基于SSR标记的楸树遗传多样性及核心种质构建

利用SSR标记对192个楸树种质资源进行遗传多样性和亲缘关系研究。试验筛选出13对引物对192份供试材料进行扩增,共获得89个等位基因位点,有效等位基因平均为3.795 9,Shannon’s多样性指数平均值为0.506 6;Nei’s遗传多样性平均值为0.667 7。用MEGA6.0软件对192份楸树材料进行遗传距离分析,通过聚类分析构建出供试材料楸树种质资源间的聚类图。利用SSR分子标记,采用多次聚类结合位点优先的取样策略,比较了样本数不同的4个核心样本群的等位基因数、有效等位基因数、Shannon’s指数和Nei’s遗传多样等参数,初步构建了192份楸树种质材料的46份核心种质。核心种质保留了初始种质23.96%的样品。     

利用SSR标记对陕西地方桑树品种的遗传多样性分析

应用SSR分子标记技术分析了55份陕西地方桑树种质资源的遗传多样性,结果表明,28对SSR引物在55份桑树品种中共扩增出261条带,多态性比率为100%;55份桑树品种间的遗传相似系数变异范围为0.6398~0.9655,平均遗传相似系数为0.8027。采用UPGMA法对55份桑树品种的遗传关系进行聚类分析,供试材料被分成3个大类。结果显示,供试桑树种质材料的亲缘关系与地理分布不存在关联。     

国内外苜蓿种质起始密码子遗传多样性分析

为了对新引进的苜蓿种质亲缘关系进行鉴定,采用起始密码子多态性(SCo T)标记对19份国内外苜蓿种质的分子遗传多样性进行分析。结果显示,14个SCo T引物在供试苜蓿材料中共获得有效扩增条带78个,其中多态性条带72个,多态性条带百分比为92.31%;SCo T引物的有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数、Shannon’s信息指数和多态性信息含量平均分别为1.53、0.31、0.46和0.31;供试苜蓿材料间的遗传相似系数介于0.385~0.846,平均为0.657,表明供试苜蓿材料遗传多样性较丰富;聚类分析和主成分分析均表明,供试材料可被划分为2大类,第1类群包括的苜蓿种质数达到16个,占到所有供试苜蓿种质总数的84.21%,第2类群包含的苜蓿种质数只有3个。综合分析表明,新引进的19份苜蓿种质具有较丰富的遗传多样性,其在未来苜蓿育种中具有较好的应用前景。     

基于SSR标记的太湖流域粳稻地方品种遗传多样性研究

【目的】评价太湖流域粳稻地方品种的遗传多样性。【方法】利用58对SSR引物,对基于主要农艺性状构建的太湖流域粳稻地方品种核心种质库的122个品种进行DNA水平的多态性分析,并与15个现代育成品种做比较。【结果】（1）地方品种群体中53个SSR位点共检测到216个等位片段,每个多态性位点等位片段数的变化范围为2～7个,平均为4.08个;71.7%的SSR位点具有3个以上等位片段;53个位点PIC值的变化范围为0.031～0.773,平均为0.413;Nei’s基因多样性指数He为0.378;品种间遗传距离平均为0.419;12条染色体中,第5染色体平均等位片段数最多,第11染色体平均PIC值最大。（2）现代育成品种群体检测到的等位片段数、位点PIC值、Nei’s基因多样性指数和品种间遗传距离均比地方品种群体相应值小,地方品种的遗传多样性大于现代育成品种。（3）聚类分析显示,在遗传相似系数0.63处,地方品种和现代育成品种可以明确区分开来。【结论】太湖流域粳稻地方品种具有丰富的遗传多样性,且与现代育成品种有较大的遗传差异,可用以拓宽育成品种的遗传基础。     

云南稻核心种质籼稻SSR标记鉴定

水稻核心种质是水稻遗传育种和解析复杂性状的重要基础。本研究以231份表型性状鉴定为籼稻的核心种质、典型籼稻滇屯502和典型粳稻合系35为试验材料,利用能鉴定籼粳稻的10个SSR分子标记进行籼粳鉴定,并与利用表型鉴定籼粳稻方法进行比较。结果表明,SSR聚类分析把供试材料大致分为2个大类群、4个亚群,供试品种间的遗传相似系数变化范围在0.35～1.00之间,所鉴定品种基本为籼稻品种,鉴定结果和表型性状鉴定结果基本吻合。     

基于ISSR分子标记的新疆欧洲李亲缘关系分析

[目的]探究不同新疆欧洲李种质类型间的亲缘关系。[方法]运用 ISSR分子标记对5个类型共30个单株的新疆欧洲李种质资源进行遗传多样性及亲缘关系分析。[结果]筛选获得的16条引物共扩增出317条带,其中有多态性条带246条,占扩增总数的77.60％。供试单株的 Nei’s遗传多样性指数（H）为0.2666,平均 Shannon信息多样性指数（I）为0.3991,遗传相似系数多在0.5552～0.9968之间,表明新疆欧洲李资源具有一定的遗传多样性。聚类分析显示,在遗传相似系数0.719处30株供试欧洲李被划分为3个大组,国外引进欧洲李品种一组、塔城酸梅和塔城槟子一组、伽师酸梅和野生欧洲李一组,而在相似系数0.949处,伽师酸梅和野生欧洲李又分为两个小组。[结论]伽师酸梅与野生欧洲李的亲缘关系很近,国外引进欧洲李品种与塔城酸梅及塔城槟子的亲缘关系较近。     

基于ISSR分子标记的新疆欧洲李亲缘关系分析（英文）

[目的]探究不同新疆欧洲李种质类型间的亲缘关系。[方法]运用ISSR分子标记对5个类型共30个单株的新疆欧洲李种质资源进行遗传多样性及亲缘关系分析。[结果]筛选获得的16条引物共扩增出317条带,其中有多态性条带246条,占扩增总数的77.60%。供试单株的Nei’s遗传多样性指数(H)为0.266 6,平均Shannon信息多样性指数(I)为0.399 1,遗传相似系数多在0.555 2~0.996 8之间,表明新疆欧洲李资源具有一定的遗传多样性。聚类分析显示,在遗传相似系数0.719处30株供试欧洲李被划分为3个大组,国外引进欧洲李品种一组、塔城酸梅和塔城槟子一组、伽师酸梅和野生欧洲李一组,而在相似系数0.949处,伽师酸梅和野生欧洲李又分为两个小组。[结论]伽师酸梅与野生欧洲李的亲缘关系很近,国外引进欧洲李品种与塔城酸梅及塔城槟子的亲缘关系较近。     

19份苜蓿种质遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对19份国内外苜蓿种质的遗传多样性进行检测分析。12对ISSR引物在供试苜蓿材料中共获得有效扩增位点71个,其中多态性位点69个,多态性位点百分率为96.25%。引物的有效等位基因数、Nei′s基因多样性指数、Shannon′s信息指数和多态性信息含量平均分别为1.50、0.30、0.46和0.33。供试苜蓿材料的遗传相似系数介于0.296~0.887,平均为0.617,表明被研究苜蓿材料遗传异质性较好。聚类分析结果显示,供试材料在遗传相似系数0.522处可被划分为两大类,第1类群包括的苜蓿种质数达到17个,占到所有供试苜蓿种质总数的89.47%,第2类群包含的苜蓿种质数只有2个。主成分分析获得了与聚类分析基本一致的结论。     

若干水稻品种（组合）的等位酶和RAPD遗传分析

利用等位酶标记和RAPD标记技术,对我国不同时期主栽的15个水稻高秆品种、矮秆品种和杂交稻组合的亲缘关系及其遗传背景进行了分析。17种酶的电泳分析共获得34个假定位点,其中9个为多态性位点,占26.5%;获得43个等位基因,其中18个为多态性等位基因。每个位点的平均等位基因数为1.26个,每个多态性位点的平均等位基因数为2.00个。应用Nei’s遗传多样性统计分析表明,供试的水稻品种或组合的总基因多样性（Ht）为0.090,其中品种(组合)内的基因多样性(Hs)为0.044,而品种(组合)间的基因多样性(Dst)为0.046。基因变异系数（Gst）为0.515。RAPD分析表明,杂交稻组合、常规籼稻和粳稻间,其RAPD多态性有较大差异,分别为28%、48%和12.8%。由同工酶数据计算的Nei’s遗传距离创建的聚类分析表明,粳稻品种自成一个聚类组;而杂交稻组合形成一个杂交稻亚组,常规籼稻品种形成常规籼稻亚组,两者形成与粳稻品种有较大差异的聚类组。RAPD数据的聚类分析,进一步证实了杂交稻组合、常规籼稻和粳稻间的这种分子遗传关系。研究结果表明,应用等位酶标记和RAPD标记技术能较好地揭示水稻品种的遗传背景、亲缘关系及其分子演化规律。     

基于SSR分子标记的大蒜种质资源遗传多样性研究

大蒜为无性繁殖作物,其生物学特征在经历气候变迁、自然选择和人工选择后发生了多方面变异,从而形成了众多地方品种。因此,研究大蒜种质资源的遗传多样性为大蒜的科学分类及品种鉴定、保存、遗传改良提供科学依据。采用SSR(简单重复序列,simple sequence repeats)分子标记技术对55份大蒜种质的基因组DNA进行多态性扩增。用POPGENE version1.32软件计算有效等位基因数Ne、Nei’s遗传相似系数(GS)、遗传距离(GD)、Nei’s遗传多样性指数、Shannon信息指数等指标,并采用NTSYS pc 21-2软件进行种质间的UPGMA(非加权组平均法,un-weighted pair-group method)聚类分析和基于Nei’s遗传距离的组群间聚类分析。结果表明,7对引物共扩增出75条带,多态性条带为73条(多态性比率为97.33%),每对引物平均扩增出10.71个位点和10.43个多态性位点,说明SSR分子标记揭示的多态性强。55份大蒜种质的平均Nei’s遗传多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.1335和0.2278。大蒜具有较高的遗传多样性,聚为一类的大蒜多来源于相同或相近区域。     

粳稻种质资源SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

【目的】构建新疆粳稻种质资源的DNA指纹图谱,了解新疆粳稻育成品种的遗传相似性。【方法】利用均匀分布于水稻12条染色体的70对SSR引物,以新疆粳稻育成品种及引进资源为材料,进行遗传多样性分析并构建SSR指纹图谱。【结果】有63对引物具有多态性片段,共检测到388个有效等位基因,平对每对引物6.1587个等位基因;引物平均多态性频率为0.2371。89个材料间的遗传相似系数在0.72～0.88,相似性较高,以0.73为标准,可分为5大群。【结论】新疆粳稻育成品种的遗传背景相似性较高、多样性不够丰富,遗传基础相对比较狭窄,加强新的基因资源鉴定利用及育种材料创制。     

特异粳稻种质的ISSR遗传多样性分析

利用中国粳稻种质滇粳优2号(B90)和日本粳稻冷香粳(X1)筛选100条ISSR引物。利用筛选出的10条引物对来自中国、日本等国家的40份特异粳稻进行遗传多样性分析。PCR扩增结果表明,10条ISSR引物在40份材料中共扩增出2 600条DNA带,其中多态性位点有42个,平均每条引物可以检测到4.2个多态性位点。聚类结果表明,各供试材料聚为3大类,遗传相似性系数范围为0.62~1.00。相同居群的中国特异粳稻种质基本能聚为一类,但是与部分日本粳稻交叉聚在一起。这表明:粳稻种质的遗传差异与气候变化类型的相关性不紧密;ISSR标记可以作为种质资源分类和保护的有效手段。并对中国特异粳稻种质的保护进行讨论。     

云南地方水稻品种遗传多样性分析及其保护意义

为了研究云南地方水稻品种遗传多样性水平。对采自云南17个村落的82份品种以及代表籼粳不同类型的3份标准样的遗传背景进行SSR分析。19对引物共检测出83条多态带(分子量变异范围是100～500bp)。根据L71K；MA法用遗传相似系数进行聚类分析。结果表明，这85份水稻品种遗传相似系数在0．152～0．900之间存在显著的遗传变异。这些品种的遗传多样性并非均匀的按地理位置分布，而是在相似系数为0．152的水平上明显分为2个不同类群：籼稻类群和粳稻类群。从不同村落采集的叫同一名称的品种的遗传背景并不相近。研究表明，保护云南地方水稻品种十分必要，但是需要制定合适的策略，确保有效保护活动。另外选择合适的SSR引物是区分籼粳类型的理想手段。     

利用RAMP标记研究24份优质抗稻瘟病水稻种质资源的遗传多样性

对24份优质抗稻瘟病水稻种质资源进行了RAMP(random amplified microsatellite polymorphism)标记分析。结果表明,80个RAMP引物组合中,有22个引物组合可扩增出清晰且具多态性的条带。这22个引物组合共扩增出108条带,其中80条具有多态性,占74.1%,每个引物组合可扩增出1~9条多态性带,平均3.6条。RAMP标记遗传相似性系数(GS)平均值为0.462(0.138~0.900)以平均GS值0.462为阈值,可将所有供试材料划分为6类。表明这24份优质抗稻瘟病种质资源具有较丰富的遗传多样性。这些优质抗源材料对选育高产、优质、抗稻瘟病新品种(组合)具有重要利用价值。     

利用产量功能基因标记分析三系杂交水稻亲本的遗传多样性

【目的】利用功能基因标记分析三系杂交稻亲本的遗传多样性。【方法】利用44个根据文献共同报道的QTL位点或者已经被精细定位或已克隆的与水稻产量性状基因紧密连锁的功能基因标记,以及29个覆盖水稻12条染色体的在三系杂交水稻亲本间多态性高、带型清晰、重复性好的SSR标记分析76个三系杂交水稻亲本的遗传多样性。按POPGEN32分析软件要求将PCR扩增产物的凝胶电泳结果数字化,将数字化的矩阵数据转换为基因型数据,在POPGEN32软件下计算等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、多态性位点百分率（P）、Nei’s遗传多样性指数（He）,用于评价所有亲本材料的基因多样性;计算遗传分化系数（Fst）、Nei遗传距离（D）,进行遗传结构和遗传关系检测。利用NTSYS-pc2.10e软件计算品种间遗传相似系数（GS）,并根据GS按非加权组平均法（UPGMA）进行聚类分析,绘制品种间遗传聚类树状图。【结果】44个功能基因标记中有37个标记具有多态性,多态性位点百分率（P）84.09%,共检测到86个等位基因位点,平均每个位点2.32个,变化范围2-4个;其中有效等位基因（Ne）62.95个,占73.2%,Nei’s遗传多样性指数（He）变幅为0.049-0.831,平均值0.585。76份材料间的遗传相似系数（GS）变幅为0.323-0.973,平均值0.650。聚类分析表明在遗传相似系数0.618处分为保持系和恢复系两类。保持系和恢复系间的遗传分化系数（Fst）为0.151,属高度遗传分化,Nei遗传距离（GD）0.185,类群内遗传距离相对较小,类群间遗传距离相对较大。29个SSR标记共检测到72个等位基因位点,平均每个位点2.48个,变化范围2-4个;聚类分析表明未能将保持系和恢复系分为两类,部分保持系聚类在了恢复系群,部分恢复系聚类在了保持系群。【结论】相对于普通分子标记,功能基因标记具有较高的DNA多态性检测效率,用于类群划分和种质资源的多样性分析等方面更具准确性和可靠性;三系杂交稻亲本在44个产量功能基因位点的亲缘关系较近,遗传基础狭窄,同源性较高。但保持系群和恢复群系间在这些功能基因位点的遗传差异较大,遗传分化程度较高,杂交水稻骨干亲本在产量性状上仍具有较高的杂种优势利用空间。     

不同粒形宁夏水稻种质遗传多样性分析

针对宁夏粳稻粒形逐渐变长的趋势,本研究以75份宁夏不同粒形的粳稻种质为材料,利用31对SSR标记研究不同粒形材料的粳稻种质的遗传多样性及其亲缘关系,为拓宽宁夏水稻遗传基础,培育优新品种提供依据。宁夏水稻粒形有阔卵形(1.80~2.20)、椭圆形(2.20~3.00)、中长形(3.00~3.30)和细长形(3.30以上)4种类型,虽然大多数为椭圆形(61份),占参试材料的81.3%,但粒形表现多样化。按籽粒长宽比把参试材料分为6个组群进行遗传多样性分析,Nei’s基因遗传多样性指数(He)表现为籽粒长宽比2.20~3.20之间的4个群体较高,均在0.5481~0.5768之间;籽粒长宽比2.20以下和3.20以上群体的He较小,且与其它4个群体呈显著差异性。结果表明遗传多样性相对较丰富的宁夏水稻种质资源主要集中在籽粒长宽比2.20~3.20的椭圆形和中长形之间。聚类分析表明,籽粒长宽比在3.20以上群体单独聚为1类,籽粒长宽比2.80~3.20群体也单独聚为1类,其余4个群体聚为1类,表明粒形性状的多样化对拓宽宁夏稻种资源具有一定的作用。     

海南三亚和黄淮海地区玉米小斑病菌致病性及遗传多样性分析

【目的】明确海南三亚玉米南繁基地和黄淮海玉米主产区的玉米小斑病菌（Bipolaria maydis）菌株的致病性差异,以及遗传多样性和亲缘关系的远近,为海南三亚南繁基地育种过程中玉米品种的抗病性筛选提供理论依据,并对玉米品种在黄淮海地区的推广种植提供参考。【方法】对采集自海南三亚和黄淮海地区的玉米小斑病病叶进行病原菌分离,经过形态学和分子生物学方法对分离到的菌株进行鉴定,共获得61株玉米小斑病菌菌株。采用人工喷雾接种法对61株小斑病菌菌株的致病力进行鉴定;并选取16条扩增条带清晰、重复性好、多态性高的引物进行ISSR-PCR扩增,利用Popgen32生物软件计算群体间的遗传距离和遗传相似性,并利用NTsys2.10e软件进行聚类分析,构建海南三亚与黄淮海地区小斑病菌的聚类图。【结果】致病性测定结果表明,海南三亚地区未分离到弱致病力菌株,强致病力菌株个数占三亚地区总菌株的57.1%;黄淮海地区分离到的弱致病力菌株占黄淮海地区总菌株的47.5%,强致病力菌株占黄淮海地区总菌株的17.5%。遗传多样性分析结果表明,在群体平均水平上,Nei’s基因多样性指数（H）为0.2820,Shannon’s信息指数（I）为0.4197,表明玉米小斑病菌具有一定的遗传变异;不同地理种群间的遗传相似系数为0.9028—0.9618,遗传距离为0.0390—0.1023,表明整体遗传相似系数较高,遗传距离较近;但不同地理种群间仍存在不同程度的遗传分化,其中,河南与河北的菌株群体遗传相似系数最高（GS=0.9618）,亲缘关系最近;河南和三亚地区的菌株群体遗传相似系数最低（GS=0.9028）,亲缘关系相对较远。聚类分析结果表明,三亚地区菌株和黄淮海地区菌株在相似系数为0.722时,明显被分为两大类群。【结论】黄淮海玉米主产区与海南三亚玉米南繁基地的玉米小斑病菌在致病力上存在一定差异,三亚地区强致病力菌株的分离频率高于黄淮海地区。黄淮海地区与三亚地区的菌株群体具有丰富的遗传多样性,且遗传多样性与地理来源有一定关系,地域相邻的菌株遗传关系较近;但三亚地区与黄淮海地区的菌株遗传相似系数相对较高,亲缘关系较近,且两种群间存在一定基因交流。因此,三亚地区作为玉米的南繁基地,其自然发病条件下筛选出对小斑病具有抗性的玉米品种或抗性亲本材料,对黄淮海地区小斑病抗性的逐年提高具有一定的影响,有利于减轻黄淮海地区病害的发生。     

利用SSR标记分析水稻抗瘟材料的遗传多样性

选用分布于水稻12条染色体上与抗稻瘟病基因紧密连锁的86对SSR引物,对30份稻瘟病抗性水稻材料进行遗传多样性分析.结果表明,19对引物在30份材料间表现出多态性.UPGMA聚类分析结果表明,供试材料可分为6类,反映出供试材料抗性遗传相似度低,遗传背景差异较大.聚类结果与材料的田间抗性表现基本一致,遗传亲缘关系基本吻合...     

太湖流域粳稻群体遗传结构分化和亚群特异性分析

目的:研究太湖流域粳稻群体的遗传结构分化以及不同生态亚群的遗传多样性、特异性及其相互关系,为太湖流域亲本遴选提供遗传背景依据。方法:从太湖流域823份地方品种构成的核心种质中筛选出58份品种和36份育成品种构成代表样品,选用均匀分布12条染色体上的91个标记,采用Structure Version2.2软件,对粳稻群体遗传多样性、亚群遗传分化及特异性进行分析。结果:太湖流域粳稻群体由8类血缘组成,遗传上可分为5个生态亚群,每个亚群的血缘构成各不相同。不同的生态亚群中含有各自的特有和特缺等位变异,其中生态型Ⅲ特有等位变异数最多,对其他4个亚群其具有最多的补充等位变异。     

粳稻分子标记遗传分化与杂种优势关系的研究

利用9个不同生态类型的62份水稻亲本材料,以生态型为单位进行双列杂交,配制988个组合,研究杂种一代的对照优势和超中亲优势。利用55对SSR引物进行遗传多样性分析,选择分布于水稻12条染色体的37对SSR引物,在62个粳稻品种间共检测出161个等位基因,平均每对SSR引物检测出2~11个等位基因,平均为5.1个。SSR分子标记遗传距离与杂种优势的相关分析表明,分子标记遗传差异与单株产量、穗数和穗粒数有显著正相关。