山羊TNNT3基因可变剪切及其对骨骼肌细胞分化的作用

【目的】快速骨骼肌肌钙蛋白T（fast skeletal troponin T3,TNNT3）作为肌钙蛋白(troponin, Tn)家族成员,调节横纹肌收缩、参与骨骼肌的生长发育并影响家畜肉质性状。通过获得山羊TNNT3基因的可变剪切体,分析山羊TNNT3基因可变剪切的表达模式及其在肌细胞分化中的作用,深入解析TNNT3基因在山羊骨骼肌生长发育过程中的作用机制。【方法】基于NCBI已公布山羊TNNT3基因（NM_001314210.1）和牛TNNT3基因（XM_010821200）mRNA序列,使用软件Primer Premier 6.0设计引物,以简州大耳羊胚胎期和出生后7个阶段骨骼肌为试验材料,克隆测序获得山羊TNNT3基因的CDS区可变剪切体,利用软件ORF Finder、EditSeq、DNAMAN、ClustalW和MEGA_X_10.1.8等对序列进行生物信息学分析;进一步设计实时荧光定量（real-time PCR,RT-qPCR）及半定量引物,研究TNNT3基因剪切体在7个不同组织（背最长肌（longissimus dorsi muscle,LD）、半膜肌（semimembranosus muscle,SM）、心、肝、脾、肺、肾）和7个发育阶段（胚胎期E75、E90、E105和出生后B3、B45、B150、B300）肌肉组织（背最长肌和半膜肌）中表达模式;此外,对转录本TNNT3_3进行体外编码能力检测确定其具有编码蛋白的能力,并在山羊骨骼肌卫星细胞（skeletal muscle satellite cells,MuSCs）中过表达,观察细胞形态变化以及检测标志基因的表达变化,研究其对山羊MuSCs分化的作用。【结果】①TNNT3（NM_001314210.1）CDS区全序列主要含有18个外显子,其中外显子16/17相互排斥,转录后单一表达。克隆发现山羊TNNT3基因 5个新转录本（TNNT3_1—5）,其外显子数分别是15、15、20、16、14。②生物信息学分析结果显示山羊TNNT3基因核苷酸序列和氨基酸序列与绵羊、牛、猪等哺乳动物具有很高的一致性,而与鱼类和爬行类动物的一致性较低,说明TNNT3基因序列在哺乳动物高度保守。③TNNT3 mRNA在背最长肌、半膜肌、心、肝、脾、肺、肾7个组织中都有表达,其中在骨骼肌中高度富集(P < 0.01),心脏及肺次之,其余组织中较低;TNNT3 mRNA在背最长肌和半膜肌中的表达始终处于一个动态变化中,胚胎期TNNT3在半膜肌的表达量高于背最长肌（P<0.05）;出生后则背最长肌中高于半膜肌（P<0.05）。④山羊TNNT3基因转录本TNNT3_3重复出现保守的外显子9—11（138bp）,体外翻译实验显示其可编码蛋白且蛋白大小与预期基本相符（37 kD）;相较于对照组,在山羊MuSCs中过表达该转录本使肌分化标志基因Myomaker、MyoG和MyH4 mRNA极显著升高(P < 0.01)。【结论】获得了山羊TNNT3基因具有完整CDS区5个新可变剪切体,TNNT3主要在肌肉组织（背最长肌和半膜肌）中高表达,在哺乳动物中高度保守且促进成肌分化。初步表明TNNT3基因在动物肌肉生长发育中具有重要的生物学功能。     

运用差异显示技术分离水花生在干旱胁迫下表达上调的基因

干旱发生时,水花生的须根将转变成又长又粗的肉质根,这有利于保水和从土壤深处汲取水分以减轻旱害.本研究中采用差异显示技术克隆干旱发生时与水花生根形态发生相关的基因,为进一步通过转基因提高农作物抗旱性奠定基础;共使用15对引物组合,回收到20个可能的在干旱诱导后表达上调的带,其中有一个能被反向northern所证实;而后对其进行了克隆和测序;同源性比对表明它可能是一个新基因的片段.半定量RT-PCR分析进一步证明该基因在干旱和盐胁迫下表达上调.     

在前临床期检测金仓鼠羊痒病淋巴结中病理型朊蛋白PrP（Sc）

12只雌性5周龄金仓鼠腹腔注射50μL羊痒病（SCRAPIE）263K株10%的脑组织匀浆。在临床前期,感染后第2、4、6、8、10、12周和临床末期第20周,金仓鼠被分别处死,取大脑、淋巴组织、脾脏、肾脏、肝脏、心脏和肌肉等组织,进行蛋白质免疫印迹杂交实验检测朊病毒病理型朊蛋白PrPSc。研究结果显示在临床前期,通过改进后的纯化技术,我们能够检测出淋巴组织和脾脏组织中的PrPSc,但是在肾脏、肝脏、心脏和肌肉等组织中仍然没有检测到PrPSc。     

核酸点印迹杂交法检测枣疯病植原体

该文详细介绍了应用核酸点印迹杂交法 (Dot- blot)检测枣疯病病原植原体(Phytoplasma)的操作步骤和检测结果 ,分析和讨论了检测结果和检测中可能出现的问题 ,认为此法是鉴定枣疯病病原植原体的准确、灵敏的方法 ,并对以后工作方向提出了建议     

SYBR Green Ⅰ荧光检测痕量宿主DNA

基于SYBR Green Ⅰ荧光染料与双链DNA结合产生荧光的原理,建立一种痕量DNA荧光检测方法.采用不同稀释倍数的SYBR Green Ⅰ荧光染料做DNA的标准曲线,确定SYBR Green Ⅰ荧光染料的最佳稀释倍数.比较荧光法和Southern blotting杂交法定量DNA.结果表明,SYBR Green Ⅰ荧光染料稀释倍数为1:10 000时线性范围广,线性关系好(R2=0.9999);荧光法和Southern blotting杂交法可以相互印证.由此可知,SYBR Green I荧光法定量DNA是一种快速、稳定的痕量DNA检测方法.     

SYBR Green Ⅰ荧光检测痕量宿主DNA

基于SYBR Green Ⅰ荧光染料与双链DNA结合产生荧光的原理,建立一种痕量DNA荧光检测方法.采用不同稀释倍数的SYBR Green Ⅰ荧光染料做DNA的标准曲线,确定SYBR Green Ⅰ荧光染料的最佳稀释倍数.比较荧光法和Southern blotting杂交法定量DNA.结果表明,SYBR Green Ⅰ...     

山羊IGFBP-2基因的克隆、序列分析及其组织表达

【目的】克隆获得南江黄羊IGFBP-2（Insulin-like growth factor binding protein -2）基因的CDS区全序列,对其进行生物信息学分析,并分析IGFBP-2的mRNA和蛋白组织表达特征,为深入研究该基因在出生后山羊生长和发育过程中的作用以及表达调控提供基础资料。【方法】下载NCBI的GenBank数据库中公布的绵羊（Ovis aries,NM_001009436）和牛（Bos taurus,NM_174555）的IGFBP-2基因的mRNA序列,经序列比对后采用保守区域序列并利用Primer Premier 6.0软件设计克隆引物,经PCR扩增后采用TA克隆技术获取含有阳性克隆子的菌液,送公司测序得到山羊IGFBP-2基因的完整编码区序列,并利用EditSeq、DNAMAN 6.0、MEGA 6.0和ExPASy在线平台等软件对CDS区序列和其编码的氨基酸序列进行生物信息学分析;获得山羊IGFBP-2基因CDS区序列后,利用该序列设计实时荧光定量PCR（Q-PCR）引物,采用Q-PCR和蛋白质免疫印迹杂交（Western blotting）方法检测了IGFBP-2的mRNA和蛋白在出生后南江黄羊不同组织（心脏、肝脏、肺、背最长肌、半膜肌和臂三头肌）和不同发育阶段（3、30、60、90和120 d）的表达情况。【结果】①克隆得到954bp的南江黄羊IGFBP-2基因的CDS区全序列,碱基组成为GC含量69.39%,AT含量30.61%,共编码317个氨基酸残基,预测的山羊IGFBP-2蛋白分子量大小为33.8808 kD,等电点为7.82,二级结构由无规卷曲（68.14%）、α-螺旋（18.30%）和延伸链（13.56%）三种形式组成;蛋白结构域分析发现,IGFBP-2蛋白序列包含保守的IB（IGFBP homologues）和TY（Thyroglobulin type Ι repeats）结构域,IB结构域位于第37-125位氨基酸处,TY结构域位于第250-302位氨基酸处;②磷酸化位点预测发现,IGFBP-2蛋白中存在Ser（5）和Thr（7）共12个磷酸化位点;糖基化位点预测发现,IGFBP-2蛋白序列中存在10个N-糖基化位点和2个O-糖基化位点;③CDS区序列相似性比较发现,山羊IGFBP-2与绵羊、牛、猪、人和小鼠的相似性分别达到98.99%、97.73%、87.12%、78.33%和76.26%;氨基酸序列相似性比较发现,山羊IGFBP-2与绵羊、牛、猪、人和小鼠的相似性分别达到99.24%、98.10%、87.07%、70.27%和73.00%;④系统进化树分析发现,山羊IGFBP-2与绵羊和牛的亲缘关系最近;⑤组织表达分析表明,IGFBP-2在肝脏中的mRNA和蛋白的相对表达量均最高(P<0.01),背最长肌次之;在不同发育阶段的肝脏组织中,IGFBP-2 mRNA和蛋白相对表达量均呈现一直上升的趋势;在不同发育阶段的背最长肌组织中,IGFBP-2的mRNA表达水平呈现一种“上升-下降-上升”的波动平衡。【结论】获得了山羊IGFBP-2基因完整的编码区序列和组织表达特征,生物信息学分析发现IGFBP-2基因的编码区序列具有物种间的保守性,肝脏是山羊IGFBP-2 的mRNA和蛋白表达的主要组织,同时在山羊不同发育阶段的肝脏和背最长肌组织中,IGFBP-2基因的mRNA和蛋白表达丰度呈现一定的规律性,表明IGFBP-2基因可能在出生后山羊的早期生长发育过程中发挥着重要的作用。     

抗菌肽D基因导入柑桔及转基因植株的鉴定

由根癌农杆菌(Agrobaterium tumefaciens)的Ti质粒携带柞蚕抗菌肽D基因(122bp)感染红江橙外植体,经卡那霉素敏感性筛选及报告基因胭脂碱合成酶的电泳检测,获得若干转化苗;再经同位素标记的抗菌肽D基因为探针做点印迹杂交及Southern印迹杂交,均为阳性,证明抗菌肽D基因转化于红江橙幼苗获得成功。     

A Comparison Between Northern Blotting and Quantitative Real-Time PCR as a Means of Detecting the Nutritional Regulation of Genes Expressed in Roots of Arabidopsis thaliana

Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) has become a routine and robust technique for measuring the expression of genes of interest, validating microarray experiments and monitoring biomarkers. However, concerns have been raised over the accuracy of qRT-PCR in China as well as in the rest of the world. We have previously used qRT-PCR to study the response of ANR1 and other root-expressed MADS-box genes to fluctuations in the supply of nitrate, phosphate and sulphate under hydroponic growth conditions. In this study, we have used both Northern blotting and qRT-PCR analyses to confirm the nutritional regulation of MADS-box genes in Arabidopsis thaliana and test whether both technologies produce the same results. The information obtained indicated that the qRT-PCR results are consistent with those obtained by Northern blotting hybridization for all the tested root-expressed MADS-box genes, in response to different nitrate,phosphate and sulphate growth conditions. Furthermore, our novel results showed that the expressions of AGL12,AGL18, and AGL19 were all down regulated in response to S and P re-supply in both qRT-PCR and Northern blotting analyses.     

在前临床期检测金仓鼠羊痒病淋巴结中病理型朊蛋白PrPSc

12只雌性5周龄金仓鼠腹腔注射50μL羊痒病(SCRAPIE)263K株10%的脑组织匀浆。在临床前期,感染后第2、4、6、8、10、12周和临床末期第20周,金仓鼠被分别处死,取大脑、淋巴组织、脾脏、肾脏、肝脏、心脏和肌肉等组织,进行蛋白质免疫印迹杂交实验检测朊病毒病理型朊蛋白PrPSc。研究结果显示在临床前期,通过改进后的纯化技术,我们能够检测出淋巴组织和脾脏组织中的PrPSc,但是在肾脏、肝脏、心脏和肌肉等组织中仍然没有检测到PrPSc。