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变性高效液相色谱法检测鸡HSP70基因单核苷酸多态性 总被引:1,自引:0,他引:1
选取我国20个地方鸡种共591个个体作为实验材料,采用变性高效液相色谱(DHPLC)技术,在鸡HSP70基因的全序列内进行未知SNPs的筛选,对有变异的色谱峰型分别选取2个个体测序,再将同一对引物的所有测序样本的测序结果进行序列的同源性比较,从而识别和确认鸡HSP70基因的未知SNPs。结果分别在4对引物扩增的PCR产物中检出并确认了10个SNPs:A258G、C276G、C507T、C1040A、G1044A、C1431A、T1476C、G1500A、A1529G、C1722T。 相似文献
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利用DNA池和测序技术快速筛查候选效应单倍型 总被引:2,自引:0,他引:2
选取产蛋性能具有明显差异的4个鸡品种(莱航鸡、阳山鸡、丝羽乌骨鸡和隐性白洛克鸡)构建品种DNA池,通过测序研究鸡催乳素基因5′-侧翼调控区部分序列(1028 bp)的单倍型,快速筛查到由4个多态位点(C-2402T、C-2161G、C-2062G和G-2040A)组成的2种最常见单倍型CCCG和TGGA,其中CCCG在莱航鸡品种中的频率接近1,可能利于产蛋。再利用RFLP和SSCP将这4个位点在品种及家系中进行基因分型,基因分型之后的统计结果与测序的结果基本相符。利用农大褐×泰和丝羽乌骨鸡家系检测CCCG单倍型的效应,发现含有此单倍型的单倍型组合具有更高的产蛋量。由6个位点组成的单倍型H3(CCTCTG,由CCCG再加上T-2101和T-2054组成)在莱航鸡的频率为1,在参考家系中检测H3的效应,发现含有H3的单倍型组合具有很高的产蛋量,并且与其它类型达到显著性差异。从本研究可见,利用这种方法能有效筛查到可能的效应单倍型。 相似文献
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一种基于变性高效液相色谱技术筛选单核苷酸多态性并估算基因频率的方法 总被引:1,自引:0,他引:1
选取生产性能具有明显差异的4个鸡品种(莱航鸡、隐性白洛克鸡、丝羽乌骨鸡和杏花鸡)为材料,利用变性高效液相色谱(DHPLC)技术检测鸡生长激素基因部分序列(518bp)的多态性,快速筛查到5个可能与生产性能相关的单核苷酸多态性(SNPs).根据DHPLC杂合谱型与测序基因型一一对应的关系,介绍了当所检测目的DNA片段中含有多个SNPs时基因频率估算的简单方法,比较估算的和PCR-RFLP统计的基因频率,发现差异不显著,证明该估算方法有一定的可行性. 相似文献
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肌球蛋白轻链1基因(MYL1)的2个剪切体MLC1f及MLC3f在骨骼肌不同发育时期中发挥着重要作用。为进一步了解MYL1基因在猪骨骼肌发育过程中的重要作用,通过电子克隆、RT-PCR扩增及实时定量PCR方法克隆和鉴定了猪MYL1基因mRNA 5个选择性剪切体(MLC1f、MLC3f、MLC5f-A、MLC5f-B和MLC5f-C)。其中MLC5f-A、MLC5f-B和MLC5f-C是在猪背最长肌中鉴定到的MYL1基因的3个新转录本,目前在人、鼠等其它物种尚无这三种转录本的报道。结果表明,剪切体MLC3f在180日龄长白猪中的表达量最高,而剪切体MLC1f则是在90日龄蓝塘猪的表达量最高;剪切体MLC5f-A在蓝塘与长白猪中各发育时期的表达量都很低;除了剪切体MLC1f外,其余转录本的表达量均为随个体体重的增加而逐步增加。通过对MYL1基因不同选择性剪切体的鉴定,为其在骨骼肌不同发育阶段或组织类型特异性表达调控研究奠定了基础,为该基因功能的研究提供重要线索。 相似文献
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猪呼吸和繁殖综合症病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染猪后会引起妊娠母猪严重繁殖障碍和仔猪呼吸困难及高死亡率,给养猪产业造成了巨大经济损失,因此挖掘PRRSV感染猪肺泡巨噬细胞进程中差异表达的基因及机理有重要意义。本研究对来自GEO数据库的PRRSV感染猪肺泡巨噬细胞sage表达谱数据GSE10346进行后续挖掘。先用sage软件处理,经sagemap注释得到上调已知基因49个,下调已知基因41个。利用AgBase网站上的GORetriever工具和GOSlim Viewer工具进行细胞组分(cellular component)、分子功能(molecular function)及参与的生物过程(biological process)分类后发现有4个基因与病毒的复制相关:其中IL8已有报道认为与抗PRRSV相关;TNF-α能够抑制PRRSV复制;PPIA可能与GP5蛋白胞外区中和决定簇与抗体发生作用的24位脯氨酸有关;ICAM-1在嗜中性粒细胞的产生中起关键作用,与病毒吸附相关。这4个基因与PRRSV的致病机制相关,可望用于抗PRRSV研究。进一步利用David在线工具进行基因功能富集分析后,发现几个免疫通路,如趋化因子通路,Toll-like受体信号通路和NOD-like受体信号通路具有检验显著性,这些免疫通路在PRRSV感染过程中起着一定作用,有望成为抗PRRSV的靶通路。 相似文献
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本研究旨在对比值性状QTL采用贝叶斯定位方法进行探讨。将两个具有正态分布的普通数量性状之比定义为比值性状。由于此类性状不服从正态分布,因此在遗传分析上不同于普通性状。利用构成比值性状的两个组分性状的线性结合,我们提出了定位比值性状数量性状位点(QTL)的最大似然法。在此基础上,进一步探索比值性状的贝叶斯定位策略。首先采用贝叶斯压缩方法估计两个组分性状的QTL参数,然后利用两个组分性状的群体均值和QTL遗传效应,产生一个关于比值性状QTL遗传效应的后验样本,通过对这个后验样本的统计分析,来推断比值性状的QTL。模拟研究表明:新方法表现出比似然法更高的QTL检测效力。 相似文献
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