鸽源冠状病毒PSH株纤突蛋白基因的遗传变异分析

对鸽源冠状病毒PSH株纤突蛋白基因进行了RT—PCR扩增、克隆和测序。结果表明，PSH株S基因由3504个核苷酸组成，编码1条由1167个氨基酸残基组成的多肽。S基因编码产物裂解后形成的S1和S2亚单位分别由541和626个氨基酸残基组成。PSH株S蛋白切割识别位点为精氨酸-精氨酸-苯丙氨酸-精氨酸-精氨酸（RRFRR），与多数鸡传染性支气管炎病毒（IBV）切割识别位点相似（RRF／SRR）。与GenBank中其他冠状病毒毒株S基因的推导氨基酸序列相比较，PSH株与IBV参考毒株的同源性为79．3％～99．6％，而与其他冠状病毒包括火鸡蓝冠病病毒和SARS病毒的同源性均小于37．8％。表明，鸽源冠状病毒PSH株属于第3抗原群冠状病毒，且与IBV亲缘关系较近。     

一株猪流行性腹泻病毒S、M、N基因的遗传变异分析

为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)CV777疫苗毒株与流行毒株的遗传变异和抗原位点的差异性,以RT-PCR进行PEDV CV777疫苗株和JS2016流行株S、M、N 3个基因的克隆测序,进行PEDV S、M、N 3个基因的核酸序列同源性分析,并通过软件比对CV777与JS2016毒株在这3个基因上的抗原差异。S、M、N基因的同源性分析表明流行毒株与CV777存在变异,但同源性在93%以上;免疫原性预测结果显示2个毒株在S、M、N 3个基因上的抗原区域存在较小的差异。     

牛冠状病毒河北流行株部分基因全序列测定及分子特征分析

牛冠状病毒（BCoV）是引起新生犊牛腹泻的重要病原之一,在世界范围内广泛分布,严重影响养牛业的健康发展。为确定河北省BCoV流行毒株的基因遗传进化特征,本研究对从河北省某牛场腹泻犊牛的粪便和肠内容物中鉴定出的1株BCoV流行毒株（BCoV/CH/HB-BD/2019）,进行了S、N、HE基因的全序列扩增及测定,并与GenBank中的51株牛冠状病毒参考株进行了各基因的同源性和遗传进化分析。结果显示：BCoV/CH/HB-BD/2019与BCoV参考株相比,S基因具有2个独特的氨基酸变异位点（N311S、D1276Y）;在HE基因中HB-BD株出现2个独特的氨基酸变异位点,分别为G400V、D423H;虽然在基因的重组分析中,HB-BD株HE基因序列并没有检测到基因重组信号,但通过检测我们发现,HB-BD株HE基因序列为其新疆毒株（KU886219.1）推测的主要亲本毒株;进化分析发现,BCoV HB-BD株与人冠状病毒（HCoV-OC43）均属于β类冠状病毒属2a亚群,且同源性高达96.0%,而正在全世界范围内传播的SARS-CoV-2属于β类冠状病毒属2b亚群病毒,BCoV与SARS...     

鸡传染性支气管炎病毒广西流行株3种主要结构蛋白基因的遗传变异分析

为了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,应用RT-PCR方法对2004-2007年的7株广西IBV分离株的纤突蛋白S1基因、核(N)蛋白和膜(M)蛋白基因进行扩增、克隆、测序和同源性比较及系统进化分析。结果显示广西IBV分离株S1基因存在广泛的基因点突变,部分毒株出现基因插入和缺失,分离株之间氨基酸同源性为74.2%～98.7%;N基因无插入和缺失,但存在基因点突变,分离株之间氨基酸同源性为91.7%～99.3%;M基因存在点突变和插入现象,分离株之间氨基酸同源性为90.7%～98.2%。以疫苗株H120为参照,广西IBV分离株的S1、N和M基因都出现了变异,其中S1基因变异程度最大。7株广西IBV在S1、N和M基因氨基酸序列系统进化树中分别集中在2、3和3个基因群中,其中4株的S1、N和M基因分型结果不一致。结果表明广西IBV分离株的S1、N和M基因已发生变异,广西IBV存在广泛的基因突变、缺失或插入现象。研究的结果提示流行株的遗传变异可能是目前影响疫苗免疫效果的主要原因。     

吉林鹿源狂犬病病毒野毒株磷蛋白基因的测序及分析比较

通过对狂犬病病毒鹿源野毒株(DRV)总RNA的提取,用RT-PCR方法扩增磷(N S)蛋白基因并与T载体连接、克隆,将其转化到大肠杆菌JM109细胞中,测定N S蛋白基因的序列,与其他已经发表的国际标准株、疫苗株等进行比较,分析其氨基酸的同源性和N S蛋白的分子生物学功能,为狂犬病病毒野毒株全基因序列的测定奠定基础。     

新疆南疆牛冠状病毒BCV-Aks-01株分离及基因型鉴定

将疑似感染牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)病死犊牛的粪便样品,滤菌处理后接种于HCT-8细胞,盲传数代,出现细胞病变后收获细胞液。提取病毒RNA,依据NCBI登录的牛冠状病毒高度保守N基因设计1对特异性引物,对N基因进行RT-PCR扩增、测序及序列分析。结果显示,BCV-Aks-01毒株与牛冠状病毒参考株N基因核苷酸同源性为97.5%~98.6%,同BCoV参考毒株Mebus同源性为97.8%,N基因遗传进化树表明,BCV-Aks-01毒株与BCoV参考株亲缘关系较近,处于遗传进化树中同一分支上,属于冠状病毒Betacoronavirus,证实该分离株为牛冠状病毒。     

猪呼吸道冠状病毒S1基因的克隆与序列分析

以猪呼吸道冠状病毒(PRCV)AR310毒株为研究对象,观察PRCV在两种不同细胞中的生长繁殖情况,在猪肾原代细胞中生长良好,在PK15细胞中未见生长。参考GenBbank中已发表的基因序列,设计和合成一对引物,通过RT-PCR扩增出PRCVAR310株的S1基因,克隆到pMD18-T载体中并测序。结果表明与PRCVDQ811787核苷酸同源性为100%,与M94096、M94097的同源性分别为95.2%和95.0%;氨基酸序列分析表明,试验测序的PRCVS1基因氨基酸序列与Genebank中DQ811787同源性为100%,与M94096、M94097的同源性较高分别为95.2%和95.6%。     

IBV小囊膜蛋白基因的原核表达载体构建及序列分析

本研究以IBV M41毒株为材料,克隆该毒株的E蛋白基因,并将其连接到表达载体pGEX-6P—1中,为E蛋白的进一步研究提供条件。分析和比对了多个IBV毒株和各群冠状病毒E蛋白的同源性,发现各株IBV的E蛋白相对比较保守,但与其它的冠状病毒的E蛋白同源性较低,差别较大,和SARS病毒E蛋白一样,独立分型。     

猪流行性腹泻病毒P55野生毒株主要结构蛋白遗传分析

猪流行性腹泻病毒近年来在福建省呈现了不断扩散和暴发的态势。本文以筛选到的PEDV野生毒株P55为研究对象,通过对其主要结构蛋白M和N基因的序列比较和遗传进化分析,结合前期的S1和ORF3蛋白研究结果,综合评定该毒株的分子遗传学特征。序列分析结果显示,P55的M和N基因与参考序列比较,均未发现片段缺失和插入,仅N蛋白序列中存在少量点突变;遗传距离分析结果显示,P55的M和N蛋白的变异度较S1和ORF3低。上述结果表明,与P55毒力相关的分子机制除了ORF3外,还可能存在其他基因区域的协同作用。该结果为预防和控制该类变异毒株的流行提供了参考。     

猪流行性腹泻病毒广东分离株GD/JMEP的遗传演化分析

为了解广东地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行现状,对广东地区猪场进行了PEDV流行株的分离,分离得到1株猪流行性腹泻病毒,对分离毒株的S、N、M及ORF3基因进行遗传演化分析。结果表明:检测的PEDV毒株GD/JMEP与经典的CV777毒株亲缘关系较远,与近几年广东地区流行的PEDV毒株处于一个群,亲缘关系较近;通过ORF3序列分析发现,未有核苷酸的缺失;N、M基因核苷酸和氨基酸同源性分析发现,GD/JMEP与EAS1等经典毒株的同源性相对较低,与2013—2015年中国、美国、韩国等流行毒株的同源性较高;相比于经典传统毒株CV777,GD/JMEP的N基因存在9个氨基酸的差异,M基因存在11个核苷酸位点的变异和3个氨基酸的改变S基因存在几个位点核苷酸的缺失或者插入;与目前流行毒株比较,M、N基因存在核苷酸位点的改变,S基因在406位点存在新的突变;通过氨基酸比对分析,GD/JMEP发生了6个新的氨基酸位点突变,表明本试验所检测的PEDV为目前广东流行毒株。     

冠状病毒基因组及其编码蛋白

冠状病毒宿主范围广泛 ,不同种动物(禽、火鸡、猪等 )分离株又有众多血清型 ,最重要的特征之一是具有高度的变异性 ,所以对冠状病毒的系统研究一直是个难点。对其中某些病原体 (如犬、猫冠状病毒等 )的研究也相对较少。但最近出现的严重急性呼吸系统综合征( SARS)病原。使人认识到冠状病毒不仅能给畜禽业带来重大的经济损失 ,也可能会威胁到人类自身 ,甚至带来非常严重的后果。到目前还不清楚 SARS病毒的真正起源。是早已存在 ,不为我们所认识 ,还是现有某种病毒的变异体 ?因此 ,有必要对该属病原体的一些特性进行了解。文章对动物冠状病毒编码蛋白的研究进展进行了概述 ,为更好地对 SARS病原体的特性、进化和演变进行研究提供借鉴和参考。     

成都市猫泛白细胞减少症病毒、星状病毒和肠道冠状病毒的分子流行病学调查

为了解成都市区猫泛白细胞减少症病毒(FPV)、猫星状病毒(FAstV)和猫肠道冠状病毒(FECoV)的分子流行情况,本试验采集了315份家养猫和34份社区流浪猫的肛门拭子,含228份临床发病猫样本和121份临床健康猫样本,采用PCR方法对所有样本进行病毒核酸检测。同时,根据动物年龄、生活状态和免疫情况等因素进行病原流行分析,并根据病毒基因片段序列构建遗传进化树。结果显示,FPV、FAstV和FECoV的检出率分别为38.4%(134/349)、23.2%(81/349)和19.5%(68/349)。在混合感染方面,以FPV/FAstV(9.5%,33/349)、FAstV/FECoV(4.6%,16/349)和FPV/FECoV(4.3%,15/349)双重感染为主。基于部分基因序列的分析结果显示,样本间FPV VP2基因序列的同源性为95.1%～100%,发病猫毒株分为两个分支,其中一支与葡萄牙毒株(GenBank登录号:KT240136)和加拿大毒株(GenBank登录号:MF069445)遗传关系较近;另一支与中国的CPV毒株(GenBank登录号:KY937664)关系较近。样本间FAstV ORF1b基因序列同源性为90.9%～99.7%,发病猫的毒株的两个分支中一支与葡萄牙毒株(GenBank登录号:KF374704)和美国毒株(GenBank登录号:KM017743)关系较近;另一分支与中国香港毒株(GenBank登录号:KF499111)关系紧密。样本间FECoV的N基因序列同源性范围为89.3%～100%,与美国毒株(GenBank登录号:FJ938059)、意大利毒株(GenBank登录号:GU017092/GU017107)和中国毒株(GenBank登录号:KT852997)关系密切。调查结果表明,成都市区猫携带病毒性腹泻病原的情况较为普遍,部分猫存在多病原混合感染,且病毒基因序列存在明显变异,增加了病原流行及带毒猫发病的风险,需积极地进行临床防控。     

兔出血症病毒(RHDV)全基因组克隆与分子流行病学分析

根据GenBank已发表的多株RHDV全基因组序列，设计3对扩增RHDVCD株的特异性引物，扩增了RHDV CD株包含全序列的3个片段，并分别克隆到pMD18-T载体上。根据引物上唯一的交叉酶切位点，把三个克隆片段同时克隆到pUC18载体上，获得了RHDV CD株全基因组克隆，测定了全基因组序列（GenBank accession number AY523410）。进行了CD株全序列与GenBank上已发布的其他6株全序列比较及基因进化树分析。发现除CD株外，其余6株（西班牙AST-89株、法国SD株、意大利BS89株、德国分离1株、德国分离2株、澳大利亚Czech V351株）之间的同源性均很高，在93．9％～100％之间，而CD株与其他6株之间的同源性均较低，在89．0％～89．6％之间。德国的2个分离株序列完全相同，应为同一毒株：进化树分析表明，此7株病毒可形成2个明显的分支，中国CD株形成一个分支，其余欧洲、澳大利亚分离株开成一个分支，具有明显地域差异特征．     

猪感染口蹄疫亚洲Ⅰ型病毒分离及其VP1基因的变异比较

对口蹄疫病毒的分子流行病学的研究通常是以VP1基因序列分析为依据的。本试验分离到1株猪源口蹄疫亚洲Ⅰ型毒株,对其主要抗原基因VP1进行了扩增和测序,并与国内外报道序列进行比对,发现与国内报道珠同源性在83.3%~86.4%之间,与国外报道株的同源性在81.4%~98.4%之间。比较发现本次分离株与国内外报道株的差异的较大,只有2株报道株与其同源性在90%以上。     

猪瘟病毒云南毒株E2基因片段序列测定及分析

用RT－nPCR方法，选择猪瘟病毒2000年云南部分地方流行毒株E2基因主要保护性抗原决定簇编码区片段进行扩增和cDNA序列分析，并与中国标准强毒石门株进行比较。结果显示，云南地方毒株之间核苷酸及氨基酸序列同源性均大于90％；但与中国标准强毒石门株差异较大，其核苷酸及氨基酸同源性均小于80％。     

鸭源新城疫病毒TH-1株的分离鉴定及遗传进化分析

试验从吉林省通化某地发病死亡鸭子病料中分离到1株具有血凝性的病毒,通过血凝试验、血凝抑制试验、血清中和试验及融合蛋白(F)基因的扩增测序,初步鉴定为新城疫病毒,命名为TH-1株。该病毒鸡胚平均死亡时间(MDT)、1日龄雏鸡脑内接种致病指数(ICPI)及6周龄鸡静脉接种致病指数(IVPI)分别为53.4 h、1.85和2.575,表明该新城疫病毒为强毒。F蛋白多肽裂解位点为112-RRQKRF-117,符合新城疫强毒株裂解位点氨基酸序列,进一步证明该毒株为新城疫强毒株。F基因核苷酸及氨基酸同源性比对发现,TH-1株与中国野鸭源新城疫病毒分离株mallard China HLJ株的同源性最高,核苷酸同源性达到了99.3%,同为新城疫基因Ⅶ型毒株,与目前新城疫流行的主要基因型Ⅶ型相一致,为鸭源新城疫的有效防制提供了理论基础。     

猫疱疹病毒1型的分离鉴定及gD基因序列分析

为研究猫疱疹病毒1型(FHV-1)的分子流行病学特征,对2016年-2017年从洛阳及天津地区多家宠物医院收集的具有上呼吸道感染症状的病猫眼鼻拭子样品,用FK-81细胞进行病毒分离,通过间接免疫荧光试验、电镜形态观察和gD基因测序分析等方法鉴定所分离的病毒,并进行病毒体外生长动力学研究。结果显示,病料在FK-81细胞上接种后24 h^36 h呈现变圆、融合、局灶性堆积聚团和脱落等细胞病变;分离毒株可被FHV-1单克隆抗体特异性识别;电镜下可观察到病毒粒子呈圆形、有囊膜、直径约130 nm,具有疱疹病毒科的典型形态特征,将所分离到的5株FHV-1分别命名为2016TJ1株、2016TJ2株、2017LY1株、2017LY2株和2017LY3株;病毒一步生长曲线测定结果显示,接种后12 h^36 h病毒快速增殖,40 h^60 h病毒滴度达到高峰,72 h病毒滴度开始下降;5株FHV-1 gD基因序列之间的同源性为100%,核酸序列高度保守且与国内外流行株及疫苗株的同源性极高。研究结果为我国宠物猫群中FHV-1的病原分离、分子流行病学调查等研究积累了资料。     

鸡传染性法氏囊病病毒基因组A片段cDNA序列分析

用鸡胚成纤维细胞繁殖鸡传染性法氏囊病病毒（IBDV）天水毒株。用提纯的病毒颗粒提取基因组RNA。根据已报道的英国52／70株的序列设计引物，用反转录－聚合酶链式反应（RT－PCR）进行cDNA扩增，获得1558bp和1590bp两个部分重叠的片段。结果表明，所克隆片段为3099的IBDV大开放读框。经与已报道的多个毒株相应序列比较后发现，核苷酸同源性介于97.4%-99.8%之间，推导的氨基酸同源性介于98.1%-99.5%。     

狂犬病病毒野毒株糖蛋白基因序列测定及分析比较

对我国河南某地野鼠体内分离的狂犬病病毒野毒株MRV糖蛋白全基因进行序列测定，与已发表的代表性毒株糖蛋白基因进行核苷酸和推导氨基酸序列的比较分析，结果表明在同一基因型中，MRV和国际标准攻毒株CVS的同源性最高(96．5％)，和中国减毒株CTN的同源性最低(79．8％)；在G基因的四个功能区中，氨基酸同源性最高的是抗原区，同源性最低的是膜内区；MRV的抗原部位和糖基化位点氨基酸均有变异；建立了各毒株的系统进化树。     

浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析

本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株（ZJ16NB6）与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。