不同地理种群巴山榧树及近缘种叶绿体trnL-trnF序列的分析

本文运用PCR产物直接测序法对巴山榧树10个地理种群的trnL-trnF序列进行了测定,并调用GenBank中6个近缘种的trnL-trnF序列,选用MEGA 4.1软件对巴山榧树不同地理种群及近缘种间的trnL-trnF序列进行分析。结果表明,巴山榧树10个地理种群间的遗传分化程度较低,只有34个变异位点,1个信息位点;7个近缘种间的遗传分化较显著,有75个变异位点,30个信息位点。聚类分析将巴山榧树10个地理种群与6个近缘种聚为2个分支,巴山榧树、云南榧和日本榧树聚为一支,榧树、长叶榧树、佛罗里达榧和加州榧聚为另一个分支。trnL-trnF序列系统树不支持将榧树属分为皱乳榧组和榧树组;赞同将云南榧并入巴山榧树,或作为巴山榧树的变种处理;不支持将巴山榧树和云南榧合并在榧树下作为变种的处理意见。     

我国南方野生樱属植物的分子系统发育分析

为鉴定我国樱属植物的系统发育关系,本研究以30种典型樱属植物为试验材料,利用核基因ITS和4个叶绿体间隔序列[petA-psbJ、trnH-psbA、rpl32-trnL(UAG)和trnL-trnF]进行测序,采用MEGA 6软件对5个序列特点进行分析,并构建系统发育树。结果表明,5个序列的DNA片段长度多态性和单核苷酸多态性较高,其中ITS和rpl32-trnL(UAG)变异程度最大,可作为樱属植物核心条形码序列,其他序列可作为辅助序列;通过5个序列的组合序列构建的系统发育树,可相对准确地反映樱属植物间的系统发育关系。本研究结果为进一步探究樱属植物的起源、系统发育关系、物种鉴定及资源保护提供了一定的参考依据。     

用ITS序列识别牧草种质资源

DNA条形码技术能够快速、准确地识别物种,对于开展基础性的分类学研究和应用性的生物多样性研究极为重要。本文以广西畜牧研究所牧草种质资源圃的8个物种共22个品种为材料,进行植物条形码ITS测序。PCR结果显示ITS的扩增成功率达到100%,同源性的分析表明各物种中的ITS序列变异显著,共找到99个可以用来区分物种的变异位点,系统进化树的结果表明利用ITS序列进行物种水平鉴定成功率达100%,能够作为DNA条形码识别植物物种。     

水貂细胞色素b基因(Cytb)克隆、序列分析及与鼬属动物的进化关系

参照水貂(Mustela vison)近缘物种线粒体基因组序列设计引物,通过克隆、测序、再拼接的方法获得6个水貂品种和左家型水貂线粒体Cytb基因全序列.用DNAstar v6.13和DnaSP4.0分析显示,水貂Cytb基因全长为1140 bp,平均碱基含量为29.8%A、13.0%G、30.3%T及26.9%C,检测到12个多态位点,全为转换.用Clusta1X1.8进行多序列比较分析表明,水貂个体间Cytb基因相似性非常高.结合GenBank检索到的14种鼬属动物同源序列,用MEGA4.0基于邻接法分别构建鼬属动物核苷酸序列和氨基酸序列系统进化树,两种进化树得出相似的拓扑结构.结果表明:我国水貂与美洲水貂亲缘较近,与欧洲水貂(M.lutreola)亲缘较远,推算美洲水貂与欧洲水貂分歧时间在中新世.     

三叶青突变体的理化成分评价与分子鉴定

为探究三叶青品种泽青1号是否产生药理成分突变,对26份三叶青样本的可溶性多糖、总酮、总皂苷、总酚、蛋白质、矿物质及游离氨基酸进行了理化评价与相关性分析,并检测了其ITS序列的位点突变情况。结果筛选出103、107、109、112、113、125、126、127、130、131、132等优异突变体。泽青1号突变体类群与其23个近缘崖爬藤属种间同源性为49%、平均遗传距离为0.54、组间距离为0.993;泽青1号突变体间同源性为93%~99%、配对距离为0.006 40~0.116 96、组内距离为0.060 70,成功构建了基于ITS种属鉴定的突变体DNA条形码。本研究初步筛选出11个具有多元化定向育种应用价值的突变体,为解决三叶青种质资源稀缺、退化的问题提供了材料基础;同时基于ITS分子标记成功鉴定并区分泽青1号突变体类群与其他近缘崖爬藤属物种,筛选出突变类群的突变位点,为三叶青突变体种质资源评价提供了技术支撑。     

of Goat Follicle-stimulating Hormone Receptor (FSHR) Gene

利用PCR-SSCP技术检测山羊(Capra hircus)包括西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕南白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊173个个体FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性 (SNP)。结果未发现SNP位点。测序后获得山羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列， 并在NCBI数据库中获得GenBank登录No.DQ069909和DQ069910。通过DNA序列分析发现， FSHR基因第10外显子第120位碱基不存在C→T的转换，也不存在颠换等其它遗传变化。山羊、绵羊 (Ovisaries L.) 和普通牛( Bos taurus) FSHR基因第10外显子序列同源性比较和聚类分析结果表明，山羊、普通牛和绵羊该部分序列的相似性最高为99.3%；在物种间比较中，绵羊和普通牛纯合子该基因外显子序列的不相似性最高为3.4%；据FSHR基因外显子序列构建的分子系统树结果显示，山羊、绵羊和普通牛物种内的个体各自聚为一类；山羊和绵羊先聚为一类，然后再与普通牛聚为一类。提示FSHR基因第10外显子的核苷酸序列适合于物种间的动物分子树的构建。     

山羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及其序列分析

利用PCR-SSCP技术检测山羊(Caprahircus)包括西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕南白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊173个个体FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性(SNP)。结果未发现SNP位点。测序后获得山羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,并在NCBI数据库中获得GenBank登录No.DQ069909和DQ069910。通过DNA序列分析发现,FSHR基因第10外显子第120位碱基不存在C→T的转换,也不存在颠换等其它遗传变化。山羊、绵羊(OvisariesL.)和普通牛(Bostaurus)FSHR基因第10外显子序列同源性比较和聚类分析结果表明,山羊、普通牛和绵羊该部分序列的相似性最高为99.3%;在物种间比较中,绵羊和普通牛纯合子该基因外显子序列的不相似性最高为3.4%;据FSHR基因外显子序列构建的分子系统树结果显示,山羊、绵羊和普通牛物种内的个体各自聚为一类;山羊和绵羊先聚为一类,然后再与普通牛聚为一类。提示FSHR基因第10外显子的核苷酸序列适合于物种间的动物分子树的构建。     

尖孢镰刀菌异核体及其不同核型分离子rDNA ITS区序列分析

选取从河南棉花上分离的尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum f.sp.vasinfectum）异核体菌株Ag149及其两个表型差异显著的同核型分离了Ag149－Ⅰ和Ag149－Ⅲ为材料，对它们的核糖体基因ITS区段进行测序分析。结果表明，供试菌株核糖体基因ITS区段碱基组成完全相同，与GenBank中镰刀菌的ITS区序列进行同源性比较发现，属内种间的同源性在34％－99％之间，而大部分尖孢镰刀菌种内不同菌株之间的同源性均在98％以上。序列分析表明，ITS区对镰刀菌属内种间的差异鉴别具有参考价值，但看来并不适合尖孢镰刀菌内或种以下水平的鉴定和分类。     

红花低分子量油体蛋白基因的克隆与系统进化分析

目的:克隆红花低分子量油体蛋白基因L-Oleosin,并进行测序和序列比较分析。方法:参考已完成的红花转录组测序结果,设计特异性引物,从野生型红花种子中提取RNA,以RT-PCR方法扩增L-Oleosin全长基因,测序之后,进行不同物种同源基因间的系统发生分析,应用Phylip软件绘制分子进化树。结果:克隆了红花低分子量油体蛋白基因,系统发生分析表明,L-Oleosin基因的变异很大,物种间差异明显。结论进行油体蛋白基因相关功能研究和建立油体蛋白表达系统等方面的研究应该以同种属植物或亲缘关系较近的植物之间应用为主,基因工程改造和功能验证应在本物种上进行,然后拓展至近缘物种。     

鲤鱼品系的部分线粒体序列的遗传变异

运用PCR测序法,以9个我国常见鲤鱼（Cyprinus carpio）养殖品种和2个野生群体为研究材料,分析线粒体DNA的16S rRNA、Cyt b和D-loop序列片段,用于分析的序列共有1 457 个位点,其中变异位点32个,简约信息位点21个,共有单倍型16个。分别利用以上3个基因片段以及合并后的序列, 构建NJ和MP进化树。由不同方法获得相似的进化树,由不同基因片段得到的进化树均为两支,其中贝尔湖野鲤（BE）单独成支,其它群体聚为1支,只是由D-loop得到的进化关系更为详细,而由合并后的序列构建的进化树也与利用不同基因序列所得到的进化树并不矛盾。各品系间的分化时间约为3.03×104～1.21×105年前。根据序列的特征,16S rRNA的1个变异位点、Cyt b基因的4个变异位点和D-loop的14个变异位点可以作为鉴定不同的养殖品系和野生群体的SNP,证明mtDNA序列分析可以应用于品系的鉴定。     

基因组ITS序列分析鉴定红曲霉菌株

为建立有效的红曲霉分类鉴定方法,进一步发掘和保护红曲霉菌株生物资源,以福建省内各类红曲霉生产菌株为主要材料,采用MEGA 5.10软件对其ITS序列进行分析,构建系统发育树,结合在麦芽汁琼脂培养基、察氏酵母提取物琼脂培养基和甘油硝酸盐琼脂培养基上的菌落形态特征以及生理生化试验对41株红曲霉进行分类鉴定。试验结果显示41个红曲霉菌株的ITS序列长度为520bp左右,嘌呤嘧啶(GC)含量比例在56.2%~58.0%,41个不同序列间的平均遗传距离为0.0052。经分子生物学手段分析,辅以菌落形态观察和生理生化试验,最终将41株红曲霉鉴定为紫色红曲霉、丛毛红曲霉、橙色红曲霉、红色红曲霉、烟灰色红曲霉和白色红曲霉6大类。     

浙江乐清铁皮石斛rDNA ITS序列的克隆及序列比对

为判断浙江乐清铁皮石斛（Zhejiang Dendrobium officinale）与石斛属（Dendrobium）其它物种的亲缘关系,本文提取了该石斛鲜样的DNA,利用真核生物ITS序列通用引物ITS4/ITS5进行了扩增,并将扩增产物连接转化至大肠杆菌,在对阳性克隆测序。将得到的序列与GenBank上我国石斛属12个组中34个种的rDNAITS进行了比对,并在此基础上构建了系统发育树。序列比对结果表明浙江乐清铁皮石斛的rDNAITS与黄石斛（D.tosaense）一致,其次与铁皮石斛（D.officinale）最相近,序列相似性99%。系统发育树也表明浙江乐清铁皮石斛的rDNAITS序列与黄石斛（D.tosaense）的相似程度高于其与铁皮石斛（D.officinale）的相似程度。本研究将为利用ITS序列鉴别石斛物种种属关系提供参考。     

藏绵羊DRB3基因第2外显子多态性分析

为了研究藏绵羊(Ovis aries)DRB3基因的多态性,确定其等位基因数、等位基因间的核苷酸多态位点、变异类型,以及分析各等位基因间的遗传关系和进化意义,研究采用PCR-SSCP方法检测了500只藏绵羊DRB3基因第2外显子的多态性,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因.结果表明藏绵羊DRB3基因第2外显子表现了37个等位基因,37个单倍型序列分析发现82个核苷酸多态位点;37个单倍型序列与GenBank下载序列对比分析,结果表明35个DRB3的等位基因是本研究旨次发现;37个DRB3基因外显子2的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势.研究认为藏绵羊DRB3基因第2外显子具有丰富的遗传多态性;藏绵羊DRB3基因最初是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的.     

ITS鉴定木材种类：一例司法鉴定研究实例

本研究选取一例非法收购国家重点保护植物油丹的司法鉴定案作为研究实例,在确认鉴定技术可行的前提下,应用ITS序列分析对待检测的原木进行了分子鉴定。本研究采用CTAB法提取原木DNA,对其提纯后进行ITSrDNA的PCR扩增,再对PCR阳性产物进行克隆、测序,将测序结果进行Blast分析和构建系统发育树。结果表明,送检的47根原木中有9根被鉴定为油丹。本研究采用ITS序列系统发育分析方法,成功鉴定了原木种类,为今后类似司法鉴定案件的审理提供了可靠的鉴定意见。     

甘肃本地产当归、黄芪和大黄的rDNA ITS序列分析

本研究采用改良CTAB法分别提取18份甘肃本地产当归、黄芪和大黄基因组DNA,并用PCR分别扩增其ITS1-5.8S-ITS2序列、直接测序并作序列同源性比对分析。双向测序分析结果表明,甘肃6个不同产地当归rDNA的ITS1、5.8S和ITS2序列一致,片段长度分别为215bp、162bp和223bp;供试的黄芪ITS1、5.8S和ITS2序列分别为228bp、164bp和210bp;大黄ITS1、5.8S和ITS2序列分别为160bp、159bp和164bp。供试材料的ITS1-5.8S-ITS2核苷酸序列已提交GenBank。本研究为提供甘肃当归、黄芪和大黄指纹图谱鉴别的分子标记、其道地性药材的分子鉴定和品质评价提供参考。     

6个地方鸡种线粒体COⅠ基因的DNA条形码

以我国6个地方鸡(Gallus gallus)品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(cytochrome coxidaseⅠ,COⅠ)基因的2段序列,研究COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别地方鸡种方面的可行性和有效性。研究结果表明,所选择的2段序列中,经过多态性分析筛选,以Bar1序列(712～1359位)突变位点较多,为24个,为24种单倍型,其中22种单倍型为6个鸡品种所特有;品种间平均多态性3.860%,6个鸡品种均有其特异位点;6个品种的NJ聚类分析结果显示,6个鸡品种基本被聚为不同的类别,与形态学分类基本一致,COⅠ基因的Bar1序列用于这些品种鉴定是可行的。而对Bar2序列(1800～2314位)进行序列多态性分析,只发现5个突变位点,为5种单倍型,且大多品种没有其特异位点。由于其多态性低,且NJ聚类分析6个品种的聚类结果与形态学分类不一致,Bar2序列不利于品种鉴定。研究结果表明,COⅠ基因的Bar1序列更适合地方鸡品种鉴定条形码。     

罗汉果查尔酮合成酶基因的生物信息学分析

查尔酮合成酶（chalcone synthase,CHS）是类黄酮生物合成的关键酶,在植物发育、防止UV损伤、抗病和逆境反应中起着重要作用。本研究通过EST测序,获得了罗汉果查尔酮合成酶基因序列（登录号：GU980155）。为了进一步了解罗汉果查尔酮合成酶基因的特征,我们将其与46种植物的查尔酮合成酶基因的核酸序列和氨基酸序列进行比对和进化分析。结果表明,罗汉果查尔酮合成酶基因的核酸序列和氨基酸序列与其它物种的查尔酮合成酶基因均具较高同源性,编码区相似性约为94%。使用PHYLIP和MEGA4分别构建了邻接树、最大似然树和最大简约树,但经bootstrap检验,最优树未能明确罗汉果查尔酮合成酶基因的系统发育地位。以紫花苜蓿查尔酮合成酶的三维结构为参考,利用同源建模的方法预测了罗汉果查尔酮合成酶的三维结构,发现罗汉果查尔酮合成酶具有保守的活性位点和空间结构。     

河南小麦黑胚病优势病原菌及其近似种rDNA-ITS序列分析

从河南省具有地域代表性的5个不同地区分离小麦黑胚病原菌Alternaria spp.菌株17株,经形态鉴定主要为链格孢属两个近似种A.alternata和A.tenuissima.通过与GenBank中登录的链格孢属中的9个种的rDNA-ITS序列比较分析,发现所有供分析菌株具有很高的同源性,其中与6个小孢子种A.alternata、A.tenuissima、A.mali、A.gaisen,A.citri、A.arborescens同源性为98%～100%,在聚类图上成为一支,而3个大孢子种A.radicina、A.porri和A.solani聚为另外一支,可明显地与其它小孢子种区分开.通过对Alternaria 58个菌株的rDNA ITS序列分析发现,同一个种或相似种内不分地域范围和寄主都有很高的保守性.与小孢子种相比,3个大孢子种在位点97-171、365-402、443-490处具有各自的特异位点,所以这些序列有可能作为它们分类鉴定、分子标记及系统发育的重要依据.分析结果表明,ITS1-5.8S-ITS2序列分析只能验证小麦黑胚病菌形态学鉴定的结果,但不能用于链格孢近似种的分类鉴定.     

牛亚科MHC DRB3基因exon2的序列变异分析

根据牛（Bos taurus）主要组织相容复合体（MHC）DRB3基因的已知序列设计引物，对中国牦牛（B．grunniens）的DRB3基因exon2进行扩增和克隆测序，并根据DRB3基因exon2序列对牛亚科的遗传多样性和分子系统发育进行了分析。结果在234的片段中发现有115个多态位点，多态位点百分率为49．15％。由标准遗传距离和净遗传距离构建的牛亚科系统发育树，可将牛亚科分为5个属，支持将牦牛作为牛亚科中一个独立的属的观点。多态性较丰富的DRB3基因exon2适于属间系统发育分析。     

石首鱼科海洋鱼类DNA条形码的构建

为筛选石首科鱼类物种鉴定的最优DNA条形码,本试验对大黄鱼、小黄鱼、黄姑鱼和棘头梅童鱼4种鱼类71份样本的细胞色素氧化酶亚基I(COI)、线粒体控制区(D-loop)和16S rRNA 3种基因序列进行PCR扩增和测序,分析比较各基因序列比对鉴定能力、种内和种间差异、barcoding gap检验以及序列多态性。结果表明,3种候选DNA条形码序列的种间遗传距离均高于种内遗传距离,符合作为DNA条形码的基本要求。通过遗传差异和barcoding gap检验分析发现,COI和D-loop区适合作为鉴定大黄鱼、小黄鱼、黄姑鱼和棘头梅童鱼4种石首科鱼类的DNA条形码;16S rRNA基因存在一定的缺陷,但是D-loop区和16S rRNA基因序列可能存在比COI通用序列更为有效的DNA条形码区域。考虑引物通用性,推荐COI基因作为最适DNA条形码。本研究结果为海洋鱼类的快速鉴定提供了一定的参考依据。