应用微卫星技术对野鲤和两种鲤选育品系的遗传多样性分析

用自行设计的１６对微卫星引物研究了野鲤、高寒鲤和荷包红鲤抗寒品系的群体内遗传变异及相互间的。微卫星分析结果表明：野鲤、高寒鲤和荷包红鲤抗寒品系平均扩增条带分别为４．９１、２．８２和２．４５,平均杂合度观测值分别为０．６４、０．４０和０．３８。表明野鲤的遗传多样性水平最高,高寒鲤次之,荷包红鲤抗寒品系最低。说明了人工繁育和养殖实践会造成物种遗传多样性的降低。本试验共发现了１个群体特异性标记２０９ｂｐ     

运用TRAP标记分析5个鲤群体的遗传多样性

运用TRAP标记技术,选取10个多态性较好的引物组合对荷包红鲤、黄河鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等5个鲤群体进行遗传多样性分析,其中固定引物是根据目标候选基因GHR基因的序列设计。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态位点比例为80.41%,平均多态性信息含量为0.29。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示群体内的方差贡献率达96.97%,表明各个鲤群体内存在较大的遗传变异。种群再分效应固定指数(FST=0.030 26,P<0.05)表明不同鲤群体间有显著的遗传分化。基于目标候选基因的TRAP标记对5个鲤群体进行聚类分析,结果表明建鲤和兴国红鲤首先聚成一类,然后黄河鲤和黑龙江野鲤聚为一类,再与荷包红鲤聚为一类。     

运用TRAP标记分析5个鲤群体的遗传多样性

运用TRAP标记技术,选取10个多态性较好的引物组合对荷包红鲤、黄河鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等5个鲤群体进行遗传多样性分析,其中固定引物是根据目标候选基因-GHR基因的序列设计。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态位点比例为80.41%,平均多态性信息含量为0.29。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示群体内的方差贡献率达96.97%,表明各个鲤群体内存在较大的遗传变异。种群再分效应固定指数(FST=0.030 26,P＜0.05)表明不同鲤群体间有显著的遗传分化。基于目标候选基因的TRAP标记对5个鲤群体进行聚类分析,结果表明建鲤和兴国红鲤首先聚成一类,然后黄河鲤和黑龙江野鲤聚为一类,再与荷包红鲤聚为一类。     

利用微卫星标记分析6个鲤鱼群体的遗传差异

为了评估和合理利用鲤种质资源,选出13个微卫星位点对框镜鲤、黑龙江鲤、荷包红鲤、兴国红鲤、黄河鲤和建鲤进行遗传多样性分析。结果显示:13个微卫星位点在6个鲤鱼群体中共检测出142个等位基因,所检测到的等位基因片段长度在116～280bp。各鲤鱼群体的平均观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别在0.564～0.705和0.611～0.776;13个位点在6个鲤鱼群体中平均多态信息含量(PIC)在0.573～0.749。固定系数(FIS)分析表明,只有建鲤群体表现为杂合子过剩(平均FIS<0),其他5个鲤鱼群体表现为杂合子缺乏(平均FIS>0)。试验结果表明,这6个鲤鱼群体多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高,具有较大的选育潜力。群体间的遗传距离和聚类分析显示,框镜鲤与兴国红鲤亲缘关系最远,黄河鲤与建鲤的亲缘关系最近。     

松浦红镜鲤

<正>品种登记号GS-01-001-2011亲本来源荷包红鲤抗寒品系和散鳞镜鲤选育单位中国水产科学研究院黑龙江水产研究所特征特性该品种是以荷包红鲤抗寒品系(母本)和散鳞镜鲤(父本)杂交子一代自交后分离出来的橘红色个体为基础群,以体色橘红、体形纺锤形、身体两侧基本无鳞、生长速度快、成活率高、抗寒性能好等为选育指标,经连续6代群体选育而成。与荷包红鲤抗寒品系相比,该品种生长速度快,1龄鱼、2龄鱼的生长速度分别提高21.61%和35.59%;成活率相对较高,1龄鱼、     

应用3种遗传分析方法分析养殖鲤与天然群体的遗传差异

应用基于分子标记的主成分分析法、贝叶斯遗传聚类法和遗传重排技术对鲤4个人工选育群体(兴国红鲤、荷包红鲤、玻璃红鲤和建鲤)和2个长江干流天然群体(湖北监利和江苏扬州)的10个微卫星标记结果进行分析,以有效检测人工选育群体间以及选育群体与天然群体间的遗传差异。主成分分析显示,人工选育群体与天然群体存在一定程度的遗传分化,荷包红鲤与天然群体的遗传差异最大,其主成分1(PC1)和主成分2(PC2)解释了总遗传变异的48.23%;在贝叶斯遗传聚类分析中,6个群体的最佳聚类数值为4,即兴国红鲤与2个天然群体聚为一类,玻璃红鲤、荷包红鲤和建鲤3个群体分别单独聚为一类;贝叶斯遗传重排分析显示,6个群体的遗传自排率较高,为81%～100%,玻璃红鲤和荷包红鲤的遗传自排率最高,均为100%。研究结果综合表明:4个人工选育群体与天然群体间存在较明显的遗传差异,而且天然群体已受到人工选育群体的遗传影响;这3种方法能很好地检测鲤人工选育群体间、以及选育群体与天然群体间的遗传差异。     

应用RAPD技术分析三种红鲤遗传多样性

利用40个随机引物对产于江西省的荷包鲤，玻璃红鲤和兴国红鲤及野鲤（俗称“江西三红”）进行了RAPD检测及聚类分析。结果表明，25个引物的扩增效果良好，引物S225，S221对4种鲤鱼扩增出的指纹图谱差异显著，存在5个明显的特异性条带，可作为分子标记，三个品种内，以荷包红鲤的遗传距离最小（0.809)；对于品种间，则是玻璃红鲤与兴国经鲤较为相似（0．745）；“江西三红”之间的遗传差异较小，根据聚类分析可右兴国红鲤与玻璃红鲤之间的亲缘关系最近，荷包红鲤次之。     

应用RAPD技术分析三种红鲤遗传多样性

利用40个随机引物对产于江西省的荷包鲤，玻璃红鲤和兴国红鲤及野鲤（俗称“江西三红”）进行了RAPD检测及聚类分析。结果表明，25个引物的扩增效果良好，引物S225，S221对4种鲤鱼扩增出的指纹图谱差异显著，存在5个明显的特异性条带，可作为分子标记，三个品种内，以荷包红鲤的遗传距离最小（0.809)；对于品种间，则是玻璃红鲤与兴国经鲤较为相似（0．745）；“江西三红”之间的遗传差异较小，根据聚类分析可右兴国红鲤与玻璃红鲤之间的亲缘关系最近，荷包红鲤次之。     

利用微卫星标记分析长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤的遗传多样性

利用20对微卫星标记埘长鳍鲤、锦鲤和龙凤鲤3个鲤鱼群体的遗传多样性和遗传结构进行分析.结果表明:3个群体在20个位点上分别检测到108、164、154个等位基因,各群体等位基因数2～16个不等,平均有效等位基因数分别为4.496、5.695和5.606.3个群体平均期望杂合度分别为0.769、0.806、0.801,多态信息含量分别为0.703、0.761和0.757,遗传多样性指数分别为0.764、0.803和0.799,群体间遗传分化系数为0.071.结果说明3个群体遗传多样性较为丰富.     

3种中国鲤mtDNA D—Loop序列的多态性与系统进化研究

【目的】探讨长江野生鲤、荷包红鲤和兴国红鲤3种中国鲤的遗传变异、亲缘关系及系统进化。【方法】对3种鲤的D-Loop序列进行扩增并测序,分析其遗传多样性,并与GenBank中获取的另外5种鲤鱼的D-Loop序列一起构建进化树。【结果】3种鲤的碱基组成中A+T含量均高于C+G含量;T碱基含量最高,平均为33.5%;C碱基最低,平均为13.7%。在检测的3种鲤上共发现37个突变位点,其中有2个插入,28个转换,7个颠换,碱基的替换有明显偏倚。单倍型多样性指数最高的是长江野生鲤(0.984±0.019),最低的是荷包红鲤(0.113±0.072);核苷酸多样性指数以长江野生鲤最高,为0.00623,荷包红鲤最低,为0.00012。长江野生鲤的遗传多样性较兴国红鲤和荷包红鲤丰富,荷包红鲤的遗传多样性最低。聚类分析表明,8种鲤属鱼聚为2大支,德国鲤单独为一类,其余7种聚为一类。【结论】荷包红鲤和兴国红鲤虽都原产于江西省,但2种鲤最初是独立从野生鲤中通过体色变异分化而来的。     

鸭绿江鲤鱼种质资源的微卫星分析

研究采用17对微卫星分子标记,以黑龙江野鲤(HLJL)作为阳性对照、建鲤(JL)作为阴性对照,对2批采自鸭绿江的鲤鱼(YL1,YL2)进行遗传多样性的分析,对其杂合度等数据进行统计分析,以期通过对鸭绿江野生鲤鱼现存群体的种质鉴定,了解鸭绿江鲤鱼的遗传结构特征、种群历史,为其遗传资源的保护提供较为准确的相关信息和依据.试...     

Analysis of anApplied Core Collection ofAdzuki Bean Germplasm by Using SSR Markers

Genetic diversity of 158 accessions of an applied core collection of adzuki bean (Vigna angularis) and 18 wild genotypes were assessed by using 85 microsatellite markers. With an average of 5.81 alleles per locus, 493 alleles were detected, and their distribution frequencies lower than 5% accounted for 73.02% of the total number. The distributions of alleles between the cultivated and the wild adzuki bean germplasm are different, with a higher allelic diversity in the wild germplasm than that of the cultivated ones. An obvious genetic differentiation was also observed between the wild and the cultivated adzuki beans, and SSR markers may be useful in study identification and classification of them. Among cultivated adzuki bean, the genetic similarity coefficient varied from 0.366 to 0.939. Genetic structure analysis can clearly separate the wild genotypes from the cultivated adzuki bean, and also can divide the cultivated ones into different populations, as these populations are closely agreeable with the ecological regions where they originally grow. The results of this study will be useful in arranging local breeding programs, especially in the aspect of parental combinations or identification of progenies. These SSR markers can also provide important information to explain the genetic relationship between the cultivated and wild adzuki beans, and to accelerate the wild gene resources in broadening the gene pool in breeding program.     

基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列的杂交鲫与野生鲫群体遗传特征研究

【目的】分析杂交起源的合方鲫品系和新型同源二倍体类鲫(NCRC)品系、实验红鲫品系及野生鲫群体的遗传特征,揭示杂交鲫群体与野生鲫群体的种质资源现状,为开展鲫育种工作提供科学依据。【方法】以2个杂交品系(合方鲫和NCRC)、1个实验室养殖品系(实验红鲫)和3个野生鲫群体(分别采自湖南省长沙市望城区、长沙市长沙县和常德市)为研究对象,采用PCR扩增6个鲫群体的线粒体COI基因和D-loop区序列,使用DnaSP 6.12分析群体遗传多样性,利用MEGA 7.0.26计算群体内和群体间的遗传距离,运用TCS Network算法绘制单倍型网络,再以Structure 2.3.4推测群体遗传结构;利用Arlequin 3.5.2.2计算群体间的遗传分化系数(F_ST),并以邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)分别构建系统发育进化树;通过Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验结合核苷酸错配分布分析评估群体历史动态。【结果】基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列,从6个鲫群体中共鉴定出25个单倍型(Hap1~Hap25);且3个野生鲫群体的单倍型多样性(h,0.582~0.877)和核苷酸多样性(π,0.00227~0.00532)明显高于2个杂交品系和实验红鲫品系。构建的单倍型网络结构图和系统发育进化树均显示,合方鲫品系可形成独立分支,且与日本白鲫聚在一起。同时,合方鲫品系与其他群体间的遗传距离(0.0539~0.0628)和遗传分化系数(F_ST,0.95147~0.98331)均较大,其次为NCRC品系和实验红鲫品系,说明养殖群体与野生鲫群体间已产生明显的遗传分化。在Structure聚类分析的基础上进行AMOVA分析,结果表明可将6个鲫群体划分为合方鲫品系、NCRC品系、实验红鲫品系和野生鲫群体共4组,且组间遗传变异占绝大部分(90.14%)。从群体历史动态检验结果来看,6个鲫群体在近期历史上保持相对稳定,未曾经历过明显的群体扩张。【结论】合方鲫品系、NCRC品系及实验红鲫品系3个养殖群体与3个野生鲫群体间已产生明显的遗传分化,且存在一定程度的遗传多样性降低等问题。因此,在后续的鲫育种工作中应适当扩大繁育亲本数量,避免近亲繁殖和瓶颈效应,注重保护养殖群体种质资源的遗传多样性。     

红壳色文蛤选育群体遗传多样性的微卫星分析

【目的】了解群体选育过程中红壳色文蛤（Meretrix meretrix）选育群体的遗传多样性变化及世代遗传分化情况,为文蛤育种计划的可持续性提供理论依据。【方法】以江苏黄文蛤原种（SY）、江苏红文蛤原种（SR）及5个红壳色文蛤选育群体（SRF₁~SR5F₅）为研究对象,利用15对微卫星引物对各文蛤群体基因组DNA进行PCR扩增,然后通过Gel-Pro32 4.0、PopGen 32和MEGA 6.0等在线软件分析7个文蛤群体的遗传多样性。【结果】从7个文蛤群体中共检测出766个等位基因,每个微卫星位点在每个群体中检测出3~18个等位基因,且等位基因数（Na）随选育世代增加呈下降趋势。15个微卫星位点的平均多态信息含量（PIC）在0.575~0.630,均属于高度多态性位点。7个文蛤群体的平均观测杂合度（Ho）为0.442~0.502,平均期望杂合度（He）为0.629~0.680,群体中63.81%的微卫星位点偏离Hardy-Weinberg平衡,表明各微卫星位点存在一定程度的杂合子缺失;群体内近交系数（F_is）范围为-0.0157~0.7409,平均为0.2777,表明文蛤群体内存在一定程度的近交水平;群体间遗传分化系数（F_st）平均为0.0455,即文蛤群体变异中仅有4.55%是由不同群体间的基因差异所产生,而95.45%的变异来源于群体内部;各群体的基因流（Nm）为0.9002~18.9478,平均为8.8065,说明7个文蛤群体间的遗传分化较低。UPMGA聚类分析发现7个文蛤群体聚类呈两大支,江苏红文蛤原种及其选育群体聚为一支,而江苏黄文蛤原种（SY）独自聚为一支。【结论】经过5代人工选育的红壳色文蛤选育群体虽然较基础群体其遗传多样性指数略有下降,但并未导致各选育群体的遗传结构发生改变,仍具有较高的遗传多样性。在连续的选择育种计划中,应增加亲本养殖环境多样化,避免因人工繁育的亲本和养殖群体规模较小引起遗传漂移或近交衰退而致使某些等位基因缺失,导致后代的遗传结构发生改变。     

红锥天然群体和栽培群体的遗传多样性研究(英文)

[目的]调查红锥天然群体和栽培群体的遗传分化状况。[方法]以广东、广西、福建、云南、海南的5个红锥天然群体和广西的3个种源的红锥栽培群体为供试材料,用筛选出的9对ISSR引物,对8个群体共计151个个体进行ISSR分析。[结果]每对ISSR引物扩增出7～20条条带,共得到122条多态带。红锥天然群体在种群水平的多态带百分率P为59.84%,Nei基因多样性指数Hpop为0.1827,Shannon多样性指数(I)为0.2856,高于红锥栽培群体(P=54.87%,HPOP=0.1366,I=0.2198)。群体特异带及群体间共有带的差异与分布揭示了群体间的遗传差异及相似性,红锥天然群体遗传多样性主要存在于群体内,群体间的遗传分化系数Gst为0.99。在红锥的3个栽培群体中发现了类似的群体遗传结构(GST=0.1275)。UPGMA聚类分析结果表明,红锥天然群体间的遗传距离有随地理距离跨度增加而递增的趋势。[结论]红锥遗传多样性偏低可能与人为干预和环境破坏导致的种群缩小及生境片段化等因素有关;红锥种群遗传结构的形成则与其自身繁育机制密切相关。     

用微卫星标记分析泰山螭霖鱼的遗传多样性

本文首次对泰山螭霖鱼进行分子遗传学研究，以了解其遗传多样性，养殖群体和野生群体有无遗传差异等。共选用了31个微卫星标记，经筛选，其中14个能在螭霖鱼得到稳定的PCR扩增。PCR扩增产物用12％的非变性聚丙烯酰胺凝胶150V电泳6．8h后，银染显色，观察并统计分析。结果表明：泰山螭霖鱼野生群体和养殖群体在所有的位点均有相同的等位基因，PAGE结果都呈直线。这说明泰山螭霖鱼野生群体和养殖群体的遗传结构无差异，这也证明泰山螭霖鱼为一高度纯合的群体，是非常难得的育种和试验材料，保护这一珍惜物种资源具有重要意义。     

青鱼生长相关SNP标记在不同地理群体中的验证

单核苷酸多态性分子标记（single nucleotide polymorphism, SNP）是目前常用的分子标记辅助育种的工具之一。本研究在前期构建的青鱼（Mylopharyngodon piceus）高密度连锁图谱和QTL定位结果的基础上,利用体重QTL区间中的2个SNP标记在3个青鱼群体中进行验证,目的是为了检测通过QTL定位得到的SNP是否存在并能应用于其他地理群体,利用对分子标记的侧翼序列进行基因型组成分析、遗传多样性分析及中性检验等方法,对3个群体的2个SNP侧翼序列进行分析。遗传多样性结果显示,snp8107的扩展片段的单倍型多样性（Hd）在邗江群体、湘江群体和石首群体中分别为0.782、0.515和0.497;各位点的观测杂合度（H0）介于0.067～0.533间,平均为0.239;期望杂合度（He）介于0.127～0.506,平均为0.306;多态信息含量（PIC）介于0.117～0.374间,平均为0.246。中性检验显示3个群体在历史上可能发生过瓶颈效应导致稀有等位基因丢失的现象,结合遗传多样性结果推测,邗江群体在经历瓶颈效应后保留下来的稀有等位基因更多,最终得出结论邗江群体是适合进行遗传改良的最优群体。     

不同体色翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)群体遗传结构研究

采用微卫星分子标记技术分析黄色(HS)、黑斑色(HB)、红纹色(HW) 3个不同体色翘嘴鳜群体的遗传多样性及遗传结构。3个不同体色群体平均观测杂合度在0.540～0.687之间;平均期望杂合度在0.562～0.631之间,各群体均具有较高的遗传多样性。遗传距离、相似度、遗传分化系数、聚类树分析均显示HB与HW群体间遗传关系较近。STRUCTURE群体结构分析显示,3群体被分为2个亚群,HS群体集中在亚群I,HB、HW群体集中在亚群II。30个位点中的大多数位点偏离Hardy-Weinberg平衡,应增加选育群体的有效数量,防止种质衰退。符号检验和Wilcoxon符号秩次检验中HW群体显著或极显著偏离突变-漂移平衡,需进一步扩大选育群体。总体来说,3个不同体色翘嘴鳜群体遗传多样性较高,可作为开发新体色翘嘴鳜品系的基础群体。