保存方法对牧草DNA提取效果的影响

为从野外采集的禾本科牧草样品中获得优质DNA,在有限的试验条件下找到最合适的样品保存方法。本研究在野外试验站采集了8种禾本科牧草,分别采用变色硅胶、-20℃、4℃、自然风干和45℃烘干等5种方法进行保存,保存一个月后进行DNA的提取。通过琼脂糖凝胶电泳、ISSR-PCR以及DNA的浓度和纯度对比,对几种保存方法下保存的牧草样品中所提取DNA的效果和质量进行鉴别。此外,为了解样品中多糖和多酚含量对DNA提取效果的影响,本研究还对采集样品多糖和多酚含量与DNA浓度和纯度进行了相关性分析。结果显示变色硅胶的保存效果最佳,烘干的保存效果最差,其他3种保存方法对不同植物的保存效果不能确定。多糖和多酚含量与DNA的提取效果、提取质量无明显关系,与DNA的浓度和纯度也无显著相关性,二者不是影响本研究DNA提取效果的主要因素,本研究中DNA提取效果的差异性是由于保存方法的不同造成的。在野外试验采集禾本科牧草样品时,如需要获得优质的DNA进行深入的试验,用变色硅胶保存样品,是一种便捷、效果优越的保存方法。     

山西芦芽山自然保护区生物多样性保护修复策略研究

通过分析山西芦芽山自然保护区生态环境特征，明晰影响保护区生物多样性保护的限制性因素，以改善芦芽山自然保护区生境条件，促进生物多样性提升为目标，分区管理重点推进，通过林草修复维护原始生境，通过环境提升改善环境基底，通过河流生态修复恢复水生生境，通过加强科研宣教强化公众意识，从而达到改善生态环境本底、促进生物多样性保护的目的。     

3种治理模式对石漠化地区土壤微生物群落结构的影响及治理能力比较

为探寻较为合理且高效的石漠化植被修复的治理模式,为今后选择治理石漠化的植被组合提供参考依据.在贵州省黔东南苗族侗族自治州施秉县设置样地,选择3种治理模式:模式一为针叶林(马尾松、柏木),模式二为阔叶林(壳斗类,杂灌),模式三为灌木林(荚蒾、杂灌),分析不同治理模式下的土壤养分状况、土壤微生物群落结构、土壤微生物与环境因子相关性.结果表明,3种模式下土壤中微生物数量为细菌>真菌>放线菌;模式二治理下的土壤呈弱碱性,土壤养分含量高于其他2种模式,土壤微生物具有更高的多样性,罗尔斯通氏菌菌属(H16)、Gaiella、红游动菌属(Rhodoplanes)、芽单胞菌属(Gemmatimonas)、Haliangium、子囊菌门(Ascomycoat)、担子菌门(Basidiomycete)、接合菌门(Zygomycota)是其优势菌属,且与土壤中大多数营养物质具有显著正相关性;石漠化治理效果表现为模式二>模式一>模式三,所以模式二的石漠化治理能力更好.     

基于MeDIP-seq研究蛋氨酸对巨噬细胞炎症中甲基化水平的影响

本课题组前期已研究表明蛋氨酸(Met)能缓解脂多糖(LPS)诱导的巨噬细胞的炎症反应,但其调控的分子机制尚不明确。本研究旨在从甲基化角度初步探讨DNA甲基化与Met抑制LPS诱导巨噬细胞炎症中分子机制的相关性。应用全基因组甲基化测序技术(MeDIP-seq)检测空白组、LPS组和LPS+Met组细胞的全基因DNA,每组3个重复。结果表明:LPS组甲基化峰(peak)的数量、总长度和覆盖率均高于空白组和LPS+Met组;与空白组相比,LPS组的高甲基化基因数在不同基因功能元件上均多于低甲基化基因数;与LPS组相比,Met+LPS组的低甲基化基因数在不同基因功能元件上均多于高甲基化基因数。运用GO富集和KEGG分析发现,LPS组与LPS+Met组差异甲基化基因主要富集在单一生物过程(Single-Organism Process)和细胞过程(CellularProcess),信号通路主要富集在Hippo信号通路。本研究为Met调控机体免疫和炎症反应提供一定的科学依据。     

芋种质叶绿体基因trnH-psbA序列特征及遗传多样性分析

为探讨浙江省不同地源芋种质的分化与遗传多样性,对30份来自不同县市的地方芋种的trnH-psbA序列进行克隆、拼接,并对序列进行多态性分析和不同地源遗传距离计算以及聚类分析。结果表明:30份芋种质trnH-psbA序列的长度为730~739 bp,保守位点有717个,多态性位点13个,均为自裔位点,插入/缺失位点有3个;共有3种类型序列,可分为2种单倍型,单倍型多样性为0.457 06,不同地源遗传距离变化小,为0~0.018 1,平均遗传距离为0.005 2;聚类分析可将所有芋资源分为2个类群,不同的芋资源存在一定的地理隔离,且与芋的类型相关。本研究对不同地源芋质进行trnH-psbA序列分析,进一步明确了地方小种存在丰富的遗传多样性,为芋种质分子标记开发与保护利用提供理论依据。     

长期施有机肥对设施番茄土壤稀有和丰富细菌亚群落的影响

【目的】将稀有和丰富细菌亚群落从整体群落中加以区分并探索两者分别对长期施肥的响应特征，为解析农业活动对微生物多样性与土壤功能稳定性之间的关系提供新视角。【方法】基于设施番茄长期定位试验，采集4个不同处理土壤样品：不施肥（M0）、低量有机肥5.68 t·hm-2(M1)、中量有机肥8.52 t·hm-2(M2)和高量有机肥11.36 t·hm-2(M3)，利用Illumina MiSeq高通量测序技术，分析稀有和丰富细菌亚群落多样性、群落组成、共现网络和潜在功能差异，阐明两者对长期施肥的响应规律，并探讨驱动稀有和丰富细菌亚群落多样性和施肥响应差异的关键环境因素。【结果】稀有细菌亚群落α和β多样性均显著高于丰富细菌亚群落，且物种组成和潜在功能也与丰富细菌差异明显。功能预测结果显示丰富细菌负责设施农田主要生态系统功能，如养分和能量代谢，而稀有细菌更多体现在辅助功能上（例如辅酶代谢），为微生物群落功能冗余做出贡献。不同细菌亚群落多样性和组成对长期施肥响应差异较大，其中，与不施肥相比，长期施用有机肥和化肥使稀有细菌亚群落丰富度显著提高19.8%—53.8%、多样性显著提高5.8%—8.0%，总相...     

异位保存新疆野苹果遗传多样性分析及综合评价

以异位保存的57份野苹果种质资源为材料，对其16个数值型性状和27个果实描述型性状进行综合评价，采用变异系数、分布频率、相关性分析、主成分分析和聚类的方式进行分析研究。结果表明，16个数值型性状的变异系数为15.63%～60.32%,平均值为31.84%,16个数值型性状中以果实纵径的变异系数最小，果实维生素C含量的变异系数最大；描述型性状分布频率表明，野苹果种质资源的果实外观评价优于果实内质评价；相关性分析结果表明，单果质量与果实纵径和果实横径呈极显著正相关关系(P<0.01),与果实总黄酮含量呈显著负相关关系(P<0.05);主成分分析结果表明，7个主成分的总计贡献率达80.785%,其中第1主成分与叶片性状和果实总黄酮含量有关，第2主成分与果实特性有关，第3主成分与果形因子有关，第4主成分与果梗性状有关，第5主成分与果实品质有关，第6主成分与果实可溶性固形物含量和果实硬度有关，第7主成分与花的性状和果实品质有关；16个性状以聚类的分析方法，将供试材料聚为3类，其中Ⅰ、Ⅲ类群可以作为优良的选育品种，培育出优质及耐贮藏的苹果，第Ⅱ类群可以提供宝贵材料作为选育高黄酮含量的野...     

鸡脂肪组织TCF21基因启动子区DNA甲基化与其表达的关系

旨在研究鸡脂肪组织中TCF21基因启动子区DNA甲基化水平与其表达的关系。以东北农业大学高、低腹脂双向选择品系（简称高、低脂系）第24世代7周龄肉鸡为试验材料，利用RT-qPCR检测高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织中TCF21基因的mRNA表达水平；利用生物信息学和双荧光素酶报告系统分析TCF21基因启动子的结构与功能；利用Sequenom MassARRAY飞行质谱检测高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织中TCF21基因启动子区CpG位点的甲基化水平；利用CpG甲基转移酶处理TCF21启动子报告基因质粒，分析DNA甲基化对TCF21基因启动子活性的影响。结果显示，高脂系肉鸡腹部脂肪组织中TCF21基因的mRNA表达水平极显著高于低脂系（P<0.001）；TCF21基因的启动子区存在40个CpG位点，且在启动子的近端和远端均有分布，但不存在CpG岛；将TCF21基因的启动子划分为5个功能区域，分别为R1区域（-2 000~-1 500 bp）、R2区域（-1 500~-1 000 bp）、R3区域（-1 000~-500 bp）、R4区域（-500~-200 bp）和Core区域（-200~-100 bp）；高脂系R2、R3和R2+R3区域的DNA甲基化水平显著或极显著高于低脂系（P<0.05或P<0.001）；R2、R3、R2+R3区域的DNA甲基化水平与TCF21基因mRNA表达水平呈显著正相关（R2区域：r=0.438，P<0.05；R3区域：r=0.371，P<0.05；R2+R3区域：r=0.489，P<0.05）；R2区域的DNA甲基化显著抑制其转录活性（P<0.05）。综上所述，TCF21基因在高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织中的表达水平主要与其启动子R2区域的DNA甲基化水平有关。     

基于高通量测序及分离培养初步研究美国大豆中真菌多样性

中国是全球最大的大豆进口国,进境大豆所携带的病原真菌传入我国的风险极高。基于高通量测序技术对6批美国大豆真菌多样性进行分析,同时采用分离培养获得单一菌株,依据菌落形态、显微结构及分子技术进行鉴定。高通量测序结果显示,大豆中所有真菌共计5门15纲35目63科112属155种,主要为链格孢属(Alternaria)、球腔菌科(Mycosphaerellaceae)、小戴卫霉科(Davidiellaceae)、小囊菌科(Plectosphaerellaceae)、赤霉属(Gibberella)、附球霉属(Epicoccum)、间座壳属(Diaporthe)、隐球菌属(Cryptococcus)。分离培养结果显示,得到真菌共计40株10种,分别是大豆北方茎溃疡病菌(Diaporthe phaseolorum var.caulivora)、大豆南方茎溃疡病菌(Diaporthe phaseolorum var.meridionalis)、大豆拟茎点种腐病菌(Diaporthe longicolla/Phomopsis longicolla)、大豆炭腐病菌(Macrophomina phaseolina)、尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)、菌核菌(Sclerotinia sclerotiorum)、镰刀菌(Fusarium sp.)、附球菌(Epicoccum sp.)、交链孢菌(Alternaria sp.)、小双胞腔菌(Didymella sp.)。