材料遗传基础非常狭窄。聚类分析结果与供试材料系谱来源有较好一致性,同一栽培区域育成的品种在不同程度上聚在一类。     

黑龙江省主栽大豆品种遗传多样性和群体结构分析

利用187对SSR标记对近25年（1992-2017）在黑龙江省栽培的202个大豆品种进行遗传多样性和群体结构分析。结果表明,从试验材料的基因组DNA中扩增出多态性位点808个,平均每对引物扩增出多态性位点4.42个;多态性位点最多的引物是satt703和satt311,均为10个;等位变异频率最高的引物是satt417和satt575,等位变异频率均为99.5%。供试品种间的遗传相似系数为0.283~0.930,平均值为0.519。同一个育种单位育成的部分品种具有较高的遗传相似性。群体结构、主坐标分析和NJ聚类将202个品种划分的结果是一致的,均为3个类群。类群中的部分材料血缘不是独立的,而是相互渗透的。     

SSR和SRAP标记揭示甘蓝型油菜遗传多样性的差异分析

分别用SSR和SRAP标记分析了来自国内外的19个甘蓝型油菜（Brassicanapus L.）品种间的遗传距离及其与选育年代的相关关系,并构建聚类图。从726个SRAP引物组合中筛选出23对多态性较好的组合扩增得到了234个多态性标记;35对SSR引物获得了138条多态性标记。结果显示,SSR标记揭示的遗传距离大于SRAP标记。SSR揭示的国内甘蓝型油菜品种间平均遗传距离大于国外品种,而SRAP标记得到的结果与SSR标记分析所得结果相反。SSR平均遗传距离与育成年代的相关性较小,SRAP平均遗传距离与育成年代存在一定的负相关,其相关系数为-0.34。研究认为,SRAP标记更适用于通过分析遗传距离以获得杂种优势;从种质资源保存的角度出发,使用SSR标记能较全面保证种质资源遗传多样性;结合SSR标记和SRAP标记即能从全基因组又能有重点的从功能基因组分析育种材料的遗传多样性,对于中长期的育种目标有较大的意义。     

基于SSR标记的黄瓜栽培品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

本研究利用筛选出的17对多态性高、条带清晰的SSR引物,以来源不同的32份黄瓜栽培品种为材料,进行遗传多样性分析和指纹图谱的构建。结果表明:筛选出的17对多态性引物共检测出78个基因位点,每个引物平均4.59个,其中,多态性扩增位点56个,多态性比例71.8%,引物多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)平均值为0.62,变化范围为0.30～0.87;32份黄瓜栽培品种的遗传相似系数(genetic similarity, GS)介于0.560～0.947之间,平均值为0.797,采用UPGMA法进行聚类,在遗传相似系数(GS)为0.760处可将32份黄瓜品种聚为5类;利用这17对SSR引物构建的指纹图谱能够有效区分所有供试材料,并且为每一份材料建立了一份独特的DNA指纹图谱,该结果可为今后黄瓜新品种选育及品种鉴定提供重要依据。     

采用AFLP和SSR标记对扁蓿豆遗传多样性进行比较分析

为了筛选出优异的扁蓿豆育种新材料,本研究采用AFLP和SSR分子标记技术对来自于中国7个省市自治区的15份扁蓿豆种质资源进行遗传多样性的比较分析,结果表明:18对SSR引物扩增出109个多态位点,8个AFLP引物组合扩增出640条带,其中472条多态带.AFLP标记的平均Nei′s遗传多样性指数、Shannon多样性指数和遗传分化系数均高于SSR标记.15份扁蓿豆种质的遗传距离和遗传相似系数与地理类群很接近.AFLP和SSR数据的聚类分析显示:15份扁蓿豆种质分为4大类,但是聚类结果与地理类群不完全相符,主成分结果与聚类结果相似,Mantel 检测表明:AFLP和SSR数据有较高的显著相关性,AFLP和SSR标记能够有效地对扁蓿豆进行遗传多样性分析,其结果为扁蓿豆育种和资源保护具有指导意义.     

采用AFLP和SSR标记对扁蓿豆遗传多样性进行比较分析（英文）

为了筛选出优异的扁蓿豆育种新材料,本研究采用AFLP和SSR分子标记技术对来自于中国7个省市自治区的15份扁蓿豆种质资源进行遗传多样性的比较分析,结果表明:18对SSR引物扩增出109个多态位点,8个AFLP引物组合扩增出640条带,其中472条多态带。AFLP标记的平均Nei's遗传多样性指数、Shannon多样性指数和遗传分化系数均高于SSR标记。15份扁蓿豆种质的遗传距离和遗传相似系数与地理类群很接近。AFLP和SSR数据的聚类分析显示:15份扁蓿豆种质分为4大类,但是聚类结果与地理类群不完全相符,主成分结果与聚类结果相似,Mantel检测表明:AFLP和SSR数据有较高的显著相关性,AFLP和SSR标记能够有效地对扁蓿豆进行遗传多样性分析,其结果为扁蓿豆育种和资源保护具有指导意义。     

甘蔗品种的AFLP和SSR标记鉴定及其应用

品种遗传多样性和指纹图谱是育种、品种权保护和新品种推广等工作的重要参考和依据。本研究选用38个来自国家甘蔗品种区域试验的甘蔗新品种(系), 以9对AFLP标记扩增出348个位点, 多态性位点248个, 多态性比率为72.26%; 15对SSR标记扩增出180个位点, 多态性位点176个, 多态性比率为97.78%。38个新品种(系)的遗传相似系数分布在0.668~0.847之间, 其箱线图分布特征显示, 其中的FN、MT、YZ、YG、GT等系列品种(系)遗传基础相似。通过UPGMA聚类表明, 可在遗传相似系数为0.732处将38个甘蔗新品种(系)划分为2个群体, 其中福农09-2201和桂糖06-1492作为一个子群体最先被划分出来, 它们在群体中的异质性较强; 另外, 在遗传相似性系数为0.770处划分出一个子群体a, 其中包含参照品种ROC22、福农07-3206、福农40、海蔗22、桂糖09-12、柳城07-150等品种(系)。ROC22具有广适应性和高产高糖等优良特性, 子群体a中的另外几个品种(系)则更有可能拥有这些特性, 具有更高的推广潜力。本研究选择60个SSR位点构建了38个甘蔗新品种(系)的指纹图谱, 对品种鉴定及品种权的保护具有重要作用, 可望直接应用于指导甘蔗种质资源的遗传多样性评价和分子指纹图谱鉴定, 并将为这些品种(系)推广布局或作为杂交亲本利用提供参考和借鉴。     

豇豆种质资源SSR标记遗传多样性分析

从46对备选的豇豆SSR引物中鉴定筛选出扩增带单一、稳定清晰且多态性强的13对引物。用这13对引物,对来自中国、非洲和亚洲其他国家的共316份栽培豇豆[Vigna unguiculata (Linn) Walp.]资源的DNA进行SSR扩增,以研究其遗传多样性。结果共检测到47个等位位点,平均每对引物扩增出3.692个等位位点,有效等位基因平均2.003个;5对SSR引物VM16、VM26、VM20、VM25和VM23,对于检测豇豆遗传变异最为有效。UPGMA聚类图显示,13对SSR引物即能将其中的260份参试资源区分开,其中国内、外资源差异明显,被划为2大类群;国内资源类群又可分为与地理来源的气候生态区明显关联的2个北方组群、4个南方组群和2个混合组群,8个组群间相对独立又相互渗透;国内育种高代材料的遗传多样性狭窄。     

苹果栽培品种的微卫星标记鉴定

利用SSR标记技术,根据11对引物的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱分析了20个主要苹果栽培品种的遗传多样性。共扩增出163个位点,其中多态性位点74个,每对引物的多态位点百分率在33.33－63.16%之间。利用NTSYSpc2.1软件进行相似性系数计算,并构建聚类树状图,可将供试苹果品种分为四大类,与传统系谱分类基本一致,并初步建立了一个供试苹果品种的SSR基因型图谱库,为建立中国苹果品种的SSR基因型数据库奠定了基础。说明SSR分子标记技术应用于苹果品种鉴定和品种权保护是可行的。     

非洲水稻种质资源SSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析

本研究利用均匀分布于水稻12条染色体上的36对SSR引物,以57份来自非洲和5份国内生产上的骨干品种为试验材料,进行遗传多样性分析和SSR指纹图谱的构建。结果表明:36对引物在供试材料中都具有多态性片段,共检测到192个等位基因,平均每位点5.3个等位基因;每个标记的多态性信息含量(PIC)为0.181~0.823,平均值为0.570,从中筛选出在供试材料中多态性好、扩增稳定、杂带少且PIC比较高的18个引物为核心标记构建指纹图谱。采用非加权类平均法进行聚类分析,结果显示:62个品种在相似系数0.66处分为籼、粳两亚种类群;聚类树形图也能比较好地划分品种的地理来源。以等位位点的纯合性为指标,54个品种具有稳定的遗传基础。研究结果有助于优异水稻资源的创新利用,辅助杂交育种中的亲本选配,扩大栽培稻遗传基础进而提高产量、改良品质和抗性。     

大豆基因组SSR和EST-SSR在黄芪中的通用性分析

分子标记的种间通用性可降低其开发成本,提高利用效率,促进遗传研究较薄弱物种的分子遗传学研究。为开发黄芪SSR分子标记,本研究利用大豆的66对基因组SSR(G-SSR)和43对EST-SSR引物在黄芪基因组中进行通用性分析,并选出其中条带清晰易辨的23对引物对6种不同来源的黄芪进行遗传分析。结果表明:大豆G-SSR、EST-SSR引物在黄芪中的通用性比例分别为31.82%、76.74%,多态性引物分别占18.18%、53.49%,大豆EST-SSR在黄芪的通用性高于基因组SSR,且通用的大豆SSR标记可以用于不同来源黄芪的遗传多样性分析。本研究发掘的多态性SSR引物可以有效用于黄芪的分子遗传多样性研究。     

基于SSR标记新疆陆地棉的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

【目的】利用Simple sequence repeats(SSR)标记构建新疆近40年间审定的120个陆地棉品种的DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析。【方法】从586对候选引物中筛选得到78对多态性高、扩增稳定且均匀分布于棉花染色体上的引物,并用这78对引物构建120个陆地棉品种的DNA指纹图谱。【结果】78对核心引物在120个材料中检测到392个等位位点,其中多态性位点324个,多态性比率达82.7%。24个标记位点在17个品种上具有特征谱带。采用12对引物组合即可鉴定120个棉花品种。聚类分析显示,120个陆地棉品种遗传相似系数变化范围为0.50~0.96,平均为0.73,遗传相似系数偏高,表明新疆陆地棉品种的遗传基础较狭窄。【结论】引物组合法是构建DNA指纹图谱最有效的方法。遗传相似系数矩阵将120个陆地棉品种分为三大类群,与系谱来源较为吻合。     

水稻中以遗传多样性分析为基础的分子标记

一系列分子标记系统的有效性允许我们比较其中两种标记系统在估计不同分类单位相互关系时的效率。本研究的目的是用简单序列重复(SSR)标记和随机扩增多态DNA(RAID)标记来评价40个水稻(Oryza sativa L)栽培品种和5个野生近缘种的遗传多样性。用36个十体引物和38个SSR引物对扩增后评价了这些试样的多态性。在40个栽培品种和5个野生近缘种中产生了总共499个RAPD标记，具有90．0％多态性。在所使用的38个SSR引物对中，仅有1个位点即RM115是多态的。     

黑龙江省粳稻种质资源遗传结构分析

选用分布于水稻12条染色体上多态性好的44对SSR引物,对黑龙江省近年主栽品种和其他省份粳稻及国外粳稻品种共96份材料进行遗传多样性和群体结构分析,旨在了解黑龙江省水稻品种遗传结构和亲缘关系。结果表明,44对SSR引物共检测到141个等位基因,每个位点1~5个,平均3.2个;遗传相似系数(GS)变化范围为0.46~0.97,平均0.77;试验中第1,2,4,6号染色体SSR位点多态性高,而第12条染色体SSR位点多态性低;利用SSR标记分析数据和STRUCTURE2.2软件分析,全部供试品种可划分为7个亚群,分别命名为POP1,POP2,POPS,POP4,POPS, POPE和POP7;STRUCTURE模型群体结构分析与Nei’s遗传距离构建邻位相连聚类图分析结果基本一致。     

32个甜菜品种指纹图谱构建与遗传多样性分析

为了对国外引进的甜菜品种进行鉴别以及分析不同甜菜品种之间的亲缘关系,利用SSR标记构建了32份引进甜菜品种的指纹图谱并进行了遗传多样性分析。从101对SSR引物中筛选出了21对谱带清晰、易于识别的引物,这21对引物共检测出127个等位位点,其中多态性位点为107个,多态性比率为83.6%,每对SSR引物扩增出的等位位点数为2~11个,平均每对引物扩增出6.1个基因型,扩增的条带大小在90~500 bp之间。利用3对引物SB04,S6和S7的引物组合构建的指纹图谱就能够区分32个品种。聚类分析结果表明,在遗传距离0.17处,所有的供试品种被分为3类,从分子水平上说明甜菜品种之间的遗传基础比较狭窄。聚类分析结果与甜菜品种的来源具有很好的一致性,基本上是同一公司或者同一国别的品种被聚在了一起。