番鸭细小病毒弱毒株VP2基因的序列分析

将番鸭细小病毒强毒株MDPV－Q经番鸭胚传代，获得致弱株MDPV－26，应用PCR技术扩增MDPV－26株的VP2基因片段，将扩增后的VP2基因重组到pMD 18-T质粒载体上，并对插入片段进行序列测定，将测定结果及由该结果推导的氨基酸序列分别与MDPV－Q株及国外已发表的MDPV相应序列进行同源性比较及分析，结果表明，MDPV－26与强毒株MDPV－Q的VP2基因序列及与国外分离株均具有很高的同源性。     

番鸭细小病毒MDPV YZ株VP2和VP3蛋白基因的克隆和序列测定

根据国外已发表的番鸭细小病毒（MDPV）FM株基因组核苷酸序列设计了1对引物，应用PCR技术扩增了MDPV YZ株的VP2和VP3蛋白基因片段。将扩增后的VP2和VP3蛋白基因克隆到pCR3.1T载体上，MDPV YZ株基因大小为1764bp，编码528个氨基酸，并对播入片段进行序列测定。测定结果表明，我国分离的MDPV YZ株蛋白基因序列与国外发表的序列的同源性为98.5%。     

番鸭细小病毒国内分离株主要结构蛋白基因的克隆和序列分析术

摘 根据国外已发表的番鸭细小病毒（MDPV）FM株基因组核苷酸序列设计1对引物，应用PCK技术扩增MDPVFS株的VP2-VP3蛋白基因片段。将扩增后的VP2-VP3结构蛋白基因克隆到T载体上，MDPVFS株基因大小为1764bp，编码528个氨基酸，对插入片段进行序列测定。结果表明，我国分离的MDPVFS株基因序列与国外发表序列的同源性为98．6％，与已发表的YZ株同源性为99．5％，可见番鸭细小病毒结构蛋白基因较保守。     

番鸭细小病毒强毒株（MDPV—Q）VP2基因的序列分析

应用PCR技术扩增了MDPV－Q株的VP2蛋白基因片段。将扩增后的VP2基因重组到pMD18－T质粒载体上，并对插入片段进行序列测定。将测序结果及由该结果推的氨基酸序列分别与MDPV、GPV进行了同源性比较及分析。结果表明，我国分离的MDPV－株其VP2基因序列外分离株具有很高的同源性。而与GPV的同源性较低。     

番鸭细小病毒国内分离株主要结构蛋白基因的克隆和序列分析

根据国外已发表的番鸭细小病毒(MDPV)FM株基因组核苷酸序列设计1对引物,应用PCR技术扩增MDPV FS株的VP2-VP3蛋白基因片段。将扩增后的VP2-VP3结构蛋白基因克隆到T载体上,MDPV FS株基因大小为1764bp,编码528个氨基酸,对插入片段进行序列测定。结果表明,我国分离的MDPV FS株基因序列与国外发表序列的同源性为98.6%,与已发表的YZ株同源性为99.5%,可见番鸭细小病毒结构蛋白基因较保守。     

番鸭源鹅细小病毒ZQ株VP2基因的克隆和序列分析

根据国内外已发表的鹅细小病毒(GPV)B株和GD株基因序列,应用DNA Star分子生物学软件设计一对引物,应用PCR技术扩增GPV ZQ株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。结果表明ZQ株基因大小为1 764 bp,编码587个氨基酸,其基因序列与GPV参考毒株推导的氨基酸序列同源性在89.1%~99.3%之间,差异较大;与番鸭细小病毒(MDPV)参考毒株相比同源性在92.0%~92.5%之间,超过与部分GPV毒株的同源性,推测可能与该毒株来源于番鸭而不是鹅有关,另外也在基因水平上解释了GPV与MDPV在血清学上存在交叉反应的部分原因。     

番鸭细小病毒XX株VP2基因的克隆和序列分析

根据国内外已发表的番鸭细小病毒(MDPV)FM株和GD株基因序列,应用DNAstar分子生物学软件设计1对引物,应用PCR技术扩增MDPV XX株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到PGEM-T easy载体上,经菌液PCR鉴定后的重组子进行序列测定。结果表明,MDPV XX株基因大小为1764bp,编码587个氨基酸,其基因序列与国内外发表的FM株、GD株核苷酸序列同源性分别为98.4%和99.8%,而与同属的小鹅瘟病毒B株核苷酸同源性仅为78.2%。可见编码番鸭细小病毒结构蛋白的VP2基因较保守,且和同属的小鹅瘟病毒明显不同,这也是该病毒目前只有一个血清型的分子基础。     

传染性腔上囊病病毒HN01超强毒株VP2基因的克隆和序列分析

根据GenBank中登录的传染性腔上囊病病毒(IBDV)标准强毒株52-70株基因组序列，设计并合成了1对扩增IBDV VP2基因的特异性引物。以IBDV超强毒分离株HN01感染发病鸡腔上囊组织中提取的病毒RNA为模板，用RT-PCR扩增出了1．45kb的cDNA产物，将扩增的IBDV HN01株VP2基因克隆于pMD 18-T载体上，获得了pMD18-T-VP2重组质粒。将IBDV HN01株VP2基因序列测定结果与已发表的其他IBDV毒株VP2基因序列进行分析比较，绘出系统进化树。结果表明，HN01株与欧洲超强毒株UK661、日本超强毒株OKYM、香港超强毒株HK46等非常相似，而与经典强毒株、弱毒株和变异株相差较大。     

番鸭细小病毒NS和VP基因的克隆及序列分析

为进一步了解番鸭细小病毒(MDPV)基因的遗传变异特征，本试验采用分段PCR扩增法获得了2个MDPV安徽分离株(AH1901和AH1902)基因组NS和VP全长基因，并与GenBank数据库中的20个水禽细小病毒基因组序列进行了比对。序列分析显示，克隆的MDPV基因均包括完整的NS和VP基因，分别为1 884 bp和2 199 bp,VP基因核苷酸序列变异程度相对较高，而NS基因则较为保守；进化分析显示，安徽分离株AH1901和AH1902位于同一分支，二者与国内分离的MDPV毒株ZJ-JH-2013基因遗传距离最近，可能来源于同一毒株，与MDPV疫苗株P1及国外分离毒株FM基因遗传距离则较远；安徽分离株AH1901和AH1902的NS基因序列同源性为99.8%,VP基因序列一致。两者的NS、VP基因序列与分离株ZJ-JH-2013的同源性最高，与重组型毒株SAAS-SHNH及安徽分离株AH1401同源性也在99.5%以上；与疫苗株P1、国外分离株FM同源性则较低，其中VP基因仅为88.9%、89.3%。本试验结果表明近年国内的MDPV分离株同源性均较高，但仍存在一定程度的基因变异，增...     

番鸭细小病毒的分离及其VP1基因序列分析

广东省肇庆市某番鸭场1周龄雏鸭发生以腹泻、软脚为主要症状的疾病,结合流行病学调查、剖检变化等初步诊断为番鸭细小病毒(MDPV)感染。为进一步探明病原,本研究采集死亡鸭肝脏和胰脏处理后接种鸭胚上皮细胞,细胞出现变圆、脱落等典型的细胞病变。用番鸭细小病毒VP1基因特异性引物对病毒进行PCR扩增并测序。结果显示,VP1基因大小为2 199 bp,与GenBank已发表的6株MDPV参考毒株的VP1基因序列同源性达98%以上,其中与福建株同源性最高,达99.4%。利用鸭胚上皮细胞成功分离到一株番鸭细小病毒,将其命名为MDPV-ZQ株。本研究为掌握番鸭细小病毒的流行病学及其变异趋势提供参考依据。     

重组型番鸭细小病毒JH10株的分子特征解析

为了解析番鸭细小病毒(MDPV)分离株JH10的分子特征,本研究对该毒株全基因组进行了扩增、测序、重组分析及遗传进化树的构建。结果显示:JH10株基因组由5071个核苷酸组成,P9启动子区和VP3基因内部约1.1 kb区域经历了重组,GPV鹅胚化弱毒株SYG61v参与了P9启动子区的重组,而GPV强毒株LH、B和SYG61v不同程度地参与了VP3基因内部的重组;以VP3基因重组片段构建遗传进化树,JH10株与8个经典型GPV株处于同一个进化分支中,而以毗邻的上下游非重组区片段分别构建的遗传进化树中,JH10株则与4个经典型MDPV株处于同一分支。本研究结果表明,JH10株为经典型MDPV和GPV之间的重组产物,该研究结果为进一步阐明重组型MDPV的致病机理奠定了基础。     

鹅细小病毒H1株VP2基因的克隆和序列分析

参考GenBank发表的鹅细小病毒(GPV)B株全基因序列，设计并合成一对引物，采用PCR方法对国内鹅细小病毒分离株H1(GPV-H1)株的结构蛋白VP2基因进行扩增，将扩增产物与pMD18-T载体连接并测序。结果表明：H1株VP2的核苷酸序列全长1764bp，编码587个氨基酸，与GenBarrk发表的GPV-B株、GPV-SHM株、GPV-YG株、番鸭细小病毒(MDPV)FRANCE株、FM株的VP2相比，核苷酸同源率分别为98．6％、96．2％、93．2％、80．3％、80．0％，推导氨基酸序列同源率分别为98．3％、97．5％、96．1％、88．2％、87．4％。     

番鸭细小病毒安徽分离株结构蛋白基因的克隆及序列分析

为研究番鸭细小病毒(MDPV)安徽分离株的遗传变异特征,通过PCR扩增获得了MDPV结构蛋白(VP)基因全长序列AH-MDPV-VP,并将该序列与GenBank中登录的12条MDPV和鹅细小病毒(GPV)VP基因序列进行比对。结果显示,AH-MDPV-VP基因全长2 199bp,包括完整的VP1、VP2和VP3蛋白编码区。MDPV与GPV的VP基因部分序列一致,但具有明显的差异。进化分析显示,MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH为同一分支,亲缘关系较近。同源性分析显示二者核苷酸序列同源性最高,为99.9%,且AH-MDPV-VP与GPV毒株SHFX1201的序列同源性也有89.5%。此外安徽分离株与其他MDPV的VP1、VP2和VP3基因同源性有逐步下降的趋势,而与GPV则相反呈上升趋势。进一步显示MDPV安徽分离株与基因重组型MDPV上海分离株SAAS-SHNH相似,可能为MDPV和GPV基因重组型水禽细小病毒。     

2008年-2009年广东番鸭细小病毒分子流行病学研究

VP2基因是番鸭细小病毒(MDPV)的主要免疫原性基因,其编码的VP2蛋白能够诱导机体产生中和抗体。本文对2008年～2009年从广东各县市分离、鉴定的11个MDPV野毒株VP2基因进行克隆测序,并对获得的VP2基因序列进行比较和分析。结果表明:11个不同分离株之间核苷酸序列同源性为98.7%-100%;与6个国内外参考毒株同源性为97.7%-99.6%;所有毒株都含有4个完全相同的潜在糖基化位点;说明该病毒保守度高,仅有个别的点突变。将分离株SL2连续传70代获得致弱毒株SL-70,动物实验结果表明SL70株对雏鸭无致病力;经测序发现SL-70与其祖代分离株SL2的VP2基因序列同源性高达99.9%,仅发生了18个碱基的点突变。     

番鸭细小病毒和鹅细小病毒广东株VP1基因的克隆与序列分析

参考GenBank中的MDPV FM株和GPV B株全基因序列,设计并合成一对引物,分别对MDPV GD株和GPV GD株的结构蛋白基因(VP1)进行PCR扩增,并克隆到pMD18-T载体,筛选到重组质粒并测序.通过对MDPV GD株和GPVGD株的VP1基因的核苷酸序列分析,这两种病毒VP1基因大小均为2 199 bp,核苷酸序列同源性为87%,而位于VP1基因上的VP2至VP3基因起始密码子之间的核苷酸序列的差异较大,同源性仅为64%.另外对MDPV GD株和GPV GD株与各地方毒株的VP1和VP3基因核苷酸序列的同源性比较,显示它们之间差异较小.     

新城疫病毒（青岛株）F蛋白基因的克隆和序列分析

参考新城疫病毒（NDV）长春株的F基因序列设计了1以特异性引物，应用RT－PCR对NDV青岛株（野毒）的F基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序，扩出的F基因核苷酸长度为792bp，编码261个氨基酸，包括完整的F2片段和部分F1片段，裂解位点区（112－117aa）氨基酸序列为Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe，与国外发表的强毒株序列相符，正明青岛株为强毒株，根据该基因推导的所基酸序列，与国内外发表的NDVF蛋白氨基酸序列相比，同源性为88．1％－94．3％。     

1株重组型番鸭细小病毒的分子特征解析

为了对1株番鸭细小病毒(MDPV)分离株NY18株的分子特征予以准确揭示,通过设计重叠PCR引物,扩增NY18株的完整基因组并进行了测序。结果显示,NY18株基因组由5071个碱基组成,5′和3′端末端倒置重复序列(inverted terminal repeats,ITR)均由424个碱基组成,其外侧385个碱基形成回文发夹结构。Simplot 3.5.1和RDP4软件分析表明,NY18株经历了2次重组事件,第1次重组产生在VP3基因的1.1 kb区域,第2次重组事件产生在P9启动子至Rep基因上游约100 bp区域内。2次重组均以经典型MDPV YY株作为主要亲本,而经典型鹅细小病毒(GPV)强毒株DY16和鹅胚化的弱毒疫苗株SYG61v作为次要亲本参与了重组。NY18株的ITR与经典型MDPV FM和YY株的同源性为97.9%和99.1%,而与GPV强毒株YZ99-6的同源性仅有86.0%,表明NY18株ITR仍来自于经典型MDPV。以VP1基因1.1 kb重组区片段构建遗传进化树,NY18株与经典型GPV处于同一分支,而以非重组区的Rep1基因1774 bp和VP1基因氨基端694 bp、羧基端405 bp片段分别构建遗传进化树,NY18株则与经典型MDPV处于同一分支。结果表明,NY18株既不同于经典型MDPV也不同于GPV,其本质是1株重组型的MDPV。     

番鸭细小病毒强毒株(MDPV-Q)VP_2基因的序列分析

应用PCR技术扩增了MDPV_Q株的VP2 蛋白基因片段。将扩增后的VP2 基因重组到pMD18_T质粒载体上 ,并对插入片段进行序列测定。将测序结果及由该结果推导的氨基酸序列分别与MDPV、GPV进行了同源性比较及分析。结果表明 ,我国分离的MDPV_Q株其VP2 基因序列与国外分离株具有很高的同源性。而与GPV的同源性较低。     

基因重组型番鸭细小病毒FJM3的全基因组特征

从1例未免疫雏番鸭细小病毒活疫苗与鹅细小病毒活疫苗的临床病死雏番鸭脏器中成功分离到1株番鸭细小病毒(FJM3株)。为明确其基因组特征,运用PCR方法,扩增出番鸭细小病毒FJM3株全基因组。结果表明,FJM3株基因组全长为5017nt,其基因组结构和经典番鸭细小病毒参考毒株一致。序列比对结果表明,FJM3株全基因组序列与GenBank中登录的经典MDPV参考株(FM株)核苷酸序列同源性为94.0%,与番鸭源GPV参考株(Y株)核苷酸序列同源性为85.6%。全基因组遗传进化分析表明,FJM3株处于MDPV遗传进化分支;VP1基因遗传分析表明,FJM3株处于经典MDPV遗传进化分支;VP3遗传进化表明,FJM3株处于GPV遗传进化分支。对FJM3株和参考株(FM株、Y株和SYG61v)进行遗传重组分析表明,该毒株于存在2处MDPV与GPV的基因重组现象。     

传染性法氏囊病病毒超强毒GZ株VP2基因的克隆和序列分析

根据已发表的传染性法氏囊病病毒（IBDV）52/70株基因组序列，设计并合成了1对特异扩增IBDV VP2基因的引物。以IBDV超强毒（vvIBDV)GZ株基因组为模板，利用PT-PCR技术扩增出了1.5kb的cDNA产物，将VP2基因克隆于pUC119质粒上，得到重组pUC119质粒。对VP2基因全序列进行了测定。序列分析和聚类分析表明，GZ株与欧洲超强毒株UK661非常相似，而与经典强毒株、弱毒株和变异株相差较大。