传染性法氏囊病病毒野毒株与疫苗毒株核酸及结构蛋白的比较研究

H_1、H_2野毒株与D-78、Uv疫苗株的RNA都由两个基因片段组成,其电泳迁移率,各毒株之间无差异;H_2野毒株大片段基因密度低于小片段基因,其他毒株的大小片段基因密度相同。所有毒株都有5种相同的结构蛋白,分子量分别为92K(Vp_1)、48K(Vp_x)、42K(Vp_2)、32K(Vp_3)和30K(Vp_4)。此外,D-78、Vv株比H_1、H_2株多52K和67K两种蛋白;Uv和H_2毒株比其他毒株多一种24K蛋白;H_2株还多一种15K蛋白。其中Vpx、Vp_2、Vp_3、Vp_4蛋白及52K和24K蛋白有抗原活性。所有毒株的Vp_2和Vp_3蛋白是主要蛋白。H_2野毒株Vp_2蛋白相对百分含量明显高于其他毒株,而Vp_3和Vd_4蛋白相对百分含量低于其他毒株。核酸和蛋白分析结果相对应,说明H_2野毒株的分子特性与其他毒株不同。     

IBV疫苗株基因组3‘末端序列分析

以5株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）疫苗株（D41、H120GD、H120SH、H52BJZH和H52GD株）和IBV标准强毒M41-E4株的基因组RNA为模板，利用RT-PCR技术，扩增出1条特异性条带，包括部分核衣壳蛋白（N）基因以及紧接着N基因下游的基因组3‘端非编码区（UTR）。测序结果表明，从D41、H120GD和H120SH株扩增的特异性片段长度为614bp；而从H52BJZH、H52GD和M41-E4株扩增的特异性片段长度为406bp。序列分析发现，被检的6株IBV毒株可分为两组，其中D41、H120GD和H120SH株为一组，核苷酸序列同源性为99.7%-99.8%；而H52BJZH、H52GD和M41-E4株构成另一组，其核苷酸序列同源性为99.3%-100%；两组之间的最大同源性仅为94.6%。在系统性发生进化树上，这两组分别位于不同的分支簇上，国内的H52BJZH、H52GD与国外的H52株不在同一分支簇上，相反却与国内强毒M41-E4株以及国外M41株在同一分支簇上。提示国内H52疫苗株与国外H52疫苗株不同，它们在亲缘关系上更靠近M41-E4株和M41株。     

鸡传染性支气管炎病毒国内分离株D971 mRNA3和mRNA4cDNA的分子特征

参照已发表的鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus，IBV)基因序列，设计合成了1对引物，经RT—PCR扩增得到了IBV国内分离株D971约1．3kb的片段，其中包含3a、3b、E及M蛋白基因的完整0RF，并将该片段进行了克隆和序列测定。与国内外部分IBV毒株序列比较表明：D9713a基因与CU—T2、D1466、DE072、M41、GA／99和UK／66的3a基因核苷酸序列同源性在83％～89％之间，氨基酸序列同源性为77％～91％，其中与CU—T2毒株的同源性最低(分别为83％和77％)；3b基因与上述毒株的对应核苷酸序列同源性在85％～95％之间，氨基酸序列同源性为72％～96％，与CU—T2的同源性最高(分别为95％和96％)；E蛋白基因与CU—T2、D1466、DE072、M41、Ark99、H52、Gray、GA／99和UK／66的核苷酸序列同源性在81％～86％之间，氨基酸序列同源性为74％～80％。不同毒株推导的E蛋白C末端表现不同特征，其中D971E蛋白C末端比CU—T2的时应区多9个氨基酸残基，而比本试验选用的其他参考毒株的相应区域短5～7个氨基酸残基。M基因与Cu—T2、DE072、Gray、M41、H120、H52、SD／97／02、LX4及D41的M基因核苷酸序列同源性在86％～91％之间，氨基酸序列同源性为85％～95％，其中与SD／97／02的同源性最高(分别为91％和95％)。对M蛋白的3个功能区进行序列比较发现，其N端第1～19位与SD／97／02的同源性最高，达90％，与CU—T2的同源性为80％，而与其他毒株同源性均低于61％；N端第20～100位含有3个跨膜蔬水区，D971与其他参考毒株比较，该部位第20～67位相对保守，其中与SD／97／02的同源性为100％，与其他毒株的同源性在97％以下；在推测的与核衣壳连接的C端，D971与SD／97／02在第101～182位同源性为100％，与疫苗株H52和H120及国内分离株LX4和D41的同源性为97％，而与本试验所选的国外参考毒株同源性在96％以下；在C端第184～219位D971与H52的同源性为100％，与H120和SD／97／02的同源性为97％，与其他毒株的同源性也在96％以下，而且在C末端第220～222及224位与上述国内外参考毒株均不同，国内外各毒株在该4个位点氨基酸为丙氨酸、苏氨酸、甘氨酸和丝氨酸，而D971M蛋白的该区域氨基酸突变为丝氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸，该突变是否与D971的生物学特性尤其是组织嗜性的变化相关还有待于进一步研究。以上结果表明，D971与SD／97／02亲缘关系较其他毒株为近，但其遗传衍化又与国内使用的疫苗株H52和H120具有一定的联系。从其mRNA3和mRNA4cDNA的序列分析来看，D971又具有独特的分子特征。     

蓝舌病病毒血清1型野毒株及疫苗株S10基因差异

蓝舌病病毒血清型 1型是主要致病血清型之一。为明确其流行规律的分子生物学基础 ,采用 RT- PCR扩增和序列测定技术分析了 15株野毒株及 1株弱毒疫苗株的 S10全基因片段 ,并对其核苷酸和氨基酸差异进行了比较。所有毒株 S10基因核苷酸长度均为 82 2 bp,含有 2个起始密码子 (核苷酸 2 0～ 2 2和 5 9～ 6 1)和 1个终止子 (核苷酸 70 7～70 9) ,预测编码 2种蛋白 (NS3和 NS3A)。不同毒株间 S10基因核苷酸差异为 0～ 138个 (同源性 10 0 %～ 82 %) ,NS3/NS3A蛋白氨基酸差异为 0～ 15个 (同源性 10 0 %～ 93%)。基于 S10基因序列分析 ,可将蓝舌病病毒野毒株及疫苗株分为 2个基因群 :12株野毒株及 1株疫苗株为基因 群 ,3株野毒株与澳大利亚 型毒株属于基因 群 ,两群间的核苷酸同源性为 79%。各基因群在地域分布及宿主来源上未发现有明显的特征性。基因群与毒株分离年代、对 BHK- 2 1细胞毒力等特征关系亦不明显。     

犬瘟热病毒Guizhou株血凝素基因的克隆及序列分析

参照已发表的文献合成1对引物，以犬瘟热病毒Guizhou分离株感染Vero细胞收获病毒提取的RNA为模板，RT-PCR扩增获得血凝素蛋白基因（H）901～1661位大小为761bp的片段，并将PCR扩增产物进行克隆和测序。将Guizhou株与GenBank数据库中的31株CDV及国内NanjingOP株的H基因序列进行同源性和系统发生树分析，发现Guizhou株的H基因部分序列与疫苗毒株Convac和Onderstpoort的同源性最低，只有90％；与日本野毒株Tanu96、KDK-1、Hmanatsu、Yanaka、UENO的同源性较高，为96％～98％；且与国内从大熊猫和小熊猫分离的野毒株GP和LP的同源性也较高，为98％和96％。系统发生树分析显示，Guizhou株与国内野毒株GP和LP，及日本的5个野毒株应属同一类，其中和GP株基因型最近，推测这些毒株间有更近的共同祖先。因此怀疑该病毒较适应于野生动物，且在我国某些地区的野生动物中可能存在自然疫源性传播。     

4株猪瘟流行野毒株病毒结构蛋白E2基因的核苷酸序列分析

应用RT－PCR和nPCR扩增由4株甘肃省近期（1997－1998）猪瘟流行野毒株的E2基因，将其克隆到pGEM-TEasy载体上，经转化、筛选、鉴定后，测定核苷核序列，4株流行毒株的E2基因核苷酸序列同源性为89．2％－99．7％，相应的氨基酸序列同源性为93．8％－99．0％，这4株流行毒株；与C－株（疫苗种毒）E2基因的核苷酸序列同源性为82．2％－84．3％，相应的氨基酸序列的同源性为87．9％－90．2％，表明近期猪猪瘟流行毒株与C－株的gp55蛋白之间存在一定的差异。     

猪瘟病毒兔化弱毒株与内蒙古分离野毒株(NMW)E2(gp55)基因的克隆与序列分析

采用反转录PCR（RT—PcR）和套式PCR（nested-PCR）扩增了猪瘟病毒兔化弱毒株与内蒙古野毒株的E2（gp55）基因，片段长约1200bp，将PCR产物与PMD-18-T载体相连接并克隆后，经酶切、PCR鉴定后进行序列测定和分析，结果显示二者的核苷酸同源性为89．7％，这一结果表明内蒙古近期流行的猪瘟野毒株与目前使用的疫苗株在E2基因上存在一定的差异。     

禽流感病毒A／Turkey／Canada／63毒株HA和NA基因的克隆及序列分析

用SPF鸡胚增殖禽流感病毒（AIV）A／Turkey／Canada／63毒株，提取病毒基因组总RNA，应用RT-PCR技术分别扩增该病毒分离株的HA和NA基因全片段，并克隆到pMD18-T载体上。测序结果表明，该毒株的HA基因全长为1745bp，含有完整的阅读框架，编码566个氨基酸；NA基因全长1467bp，编码469个氨基酸。BLAST序列比较结果显示，该毒株HA基因属于H6亚型，NA基因属于N2亚型。将获得的HA和NA基因与AIV数据库中H6和N2基因进行遗传演化分析，表明该毒株HA基因与其他H6基因核苷酸的同源性为80．5％～87．3％，氨基酸的同源性为88．0％～93．1％；NA基因与其他N2基因核苷酸的同源性为86．0％～93．5％，氨基酸的同源性为90．6％～96．3％。     

用单抗介导的交叉ELISA对IBV毒株的分型研究

用针对IBV 3种结构蛋白的一组单抗（C1、C2、C3、J1、J2、J3）和6个不同血清型的IBV标准株（Gray株、Connectic株、Holte株、T株、M41株、Arkavas株）进行交叉ELISA试验，显示了6种不同的反应模式；与同一Mass血清型内M41、H52、H120 3毒株进行交叉ELISA反应显示出相同的反应模式；通过地方分离株和标准株与6株单抗的ELISA反应模式比较可将来自河南、山东、江苏、广东、广西、西川等省22个地方株划分为7个不同的抗原群，其中M41抗原群占10株，其仍是我国当前主要的流行型。根据两株中和单抗C2、J1与22个地方株ELISA反应结果，可将地方株分为三大类群，即与J1反应的M41类群，与C2反应的Y类群和J1、C2均不反应的第三类群，C2和J1两株中和单抗可与85％以上毒株发生反应，可为IBV制苗毒株的选择（M41和Y）提供参考依据，此种分型方法较传统的分型方法简便、快速。     

猪伪狂犬病病毒疫苗株与野毒株鉴别PCR检测方法的建立及初步应用

本试验根据疫苗株缺失gE基因、野毒株和疫苗株均有gB基因的特点,设计两对引物,建立了PCR方法,使用该方法分别对PRV、PCV2、PPV、CSFV、PRRSV进行PCR检测,结果只能从PRV Fa野毒株DNA提取物中扩增出354、237 bp的核苷酸片段,从PRV Bartha-K61疫苗株扩增出237 bp的片段,其他病毒均未扩出条带,达到了区分疫苗株与野毒株的目的。同时,应用该方法对吉林省各大猪场进行了临床病料检测,结果表明,在采集的205份病料中有32份检测为猪伪狂犬病病毒野毒感染,阳性率为15.6%。     

番鸭细小病毒弱毒株VP2基因的分子克隆与序列测定

将番鸭细小病毒（MDPV）强毒Q株经番鸭胚连续传代，获得致弱株MDPV－26，根据已发表的MDPV的全基因序列，设计了1对引物LHMP7／LHMP8，同时在这2条引物中分别加入2种限制性核酸内切酶Sac Ⅱ和KpnⅠ的酶切位点，应用PCR技术扩增了MDPV0－26株的VP2基因片段，将扩增后的基因片段重组到pMD18-T质粒载体上，并对插入片段进行序列测定，测序结果表明，弱毒株MDPV－26与强毒株MDPV－Q的VP2基因序列相同率达99．7％，与国外分离株的同源性为98．3％，说明强，弱毒株的VP2基因序列变化不大。     

犬2型腺病毒毒株纤突蛋白基因的比较分析

根据GenBank中犬腺病毒（canine adenovirus,CAV)纤突基因序列，设计合成2对引物。用PCR方法，对犬2型腺病毒沈阳分离株（CAV-2SY株）第5代强毒（SY-V5）、经蚀斑克隆驯化的第60代毒弱毒（SY-V60）、SY-V60感犬体上传5代的回收毒（SY-CP5）、美国疫苗毒（US-V20）等4个毒株的纤突基因进行了扩增，PCR产物经纯化后进行基因序列测定，测序结果经拼接后得到1个由1629个核苷酸组成的纤突蛋白全基因序列，编码543个氨基酸。犬2型腺病毒与GenBank中的标准的CAV-2强毒株（Toronto A26/61)纤突蛋白基因序列的比较结果表明：CAV-2SY株强毒株与Tornto A26/61株相同；SY-V60株与SY-CP5相同，与驯化前的SY-V5相比，在1134位发生碱基颠换，编码的氨基酸由原来的天冬酰氨（N）变为赖氨酸（K），并导致N-X-S/T潜在糖基化位点发生改变，US-V20该部位与发生同样的突变，本试测定和比较的CAV-2强毒株有5个潜在的N-联糖基化位点，弱毒株仅有4个位点；US-V20与TorontoA26/61差异较大，有11个碱基发生变化，导致8个氨基酸的变异。     

区分犬瘟热病毒Asia-Ⅰ型野毒株及疫苗株的AS-PCR方法

犬瘟热是一种接触性传染病,可侵害免疫系统、呼吸系统、消化系统,甚至神经系统,导致全身性的病理变化,对宠物犬、毛皮动物等存在巨大威胁。目前常用的胶体金检测法不能有效区分疫苗免疫与动物自然感染。为建立一种高效准确的鉴别犬瘟热病毒野毒株和疫苗株的检测方法,本试验对从武汉地区收集已确诊犬瘟热的6只犬分离得到的野毒株以及3株广泛使用的CDV疫苗株进行全基因组测序,从氨基酸水平和碱基水平比对分析后,确定H基因为AS-PCR引物设计的靶基因。通过对H基因进行分型,发现武汉地区流行的CDV均为Asia-Ⅰ型,而疫苗株Y2为America-I型,疫苗株Y1和Y3均为America-Ⅱ型。对比179株Asia-Ⅰ型（6株野毒株样品+173株GenBank Asia-Ⅰ型）与3株疫苗株的CDV-H基因序列,采用AS-PCR技术（3'端错配）设计出1对能有效区分犬瘟热Asia-Ⅰ型野毒株和疫苗株的特异性引物,上游引物序列为5'-TTAAATGATAATGACATAGTG-3',下游引物序列为5'-CCTGGCAAGGCAAGA-3'。结果显示该引物有较强的特异性,6株样品野毒株均可扩增出长894 bp的片段,疫苗株不能扩增,且野毒株的H基因上存在9个较为规律的碱基（氨基酸）变异位点,而疫苗株在第277位氨基酸上均为天冬酰胺,这些变异可能导致N-糖基化位点的增加,从而对犬瘟热病毒疫苗株的毒力产生影响。本研究建立的AS-PCR方法能有效区分犬瘟热疫苗和Asia-Ⅰ型野毒株。     

猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP鉴别检测方法的建立

本研究旨在建立猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP鉴别检测方法。根据Shimen株设计1对特异性引物,建立猪瘟病毒RT-PCR-RFLP检测方法;对20份疑似猪瘟临床样品进行检测,并对检出的山东8株流行野毒株和2株疫苗株PCR产物进行克隆与序列分析,验证上述方法。结果RT-PCR扩增片段为825bp,产物经RFLP分析,野毒株的PCR产物能被ApaⅠ酶切为322bp和503bp 2个片段,兔化弱毒疫苗株则不能被酶切,检测出RNA的最低浓度为0.028 6μg.mL-1;8株流行野毒株都含GGGCCC序列(ApaⅠ酶切位点),2株疫苗株相应序列为GAGCCC,不能被ApaⅠ酶切;8株流行野毒株属于基因2群,2株疫苗株与HCLV遗传关系近,为基因1群。建立了可鉴别猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP检测方法,为猪瘟的防控提供有效手段。     

基于H蛋白基因的犬瘟热病毒遗传变异分析

犬瘟热是犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)感染犬和其他食肉动物造成的多发性、致死性传染病,本文从分子水平上探讨CDV遗传进化特性、变异情况与流行规律之间的关系.通过收集2002-2010年在中国地区分离的14株CDV野毒株、2006-2007年在全球各地分离的12株CDV野毒株以及从不同宿主分离的12株CDV野毒株和4株疫苗株,将其分为4组,将前3组野毒株分别与国内外正在使用的4株疫苗株的H基因进行遗传变异分析.分析发现,CDV野毒株与疫苗株间H蛋白基因的核苷酸相似性为86.2％～92.1％,其氨基酸相似性为89.1％～91.9％;H基因的584位的天冬酰胺糖基化位点是Asia-Ⅰ型CDV所特有的;H蛋白3555区域的非同义氨基酸替换概率较高.作者推测H蛋白抗原变异可能造成弱毒疫苗免疫效力降低,不能为某些CDV株的感染提供完全有效的保护.     

传染性支气管炎病毒嗜腺胃毒株(ZJ971毒株)结构蛋白和S1基因的结构分析

对来自浙江地区的传染性支气管炎病毒嗜腺胃毒株（ＺＪ９７１株）的结构蛋白进行了ＳＤＳ电泳分析，用ＲＴ－ＰＣＲ扩增其Ｓ１基因ｃＤＮＡ，并作了测序分析。结果显示，ＺＪ９７１株结构蛋白由２１２０００、１４６０００、９７４００等８条蛋白带组 其他传染性支气管炎病毒株相比缺损１１６０００蛋白条带；Ｓ１基因全长为１７２０ｎｔ，编码１条５５１个氨基酸组成的多肽，其核心苷酸与其他传染性支气管炎病毒株的同源性为９９．     

鸡传染性支气管炎疫苗株与广西流行野毒株鉴别方法的建立

根据鸡传染性支气管炎病毒(IBV)3′端非编码区和S1基因保守区域设计两对特异性引物,对H120、Ma5和4/91、M41等常用疫苗株以及26株广西田间分离株进行二重RT-PCR扩增,并进行该方法的特异性和敏感性试验,同时进行了初步应用。结果表明,经RT-PCR扩增后,M41毒株得到约160bp的目的片段,Mass型毒株得到约370bp的目的片段,4/91型IBV毒株得到约480bp和345bp 2条目的片段,其他24株广西分离株得到1条大小在260bp~345bp的目的片段。特异性试验表明此二重RT-PCR方法不能扩增NDV、AIV、MDV、IBDV、ALV等,敏感性试验表明最低检测量达到100pg。该方法的临床应用表明,攻毒鸡病料阳性率达90%。研究结果表明了所建立的二重RT-PCR方法可以鉴别IBV疫苗株与广西流行野毒株,且特异性强,敏感度高。     

超强传染性法氏囊病病毒株宿主保护抗原的分子特征

为了探索超强传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ）株毒力增强的原因，采用反转录－聚合酶链反应技术，从中国广东、福建分离到的３株超强ＩＢＤＶ毒株中扩增到编码ＶＰ２蛋白的ｃＤＮＡ基因片段，并对ＶＰ２基因的高可变区进行了序列测定。序列分析和聚类分析表明，３株超强毒株与欧洲超强毒株非常相似，而与经典强毒株、弱毒株和变异株相差较大。将超强毒株ＶＰ２高可变区的氨基酸序列与其他血清Ⅰ型毒株进行比较，发现除了具有一般ＩＢＤＶ强毒株的分子特征之外，所有超强毒株在２２２、２５６、２９４和２９９位上的氨基酸均相同，分别为Ａ、Ⅰ、Ⅰ和Ｓ，与其他毒株均不相同。而２２２、２９４和２９９位上的特征性氨基酸使超强毒株ＶＰ２中诱导中和抗体的抗原决定簇的构象发生细微变化，从而导致毒力增强。     

犬瘟热病毒TN野毒株核蛋白基因的克隆与序列分析

根据GenBank中收录的犬瘟热病毒(CDV)Onolerstepoort株核蛋白基因(N)序列，设计了1对特异性引物，用该引物对分离的TN野毒株进行了RT-PCR扩增；将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM-T质粒连接，得到重组质粒pTN。经核苷酸序列测定，CDVTN株N基因的ORF全长1569bp，编码523个氨基酸；将TN野毒株与GenBank中收录的其他CDV毒株进行比较，N基因核苷酸序列的同源性为94％～99％，推导的N蛋白氨基酸序列的同源性为97％～99％。TN株与Onderstepoort疫苗株氨基酸序列的差异主要集中在N端(17～159位)和C端(408～519位)。中间的区域则高度保守。此外，在CDVN蛋白N端281～289位上也发现存在与麻疹病毒(MV)N蛋白完全相同的Y-P-A-L-G-L-H-E-F9肽序列，推测可能是诱导CTL活性的靶蛋白的抗原表位之一。氨基酸组成分析发现，推导的N蛋白氨基酸序列中亮氨酸、丝氨酸和异亮氨酸所占比例很高，提示该蛋白具有高度螺旋和缠绕的分子结构。     

石河子地区犬细小病毒野毒株的PCR检测与遗传变异初步研究

为探索石河子地区的CPV野毒株是否发生遗传变异,本试验收集石河子地区自然发病犬及病死犬的粪便和组织,提取其病毒基因组,利用PCR技术对犬细小病毒VP2基因片段进行扩增,对扩增片段进行克隆和测序,并与不同地域流行株VP2基因进行比对,分析其差异。结果显示,本试验成功克隆了VP2基因,且序列分析结果显示一毒株存在14个点突变位点其和5个缺失位点,另一毒株存在7个突变位点。经基因型鉴定,野毒株的基因型均为CPV-2a型。