利用SSR﹑EST-SSR、SNP标记对鲤食物转化率、体厚、体质量3种性状的分析

利用Windows Map Manager2.0的标记回归法对鲤(Cyprinus carpio L.)F2群体进行单标记定位分析.用91个SSR标记、33个EST标记、364个SNP标记对鲤进行全基因组扫描,结果得到与食物转化率、体厚、体质量3个性状显著相关(P＜0.05)的标记,分别为27、35、27个,其中与食物转化率相关的标记SNP0041、SNP0044,其相关性达到极显著水平(P＜0.001),贡献率分别达到15%、16%.这些标记可作为分子标记辅助育种的参考标记.将得到的与食物转化率显著相关的EST座位HLJEl4、HLJE253和与体质量显著相关的HLJE253座位在NCBI上进行BLAST比对,结果显示HLJE253与斑马鱼上编码ORF2结构蛋白的基因相关,相关程度达61%.将得到的与3种性状相关的SNP标记在NCBI上进行序列查找,通过Blast比对找到相关的基因,并对可能的功能作了注释.     

鲤头长、体厚、体高性状的QTL定位及遗传效应分析

用174个SSR、41个EST、345个SNP标记对以镜鲤良种后代为祖父母本所培育的杂交F2群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap4.0软件包构建遗传连锁图。利用MapQTL5.0区间作图法(interval mapping,IM)和多QTL区间定位法(MQM mapping,MQM)进行QTL检测,通过置换实验(1000次重复)确定连锁群显著性水平阈值。在对体高、头长、体厚的区间定位中,共检测到6个与体高性状相关的QTLs区间,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG10(HLJE469-SNP1491)、LG12(SNP0922-HLJ1316)、LG13(SNP0937-HLJ328)、LG25(SNP1041-HLJ594)、LG35(SNP1425-SNP0389)等6个连锁群上,解释表型变异范围为20.0%～43.3%。其中,SNP1339-SNP1490区间LOD值最大为3.64,解释表型变异35.4%。6个与头长相关的QTLs,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG12(HLJ071-HLJ336)、LG13(SNP0937-HLJ328)、LG24(SN...     

鲤遗传连锁图谱的构建

利用JoinMap 4.0软件包,以德国镜鲤选育系为祖父母所培育的自交F2群体的68个个体为作图群体,首次以新型分子标记单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)为主要作图标记,以微卫星(Simple Sequence Repeats,SSR)和表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)为辅助标记,采用CP(CrossPollinators)模型构建鲤的遗传连锁图谱。构建的遗传连锁图谱含有560个标记(174个SSR标记、41个EST-SSR标记和345个SNP标记),分布在50个连锁群上,最大连锁群由60个标记组成,最小连锁群仅含2个标记,平均每个连锁群有11.2个标记。最大连锁群的图距为198.1厘摩(centimorgan,cM),最小的连锁群图距为1.5 cM,图谱总图距为3 295.92 cM,标记间平均间距为7.21 cM,图谱覆盖率为76.26%。构建的图谱为中等密度的遗传连锁图谱可为进一步的鲤相关经济性状的QTL定位研究和分子标记辅助选择育种(MAS)打下基础。研究亮点:首次以新型分子标记SNP为主要作图标记并以SSR标记为...     

鲢三、四核苷酸重复微卫星标记的筛选及其特征分析

通过磁珠富集法筛选鲢(Hypophthalmichtys molitrix)的三、四核苷酸重复微卫星分子标记。提取鲢血液大片段基因组DNA,用限制性内切酶Sau3AI进行酶切,蔗糖密度梯度离心收集400~900 bp长度的片段,构建鲢全基因组PCR文库,用生物素标记的微卫星探针(TGA)₈、(CAG)₈以及(AGAT)₆进行筛选,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,获得含有微卫星的单链序列;将这些序列通过PCR扩增,连接pMD 18-T载体,转入感受态大肠杆菌(Escherichia coli)DH5α,获得微卫星文库;再用γ-³²P标记的放射性同位素探针进行二次杂交筛选,获得1 758个阳性克隆,选择测序348个克隆序列中,共含有280个微卫星座位,其中完美型167个(59.64%),非完美型28个(10%),混合型85个(30.36%)。Primer 3.0软件设计60对引物,并用珠江水系的野生鲢群体对引物进行多态性位点检测。统计软件分析显示其中22对具有较高的筛选效率和多态性,可作为鲢种质评价等遗传分析的工具。     

镜鲤体重的QTL定位

本研究利用217个微卫星标记和336个SNPs标记对德国镜鲤F2代68个个体基因组DNA进行基因型检测。其中507个标记共组成62个连锁群,覆盖基因组总长度为2805．85cM,标记问平均距离为6-31cM;利用软件MapQTL4．0采用区间作图法对体重性状进行QTL定位分析。研究结果共检测到14个与体重性状有关的QTLs,分布于9个连锁群。其中BIV-5-J有最大的LOD值,为4．46;BIV—I-1的LOD值最小,为2．25。单个QTL平均解释表型变异介于14．10％～45．50％之间,其中贡献率大于20％的主效QTLs有9个。通过BLASTX与斑马鱼蛋白质序列数据库进行序列比对,找到了与斑马鱼酰基辅酶A脱氢酶蛋白、胰淀粉酶仅2蛋白、Apoebprotein和甘油醛-3-磷酸脱氢酶蛋白同源的分子标记。本研究结果对分子标记辅助育种具有重要应用价值。     

鲢三、四核苷酸重复微卫星标记的筛选及其特征分析

通过磁珠富集法筛选鲢(Hypophthalmichtys molitrix)的三、四核苷酸重复微卫星分子标记。提取鲢血液大片段基因组DNA,用限制性内切酶Sau3AI进行酶切,蔗糖密度梯度离心收集400~900 bp长度的片段,构建鲢全基因组PCR文库,用生物素标记的微卫星探针(TGA)8、(CAG)8以及(AGAT)6进行筛选,磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段,获得含有微卫星的单链序列;将这些序列通过PCR扩增,连接pMD 18-T载体,转入感受态大肠杆菌(Escherichia coli)DH5α,获得微卫星文库;再用γ-32P标记的放射性同位素探针进行二次杂交筛选,获得1 758个阳性克隆,选择测序348个克隆序列中,共含有280个微卫星座位,其中完美型167个(59.64%),非完美型28个(10%),混合型85个(30.36%)。Primer 3.0软件设计60对引物,并用珠江水系的野生鲢群体对引物进行多态性位点检测。统计软件分析显示其中22对具有较高的筛选效率和多态性,可作为鲢种质评价等遗传分析的工具。研究亮点:首次利用多碱基(三、四核苷酸重复)探针筛选出微卫星分子标记结合同位素探针进行两次筛选...     

磁珠富集法筛选方正银鲫的三、四核苷酸重复微卫星DNA

通过生物素磁珠富集法开发方正银鲫(Carassius auratus gibelio (Bloch))三、四核苷酸重复的微卫星,并与传统的放射性同位素杂交法相结合,进行二次筛选微卫星分子标记.结果显示:对652个阳性克隆进行测序分析,获得微卫星序列800个,其中完美型542个(67.75%),非完美型140个(17.5...     

番鸭细小病毒YN株分离鉴定及其卵黄抗体效力试验

为了研制预防番鸭细小病毒病的卵黄抗体,试验对采自云南省曲靖市某番鸭养殖场的番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)阳性病料进行病毒分离和鉴定,用分离株灭活抗原免疫产蛋鸡,制备MDPV卵黄抗体并进行效力试验.结果 表明:试验成功分离到MDPV,命名为MDPV YN株;该毒株与GenBank...     

鲤遗传连锁图谱的构建

利用JoinMap 4.0软件包,以德国镜鲤选育系为祖父母所培育的自交F2群体的68个个体为作图群体,首次以新型分子标记单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）为主要作图标记,以微卫星（Simple Sequence Repeats ,SSR）和表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）为辅助标记,采用CP（Cross Pollinators）模型构建鲤的遗传连锁图谱。构建的遗传连锁图谱含有560个标记（174个SSR标记、41个ESTSSR标记和345个SNP标记）,分布在50个连锁群上,最大连锁群由60个标记组成,最小连锁群仅含2个标记,平均每个连锁群有11.2个标记。最大连锁群的图距为198.1厘摩（centimorgan,cM）,最小的连锁群图距为1.5 cM,图谱总图距为3 295.92 cM,标记间平均间距为7.21 cM,图谱覆盖率为76.26%。构建的图谱为中等密度的遗传连锁图谱可为进一步的鲤相关经济性状的QTL定位研究和分子标记辅助选择育种（MAS）打下基础。