杏EST-SSR标记的开发

 利用MISA软件对NCBI上杏的15 387条EST序列进行SSR位点查找,发掘出含有SSR位点的序列1 073条,共有1 353个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为8.79%。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占23.50%、38.80%和23.43%。设计了50对EST-SSR引物并进行PCR扩增,发现40对引物能扩增出理想的PCR 产物,其中有25对引物能够扩增出多态性带。随机对7对引物的部分杏扩增片段进行了测序分析,发现有57.1%的片段具有相应的SSR位点,对梅DNA指纹中部分谱带的测序结果也证明是杏扩增出的相应的SSR位点。根据推算,从杏EST中开发SSR标记的开发效率为3.98%。进一步选用20对扩增效果最好的引物对24个杏品种,16个花梅品种以及8个果梅品种进行DNA指纹构建与遗传多样性分析,结果表明,来源于杏的EST-SSR引物在梅中有很高的通用性,杏和梅是遗传差异明显的两种植物,果梅与花梅在遗传上是不能分为两类的同种植物。     

6种野生草莓基因组大小估算

【目的】估算野生草苺的基因组大小。【方法】以拟南芥(Arabidopsis thaliana)为内标,利用流式细胞仪测定了6个野生草莓种7个待测样品的基因组大小。【结果】6个野生草莓种的基因组大小分别为:黄毛草莓(274±3.80)Mb,五叶草莓(红果类型)(268±3.73)Mb,五叶草莓(白果类型)(258±5.40)Mb,西南草莓(245±3.28)Mb,东北草莓(241±4.28)Mb,森林草莓(231±3.19)Mb,绿色草莓(230±2.83)Mb。【结论】野生草莓基因组大小的测定为草莓属植物基因组文库的建立及其基因组进化等研究提供了基础数据。     

甜柿品种阳丰在江苏新沂的引种表现

2002年引进日本甜柿品种阳丰,在江苏省新沂市试栽。该品种果实扁圆形,平均单果重243.0g,果实橙红色,果面极少有锈斑,可溶性固形物含量19.20%,常温下硬果期15天,抗性强,早果丰产,定植第2年即可结果,第5年进入盛果期,适宜在新沂地区适度发展。     

一种简便的同步提取烟草叶片DNA和总RNA的方法

以野生型和转几丁质酶烟草株系叶片为材料,采用改进的CTAB法对其DNA和总RNA进行同步提取和DNA中RNA的消化以及总RNA中DNA的消化,并分别进行了电泳检测、含量测定和相应的PCR和RT-PCR检测.结果表明:用该法提取的DNA条带清晰、无降解,所提取的DNA浓度在109.20～245.46 μg/mL,OD26...     

美人指葡萄再生体系的建立

以美人指葡萄为试材,研究了不同外植体类型、激素浓度配比以及暗培养时间等对器官再生的影响。结果表明:叶片、叶柄、茎段外植体均可再生出不定芽,其中叶柄的再生率最高;TDZ对美人指葡萄叶柄再生效果比6-BA好,IBA诱导美人指葡萄叶柄不定芽再生率高于NAA和2,4-D;暗培养3周时,美人指葡萄叶柄的再生率最高。叶片再生的最适培养基为:MS+1.0 mg/L TDZ+0.1 mg/L IBA,再生率为60.71%,增殖系数为5.65;叶柄再生的最适培养基为:MS+1.0mg/LTDZ+0.1 mg/L IBA,再生率为93.10%,增殖系数为5.91;茎段再生的最适培养基为:MS+1.0 mg/L TDZ+0.2 mg/L IBA,再生率为47.37%,增殖系数为5.00。将再生不定芽置于3/4 MS+0.35 mg/L IBA培养基上诱导生根,完整植株培养35~50 d后炼苗移栽,成活率可达90%。     

山梨醇对李果肉组织总RNA提取的影响

探讨了不同浓度的山梨醇清洗溶液对李果肉组织中RNA提取效果的影响。经琼脂糖凝胶电泳、核酸蛋白分析仪和RT-PCR等方法对RNA质量和产率进行了分析,结果表明:李果肉组织研磨后用山梨醇清洗溶液处理有利于总RNA的提取,而不添加山梨醇的清洗溶液,提取液中检测不到RNA,当清洗溶液中山梨醇浓度为1.10mol/L时,李果肉组织总RNA的产率明显高于山梨醇浓度为0.35 mol/L和3.00 mol/L时的产率;以不同贮藏天数的李果实为试材提取总RNA,其结果是一致的;通过RT-PCR扩增蛋白延伸因子EF-2基因,结果证明本试验提取的总RNA可以用于基因转录表达特性分析。     

西瓜裂果性状的基因型研究

在普通大棚和露地两种栽培条件下鉴定西瓜裂果性,制定西瓜的裂果性状分级标准和抗性评价标准;田间鉴定发现,14个稳定自交系中有13个发生不同程度的裂果,占92.86%;两种栽培环境对裂果的影响效应有差异(F=27.048**,F0.01=3.91),但抗裂程度显著相关(r=0.937**,r0.01=0.6614,df=13).不同基因型西瓜裂果性差异显著(F<保护地>=10.721 8**,F露地=5.783**,F0.01=1.90,df=13),其中,材料‘x-101'在两种不同的栽培条件下均不裂果,性状稳定,且其综合品质表现优良,可作为抗裂育种的材料.     

葡萄花芽发育相关基因在不同节位芽中的表达分析

【目的】通过对‘藤稔’葡萄花发育相关基因及物候期的研究,揭示葡萄枝蔓上不同节位芽发育早晚与快慢的机理。【方法】以8年生‘藤稔’葡萄（Fujiminori）为试材,选取生长势基本均匀、粗度基本一致（枝条粗度约为1.15cm）,节数约为35节的一年生枝条,采用实时荧光定量PCR技术对8个花发育相关基因（VvFT、VvSOC1、VvAP1、VvAP2、VvAP3、VvFUL、VvAG和VvFLC）在不同节位芽中的时空表达特性进行研究。并对其花芽分化的物候期进行观察统计。【结果】‘藤稔’葡萄花芽超节位分化的特点明显。高节位上的花芽分化由底部向上部逐渐进行,上部花芽分化的时间明显短于底部先分化的芽。第一个芽从4月下旬或5月初开始形成和发育,顶部最后一个芽的形成时间是九月中下旬。从发育时间长短看,先分化的花芽生长发育时间比最后发育的多5个月。虽然不同节位芽的生长发育时间相差很大,但是其翌年都能发育成花器官,且花期时间基本一致。不同节位芽发育相关基因表达水平有所不同。不同节位芽中VvFT的表达水平都较低且在一年的生长季节内的变化不大;VvSOC1在各个生长时期不同节位芽中都有很高的表达,并且基本都呈现较一致的变化趋势。下部节位和上部节位芽中VvAP1、VvAP2、VvAP3、VvFUL表达的变化波动很小,而在中部节位芽中的表达变化则较大,存在一个明显的先上升后降低的过程,且在中部节位芽（8、11、15节位）中的表达量要高于其他节位;VvAG的表达趋势与VvAP1、VvAP2、VvAP3、VvFUL的表达趋势不同,其表达量逐步降低,表达高峰主要集中在芽发育的早期。中部节位的芽分化时间长,分化速度慢,基因的表达水平高,下部和上部节位的芽分化时间短,分化速度快,基因表达水平低,但其能维持相对较长时间的表达,最终不同节位的芽发育渐趋一致。【结论】不同节位花芽分化基因相对表达水平以及相对高水平表达持续时间有所不同。同一枝蔓上,花发育相关基因在中部芽中的表达量高于上部芽和下部芽,这可能是导致葡萄不同节位芽发育质量存在差异的因素之一。     

果梅PmKNAT2基因全长cDNA克隆及表达分析

【目的】从‘大嵌蒂’果梅中克隆PmKNAT2,并对其结构特征及表达模式进行分析,为研究果梅雌蕊败育的分子机理和分子育种奠定基础。【方法】在NCBI中查找与果梅相似性很高的桃KNOPE2（KNAT2的同源基因）序列（EF093491）,根据桃的KNOPE2序列设计特异引物;采用改良CTAB法提取‘大嵌蒂’果梅花芽总RNA;通过RT-PCR和RACE技术获得基因cDNA序列全长;使用DNAMAN软件进行序列拼接;利用NCBI数据库中的BLASTn和BLASTp程序进行相似性分析;通过生物信息学方法分析结构特征;用DNAMAN软件分析基因的ORF和氨基酸序列;MEGA4.0软件进行系统进化树的构建;利用Bioxm2.6推测分析蛋白分子量和等电点;根据NCBI中Conserved Domains程序进行蛋白质保守域结构预测;用ExPaSy提供的在线SOPMA程序进行蛋白质二级结构预测;构建PJIT166-PmKNAT2-GFP的融合亚细胞定位表达载体,采用基因枪法转化洋葱表皮细胞,经暗培养后在激光共聚焦显微镜下观察;利用实时荧光定量RT-PCR研究其表达模式,分析其在‘大嵌蒂’花芽发育不同时期、不同器官中的表达特性。【结果】在‘大嵌蒂’果梅中获得一个KNAT2的同源基因,命名为PmKNAT2,其cDNA全长为1 402 bp,5'UTR 47 bp,3'UTR 293 bp,编码区全长为1 062 bp,编码353个氨基酸,预测蛋白质分子量为40.41 kD,理论等电点为4.85。蛋白结构分析表明该基因编码的氨基酸具有2个结构域,MEINOX结构域（KNOXⅠ和KNOXⅡ 2个亚结构域）和HD（homomeodomain）结构域,属于KNOX蛋白;相似性分析发现该基因与GenBank中其它来源的KNOX蛋白序列的相似性为50%-100%;系统进化树分析显示果梅PmKNAT2与桃KNOX聚为一类,表明与其亲缘关系最近。二级结构预测结果表明PmKNAT2所编码蛋白由47.14%的α-螺旋（Alpha helix）、3.43%的β-转角（Beta turn）、3.14的β-折叠（Extended strand ）和46.29%的随机卷曲（Random coil）组成。亚细胞定位结果显示该基因编码的蛋白定位于细胞核和细胞膜中。实时荧光定量RT-PCR分析表明,在‘大嵌蒂’果梅不同时期花芽中PmKNAT2的表达量存在一定差异,PmKNAT2在11月份的表达量最高,9月、10月和11月的表达量差异不明显,但与12月和1月花芽中的表达量差异明显;生长素在1月份含量最高,9、10、11月份差异不明显,其含量变化趋势与PmKNAT2表达趋势相反。对该基因表达量最高的11月份的花芽进行实时荧光定量分析发现：PmKNAT2在各种花芽中均有表达,在不完全花（雌蕊褐色、雌蕊畸形和无雌蕊）中的表达量高于完全花（雌蕊正常）。进一步分析PmKNAT2在完全花与不完全花的不同花器官中的表达量,结果表明PmKNAT2在完全花与不完全花的各部位的表达量趋势相似均为：萼片>雄蕊>花瓣,在完全花雌蕊中的表达量最低。【结论】推测PmKNAT2在雌蕊发育阶段的异常表达可能与‘大嵌蒂’果梅雌蕊败育有关。     

枳SPL9和SPL13全长cDNA克隆、亚细胞定位和表达分析

【目的】从枳[Poncirus trifoliata(L.)Raf.]中克隆SBP类[SQUAMOSA(SQUA)promoter-binding-like]转录因子基因SPL9和SPL13全长,构建SPL9和SPL13亚细胞定位表达载体验证其是否具有核定位功能,利用荧光定量PCR研究其在枳不同组织的表达特性,初步确定SPL9和SPL13在枳生长发育过程中的作用。【方法】利用生物信息学结合RACE技术以枳花器官的cDNA为模板,克隆出SPL9和SPL13基因全长,分别命名Pt-SPL9和Pt-SPL13,大小分别是1519bp和1824bp,在GenBank的登录号分别是FJ502237和FJ502238;构建Pt-SPL9和Pt-SPL13亚细胞定位载体35S-GW-FJ502237/FJ502238-GFP,基因枪转化洋葱表皮细胞,暗培养24h后激光共聚焦显微镜下观察;利用SYBR Green I实时定量RT-PCR方法检测Pt-SPL9和Pt-SPL13在根、茎、叶、花序、花和果等不同组织中的表达。【结果】生物信息学分析表明,Pt-SPL9和Pt-SPL13的cDNA序列中都有microRNA156的识别位点,Pt-SPL9与金鱼草、拟南芥和玉米SPL9的同源性分别为48.9%、42.5%和41.7%;Pt-SPL13与拟南芥SPL13、水稻的SPL16和玉米的TGA1同源性分别为40.8%、38.1%和35.8%。Pt-SPL9和Pt-SPL13与其它植物的SBP一样有着高度保守的序列,即SBP结构域和一个双向核定位信号KRXXXRRRK。亚细胞定位结果表明,Pt-SPL9和Pt-SPL13均定位于细胞核中。SYBR Green I实时定量RT-PCR结果表明,Pt-SPL9和Pt-SPL13在各个器官均有表达,但表达量不同,Pt-SPL9在茎中的表达量最高,在花和叶中的表达量次之,在根、花芽和幼果中的表达量最低;Pt-SPL13在幼果中的表达量最高,在茎和花芽中的表达量相当,其次为叶,在花和根中的表达量很低。【结论】转录因子Pt-SPL9和Pt-SPL13均具有核定位功能,Pt-SPL9和Pt-SPL13对枳的茎和果实的发育可能有着重要作用。