基于核糖体DNA第二内部转录间隔区(ITS2)序列鉴定四季青及其近缘种和混伪品

中药材四季青(Ilicis Chinensis Folium)的基原植物冬青(Ilex chinensis)是重要的园林观赏物种。利用DNA条形码技术可以快速、准确鉴定四季青及其近缘种和混伪品。本研究以冬青、铁冬青(Ilex rotunda)、秤星树(Ilex asprella)、枸骨(Ilex cornuta)和女贞(Ligustrum lucium)等37份植物样本为实验材料,提取全基因组DNA,扩增核糖体DNA第二内部转录间隔区(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列并进行双向测序。测序结果利用Codon Code Aligner 4.2.7进行序列拼接,获得高质量ITS2序列。同时从Gen Bank中获得28条冬青的同属近缘种以及混伪品女贞、四川山矾(Symplocos setchuensis)的ITS2序列。基于隐马尔科夫模型(hidden Markov model,HMM)注释5.8S和28S,获得完整的ITS2区域,进而应用MEGA6.0(molecular evolutionary genetics analysis)进行冬青种间和种内序列分析,计算种内种间K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离,构建邻接树(neighbor-joining tree,NJ tree)。结果表明,琼脂糖凝胶电泳得到清晰明亮的均一条带,说明利用通用的ITS2引物可以成功扩增到用于测序的PCR产物。通过PCR产物测序、数据处理和序列分析可知,冬青种内ITS2长度经过比对后为239 bp,全部样品的种间ITS2比对后长度为269 bp。冬青种内有4个变异位点以及6个单倍型,种间有143个变异位点,远远多于其种内变异位点。MEGA6.0分析结果表明,种间最小K2P遗传距离(0.094)大于种内最大K2P遗传距离(0.013)。邻接树显示,女贞和四川山矾分别以100%的自展支持率分别聚类,表现出良好的单系性,冬青属物种聚为一大支。冬青在冬青属下可以单独聚为一支,可以进行区分。冬青属其他物种以同一亚属聚为一支。研究结果表明,作为一种快速、准确、简便的分子生物学鉴定方法,ITS2可以应用于冬青及其近缘种和混伪品的鉴定,同时对于准确鉴定冬青属物种亦有巨大潜力,可为冬青属植物在临床上的用药安全和开发应用提供科学依据。     

纳米孔生物技术的新进展

纳米孔技术通过绝缘膜上的纳米级微孔随机地高通量识别溶液中的生物大分子。纳米孔检测原理的普遍性以及单分子检测的易用性,使得纳米孔在生物技术方面具有较大的应用潜力。最近关于纳米孔的结构和精密度研究取得了一定的进展,其在DNA/蛋白质绘图、生物大分子结构分析、蛋白质检测以及DNA测序方面也得到了广泛应用。     

国际生命条形码计划缘何受阻

<正>2010年,为进一步推动DNA条形码技术的发展和应用,国际生命条形码计划(iBOL)启动,这是世界上迄今最大的生物多样性研究计划,计划在5年内完成50万种真核生物500万份标本的DNA条形码参考数据库。然而,由于缺乏良好的数据共享机制和数据管理方面的不规范,iBOL实施遇阻。260万份标本已经测定。作为快速鉴定生物物种     

核苷酸和核酸

在动物的常规营养中,核苷酸是一类非必需养分。然而,最近的研究表明,在动物的某些特定生长或生产阶段,核苷酸将成为其生长发育和发挥遗传潜力的限制性养分。本文着重介绍核苷酸和核酸的基本知识,以使人们充分认识这二者之间的关系及其在生物生理活动中的作用。     

快速STR分型在法医DNA分析中的应用分析

目的 :分析快速STR分型在法医DNA分检验中的应用。方法:回顾性分析90份普通滤纸上血痕样本,对90份样本实施DNA提取、PCR扩增、电泳分析。结果:快速PCR扩增体系Life Pro扩增仪、Veriti扩增仪、9700型扩增仪时间分别为45min、35min、57min,比STR Identifiler试剂检验短;88份获得鲜明的分型图谱,2份无等位基因峰;快速PCR扩增体系与TR Identifiler试剂盒检验的平行对照结果一样。结论:快速STR分型在法医DNA分析中的应用,可缩短扩增时间,提高分型效果。     

鸡网状内皮细胞增生病的诊断试验

本试验将PCR扩增与核酸探针斑点分子杂交特异性诊断检测技术相结合,对部分疑似REV感染患病鸡群进行了外源性核酸特异性交叉检测诊断试验,提高了REV感染诊断的准确性。应用鸡REV地高辛核酸探针斑点分子杂交特异性诊断检测方法,对860余份血液DNA样本进行了REV感染特异性检测试验。结果表明,贵州地区鸡REV阳性感染率为:高产蛋鸡40.05%(164/390)、杂交肉鸡42.91%(106/247)、绿壳蛋鸡34.97%(57/163)、地方土鸡11.7%(7/60)。     

蜗牛消化酶提取河蟹微孢子虫基因组反应条件的优化

PCR是目前能够特异地检测河蟹微孢子虫的最灵敏的方法。河蟹微孢子虫孢子壁坚厚不易破碎,对许多化学物质有很强的抵抗性,常规的核酸抽提方法效果不够理想。本文通过对比PCR的结果,研究蜗牛消化酶对DNA抽提效果的影响,确定了酶作用的最佳反应条件,提高了PCR检测河蟹微孢子虫的灵敏性。结果显示:蜗牛消化酶提取微孢子虫DNA的酶促反应温度为37℃,底物浓度为20 mg,酶的使用浓度为酶/底物重量比400 mg/g,酶促反应时间为4 h。实验表明,使用蜗牛消化酶处理样品,有助于更加灵敏地检测出微孢子虫。该研究结果将有助于提高河蟹微孢子虫病的检验检测能力,对河蟹微孢子虫的检疫和防治具有积极意义。     

首次报道病毒miRNA调控对虾抗病毒

<正>病毒,尤其是DNA病毒,会产生自身的microRNA(miRNA)来调控宿主和病毒基因的表达。由于其在病毒-宿主相互作用中的重要作用,近年来病毒miRNA已引起了广泛的关注与研究,然而人们对无脊椎动物病毒miRNA的了解却十分有限。大多数对病毒miRNA的研究是在细胞系中进行的,但是病毒miRNA在细胞系中发挥的作用可能与其在宿主体内的作用差异巨大。浙江大学生命科学学院章晓波教授课题组首次对对虾体内的白斑综合症病毒(WSSV)编码的miRNA进行了表征分析,     

几个叶色突变茶树品种的DNA分子指纹图谱构建

目前茶树品种的真实性鉴定主要依据形态特征等外形表现,但表型性状容易受环境条件、栽培措施和发育阶段等的影响,可靠性不强,而且也需要鉴定者具备非常专业的知识和长期的经验,可操作性亦较低。所以开发稳定可靠、易于操作的茶树品种鉴定技术迫在眉睫。分子标记技术是以DNA的多态性为基础的遗传标记,可以从基因组层面对品种进行快速、准确、不受外界环境条件影响的鉴定,已成为品种质量监控和真假鉴定的重要技术措施。     

五个天祝白牦牛群体近交程度分析

为了研究天祝白牦牛群体的近交程度,以5个天祝白牦牛群体共计598头牦牛为研究对象,借助FAO推荐的17个微卫星座位对群体的近交程度做了评估,结果在JDL、LZH两个群体检测到了一定程度的近交,但差异不显著(P0.05),而在其他群体显著(0.01P0.05)或极显著地(P0.01)表现出杂合子过剩,未检测到近交。