A型流感病毒分型基因芯片在流感病毒各亚型监测中的应用

为验证自行研制的A型流感病毒分型基因芯片方法在实际中的应用效果,了解A型流感病毒各亚型在我国不同地区和不同宿主中的分布情况,对我国20个地区、不同宿主源(鸡、鸭、鹌鹑、鸽子、猪、人等)拭子和组织样品共16 852份进行了检测。利用自行研制的A型流感病毒分型基因芯片方法,对样品进行RNA提取、多重不对称RT-PCR扩增、芯片杂交、洗涤和扫描分析;同时将基因芯片检测阳性的样品,用普通RT-PCR扩增后进行序列测定。结果显示:利用该方法检出阳性样品2 582份,总检出率为15.32%(2 582/16 852),共检测到H1N1、H2N9、H3N2、H4N6、H5N1、H7N1、H7N9、H9N2、H10N5、H16N3等10个亚型,且均与阳性样品测序结果一致。结果表明,该方法可准确检测不同地区、不同宿主中的A型流感病毒不同亚型。同时,该方法能在同一张芯片上准确鉴定A型流感病毒的多种亚型,解决了其他常规方法无法检测已发现和可能发生变异的所有亚型的棘手问题,从而为A型流感诊断和分子流行病学监测提供了一种新技术。     

基于SNP标记的爆裂玉米农家品种遗传多样性

为了评价广西爆裂玉米农家品种的遗传多样性,利用56K SNP芯片技术对中国广西45个爆裂玉米农家品种、中国2个爆裂玉米杂交种和6个南美爆裂玉米种质进行全基因组扫描,获得多态性标记14 338个,基因分型为6 种类型。其中A/G类型最多,为5 805个;A/T类型最少,为149个。1号染色体的多态性SNP位点最多,为2 302个;10号染色体最少,为848个。45个农家品种间平均遗传相似系数为0.62,变幅为0.41~0.99,总体遗传相似度高。聚类分析将参试品种划分为三大类群,相同来源的农家品种大多聚在一起;主成分分析显示大部分农家品种聚在一起,与杂交品种和南美品种之间没有交集,表明农家品种遗传相似性较高,与杂交品种和南美品种遗传差异较大。     

全基因组SNP分型技术在畜禽遗传育种研究中的应用

随着畜禽资源分子鉴定、物种进化、全基因组育种等热点领域的逐渐兴起,准确的全基因组SNP分型成为了畜禽基因组研究的关键。基因芯片、重测序、简化基因组测序及靶向捕获测序等全基因组SNP分型技术已广泛应用于畜禽基因组研究中。本文概述了全基因组SNP分型技术的原理及其在全基因组关联分析、选择信号分析和畜禽遗传资源背景分析等方面的应用,以期为畜禽基因组研究和育种应用提供借鉴和参考。     

细菌16SrDNA基因芯片的构建及应用

本试验为建立能检测兽医临床重要病原菌的基因芯片方法,采用通用引物扩增菌株16S rDNA V1-V3区,制备16SrDNA PCR产物基因芯片,对5种兽医临床微生物进行检测.结果显示,制备的基因芯片能特异性地检测金黄色葡萄球菌、链球菌和鸡毒支原体,以及这3种菌株混合样品,但对大肠杆菌及沙门菌检测结果不理想.基因芯片检测灵敏度为3μg/L.     

基于基因芯片的梨品种S基因型鉴定的技术方法

梨是典型的配子体自交不亲和植物,梨品种自交不亲和基因型(S基因型)确定的研究对于梨的栽培和遗传改良具有重要的意义.综合分析了运用杂交授粉试验、PCR-RFLP技术、DNA序列分析、cDNA克隆等技术在确定梨品种S基因型方面的优点和不足之处,提出了运用基因芯片技术确定梨品种S基因型的新方法,并分析了该技术的优势以及在梨品种S基因型确定方面的应用前景.     

流感病毒核酸检测方法研究进展

流感病毒可以引起人和动物高度接触性传染性疾病,对公共卫生和畜禽养殖业均造成极大的威胁.因此,准确而又快速的诊断方法对流感的防控起着非常重要的作用.近年来,流感病毒的核酸诊断技术发展较快,主要有RT-PCR、实时荧光定量RT-PCR、基因芯片、逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)等.论文对这些诊断技术的基本原理和应用现...     

猪伪狂犬病病毒检测方法研究进展

随着免疫学与分子生物学技术日臻完善,针对猪伪狂犬病的血清学方法和分子生物学检测方法不断改进.论文就近年来针对猪伪狂犬病病毒的中和试验、酶联免疫吸附试验、乳胶凝集试验、胶体金免疫层析、核酸探针、基因芯片、多重PCR、LAMP等检测方法研究概况做一综述,为寻找合适的快速准确的检测方法、制定合理的免疫程序和发展新型的检测方法...     

猪瘟、猪圆环病毒病和猪繁殖与呼吸综合征寡核苷酸芯片诊断方法的建立与初步应用

猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）、猪瘟病毒（CSFV）和猪圆环病毒Ⅱ型（PCV-2）是引发猪繁殖障碍的主要病原,建立其基因芯片快速检测体系,对开发猪繁殖障碍快速检测试剂盒具有重要意义。根据GenBank中已发表的PRRSV、CSFV和PCV-2的病毒基因组序列,设计合成特异性引物和特异性较强的60mer的寡核苷酸探针,并将探针按所设计阵列固定于表面经氨基化修饰的玻片上,制备出寡核苷酸芯片。通过引物标记及特异性验证,建立了带标记引物的多重PCR检测体系,从而产生大量可与寡核苷酸探针特异性互补的带标记的DNA片段。将标有荧光染料的扩增产物与芯片上寡核苷酸探针杂交,扫描、分析芯片上荧光信号。结果表明,芯片上各样本对应探针位点呈现阳性荧光信号,而阴性对照和空白对照则基本不能检测到荧光信号。分别用基因芯片检测方法和PCR/RT-PCR检测60份临床病料,两者符合率高达92%,表明该检测技术能够用于临床病料的检测及快速诊断PRRSV、CSFV和PCV-2。     

用水稻基因芯片筛选小麦耐旱相关基因

为了解小麦在干旱逆境条件下的基因转录规律,采用PEG6000对耐旱小麦(Triticum aestivum)品种旱选10号进行拟旱处理,分别提取0、1、6和24h植株的总RNA,经反转录荧光标记制备cDNA探针,并将其与含有6万Oligo的水稻全基因组芯片进行杂交,扫描采集数据后并进行结果分析。在1、6和24h样品中分别检测到差异表达基因166、207和328个,随着处理时间的延长,差异表达基因数目增加。对差异基因进行功能分类,能量代谢途径相关基因在1、6和24h差异表达基因总数中所占比例分别为4.2%、8.2%和16.8%,其中大部分为光合作用相关基因,并且主要表现为上调,但Psbr和Rubisco编码基因的转录水平为下调,暗示它们在耐旱反应中发挥着一定作用。