四川不同地区硬头黄竹RAPD和ISSR分析

以四川不同地区硬头黄竹为研究对象.通过随机扩增多态性DNA标记(RAPD)和简单序列重复区间(ISSR)标记进行扩增,探讨硬头黄竹的遗传多样性.研究表明,6个RAPD引物扩增出了42条条带,多态性高达69.05%;5个ISSR引物扩增出了47条条带,多态性为61.70%.利用Popgen32进行聚类分析,聚类结果可将不同地区的硬头黄竹类型区分开来.其遗传距离分别为0.182 3～0.602 2和0.043 5～0.672 1,说明RAPD和ISSR分子标记为硬头黄竹的遗传改良提供了理论依据.     

基于RAPD和SRAP分子标记的柑桔大实蝇种群多态性及其亲缘关系研究

目的:利用RAPD(Random AmplifiedpolymorphicDNA)和SRAP(Sequence-RelatedAmplifiedPolymorphism) 分子标记技术,研究来自重庆、湖北、四川和陕西4省市10个地理种群柑桔大实蝇的亲缘关系.方法:利用 10条RAPD引物和5对SRAP引物对10个不同地理种群柑桔大实蝇的基因组DNA 进行扩增,统计多态性谱带, 然后运用DPS统计分析软件进行遗传多态性及聚类分析.结果:10条RAPD 引物扩增产生152条清晰稳定的谱 带,其中多态性谱带132条,多态性谱带的比例为86.84%;不同地理种群间的遗传距离在0.2500~0.6250之间, 10个地理种群的柑桔大实蝇被划分为4个大类群.5对SRAP引物扩增共获得66条重复性好的清晰谱带,其中多 态性谱带60条,多态性谱带比例为90.91%,不同地理种群间的遗传距离在0.2000~0.7895之间,10个地理种 群的柑桔大实蝇被分为5个大的类群.将RAPD和SRAP两种标记的数据整合,聚类结果显示,10个地理种群的 柑桔大实蝇被划分为6个大类群.结论:柑桔大实蝇不同地理种群间具有丰富的遗传多样性,两种方法结合分析更 能准确地反映不同地理种群间的亲缘关系.     

双孢蘑菇产、质量性状相关分子标记的初步研究

对206个收集自世界各地的双孢蘑菇栽培菌株的总DNA进行大规模的SRAP、ISSR和RAPD分析,共获得15条SRAP、3条ISSR和2条RAPD特异性标记条带。利用这20个标记条带对206个菌株中的具有代表性的3种不同农艺性状的131个菌株进行统计和分析,获得标记和相关性状的相关性。结果表明:试验共筛选到5个与双孢蘑菇质量性状明显相关的标记SRAP1-5_(1000)、SRAP2-3_(200)、SRAP5-9_(650)、SRAP5-10_(400)、ISSR809_(2100);3个与双孢蘑菇产量性状明显相关的标记SRAP2-3_(400)、SRAP2-4_(1200)、SRAP2-3_(1800)。研究获得的分子标记经下一步的验证,有望作为双孢蘑菇的杂交育种过程中高产、优质菌株筛选预测的特异性分子标记。     

RAPD和SSR标记在玉米遗传多样性分析中的应用

利用RAPD和SSR两种标记方法研究了16个玉米自交系的遗传多样性,并对这两种分子标记系统进行了比较。结果表明,利用15条RAPD引物,检测到了126条有多态性的带。用筛选出的20对SSR引物,检测到69个等位基因。RAPD和SSR分子标记均有很高的多态性,RAPD多态性带比例数86％,SSR位点检测出的平均等位基因数3．4个。RAPD分子标记结果将16个玉米自交系划分为4组,SSR分子标记将其划分为5组。与系谱分析基本一致,两种分子标记划分的结果也相似。研究认为,RAPD、SSR两种分子标记系统均适合于玉米种质的遗传多样性研究。     

山桐子性别分子标记的通用性验证

采用已知性别的120份山桐子（Idesia polycarpa Maxim.）样品，检验了2个已报道UBC841和STZ分子标记在山桐子性别鉴定中的通用性。同时，分析了大量简单重复序列间区扩增多态性（ISSR）和相关序列扩增多态性（SRAP）标记在山桐子雌雄株中的多态性。结果表明，UBC841标记在24份山桐子样品中可检测到多态性条带，但未检测到雌雄性别特异性条带；STZ标记可在部分样本中扩增出目的条带，但未表现出雌雄株性别特异性；说明这2组标记均未表现出良好的通用性，雌雄性别鉴别准确率较低。此外，筛选了26条ISSR引物和780对SRAP引物组，也未能获得雌雄性别特异标记，说明采用通用型分子标记ISSR和SRAP在山桐子中较难筛选到稳定、可靠的性别特异的标记。     

ISSR和ITS分子标记在黑龙江省野生黑木耳遗传多样性上的应用

利用ISSR和ITS标记对黑龙江省采集的33株野生黑木耳菌株和8个黑龙江省常见栽培菌株进行遗传多样性分析,利用PCR-ISSR体系,选出9个ISSR引物对菌株DNA进行扩增,通过聚类分析对遗传多样性进行分析。结果表明,9个ISSR引物扩增条带103条条带,其中多态性条带95条,多态性比率为92.2%,平均每对引物扩增出条带11.4条,平均每对引物扩增出多态性条带10.6条,平均多态性比例为91.7%。多态性信息含量(PIC)变化在0.063~0.924之间。通过ITS序列对黑木耳菌株进行亲缘关系分析,利用软件ClustalX 1.83和MAGA 4.1进行系统发育分析分析。结果表明,黑木耳ITS1、5.8S、ITS2三个区信息为点比例达到52.1%,遗传位点丰富。两种标记方法均显示黑木耳野生菌株间遗传多样性优于栽培菌株。ISSR和ITS两种方法联合使用可得到较好结果。     

陕西杨凌地区苹果树腐烂病菌（Valsa mali）基因多态性的SRAP分析

利用SRAP标记对陕西省杨凌地区36株苹果树腐烂病菌(Valsa mali)基因多态性进行分析。从150对SRAP引物中筛选得到8对多态性高、稳定性好的引物组合对供试菌株进行扩增,共得到多态性条带56条,占总带数的75.68%,36株菌株的相似系数为0.339 6~0.962 2。其中,菌株167和165ZJG之间相似系数最大,亲缘关系最近。菌株SXYL24与SXYL135之间的相似系数最小。UPGMA聚类分析显示,在相似系数为0.846处36株供试菌株被划分为4个类群,与菌株采集来源及致病力不存在相关性。     

烟草赤星病菌遗传多样性的ISSR和RAPD标记比较分析

采用ISSR和RAPD 2种分子标记方法对来自不同地区的28份烟草赤星病菌进行遗传多样性分析,筛选后选用10个ISSR引物和10个RAPD引物,ISSR扩增出多态性条带112条,多态性条带百分率为86.82%,菌株间相似性系数为0.53～0.97;RAPD引物扩增出多态性条带70条,多态性条带百分率为81.39%,菌株间相似性系数为0.57～0.94;用SPSS17.0软件对2种标记遗传距离进行相关性分析,发现2种分子标记结果呈显著正相关,表明2种分子标记方法都适合于烟草赤星病菌遗传多样性研究,ISSR是一种多态性优于RAPD的标记技术。根据2种标记的结果,利用NTSYS软件按UPGMA方法进行聚类分析,发现烟草赤星病菌遗传多样性与地理差异没有显著相关性。     

基于SRAP和SCoT标记分析不同甜樱桃品种遗传多样性

【目的】探究40个甜樱桃（Prunus avium L.）品种的遗传多样性及SRAP和SCoT标记在甜樱桃上的应用。【方法】利用SRAP和SCoT分子标记进行遗传多样性分析。【结果】筛选出6对条带清晰、多态性好的SRAP引物和7条SCoT引物，在40个甜樱桃品种中分别扩增出多态性条带67和69条，多态性百分率分别为90.54%和93.24%。SRAP标记和SCoT标记的UPGMA聚类分析表明，40个甜樱桃品种的遗传相似系数分别在0.67～0.95和0.72～0.93，说明甜樱桃的遗传背景相对较窄。SRAP标记在相似系数0.79左右可以将40份甜樱桃分为6组，SCoT标记在相似系数在0.77左右可以将40份甜樱桃分为6组。两种分子标记中，来自不同地区的甜樱桃品种没有明显聚类，说明各个地区甜樱桃品种基因交流频繁，另外大部分黄色系甜樱桃品种聚为一类。【结论】2种分子标记均可应用于分析甜樱桃遗传多样性且能够区分不同果皮颜色甜樱桃，可以作为后期种质资源利用和新品种选育的技术手段。     

无患子种质资源多样性与亲缘关系的ISSR和SRAP分析

采用ISSR和SRAP分子标记研究16个分布于不同地区无患子种质的亲缘关系。基于优选出的13条ISSR引物和3对SRAP引物介导的稳定PCR扩增图谱,采用NTSYS数据分析软件计算材料间的Dice相似系数,利用UPGMA法进行聚类分析。结果表明,ISSR和SRAP条引物共扩增出90个稳定条带,平均每个引物扩增出5条,其中多态性条带共55条,多态性条带比率约为61％,表明分布于不同地区的无患子种质间存在较高的多态性,遗传多样性较为丰富,各地区种质间的遗传差异较大。基于UPGMA法构建的分子树状图,可将16个无患子种质划分为3个大类,其中分布于福建与分布于四川的无患子种质亲缘关系最远,分子聚类结果并不完全与其地理分布一致。     

V型小麦细胞质雄性不育“三系”及杂交种线粒体DNA的比较研究

以V型小麦细胞质雄性不育系及相应的保持系、恢复系以及其杂种F1为材料,用ISSR、SRAP、RAPD分子标记技术对它们的线粒体DNA进行了比较分析。结果如下:(1)153个SRAP引物组合中139个组合扩增出了多态性,9个组合扩增出不育系特有而保持系、恢复系、F1均缺失的片段,3个组合扩增出不育系特异缺失的片段。(2)92个ISSR引物中45个扩增出了多态性,筛选到了6个不育系特有而保持系、恢复系及杂种F1均缺失的片段。(3)288个RAPD引物中281个扩增出了多态性,4个引物扩增出不育系特有的片段,3个引物扩增出不育系特异缺失的片段。在对线粒体DNA进行分析时,SRAP比ISSR多态性好,比RAPD稳定性好。     

双孢蘑菇栽培菌株遗传多样性的DNA指纹分析

对206个收集自世界各地的双孢蘑菇栽培茵株的总DNA进行大规模的SRAP、ISSR和RAPD分析.共获得15条SRAP、3条ISSR和2条RAPD特异性标记条带.利用这20个标记条带206个茵株进行统计和聚类分析,获得亲缘关系树状图.结果显示在28%的相似值上,206个菌株可以分为高产型和优质型两大类群.其中,优质类群主要包含优质传统菌株(代表菌株8213、8211)和优质杂交菌株(代表茵株为福建省蘑菇菌种研究推广站选育的As2796、As4607)两大类,高产类群也主要包含高产传统茵株(代表菌株01、02)和高产杂交菌株(代表茵株为荷兰选育的U1、U3)两大类.而在100%相似值上,可分为大小72个类群,每群包含菌株数为1-31不等.     

山核桃SRAP体系的建立及与RAPD和ISSR标记的比较

以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应（PCR）体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应（SRAP-PCR）扩增体系,并筛选了引物。该体系（25.00 μL）为：1 × 缓冲液0.20 mmol·L^－1,脱氧核糖核苷酸（dNTPs）,0.20 μmol·L^－1 引物,2.00 mmol·L^－1镁离子（Mg²⁺）,33.34 nkat Taq DNA 聚合酶,0.80 mg·L^－1基因组DNA（以上均为终浓度）。反应条件为94 ℃预变性5 min;94 ℃变性30 s,35 ℃退火30 s,72 ℃延伸2 min,5个循环;94 ℃变性30 s,50 ℃退火30 s,72 ℃延伸2 min,30个循环;72 ℃延伸8 min,4 ℃保存,反应时间比其他体系缩短了一半。从100对引物中筛选出了适用于山核桃的引物15对。在山核桃中,随机扩增多态性DNA（RAPD）,简单序列重复区间（ISSR）,SRAP等3种标记,以SRAP标记每对引物扩增的位点数及每对引物扩增的多态性位点数为多,但SRAP多态性引物的比例、多态性位点比例居于另2种标记之间。在山核桃研究中可以考虑使用SRAP及RAPD标记。图6表4参28     

湖北省油茶种质资源的遗传基础研究

用ISSR和SRAP 2种分子标记技术对湖北省5个地区的48个油茶资源进行了遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明,无论是ISSR分析、SRAP分析,还是ISSR+SRAP的组合分析均显示油茶群体具有较高的遗传多样性。ISSR的6条引物共产生74条扩增带,多态性条带70条,多态性比例为94.59%;SRAP的11对引物组合共产生64条扩增带,其中有60条多态性带,多态性比例平均为93.75%;ISSR+SRAP的组合分析多态性比例为94.20%。2种分子标记及其组合所作的分类趋势基本相同,亲缘关系分析结果显示将5个地方居群分为2个类群,武汉新洲、黄冈红安、咸宁横沟桥和黄石阳新居群为一类,而恩施鹤峰居群单独为一类。     

薹菜种质资源的RAPD和ISSR分析

【目的】对29份薹菜(Brassica campestris L.ssp.chinensis Makino var.tai-tsai Hort) 种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为薹菜的种质资源保护和利用奠定基础。【方法】利用优化的RAPD和ISSR标记体系,对采自山东、江苏和北京的29份薹菜品种进行DNA多态性分析,并采用类平均法对29份薹菜品种的RAPD和ISSR扩增结果进行聚类分析。【结果】从273条RAPD引物中筛选的33个RAPD引物,共扩增出了336条清晰的谱带,其中293条显示多态性,平均每个引物扩增出10.2条多态性谱带,多态性比率为87.2%。利用RAPD标记构建了29份薹菜资源的聚类树状图,距离系数为0.63～0.79。从100条ISSR引物中筛选的45个ISSR引物,共扩增出了522条清晰的谱带,其中414条显示多态性,平均每个引物扩增出9.2条多态性谱带,多态性比率为79.3%;利用ISSR标记构建了29份薹菜资源的聚类树状图,距离系数为0.70～0.86。【结论】基于RAPD和ISSR标记构建的29份薹菜品种的聚类树状图虽有一定差异,但总体趋势一致,1、20、21号薹菜与其他品种的遗传距离相对较远。     

菜薹抽薹性状的ISSR和SRAP分析

以早抽薹品种CT07和晚抽薹品种T0601为亲本构建F2分离群体,采用分离集团混合分析法 (Bulked segregant analysis,BSA)筛选与菜薹抽薹基因连锁的分子标记.用45条ISSR(Inter-simple sequence repeat,简单重复序列间扩增)引物和20对SRAP(Sequence related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)引物组合进行PCR扩增筛选,其中UBC834、UBC876、E13M4和E5M7对亲本和DNA池的扩增图谱表明,4个引物的差异条带均出现在早抽薹品种CT07和早现蕾(抽薹)池中.经F2代群体单株验证,4个标记均与早抽薹基因相连锁,且标记E13M4最近,距离为16.8 cM,这为菜薹抽薹基因的定位和分子标记辅助育种奠定了基础.     

不同地理居群野生菊资源的遗传多样性分析

利用ISSR和SRAP分子标记对11份不同地理居群野生菊的遗传多样性进行了分析。结果发现:25个ISSR引物共扩增到203条扩增带,其中有187条呈多态性,多态性比率平均为91.9%;29对SRAP引物组合共扩增到446条扩增带,其中有435条呈多态性,多态性比率平均为97.5%;11个居群间的Ne′is遗传距离分布在0.088 7~0.615 5之间。聚类分析表明,紫花野菊、野路菊及其变种能很好地区分开来,但是野生菊资源的遗传变异与地理分布相关性似乎并不明显。     

RAPD和ISSR标记检测黄麻属遗传多样性的比较研究

应用RAPD和ISSR标记,分别对来自非洲地区和中国的15份黄麻野生种(10个种),以及来自中国、印度、越南、日本等地的12份黄麻栽培品种基因组DNA的遗传多样性进行检测。结果表明:(1)参与分析的所有RAPD和ISSR引物都对DNA模板浓度的梯度变化不敏感,对比RAPD和ISSR在PCR反应中的稳定性,ISSR优于RAPD;(2)25个RAPD和ISSR引物分别扩增出329条和283条带,多态比率分别为89.36%和92.5%,显然,ISSR检测出的多态性条带的能力优于RAPD;(3)RAPD和ISSR标记检测同组供试材料种间或种内的遗传相似性系数(GS)范围,分别为0.48～0.98和0.33～0.97,ISSR检测出种间遗传多样性的分辨力较RAPD为高,但两者GS相关系数高达0.955;(4)RAPD和ISSR标记的分子聚类获得了趋势相近,但不完全相同的聚类树,两种标记均能准确地把原始黄麻野生种与栽培种中的长果种和圆果种及其近缘野生种聚在不同的种群中,分子分类结果与传统经典分类相符,并揭示出种间或种内基因型的遗传差异与亲缘关系,而ISSR比RAPD能检测到种间更高的遗传差异性;(5)两种标记均可揭示种间与种内的遗传多样性及其进化的亲缘关系,可为进一步开展黄麻分子辅助育种和起源与进化研究提供有价值的理论依据。     

杨树腐烂病菌表观特征及遗传多样性分析

为探究杨树腐烂病菌的表观特征、遗传多样性以及它们与不同寄主杨树派别和病原菌地理来源的关系,本文收集来自我国14个省份的106份杨树腐烂病标本,纯培养观察记录菌落生长状况,分析菌株培养形态多样性,并从中选取背景信息差异较大的菌株34份,采用SRAP和ISSR两种标记方法分析其遗传多样性。结果显示:杨树腐烂病菌同一菌株在不同条件下的培养性状稳定;不同菌株的培养形态差异明显,且各类别间菌株的培养性状与寄主植物、地理来源没有明显相关性。利用获得多态性良好的12对SRAP引物和20条ISSR引物分析得出群体的Nei's多样性指数为0.31(SRAP)、0.28(ISSR),各菌株间存在较大的遗传差异;并从寄主角度分析其群体遗传结构,得出群体总的遗传多样性为0.27,群体内的遗传多样性为0.23,可以解释总体多样性的87%,遗传分化系数(G_ST)为0.13,遗传变异主要存在于群体内。从地理角度分析得出,总的群体遗传多样性为0.28,群体内的遗传多样性为0.13,可以解释总体多样性的48%,G_ST为0.52,来自群体内和群体间的多样性差异相当,而地理群体间的迁移对总体的遗传分化产生了较大的影响,各群体的遗传多样性水平表现为从西到东依次降低的趋势。