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相似文献
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1.
【目的】 在分子水平上探讨大围山微型鸡的遗传进化。【方法】 以大围山微型鸡与其他18个地方鸡品种及2个国外引进品种为研究对象,每个品种选取公鸡10只,母鸡20只,采血,提取全基因组DNA,进行简化基因组测序(RAD-Seq),鉴定21个品种基因组SNP,计算大围山微型鸡遗传统计量,分析遗传多样性和遗传结构、筛选受选择基因并进行功能富集分析。【结果】 在大围山微型鸡群体中鉴定出331 892个SNPs。大围山微型鸡的平均杂合度(Ho)为0.219、核苷酸多样度(Pi)为0.245,近交系数(Fis)为0.107,与其他18个地方鸡种相比遗传多样性呈中度多态。聚类分析发现,大围山微型鸡与瓢鸡、茶花鸡和藏鸡聚为一类,亲缘关系较近,且与瓢鸡的群体分化指数(Fst)最低(0.0929),亲缘关系最近,与河南斗鸡的Fst最高(0.2179),亲缘关系最远。共筛选出200个受选择基因。GO分析结果显示,这些受选择基因主要富集在运动、刺激应答、信号传导等生物学过程;KEGG分析结果表明,这些受选择基因主要富集在代谢、肌动蛋白细胞骨架的调节、MAPK等信号通路。【结论】 大围山微型鸡遗传多样性呈中度多态,与瓢鸡亲缘关系最近,本研究筛选出了200个受到选择的基因,这些基因在代谢、信号传导、颅骨发育等多个方面发挥作用。  相似文献   

2.
随着交通便利与市场化杂交利用,我国地方鸡遗传资源面临血液混杂、品种来源和品种间的遗传关系不清晰的问题。为了给第三次全国畜禽遗传资源普查工作提供依据。本研究对位于中国大巴山脉和乌蒙山区的6个地方鸡群体(每个群体公、母各10只)共118个个体进行了简化基因组GBS测序,分析了核酸多态性(Pi)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、遗传分化(Fst)、遗传距离(DR)和基因流(Nm)等指标。研究发现,岩水鸡黑羽群体的遗传多样性较低(He=0.154;PIC=0.125),大宁河鸡遗传多样性最为丰富(He=0.197,PIC=0.162)。城口山地鸡和大宁河鸡之间的遗传分化最低(Fst=0.053),基因流最高(Nm=4.50),丰岩乌骨鸡和岩水鸡黑羽群体之间的遗传分化最高(Fst=0.183),对应的基因流最低(Nm=1.12)。系统发生树和主成分分析显示,岩水鸡白羽群体和黑羽群体聚为一类,城口山地鸡、大宁河鸡和旧院黑鸡聚为一类,丰岩乌骨鸡单独为一类。Structure分析表明,城口山地鸡与岩水鸡白羽群体血缘混杂。本研究探明了邻近区域地方品种的遗传关系,位于乌蒙山区的丰岩乌骨鸡与大巴山脉的旧院黑鸡、城口山地鸡、大宁河鸡、岩水鸡黑羽和白羽具有较远的遗传距离。本研究为地方品种的保护和开发利用提供了依据。  相似文献   

3.
旨在基因组水平上揭示地方鸡种的遗传进化,发掘重要种质特性基因。本研究利用简化基因组RAD-seq测序鉴定19个地方鸡种(每个品种按照家系选取30个个体,10公、20母)基因组SNP标记,计算观察杂合度(Ho)、核苷酸多样度(Pi)、近交系数(Fis)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)等遗传统计量指标,分析地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,并通过选择信号检测鉴定基因组受选择基因。结果表明,在19个地方鸡种中鉴定出400 562个SNPs标记。瓢鸡(PJ)和文昌鸡(WC)的遗传多样性最为丰富,观察杂合度(Ho)分别为0.246 8、0.243 0,核苷酸多样度(Pi)分别为0.278 1、0.265 5;河南斗鸡(DJ)的遗传多样性相对匮乏,Ho为0.156 0,Pi为0.175 2;东乡绿壳蛋鸡(DX)和边鸡(BJ)的近交系数最高(Fis0.160 0)。瓢鸡与文昌鸡、惠阳胡须鸡(HX)、藏鸡(ZZ)、大围山微型鸡(WX),惠阳胡须鸡与文昌鸡,藏鸡与茶花鸡(CH)间的遗传分化最低(Fst0.100 0),对应的基因流最高(Nm0.240 0)。河南斗鸡与其它品种间的遗传分化均处于较高水平,与其中15个品种间的Fst0.200 0、Nm1.000 0。遗传聚类分析(2个引入品种做外群)将地方鸡种总体上分为5类,与品种形成历史和地理分布基本吻合。通过选择信号分析,在19个地方鸡种合并群体中检测出9个常染色体上的26个区域受到选择作用,包含31个受选择基因。这些受选择基因广泛参与免疫系统调节、生殖机能调控、应激响应、代谢等生物学过程。利用基因组SNP标记能更全面准确地揭示地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,选择作用主要体现在对地方鸡种抗逆抗病特性、配子活力及行为等方面的塑造。  相似文献   

4.
【目的】 通过基因组重测序技术对中畜草原白羽肉鸭与樱桃谷鸭的遗传差异进行分析,追溯两个品种鸭在不同人工选择下的基因组变异机制,以此阐明优异性状形成的遗传基础。【方法】 选择樱桃谷鸭商品代和中畜草原白羽肉鸭商品代各16只进行基因组重测序,过滤掉高缺失率与最小等位基因频率较低的位点,获得高质量SNPs用于后续分析;对两品种的基因型数据进行主成分分析(PCA)确定其遗传分化情况;采用群体遗传分化指数(Fst)和群体核酸多样性比值(Pi)两种分析方法综合筛选中畜草原白羽肉鸭和樱桃谷鸭的受选择信号。【结果】 主成分分析结果显示,中畜草原白羽肉鸭和樱桃谷鸭分化显著。以10 kb窗口5 kb步长分别计算FstPi分析值,取前1%作为阈值(Fst>0.177,Pi>0.885),在两种分析方法的信号重叠区域共筛选到410 kb候选区域,共注释到21个候选基因。对候选基因进行GO与KEGG富集分析发现,12个基因显著富集到细胞组分和分子功能两大类中(P<0.05),2个基因显著富集到代谢相关通路(P<0.05)。这些基因中,与脂质代谢、氨基酸代谢、免疫调控相关的基因包括PDE3APRKAR2BSEMA5ASHANK2、STXBP6与LOC101803508(GOLGB1)受到了强选择。【结论】 虽然樱桃谷鸭与中畜草原白羽肉鸭均源自北京鸭,但经过不同强度、不同方向持续的人工选育,2个品种明显分化,且中畜草原白羽肉鸭具有更高的遗传多态性。筛选到了2个品种间一系列遗传分化候选基因,并重点挖掘了参与白羽肉鸭风味肉品质调控的相关基因,为后续研究不同白羽肉鸭品种特征、筛选品种特异性分子标记提供了参考。  相似文献   

5.
中国地方鸡种遗传多样性和品种贡献率分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用16个微卫星标记,计算10个地方鸡品种群体位点多态信息含量(PIC)、F-统计量、DA遗传距离,用以评价品种遗传多样性。并基于Dn遗传距离采用NJ法构建系统进化树,通过分析其对品种间遗传关系的重建,检验DA遗传距离度量方法的可靠性,用以计算现实多样性和品种贡献率。结果表明:16个微卫星座位均为中度或高度多态位点(PIC〉0.25,PIC〉0.50),10个地方鸡种群体总近交系数(Fit)为0.147,群体间基因分化系数(Fst)为0.134,群体内近交系数(Fis)为0.015,且3个指标均达到显著水平(P〈0.05)。DA遗传距离较为准确地反映了10个地方鸡品种间的系统进化。基于DA遗传距离获得的10个地方鸡品种群体现实多样性为1.7932,茶花鸡的品种贡献率最大(16.59%),其次为固始鸡(14.01%)、白耳鸡(11.44%)、狼山鸡(11.34%)、北京油鸡(11.30%)、大骨鸡(8.90%)、仙居鸡(7.03%)、藏鸡(6.28%)、鹿苑鸡(5.81%),萧山鸡的品种贡献率(5.00%)最低。研究结果可为更有效地保护我国地方鸡种资源遗传多样性提供理论基础。  相似文献   

6.
旨在分析静原鸡白羽、麻羽、黑羽保种群之间的遗传变异,挖掘调控特征性状的关键候选基因。本研究利用RAD-seq技术对180日龄特征明显、发育正常且健康的白羽、麻羽、黑羽静原鸡(每个羽色选取60个个体,40只母鸡,20只公鸡)进行测序,基于SNP标记计算观察杂合度(Ho)、群体内核酸多态性(Pi)、群体的平均近交系数(Fis)等指标,分析静原鸡3个类群的遗传多样性和群体结构,并通过选择性清除分析和全基因组关联分析(GWAS)筛选出候选基因,利用KOBAS对候选基因进行KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集,最终筛选出调控静原鸡羽色的候选基因。测序结果表明,静原鸡180个样品共产生198.83 Gb Clean Data,Q30达到93%以上。遗传多样性分析表明,白羽、麻羽、黑羽静原鸡分别鉴定出238 533、233 562和240 820个SNPs标记,HoPiFis分别在0.273 2~0.278 2、0.304 9~0.309 6和0.096 1~0.109 8之间。群体结构分析表明,静原鸡根据不同羽色分为不同类群。通过选择性清除分析和全基因组关联分析共筛选出11个(FZD4、WNT16、EDNRBTYRKRASCTNNB1、DDCMC1R、CAMK2A、PRKCBPRKCA)与静原鸡羽色相关的候选基因,富集结果显示这些基因主要与黑色素生成、酪氨酸代谢和Wnt信号传导等通路相关。综上所述,本研究利用SNPs标记信息可以全面地评价静原鸡的保种现状,为静原鸡的遗传资源保护奠定理论基础。同时,筛选出了与静原鸡羽色性状相关的候选基因,为静原鸡不同羽色的品系化培育提供新的遗传标记和基因靶点。  相似文献   

7.
试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数(Fst)来分析群体遗传结构,同时对群体进行主成分分析(principal component analysis,PCA)和系统进化树构建以确定其群体结构;借助Di和XP-EHH两种不同的方法,以前5%为阈值,通过SNPs注释得到西藏山羊基因组受选择基因,并利用相关的生物信息学数据分析库对候选基因进行功能富集分析。结果显示,在3个群体中共鉴定出48 358个SNPs标记,3个群体有相近的遗传距离(Fst<0.05),西藏山羊的遗传分化程度(Fst=0.0376)明显高于新疆山羊(Fst=0.0256)、太行山羊(Fst=0.0257),表明西藏山羊群体已经产生一定程度的遗传分化。通过选择信号分析,在西藏山羊群体中共筛选到36个受到较强选择的位点和211个候选基因,其中EGFR、AKT1、PDHBPFKP等基因与高海拔适应性相关。这些基因主要富集在嘌呤代谢通路、代谢途径和HIF-1信号通路等。利用基因组SNP标记可以更全面地揭示西藏山羊高海拔适应性的选择进展,为种质资源的保护和利用提供重要参考。  相似文献   

8.
为研究中国地方绵羊品种之间的遗传多样性,利用6个微卫星位点,对中国6个绵羊品种群体进行遗传检测,计算了各品种群体的平均杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC),同时分析了各品种群体内的遗传变异,进行了UPGMA聚类。结果表明,6个绵羊品种Ho为0.5446~0.7140,PIC为0.5211~0.7732;6个绵羊品种都具有较丰富的遗传多样性,其中岷县黑裘皮羊的遗传变异最高,小尾寒羊的遗传变异最低;小尾寒羊的近交系数最高,揭示该群体内近交程度可能较高。利用UPGMA方法构建了系统发生树,兰州大尾寒羊与岷县黑裘皮羊为一类,哈萨克羊与贵德黑裘皮羊为一类,泗水绵羊与小尾寒羊为一类,表明群体遗传结构与地理分布及其驯化历史相关。  相似文献   

9.
我国拥有81个宝贵的地方鸡品种,具有世界上许多发达国家望尘莫及的品种资源优势。这些地方鸡品种是在极为复杂的生态条件和社会经济文化条件的影响下,我国劳动人民逐渐选育而出的这些鸡种具有不同的生产性能,与国外培育的一些专用鸡种相比,具有广泛的遗传多样性和对周围环境的高度适应性,具有抗逆性强、肉质好、蛋品质优等特点。如:抗逆性强的边鸡、静原鸡;稀有蛋用早熟品种白耳黄鸡、仙居鸡;蛋大、壳厚、体型较大的大骨鸡;骨细、肉嫩、味鲜的文昌鸡、北京油鸡、惠阳胡须鸡等;具有滋补药用功能的丝羽乌骨鸡;善飞翔的藏鸡;以产绿壳蛋为主的东乡绿壳蛋鸡;具有斗性强的河南斗鸡、漳州斗鸡等。这些地方鸡品种既是宝贵的遗传资源,遗传多样性是未来家禽品种改良的遗传基础,也是价值极高的经济资源,为我国家禽业发展提供了基础动力和基本素材。保护家禽遗传资源的多样性对于我国家禽业的可持续发展具有十分重要的意义。  相似文献   

10.
旨在通过分析娄门鸭保种群体的遗传多样性和群体结构来评估保种效果。本研究在娄门鸭保种群中随机选择同一世代163只90日龄的健康个体(39公,124母),翅静脉采血后提取基因组DNA,利用简化基因组测序技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性(SNPs); 利用R软件计算个体水平的多态信息含量(PIC)、固定指数(Fix-index)、香农信息指数(SHI)、基因多样性指数(Nei)、有效等位基因数(Ne)以及本研究自创的相对多态信息含量(rPIC)等6个遗传多样性指标,并比较分析了不同染色体水平的遗传多样性指标; 同时利用admixture软件分析群体遗传结构,gcta软件分析群体主成分和个体间的亲缘关系,并分析连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH)以及基因组近交系数FROH,评估保种效果。结果显示,163只娄门鸭个体共检测到622 205个SNPs位点,质控过滤后得到374 455个高质量SNPs位点,其中50.70%的位点分布在NC_040046、NC_040047、NC_040048和NC_040049四个染色体中。娄门鸭群体PICNeiNeSHIrPIC指标值分别为0.154 1、0.192 9、1.336、0.296 9和0.410 9,对于SNPs而言,该群体38.80%的SNPs位点属于高度多态性位点,遗传多样性较为丰富; Fix-index值为0.320 8,说明娄门鸭群体出现了分化,这与遗传结构、PCA和亲缘关系分析将娄门鸭群体划分为3个群体的结果一致。PICNeiNeSHI四个指标分别在不同染色体上的分布规律均一致,且4个指标两两相关性均达到0.97以上,而Fix-index与其他4个指标的相关性较低,在0.23以下,说明可以选择Fix-index以及PIC等少数指标来评估娄门鸭群体的遗传多样性。163只娄门鸭个体共检测到2 966条ROH,ROH片段长度主要集中在0~2 Mb区间; 基于ROH得到的基因组近交系数FROH在公、母鸭中分别为0.027 5和0.043 3,说明娄门鸭保种群近交程度较低; 具体到染色体水平,NC_040068、NC_040074染色体的FROH值分别达到0.352 4和0.319 3。结果提示,娄门鸭保种群的遗传多样性较丰富,群体基因组近交系数较低,但个别染色体的近交系数较高,且群体出现了部分分化。后续保种中可以将遗传结构分析得到的3个分化的亚群个体之间进行适当的非随机交配,消除目前的群体分化现象,并重点监测染色体近交系数较高的基因组区域,避免个别染色体近交系数上升过快。  相似文献   

11.
旨在对中国地方鸡品种的遗传多样性与种群结构进行分析。本研究使用Affymetrix Axiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自8个品种的157只地方鸡及233只商品鸡进行基因分型,以品种作为分组来计算各分组的观测杂合度、期望杂合度、次等位基因频率、近交系数及核苷酸多样性分析地方鸡群体的遗传多样性,利用进化树、主成分分析、群体结构、MDS等方法分析鸡群体的群体结构,基于状态同源(IBS)和群体分化系数(Fst)分析种群内部与种群之间的亲缘关系,利用长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)估算得到基于ROH的近交系数。结果表明,各群体的观测杂合度均高于期望杂合度,次等位基因频率在0.175~0.236之间,近交系数在0.018~0.205之间,核苷酸多样性在0~6×10-4之间,进化树与主成分分析表明品种间出现了明显的群体分化,地方鸡群体与商品鸡群的MDS分析发现我国地方鸡与商业肉鸡品种的遗传距离较近;IBS遗传距离在0.092 9~0.319 9之间;各品种成对Fst分析表明,群体间呈现中高分化程度(0.09~0.22);此次分析共得到了...  相似文献   

12.
This article described the relationship among six Chinese indigenous sheep breeds.There were six microsatellite loci which used to analyze the genetic diversity.Based on the allele frequency of six sheep variations, we calculated the mean heterozygosity (Ho), which were from 0.5446 to 0.7140;The polymorphism information content (PIC) in six sheep breeds were from 0.5211 to 0.7732.Genetic variations within breed were analyzed in the study, and we clustered the UPGMA tree according to the DA genetic distance.The results showed that six breeds had relatively abundant genetic diversity, and MXB had the highest genetic variation, while SW had the lowest genetic variation.The inbreeding coefficient of SW was higher than other breeds, which revealed a higher inbreeding degree in this breed.Phylogenetic tree was constructed using UPGMA, which showed that LZD and MXB were classified as a class, HZK and GF were classified as a class, SIH and SW were classified as a class.The results revealed the genetic structure of breeds correlated with geographical distribution and history of domestication.  相似文献   

13.
旨在探讨鸡不同杂交组合线粒体控制区(mtDNA D-loop区)的遗传多样性和单倍型特性。选取固始鸡和隐性白羽鸡及其正、反交F1代、藏鸡以及F2代等6个群体共387个个体的mtDNA D-loop区进行测序,分析其遗传规律和单倍型特性,并与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列大小为1 231 bp,共检测到28个多态位点和1个C碱基缺失,共构成19种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中,固始鸡和反交F1代主要为A、C单倍型,固始鸡A、C单倍型比例分别为53.42%和46.58%,反交F1代A、C单倍型比例分别为50.75%和49.25%;隐性白羽鸡、正交F1代和F2代优势单倍型均为E单倍型,占比分别为48.89%、48.84%和50.00%。6个鸡群体单倍型多样度(Hd)在0.496~0.729之间,核苷酸多样度(Pi)在0.003 40~0.005 41之间,Hd值和Pi值最大的均为正交F1代,其次为隐性白羽鸡和F2代,固始鸡和反交F1代群体遗传多样性接近。聚类分析显示,A、B单倍型群与滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型群与印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与印度亚种、指名亚种、印尼亚种以及滇南亚种聚为一枝。结果提示,mtDNA D-loop区遵循严格的母系遗传,后代的遗传多样性和单倍型比例与其母本基本一致;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,且主要起源于原鸡滇南亚种。  相似文献   

14.
通过资源调查摸清我国10个药用价值地方鸡种的保存现状,发现金阳丝毛鸡已经濒临灭绝.其他9个药用价值地方鸡种均处于正常保种状态.通过筛选的27个多态性较好的微卫星标记,检测了我国9个药用价值地方鸡种的遗传多样性.利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数、构建了聚类图,并进行了系统发生分析.根据调查结果及遗传多样性检测数据,分析的9个药用价值地方鸡种保存状态,并提出保护建议.  相似文献   

15.
旨在揭示康西草原马匹的品种来源以及群体遗传结构。本研究采集了当地60匹健康状况良好、体重适中、3~6岁之间不区分公母马的血液样品,试验分为6个种群并以纯血马等4个国外马品种、1个我国地方马品种作为对照, 通过设计引物并提取基因组DNA结合微卫星扩增法对染色体上12个微卫星位点的等位基因进行检测,并对各种群遗传多样性参数、群体分化指数、瓶颈效应以及群体结构进行分析。试验按照群体个数为依据分为6组,每组1个重复,每个重复以该组样本量为标准。分析6个种群马的遗传参数结果表明,其中共检测到221个等位基因,平均Shannon指数为1.691;有效等位基因数(Ne)为3.649~5.397;期望杂合度(He)为0.681~0.798;观测杂合度(Ho)为0.632~0.780;平均多态信息含量(PIC)为0.643~0.772。这些结果表明,6个群体都具有很高的遗传多样性。通过微卫星DNA位点的连锁不平衡及哈迪-温伯格平衡分析发现, 大多数位点的P值都大于校正值(P=0.006 5),表示较多位点都处于哈迪-温伯格及连锁平衡状态。各群体间群体分化系数(Fst)表明,群体间分化程度较低(Fst<0.15)。基于Nei’s遗传距离与地理距离之间Mantel相关性检验显示二者之间呈现正相关性(R=0.502),但未达到显著水平(P=0.310);各马匹种群瓶颈效应分析表明,P值极显著(P(IAM)<0.01)说明该地区的马群体受到过瓶颈效应的影响且该马群体历史上数量有大规模的减少。通过 FCA因子分析、基于Nei’s标准遗传距离UPGMA树状图以及Structure贝叶斯聚类分析发现,该地区马种群与纯血马和温血马聚为一类,说明该种群最有可能主要来源于温血马和纯血马。这些结果揭示,康西草原地区马匹具有较高的遗传多样性,该地马群体的血统与纯血马和温血马相近,这为当地马遗传资源评估以及开发利用打下了坚实的基础。  相似文献   

16.
华东27个地方鸡品种(品系)的遗传变异   总被引:7,自引:3,他引:7  
应用30个微卫星标记对华东27个地方鸡品种(品系)进行了遗传多样性分析,计算了多态信息含量、平均杂合度和遗传距离等遗传参数,并用类平均法进行了聚类分析。结果表明:平均杂合度最高的是河田鸡,为0.6870,最低的是狼山鸡,为0.6170;27个地方鸡品种(品系)的杂合度都较高,反映了这些品种的多种多型;各品种的平均遗传距离反映了各品种分化时间的长短;UPGMA的聚类分析将27个品种(品系)聚为10类:丝绒乌骨鸡、济宁百日鸡、河田鸡、安义瓦灰鸡、仙居鸡、江山乌骨鸡、溧阳鸡、金湖乌风鸡、灵昆鸡、余干乌骨鸡、康乐鸡、萧山鸡、琅讶鸡、淮北麻鸡、淮南三黄鸡为第1类,白耳鸡为第2类,浦东鸡为第3类,崇仁麻鸡与丝羽乌骨鸡为第4类,狼山鸡与寿光鸡为第5类,鹿苑鸡、东乡绿壳蛋鸡、汶上芦花鸡各独自聚为第6、7、8类,鲁西斗鸡与宁都三黄鸡聚为第9类,漳州斗鸡独自聚为第10类。通过微卫星标记对华东27个地方鸡品种(品系)遗传变异的分析说明这些地方品种的遗传多样性极其丰富,各具特色,应促进资源优势向经济优势转化。  相似文献   

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