猪伪狂病病毒粤A株gE基因的克隆与序列分析

参考GenBank中伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的序列设计了1对引物,对PRV粤A株gE基因进行了PCR扩增,PCR产物克隆到PMD18-T载体.对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序,证实了克隆片段的可靠性,并与2株不同来源的毒株进行了同源性分析和比较.     

伪狂犬病病毒Fa株gE基因的克隆与序列的比较分析

根据已发表的伪狂犬病病毒（PRV）的基因序列,设计合成一对引物PCL1和PCL2,以PRV Fa株的DNA为模板成功地扩增得到预期的长约1.7kb的特异片段,经本科切鉴定,初步确定为gE基因。将扩增产物经Kpn Ⅰ、EcoRⅠ消化形成粘末端克隆到pUC18质粒,得到了明显大于载体的重组质粒PpgE。重组质粒PpgE经本科切鉴定为含有PRV的gE基因,测序PpgE得到完整的gE基因片段,并与4株不同来源的毒株进行了比较分析。5毒株的gE同源性比较分析发现毒株间同源性最低也高达97%,这体现了gE基因的保守性。分析还表明Fa与TNL同源。同时99%的高同源性也显示Fa、Ea、SH可能是同一毒株。gE序列在1040-1410碱基的高同源性区域作为PRV的PCR检测或作为PRV的PCR检测或作为核酸探针是非常重要的。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒BJ-4ORF6基因的克隆与序列分析

将猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）病毒BJ－4株在HS．2H细胞上增殖，经超速离心浓缩病毒。用TRIXOL LS试剂提取病毒基因组RNA后，用RT－PCR方法特异性扩增PRRS病毒BJ－4的ORF6基因片段；经Sma Ⅰ酶切鉴定正确后，将PCR产物克隆到pGEM-Teasy载体上，经Amp/IPTG/X-Gal平板筛选、酶切鉴定和质粒PCR鉴定，初步获得含ORF6基因的阳性重组质粒pGEM-T-ORF6。对重组质粒进行序列测定，并同美洲代表株VR2332和欧洲代表株LV进行比较，结果表明，BJ－4 ORF6与VR2332的ORF6差异较小，核苷酸和氨基酸同源性均为99．43％；而与LV株的差异性较大，核苷酸同源性为70．6％，氨基酸同源性77．4％。     

伪狂犬病病毒Min—A株gE基因的克隆及序列分析

参考GenBank中伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的序列设计了1对引物，对PRVMin—A株进行了PCR扩增，扩增产物克隆于pGEM—TEasy载体。对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序，证实了克隆片段的可靠性。测序结果表明，目的片段包含1个1740bp的开放性阅读框(ORF)，编码由579个氨基酸组成的多肽。同源性分析表明，PRVMin—A株与PRVEa株、SH株PE基因的核菩酸同源性分别为99．2％、98．7％；推导氨基酸的同源性分别为98．6％、97．2％。     

猪O型口蹄疫病毒强弱毒株VP1基因的克隆与序列分析

本研究根据口蹄疫病毒（FMDV）VP1基因的序列，设计并合成了1对用于扩增整个VP1基因的引物（5P、P6）。从细胞培养液或组织中提取总RNA，通过PT－PCR扩增，从F29株O3I3株和T509株中均获得了1条约740bp的DNA电泳带。将PCR产物双酶切后电泳回收，插入到相应双酶切的pUC18质粒中，获得了重质粒。通过PCR鉴定，证明重组质粒pUCVP1/F29,pUCVP1/0313,pUCVP1/T509均插入了VP1基因。对上述3个重线质粒进行测序后分析，F29强毒株与O313、T509弱毒株相比，其核苷酸序列同源性分别为98．75％和99．06％；因F29株核苷酸发生3个碱基缺失与1个碱基替换，故推导的氨基酸序列同源性分别仅为44．13％和41．32％，而T509和O3I3株相比，其核苷酸、氨基酸序列同源性分别为99．37％和95．31％。通过序列分析发现，本研究的3个毒株与国内大多数毒株（包括1997年台湾暴发FMDV所分离的毒株，除O／A／58株外）均属同一基因型，核苷酸序列同源性为85％－94％；而与国外毒株相比，属不同的基因型，核苷酸序列同源性仅为81％－82％，其推本研究的3个毒株与国内分离的大多数毒株的VP1基因的氨基酸序列同源性高达87％－95％，本项研究对猪O型FMDV的强弱毒株VP基历进行克隆与序列分析，将进一步丰富我国FMDV毒株VP1基因资料库，为更加科学地防制FMD提供分子水平依据。     

FMDV全ORF编码基因的克隆及其腺病毒穿梭质粒的构建

为研制FMD复制缺陷型腺病毒活栽体疫苗，通过RT—PCR方法获得了。型口蹄疫病毒（FMDV）全开放阅读框（oRF）基因片段，将其克隆到pMD18-T栽体后测序，再将oRF编码基因定向克隆入腺病毒穿梭载体pAdTrack—CMV中，构建了重组腺病毒穿梭质粒。经PCR、酶切及测序鉴定，所克隆的oRF编码基因序列与原始强毒株Akesu／58的ORF编码基因比较，L、P1、P2、P3基因的核苷酸同源性分别为98．8％、97．9％、99．0％和97．6％，PCR、酶切鉴定重组腺病毒穿梭质粒均获得了长约6．9kb的目的基因片段。表明，成功获得了含有。型FMDV全ORF编码基因的阳性克隆，并成功构建了含有完整FMDV开放阅读框架的编码基因表达盒的重组腺病毒穿梭质粒。     

牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白基因的克隆与序列分析

为分析吉林省流行的牛瑟氏泰勒虫基因序列，根据GenBank上发表的牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白基因序列设计合成一对引物，用PCR方法扩增出牛瑟氏泰勒虫的基因片段，并成功地将该基因纯化后克隆到pGEM-TEasy载体上，将经EcoRⅠ酶切鉴定和PCR鉴定为阳性的重组质粒进行测序。结果表明克隆的基因片段长度为868bp，编码283个氨基酸，有2个潜在的糖基化位点。核苷酸同源性分析表明，该基因片段与韩国株（AF521557）、日本株（AB016280）、俄罗斯株（AB016279）的核苷酸序列同源性分别为99．4％、88.0％、88．1％。     

马动脉炎病毒大囊膜蛋白和膜蛋白基因的克隆与序列分析

参考GenBank收录的马动脉炎病毒(EAV)读码框大囊膜蛋白基因oRF5、膜蛋白基因ORF6的核苷酸序列，分别设计了2对引物，对EAV的这两种主要结构蛋白基因进行了RT—PCR；将扩增产物克隆于pUC18通用载体，对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序，证实克隆片段的可靠和准确性。测序结果，ORF5目的片段包含768bp，编码255个氨基酸组成的多肽；ORF6目的片段包含489bp，编码162个氨基酸组成的多肽。与EAVNC-002532标准毒株比较，ORF5、ORF6核苷酸的同源性分别为99．1％和99．4％；推导氨基酸的同源性分剐为96．99／6和98．29／6。     

鹅细小病毒不同毒株VP3基因的序列分析比较

分别将GPV4个分离株通过PCR技术，从病毒基因组DNA中扩增出病毒衣壳蛋白VP3完整基因片段，并与PMD18-T质粒载体连接，转化到感受态大肠秆菌TG1中，提取重组质粒经PCR鉴定和酶切鉴定后，对插入片段进行序列测定及分析。结果表明：VP3基因全长1605bp，编码534个氨基酸。不同毒株主要结构蛋白VP3基因同源性较高(95．64％—99．81％)。但强弱毒株间也存在一定差异。     

伪狂犬病病毒闽A株gE基因去信号肽片段的克隆与序列测定

根据已经发表的伪狂犬病病毒（PRV）Rice株的gE基因序列,设计并合成了1对引物,通过PCR方法扩增到了PRV闽A株糖蛋白gE基因除信号肽以外的全部编码区段,并克隆到pMD18-T载体中,转化大肠杆菌XL1-blue菌株,重组质粒pMD18-T-FL经酶切和PCR鉴定证实后,进行了序列测定。结果表明,重组质粒pMD18-T-FL含有PRV闽A株糖蛋白gE基因除信号除信号肽以外的全部编码区段,长1674bp。序列比较分析表明,此区段与PRV Rice株相应区段的核苷酸序列同源性为97．5％,氨基酸序列同源性为94．8％。     

猪传染性胃肠炎病毒国内分离株S基因克隆及与国外分离株的同源性比较

用猪睾丸细胞增殖并扩增猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）国内分离株TH－98，根据基因库中已发表的TGEV S基因cDNA序列，利用Oligo软件设计并合成2对引物，进行逆转录聚合酶合酶链反应（RT－PCR），扩增出2.3kb和2.1kb2个片段，即Sa与Sb。将Sa与Sb先后插入到pUC18质粒载体上的EcoRⅠ和PstⅠ多克隆位点上，构建了重组质粒pUC-S，根据TGEV S基因位点和pUC18的物理图谱，用相应的限制性内切酶进行酶进行酶切及套式PCR方法鉴定，分析，证明克隆的pUC-S为TGEV S基因，同时对pUC-S进行序列测定分析，并与来自美国，英国和日本的5个毒株进行核苷酸及编码氨基酸同源性比较，证明了S基因的高度保守性。     

RT-PCR方法快速诊断猪传染性胃肠炎

根据猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）标准毒株（Purdue-115）的ORF6（N基因）的基因序列，设计俣成了一对引物Li01/Li02用反转录聚俣酶链反应（RT－PCR）技术对发病猪的粪便进行检测。结果得到与预期大小相一致的约1174bp(N基因）的PCR产物，与从参照毒株TGEV TH－98扩增出的片段大小相一致。进一步用限制性内切酶进行分析，发现从发病猪火花名扩增出的N基因与参照毒株TH－98株具有相同的限制性内切酶图谱，从而证实本病例致病病毒为TGEV。     

黑龙江省和河北省鸡新城疫病毒分离株的遗传变异分析

利用RT—PCR技术扩增出了4株NDV分离株(HeB—4—99，Hed—5—99、HeB—6—02和HLJ—10—02)F基因539bp的片段，将该片段克隆到pMD18-T载体上。经酶切分析、质粒PCR鉴定及核苷酸序列测定，成功获得了4株NDV分离株F基因部分片段的重组质粒。同源性分析显示，4株分离毒株的核苷酸序列具有95．9％～100％的同源性，与LaSota的核苷酸序列同源性为81．09／6～81．8％，与F48E9的核苷酸序列同源性达85．8％～89．3％。推导氨基酸序列分析表明，4个毒株F蛋白的裂解位点氨基酸组成为^112RRQKRF^117，具有强毒株裂解位点氨基酸组成特点，与ICPI和MDT测定结果相吻合。73株NDV毒株的系统发育进化树分析表明，HeB—4—99、HeB—5—99、HeB—6—02和HLJ—10—02均归属于基因Ⅶ型。     

番鸭细小病毒弱毒株VP2基因的分子克隆与序列测定

将番鸭细小病毒（MDPV）强毒Q株经番鸭胚连续传代，获得致弱株MDPV－26，根据已发表的MDPV的全基因序列，设计了1对引物LHMP7／LHMP8，同时在这2条引物中分别加入2种限制性核酸内切酶Sac Ⅱ和KpnⅠ的酶切位点，应用PCR技术扩增了MDPV0－26株的VP2基因片段，将扩增后的基因片段重组到pMD18-T质粒载体上，并对插入片段进行序列测定，测序结果表明，弱毒株MDPV－26与强毒株MDPV－Q的VP2基因序列相同率达99．7％，与国外分离株的同源性为98．3％，说明强，弱毒株的VP2基因序列变化不大。     

鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株S1基因5''端的变异

对自海南海省、广西省发生鸡传染性支气管炎（IB）鸡群分离的4株IBV分离株（HaN-1/95、HaN-2/95、GX-1/98、GX－2／98）的主要免疫原纤突蛋白S1基因经RT－PCR扩增其5'端的1．2kb的目的片段，将其插入载体pMD 18-Tk ,在大肠杆菌中实现目的的基因的克隆。对克隆的目的基因经限制性酶切分析及PCR鉴定后，以双脱氧链终止法测定其核苷酸序列，并与GenBank中的参考毒株（H120、SD－1／97和Holte）相应序列作比较，分析其同源性。结果表明，HaN-1/95、HaN-2/95、GX-1/98及SD－1／97与疫苗株H120的核苷酸序列同源性分别为99．5％、99．2％、97．9％和99．5％，其推导氨基酸序列同源性分别为99．1％、98．9％、96．9％和99．2％。GX－2／98与Holte株的核苷酸序列同源率为99．0％，其推导的氨基酸序列同源性为98．6％，而与其他中国分离株的核苷酸序列的同源性仅为70％左右，氨基酸序列的同源性仅为68％左右。     

猪伪狂犬病病毒XIN-W株gD和gE基因的克隆及序列分析

根据已发表的PRVgD、gE基因序列 ,设计合成了两对引物 ,对猪伪狂犬病病毒XIN W株相关的毒力基因gD、gE序列进行测定和分析。经PCR扩增分别得到了全长为 12 0 9bp,1 743bp的gD、gE全基因序列 ,将它们克隆到pGEM T Easy载体中 ,并转化JM1 0 9,挑取阳性菌落的质粒进行PCR、酶切、测序鉴定 ,与其他参考毒株的gD、gE基因进行比较。结果表明 ,XIN W株与其它毒株相比 ,gD、gE基因核苷酸序列的同源性分别为 97.9%～99.3 % ,98.0 %～ 98.7% ;氨基酸序列的同源性分别为 97.0 %～ 99.3 % ,97.1 %～ 98.1 %。不同的PRV毒株间gD、gE基因在核苷酸水平和氨基酸水平高度保守。遗传进化树显示 ,XIN W株和国内其它毒株起源相同 ,属同一进化分支     

鸭肠炎病毒囊膜糖蛋白gE基因序列分析及真核表达载体的构建

为探索鸭肠炎病毒（DEV）囊膜糖蛋白gE基因的相关特性和功能,应用PCR扩增了DEV的gE基因,全长1473bp,编码490个氨基酸,其中1～22位氨基酸为信号肽。gE基因与国内分离强毒CHv株、国内疫苗株同源性均为100％,与德国分离强毒2085株同源性达到99％,显示其高度保守。将gE基因完整开放阅读框（gE）和去信号肽的gE基因（gE’）分别克隆至真核表达载体pCDNA3．1．获得重组质粒pCDNA3．1-gE、pCDNA3．1-gE,然后应用脂质体法转染vero细胞。RT—PCR扩增证实gE、gE’均在细胞内进行了转录,而间接免疫荧光试验证实只有gE’基因在veto细胞中获得了表达,h研究gE蛋白的功能及研制鸭瘟抗体检测试剂盒奠定了基础。     

PCV-2 ORF2和PRRSV ORF5基因的扩增与双基因真核表达载体的构建

根据GenBank中猪圆环病毒2型ORF2基因序列和猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因序列，分别设计一对引物，应用PCR和RT-PCR扩增出PCV-2 ORF2基因和PRRSV ORF5基因。将PCR产物ORF2经Nhe Ⅰ／EcoRⅠ双酶切回收后插入真核表达载体pIRES得到pIRES-ORF2，RT-PCR产物ORF5经NotⅠ／XbaⅠ双酶切回收后插入pIRES-ORF2构建重组质粒pIRES-ORF2／ORF5。对此质粒中的插入片段，进行PCRRT-PCR及双酶切鉴定，同时对插入序列进行测序分析，表明SD1株ORF2与国内多种毒株的同源性为99％，pIRES-ORF2ORF5转移载体ORF5基因的核苷酸推导氨基酸与北美洲原型（VR-2332株）氨基酸同源性为99％。此重组表达载体的成功构建，为进一步研究PCV-2ORF2及PRRSV ORF5编码蛋白的生物学活性及研究猪圆环病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒二联核酸疫苗奠定了基础。     

C型产气荚膜梭菌肠毒素基因的克隆与序列分析

研究参照国外发表的产气荚膜梭菌肠毒素全基因序列设计合成1对特异性引物,采用PCR技术对C型产气荚膜梭菌贵州分离株（CP2株）肠毒素基因进行扩增,将扩增产物连接到pMD18-T载体,并转化至大肠杆菌DH5α感受态细胞,提取质粒进行PCR和双酶切鉴定后测序。结果：获得的基因序列全长960bp,编码319个氨基酸。同源性分析结果表明贵州分离株CP2株与产气荚膜梭菌参考株肠毒素基因序列的核苷酸同源性为99．4％99．8％,推导氨基酸同源性为99．1％～99．7％。     

猪瘟病毒兔化弱毒株与内蒙古分离野毒株(NMW)E2(gp55)基因的克隆与序列分析

采用反转录PCR（RT—PcR）和套式PCR（nested-PCR）扩增了猪瘟病毒兔化弱毒株与内蒙古野毒株的E2（gp55）基因，片段长约1200bp，将PCR产物与PMD-18-T载体相连接并克隆后，经酶切、PCR鉴定后进行序列测定和分析，结果显示二者的核苷酸同源性为89．7％，这一结果表明内蒙古近期流行的猪瘟野毒株与目前使用的疫苗株在E2基因上存在一定的差异。