| 草鱼肠系膜脂肪组织高质量总RNA提取方法的研究 |
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| 引用本文： | 姜鹏,骆丽婷,李胜杰,樊佳佳,马冬梅.草鱼肠系膜脂肪组织高质量总RNA提取方法的研究[J].水产科学,2021(2):166-171. |
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| 作者姓名： | 姜鹏 骆丽婷 李胜杰 樊佳佳 马冬梅 |
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| 作者单位： | 中国水产科学研究院珠江水产研究所;仲恺农业工程学院动物科技学院 |
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| 基金项目： | 中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费资助专项(2019ZX-001);国家自然科学基金资助项目(31902357);农业农村部现代农业产业技术体系专项(CARS-45-04);广东省自然科学基金资助项目(2020A1515011334). |
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| 摘 要： | 基于传统的酸性酚—异硫氰酸胍—氯仿一步提取法,比较分析多种优化操作步骤,摸索出一种高质量提取体质量为80~150 g草鱼肠系膜脂肪组织总RNA的改良方法。试验结果显示,相较于肝脏、脾脏、肠道等脏器组织,草鱼肠系膜脂肪组织RNA丰度低,且极易在样品前处理阶段出现顽固性降解问题。探索发现,将取样量增至约30 mg,可提升RNA产量以满足常规试验需求。针对降解难题,改良常规的样品前处理技术流程,采用鲜样液氮速冻,冻样直接放入TRIzol试剂中裂解,并即刻进行长时间机械匀浆,时长约3 min等核心操作步骤,可显著降低脂肪组织样品RNA的降解。Agilent生物分析仪检测结果显示,改良方法提取的草鱼肠系膜脂肪组织RNA完整度高,关键RIN值为8.7~9.0。研究推测,长时间机械匀浆所形成的持续剪切冲击力或许有助于TRIzol试剂中的异硫氰酸胍等成分突破油滴阻碍而有效抑制内源性RNA酶。本方法提取的草鱼脂肪组织总RNA质量可满足高通量转录组测序要求。
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| 关 键 词： | 草鱼 脂肪组织 总RNA 提取方法 |
High-Quality Total RNA Extraction Method from Mesenteric Adipose Tissue ofGrass Carp Ctenopharyngodon idella |
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| JIANG Peng,LUO Liting,LI Shengjie,FAN Jiajia,MA Dongmei.High-Quality Total RNA Extraction Method from Mesenteric Adipose Tissue ofGrass Carp Ctenopharyngodon idella[J].Fisheries Science,2021(2):166-171. |
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| Authors: | JIANG Peng LUO Liting LI Shengjie FAN Jiajia MA Dongmei |
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| Institution: | (Key Laboratory of Tropical&Subtropical Fishery Resource Application&Cultivation,Ministry of Agriculture and Rural Affairs,Pearl River Fisheries Research Institute,Chinese Academy of Fishery Sciences,Guangzhou 510380,China;College of Animal Science&Technology,Zhongkai University of Agriculture and Engineering,Guangzhou 510225,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Ctenopharyngodon idella adipose tissue total RNA extraction method |
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