鲤遗传连锁图谱的构建

利用JoinMap 4.0软件包,以德国镜鲤选育系为祖父母所培育的自交F2群体的68个个体为作图群体,首次以新型分子标记单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）为主要作图标记,以微卫星（Simple Sequence Repeats ,SSR）和表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）为辅助标记,采用CP（Cross Pollinators）模型构建鲤的遗传连锁图谱。构建的遗传连锁图谱含有560个标记（174个SSR标记、41个ESTSSR标记和345个SNP标记）,分布在50个连锁群上,最大连锁群由60个标记组成,最小连锁群仅含2个标记,平均每个连锁群有11.2个标记。最大连锁群的图距为198.1厘摩（centimorgan,cM）,最小的连锁群图距为1.5 cM,图谱总图距为3 295.92 cM,标记间平均间距为7.21 cM,图谱覆盖率为76.26%。构建的图谱为中等密度的遗传连锁图谱可为进一步的鲤相关经济性状的QTL定位研究和分子标记辅助选择育种（MAS）打下基础。     

草莓抗白粉病遗传图谱及其SSR标记初分析

以易感草莓白粉病品种达赛莱克特和高抗品种甜查理杂交的220个杂种F2代群体材料为作图群体,利用146对SSR标记构建了包含两个连锁群和7个SSR标记的分子遗传连锁图谱,平均遗传图距8.85 cM。通过对抗草莓白粉病相关的SSR标记进行初步遗传分析,结果 FSS50和FSS121与抗性相关基因连锁比较紧密,遗传距离分别为1.3 cM和3.3 cM,理论上可应用于白粉病抗性种质的辅助选择育种实践中。     

梨遗传连锁图谱的构建与比较分析

【目的】利用已公开发表的梨和苹果的SSR（Simple Sequence Repeat）引物以及从梨转录组开发的SSR引物构建本研究作图群体的遗传连锁图谱,为后期梨重要性状QTL定位和分子标记辅助选择等奠定基础。【方法】以西洋梨品种‘红茄’（Red Clapp Favorite）为母本,东方梨品种‘晚秀’（Mansoo）为父本,构建F1代作图群体。将所选用的SSR引物在亲本和4个子代个体进行PCR扩增,初步筛选出扩增结果符合JoinMap 4.0软件中“CP”作图模式要求的引物,随后在F1群体中检测,选用JoinMap 4.0软件对分离数据进行连锁分析,分别构建亲本的连锁图谱。以双亲图谱在各连锁群上的同源标记作为锚定位点,对双亲图谱进行整合。【结果】利用PCR技术对不同来源的共909对SSR引物（526对梨和283对苹果公开发表的SSR引物,从梨转录组开发的100对SSR引物）进行初步筛选后,发现来自苹果的SSR引物有效扩增片段的比例和多态性均较低,而来自梨和梨转录组开发的SSR引物相对较高。筛选出207对符合作图要求的SSR引物在群体中扩增,构建亲本的连锁图谱。母本图谱中的141个标记分布在17个连锁群上,总长度757.34 cM,标记间平均5.37 cM;父本图谱中的153个标记分布在19个连锁群上,总长度1 149.43 cM,标记间平均7.51 cM。【结论】对不同来源的SSR引物构建的双亲连锁图谱进行整合,最终得到一张由186个SSR标记,覆盖基因组长度1 125.33 cM的整合图谱。     

利用DH群体构建不结球白菜遗传连锁图谱

以不结球白菜品种暑绿的112个双单倍体(double haploid,DH)株系构成的群体作为作图群体,利用SRAP、SSR、RAPD和ISSR 4种分子标记来构建不结球白菜分子遗传连锁图谱.通过Mapmaker 3.0/EXP软件分析,得到1张不结球白菜分子遗传图谱,图谱总长度1 116.9 cM,共包括14个连锁群,186个多态性分子标记,其中包括114个SRAP、33个SSR、24个RAPD和15个ISSR标记,其中偏分离标记44个,占23.7%.每条连锁群上的标记数在4～27个之间, 连锁群的长度在30.3～165.8 cM的范围内,平均图距在3.4～11.1 cM之间,总平均距离6.0 cM.     

利用DH群体构建不结球白菜遗传连锁图谱

以不结球白菜品种暑绿的112个双单倍体(double haploid,DH)株系构成的群体作为作图群体,利用SRAP、SSR、RAPD和ISSR 4种分子标记来构建不结球白菜分子遗传连锁图谱.通过Mapmaker 3.0/EXP软件分析,得到1张不结球白菜分子遗传图谱,图谱总长度1 116.9 cM,共包括14个连锁群,186个多态性分子标记,其中包括114个SRAP、33个SSR、24个RAPD和15个ISSR标记,其中偏分离标记44个,占23.7%.每条连锁群上的标记数在4～27个之间, 连锁群的长度在30.3～165.8 cM的范围内,平均图距在3.4～11.1 cM之间,总平均距离6.0 cM.     

利用SSR分子标记构建甜瓜遗传图谱

以中国甜瓜地方品种自交系4G21与3A823杂交产生的114个F2单株为作图群体,采用SSR法构建了一张包含14个连锁群、196个标记位点的甜瓜遗传连锁图谱,新增加48个SSR标记.构建的遗传图谱覆盖基因组总长度806 cM,平均间距7.54 cM,最小间距1 cM,最大间距29 cM.将48个SSR标记定位于甜瓜遗传图谱,可作为锚定引物与不同群体构建的甜瓜遗传图谱整合.     

利用SSR和InDel标记构建白菜×芜菁分子遗传图谱

以结球白菜BY和芜菁MM为亲本建立的小孢子培养DH系作为图谱构建群体,利用筛选获得的86对SSR引物和66对InDel引物进行分离分析,并整合已有的55个SSR标记,构建包含10个连锁群、175个标记位点的分子连锁图谱,图谱总长度902.9cM,标记间的平均图距为5.7cM,每个连锁群上的标记数为9～28个,平均图距为3.2～8.8cM,连锁群长度为66.0～113.3cM。     

玉米QR-001/QS-001组合F_2群体SSR连锁图谱构建

以自育的高抗玉米粗缩病自交系QR-001为母本、高感自交系QS-001为父本,配制了包含281个单株的F2分离群体为作图群体。选用在玉米基因组中均匀分布的1 028对SSR引物在双亲间进行多态性引物的筛选,共检测到110个可以鉴别F2群体各单株标记基因型的SSR多态性标记。借助QTL IciMapping Version 3.3软件构建了较好覆盖玉米10条染色体的分子标记连锁图谱,图谱总长度为1 343.2 cM,标记间平均距离为10.3 cM。其中1个分子标记(bnlg161)不与连锁群连锁。所建连锁群中有26.6%的SSR分子标记发生偏分离。该图谱的构建为玉米抗粗缩病QTL定位、分子标记辅助选择和分子设计抗病育种等研究奠定了基础。     

小豆SSR分子标记遗传连锁图谱构建

【目的】以小豆SSR为锚定标记,将公开发表的豇豆SSR、普通菜豆SSR和EST-SSR标记定位整合到小豆遗传连锁群中,构建中国小豆遗传图谱,为小豆基因定位、图位克隆和分子标记辅助选择育种提供更多可用的分子标记。【方法】用1 473对SSR和EST-SSR引物进行PCR扩增,包括906对豇豆SSR、123对普通菜豆和196对小豆SSR引物及248对普通菜豆EST-SSR引物,筛选亲本间多态性标记,验证栽培小豆HB801×AG109及GM892×AG110的F2分离群体。【结果】整合和构建了含有145个SSR和EST-SSR标记小豆遗传连锁图谱,包括59个小豆SSR标记,新增63个豇豆SSR、9个普通菜豆SSR、14个普通菜豆EST-SSR标记和1个茎色标记。紫茎色性状被定位在第9连锁群,离CEDG022和cbess058标记的遗传距离分别为0.9 cM和0.1 cM。图谱全长823 cM,覆盖11个连锁群,每个标记间平均距离为5.64 cM。每个连锁群长度为49.1—125.6 cM,平均长度74.82 cM;每条染色体上的标记数7—26个,平均13.27个。【结论】率先把小豆近缘物种分子标记引入小豆,加密了小豆SSR分子标记遗传连锁图谱。     

用JoinMap~3.0初步构建小麦遗传连锁图

以普通小麦品种"望水白"与"Alondra"杂交并通过单粒传方法获得的含104个重组自交系(F7)的群体为作图群体,采用JoinMap~3.0软件初步构建了含有2个RAPD、109个SSR和105个AFLP多态性标记的小麦遗传整合图谱。该图谱的遗传总距离为1241.4cM,含有25个连锁群,已确认其中24个连锁群相应的染色体,除3D染色体外,其余20条染色体均构建了遗传连锁图。A、B、D3个染色体组的染色体平均长度分别为75.1cM、59.6cM和45.8cM,每个染色体平均分布的多态性标记分别为11.3、13.8和5.5个,标记间的平均间隔为5.7cM,仍有25.8%的多态性标记未能构建进遗传图谱。     

鲤耐寒性状分子标记在遗传连锁图上的定位

与鲤Cyprinus(Cyprinus)carpio Linnaeus的抗寒性状相关的RAPD标记有6个,其中2个与荷包红鲤抗寒品系的抗寒性状相关,4个与抗寒大头鲤Cyprinus pellegrini Tchang的抗寒性状相关,且5N1451c标记被定位在第5号连锁组中。初步研究结果表明,鲤的抗寒性状是一种数量性状。     

鲤正、反交F2群体的AFLP遗传图谱构建及其QTL定位

以高代选育的荷包红鲤和兴国红鲤的正、反交F2群体为材料,利用AFLP标记构建了鲤正、反交群体的遗传图谱,并进行了生长相关性状的QTL定位。在正交群体中,14对AFLP引物共产生542个多态性标记,其中325个标记符合3∶1的孟德尔分离比例,利用其构建的遗传图谱涵盖50个连锁群,图谱总长度3 676.1 cM,并获得了与全长、体长、体高、尾柄长和尾柄高5个生长性状相关的17个QTL,可解释表型变异的1.66%~70.49%;在反交群体中,14对AFLP引物共产生605个多态性标记,其中333个标记符合3∶1孟德尔分离比例,构建的遗传图谱也涵盖50个连锁群,图谱总长度3 943.1 cM,获得了与体重、全长、体长、体高和尾柄长5个生长性状相关的15个QTL,可解释表型变异的1.58%~63.89%。还对正、反交群体构建的遗传图谱及QTL定位差异及结果进行了初步分析和探讨。     

鲤45S rDNA的染色体荧光原位杂交定位

应用荧光原位杂交技术,通过设计位于5.8S rDNA、18S rDNA和非转录IGS区域的3条探针CAAG1191、CAAG1845和CAAG3602,分别对散鳞镜鲤Cyprinus carpio var.scattered mirror和松浦鲤Cyprinus carpio Songpu的45S核糖体DNA(ribosomal DNA,rDNA)进行染色体定位及共定位.结果表明:45S rDNA均位于两品种鲤一对近端着丝粒染色体的短臂末端,具有染色体特异性,表明45S rDNA序列的探针能够在鲤细胞遗传学研究中用于标识其所在染色体,并与鲤遗传连锁图谱中长度为227 cM的1号连锁群相对应;两品种鲤的染色体数目均为2n=100,45S rDNA在鲤基因组内仅定位于一对同源染色体,不存在复制位点,证实了鲤基因组在全基因组复制事件之后又经历了重新二倍化过程.     

鲤土腥味的感官检测与实践

利用食品感官检测的方法对鲤Cyprinus carpio L土腥味进行了检测试验,确定了土腥味感官评分与实际含量之间的对应关系,制定了对土腥味感官评价的评分标准,并应用此标准,研究了水中土腥味含量对鱼体土腥味的影响。     

应用RAPD技术分析三种红鲤遗传多样性

利用40个随机引物对产于江西省的荷包鲤，玻璃红鲤和兴国红鲤及野鲤（俗称“江西三红”）进行了RAPD检测及聚类分析。结果表明，25个引物的扩增效果良好，引物S225，S221对4种鲤鱼扩增出的指纹图谱差异显著，存在5个明显的特异性条带，可作为分子标记，三个品种内，以荷包红鲤的遗传距离最小（0.809)；对于品种间，则是玻璃红鲤与兴国经鲤较为相似（0．745）；“江西三红”之间的遗传差异较小，根据聚类分析可右兴国红鲤与玻璃红鲤之间的亲缘关系最近，荷包红鲤次之。     

应用RAPD技术分析三种红鲤遗传多样性

利用40个随机引物对产于江西省的荷包鲤，玻璃红鲤和兴国红鲤及野鲤（俗称“江西三红”）进行了RAPD检测及聚类分析。结果表明，25个引物的扩增效果良好，引物S225，S221对4种鲤鱼扩增出的指纹图谱差异显著，存在5个明显的特异性条带，可作为分子标记，三个品种内，以荷包红鲤的遗传距离最小（0.809)；对于品种间，则是玻璃红鲤与兴国经鲤较为相似（0．745）；“江西三红”之间的遗传差异较小，根据聚类分析可右兴国红鲤与玻璃红鲤之间的亲缘关系最近，荷包红鲤次之。     

应用微卫星技术对野鲤和两种鲤选育品系的遗传多样性分析

用自行设计的１６对微卫星引物研究了野鲤、高寒鲤和荷包红鲤抗寒品系的群体内遗传变异及相互间的。微卫星分析结果表明：野鲤、高寒鲤和荷包红鲤抗寒品系平均扩增条带分别为４．９１、２．８２和２．４５,平均杂合度观测值分别为０．６４、０．４０和０．３８。表明野鲤的遗传多样性水平最高,高寒鲤次之,荷包红鲤抗寒品系最低。说明了人工繁育和养殖实践会造成物种遗传多样性的降低。本试验共发现了１个群体特异性标记２０９ｂｐ     

应用微卫星技术对野鲤和两种鲤选育品系的遗传多样性分析

用自行设计的１６对微卫星引物研究了野鲤、高寒鲤和荷包红鲤抗寒品系的群体内遗传变异及相互间的。微卫星分析结果表明：野鲤、高寒鲤和荷包红鲤抗寒品系平均扩增条带分别为４．９１、２．８２和２．４５,平均杂合度观测值分别为０．６４、０．４０和０．３８。表明野鲤的遗传多样性水平最高,高寒鲤次之,荷包红鲤抗寒品系最低。说明了人工繁育和养殖实践会造成物种遗传多样性的降低。本试验共发现了１个群体特异性标记２０９ｂｐ     

德国镜鲤微卫星标记与形态性状的相关分析及亲本的选育

利用微卫星标记技术对形态差异较大的2个德国镜鲤(Cyprinus carpio L. mirror)群体的189尾个体进行研究.利用一般线性模型(general linear model,GLM)对15个微卫星位点与德国镜鲤的体重、体长、体高、尾柄长、尾柄高、头长和头高的关系进行方差分析和多重比较,结果表明微卫星引物MFW1与体重和体长显著相关,与体高极显著相关;引物MFW9与头长显著相关;引物MFW11与尾柄长和头高显著相关;引物MFW29与体长、体高和头高极显著相关,与尾柄高显著相关.利用引物MFW1检出10尾含有座位208/208的个体;利用引物MFW9检出25尾含有座位90/90的个体;利用引物MFW11检出3尾含有座位202/188的个体;利用引物MFW29检出10尾含有座位172/162的个体.将上述个体利用SPSS13.0对其进行差异性分析,选育出33尾优良个体,利用PopGene3.2对其遗传距离进行分析,最终选出13尾性状优良且遗传距离较大的亲鱼,其中5尾为保种群体,8尾为北林群体,对其培育并建立选育系.     

鲤易捕性状选育群体不同世代微卫星分析

用30对微卫星引物对易捕性状人工选育鲤(Cyprinus carpio)的4个连续世代共计154个个体进行了遗传分析。4个世代(F1-F4)的平均等位基因数分别为7.7619、6.9189、5.0889、4.6667;平均多态信息含量分别为0.6215、0.7512、0.7314、0.7431;平均观测杂合度分别为0.7730、0.7135、0.7593、0.7196,人工定向选育已对群体的多样性造成了影响。Hardy-Weinberg平衡的卡方检验及F-检验数据显示人工累代选育已经使群体的遗传结构发生了变化,并开始趋于稳定,表现为偏离平衡的位点逐代增加,相邻世代之间遗传分化系数逐代减小。FST平均值0.0995提示出选育群体已处在中等分化水平,有90%的遗传变异来自于群体内个体间。遗传距离及遗传相似性结果显示随着选育世代的增加,世代之间遗传距离越来越小,遗传相似性越来越大,但与理论值仍有差距,说明还有育种潜力,应继续保持遗传效应,确保育种成功。