Molecular investigation on the presence of canine parvovirus in Egypt

Canine parvovirus type 2 (CPV-2) causes a highly contagious gastroenteritis disease of dogs and wild canids. To investigate the CPV-2 prevalence in Dakahlia Governorate, Egypt, a total of 50 fecal swabs were collected from suspected diseased dogs during 2016–2017. Out of 50 collected samples, 35 samples (70 %) presented positive results for CPV-2 using immuno-chromatography (IC) as a rapid test. CPV-2DNA was detected in 42 samples (84 %) by using polymerase chain reaction (PCR). The frequencies of CPV-2 were significantly higher in German shepherd breed (46 %; 23/50) and in age groups less than 6 months (76%; 38/50). We evaluated the breed, age, sex, rapid test results and clinical signs as predictors for classification of animal status into infected and not infected. The best predictors for classification process were rapid test result and clinical signs. Both CPV-2b and CPV-2c subtypes were detected by CPV2-VP2 gene sequences analysis. Deduced amino acid sequences alignment showed substitutions at 3 sites (Arg453Pro, Ala574Glu and Gln457Leu). Further investigations are needed to reveal the genetic and antigenic relation between field and vaccinal strains of CPV-2 in Egypt.     

狗头枣GSTU基因的克隆及其序列分析

为探索红枣GSTU类基因在红枣抗逆中的分子作用机制,本研究以狗头枣枣树叶片的DNA为模板,根据枣GSTU基因的序列(HM345954.1)设计引物,采用PCR方法获得GSTU基因序列,并利用生物信息学手段对其所对应蛋白的结构域、功能域、理化特性、跨膜区、二级结构及亚细胞定位等进行分析。结果表明:克隆到的DNA序列全长838 bp,具有2个外显子和1个内含子,内含子在292~460 bp碱基处,该序列与GenBank中枣的GSTU核苷酸序列和氨基酸序列的同源性分别为99.85%和100%,表明成功的克隆了狗头枣的GSTU基因。该序列编码222个氨基酸,分子量为25.268 kD,理论等电点(pI)为6.10;亲水性的平均数为-0.242,表明该蛋白是亲水性蛋白。二级结构主要以α-螺旋为主,其次是无规则卷曲,不存在信号肽,表明该蛋白可能为非分泌性蛋白,该蛋白可能位于内质网(膜)和质膜上。本研究获得的狗头枣GSTU基因在基因结构上含有1个内含子,在核酸序列及氨基酸序列上与GenBank中枣的GSTU基因同源性高,并对其理化性质、结构等进行了预测与分析,为进一步研究红枣抗逆分子机制提供理论基础,同时为红枣品种的选育提供理论支持。     

伪狂犬病病毒Ea株Us9基因的克隆与序列分析

对含伪狂犬病病毒Ea株BamH17片段的质粒pUC6.6进行亚克隆，构建了仅含Us9基因约0.6kb片段的重组质粒pSKMN0.6。双脱氧末端终止法进行双链测序，结果表明：Us9存在2种可能的同C-末端的编码形式，分别编码106或98个氨基酸残基，Us9基因与其下游的Us2(28K)基因之间存在约200bp的非转录区，将Ea株Us9基因序列同国外Rice株进行没源比较，发现二者在组成和结构上存在多处保守序列，尤其是潜在的酪氨酸磷酸化位点，C-端疏水性氨基酸以及由连续6个带正电荷的精氨酸残基组成的核定位信号序列，但在N-糖基化位点以及丝氨酸含量上存在较大差异。     

阿魏蘑、白灵菇及杏鲍菇亲缘关系的研究

利用PCR产物克隆测序测定了阿魏蘑、白灵菇与杏鲍菇rDNA内转录间隔区(ITS)的序列,并对所测序列进行分析.结果表明,阿魏蘑、白灵菇和杏鲍菇三者之间具有较近的亲缘关系,白灵菇与杏鲍菇具有非常近的亲缘关系,但阿魏蘑、白灵菇和杏鲍菇为3个不同的种.     

月季切花乙烯受体ETR1 cDNA克隆及其序列分析*

 根据乙烯受体基因ETR1 保守区设计引物, 分别以瓶插寿命差异显著的月季切花品种‘德克萨斯’和‘维亚蒂’为材料, 通过RT-PCR 从花瓣中扩增出了797 bp 的cDNA 片段, 它编码265 个氨基酸。测序和序列分析表明,‘德克萨斯’重组质粒中插入片段的核苷酸序列之间完全相同, 命名为pRT-ETR1。而‘维亚蒂’所获得的重组质粒中插入片段的核苷酸和氨基酸序列之间存在差异, 同源性分别为85. 2 %和92. 1 % , 分别命名为pRV-ETR1-V4 和pRV-ETR1-V5。pRV2 ETR12V5 的核苷酸和氨基酸序列与‘德克萨斯’pRT2 ETR1 的同源性均达99 %以上; pRV-ETR1-V4 中的核苷酸和氨基酸序列与‘德克萨斯’pRT-ETR1 的同源性分别为85. 0 %和92. 5 %。上述插入片段与桃、苹果、天竺葵、拟南芥等植物的ETR1相应区域高度同源, 其氨基酸同源性均大于90 %。     

猪流行性腹泻病毒山西分离株ORF3基因序列分析

为了研究山西地区猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传变异情况,2014-2015年从山西地区11个地市收集的PEDV阳性病料中扩增到4株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传分析。序列分析结果表明,4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因与CV777毒株相比,无核苷酸插入和缺失,有部分核苷酸及氨基酸发生变异;4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.6%~100.0%和98.7%~99.6%,与CV777、疫苗株CV777 truncated和attenuated DR13核苷酸同源性分别为96.6%~97.0%,90.6%,97.6%~98.1%,氨基酸同源性分别为95.1%~96.0%,88.0%,97.1%~98.1%。遗传进化分析结果显示,4株PEDV山西分离毒株与12株2010-2015年我国各地方分离的毒株和2009年分离的CH/JL/09毒株亲缘关系较近;与CV777、LZC、Brl/87和2个疫苗株(CV777truncated和attenuated DR13)亲缘关系较远。     

一株乳源松鼠葡萄球菌ExhC基因的克隆及序列分析

松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri,S.sciuri)是引起奶牛乳房炎(Cow Mastitis)的病原菌之一,其主要致病因子是该菌产生的脱皮毒素C(Exfoliative Toxin C,ExhC)。为了深入了解该基因的分子特征,本试验对从乳房炎患牛牛乳中分离的一株松鼠葡萄球菌ExhC基因(Genbank登录号:MT845354)进行了克隆及序列分析。按GenBank收录的ExhC基因设计并合成引物,利用PCR对ExhC基因进行扩增,并对扩增后的ExhC基因进行测序及分析。结果表明,松鼠葡萄球菌ExhC基因的开放阅读框序列长度为837bp,共编码278个氨基酸。通过Blast模块对ExhC基因进行同源性分析,得到5株相似序列,与ExhC基因序列相比同源性均为99.04%。系统进化树图指示该基因与其余五株相似序列属于不同的分支,遗传距离较远。利用TMHMM对松鼠葡萄球菌ExhC基因837bp序列跨膜区进行预测,结果显示ExhC蛋白的第1~277位氨基酸在细胞膜外,5~25位氨基酸所在位置为跨膜区。通过ExhC氨基酸序列分析和ExhC蛋白二级结构、三级结构预测,推断第97位氨基酸插入Asn以及其他位点氨基酸的突变可能会导致松鼠葡萄球菌功能区变化和毒株毒力的相对变化,这将给松鼠葡萄球菌致病机理的研究奠定基础。     

三河马生长激素基因的克隆与序列分析

为进一步探明三河马遗传分化,参考牛(M57764)、羊(AF002110)、猪(M17704)、人(J03071)和鼠(X12630)等哺乳动物GH基因序列,设计一对特异引物,用PCR方法从三河马基因组中扩增出一条长约2kb的DNA片段。PCR产物经pGEM-Teasy载体转化感受态DH5α株大肠杆菌,获得重组克隆子。DNA测序表明:三河马生长激素基因DNA序列长1923bp,含完整的5个外显子和4个内含子,与猪、狗、牛、羊的GH的cDNA序列同源性分别为94.47%,92.63%,90.06%和90.37%。其cDNA所编码氨基酸与猪、狗、牛、羊同源性分别为97.21%,96.74%,88.84%和88.37%,表明该基因在进化过程中是保守的。     

犬瘟热病毒Lederle株H,N全基因序列分析及表达研究

采用RT-PCR方法自犬瘟热病毒Lederle株基因组RNA中扩增出H基因(1 911 bp)和N基因(1 707 bp)片段,序列测定和分析表明与Onderstepoort株、CDV3株等疫苗毒株的同源性在95%以上,而与野外分离株的同源性介于90%～95%;以获得的H,N全基因片段为模板,分别扩增H基因近3′端996 bp的基因片段以及N基因中间高度保守区562 bp的基因片段,经克隆测序后分别插入原核表达载体pET-32a中进行表达,结果显示H片段和N片段分别表达大小约为57 kD和37 kD的融合蛋白,Western blotting检测结果显示,表达蛋白均可与CDV抗血清发生阳性反应,提示原核表达产物具有与CDV抗血清结合的免疫反应性。