珊瑚菜叶绿体基因TrnV－M序列的PCR扩增与分析

[目的]对珊瑚菜TrnV-M基因片段PCR扩增条件进行优化和测序分析,为濒危物种珊瑚菜的种质资源保护和遗传多样性研究提供理论依据。[方法]探索并优化珊瑚菜叶绿体基因片段TrnV-M的PCR扩增条件,并对扩增产物进行测序分析。[结果]珊瑚菜TrnV-M基因片段的PCR最佳反应体系:d NTPs 0.50μL,Buffer 2.50μL,Trn M 1.25μL,TrnV 1.25μL,DNA 1.00μL,r Taq E 0.15μL,dd H2O 18.35μL,总体积25.00μL。最佳扩增程序:94℃预变性3.0 min;94℃变性50 s,58℃退火45 s,72℃延伸1 min 25 s,38个循环;72℃延伸8 min。[结论]在最优体系下获得了清晰、稳定的目的条带,校正后条带长度约为757 bp,通过Gen Bank的BLAST比对,确定为TrnV-M基因片段。     

快速提取玉米叶片DNA的新方法

以玉米自交系掖478和海9-21及其BC2F3群体的幼苗期叶片为材料建立了一种快速提取玉米叶片DNA的新方法:通过在常温下取1～2cm2大小的玉米叶片于1.5 ml离心管中,加入600μl CTAB提取液,使用组织研磨器研磨,然后加入600 μl氯仿:异戊醇(24:1),10 000r/min离心10min,取上清,最后加入冰冻的乙醇沉淀DNA即可.这种方法操作简单,耗时少,效率高,提取的玉米基因组DNA量也较可观.     

转TGEV-S基因玉米中目的基因的PCR检测及优化

为提高转基因玉米中目的基因的检出效率,以猪传染性胃肠炎病毒纤突糖蛋白（TGEV-S）转基因玉米为材料,利用PCR方法检测样品中的目的基因.通过对PCR反应体系中4种不同DNA聚合酶和8种退火温度进行比较,建立和优化了转基因玉米中TGEV-S基因的PCR检测方法.对450株转基因玉米叶片DNA和种子DNA中的TGEV-S基因片段进行检测,并设计33对引物检测插入转基因玉米基因组DNA中的质粒pBAC9020DNA片段.结果显示,LA Taq酶对叶片DNA和种子DNA中TGEV-S片段的PCR扩增敏感性和特异性均优于其他Taq聚合酶,且退火温度为53～55℃时扩增效果较好.分别对450份转基因玉米叶片DNA和种子DNA检测结果显示阳性率分别为82.5％和76.3％.利用33对引物进行的PCR扩增及测序结果显示质粒pBAC9020基因片段已全部插入该玉米基因组DNA中.本试验建立的转TGEV-S基因玉米PCR检测方法敏感性和特异性高,为转基因玉米阳性植株的检测奠定了坚实的基础.     

一种适宜拟南芥PCR检测的DNA提取方法（摘要）（英文）

[目的]介绍一种适于拟南芥PCR检测的DNA快速提取方法。[方法]通过对常规DNA提取方法的改进（省去液氮研磨和苯酚提取的步骤）,获得可以快速大批量地提取拟南芥DNA样品的方法。于1.5ml Eppendorf管内加入400μl DNA提取液[内含200 mmol/LTri（pH值7.5）,25 mmol/LEDTA（pH值8.0）,250 mmol/LNaCl,0.5% SDS（W/V）],剪取拟南芥叶片材料少许（1片以下）加入400μl DNA提取液,用微型研磨棒将叶片捣碎至溶液成绿色,放置3 ～5 min;加入400μl氯仿/异戊醇（体积比24：1）,混合均匀,12 000 r/min离心5 min;取上清液至另一1.5 ml Eppendorf管内,加入300μl异丙醇,颠倒混合均匀,室温下放置5 min,12 000 r/min离心5 min;弃去上清液,以70%乙醇漂洗,放置晾干,加入100μl灭菌超纯水溶解,4℃放置备用。以随机抽取的拟南芥转基因株系和突变株系为样品进行验证。[结果]经过琼脂糖凝胶电泳及紫外吸收检测,DNA样品完整且污染少,PCR扩增目的片段结果良好,适于作为PCR反应的模板。经过对随机抽取的拟南芥转基因株系和突变株系的PCR检测,阳性植株目的基因扩增条带清晰,无假阳性,试验结果理想。[结论]该方法适用于拟南芥DNA样品的快速提取、PCR检测及拟南芥突变体筛选工作。     

辣椒RAPD扩增体系的建立

[目的]为辣椒的品种资源鉴定与遗传多样性分析奠定基础。[方法]采用改良的CTAB法对辣椒叶片基因组DNA进行提取,并采用正交试验设计法对辣椒RAPD-PCR反应进行优化筛选。[结果]采用改良的CTAB法获得了高质量的辣椒基因组DNA,用Tris-平衡酚∶氯仿∶异戊醇（25∶24∶1,V∶V∶V）进行抽提,最后再用氯仿抽提以除去其中含有的酚,避免了对后续PCR扩增的影响。基于一般的RAPD反应程序和调整试验,优化了PCR反应体系。结果表明,在模板20 ng 1.5μl、引物（20μmol/L）1.5μl、dNTPs（2.5 mmol/L）2.2μl、10×Buffer缓冲液（含Mg2＋）2.5μl、Taq（5 U/μl）0.35μl条件下扩增效果较好。[结论]建立了最适的辣椒RAPD扩增体系。     

基于牙釉质基因巢式PCR性别鉴定 超微量DNA检测方法的建立

实验根据山羊牙釉质(AMEL)基因序列设计巢式引物,用紫外分光仪检测基因组DNA的浓度,梯度稀释(10 -2μg/μL、10-3 μg/μL,10-4μg/μL,10-5μg/μL),巢式PCR扩增后琼脂糖凝胶电泳检测.结果表明,利用巢式PCR方法对10 pg量基因组DNA(约3个细胞)进行扩增,得到明显目的条带.巢式...     

玉米自交系SSR技术反应体系的优化

以玉米自交系为材料,研究了PCR反应体系的Mg(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度、模板DNA浓度及退火温度对玉米自交系SSR扩增结果的影响,确定适合玉米自交系SSR分子标记研究的优化体系.最终确定总反应体系为20μmol/L,Mg(2+)浓度3.0mmol/L、dNTPs 0.1mmol/L、引物0.45μmol/L、Taq DNA聚合酶0.4U、模板DNA 50ng.PCR扩增条件:94℃预变性5 min;94℃ 45s,56℃ 45s,72℃ 1 min,35个循环;最后72℃5 min.     

玉米大斑病菌RAPD分析最佳反应体系的建立

通过对玉米大斑病菌RAPD反应程序中的一些重要参数进行摸索和优化试验,建立了一套适合玉米大斑病菌的扩增反应体系及反应程序:25μL体系中,加入Taq DNA聚合酶2 0 U、25 mmol L的MgCl2 2 0 mmol L、dNTP 200μmol L、随机引物30 ng、10×PCR buffer 1μL、DNA模板30 ng、用重蒸水补足25μL。反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性1 min, 37℃退火1 min,72℃延伸2 min,40循环; 72℃延伸6 min。     

玉米自交系SSR标记技术的优化

选用7个玉米自交系为材料,分别研究了PCR反应体系中Mg2+浓度、d NTPs浓度、Taq DNA聚合酶量、引物浓度、模板DNA量,退火温度,PCR产物变性处理及银染方法对玉米自交系SSR标记结果的影响,优化了玉米自交系SSR标记技术。结果表明:优化后的20μL PCR反应体系为1.5 mmol/L Mg2+、0.05 mmol/L d NTPs、0.5 U Taq DNA聚合酶、0.05μmol/L引物、10倍PCR buffer 2.0μL和80 ng模板DNA,最优退火温度为60℃。PCR产物在95℃条件下变性5 min后上样电泳,电泳结束后胶板用蒸馏水快速漂洗,洗后用0.1%的硝酸银溶液银染8 min,再用蒸馏水洗30 s,最后用3%氢氧化钠与1%甲醛显影。     

粗毛淫羊藿内转录间隔区序列扩增条件的优化

用CTAB法提取粗毛淫羊藿叶片DNA,进行内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列PCR扩增试验,通过单因子试验研究了退火温度、Mg2+浓度、TapDNA聚合酶浓度、dNTP浓度对ITS-PCR反应的影响,并通过各因子的组合研究,建立了适宜于粗毛淫羊藿ITS分析的扩增体系:25μL体系中2.5μL10×buffer、1μL模板DNA、1.0mmol/LMgCl2、1.5mmol/L dNTP、1.25UTaq酶、0.4μmol/L ITS4、ITS5.PCR反应程序为95℃5min;94℃30 s,52℃45 s,72℃1min,共35个循环;72℃7min.粗毛淫羊藿ITS扩增条件的优化,可以为淫羊藿属遗传多样性的研究及分子鉴定奠定基础.     

玉米SSR分子标记技术操作规程的优化

[目的]建立玉米SSR标记技术操作规程,为其在生产中应用提供参考。[方法]以2个玉米杂交种(黔单16号、西山99)和4个玉米自交系(苏37、交51、黄C、4011)为试材,从玉米中提取基因组DNA,分别对不同DNA提取方法、SSR反应体系、PCR扩增程序和银染方法进行比较。[结果]采用SDS法、CTAB法提取DNA的扩增效果较好。玉米的最佳SSR反应体系为:1U Taq酶,1×Bufer,60ng模板DNA,2.0 mmol/LMg2+,0.15 mmol/LdNTPs,0.3μmol/L引物。最佳SSR扩增程序为:93℃,1 min;93℃,1 min;60℃,2 min;72℃,2 min,30个循环;72℃,5 min。用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶或6%变性聚丙烯酰胺凝胶来检测玉米SSR标记较好。[结论]采用优化的SSR标记检测体系,对贵州51份玉米杂交种进行遗传多样性分析,大多数引物扩出清晰条带。     

基于PCR和巢式PCR技术的玉米南方锈病早期检测

【目的】建立巢式PCR方法,快速检测处于病害潜育期的玉米叶片内的多堆柄锈菌(Puccinia polysora),为玉米南方锈病(southern corn rust)的预测和防治提供技术支持。【方法】根据多堆柄锈菌ITS区序列,在其变异区设计3条多堆柄锈菌特异性检测引物NX471-F、NX255-F和NX255-R,建立以NX471-F与真菌ITS区通用引物ITS4为外侧引物,NX255-F/NX255-R为内侧引物的巢式PCR。采用20μL扩增体系：Ex Taq DNA聚合酶(5 U·μL^-1)0.15μL、10×Ex Taq Buffer(Mg²⁺plus)2μL,d NTP Mixture(各2.5 mmol·L^-1)1.6μL,上下游引物(10μmol·L^-1)各0.3μL,DNA 1μL,14.65μL ddH₂O。扩增程序：利用外侧引物NX471-F/ITS4进行第一步PCR扩增,95℃预变性7 min;95℃变性30 s,55℃退火30 s,72℃延伸45 s,...     

油橄榄ISSR-PCR反应体系优化与引物筛选

[目的]对油橄榄ISSR-PCR反应体系进行优化,并筛选出多态性ISSR引物。[方法]以油橄榄嫩叶片提取的基因组DNA为模板,通过单因子试验针对反应体系主要因子Mg2+、dNTPs、引物浓度及模板用量进行油橄榄ISSR-PCR反应体系优化。[结果]优化的油橄榄ISSR-PCR反应体系为:总体系20μl中含1×Taq Buffer,3.5 mmol/L Mg2+,0.4 mmol/L dNTPs,1.0μmol/L引物,1.0 U Taq DNA聚合酶,20 ng DNA模板。反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,52～55℃退火30 s,72℃延伸2 min,40个循环;72℃延伸10 min,4℃保存。同时利用上述反应体系和反应程序筛选出了扩增稳定、多态性高、扩增条带清晰的ISSR引物11条。[结论]为进一步油橄榄种质资源的多样性研究和品种鉴定奠定了基础。     

安徽桑树品种全基因组DNA提取方法研究

旨在获得一种高效、稳定、廉价的DNA提取方法。以安徽桑树品种嫩叶为材料,以CTAB法提取其基因组DNA,并用紫外分光光度计、凝胶电泳、PCR 扩增等方法进行鉴定。研究结果表明：提取的DNAA260/A280比值在1.80~1.90 之间,DNA得率约为0.187~0.275 μg/mg,以提取的DNA为模版,PCR能够获得清晰的目的条带。证明CTAB法提取的DNA质量较好,能满足后续分子生物学操作的需要。     

耐草甘膦转EPSPS/GAT大豆多重PCR检测体系的建立及应用

【目的】建立一种精准、高效的草甘膦抗性基因G2-EPSPS和GAT的检测方法,为转基因大豆新品系ZH10-6的广泛应用提供技术支持。【方法】根据抗草甘膦大豆ZH10-6和受体中黄10的分子特征,设计大豆内源参考基因（Actin）、外源基因（G2-EPSPS和GAT）以及侧翼序列（G2EPSPS-2/ZH10P2和ZH10P1/GAT-2）的特异性引物,通过PCR扩增测试引物的特异性和适用性。调整引物配比、DNA模板量、dNTP含量、退火温度和延伸温度等,筛选该多重PCR体系的最适扩增条件。将转基因大豆ZH10-6和受体中黄10的基因组DNA按质量比混合,制备成100%、50%、10%、5%、1%、0.5%、0.1%和0的DNA样品,进行灵敏度检测。运用建立的多重PCR体系检测转基因大豆ZH10-6不同地理来源的11份衍生品系,并根据鉴定结果对该体系的应用性进行评价。【结果】建立的多重PCR方法中引物GmActin11 F/R、G2-EPSPS F/R、GAT F/R、ZH10P1/GAT和G2/ZH10P2可分别扩增出转基因大豆ZH10-6大小为126、430、338、810和1 626 bp的特异性目标条带。用该方法扩增受体中黄10时,除了GmActin11 F/R可以扩增出126 bp目标条带,侧翼序列上游引物ZH10P1和下游引物ZH10P2也可以扩增出632 bp目标条带。多重PCR最适扩增体系为DNA模板量100 ng、5 U·μL^-1 Ex Taq 0.2 μL、10×ExTaq Buffer 2.5 μL、2.5 mmol·L^-1 dNTP 2 μL、10 μmol·L^-1引物（GmActin11 F/R 0.4 μL、G2-EPSPS F/R 0.6 μL、GAT F/R 0.4 μL、ZH10P1/GAT 0.6 μL和G2/ZH10P2 0.6 μL）,ddH₂O补足25 μL。多重PCR扩增最适程序为95℃ 5 min;95℃ 30 s,60℃ 30 s,68℃ 1 min 20 s,35个循环;72℃ 12 min。该多重PCR体系灵敏度为0.5%,符合欧盟有关转基因产品标识的要求。该多重PCR方法特异性很强,可以成功检测受体中黄10、转基因大豆ZH10-6及ZH10-6不同地理来源的11个衍生品系。【结论】建立的转EPSPS/GAT大豆多重PCR检测体系具有高通量、特异性强、操作简便和应用广泛的优点,并且能够快速、准确地检测转基因大豆ZH10-6及其衍生品系。     

玉米SRAP反应体系的建立与优化

SRAP标记(Sequence-related Amplified Polymorphism,序列相关扩增多态性)是一种新的分子标记技术,具有简便、稳定、中等产率、在基因组中分布均匀的特点,是开展遗传图谱构建、基因定位与克隆、比较基因组学c、DNA指纹图谱、生物多样性、预测杂种优势等研究的一个很实用的工具。对玉米SRAP反应体系的程序、模板、Mg2+等参数进行优化研究,结果表明玉米的PCR程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,35℃复性1 min,72℃延伸1 min,5个循环;94℃变性1 min,50℃复性1 min,72℃延伸1 min,35个循环,最后72℃延伸10min;25μl反应体系中,模板量为20 ng,Mg2+浓度为2.0 mmo1/L。该研究建立的玉米SRAP体系重复性好,稳定性强。     

部分柿属植物TRAP标记反应体系的建立与引物筛选

为了建立柿属植物目标区域扩增多态性(TRAP)标记技术体系,对影响TRAP-PCR的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、固定引物和随机引物浓度比5个因素进行了优化。确定优化的反应体系为:模板DNA 40 ng,buffer 1×,Mg2+1.4 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,固定引物和随机引物浓度比为11∶1,Taq酶0.5 U,反应总体积为15μL。利用柿属植物EST数据库信息设计锚定引物10条,与11条随机引物组合共110对引物。利用这些引物对柿属植物6个基因型进行TRAP-PCR扩增,其中84个引物组合能扩增出清晰条带,占引物总量的76.36%;36个引物组合表现出良好的多态性扩增,并在20份柿属植物中进行了引物验证。     

番茄基因组DNA提取探讨

以番茄幼嫩叶片为材料,通过CTAB和SDS 2种方法对番茄基因组DNA提取进行了比较研究。结果表明：2种方法均能提取完整且纯度较高的DNA,所得DNA用于PCR反应可得到清晰的扩增条带。     

一种适用于甘蔗SSR-PCR的DNA快速提取方法

以不同甘蔗品种幼苗期幼嫩叶片为材料,以改良SDS法和DNA快速提取法对甘蔗基因组DNA进行提取,并以SSR-PCR检测比较两者的扩增效果。结果表明,两种方法提取获得的基因组DNA条带基本一致,条带较为清晰,重复性好且稳定,均可满足SSR-PCR扩增的需要。但DNA快速提取法简化了SDS改良法,具有高通量、操作方便、简单、快速、成本低、DNA存放时间较长等优点,能在较短时间内完成大量样品的DNA提取。