青蛤MAPK/p38基因的克隆及Poly∶Ic胁迫下的表达分析

[目的]克隆青蛤MAPK/p38基因,并分析其在Poly:Ic胁迫下的表达情况。[方法]利用转录组测序获得青蛤MAPK/p38基因的序列信息,采用生物信息学软件分析该基因在近缘生物间的进化关系;利用巢式及荧光定量PCR技术克隆青蛤MAPK/p38基因的结构域序列,并在Poly:Ic胁迫后立即分析该基因在青蛤各组织中的表达情况以及血淋巴中的时序性表达情况。[结果]克隆得到青蛤MAPK/p38基因的结构域序列,分析发现该基因在物种进化中很保守,其在青蛤的血淋巴、肝脏、外套膜、闭壳肌和鳃中均有表达,其中在血淋巴中表达量最高,腮中表达量最低。Poly:Ic胁迫3 h后该基因的表达量达到最大值,与对照组差异极显著(P0.01)。[结论]MAPK/p38基因所表达的产物是青蛤重要的免疫信号通路蛋白。     

磷酸盐缓冲液的浓度和pH对革胡子鲶肠道抗菌蛋白/肽分级盐析的影响

[目的]探讨磷酸盐缓冲液的pH和浓度在分级盐析时,对革胡子鲶肠道各组分蛋白/肽的影响。[方法]以不同浓度和pH的磷酸盐缓冲液作为组织匀浆缓冲液,在硫酸铵饱和度为20%、40%、60%、80%和100%的条件下,对革胡子鲶肠道抗菌蛋白/肽进行分级盐析,并对盐析产物进行称重、电泳检测和抑菌活性分析。[结果]磷酸盐缓冲液的pH为6.0或7.4时,其浓度对盐析产物产量、蛋白沉淀和抑菌效果无显著影响。而pH为8.0、浓度为0.05 mol/L时,硫酸铵饱和度为60%和100%的粗蛋白/肽的产量显著高于浓度为0.02 mol/L的磷酸盐缓冲液粗蛋白含量;大分子蛋白能更好地在硫酸铵饱和度为20%和40%时沉淀下来,而在饱和度为60%、80%和100%能获得分子量相对较小的抗菌蛋白/肽。磷酸盐缓冲液的pH和浓度对抑菌效果无显著影响。[结论]pH8.0,浓度为0.05 mol/L的磷酸盐缓冲液更适于革胡子鲶肠道抗菌蛋白/肽的提取。     

养殖密度对革胡子鲶生长性能及补体C3·C4的影响

[目的]研究养殖密度对革胡子鲶生长性能及血清补体C3、C4的影响。[方法]以体重（30.71±0.89）g革胡子鲶为试验对象,测定4种养殖密度（35、65、95、125 kg/m3）下革胡子鲶生长性能及血清补体C3、C4的变化。[结果]养殖60 d后,随着养殖密度升高,革胡子鲶终末重、日增重均呈下降趋势,其中35 kg/m3与65 kg/m3密度组间差异不显著（P〉0.05）。各密度处理组间饵料系数均无显著差异（P〉0.05）。低密度处理组（35 kg/m3与65 kg/m3）与高密度处理组（95 kg/m3与125 kg/m3）间死亡率差异显著（P〈0.05）。养殖密度对补体C3、C4的影响不显著（P〉0.05）。[结论]65 kg/m3可推荐为革胡子鲶的最佳养殖生产密度。     

青蛤(Cyclina sinensis)IRAK-4基因的克隆及其组织间的表达分析

利用转录组测序获得了青蛤(Cyclina sinensis)白介素-1受体相关激酶-4(Interleukin-1 receptor-associated kinase 4,IRAK-4)基因的序列信息,利用巢式及荧光定量PCR克隆并分析了Cs IRAK-4基因在青蛤各组织中的表达情况,进一步在鳗弧菌的胁迫下检测了Cs IRAK-4基因在青蛤血淋巴中的时序表达情况。结果显示,Cs IRAK-4基因的序列全长共2 687 bp,其开放阅读框长1 926 bp,共编码641个氨基酸,Cs IRAK-4基因在青蛤的血淋巴、肝脏、外套膜、闭壳肌、性腺和鳃中均表达,其中在血淋巴中表达量最高,肝脏中表达量最低。青蛤在鳗弧菌胁迫下该基因的表达量在3 h即达到最大值,与对照组差异极显著(P0.01),证明该基因所表达的产物是青蛤重要的免疫信号通路蛋白。     

一株地衣芽孢杆菌的性质研究及发酵培养基优化

[目的]研究实验室自分离的地衣芽孢杆菌KL6作为微生物饲料添加剂的可行性,并对其发酵培养基进行优化,确定最佳培养条件,为工业化发酵提供依据。[方法]运用表型试验对其进行生理生化评价及产酶评价;运用4因素3水平正交试验和单因素试验对其培养基进行改进,并对其发酵条件进行优化。[结果]地衣芽孢杆菌KL6的D-葡萄糖产酸试验、硝酸盐还原试验、淀粉水解试验等均呈阳性;4种因素对活菌数影响的显著性次序为:MnSO4>NaCl>酵母粉>蛋白胨,对芽孢数影响的显著性次序为:MnSO4>蛋白胨>酵罐放大培养,最佳放罐时间应在14～16 h,获得的菌体数量约101.63×109个/ml,芽孢率为97.11%。[结论]体外评价试验表明,地衣芽孢杆菌KL6具有作为微生物饲料添加剂的潜力;发酵培养基及条件优化试验表明,地衣芽孢杆菌KL6能够适于高密度液体发酵。该试验为以KL6为基础的微生物饲料添加剂的开发和大规模发酵培养提供了理论依据。     

褐牙鲆白细胞介素21基因克隆及表达分析

利用转录组测序数据信息和PCR技术克隆褐牙鲆白细胞介素21(IL-21)基因的编码区序列,并进行生物信息学分析及表达模式分析。试验结果显示,白细胞介素21基因开放阅读框429 bp,编码142个氨基酸,分子量16.0 ku,在N端具有19 bp信号肽序列。分子系统发育树分析表明,褐牙鲆白细胞介素21蛋白与尖吻鲈以及深裂眶锯雀鲷白细胞介素21蛋白亲缘关系最近。实时荧光PCR结果显示,白细胞介素21基因在所检测的褐牙鲆7种健康组织中均有表达,其中肝脏的表达量最高。用提取的迟钝爱德华氏菌脂多糖免疫刺激褐牙鲆后,白细胞介素21基因的表达在头肾和脾组织中产生不同程度上调,表明该基因参与了脂多糖诱导的免疫应答。利用RNA干扰技术沉默髓样分化因子(MyD88)基因后,白细胞介素21基因的表达出现下调,当再用提取的迟钝爱德华氏菌脂多糖免疫刺激后,MyD88和白细胞介素21基因的表达又均开始逐渐回升,暗示白细胞介素21与MyD88通路具有一定关联性。     

牙鲆Toll样受体1基因全长cDNA的克隆及特征分析(英文)

[目的]克隆牙鲆TLR1(Toll like receptors)全长基因,并对其结构特征和表达规律进行分析。[方法]采用同源克隆和快速扩增cDNA末端技术,从牙鲆头肾组织中克隆出TLR1基因cDNA全长序列,并对该基因进行生物信息学和表达模式分析。[结果]牙鲆TLR1基因cDNA全长2947bp,开放阅读框(ORF)2418bp,编码805个氨基酸,包括26个氨基酸组成的信号肽、2个跨膜区、6个富含亮氨酸重复结构域(LRR)和一个TIR结构域(Toll/interleukin(IL)-1receptor)。该蛋白的分子量为91.15kDa,等电点为6.49。氨基酸序列同源性分析显示,牙鲆TLR1基因与其他脊椎动物的TLR1基因序列全长同源性达到69%~35%,TIR序列的同源性达到84%~62%。在系统发生树上牙鲆的TLR1基因首先与斜带石斑鱼聚类。通过荧光定量qRT-PCR检测,结果显示牙鲆TLR1基因的mRNA主要表达于肝脏、心脏和脾脏等组织。[结论]该研究结果为进一步研究TLR1基因的功能和开发牙鲆免疫增强剂奠定了基础。     

青蛤(Cyclina sinensis)ERK基因的克隆及其在Poly I:C刺激下的表达分析

[目的]研究青蛤(Cyclina sinensis) ERK基因的克隆及在Poly I:C刺激下的表达情况。[方法]在已建立的青蛤转录组文库中筛选得到青蛤细胞外调节蛋白激酶(extracellular regulated protein kinases)基因类似序列。运用生物信息学软件在线对该基因进行结构分析。采用PCR技术克隆基因,并使用实时荧光定量PCR技术克隆得到Cs ERK基因在青蛤5个不同组织中的表达情况及在干扰素诱导剂PolyI:C的刺激下ERK基因在青蛤血淋巴中的时序性表达情况。[结果]ERK基因序列全长为2 407 bp,开放阅读框长1 338 bp,共编码445个氨基酸。ERK基因在青蛤的血淋巴、外套膜、闭壳肌、肝脏和鳃5个组织中均表达,在血淋巴中表达量最高,闭壳肌中表达量最低。青蛤ERK基因在Poly I:C胁迫下表达量在6 h时达到最大值,与对照组相比差异极显著(P<0.01)。[结论]ERK基因所指导合成的蛋白是青蛤重要的免疫信号通路蛋白。     

不同病原菌胁迫下青蛤血淋巴转录组中免疫相关基因的比较

利用病原微生物革兰氏阳性藤黄微球菌(Micrococcus luteus)和革兰氏阴性鳗弧菌(Vibrio anguillarum)分别侵染活体青蛤,采用第二代测序Mi Seq技术测序,构建了青蛤血淋巴中应答2种病原物的转录组文库。根据KEGG等数据库注释信息对Unigene进行生物学通路注释,预测出青蛤免疫信号通路的差异性表达基因及相关注释信息。结果发现,共注释并筛选出2 605个差异表达基因,其中893个基因注释到15个免疫相关的通路中。该研究可为探索青蛤的免疫识别方式和信号传导路径提供依据。     

牙鲆Toll样受体1基因全长cDNA的克隆及特征分析

[目的]克隆牙鲆TLR1(Toll like receptors)全长基因,并对其结构特征和表达规律进行分析。[方法]采用同源克隆和快速扩增cDNA末端技术,从牙鲆头肾组织中克隆出TLR1基因cDNA全长序列,并对该基因进行生物信息学和表达模式分析。[结果]牙鲆TLR1基因cDNA全长2 947 bp,开放阅读框(ORF)2 418 bp,编码805个氨基酸,包括26个氨基酸组成的信号肽、2个跨膜区、6个富含亮氨酸重复结构域(LRR)和一个TIR结构域(Toll/interleukin(IL)-1 receptor)。该蛋白的分子量为91.15 kDa,等电点为6.49。氨基酸序列同源性分析显示,牙鲆TLR1基因与其他脊椎动物的TLR1基因序列全长同源性达到69%～35%,TIR序列的同源性达到84%～62%。在系统发生树上牙鲆的TLR1基因首先与斜带石斑鱼聚类。通过荧光定量qRT-PCR检测,结果显示牙鲆TLR1基因的mRNA主要表达于肝脏、心脏和脾脏等组织。[结论]该研究结果为进一步研究TLR1基因的功能和开发牙鲆免疫增强剂奠定了基础。