普安银鲫mtDNA D-loop序列多态性分析

为从分子水平探讨普安银鲫遗传多样性,运用PCR扩增和DNA直接测序技术,对25尾鱼的线粒体DNA的D-loop区段序列进行分析。结果表明:80%的普安银鲫mtDNA D-loop区全序列长度为923 bp,少数个体由于碱基缺失及插入为920 bp和924 bp;其序列中A+T平均含量(53.36%)高于G+C含量(46.64%);共发现36个变异位点,定义了10种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.017,单倍型多样度(Hd)为0.850,核苷酸多样性(Pi)为0.01376,平均核苷酸差异数(K)为12.660,普安银鲫存在丰富的遗传多样性。     

桑种质资源ITS序列与系统进化分析

目的分析桑ITS序列,为桑系统位置、进化关系、DNA指纹鉴别、育种亲本选择提供分子生物学依据。方法利用收集的73份桑资源,总DNA提取,PCR扩增,测序,并从GenBank下载桑科Moraceae,桑属MorusITS序列,软件分析ITS长度、变异位点、G+C含量、遗传分歧、同源性百分比差异、系统位置与进化关系。结果获得ITS完整序列,基本序列全长576bp,G+C含量59.55%。(ITS1:174bp,G+C含量61.49%,ITS2:302bp,G+C含量62.25%,5.8S:100bp,G+C含量48.00%)。序列比对表明,共166个变异位点,(ITS1:100,ITS2:66,5.8S:0),一些变异位点有明显的种性特征,可作为特异DNA指纹鉴别位点。最大遗传分歧4.0,山桑(M.bombycis)与其它栽培种遗传分歧0.9—1.4。基于ITS桑系统位置,在非洲硬木树(Milicia excelsa,MEU93585)与新西兰鹊肾树(Streblus glaber,DQ499105)之间,与非洲硬木树(MEU93585)亲缘关系最近。Mrbayes分析,新疆黑桑(M.nigra),北美默里桑(M.murrayana,FJ605515)最原始,进化顺序为新疆黑桑,北美默里桑→白桑(M.alba)→华桑(M.cathayana)→长穗桑(M.wittiorum)。结论ITS长度、G+C含量、变异位点均可作桑种质资源DNA特异指纹鉴别的依据,特别是碱基变异位点。桑属劳亚古陆(Laurasia)高纬度起源,由北向南迁移。桑属可由地理分布间接反映系统进化关系。     

伏牛白山羊mtDNAD—loop序列多态性和系统进化分析

为研究河南省伏牛白山羊的遗传多样性和系统进化,试验测定了该品种8个个体的线粒体控制区全序列,结果表明,山羊控制区线粒体控制全序列长度为1212bp或1213bp,A T含量占60.1%,其中40个核苷酸位点存在变异(约占3.30%),核苷酸多样度为1.562%,这些差异共定义了7种单倍型,单倍型多样性为0.964,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据伏牛白山羊序列和GENBANK两条野山羊序列构建了NJ分子系统树,聚类表明,伏牛白山羊和角骨羊单独聚在一枝上,二者亲缘关系较近,伏牛白山羊可能起源于角骨羊。     

桑属IIS、trnL-F、rps16序列与进化分析

[目的]分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值.[方法]67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系.[结果]桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576-590 bp,G+C含量为59.55%--62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920-924 bp,A+T含量为65.87%-66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923-929 bp,A+T含量为67.28%-67.49%,17个信息位点.3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率-混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点.分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑.[结论]桑属traL-F和rps16序列信,息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然.基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型.     

东北地区五个引进鸭品种的遗传多样性分析

通过线粒体D-loop区测序对东北地区的五个引进鸭品种(樱桃谷鸭、长岛鸭、北北京鸭、康贝尔鸭、白冠鸭)20个个体进行了遗传结构的分析,通过对mtDNA D-loop部分序列进行扩增,对PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了710bp的核苷酸序列.通过Mega软件对所得的序列进行比较,共检测出86个位点碱基存在变异,其中包括16个简约信息位点;利用Mega的"Pairwisedistance"计算个体间的相对遗传距离.结果表明:其序列差异在0.000～0.082之间,得出20个个体有18种单倍型;并构建了系统发育树.运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样度(Hd)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.01911、0.9842和13.3588.研究结果表明:鸭种群线粒体D-loop区序列个体变异程度很小.但种群的遗传多样性水平很高,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析.     

matK序列作为DNA条形码在中药鸡骨草中的应用

采用改良的CTAB法提取来自不同地区的9种中药鸡骨草的总DNA,利用豆科植物通用引物对matK序列进行PCR扩增,将扩增得到的序列提交到GeneBank中获得登录号.最后将所有序列进行聚类分析,计算种间及种内遗传距离,建立系统发育邻接树.结果表明,matK序列的全长为889～895 bp;不同植物之间的遗传距离较大,同种植物之间的遗传距离较小,且最大的种内遗传距离小于最小的种间遗传距离.因此,matK序列可以作为豆科植物的DNA条形码.     

贵州2种地方鲫鱼群体rDNA ITS-1序列分析

为探讨贵州省草海鲫鱼和普安鲫鱼群体的遗传变异和系统进化,对其rDNA ITS-1序列进行PCR扩增、测序分析。结果表明:24尾草海鲫ITS-1序列长度具有明显的多态性,分为296~297bp、300~301bp和337~339bp 3种类型;共发现1个多态位点、3个碱基插入和1个碱基缺失,其GC含量(70.8%)明显高于AT含量(29.2%)。14尾普安鲫ITS-1序列长度仅有1种为337~339bp,共检测到18个多态位点,存在1个碱基缺失和1个碱基插入,其GC含量为71.2%,远远高于AT含量(28.8%)。所有序列共产生11种单倍型,单倍型的平均遗传距离(P)以及平均核苷酸差异系数(K)草海鲫低于普安鲫;Tajima’s D和Fu and Li’s D中性检验表明,草海鲫未经历种群扩张,而普安鲫可能经历种群扩张。普安鲫遗传多样性较草海鲫丰富。     

蛇龙珠等酿酒葡萄品种羧酸酯酶基因片段的SNP分析

[目的]利用单核苷酸多态笥(SNP)分析蛇龙珠等酿酒葡萄的单核苷酸多态性及遗传亲缘关系,为今后研究酿酒葡萄的抗性机制以及培育抗病性葡萄提供参考。[方法]以酿酒葡蛇龙珠8个新株系(E01~E08)、品丽珠、赤霞珠为材料,以欧亚种黑比诺为对照,对羧酸酯酶基因(CXEs)片段进行克隆和序列分析,研究蛇龙珠等酿酒葡萄之间的遗传差异。[结果]序列对比显示,该基因片段在编码区和非编码区均存在不同程度的碱基替换。11份葡萄材料的基因片段共发现87个多态性位点,平均74 bp左右的序列长度上能够检测到一个SNP位点,核苷酸多样度(Pi)0.050 76±0.011 49,单倍型多样度(Hd)1.000±0.039,表现出丰富的遗传多样性。3种中性检验方法比较序列变异模式,结果符合中性生化模型。通过聚类分析可将蛇龙珠E02、E03聚为一类,E07、E08聚为一类,其遗传距离和地理距离一致。该序列片段存在一些突变,这些突变能将蛇龙珠8个新株系与其他酿酒葡萄品种明显区分。[结论]CXEs基因片段的突变位点可作为遗传标记,利用SNP方法可分析葡萄的遗传多样性和亲缘关系。     

部分桑树品种的SSR遗传多样性分析

利用SSR(Simple sequence repeat)技术对17个桑树(Morus alba L.)种质资源的遗传多样性进行了分析。结果表明,28对SSR引物扩增产物在17份桑树品种中均存在多态性;17份桑树品种间的遗传一致度变异范围为0.550 9~0.905 7,平均遗传一致度为0.728 3,大十与康利1号的遗传一致度为0.905 7。利用桑树品种间的遗传距离进行聚类分析,可将17个桑树品种分成4个大类。这一结果与《中国桑树品种志》上的形态学分类结果一致。     

骆马湖大银鱼、太湖新银鱼线粒体Cytb和COⅠ基因序列多态性分析

为了解江苏省骆马湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)和太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)遗传多样性水平,科学管理保护大银鱼和太湖新银鱼种质资源,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列作为分子标记,研究了骆马湖大银鱼和太湖新银鱼的遗传多样性。采用PCR扩增和序列测定获得长度为1 141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。64条大银鱼Cytb基因序列检出10个多态性位点,定义9个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.824±0.025和0.001 49±0.000 13,碱基平均差异数为1.696;64条大银鱼COⅠ基因序列检出5个多态性位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.753±0.025和0.001 98±0.000 13,碱基平均差异数为1.247。大银鱼遗传多样性具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。35条太湖新银鱼Cytb基因序列检出11个多态性位点,定义8个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.449±0.103和0.000 92±0.000 30,碱基平均差异数为1.045;35条太湖新银鱼COⅠ基因序列检出5个多态性位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.361±0.103和0.000 62±0.000 20,碱基平均差异数为0.393。太湖新银鱼遗传多样性具有低单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。大银鱼及太湖新银鱼的Cytb和COⅠ基因单倍型间的遗传距离较小,分子系统进化树聚为一支,说明大银鱼和太湖新银鱼单倍型未出现遗传分化。大银鱼和太湖新银鱼的Tajima’s D和Fu’s F_s中性检测结果为负值,且核苷酸错配分布图呈现单峰型,表明骆马湖大银鱼和太湖新银鱼进化历史上经历过种群扩张,研究结果为骆马湖银鱼资源可持续发展和利用提供了科学依据。