东北地区部分马铃薯品种遗传多样性的SSR分析

为对东北地区马铃薯品种鉴定提供分子水平上的依据,选用部分主栽品种（系）18 份,利用筛选出的18对多态性较好的马铃薯SSR引物进行扩增,对供试材料进行遗传多样性分析并构建指纹图谱。结果表明,供试材料共扩增出156个等位位点,其中146个为多态性位点,多态性比率达92.4%,扩增产物片段在100~800bp。利用STM1021、STI051、S170、S7、STI030、STPATP1和STM2023这7对引物构建了供试品种（系）的SSR指纹图谱。其中引物S7可以将18份品种（系）完全区分开。经聚类分析,在遗传相似系数0.61处,所有供试材可明显分为2个类群,其中14个品种（系）聚在一类,表明,聚类分析结果与供试材料来源有较好的一致性。从分子水平上表明供试材料的遗传基础较狭窄。     

32个甜菜品种指纹图谱构建与遗传多样性分析

为了对国外引进的甜菜品种进行鉴别以及分析不同甜菜品种之间的亲缘关系,利用SSR标记构建了32份引进甜菜品种的指纹图谱并进行了遗传多样性分析。从101对SSR引物中筛选出了21对谱带清晰、易于识别的引物,这21对引物共检测出127个等位位点,其中多态性位点为107个,多态性比率为83.6%,每对SSR引物扩增出的等位位点数为2~11个,平均每对引物扩增出6.1个基因型,扩增的条带大小在90~500 bp之间。利用3对引物SB04,S6和S7的引物组合构建的指纹图谱就能够区分32个品种。聚类分析结果表明,在遗传距离0.17处,所有的供试品种被分为3类,从分子水平上说明甜菜品种之间的遗传基础比较狭窄。聚类分析结果与甜菜品种的来源具有很好的一致性,基本上是同一公司或者同一国别的品种被聚在了一起。     

国家棉花区试新品种的SSR 指纹图谱分析

 以2009年度参加黄河流域国家棉花区试的57份参试品种为材料,运用筛选确定的22对多态性好、条带清晰的SSR引物对参试品种进行分子标记分析,共检测出145个等位位点,其中106个为多态性位点,平均每对引物4.8个,多态性比率平均达到72.7%,PIC平均值为0.661。利用106个多态性片段构建了这些品种的SSR指纹图谱。遗传聚类结果显示,在相似系数为0.98时,57个区试品种完全区分开;同一地区和同一单位育成的品种在不同程度上聚在一类,说明它们的遗传关系较近。     

非洲水稻种质资源SSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析

本研究利用均匀分布于水稻12条染色体上的36对SSR引物,以57份来自非洲和5份国内生产上的骨干品种为试验材料,进行遗传多样性分析和SSR指纹图谱的构建。结果表明:36对引物在供试材料中都具有多态性片段,共检测到192个等位基因,平均每位点5.3个等位基因;每个标记的多态性信息含量(PIC)为0.181~0.823,平均值为0.570,从中筛选出在供试材料中多态性好、扩增稳定、杂带少且PIC比较高的18个引物为核心标记构建指纹图谱。采用非加权类平均法进行聚类分析,结果显示:62个品种在相似系数0.66处分为籼、粳两亚种类群;聚类树形图也能比较好地划分品种的地理来源。以等位位点的纯合性为指标,54个品种具有稳定的遗传基础。研究结果有助于优异水稻资源的创新利用,辅助杂交育种中的亲本选配,扩大栽培稻遗传基础进而提高产量、改良品质和抗性。     

SSR分子标记对24个春小麦育成品种的聚类分析

为了进一步了解新疆春小麦品种的遗传基础,给春小麦育种工作提供有益参考,利用SSR分子标记技术对24个新疆春小麦育成品种进行了遗传背景分析。结果表明：41对SSR引物共检测到432个等位位点,其中多态性位点占93.1%,引物多态性信息量（PIC）平均0.86;聚类分析在遗传距离0.8处,供试春小麦品种可分为4个大类,具有亲缘关系的品种并不一定能聚成一类,说明新疆春小麦育成品种间具有很丰富的遗传差异。     

SSR荧光标记在80份荷花品种指纹图谱构建中的应用

本研究利用毛细管电泳技术对筛选出的8对SSR荧光引物进行检测,构建了80个荷花品种的指纹图谱。8对引物共检测到52个多态位点,多态位点数平均为6.5;多态性信息含量PIC值变化范围为0.41~0.81,平均为0.62。利用其中5对引物SSR022、SSR035、SSR468、SSR87和CL06可区分供试的80个荷花品种。利用获得的SSR指纹图谱数据,对80份荷花品种进行聚类分析,结果表明,在遗传相似系数0.435处供试荷花材料可分为7大类群。本研究利用SSR荧光标记技术,获得了供试荷花材料的指纹图谱,进一步分析了品种间亲缘关系的远近,可为荷花种质资源的分类及鉴别提供依据。     

山西省马铃薯主栽品种遗传多样性的SSR分析

利用SSR标记技术对山西省12份马铃薯主栽品种进行了遗传多样性分析。从60对SSR引物中筛选出11对多态性高、谱带清晰的引物,共检测到79个等位位点,其中,77个多态性位点,多态性比率达97.5%;S189、S151和STM001这3个引物扩增的DNA指纹图谱差异明显,可作为12份马铃薯品种间鉴别的分子依据;12份材料的遗传距离介于0.209 2～0.626 9之间,平均值为0.421 7。在遗传相似系数为0.632处,将12份材料划分为4类,第Ⅰ类有3个品种(费乌瑞它、大西洋和冀张薯8号),同薯24和紫花白分别归为第Ⅲ类和第Ⅳ类,其余7个品种归为第Ⅱ类(其中全部为山西省选育的马铃薯品种,亲缘关系比较近)。结果说明,山西省现有马铃薯主栽品种遗传基础比较狭窄,种间差异不大。     

甘肃省主栽马铃薯品种的SSR遗传多样性分析

本研究利用SSR标记技术,对42份甘肃省主栽的马铃薯品种进行了遗传多样性分析。研究表明,从206对SSR引物中筛选出11对多态性高、谱带清晰的引物,共扩增出124个等位位点,其中112个为多态性位点,多态性比率为89.5%。每对SSR引物扩增的多态性位点数为4~16个,平均10.2个;经NTsys 2.10聚类分析,在遗传相似系数0.611 8处,所有参试材料分为4个类群,显示甘肃省主栽马铃薯品种之间的遗传相似性较高,遗传基础较狭窄。     

利用SSR荧光标记构建20个高粱品种指纹图谱

为建立高粱种子纯度及真实性鉴定技术体系,构建高粱栽培品种DNA指纹图谱数据库是必要的。利用SSR荧光标记技术筛选出36对SSR荧光标记引物,构建我国高粱杂种优势利用以来中晚熟区主推的20个品种的SSR指纹图谱。36对SSR引物共扩增出235个等位基因,平均每个等位基因检测到多态性位点7个,多态性位点变化范围为2~12个。20个高粱品种36个SSR位点的遗传多样性指数和多态性信息量的变化范围分别为0.3490~0.8813和0.3144~0.8696,平均值分别为0.6976和0.6571。从36对SSR引物中筛选到多态性丰富的2对引物作为高粱品种鉴定的特征引物,2对SSR特征引物组合可区分所有供试品种。20个高粱品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。     

基于SSR标记的黄瓜栽培品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

本研究利用筛选出的17对多态性高、条带清晰的SSR引物,以来源不同的32份黄瓜栽培品种为材料,进行遗传多样性分析和指纹图谱的构建。结果表明:筛选出的17对多态性引物共检测出78个基因位点,每个引物平均4.59个,其中,多态性扩增位点56个,多态性比例71.8%,引物多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)平均值为0.62,变化范围为0.30～0.87;32份黄瓜栽培品种的遗传相似系数(genetic similarity, GS)介于0.560～0.947之间,平均值为0.797,采用UPGMA法进行聚类,在遗传相似系数(GS)为0.760处可将32份黄瓜品种聚为5类;利用这17对SSR引物构建的指纹图谱能够有效区分所有供试材料,并且为每一份材料建立了一份独特的DNA指纹图谱,该结果可为今后黄瓜新品种选育及品种鉴定提供重要依据。     

新疆彩色棉23个品种指纹图谱的构建及遗传多样性分析

以新疆截止2012年审定的23份新彩棉品种为材料,利用SSR标记进行DNA指纹图谱的构建和遗传多样性分析。从5000对SSR引物中,挑选出多态性高、稳定性好、均匀分布在棉花26条染色体上的52对引物,在23份新彩棉品种中筛选出核心引物47对,SSR扩增检测到多态性基因型位点数共计162个,每个标记检测到的基因型位点数在2~7之间,平均为3.45个;引物多态信息量(PIC)值介于0.4537~0.8686之间,平均值为0.7096。结果显示:在23份新彩棉品种中,14份品种采用特异或特征引物可以一次性区分开,其余9份品种需要采用引物组合来实现区别该品种与其他品种。最少选用18对特异引物及组合引物就可以完全区分开新彩棉1~23号品种。利用18对SSR标记构建了新彩棉1号至23号品种的指纹图谱。利用NTSYS-pcV2.10软件聚类分析表明:23个新彩棉品种遗传相似系数变化范围是0.3781~0.9298,平均为0.5511,表明新彩棉品种之间存在着丰富的遗传多样性。     

DNA Fingerprint Construction and Genetic Diversity Analysis Based on SSR Markers for Upland Cotton in Xinjiang

[Objective] The aim of this study was to construct a DNA fingerprinting database of 120 upland cotton cultivars from Xinjiang and to analyze their genetic diversity based on SSR markers. [Methods] Seventy-eight evenly distributed SSR primer pairs with high polymorphism and good repeatability were successfully screened out from 586 candidates to construct the fingerprinting database. [Result] A total of 392 alleles from 120 varieties were screened using 78 pairs of core primers, 324 of which were polymorphic loci with a polymorphism rate of 82.7%. Seventeen cultivars had specific genotypes determined using 24 primer pairs and 120 upland cotton cultivars could be identified by only 12 primer combinations. Cluster analysis indicated that genetic similarity coefficient for the 120 upland cotton cultivars ranged from 0.50 to 0.96, with an average of 0.73, indicating that upland cotton resources possess high genetic similarity and have an accordingly narrow genetic basis. [Conclusion] The primer combination method is one of the most effective methods for constructing DNA fingerprinting. The 120 upland cotton varieties were divided into three types with the genetic similarity coefficient matrix; these groups were strongly consistent with their pedigrees.     

SRAP和SSR标记对马铃薯遗传多样性的差异分析

掌握宁夏地区主要马铃薯品种的遗传多样性,了解其遗传背景,明确各品种间的亲缘关系为马铃薯育种提供理论依据。利用SSR和SRAP 2种分子标记对47份马铃薯种质材料进行遗传多样性分析,并对2种分子标记结果进行比较。12对多态性SRAP标记共检测到180个多态性位点,平均每对引物检测到15个多态性位点,每个SRAP位点的PIC值为0.2~0.43,平均值为0.34;47份马铃薯种质资源遗传相似性系数为0.57~0.83。15对多态性SSR标记检测到80条多态性位点,平均每对引物检测到 5.3个多态性位点,每个SSR位点的PIC值为0.37~0.72,平均值为0.51;马铃薯种质材料遗传相似性系数为0.60~0.97。根据系谱资料分析发现,SRAP标记更适用于遗传关系较近材料的遗传多样性分析。宁夏地区主要的马铃薯品种遗传相似度较低,亲缘关系较远。     

基于SSR标记的肇庆地区柑橘品种分类地位研究

评价广东省肇庆地区地方柑橘品种与其它部分柑橘属和近缘属植物的亲缘关系,为其分类和育种提供理论依据。从34对柑橘SSR引物中筛选到13对多态性较好的SSR引物,对8份肇庆地方柑橘品种和22份柑橘属、枳属、酒饼簕属植物材料进行PCR扩增,并采用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测,用遗传相似性和聚类分析等方法分析检测结果。13对引物共扩增出83条谱带,多态检出率为100%,通过聚类分析能够有效的区分柑橘属、枳属和酒饼簕属,以及柑橘属内的种、品种甚至品系。结果表明SSR分子标记技术能够用于肇庆柑橘种质资源分类地位研究,并且供试的肇庆地方柑橘品种亲缘关系较近。     

贵州马铃薯引进品种SSR分子标记及遗传多样性分析

为了鉴定马铃薯品种间的亲缘关系,采用5对SSR分子标记引物,对18个贵州马铃薯生产品种进行SSR分子标记及遗传多样性分析.结果表明:5对SSR引物共扩增出77个多态性条带,每个组合的多态性条带数为10～24不等,平均每个引物组合产生15.4个多态性条带.18个马铃薯材料之间的遗传距离范围在0.376 6～0.909 0之间,平均为0.701 1.经聚类分析,18个马铃薯材料在遗传距离0.57水平上全部聚为一类,以遗传距离0.60为基准,可明显聚为4个类群.第Ⅰ类包括5个材料;第Ⅱ类仅1个材料;第Ⅲ类包括4个材料;第Ⅳ类包括8个材料.     

A comparative assessment of DNA fingerprinting techniques (RAPD, ISSR, AFLP and SSR) in tetraploid potato (Solanum tuberosum L.) germplasm

Several DNA marker systems and associated techniques are available today for fingerprinting plant germplasm but information on their relative usefulness in particular crops is limited. The study investigated PCR based DNA fingerprinting in a set of 39 potato cultivars using RAPDs (20 primers), ISSRs (6 primers), AFLPs (2 primers) and SSRs (5 primer pairs). Results show that each of the four techniques can on their own, individually identify each cultivar, but that techniques differ in the mean number of profiles generated per primer (or primer pair) per cultivar, referred to as Genotype Index (GI). The order of merit based on this criterium and in this material was AFLPs (GI = 1.0), a multi-locus SSR (GI = 0.77),RAPDs (GI = 0.53), ISSRs (GI = 0.47) and single locus SSRs (GI = 0.36). Problems in relating banding patterns to individual loci and alleles for polyploid genomes, using these techniques as they are currently employed, are also discussed. This revised version was published online in July 2006 with corrections to the Cover Date.     

花生新品种汕油21种子纯度SSR标记鉴定体系的建立和应用

为探索花生品种纯度的分子标记鉴定方法,采用SSR标记构建不同花生品种的指纹图谱。结果表明:利用3对SSR标记引物构建20个花生品种的指纹图谱,该图谱可以将汕油21与其它19个花生品种进行区分,这些品种包括汕油162、汕油212、汕油31、汕油33、汕油71、粤油5号、粤油7号、粤油29、粤油32、汕油27、汕油523、粤油9号、粤油13、粤油14、粤油79、粤油114、J11、仲恺花1号和泉608等;以3对SSR引物对汕油21繁育种子60个样品进行种子纯度检测,共有2对标记引物检测到3个杂株样品,该种子批的纯度为95.0%。因此,利用SSR标记构建花生品种指纹图谱并应用于汕油21品种纯度鉴定是可行的。     

3个大豆品种及其骨干亲本的亲缘关系和指纹图谱分析

为了研究江苏淮北地区大豆推广品种及其骨干亲本的亲缘关系和指纹图谱,以3个淮豆系列品种及其8份骨干亲本品种为试验材料,利用CTAB法提取基因组DNA,采用SSR分子标记对11份大豆品种进行亲缘关系和指纹图谱分析。结果显示：利用筛选出的46对SSR引物在11个大豆品种中共检测出125个等位变异,每对引物可检测到2~5个等位变异。使用非加权类平均法进行聚类分析,大部分供试材料间的遗传变异较小,遗传相似系数为0.5781~0.9609。SSR标记遗传距离为0.0391~0.4219,平均0.2773。从上述引物中选取5个核心引物构建的指纹图谱能够鉴别3个淮豆系列品种。上述结果不仅用于品种鉴定及其知识产权保护,还为有效选配亲本拓宽遗传基础提供了理论基础和技术支持。