应用单核苷酸多态性(SNP)标记鉴定短颌鲚、湖鲚和刀鲚

为了快速区分长江流域各水体中的鲚属鱼类,利用单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记对短颌鲚(Coilia brachygnathus)、湖鲚(C. nasus taihuensis)和刀鲚(C. nasus)进行物种鉴定。从120个在短颌鲚和刀鲚之间分化指数(Fst)为1的SNP位点中随机挑选出20个用于引物设计,从21个在湖鲚和刀鲚之间分化指数较高的SNP位点中随机挑选出10个设计引物。随机挑20尾短颌鲚、20尾湖鲚和12尾刀鲚用设计的引物扩增、测序。结果表明:洞庭湖和鄱阳湖的短颌鲚与刀鲚可以使用以上19个SNP分子标记中的任何一个完全分开,剩下1个SNP标记在所扩增的样本中没有发现多样性变异而被弃用。用于区分湖鲚与刀鲚的10个SNP分子标记中有8个在所测样本中可以扩增并用于物种鉴定。其中单独使用Ct-Cn_wtap位点时,湖鲚和刀鲚的基因频率相差最大,当使用Ct-Cn_wtap和Ct-Cn_eif2b4位点时,对湖鲚和刀鲚的鉴别准确率可以达到100%。本研究提供了稳定、高效和低成本识别短颌鲚和刀鲚、湖鲚和刀鲚的方法,为今后鲚属鱼类的物种鉴定和资源保护提供了有效的工具。     

12S rRNA、Cyt b基因标记在几类野生动物检材鉴定中的差异

【目的】通过比较线粒体DNA上的12S rRNA和Cyt b基因分子标记在几类野生动物物种鉴定中的效果差异,以确定基因标记技术在野生动物物种鉴定中的有效性。【方法】提取各类野生动物样本DNA,PCR扩增线粒体DNA上的12S rRNA基因片段和Cyt b基因片段,对PCR产物进行电泳检测及测序分析,测序结果在Gen Bank上进行BLAST搜索,同源性分析。并将实验序列和NCBI上下载的与该序列存在同源性的序列用软件MEGA 7.0进行比对并构建进化树。【结果】从各类样本中成功地提取到了基因组总DNA,并成功扩增出了用于动物种属鉴定的12S rRNA基因片段、Cyt b基因片段。测序分析结果表明用12S rRNA基因片段和Cyt b基因片段均可准确鉴定黑熊、藏羚羊、鬣羚、穿山甲样本的动物种属,但12S rRNA基因片段无法准确鉴定北山羊样本,BLAST搜索结果为其近缘物种山羊,而Cyt b基因片段却可准确鉴定北山羊。各样本基于12S rRNA、Cyt b基因序列构建进化树的结果与BLAST搜索结果相符。【结论】单一位点基因标记能够准确鉴别亲缘关系较远的物种。但对某些近缘物种,单一位点基因标记的鉴别能力较差,故野生动物物种鉴定宜选用2个以上的基因标记位点。     

北京鸭腹部脂肪组织的转录组特征分析

鸭的基因组序列虽已释放,但其基因组信息,尤其是转录组信息仍需进一步开发。文章利用转录组测序分析了鸭的腹部脂肪组织转录组特征。共获得203 200 984个高质量测序数据,鉴定出18 464个基因表达（RPKM≥1）,其中96.9%的基因RPKM值小于1 000。15 070个基因发生了可变剪切,剪切次数为35 913次。统计可变剪切类型发现,内含子保留所占比例最低,占所有可变剪切类型的1.17%,而第一外显子可变剪切、末端外显子可变剪切、外显子跳跃依次是3种比例最高的可变剪切类型,比例分别为45.92%, 43.67%和6.23%。此外,利用这批转录组数据共检测出229 276个SNPs,其中转换是最主要的突变类型,占所有SNPs的73.28%。对SNP所在基因进行功能注释(GO)发现,这些基因涉及细胞组分、分子功能、生物学过程3大功能类别中广泛的生物功能,表明该研究开发的SNPs较为全面;通路分析（KEGG）发现,SNPs所在基因除了富集于脂类、能量代谢相关通路,更多的基因则富集于癌症、免疫以及内分泌系统相关的通路上,表明脂肪组织除了是能量储备组织,同时也是重要的免疫、内分泌组织。这些数据拓展了鸭的遗传信息,建立的SNPs数据库将有助于鸭分子标记辅助育种及功能基因定位。与癌症、免疫相关的SNPs可为癌症及免疫学研究提供候选遗传标记。     

基于全基因组重测序的山羊产羔数性状关键调控基因的筛选

目的 对产羔数不同的山羊进行全基因组重测序分析，挖掘参与调控川中黑山羊产羔数性状关键调控基因，为解析山羊产羔数性状遗传机制及分子遗传改良提供理论依据。方法 选择6只产4—6羔的川中黑山羊为高繁组（high fecundity, HF）和6只产单羔的川中黑山羊为低繁组（low fecundity, LF），采集颈静脉血液样本提取基因组DNA，构建350 bp双末端测序文库，利用Illumina HiSeq PE150平台对12个文库进行全基因组重测序。测序产出的净数据经BWA软件比对至山羊参考基因组ARS1，所获得的高质量SNPs通过两种全基因组扫描分析方法（Fst、Hp）的综合分析确定候选区域，候选区域的注释基因分别利用g:Profiler和KOBAS在线数据库进行GO分析与KEGG通路分析，以筛选调节川中黑山羊产羔数性状候选基因。为了进一步鉴定调节山羊产羔数目的关键遗传标记，根据基因组重测序变异分析，对繁殖候选基因的同义与非同义SNPs进行定位筛选，后续将12个山羊样本的扩增产物进行Sanger测序以验证重测序结果。结果 12只山羊共获得431.50 Gb 净数据，经变异检测与注释发现，HF组山羊共发现7 771 417个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNPs)，LF组山羊检测到8 935 907个SNPs，且LF组各类SNPs 均多于HF组。设置同时达到top 5%最大ZFst值和top 5%最小ZHp值的窗口为候选区域，在低杂合性、高遗传分化的区域共注释130个强选择信号，其中HF组、LF组以及共享窗口的注释基因分别为84、59和13个，经GO富集与KEGG通路分析发现，19个候选基因参与川中黑山羊的繁殖、繁殖过程和胚胎发育等调控，包括11个HF组特异性候选基因（ADCY10、DRD1、HS6ST1、IGFBP7、MSX2、NOG、NPHP4、PAPPA、PRLHR、TDRP和XYLT1），5个LF组特异性候选基因（ANXA5、IGF1、EDNRA、FANCL 和TAC1）和3个HF组与LF组共享窗口基因（AKR1B3、HDAC4和OPRM1）。同时，大多数GO分析，如G蛋白偶联受体活性、激素反应和神经肽信号通路等，都包含这19个候选基因。此外，14个HF候选基因有9个显著富集在代谢途径、神经活性配体-受体相互作用、糖胺聚糖-硫酸乙酰肝素/肝素的生物合成、钙离子信号通路、cAMP信号通路和叶酸生物合成等KEGG通路中（P<0.05）。19个繁殖候选基因中共有2个同义突变（MSX2 G771T，ADCY10 A4662G）与2个非同义突变（PRLHR G529A，DRD1 A281T），且仅定位于HF候选基因中。Sanger测序发现，MSX2、PRLHR和DRD1突变位点均可检测到多态性，与基因组重测序结果一致，其中PRLHR G529A多态性导致第177位丙氨酸突变为苏氨酸，DRD1 A281T多态性导致翻译提前终止。结论 本研究共发现11个HF组特异性候选基因，推测是川中黑山羊多羔性状的关键调控基因，PRLHR外显子G529A与DRD1外显子A281T突变可能是调控山羊多羔性状的关键遗传标记，在改良山羊繁殖性能方面具有较大的应用价值。     

变性高效液相色谱法检测鸡HSP70基因单核苷酸多态性

选取我国20个地方鸡种共591个个体作为实验材料,采用变性高效液相色谱(DHPLC)技术,在鸡HSP70基因的全序列内进行未知SNPs的筛选,对有变异的色谱峰型分别选取2个个体测序,再将同一对引物的所有测序样本的测序结果进行序列的同源性比较,从而识别和确认鸡HSP70基因的未知SNPs。结果分别在4对引物扩增的PCR产物中检出并确认了10个SNPs:A258G、C276G、C507T、C1040A、G1044A、C1431A、T1476C、G1500A、A1529G、C1722T。     

安徽河川沙塘鳢不同地理群体遗传多样性和遗传结构研究

为探究安徽河川沙塘鳢不同地理群体遗传多样性差异和遗传分化水平,研究采集了安徽长江、新安江流域的4个地理群体,共142个河川沙塘鳢样本。选择线粒体基因作为分子标记,进行测序与分析。结果显示,标记全长1 291 bp,包含52个变异位点,定义了15个单倍型。4个群体总体遗传多样性水平远高于群体内遗传多样性水平,分子变异主要来源于群体间。所有群体形成了3个反映物种的地理分布关系的支系,且未曾发生过扩张。河川沙塘鳢群体间的分化程度很高,具有较高的保护和选育价值。     

利用ACGM标记发掘杉科功能基因

利用4对日本柳杉(Cryptomeria japonica)的扩增共有序列遗传标记(Amplified Consensus Genetic Marker,ACGM)引物,在杉科7个属的11份材料中扩增出了25个PCR产物,测序、BLAST比对和联配结果表明,4对引物的扩增产物分别与拟南芥和日本柳杉的4个基因(MYB基因、CCCH-型锌指蛋白基因、查尔酮合成酶基因、抗冻相关基因COR47)具有较高的相似度性,推测这些PCR产物为这4个基因在杉科物种中的同源基因片段。研究结果表明ACGM标记可被用于发掘其他物种的功能基因片段。     

基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

【目的】筛选皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因。【方法】采集皖南花猪和大约克猪背最长肌(各3头),测定其肉质性状指标,并提取其RNA,采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,对所获序列进行GO和Pathway显著性富集分析。【结果】测序后皖南花猪3个样本得到的总序列数分别为65 584 126,64 327 738和59 244 502,其中有效序列达到94.4%,94.3%和94.2%;大约克猪3个样本得到的总序列数分别为57 969 134,68 254 168和72 298 142,其中有效序列达到93.8%,93.7%和93.8%。测序饱和度良好,证明测序数据真实可靠。差异表达分析结果显示,共筛选到347个差异表达基因,其中包含94个上调基因,253个下调基因。GO功能显著性富集和Pathway显著性富集分析发现,差异表达基因富集在与糖酵解代谢和肌肉发育相关的生物学过程中以及与脂肪酸代谢和生长性状、胴体性状相关的信号通路上。【结论】获得了猪背最长肌组织基因表达谱,筛选出了一些与肉质性状和生长性状有关的候选基因。     

水貂GHR基因SNPs检测及其与生长性状的关联分析

为了检测水貂GHR基因多态性及其与生长性状的相关性分析,寻找可用于选育水貂生长性状的分子遗传标记,以同龄同场的短毛黑水貂、红眼白水貂和咖啡水貂为研究对象,采用PCR产物直接测序检测GHR基因的单核苷酸多态性,利用SPSS 19.0软件将该基因多态性与水貂生长性状进行关联分析.结果表明,存在3个SNPs位点,分别为外显子...     

萝卜蚜有翅型和无翅型转录组差异分析

采用Illumina测序平台获得了萝卜蚜转录组数据,有翅蚜和无翅蚜混合样本共得到107 992 806条Cleaning Reads,组装得到69 588条Unigene序列,平均长度为716 bp。有翅蚜测序结果共得到44 620 184条Cleaning Reads;无翅萝卜蚜测序结果共得到47 113 716条Cleaning Reads。2组样品差异表达基因的分析表明共有显著性差异表达基因104个,其中表达上调基因有74个,表达下调基因有30个。对差异表达基因进行GO注释及KEGG富集分析显示,Hippo信号通路、甲状腺激素信号通路和催产素信号通路与翅型分化及与之紧密联系的生殖率差异相关性较强。     

南方鲇16SrRNA基因片段序列差异及遗传多样性分析

从5个种群南方鲇(Silurus merdionalis)线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)扩增出约600 bp的16SrRNA基因片段,经Clustal X同源排序后得540 bp序列.用PopGen 32软件计算遗传距离和遗传一致度,且对5个种群16SrRNA基因片段序列遗传关系进行聚类分析.结果表明:18个个体间的遗传距离变化为0～0.000 9,遗传一致度变化为0.999 1～1;在长江上游支流中,南方鲇不同种群间在该基因片段上基本没有差异,只有乌江种群与其他种群有2个碱基差异;长江中游支流的洞庭湖种群与长江上游支流的各种群间在该基因片段存在一定差异;5个种群16SrRNA基因片段序列遗传关系聚为3支,其中,雅砻江、岷江、宜宾3个种群聚为1支,乌江种群聚为1支,洞庭湖种群聚为1支.     

洞庭湖鱼类资源研究进展

参阅了近50年对洞庭湖鱼类研究的文献资料,对洞庭湖鱼类资源的研究进行了综述。洞庭湖鱼类物种数一般稳定在110～120种,但是近10年来有减少的趋势;洞庭湖的鱼类区系属于长江鱼类区系的一部分,洞庭湖鱼类区系是以第三世纪现代中国平原复合体为主体;洞庭湖鱼产量有逐年下降的趋势,洄游型和半洄游型鱼类数量和所占鱼获物比重急剧下降;洞庭湖主要经济鱼类个体低龄化、小型化。最后,分析了鱼类资源衰退的主要因素并提出保护对策。     

4个不同地理种群中华鳖POMC基因全长cDNA克隆及其序列分析

为探讨中华鳖不同地理种群的POMC基因的多态性,建立区分中华鳖不同地理种群的分子遗传标记,采用RT-PCR的方法扩增得到4个不同地理种群(太湖鳖种群、沙鳖种群、台湾鳖种群和黄河鳖种群)中华鳖的POMC基因,对该基因进行克隆及序列测定,并对所测序列进行比较,分析其SNP位点,并对所得的SNP位点进行验证。结果显示:4个不同地理种群中华鳖所扩增的POMC基因的核苷酸序列均为786bp;以megalign软件比较分析4个不同地理种群中华鳖的POMC基因,发现该序列中共有15个多态性核苷酸位点,经过验证,第129位核苷酸的变异为台湾鳖种群不同于其他种群的变异,第441位核苷酸变异为太湖鳖种群不同于其他种群的变异,第168和396位核苷酸为黄河鳖种群不同于其他种群的变异,第531和618位核苷酸为沙鳖种群不同于其他种群的变异。结果表明,中华鳖的POMC基因存在多态性,不同地理种群中华鳖POMC基因均有各自特异的核苷酸序列,可以作为区分中华鳖的不同地理种群的分子遗传标记。     

东洞庭湖鱼类寄生虫区系调查报告

系统调查了东洞庭湖鱼类寄生虫区系,42种鱼类的寄生虫共有117种,分别隶属于38科50属9纲23目,较详细地研究了该区系寄生虫对寄主的感染情况及其在鱼体的分布频率,可为湖区的鱼病防治和有关寄生虫方面的研究提供参考.     

洞庭湖鱼类群落结构和生物多样性分析

[目的]对洞庭湖鱼类群落结构及生物多样性进行分析。[方法]通过对洞庭湖鱼类资源进行初步调查,并对洞庭湖鱼种类情况、鱼类生物量情况、优势鱼类情况以及鱼类多样性情况进行了分析。[结果]洞庭湖各区域鱼类物种数量均相差不大,其生物量最多的是鲤鱼。洞庭湖优势种鱼类比例依次为鲤科、鮠科、鮨科、鳅科。洞庭湖鱼类Shannon-Wiener(H1)指数的变化范围为1.681~2.511,丰富度(R)指数的变化范围为1.851~2.584,Pielou(J')指数的变化范围为0.581~0.879。相关性分析表明,洞庭湖鱼类Shannon-Wiener(H1)指数与丰富度(R)指数、Shannon-Wiener(H1)指数与Pielou(J')指数均呈高度相关性。[结论]该研究结果可为洞庭湖的生态修复提供理论基础。     

基于改进PSR模型的洞庭湖区生态安全评价及主要影响因素分析

洞庭湖区是长江经济带与华南经济圈的过渡带与重要结点,其生态安全在长江流域乃至全国的社会经济发展中起着重要的战略地位。本研究以洞庭湖区域常德市为例,基于层次分析与熵权法相结合确定指标权重的改进压力-状态-响应模型,综合评价了该区域的生态安全;利用灰色关联度方法对生态安全的主要影响因素进行了初步分析。结果表明:1)洞庭湖区域生态安全状况整体好转,在2013—2018年期间生态安全等级由"较不安全"上升到"较安全",安全综合指数由0.301上升到0.603,压力指数呈轻微波动下降趋势,状态和响应指数均呈上升趋势;2)洞庭湖生态安全主要受工业废水排放量、保护区面积所占比例、空气质量指数优良率、人口密度等因素的影响,面临的主要问题为水资源短缺、水污染严重、产业结构不合理。建议在遵循人与自然和谐相处原则的基础上,严格管控废水排放,限制高耗水行业规模,构建科学合理的生态安全格局,探索洞庭湖湿地生态产品价值实现机制与途径。     

洞庭湖水沙演变特征及其影响因素分析

三峡水库的运行,使洞庭湖水情发生了变化,对洞庭湖区社会经济建设产生了极大的影响.主要讨论了三峡运行以来洞庭湖三口、四水入湖的年径流量、入湖沙量的变化以及出湖水沙变化,分析了洞庭湖水沙演变的特征和长江干流水利工程、三峡工程以及流域降水量变化对水沙演变的影响.     

实施《洞庭湖国家级生态功能保护区建设规划》确保洞庭湖生态安全

本文从洞庭湖在长江流域乃至全国的生态战略地位出发，分析了洞庭湖目前存在的主要生态环境问题，指出实施《洞庭湖国家级生态功能保护区规划》是综合治理洞庭湖，恢复洞庭湖的生态功能，确保长江生态安全的有效途径和重要手段，并提出了实施《规划》的预期效果以及落实《规划》的具体措施。     

长江流域发展机采棉的现状与展望

分析了目前国际国内形势复杂变化的情况下,发展长江流域机采棉产业的现状和必要性,明确了长江流域发展机采棉的优势,分析了机采棉推广面临的问题与挑战,探讨了长江流域机采棉发展的战略。对以下几个方面提出合理化建议：长江流域机采棉发展区域化优化布局;充分利用本区域冬闲田发展小麦、油菜作物;在长江流域两湖（洞庭湖、鄱阳湖）两江（长江、汉江）近700000 hm²滩涂旱地宜棉区扩大种植棉油（麦）双直播双机采;形成以棉增油、棉油双稳的格局。     

长江口沿岸碎波带仔稚鱼种类组成和季节性变化

2004年3月-2005年3月,按月在长江口沿岸碎波带沿海岸平行方向,用小型拖网共采集到仔稚鱼6 892尾,属于23科,约50种。其中科的刀鲚占总个体数的55.19%,其后依次为银飘鱼(16.99%)、鱼(10.94%)、纹缟虾虎鱼(3.92%)、斑尾刺虾虎鱼(2.67%)、鳜(1.68%)、少鳞(1.68%)、普氏细棘虾虎鱼(0.99%)、弹涂鱼(0.99%)、黄鳍刺虾虎鱼(0.89%),这10种的个体数占据了总捕获个体数的96%。长江口沿岸碎波带中,既生活着洄游性鱼类和河口性鱼类仔稚鱼,还生活着近岸海水鱼类和淡水鱼类仔稚鱼。该水域仔稚鱼的种类和平均密度具有季节性变化趋势。根据在长江口沿岸碎波带仔稚鱼的出现和季节性变化规律,对该水域的仔稚鱼资源提出了保护措施。