鲇细胞色素b基因序列差异及遗传多样性分析

从4个种群的鲇(Silurus asotus)线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)扩增出约500 bp的细胞色素b基因,经Clustal X同源排序后得400 bp序列.用PopGen32软件计算遗传距离和遗传一致度.17个个体间的遗传距离的变化范围为O～0.0211,遗传一致度的变化范围为1-0.9791.结果显示,在长江上游的支流中,雅砻江种群在该基因片段上基本不存在变异,在被分析的4个个体中,其细胞色素b基因的序列完全一致;岷江种群和乌江种群在该基因片段上有一定的变异.沅江上游的海阳河种群在该基因片段上基本不存在变异,在被分析的5个个体中,其细胞色素b基因的序列完全一致.但各个种群问在该基凶片段上差异较大.在4个种群的鲇Cytb基因比较分析的基础上,构建了遗传关系聚类图,雅砻江、岷江、乌江、潕阳河4个种群各聚为一支后,雅砻江和岷江2个种群再聚为一支,乌江和潕阳河2个种群再聚为另一支.     

南方鲇Cyt b基因序列变异及遗传多样性分析

从5个种群的南方鲇线粒体DNA扩增出约500 bp的细胞色素b基因(Cyt b),经Clustal X同源排序后得400 bp序列.21尾个体间遗传距离变化范围为0～0.0024,遗传一致度的变化范围为1～0.9976.结果显示在长江的上游支流中,南方鲇不同种群间在该基因片段上基本不存在变异.长江中游的洞庭湖种群与长江上游支流的各种群间在该基因片段上差异较大.比较分析了5个种群的南方鲇Cyt b基因并构建了遗传关系聚类图,雅砻江、岷江、宜宾、乌江4个种群聚为一支,洞庭湖种群聚为另一支.     

华东地区中华鳖地方群体mtDNA多态分析

应用多聚酶链式反应（ＰＣＲ）技术和限制性长度多态（ＲＥＬＰ）方法，对我国华东地区中华鳖三个地方群体的线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）的细胞色素（ｃｙｔ）ｂ基因进行了分析。６种限制性内切酶共获得１８种酶谱和１４种基因型。ｃｙｔｂ基因大小的估算值为１０８０±６０ｂｐ。基因型多样性和核苷酸序列多样性指数分别为０．６８７９±０．０９７８和０．０２６６±０．０９７８。浙江绍兴、江苏南京和山东青岛中华鳖群体间存在显著的遗传差异（Ｐ＜０．０５），其中南京群体与绍兴群体的遗传距离最近，青岛群体与绍兴群体的遗传距离最远。三群体的遗传关系与地理距离相一致，暗示地理分隔可能是造成中华鳖群体遗传分化的主要原因。还发现内切酶ＨｅⅢ和ＨｈａⅠ可作为中华鳖种群鉴定的标志酶。     

中华绒螯蟹线粒体DNA 12S rRNA基因片段的序列研究

首次进行了中华绒螯蟹（Ｅｒｉｏｃｈｅｉｒ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）线粒体ＤＮＡ１２ＳｒＲＮＡ的序列分析。参考果蝇、蚤状序列对中华绒螯蟹线粒体ＤＮＡ１２ＳｒＲＮＡ基因片段做了引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定,结果得到４５７ｂｐ的碱基序列,其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１５９ｂｐ（３４．７９％）、１７７ｂｐ（３８．７３％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（１５．３２％）、与果蝇、蚤状的相同基因片段的序列含量基     

中华绒螯蟹线粒体DNA l2S rRNA基因片段的序列研究

首次进行了中华绒螯蟹（ Ｅｒｉｏｃｈｅｉｒ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）线粒体 ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ的序列分析。参考果蝇、蚤状溞序列对中华绒螯蟹线粒体ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ基因片段做了引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定,结果得到 ４５７ ｂｐ的碱基序列,其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为 １５９ｂｐ（３４．７９％）、１７７ｂｐ（３８．７３％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（ １５． ３２％）,与果蝇、蚤状溞的相同基因片段的序列含量基本相似。     

基于28S rRNA基因对3种枝吻纽虫的鉴定及其系统发育分析

中华枝吻纽虫（Ｄｅｎｄｒｏｒｈｙｎｃｈｕｓｓｉｎｅｎｓｉｓ）、湛江枝吻纽虫（Ｄ．ｚｈａｎｊｉａｎｇｅｎｓｉｓ）和疣多枝吻纽虫（Ｐｏｌｙｄｅｎｄｒｏｒｈｙｎ ｃｈｕｓｐａｐｉｌｌａｒｉｓ）因其在形态学和组织学特征上差异较小,致使其分类地位存在争议。基于２８ＳｒＲＮＡ基因序列及形态学和组织学特征对采自北海和湛江的３种枝吻纽虫进行分类地位鉴定,结合来自ＧｅｎＢａｎｋ的其它纽虫序列,分析了它们之间的系统发育关系。中华枝吻纽虫２１个个体共检测到长度为１０４５ｂｐ的２个单倍型;湛江枝吻纽虫的４个个体的长度均为１０３８ｂｐ,共检测到２个单倍型;１个疣多枝吻纽虫个体的长度亦为１０３８ｂｐ。中华枝吻纽虫的２个单倍型以及湛江枝吻纽虫的２个单倍型之间的遗传距离均为０．００１;而３种枝吻纽虫２８ＳｒＲＮＡ基因序列的遗传差异很大,彼此之间的遗传距离都在０．０９８以上。分子系统树（ＮＪ）的拓扑结构也显示,３种枝吻纽虫没有聚成１支,而是各自成支,结果支持３种枝吻纽虫分别为独立有效物种;同时也表明３种枝吻纽虫并非单系,乃至枝吻纽虫属（Ｄｅｎｄｒｏｒｈｙｎｃｈｕｓ）的２种枝吻纽虫也并非单系。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

洪泽湖野生河蚬(Corbicula fluminea)线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.870和0.045,平均碱基差异数(K)为27.370,单倍型序列间的遗传距离为0.002?0.095。采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建COⅠ单倍型系统进化树,15个单倍型聚为两个明显分支,表明洪泽湖河蚬种群出现了遗传分化。中性检验结果和歧点分布图显示,洪泽湖河蚬种群大小保持相对稳定,未经历种群扩张。本研究结果表明,洪泽湖河蚬种群具有较高的遗传多样性水平,该结果可为合理开发、利用及保护洪泽湖河蚬野生种质资源提供科学参考。     

广西钦洲湾养殖牡蛎线粒体16S rRNA基因片段序列变异分析

采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎Crassotea ariakensis Fujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增，获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，经同源排序，得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点，包括1个碱基插入／缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型，这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支，一支有19个个体，占73．08％；另一支有7个个体，占26．92％；2支间序列差异为3．54％。据此得出结论：钦洲湾养殖牡蛎应存在两大种群或是2个亚种，其差异是否到了种间的分界限，还需进一步研究证实。     

洪泽湖野生河蚬(Corbiculafluminea)线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.870和0.045,平均碱基差异数(K)为27.370,单倍型序列间的遗传距离为0.002-0.095。采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建COⅠ单倍型系统进化树,15个单倍型聚为两个明显分支,表明洪泽湖河蚬种群出现了遗传分化。中性检验结果和歧点分布图显示,洪泽湖河蚬种群大小保持相对稳定,未经历种群扩张。本研究结果表明,洪泽湖河蚬种群具有较高的遗传多样性水平,该结果可为合理开发、利用及保护洪泽湖河蚬野生种质资源提供科学参考。     

乌江流域大型底栖动物群落结构及其水质生物评价

为了解乌江流域的底栖动物群落结构和水质状况,2006年7-8月对贵州境内乌江流域干流和16条主要支流共34个断面的底栖动物进行了调查,并利用生物学污染指数(BPI)、Goodnight-Whitley生物指数(G.I)和Shannon-Wiener指数(H)对流域水质进行了评价。共获底栖动物132 种,隶属4门7纲54科,其中线形动物1种,环节动物21种,软体动物37种,节肢动物73种,在种类数上以软体动物和水生昆虫占优势,分别占总物种数的28.03%和53.78%。流域底栖动物密度为22-21712 ind./m2,其中霍甫水丝蚓、凸旋螺相对密度较高,在流域分布较为广泛,是流域的优势种;乌江大桥、沙沱电站、沿河二桥、思渠等断面具有较高的生物多样性(H=2.97~3.56)。底栖动物群落主要包括软体动物或以软体动物为主、软体动物+节肢动物或以软体动物+节肢动物为主、环节动物为主、节肢动物+环节动物或以节肢动物为主等类型,软体动物为群落中的优势种。水质生物评价显示：基于BPI, 有21个断面受到轻度到中度污染;基于H, 有31个断面受到中度到严重污染;基于G.I, 则34个断面分别受到轻度到严重污染。为使流域水质得到改善,必须对污染源进行控制。     

基于AFLP分析的乌江四川裂腹鱼种群遗传结构及多样性研究

本研究采用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记技术,以筛选出的7对引物,对采自贵州乌江的30尾四川裂腹鱼(Schizothorax kolzovi)的遗传结构和多样性进行分析。结果显示,用7对引物获得的扩增片段数为5~73,扩增片段长度范围为69~500 bp,共检出扩增位点856个。其中,多态位点796个,占扩增总位点数的92.99%。该种群含30个基因型,其观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)平均值分别为1.933 6、1.338 8、0.212 2和0.338 7。个体之间遗传距离为0.169 1~0.531 9,平均为0.306 8。根据遗传距离,采用UPGMA法和NJ法得到了拓扑结构相似的30个个体的系统树,该系统树由2个分支组成。其中,个体1为一个分支,而其余29个个体聚为另一个分支。乌江四川裂腹鱼种群具有较丰富的遗传多样性。然而,受水电站建坝、河流污染和酷渔滥捕的影响,该种群分布区已缩小,种群数量减少,处于生态受威胁状态,需要开展对乌江四川裂腹鱼种群及种质资源的保护。     

伊犁河流域不同群体伊犁裂腹鱼遗传差异分析

伊犁裂腹鱼（Schizothorax pseudaksaiensis）仅分布于新疆伊犁河流域,是该流域典型的土著种和生态敏感种。近年来,过度捕捞及水利工程开发使栖息地环境改变,种群数量急剧减少。本研究分析了伊犁河流域4个采样点共计54尾伊犁裂腹鱼线粒体DNA细胞色素b基因（长度为1109bp）的序列,探讨了伊犁裂腹鱼遗传结构及其影响因素。54尾个体共定义了16种单倍型,其中雅玛渡采样点群体（YJ）享有单倍型的数量最多,而恰普其海水库群体（YQ）享有单倍型的数量最少。单倍型分子系统树和中介网络图均分为两支,不同群体间单倍型交叉出现。平均遗传距离表明,4个伊犁裂腹鱼群体的遗传分化为种内个体间差异,尚未达到亚种水平。伊犁裂腹鱼单倍型分布的分化可能与大坝的阻隔效应有关。建议对两个类群伊犁裂腹鱼采取不同的管理策略加以保护。     

基于线粒体Cyt b分析入侵云南四大水系的麦穗鱼群体遗传结构

为揭示麦穗鱼入侵云南后群体的遗传多样性和遗传分化差异现状,实验采集了云南澜沧江、怒江、红河、伊洛瓦底江水系13个样点,及黄河、长江、珠江原产地水系6个样点的麦穗鱼群体共计220尾样本,利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)全序列作为分子标记,初步分析了麦穗鱼群体的遗传多样性、遗传结构和遗传分化情况。结果显示,共检测到72个变异位点,定义25个Cyt b单倍型。云南四大水系麦穗鱼单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.828±0.014和0.005 44±0.001 18。云南四大水系和黄河、长江、珠江水系相比,具有较高的遗传多样性。单倍型系统发育树与单倍型网络图显示,黄河群体单倍型独立,云南各水系单倍型与珠江、长江单倍型混杂,推测云南麦穗鱼主要来源于珠江和长江,这与云南省引种经济鱼类历史一致。分子变异分析(AMOVA)显示,云南四大水系麦穗鱼群体间具有程度较高的遗传分化,其中大多数遗传变异存在于群体内(72.60%),群体间的遗传变异为28.62%,水系间为1.22%。结果发现麦穗鱼遗传分化与当前水系的分布格局不吻合。Fu’s Fs中性检验结果和核苷酸不配对分析结果均表明,云南四大水系麦穗鱼群体未发生扩张。麦穗鱼进入云南各水系后,单倍型多样性较高,可能来源于多个地区。在后续对麦穗鱼的管理过程中,需要注意避免单倍型特殊的群体与其他地区群体的交流,减少水系间相互引种。此外,通过开发麦穗鱼资源利用方式来提高麦穗鱼利用率,以控制其群体数量,从而减小其对当地土著物种和渔业养殖的危害。     

ISSR标记在河蟹种质检测中的应用

将ISSR分子标记技术应用于天然水域河蟹(Eriocheir japonica)的遗传检测,结合来自母系的线粒体DNA分子标记鉴别,并通过对部分样本的细胞色素b基因变异位点测定,对ISSR标记检测结果做进一步分析和评价。对PCR/RFLP检测发现的2个携带中华亚种单元型的湛江青年河样本与来自鸭绿江、长江、闽江和南流江样本的ISSR检测与聚类分析表明:1)来自4个水系的河蟹聚为2大支,与中国大陆绒螯蟹的2个亚种分支相对应,即E.japonica sinensis和E.japonica hepuensis;2)来自南方水系湛江青年河的2个携带中华亚种单元型个体聚在北方的中华亚种(E.j.sinenesis)分支中。进一步对这2个样本的细胞色素b基因全序列测定分析表明,它们分别来源于中华亚种的ES2和ES15支系。提示ISSR标记可以提供天然水域河蟹种质混杂状况的核DNA方面的证据。同时表明,ISSR标记可以为河蟹种质资源的遗传研究提供有用的信息。[中国水产科学,2007,14(1):46-51]     

二长棘犁齿鲷线粒体细胞色素b基因序列和分子系统发育分析

利用PCR技术克隆了二长棘犁齿鲷(Parargyrops edita Tanaka)线粒体细胞色素b(Cyt b)基因,该基因的全长为1140bp,并将该基因与GenBank中犁齿鲷、金头赤鲷、真赤鲷、四长棘鲷、黄牙鲷、平鲷、黑棘鲷和灰鳍棘鲷的Cytb序列进行了比较,共检测到407个核苷酸变异位点,占总序列的35.7%。同时结果也显示,二长棘犁齿鲷与犁齿鲷亲缘关系最近,序列差异仅为1.5%,与传统分类一致,它们应同属于犁齿鲷属;与金头赤鲷和真赤鲷的遗传差异分别为8.3%和8.4%,也处于种间的分化水平,且以较高的置信度(100%)在分子系统发育树上聚为一支,是否应该将它们归为一个属还有待于深入研究。     

小沙丁鱼属鱼类Cytb序列的比较分析

对小沙丁鱼属中的青鳞小沙丁鱼、裘氏小沙丁鱼、金色小沙丁鱼、天立体小沙丁鱼线粒体细胞色素b基因部分序列(402 bp)进行测定,并比较分析了种间的序列差异.10尾样品中共检测到9种单倍型.同源基因序列分析显示T、C、A、G碱基的平均含量分别为:28.9%、28.2%、23.9%、19.0%,其中A+T含量高于G+C含量,与其他鱼类同源序列碱基特点相似.利用Kimura-2模型分析得到种间遗传距离为0.1616~0.2653,基于Cytb基因片段序列,构建的NJ树显示青鳞小沙丁鱼与裘氏小沙丁鱼亲缘关系较近,短体小沙丁鱼与金色小沙丁鱼亲缘关系较近.依据分子进化速率推测4种小沙丁鱼发生分歧的时间约为800万年到1300万年前的中新世中、晚期,略早于其他鱼类.     

舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cytb基因全序列克隆分析

摘要：克隆测序了分布于舟山海域的真鲷（Pagrus pagrus）、黑鲷（Sparus macrocephalus）、黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）和二长棘鲷（Parargyrops edita）4种鲷科鱼类的线粒体Cytb基因1141bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cytb基因序列的比对分析,发现了292个核苷酸变异位点,其中存在186个信息位点,序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明,4种鲷科鱼类的遗传差异在0．0967～0．2275之间,其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小,为0．0967,黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大,为0．2275;序列变异的转换／颠换比值在2．2930～7．3587之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。     

基于COⅠ基因序列的东、黄海区野生与养殖大黄鱼遗传多样性分析

为研究野生与养殖大黄鱼(Larimichthys crocea)群体的遗传多样性,对大黄鱼8个野生群体及6个养殖群体共336个样本的线粒体COⅠ基因部分序列进行了扩增和测序分析。实验最终获得序列片段长621 bp,总变异位点38个,简约信息位点23个,单变异位点15个,其中野生群体包含38个变异位点,占总变异的100%,养殖群体包含8个变异位点,占总变异的21.05%。在所有样本中共检测出单倍型34个,单倍型多样性为0.587,核苷酸多样性为0.00194,野生及养殖群体单倍型多样性指数分别为0.714~0.952、0.000~0.581。大黄鱼养殖与野生两个组群间的遗传分化指数为0.04982,占总变异的4.98%,差异极显著(P0.01),组群间群体间的变异占1.46%(P0.05),群体内的变异占93.56%(P0.01)。以上结果表明,大黄鱼的遗传变异主要来自于群体内,养殖群体的遗传多样性显著低于野生群体,两者的遗传多样性程度均处于较低水平,养殖群体间或野生群体间不存在显著的遗传分化,而养殖与野生两大组群间存在着显著的遗传分化。此外,通过对群体遗传结构及进化树的分析表明,东、黄海大黄鱼应属于同一地理种群,但两者间存在较低程度的遗传分化现象,黄海的大黄鱼群体遗传多样性高于东海群体。本研究可为大黄鱼种质资源的保护和恢复提供理论依据。     

Identification of ommastrephid squid paralarvae collected in northern Hawaiian waters and phylogenetic implications for the family Ommastrephidae using mtDNA analysis

ABSTRACT:   A total of 110 adult individuals from four ommastrephid (family Ommastrephidae) squid species ( Ommastrephes bartramii, Sthenoteuthis oualaniensis, Eucleoteuthis luminosa, and Hyaloteuthis pelagica ) were used to obtain diagnostic DNA markers for species identification. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of a partial segment (855 bp) of the mitochondrial DNA cytochrome oxidase I (COI) gene amplified by polymerase chain reaction (PCR) revealed that the restriction profiles of two endonucleases ( Alu  I and Tsp 509 I) were diagnostic for species identification. The restriction assay partially supplemented with nucleotide sequence analysis successfully assigned 69 damaged and morphologically equivocal ommastrephid paralarvae collected in northern Hawaiian waters, identifying 60 O. bartramii , eight S. oualaniensis , and one E. luminosa . The family Ommastrephidae appears to be monophyletic. Although the phylogenetic relationships among genera were not resolved well due to apparent homoplasy and large genetic divergence between species, COI sequence data without transitions provided support for subfamily level relationships.