草鱼肠系膜脂肪组织高质量总RNA提取方法的研究

基于传统的酸性酚—异硫氰酸胍—氯仿一步提取法,比较分析多种优化操作步骤,摸索出一种高质量提取体质量为80~150 g草鱼肠系膜脂肪组织总RNA的改良方法。试验结果显示,相较于肝脏、脾脏、肠道等脏器组织,草鱼肠系膜脂肪组织RNA丰度低,且极易在样品前处理阶段出现顽固性降解问题。探索发现,将取样量增至约30 mg,可提升RNA产量以满足常规试验需求。针对降解难题,改良常规的样品前处理技术流程,采用鲜样液氮速冻,冻样直接放入TRIzol试剂中裂解,并即刻进行长时间机械匀浆,时长约3 min等核心操作步骤,可显著降低脂肪组织样品RNA的降解。Agilent生物分析仪检测结果显示,改良方法提取的草鱼肠系膜脂肪组织RNA完整度高,关键RIN值为8.7~9.0。研究推测,长时间机械匀浆所形成的持续剪切冲击力或许有助于TRIzol试剂中的异硫氰酸胍等成分突破油滴阻碍而有效抑制内源性RNA酶。本方法提取的草鱼脂肪组织总RNA质量可满足高通量转录组测序要求。     

RNA干扰技术的生理功能及其在猪病中的应用

RNA干扰(RNA interference,RNAi)是一种序列特异性基因沉默机制,对病毒抗原基因有抑制作用或抑制转座子转坐,从而抑制基因的表达。RNAi具有抗病毒、抗肿瘤、免疫调节以及改善畜禽生产性状等功能。本文就RNAi的作用机制及特点和其生理功能加以综述,旨在为其在猪病中的应用提供理论依据。     

长链非编码RNA调控动物脂肪沉积研究进展与趋势

长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸,具有调控细胞增殖、分化、凋亡及自噬等多种生物学过程的非编码RNA分子。动物脂肪沉积是一个复杂而精密的程序化生物过程,受功能基因、非编码RNA和成脂相关信号通路等系列遗传因子的级联调控,其中长链非编码RNA因其重要的调控作用,近年来受到了越来越多研究的关注。该文从lncRNA生物学特性,转录水平、转录后水平和表观遗传水平等方面综述lncRNA对动物白脂沉积及棕脂产热调控的最新研究进展,以期为家畜肉品质改良提供理论依据。     

通过GbF3’H基因单独沉默及其与GbCHI和GbDFR基因共沉默研究其在海岛棉中抗枯萎病功能

【目的】通过沉默海岛棉GbF3’H基因及共沉默GbF3’H、GbCHI和Gb DFR基因,研究其在海岛棉抗枯萎病中的作用。【方法】以海岛棉抗病材料06-146为研究对象,GhCLA1基因为阳性对照,空载体为阴性对照,构建海岛棉TRV2-Gb F3’H沉默载体,协同课题组前期构建的TRV2-CHI和TRV2-DFR载体,利用病毒诱导的基因沉默技术(Virus-induced gene silencing,VIGS)分别进行Gb F3’H基因单独沉默以及GbF3’H、GbCHI和Gb DFR这3种基因共沉默试验。通过实时荧光定量聚合酶链式反应(Quantitative real time-polymerase chain reaction,q RT-PCR)分析各处理样品中基因沉默情况;设置室内接种枯萎病菌试验测定病情指数,分析各沉默材料对枯萎病的抗性差异。【结果】q RT-PCR结果显示,海岛棉GbF3’H基因沉默后其在海岛棉根、茎和叶中的表达量比空载体对照低,Gb F3’H、GbCHI和GbDFR这3种基因共沉默后其在海岛棉根、茎和叶中的表达量均比空载体对照低。病情指数调查结果显示,野生型<空载体对照相似文献   

不同温度下TMV侵染枯斑三生烟的LncRNA差异表达

【目的】 筛选不同温度下烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus,TMV）侵染后枯斑三生烟（Nicotiana tabacum var. Samsun NN）差异表达的长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）,研究lncRNA在枯斑三生烟抗性反应中的作用。【方法】 N基因的温度敏感性使枯斑三生烟在25℃时具备对TMV的抗性、在31℃抗性丧失,在这两个温度条件下对枯斑三生烟接种TMV和磷酸盐缓冲盐水（phosphate buffered saline,PBS）,48 h后提取系统叶总RNA,构建链特异性文库后进行深度测序。对测序结果进行过滤后利用HTSeq将有效数据与近缘品种TN90（N. tabacum var. TN90）基因组比对,筛选得到lncRNA后利用FPKM法估计lncRNA的表达水平。通过edgeR筛选差异表达lncRNA（differentially expressed lncRNA,DElncRNA）,并利用qRT-PCR技术对这一结果进行验证。通过共定位及共表达分析预测DElncRNA的靶基因,通过参考基因组注释、GO和KEGG富集分析研究靶基因的功能。【结果】 4个处理共12个样本经lncRNA-seq各测得约8 000万条clean reads,共获得4 737条已知lncRNA、40 169条新lncRNA。其中64个lncRNA在不同温度条件下TMV侵染后存在差异表达,qRT-PCR测定结果显示这些lncRNA的测序正确率在80%左右,表明本研究所得测序数据具备较高的可信度。对DElncRNA进行靶基因预测,发现一些基因同时被25℃下调和31℃上调的DElncRNA靶向。靶基因注释功能丰富,主要参与植物抗病、激素和代谢等生理过程。部分可能与激素通路相关的lncRNA,在25℃下TMV侵染时呈现下调趋势,而在31℃下TMV侵染则呈现上调趋势。GO富集分析显示靶基因主要参与构成膜、囊泡等组分,具备钙、钾离子通道抑制剂活性等分子功能,使相应离子得以转运引发随后的反应,同时也参与发病、抗原加工和呈现、细胞分裂素代谢等生理过程。KEGG分析发现靶基因显著富集在植物激素信号转导通路,25℃下调和31℃上调的DElncRNA靶基因同时富集在激素信号传导、ABC运输蛋白、苯丙烷类生物合成等通路。【结论】 不同温度（25℃和31℃）条件下TMV侵染枯斑三生烟后,长链非编码RNA差异表达,DElncRNA通过作用于激素信号传导、物质转运等过程参与寄主系统获得性抗性反应。研究结果可为揭示植物系统获得性抗性中lncRNA的调控功能以及新型抗病毒技术开发提供依据。     

高压静电场胁迫对甘草生长过程中RNA的影响

为探究高压静电场对甘草生长过程中RNA含量的影响,本试验以甘草幼叶、嫩茎和种子为研究材料,依次采用十二烷基苯磺酸钠(SDS)法、十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、异硫氰酸胍(Trizol)法提取甘草幼叶、嫩茎、种子的RNA,并进行比较分析。并通过紫外分光光度法,分析检测经不同强度高压静电场(0、12、15、18 kV)处理之后生长过程中甘草不同组织RNA含量。结果表明,3种方法均能从甘草中提取出RNA。SDS法是适用于甘草组织RNA提取的最佳方法。经不同强度高压静电场处理,甘草RNA含量增加,降解含量降低。高压静电场影响最明显的是处理电场强度为18 kV时,甘草生长9 d时,RNA含量最高。本研究初步探究了高压静电场对甘草生长过程中RNA含量的影响,为甘草RNA的研究和高压静电场与分子生物学的研究提供了基础参考。     

嫁接植物砧木与接穗互作机理研究进展

嫁接技术作为广泛应用的无性繁殖方式,成为良种化生产的重要环节,已被广泛应用于农林业领域的扩繁、新品种选育、品种改良等方面,开展砧木与接穗间相互作用机制的研究,对于科学选择砧穗组合具有重要意义。从水分和矿质离子、有机物和抗氧化酶、激素作用、基因调控和表观遗传学角度综述砧穗互作的研究现状,阐述主流观点;从激素、基因调控和表观遗传学三者间相互作用方面,初步探索砧穗互作的普适规律。     

改进TRIzol法提取不同发育时期海葵的总RNA

获得海葵纯度高、完整性好的高质量RNA,为海葵高通量转录组测序等分子生物学的深入研究提供基础,以南海海葵为研究对象,采用改进TRIzol法提取不同发育时期海葵的总RNA,并利用琼脂糖凝胶电泳、Nano Drop TM 2000分光光度计和Agilent 2100生物分析仪检测其质量。结果表明:改进TRIzol法从不同发育时期的海葵中提取的RNA电泳条带清晰、海葵-大与海葵-中的RNA完整性好,海葵-小RNA完整性不合格;海葵-大、海葵-中和海葵-小的纯度(OD260/280)分别为1.981、1.983和2.071,浓度分别为335ng/μL、357ng/μL和232ng/μL。改进TRIzol法可有效从海葵中提取高质量RNA。